1G9BA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 1)
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9bA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9bA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9bA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9bA01
1CPMA 1YIFA 3PG0A 1XZZA 3ZPYA 3FGMA 1LOGA 4XBQA 1NLSA 4FP2A 4JP0A 2DTYA 1HCDA 2DS0A 2EXKA 4GALA 3NJ5A 5D61A 4DRVA 5BQMB 2IMBA 2Q3NB 3ZX7A 5BXTA 3S8KA 3O5SA 3BADA 4Y1UA 3VKMA 3OYWA 4NO4A 3AJZA 2ETFA 4XE9A 1DQ0A 4BLIA 2YZ4A 3D5OA 4EL4A 5CBLA 1NXD1 1AJKA 1DFQA 1XTFA 3T2TA 2Z48A 3PVOA 1NUNA 3O0VA 4IY9A 3POYA 4LBJA 1W6NB 1N1TA 3PVNA 4XIOA 4YW3A 4JC1A 4ELCA 2ZQNA 3Q7XA 2ZBJA 2KLLA 4D69A 1AVUA 1W6MA 4TYSA 5T5JA 3B9UA 1MC9A 3ZSJA 5T52A 1T4QA 2ARXA 3O12A 4EB2B 5B2HA 2YY1A 5CAZA 4X38A 1ISYA 3M1HA 3P6IA 2AAIB 4JKQA 5DUYA 1CQ9A 4Y22B 4ATEA 2JD4A 3WDXA 4L8QA 3ZXDA 1T3AA 3HN1A 1DQGA 3QJ0A 2MLLB 4XJZA 1CJPA 1UZYA 4LO1A 2JJ6A 2WSUA 1UL9A 2E4MC 31BIA 3C88A 3MW3A 2FFVA 3OPZA 1W6PA 2CTVA 3SH4A 1LGBA 4BMBA 1CVSA 1GZCA 3AYCA 3BOPA 5BYNA 1CPNA 3POWA 1JYCA 3FJEA 3OJVA 2NP0A 2F2FC 2F8XC 3BA5A 2DU1A 1EVTA 1DBNA 3LSDA 2MIBA 4Y26A 2QN0A 3IPVA 4I6IA 3V0BB 2M49A 4BPZA 3VWCA 3HR9A 2V73A 3U4XA 3N3HA 3HALA 1UKGA 3F62B 5GZEA 2EF6A 3ZXGA 3C8AA 3AZYA 3AZZA 5JOZA 4RL7A 4YM1A 1QOOA 3QW7A 1LU2A 3W58A 3LSEA 4K1ZA 2NN8A 1IT0A 5GLTA 4JKXB 3VEQA 2ZGUA 4Y20A 5EWSA 1HQLA 4DQAA 1IJTA 4XOGA 4D8HA 1SCSA 5HCAA 4LO3C 4DEPA 1DYPA 3AH1A 1ZL5A 3NV1A 1VAMA 3OYWB 4FPYA 3AK0A 2K43A 2JECA 3SISA 4XTPA 1W3GA 5F8WA 3AXEA 3H6SE 3AFKA 3O4CA 1JOJA 3SNMA 1Q1UA 1IS6A 4PCRA 4IZXA 3KMVA 1J0SA 3WO4A 5FREA 1VLNA 1VIWB 8I1BA 3M2MA 3BIWE 3SITA 1HIBA 1V6MA 3BA4A 1X50A 2DVBA 3AZXA 3WDUA 1SLBA 1T9FA 1W6MB 2GNBA 2GMMA 2SLIA 3RMYA 1FNZA 2ZGQA 2HYKA 4M3CF 1Q8PA 1UZZA 4AVTA 2D6LX 2ZGMA 1B09A 1HCEA 3FJFA 1BFBA 2D3RA 3WO2A 2ISEA 1A3KA 1HQWA 1LOCA 3FLTA 2EAKA 4KC3A 2DVDA 2ZHMA 3UD8A 1E1HA 1DQ1A 3M3EA 1LEMA 1UAIA 3AH2A 3ZXKA 2G7PA 3PUBA 4GP3A 1SLTA 2ZAAA 4OEGA 4XJAA 2IWTB 1BA7A 4OW4A 4XYXA 1W6PB 4P6AA 1AXZA 1IOBA 2ZGPA 2R9KB 1MS4A 4IYBA 4I4PA 5EHAA 5E8AA 5FNWA 3B9CA 1QGLA 1DZCA 4QALA 2NZ9A 3FIIA 3FLRA 3WDWA 1ISWA 3IPVB 4J2SA 4HANA 1GGPB 3BRFA 3AP9A 5KXBA 2LIQA 2PHUA 4OEFA 2RHPA 1WBAA 4GOYA 5BQUA 2DVAA 4GOVA 1GANA 4QKSA 1LECA 3SLIA 2KH2A 2A3WA 1YF8B 1APNA 2E6VA 5BOWA 3POKA 4IHZA 4OWJA 1YI7A 4KEJA 4YZ1A 3VT0A 1N3PA 1Q8SA 1BLDA 1N1SA 1RZOB 4I4VA 1IRAX 3A22A 3I2AA 1SBEA 4Y20B 4OUJA 1ZA4A 3WHUA 3BOOA 1I1EA 