1G9BA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 1)
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9bA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9bA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9bA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9bA01
4P0LA 3N7JA 1ZA4A 3P6JA 1OQ1A 4C1WA 1A8DA 3POYA 1LODA 5T52A 3CA6A 2BEBA 1WD3A 3AFKA 3WO3A 3D7WB 4I1EA 4YW1A 5T5JA 4YZ5A 4EL4A 1EV2A 3W9TA 2IMBA 2DTWA 2AENA 3IM5A 5GZFA 1QDOA 3H0OA 5DZFA 2LIQA 4D8HA 5GLVA 3NV1A 5F8SA 1G9DA 1MR5A 2A6XA 3BRDA 1ISYA 1BFBA 2NTDA 5IT6A 2LTNA 3BAOA 1F31A 1MZ6A 1IRPA 2SLIA 1JQZA 4XBNA 2JE9A 5F9TA 3M3QA 1BASA 4Q1PA 1G9FA 3AH4A 2DVGA 2DUPA 2A6VA 1S0GA 2AAIB 2ZKNA 4AWDA 4R6UB 3SITA 3N36A 2UUSA 3O5SA 5IK8A 1UZZA 3WINA 5E8AA 5GLUA 3L2YA 3P53A 5DVHA 1Q8QA 5DG1A 4L4HA 2XOAA 3CA3A 3C8BA 1JY0A 2GMEA 4K1ZA 2DU1A 3FJ8A 1Y7BA 1TP0A 4BPZA 1W3GA 5JDBA 4I2SA 2ETFA 4CZSA 3ATGA 2VW2A 3O4CA 2XB6C 1RINA 3Q7YA 3WO2A 1SCSA 1QQKA 1H9WA 2QN0A 3E8LC 2A3YA 4AGRA 4DS0A 3QJ0A 3IM0A 4D69A 1MS0A 3QR5A 1LGCA 4IQPA 3DS9A 2D3RA 5E89A 1C1LA 2ZGMA 3RQ0A 2Z42A 3LCPA 4JP0A 2V5YA 2A6WA 2M49A 2DRZA 4Q9GA 3AYDA 4Y26A 2NP0A 3OGGA 2Q3NB 4I8MA 5SV8A 2WSVA 5HCFA 1AVUA 5EXOA 3IIRA 5H9RA 4LO8B 2VY0A 1MS9A 1MS5A 4USOA 1MS1A 1YI7A 3BA5A 1UKGA 4QC4A 4KS6A 2DS0A 3WDYA 3IM6A 5GJ6A 2ISEA 3BODA 4I37A 4I4SA 4YG0A 4TZDA 4XJ8A 1HWNB 5BOWA 3UD7A 3PVEA 2ARXA 3SH5A 4HANA 1CIWA 2ZGUA 2MIBA 2OW4A 4KEIA 4FPOB 1XTGA 4QD2B 1LOAA 3OJVA 2OUHA 2PHXA 3T8SA 1VIWB 2XG3A 2A3XA 4KEJA 3OJBA 4FPCA 3S8JA 2K8RA 4XFSA 4R9BA 1RG8A 4I1BA 3IPVB 1ITBA 4I4UA 4Y20B 4DQAA 3CNAA 3WOGA 3TB0A 2D6NA 1WW4A 3OJ2A 1V6IA 4LO2A 2WJSA 5IK4A 1WBCA 4K1YA 1HCEA 4YFZA 1LCLA 3AZXA 1V6WA 4PBOA 2YXSA 2ZGOA 1FMZA 2E6VA 3D3XA 4G1RA 3FJDA 2E51A 4RL7A 5GLZA 4JRAA 2D6LX 2F2FC 4Y1XA 4Q1RA 4YZ2A 3QYDA 3JRRA 2J3PA 4JPZA 3BAGA 2ZR1B 1IILA 3IN9A 4XXPA 4LBLA 2JECA 3ZYPA 1J0SA 4XKIA 3IPVA 2AFGA 2Z48A 2BQPA 3V0BB 