1G9AA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 3)
Total Genus 395
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
395
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 395
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9aA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9aA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9aA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9aA01
3ENRA 1KJRA 1J1TA 4RA0A 2BEAA 2W39A 4YGDA 1W3FA 1WD3A 1J0SA 1AJKA 5E89A 1AFCA 2A6XA 4YZ5A 2D43A 5CNAA 3N7LA 3D5OA 3SH5A 3OBTA 2A71A 2JE9A 2M49A 4YM1A 2VXRA 1CJPA 1ULDA 4YW1A 3DGTA 4XZPA 4OWKA 2X2TA 3OPZA 1UN1A 3WCRA 3JUTA 2PHRA 5B2HA 3QW6A 2ZGSA 1UAIA 5EXOA 3LTQA 4I0YA 1NUNA 2KKIA 5E88A 3AKIA 3WINA 2ESUA 2A97A 1S0CA 1JN2P 1AVAC 1W6PB 3KQRA 2NTDA 2PHFA 5EYXA 1Z7HA 1BFCA 2CTVA 4UW4A 1S0LA 1LESA 9ILBA 2G7KA 2F2FC 3M1HA 4QO3A 1Q8SA 3BOPA 1LHNA 4I37A 2ZHMA 1VIWB 4FPHA 4G6MA 1QOSA 1ZM1A 4YG3A 3B9CA 2ENRA 3M3OA 4YW5A 4Y1ZA 3RSJA 3I2AA 3WO4A 3ZXDA 1AVBA 4KEJA 3BADA 4X38A 2NP0A 3T2TA 2AXMA 5BQUC 1SLLA 2HYKA 3I8TA 1Q03A 2D20A 4I4UA 3FUOA 1S0JA 4YGEA 1DHKB 3MEPA 1ENSA 2YV8A 1AXZA 2XHLA 1QDCA 3AJZA 2AENA 3FLRA 3O5SA 3FLTA 3BB2A 4M3CE 4QC4A 2NM1A 1IOAA 4LBLA 1D2SA 2DREA 1LOCA 2D44A 1TIEA 4YGBA 1V6WA 3C89A 41BIA 1Z78A 4XFUA 5JOXA 4R9DA 4GAIA 3OYWB 4JPZA 1I3HA 2NZ9A 3NBCA 1W6OA 2ISGA 3OJVA 3Q9OA 4ZFUB 1FNZA 3WVJA 4J2KA 1W3GA 2D6PA 1BARA 1BZWA 3O4DA 3FJ8A 4HL0A 3BA4A 1LEDA 2DS0A 3UJ0A 2LTNA 2L5XA 2V5YA 4XOGA 2VUAA 1LU1A 5BVPI 5HPZA 1HKDA 1DQ5A 1T3CA 1HLCA 3WNXA 3BWIA 2Z49A 1UX6A 2D6NA 4XTPA 3WZ1A 3C9ZA 1F82A 3CA0A 5T5LA 3HMYA 1QF3A 3SITA 3QIXA 4K21A 3AKGA 2DURA 4XJZA 3FJHA 1B09A 2ET2A 1H9PA 5BXSA 1W6MB 2ISEA 4G9NA 4XIKA 5DG2A 1WBFA 4LBQD 1JYCA 1NXD1 5FRAA 4EFQA 5BQUA 4Q27A 3H0OA 2LALA 3IM5A 2ZGQA 1W0PA 2OUJA 3OJ2A 2SLIA 3WHUA 3PHZA 3MALA 7I1BA 4Z8BA 2E4MC 1BQPA 4A7KA 2E7QA 3AFKA 4BOWA 5D62A 1IKQA 2WJSA 3F62B 4AWDA 3FUQA 3FJJA 1GGPB 3AXEA 3H6SE 