1F31A

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with a trisaccharide
Total Genus 374
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
374
sequence length
1290
structure length
1280
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQEASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
total genus 374
structure length 1280
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1f31A02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1f31A03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1f31A04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1f31A01
3NJ5A 1CJPA 1S0GA 2D6LX 3O4AA 5JMCA 4UW5A 3LCPA 4AVTA 2K43A 5BP5A 4LO3A 2LIQA 1Z78A 2YV8A 3O5WB 2IHOA 1SLIA 1LOBA 2EF6A 2P23A 1Q8QA 1Z7HA 1YTOA 4Y20B 2A8AA 1ISVA 3OJBA 2D43A 1HKNA 5T55A 4Z9WB 4PC4A 2Z49A 4KEKA 1WW6A 3RTJB 3T2TA 1JT4A 3N7JA 3KMVA 1MS9A 2E53A 4ZKTB 1V00A 2GZBA 5GAQA 1QXMA 3HR9A 1ISYA 2ZGLA 4U2AA 1GNHA 2QYIB 1C1LA 5JOXA 2A3YA 1FV2A 5F9TA 2A3XA 5JOWA 2ZGUA 4I4YA 2X2TA 4QD2B 3ZC9A 2FFUA 3P53A 4IY9A 2KI6B 2DVFA 1FMMS 3Q7YA 4BQ1A 2ZGMA 1BKZA 4P9XA 5IUQA 1EV2A 4WVWA 1L2HA 3A0KA 3ILAA 4GP3A 1H30A 3M2MA 1DQ4A 1MR5A 3INAA 5CBLA 2UUSA 1TTUA 4J2SA 1YVGA 3RMYA 1HIBA 1AXZA 3WDUA 3QCWA 1I3HA 2HZ9A 3RS6A 3CNAA 3AJYA 3OBTA 3BWIA 2OUHA 3QW5A 4J2YA 3AJ6A 1T3CA 4XBLA 1JT5A 1QKQA 4YZ1A 2R9KB 5I1BA 2CWMA 5FZYA 2W2DB 2GMMA 1V6VA 1PUUB 4JP0A 4R9CA 2HWAA 3AZZA 4KBBA 1N3PA 3CA4A 3MW3A 1WLDA 4YZ5A 3ATGA 4LO0A 4XJWA 3BAOA 2X2SA 4IHZA 2FPQA 4TYSA 7I1BA 1LEDA 4AGRA 2CL2A 1AJKA 3LSEA 2W08A 4FOVA 4I2SA 1KNMA 4J1LA 3WUDA 2ISGA 3A23A 5DUXA 2B7YA 1G8WA 4I4QA 1JUIA 2A6ZA 3FLPA 1HQWA 3O4CA 4H9WA 4USOA 1JY0A 3OY8A 3WA1A 2NMNA 2WSVA 1ZB7A 1DLLA 1OQ1A 1N3OA 3AZVA 2FDBM 1R8OA 1GNZA 1WW7A 3SLIA 1DQ1A 1WW5A 3QIXA 2K8RA 5IT6A 2G7PA 1QNYA 3ZYPA 1DGLA 3FJ9A 1S1AA 3M3EA 1CVSA 5EC5A 3T8SA 1TFMB 5GZFA 2G7KA 2UWBA 3WHTA 2J3PA 4GA9A 6I1BA 5D63A 4ZBVB 3A22A 1AZDA 2E4MA 2SBAA 1N1SA 3POYA 1WLWA 3D6EA 3C2UA 3M1HA 1AX2A 4A7YA 5HCFA 3CA1A 4Y20A 