4QBVA 5FZYA 4Y1YA 1WBFA 5FRAA 2ZAAA 2KI4A 1N1SA 2KM2A 1BFCA 3FIEA 3VUOA 1EYLA 3VT2A 1S0JA 3ZYRA 2A6ZA 3OPZA 4NOTA 5EYYA 4QKRA 4PF5A 1KNMA 3ZXKA 4AN7B 3TAYA 2PHUA 3CRHA 4FOQA 2EF6A 2QN4A 4P0KA 3A23A 1SLBA 5H9SA 2YY1A 5T54A 1JYIA 2UWCA 1DJSB 3V64A 3FJBA 5FNXA 4AGGA 2FMDA 1SBDA 3Q7XA 3V0BA 2ISGA 1P63A 3H6QA 5FZUA 2YMZA 3ZC9A 1MVEA 4LO7C 4HA2A 1DYPA 2I1BA 1DQ5A 3B69A 5GLWA 1ULDA 3B01A 2G4IA 4H9WA 2OVUA 1ZB7A 1MACA 4HL0A 5DUVA 1RITA 1AX1A 1SLTA 9ILBA 4J2KA 1VLNA 4FQ4A 3NF3A 5BQMA 4DRRA 3HOMA 2Y9GA 1XZZA 2Y9FA 1IS5A 5EWSA 3B9CA 4A7YA 4G9NA 1CQ9A 2VUAA 3BB2A 4YGBA 1QXMA 4CTEA 1TEIA 1LHNA 5F5QA 2JD4A 3LSDA 3WDXA 2B7YA 2ZZJA 4I4PA 3CU1B 2R1DA 1W6QB 2ISHA 3AJ5A 4R9CA 3WDTA 2OUJA 4UW4A 4GKYA 3QIXA 3ZSLA 1QOTA 4XIKA 1PUUB 4DCKC 1BKZA 1JTCA 5CB7A 1VCLA 5H9PA 1DIWA 4DFSA 3M3OA 3DDBA 1BQPA 3DEBA 2H0BA 4YOLA 1SR4C 2WT2A 3AK0A 3AJYA 1LGBA 2Y9WC 3WVJA 3FJKA 2MC2A 1CONA 4YM2A 1Q1UA 4X39A 5I1BA 1W6PA 4P14A 2W52A 3MW3A 1V6KA 3QW7A 1C1FA 3NWKA 1A78A 4XJWA 3ZSJA 2ET2A 2P3KA 3SLIA 2R49A 1QKQA 5KXCA 4X37A 1CN1A 1SZ6B 3O12A 2ZACA 1IJTA 1D2SA 5FNWA 1LU2A 3VEQA 1G9AA 3PUBA 4JCKA 1AXMA 3I29B 2C9AA 5HCAA 5FREA 3RTJB 2P2KA 3C9ZA 4KC3A 4XTMA 3W59A 1UN1A 3CA4A 2W2DB 3ENRA 3JUUA 3N7MA 1S0EA 4I4VA 2HWMA 3O4OA 2UWAA 4UW5A 4ZFYB 2WBCA 4QALA 5BYNA 3O0VA 7I1BA 3LSEA 1T9FA 2E53A 1WCSA 21BIA 1HQLA 1BJQA 2VSAA 2ZMKA 3OYWB 1WBAA 5JOYA 4HJJA 1PWAA 3BAHA 2PHRA 3ZVXA 1FV3A 2P37A 2ERFA 3POSA 2E4MC 1OFSA 2CYFA 3VT0A 4D0TA 1JT7A 1UAIA 2D23A 1DLLA 3ZXLA 2FFUA 5BVPI 3BX1C 3R05A 4BM8A 3UJOA 2DURA 3FJ9A 2ZGNA 4Q26A 3USUA 1YVGA 1JN2P 1HCDA 4EFRA 2ENRA 1DQ4A 2RSTA 3UD8A 4I6IA 1FWUA 3OYWA 1DFCA 4FPHA 1KITA 1JT5A 1AXYA 3W58A 1YO8A 2CTVA 1NZKA 4UW6A 2AGSA 4P9WA 1AJOA 4Y1UA 1K5VA 1QNWA 4XHBA 3ILAA 5LK5A 1BLDA 3WNXA 4KUFA 2D43A 4P9XA 2FFVA 4I4RA 3ZC8A 2ZGQA 3ZURA 3N7KA 3UJQA 1AXZA 5DXDA 4J23B 3K1XA 1JYCA 2PHWA 1S1AA 2PELA 4XILA 4KEKA 1Q8PA 3V65A 2FGFA 2AR6A 3AZWA 1BLAA 