2CYFA 3WDWA 3ZURA 4WV8A 1Q04A 2BFHA 5I1BA 3AYCA 5BOWA 2VSAA 2JD4A 5FZZA 4UW3A 2D6LX 1M2TB 4PBOA 4XBLA 1GKBA 3CA3A 2LIQA 2UUSA 2R16A 3WA1A 4ITCA 4GALA 4I6IA 2A70A 2JECA 4AYUA 1QXMA 4YGCA 3OGGA 3WMUA 3M2MA 2GMPA 2W2DA 3NV4A 1C57A 1DFQA 3FJ9A 1Q8QA 3MW4A 1GZWB 5F9TA 2KI6B 3HALA 4LO2C 2E53A 2BEBA 3K3QB 1V6IA 2ERFA 5EWSA 2CNAA 3I2XA 4GXLA 2Q9XA 1V6LA 5GZFA 1GANA 4Y20B 2K4AB 3A0KA 4ATEA 4YM2A 4ATFA 1ONAA 4NOTA 2GN3A 4ENDA 4P9WA 3SH4A 1TWEA 4DFSA 4K1ZA 2JDZA 5DXDA 3P6IA 2Z48A 2P2KA 4I4OA 1V6VA 3QR5A 1BFFA 1QU0A 3MPPG 4XILA 3HBWA 1LEMA 3QW7A 1S0FA 1ONKB 1CESA 1CQ9A 2GNBA 2WSVA 3RTJB 1R8OA 3GALA 4HANA 1C1FA 4C1WA 1Q8VA 3ZXJA 1S0DA 4LBMA 5G00A 1RZOB 4X3AA 4G1RA 4OEFA 1A8DA 3VV1A 1SR4C 3VKMA 2E4MA 4KC3A 2A6YA 1AF9A 1MVQA 1YI7A 4Y1XA 2DVBA 5GLVA 2P39A 3N7KA 1IRPA 3NV1A 3NF3A 3D4KA 1BFGA 4UW6A 5BXTA 3VT0A 4Z8SB 3PJQA 2CL2A 3ZX7A 1BFBA 3L2YA 2FFVA 4AVVA 3DEBA 3HSMA 4LBJA 1SFYA 3BAGA 2YXSA 2WQZC 3BA5A 1VALA 4D69A 5DVHA 2ZGUA 3JUUA 4IYBA 1QDOA 5IUQA 3N7MA 1ZL6A 2XOAA 1WLWA 1ZL5A 3ILFA 2ILPA 1ILR1 4HA2A 3BODA 3FJCA 2Y9FA 5T5JA 3WDTA 4LO2A 1MS0A 5DUUA 4I1EA 1EVTA 3O4CA 1MACA 3D6EA 2A8AA 3FJEA 3WG2A 1LENA 1DQ1A 4I3NA 2W08A 3AP9A 5DUYA 2AR6A 1AXMA 4XIOA 1UKGA 1IRAX 1GNZA 2VXTI 3ZXKA 3AZYA 5F90A 2YROA 3ZXLA 4JP0A 2ZACA 1V6MA 1IHKA 5BYNA 3UL2A 1ISVA 2R9KB 2ZGOA 5H9RA 2GNTA 31BIA 4KBBA 1IS4A 3QJ0A 1M16A 1JBCA 3PVOA 4Y24A 5D61A 2YMZA 1O4YA 2AFGA 1HCDA 1WBAA 3PVNA 3PVEA 4MYEA 1U0AA 2CWSA 4Q91A 3LSEA 4XJ8A 1DQ2A 2WT0A 1HKNA 4EKXB 2RHPA 3ZC9A 1I1EA 1G7YA 3AP7A 3IMNA 2JKBA 3VKNA 1O4ZA 1ISWA 4PCRA 1SR4A 1IILA 1QNYA 2DUOA 4Y26A 2R49A 1ABRB 4RL7A 3WUCA 1BYHA 4FPYA 4LO7B 1IS6A 2VH9A 4XMAA 4DPNA 1IT0A 3N7JA 3LLPA 1WLDA 4Q1RA 2D7IA 1S0IA 1JLYA 2H0BA 1XYFA 3F1RA 3I4IA 1W6QB 1MZ6A 3ILAA 5E8AA 3WG4A 1KITA 1BASA 5EHAA 4QKRA 1DIWA 3BOOA 1BA7A 3ZUQA 1PZZA 2G7NA 1ENRA 5BXPA 5JMCA 1DQ4A 5GLZA 2P3JA 2HW9A 1LECA 1LHWA 1RY7A 1OQLB 3WDXA 2ZKNA 4I7IA 3IM6A 2IWTB 1JT3A 2ZR1B 4EL4A 3O4BA 4BQ1A 