4HEVA 1UKGA 2EXJA 4FPJA 1N47A 2A70A 4YG0A 5DG1A 4H04A 1SACA 1DQOA 2W68A 2A6WA 2D23A 2VY0A 1JYCA 5FRAA 1BA7A 4JC1A 2ZMLA 1QOTA 3WNXA 2WKKA 1K5VA 2P3JA 3D5OA 3OPZA 4LBLA 1V6UA 4EKXB 8I1BA 4XZPA 3OJMA 1BJQA 4M3CE 2IMCA 5E24E 4U36A 2ERMA 1SCSA 4XBNA 4F34A 4ZA3B 2BFHA 4P6AA 5BYNA 5KXDA 3DS9A 1S0LA 3D4KA 1LEMA 3RG0A 4I4UA 2SLIA 4I1EA 5GLUA 4A7KA 2ZZJA 3UJ4A 4XIOA 1SLTA 1W0PA 1V6IA 1Q8SA 3NBNA 1D0HA 4Y1ZA 4KUFA 1IJTA 3MPPG 2ZGKA 2ZGTA 2KLLA 4G6MA 1ZKWA 2YZ4A 4ZXKA 5JDBA 2F8XC 4NOTA 4GKXA 2LALA 4D8HA 4EEEB 4EFPA 2BQPA 3BOKA 1ENSA 1UL9A 2EIGA 3OGGA 3AJZA 4RL7A 3RMXA 1P63A 3WCRA 2VUAA 5FZZA 1IOBA 4I7IA 2AYHA 5GLVA 5IK4A 4I4RA 4CRQA 2D6KA 1SLBA 1V6NA 4EL4A 2DREA 4JRAA 3AH4A 1W3GA 3POSA 2JKBA 3OJ2A 1DZCA 3BTAA 2D3RA 4ITCA 4EFRA 4AYUA 4QO3A 3M3CA 1BASA 1W6NB 4K1ZA 3WDWA 4Y1XA 4I0YA 3UJ0A 3PVOA 4DRRA 2R49A 2GNBA 2EXKA 1LENA 3AP5A 5T5LA 4XFSA 2Y9FA 1SCRA 3N36A 3F62B 3SH3A 1ZL5A 2ZAAA 3O49A 2ZACA 3ZYRA 3B69A 3AZWA 4LO1A 1NLSA 4R6UB 4QBVA 4IQPA 5BP5C 3I2XA 4HA2A 1LOGA 4LO3C 1I1EA 2DU1A 1WLCA 4PBPA 5E89A 1RIRA 3FJDA 5SV8A 4AWDA 5BQUA 4I8MA 4AN7B 3H6RA 1SBFA 4PF5A 2WT1A 4XFUA 1QMJA 2G7NA 1KJLA 2P2KA 3DEBA 3BOOA 1AX1A 3IAGC 1CN1A 1GBGA 4XMIA 3VT1A 4YFWA 1UAIA 3WO4A 4YW5A 1V6JA 1UZZA 2YXSA 4PCRA 1PWAA 31BIA 1DZDA 4GAFA 3EF2A 3AP7A 3DGTA 4JKQA 1KJRA 2R0FA 1APNA 2D20A 5EYXA 4JCKA 4FPOB 1X50A 2NM1A 3FJCA 4TLPA 3N7KA 4LO7C 1W3FA 3F1RA 1EYLA 2ARBA 5DZEA 2PHWA 1AFCA 3WDXA 1SBDA 3RQ0A 1ISZA 1S0FA 3W59A 4XJ9A 5CB7A 3K3QB 4LBQB 3N3HA 1ULGA 1FMZA 5IK7A 2PHRA 1MC9A 1JHNA 4D0ZA 1LCLA 2C9AA 3H6SE 4GKYA 2FO1A 5G00A 3BRDA 3PHZA 1OQLB 3N0KA 1QNWA 1LJ7A 4ZFYB 4LBQD 2M49A 3A4UA 1YRZA 2WQZC 4FPCA 4ZFWB 2D7RA 4FPYA 3D3XA 4IZEA 5T50A 1DBNA 5BOWA 3O5SA 4LBKA 1S0IA 2ZGSA 4R9BA 4DEPA 5GZEA 5DUWA 2R1BA 3VKLA 3Q9OA 1MS3A 2CYFA 5EHAA 2YMZA 2ZGNA 4FPLA 1J1TA 5DG2A 3AXEA 5CAZA 1LULA 4DS0A 5E8AA 4P9YA 3ZXFA 2E51A 1KQRA 1S0BA 1NUNA 1V6WA 1FNYA 1V6XA 4Y1UA 3AYAA 3ZPYA 5T5OA 3TAYA 3BODA 1ULCA 4FPEA 2XG3A 1OKQA 3ILFA 2GMEA 4BLIA 2AENA 2AUYA 