1NUNA 5GZDA 3UJ0A 1F5FA 1IKPA 3HSMA 3ILFA 3OY8B 2ZGSA 3UK9A 5F8WA 5KXDA 4GOYA 2E7TA 4GP3A 5BP5A 3RMYA 3B00A 3CQAA 2ZQOA 3C88A 2ZHNA 3BOKA 3INAA 4RA0A 1FYUA 3RMXA 3WG2A 3ZX7A 1IOBA 3JUTA 1BXHA 2D3PA 4Q9PA 5DSSB 1AVBA 2AREA 4OEEA 1AZDA 5EHAA 3BA4A 1Z78A 2R0HA 2WLQA 3FLPA 2LALA 3VSZA 1W3FA 1WD4A 3OY8A 3BWIA 2Y9XE 4LO0A 1ULCA 2UWBA 3WDVA 3ZXDA 1L2HA 2AYHA 1IKQA 2NVHA 1SLCA 1Z2VA 4YW5A 5AVAA 3WINC 2P3IA 1VAMA 1AVXB 1Q04A 1CVSA 4ZKTB 2QYIB 4I4XA 1XQNA 3OBTA 1ISXA 3O44A 1HWOB 3PVNA 4XDQA 1FGAA 2IMAA 3NBNA 3HR9A 1Z7HA 4GXLA 2DREA 2ZMNA 1ENSA 2GN7A 1R1ZA 1W6OB 4I7IA 2D6PA 3A22A 4YG6A 4KBBA 2WT0A 4Y1ZA 5DG2A 3WG4A 1SACA 1CPMA 1YXWA 4XTPA 3BAUA 2ZHLA 2YV8A 4YGDA 3IM7A 4YM3A 3CRGA 1W0PA 2NM1A 1G82A 2WSUA 3H6RB 5DUWA 4PBPA 1LHOA 3C8AA 3WDUA 2KLLA 4A7ZA 3QIYA 3QW5A 3SISA 1HKNA 4IY8A 4XMAA 4WVWA 3BOPA 4H55A 5GALA 3SH3A 4LBNA 1FWVA 1I1EA 2W08A 3AZVA 5T50A 2ZABA 3BOOA 1IOAA 4M3CE 2Q9XA 3JU9A 2D7IA 1W0OA 2K43A 3CRIA 2AUYA 4ATEA 4IHZA 1GNHA 1S0DA 2ZMLA 2X2SA 4EJ5A 1LTEA 5T5PA 4WBCA 4XFTA 4ELCA 1PZ7A 3WHTA 2GZBA 1X50A 3KM5A 1GLHA 4J1LA 3H6RA 1N1VA 3RS6A 1JLXA 2D7RA 2R1BA 1PZ8A 5GZCA 2GDFA 3O4BA 2EXIA 3PG0A 4R9AA 1GNZA 3DDAA 2RG9B 3LTQA 1PUMB 1SCRA 4W65A 1M2TB 4WZFA 1UMZA 1BARA 4XBQA 3CA1A 3AP4A 3A4UA 4YZ1A 1MS8A 2ZA9A 3WZ1A 1I3HA 4C1XA 4QKSA 4FPYA 1XHBA 4WVVA 4YM1A 2YZ4A 5DZUA 5D62A 4LO7B 3FUQA 3AKIA 3EF2A 4GOVA 2BEAA 3BADA 8I1BA 3ASIA 4XMIA 1AF9A 3WMVA 1XG6A 1BFGA 3NJ5A 3A0KA 4Y20A 2R16A 5BXSA 1JT3A 1LOFA 3M1HA 4LO2C 4J2XA 1IS3A 1QMJA 1H9PA 4OWLA 3MPPG 4LO3A 2NZ9A 2JKBA 2CWMA 1B09A 1DGLA 1HWPB 4I96A 2HW9A 1MS3A 4ASMB 4ZA3B 3VT1A 2ZHMA 4QD2C 2Q5TA 5T5OA 5D61A 4LO1A 3BIWE 4FQZA 1ENQA 5F90A 2EXKA 5L73A 1TIEA 1V6JA 1JOJA 3WCSA 3FFZA 1A3KA 2RQ9A 1JW6A 4ZXKA 1LOFC 1CE7B 2D6KA 3PHZA 2DWRA 3BRFA 1YBIA 2D20A 1W3AA 1ZKWA 3ILNA 1DZCA 4WV8A 2DUQA 3MEPA 1W6NB 4EFQA 2CL2A 1ISZA 1RY7A 1LOEA 3B3QE 4LBQB 1AX0A 1LOGA 1EVTA 4QBCA 1GZWB 4BMBA 