3W58A 4D8HA 1H30A 1CPMA 3T8SA 4LO1C 3FIIA 1OQ1A 5FZUA 4FPKA 4JKQA 3UD9A 4I1BA 4OWJA 1X50A 1OFSA 2ZQOA 3DDAA 3ZSKA 2W52A 3O0WA 2R0HA 1MS4A 3O4AA 1G8WA 4OW4A 4D0ZA 1YIFA 3ASIA 2ZQNA 4I8MA 2ZGNA 4AGRA 3AH4A 1WW7A 3WV6A 1FX5A 1SBDA 1Q56A 3A4UA 4XJWA 3ZXEA 4ZKTB 5F5QA 5KXDA 4F34A 4FPOB 1T4QA 4R9BA 4YW3A 4BLJA 4LO8B 1MS3A 4ZFWB 4CJMA 3BAVA 4P9XA 4GAFA 4YOLA 1QQLA 3WCSA 5BQMA 4A7ZA 5DG1A 3VT1A 3FLPA 2ZAAA 4NO4A 4R9AA 1WD4A 1ULGA 4IZXA 4P0LA 1A3KA 5JDBA 2Y9XE 1DGLA 3BIWE 1G82A 1AXKA 1W6NA 2A3WA 2CWMA 4LBOA 3VKFC 1T3AA 3CA1A 2BQPA 3I29B 3TB0A 4G9MA 4XTMA 2QYIB 2AQZA 1APNA 5H9SA 2PHTA 4CZSA 4PF5A 3HOMA 1GZ9A 5F8YA 2YZ4A 4ZJXA 4GKYA 1YYNA 3V0BA 1R1ZA 1JW6A 5GZCA 3B01A 1XG6A 3NV2A 4UW5A 4JQ0A 4GA9A 3UDAA 3C8BA 1FAYA 3IKWA 1JHNA 4XXPA 4Y22A 1IS5A 1LGNA 2VW0A 4XJAA 4LO1A 3LCPA 2D6OX 5AVAA 4IZEA 1YBIA 3RRDA 4USOA 2W2DB 1LJ7A 1V6KA 5JLVA 2XB6C 4HJJA 3OY8A 3QW8A 1N1TA 2EAKA 5EYYA 3BAUA 1WW4A 2VU9A 1LODA 3VSFA 1WW6A 1NLSA 2AYHA 2E7TA 3BTAA 3WG1A 1HWOB 2AAIB 3AZXA 2FDBM 3ZPYA 2D3SA 2ETFA 3WOGA 2EXKA 4AVTA 1N3OA 2F2FA 2P3KA 3AKFA 3CRIA 4EJ5A 4YLZA 4FPLA 1YRZA 3QW5A 4DENA 1RMLA 1C1LA 1Q8OA 1L2HA 1YTOA 1CE7B 1GV9A 4PBPA 4OEGA 4DRRA 2FFUA 1XTFA 1DLLA 5F8SA 2ZMNA 4U36A 1QOOA 4Y1VA 3WHTA 2OW4A 2FPQA 3JU9A 3ZXFA 2KI4A 1AVXB 2VLCA 2E51A 1N3PA 2GMEA 4M3CB 3WLUA 4G6JA 1KDMA 1V6UA 4KTXA 3AYDA 4Z9WB 2HWAA 1G9BA 1W0OA 4GWNA 1DQ0A 4AN7B 3WO2A 2WKKA 2WNEA 4XYXA 4L8QA 3B3QE 3VWCA 4J2SA 1JUIA 1WW5A 4YFZA 3VSZA 2ZABA 3T1MA 1ITBA 1JT7A 1G9CA 2K43A 1F31A 2DRYA 2DVFA 1WBCA 4D0TA 1PC8B 3FBYA 3AZVA 3A21A 4XMIA 1ZKWA 2C5DA 4FOWA 2QN4A 2B7YA 2DVAA 3FIEA 5DZGA 4OWLA 2ZGKA 4W65A 1LOAA 5GALA 1V6NA 1AX1A 3POYA 1JT4A 2NVHA 1E0OA 3FGMA 3RTIB 8I1BA 1VAMA 3C8AA 2D23A 3LSDA 1WCSA 3USUA 1EV2A 5IK7A 1QQKA 1MS9A 2UWAA 4OZXA 2QN0A 3NBNA 5BXRA 3B69A 2GO2A 2AH2A 1V00A 3DS9A 1P63A 1FV2A 3MW2A 4AVSA 4BMBA 2YY1A 5BP5C 1IOBA 3AJ5A 1QKQA 4GP0A 3FJFA 1PZ9A 4GP3A 4FP2A 3IIRA 4ZLBB 1JXNA 5HCFA 5CAZA 2ZGLA 