3O12A 2VW0A 1DQ5A 4LO0C 3N35A 1AVWB 1TIEA 5JOYA 5EXOA 1IILA 2E7QA 3UD7A 4FVVA 1DFCA 3O4BA 3CA0A 1NZKA 4DENA 1Q03A 3V0AB 3SNMA 1FGAA 1ONAA 3FIEA 1ITBA 1AVUA 2DRZA 3FJFA 1O4ZA 2QN4A 2RQ9A 1BXHA 2FMDA 2AAIB 3SITA 2VU9A 1H9PA 3S8JA 1FYUA 3CQAA 3HSMA 4HJJA 4XE9A 4ASMB 1QU0A 3UK9A 1W6NA 2I2SA 4GP0A 1WUVA 4EJ5A 3UDAA 1HKDA 4XXAA 4YW3A 4FQ4A 5IK5A 4IY8A 1VLNA 4Y26A 1AF9A 1Q8VA 3I29B 1IKPA 2Q5TA 2ZQNA 1Q1UA 2EXHA 3VV1A 3B01A 4Q8LA 1VIWB 2R16A 3O3QA 1CESA 2CWSA 3AYEA 4QBCA 2ES3A 2JECA 3VKMA 4C1XA 1FX5A 3AZYA 4I4OA 5BQNA 2E4MC 3VEQA 4XJ8A 3SNVA 1JLXA 2WNEA 1G9AA 4JQ0A 4XBQA 3BRFA 2C5DA 4QKSA 3H0OA 5EG6C 3QJ0A 3IM7A 4II0A 3O0XA 1EPWA 1CPNA 3FJBA 2DTWA 4L8QA 3FJKA 4GXLA 5FNWA 2WBCA 1RMLA 4I30A 3SH4A 4XJUA 1XHBA 2CTVA 5D61A 4GWMA 4USPA 3WV6A 3QLQA 3R05A 3T1MA 4X37A 1C4RA 5T52A 1YIFA 2ZHMA 4XMAA 4GOYA 5H9QA 3DUIA 2L5XA 2ZA9A 4OWKA 3CA5A 2JDZA 3O4OA 1N1YA 1MVQA 2KM2A 2ZGOA 1II4A 5DZUA 2ZGPA 5GM0A 2MLLB 2P37A 3RRDA 4BMBA 1SBEA 3FFZA 5AVAA 2F2FA 4CJMA 2G7QA 1ULDA 3FJAA 4FPFA 5F8SA 1M2TB 1PZ9A 4OWLA 2GALA 4L4HA 1ZKXA 4XFTA 2NZ9A 2IMBA 1W6OB 2VLCA 1WBFA 1LGCA 4XTMA 2ISHA 3ZX7A 4D0TA 3VT0A 3QR5A 4NO4A 1BFFA 2V5YA 2Q3NB 3AYCA 3TB0A 2JE7A 1BARA 2JD4A 1R8NA 3CA6A 1VALA 4K20A 3AH2A 2DRYA 4P14A 3WOGA 5HCBA 1MD6A 3BA7A 5HPZA 41BIA 1GZWB 3L2YA 4LBJA 1YBIA 5F90A 2FFVA 5DUVA 4GALA 1G82A 21BIA 1JLYA 2HW9A 3RSJA 3AKFA 3FJEA 4AGGA 1DHKB 2ZR1B 5BXSA 3BOPA 4BOWA 5L73A 2PHTA 4FP2A 1UZYA 1S0CA 1QDCA 3WDTA 1WCSA 4QKRA 3WLUA 4Q8KA 4PBOA 2P34A 4Y1YA 3B3QE 3IM6A 4ISRA 1F5FA 1GGPB 1FWUA 3O44A 1AXYA 3V0AA 1ILR1 3CAHA 2W39A 5H9PA 4LO1C 5GLZA 1QF3A 4G9NA 3AK0A 5BQMB 3IPVB 2ZKNA 5T5JA 4KC3A 1ONKB 4X39A 2XB6C 1GZ9A 4XJZA 1CVNA 1MS1A 1KDMA 1JT7A 1S0DA 5BQUC 1PZZA 4I37A 3WCSA 2D7FA 5KXEA 3B9CA 1GLHA 2PHFA 1IRPA 1W6QB 1LODA 4XTPA 1BZWA 1LU2A 1HQLA 3I2AA 2A75A 3HN1A 2GO2A 1IOAA 4UW4A 1SLCA 1W6MB 1RY7A 3ZSLA 5JLVA 2PHUA 4ATEA 1DJSB 1FAYA 4YZ3A 2OW4A 5F5QA 3BA5A 1GYKA 5BXPA 4TZDA 1DQGA 5DVHA 1C57A 1MZ5A 2NP0A 2QN0A 2A97A 4WVVA 2WJSA 