1F9KA 3VSFA 1LHUA 3POWA 3WG1A 2DYCA 5BXPA 4CRQA 3N7LA 1FNZA 2JDZA 3WLUA 1ZN3A 2PHTA 1ABRB 1LEMA 3SH4A 3ILRA 3AZYA 2EALA 2EXJA 1SLAA 1ULGA 3I8TA 4LBJA 3ZUQA 3N3HA 4FPLA 4ISRA 4Z8SB 4XJZA 1ULEA 2C5DA 3VV1A 3ZPYA 3NV4A 4BOWA 4YW3A 5DUXA 1O4ZA 3O4DA 2VLCA 3I2AA 3D4KA 3O3QA 2FO1A 4YZ4A 3GALA 1QGLA 3AXDA 2AXMA 3SNMA 4I4QA 5DZEA 4ATFA 2A7AA 4ZBVB 4Q27A 1ENRA 4L4IA 1N47A 2KKIA 1TWMA 3MALA 1DHKB 1GZ9A 1ONAA 4BLIA 2FHRA 1GANA 2ZBJA 1W6QA 3NBCA 3AKGA 2UURA 4Q91A 4GAIA 3QW6A 1TWEA 4II0A 2WNEA 2RHPA 3WG3A 3AYEA 2P34A 4GALA 1FQ9A 1RMLA 3QIZA 1PC8B 2G7KA 1G7YA 1Z0HA 4L8QA 1V6NA 5HCBA 2EIGA 1ZL5A 5CAZA 4DENA 2GMPA 1GZCA 1YRZA 1AXKA 3WUCA 1QQLA 1K5UA 4BMEA 4Q8LA 1GBGA 1FMMS 1XTFA 4PQ9A 1IS4A 4ZFWB 2ZGRA 4EEEB 3AX4A 2YUGA 1CJPA 5BXTA 1IHKA 2DV9A 3NBDA 1QOOA 1FN0A 2CY6A 4DEPA 2WRYA 2IMCA 5CNAA 1UX6A 4JKQA 4JQ0A 3AH1A 1Q8SA 1FNYA 1G9CA 3R4UA 2HZ9A 4XJUA 1MD6A 3FJEA 5H9QA 3I4IA 4Z9WB 1O4YA 3VKLA 4R9DA 4XXAA 3NBEA 2GNBA 2L5XA 2ILPA 3GNEA 3ZXJA 4OUJA 1HKDA 2W2DA 3Q7WA 1EPWA 5EYXA 2HYKA 2G7PA 2VU9A 1WW6A 1BA7A 3WO4A 2GNDA 2W68A 4HEVA 3FLRA 4A7KA 5GLTA 3V0AB 2JJ6A 3AH2A 4K21A 2FPQA 4PC4A 4TLPA 4I30A 1DQ2A 1V6XA 5JOWA 1YTOA 4XOGA 5CBLA 1UZYA 3A07A 4IY9A 2E7QA 2G7NA 1KJRA 1LEDA 1LOBA 2DRYA 3HBWA 3S8KA 4GP0A 1JHNA 3IKWA 5BQUA 1S0FA 3V0AA 4XYXA 4IZEA 3A0NA 4ITCA 1T3AA 2A3WA 3CAHA 4YZ3A 3M3CA 5KXEA 1C4RA 4Y1VA 5CA6A 4YGCA 3RTIB 4FP3A 4FOYA 31BIA 2MLLB 3Q9OA 3HMYA 1AJKA 4FOVA 4XZPA 1N3QA 2A8AA 1J1TA 2GN3A 2D44A 3IAGC 2A70A 1YYNA 4YM0A 1ZL6A 4G9MA 1VALA 1N4KA 1V00A 2PHFA 2IHOA 3LLPA 3ZUSA 2R0FA 5DZGA 5BQUC 6I1BA 1WLWA 1GV9A 1AVWB 3T2TA 1V6OA 3MW4A 3KQRA 1ZKXA 2Z49A 3FJIA 2ERMA 4XJAA 4EFPA 1FX5A 1MZ5A 2ZGKA 1N1TA 4AN6A 2WKKA 3NV2A 3UD9A 3NV3A 4AGVA 5GZGA 1I1BA 5FZZA 4ZOTA 1HWMB 1F82A 3DUIA 5BP5C 3VKNA 1KDKA 1LJ7A 4MYEA 1M16A 1ONKB 2A97A 4SLIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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