5JVVA 1N4KA 4EB2B 2ERMA 4GWMA 1S0GA 3PMEA 4I4VA 1JTCA 4AGVA 1HWMB 3IPVB 1FMMS 2YUGA 4Q8KA 4GOYA 4YW4A 4I2SA 3M3CA 2PHUA 4FQ4A 3FJIA 5KXEA 1JOJA 1T9FA 4P9YA 1CVNA 4I4PA 1HIBA 5JOYA 3Q7WA 3CQAA 1IS3A 2HWMA 4J23B 2AREA 4QD2B 2G4IA 4I30A 1VAVA 3ZSMA 2A5ZA 2SBAA 5T50A 1FGAA 1RG8A 2WSUA 5EG6C 5DUWA 3O12A 3SISA 1JY0A 1SZ6B 1ISZA 3SLIA 4XFSA 2D24A 4ZBVB 3AP4A 1FMZA 1URXA 4ZA3B 5IK8A 5HCAA 3DSEA 1BLAA 4WZFA 3ZVXA 3ZXGA 1UZYA 3CAHA 1KNMA 1N47A 2GMMA 1N1YA 4IQPA 1CPNA 3A07A 3ZUSA 2LIEA 3PUBA 4FPEA 3AH1A 5T55A 2NMNA 5CB7A 1GZWA 4WBCA 3VEQA 1W3AA 1ULFA 2P37A 1G9FA 1AZDA 3SNVA 3HR9A 2GDFA 1EPWA 2K8RA 1PUUB 5BP5A 4FVVA 4DRVA 4IY8A 2VSEA 1S0EA 3INAA 4Y20A 4I96A 3OJBA 3RMYA 4PC4A 1MD6A 3WINC 4EFRA 2IHOA 1SBEA 4K1YA 1XHBA 2R0FA 1SLBA 3BRFA 4I4SA 5BQMB 1ZB7A 3CA5A 1LHOA 4XHBA 2A6VA 4EEEB 2W68A 1MZ5A 2ZA9A 4XE9A 2A6ZA 4JC1A 2ZHKA 2FMDA 1PUMB 1LCLA 1MS5A 1TP0A 5KXBA 1KQRA 1WUVA 4ZXKA 3HN1A 2XHLB 3POWA 1G86A 3N0KA 3FJDA 3BAQA 4FPGA 5IT6A 3D7WB 1LTEA 3O0VA 4LO3C 1SLTA 4GKXA 3DUIA 5L73A 3ATGA 3AH2A 4LO7C 2WRYA 3NBEA 5DSSB 4R9CA 1MS8A 2UWCA 4ZGRB 4BM8A 3O44A 2GNMA 1DQGA 4J2XA 3BX1C 5JOZA 3NBDA 4JAWA 2KH2A 2ISHA 1MR5A 2D6MA 1W6OB 4LBQA 1QNWA 2R1BA 3K1XA 4SLIA 3UK9A 1MC9A 4C1XA 5HCBA 1GSLA 1S0BA 1F5FA 2JJ6A 1HWNB 3BA7A 4FPJA 2IMCA 2D3RA 1WBLA 2P3IA 4USPA 3H6RA 3OY8B 4IONA 2KM2A 3TAYA 1SLCA 1SACA 1BJQA 2ZGMA 5JOWA 3WMVA 5SV8A 4DQAA 1JYIA 1V6OA 1OKQA 3O3QA 4ZOTA 5F8WA 2D22A 1BKZA 4P14A 2ZGPA 1WLCA 3V0AA 4FOVA 5DUVA 1HCEA 1GNHA 2NYYA 4GOVA 3IM7A 3NV3A 4LBNA 1DZCA 1LOGA 3CRHA 3O4OA 2G7QA 5GZDA 1JQZA 1PZ8A 3VT2A 1ULCA 3NWKA 5GLTA 4HR6C 1TTUA 1BLDA 1DFCA 2IMBA 1FNYA 3M3QA 1IJTA 1FWUA 2PELA 4L4IA 1ZKXA 1CN1A 2I2SA 2JE7A 3C2UA 5DUXA 1RIRA 3GNEA 3C88A 2RG9B 4LO3A 4YM3A 1TOOA 2AGSA 3UJ4A 2D7RA 3Q7XA 5GAQA 2I1BA 4X37A 1LOFC 3M3EA 1FQ9A 3W59A 4XJ9A 1C4RA 1LHUA 1SCSA 2G7PA 1RITA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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