4UW6A 1WBLA 1ULEA 2ZGQA 3B00A 3ZURA 4Q1PA 5B2HA 2RHPA 4XOGA 3KQRA 2W2DA 3PJQA 4P0KA 5DZFA 3C9ZA 4CZSA 4FQZA 1LU1A 5FZUA 1GZCA 3AKHA 4Q2FA 4K21A 1W6PB 4R9AA 1XZZA 2DWRA 3NBDA 3W9TA 1RITA 5GZGA 5JVVA 1SFYA 3E8LC 1D2SA 1LHWA 2AQZA 1DYPA 2ZMNA 3QW7A 3QIZA 2GN7A 2DYCA 1Z2VA 3N7LA 2K4AB 1WD3A 1N4KA 3OGFA 5GLTA 4AVVA 3NWKA 3U4XA 3BA4A 3K1XA 5T54A 4I3NA 1DYKA 4F83A 4Z8BA 4AGVA 3ZUQA 2EAKA 2D6NA 1DQ2A 3NF3A 1BFGA 1XYFA 1PZ7A 4FPKA 2WSUA 3BAVA 3Q7XA 1KRIA 1IHKA 1LTEA 2Y9XE 4YM0A 1KITA 3WUCA 2D7IA 4XHBA 4KEIA 2DVBA 3MW2A 4FP3A 4QC4A 2ZBJA 1BLAA 2EXIA 1LHUA 4GAIA 3AFKA 4J23B 1H9WA 1IS5A 2CNAA 3ILNA 1CE7B 1W6OA 2D44A 3BAGA 1V6MA 3PUBA 4Q91A 4ZJXA 3AJ5A 3IM0A 2UWAA 1HWNB 1LECA 2OUJA 4ZLBB 2VW1A 3P6JA 2BEBA 3FUOA 3NV2A 1HLCA 5T5PA 1JTCA 3A07A 2R0HA 1HDKA 1G9BA 1GV9A 2UWCA 3VUOA 3ZSJA 4YLZA 1NXD1 2VSEA 1G9CA 4FPGA 3FJHA 3QYDA 2IMAA 4M3CF 1M16A 1GZWA 1MVEA 4YW1A 1KDKA 2DU0A 5CA6A 2BEAA 2GDFA 1TWMA 4HL0A 1QDOA 3ZSKA 3VKFC 1WBAA 2ARXA 4R9DA 1JQZA 4OEGA 1XQNA 1MS0A 3OJVA 4WBCA 3HMYA 4KS6A 4J2XA 1QQKA 4X38A 1YI7A 1E0OA 1YO8A 3ZSMA 2VXTI 3FJJA 3UL2A 3H6QA 3MALA 2D22A 1UN1A 2FGFA 1CR7A 4LO2A 5BQMA 3IPVA 4Q9GA 1S0EA 3PVEA 1Q8PA 3ASIA 1CQ9A 4M00A 4LBNA 5CNAA 1UX6A 4M01A 4ZOTA 3TC2A 3O0WA 2ZQOA 1TOOA 3ZXGA 2HYKA 4BMEA 3UJQA 2P3KA 2ET2A 4YOLA 4FPHA 1IS6A 3JU9A 3BRGC 1W6QA 1WD4A 1DQ0A 3PMEA 3CRHA 1BLDA 3P6IA 1ENQA 2AGSA 2DVGA 1TP0A 2ZMKA 1V6OA 5DUUA 1W6MA 4FGFA 1Q04A 3M3QA 5BXTA 1YXWA 3UD8A 1ISXA 2D1ZA 2Q9XA 1SZ6B 1IKQA 4C1WA 1IS4A 2VW2A 1AVXB 4YGCA 1LOFA 1AVBA 3USUB 1XG6A 1E1HA 1SR4A 4I4PA 3AZXA 1W3AA 2VXRA 2DUQA 3BIWE 1HCEA 4LO8B 4Q26A 1RZOB 2D6PA 4I96A 5D62A 5EWSA 4RA0A 4ZFUB 1PC8B 1PZ8A 3I8TA 4P0LA 4WV8A 5H9SA 1R1ZA 4M3CB 1A78A 2V73A 1LOCA 5EYYA 1WW4A 1FQ9A 1UPSA 4BM8A 3WINA 3D7WB 5JOZA 1QOSA 4H55A 2F2FC 1W6PA 2A6XA 1YYNA 2PHXA 1MS4A 1URXA 4IONA 3WO3A 2HWMA 1T9FA 3VKNA 2YY1A 5GJ6A 2AREA 2VH9A 1LESA 4EFQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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