1U0AA 3AKFA 3UJ4A 3TB0A 4GP0A 3L2YA 5DG1A 1PUUB 2WRYA 1PUMB 5IK5A 3T1LA 5BP5A 4DRRA 2PHRA 5KXEA 3PMEA 5IUQA 1N47A 1MVQA 1LHWA 5GJ6A 3BWIA 3BONA 2P3KA 2AYHA 2ZMLA 4JPZA 1N1VA 4XHXA 4DCKC 3VT1A 2WNEA 3GNEA 3DGTA 2A6YA 4EKXB 4I4UA 1CESA 1UN1A 2DU0A 2GO2A 3WA1A 3WINC 1MZ6A 3H0OA 3N7JA 2Y9FA 5GLUA 4FOYA 3DDAA 1SCRA 2ENRA 2D3SA 1WW4A 4R9DA 4K20A 4J1LA 3CA5A 2ERMA 3HOMA 3FJ8A 3O4BA 5I1BA 3RG0A 3AYDA 1J1TA 1G9DA 3BAVA 3O5WB 3HMYA 4LBQA 3B69A 5BQMA 4LBMA 1SR4A 3ZSMA 3R4UA 4XJ8A 2YROA 1H9PA 1DFCA 3CA6A 2GDFA 3VUOA 2WKKA 2ZGTA 3H6QA 3NWKA 1V6VA 2WLQA 3IN9A 5BXPA 1AF9A 4J2KA 1GZWB 4XXPA 1S0LA 3NV2A 1KQRA 4JAWA 3ZUQA 4A7YA 2CWSA 2AUYA 1XHBA 4F83A 1KJLA 1S0CA 5EYXA 1LENA 5GM0A 4Y24A 4SLIA 1UX6A 1LOAA 3JUUA 4OEEA 4GAIA 3ZURA 3HSMA 2FGFA 4LO0C 3RS6A 4OWKA 1Q04A 1LESA 3A0NA 1JLYA 3WMUA 2XG3A 3MALA 1LTEA 2Z49A 2CNAA 2NMNA 3ZVXA 2UU8A 4PBOA 5JVVA 3VKFC 5T54A 3T1MA 4Q1PA 4XFUA 4I0YA 3O4OA 3DUIA 2A71A 4H04A 4Y22A 1Z0HA 2NM1A 4JRAA 2VU9A 4BM8A 3N36A 3TC2A 3QIZA 4P9WA 4ZOTA 5DSSB 3ILAA 2W39A 4XMAA 2HZ9A 2L5XA 4YGCA 1AFCA 3CA1A 2VSEA 2W2DA 1WD4A 4OZXA 5E24E 1D2SA 4II0A 4BMEA 2E7TA 3RQ0A 1OKQA 2QYIB 1FX5A 4D0TA 2CYFA 3BRDA 4WV8A 3NBNA 2D22A 3NV3A 2Y9WC 4Y1XA 5GALA 1AXKA 4IZEA 5T5OA 3N7KA 2H0BA 3V0BA 2ZHLA 1JY0A 2B7YA 2VW1A 4DPNA 4FQ4A 1E0OA 4M01A 1RITA 2GN7A 3W59A 1JT3A 3P53A 5AVAA 4JCKA 1EYLA 1FWUA 1V6KA 3RTIB 1VALA 2GNTA 3ZXFA 3V65A 1LOBA 1G7YA 2ZGSA 2UWAA 5IT6A 1JHNA 1MD6A 3RMXA 3VKOA 3BODA 3VT2A 4AVVA 1AXYA 4LBQB 2AGSA 4LO7B 4FPLA 1ZKWA 1V6XA 3IKWA 2ISHA 4XKIA 2DRZA 4FVVA 3WG4A 1XTGA 1W3AA 4AGRA 4FPKA 2I1BA 4YZ4A 1UPSA 3BAGA 3AYEA 1R8NA 4R9CA 4DFSA 2LALA 2A6VA 2DUQA 3A07A 2EXIA 3ZXLA 5E89A 3UK9A 3O49A 2P3IA 2D44A 4TZDA 41BIA 4IY8A 2RG9B 4JQ0A 4I3NA 1IS3A 2NVHA 4ZGRB 4I4SA 5HPZA 1Y7BA 3VSFA 4KS6A 4EFQA 3FLPA 4YGDA 1K5VA 2TEPA 4C1WA 1R8OA 4XJWA 3I29B 1JT5A 3ASIA 3WVJA 3I4IA 1MACA 3DS9A 4EJ5A 3V0AA 1LCLA 2AXMA 1C1FA 4YW5A 4OWLA 3ZSKA 3WHTA 1KDMA 2W2DB 2WT0A 3BAOA 2K8RA 1IKQA 3AXDA 1K5UA 1DZDA 1TWEA 1FV2A 4KEIA 2PHFA 3QR5A 4X37A 3AP7A 4LO2A 1S1AA 4XIKA 2YMZA 4Q8LA 1DGLA 3WUCA 1TFMB 3CA3A 4W65A 1H9WA 1LOFC 5DZFA 5GZGA 2DV9A 4YG0A 1DQ6A 1Q56A 2E4MA 1QMJA 2Y9XE 1QOTA 5HCFA 2MC2A 3O3QA 1AVAC 1AX1A 2C9AA 1BXHA 3ZUSA 3PJQA 5JOXA 3AJYA 3BTAA 1D0HA 3DDBA 1ZL6A 1V6IA 1FATA 2DVGA 4FPHA 3FJJA 3QIYA 2D6MA 3C2UA 4Q26A 2WQZC 1IS4A 2VLCA 1UMZA 3FBYA 1SLIA 4FP3A 2A8AA 1CR7A 1PZZA 1BFGA 3LLPA 2ZACA 3FUQA 1GICA 1WBCA 1MS5A 3FJ9A 1WW5A 4AGVA 3CRIA 2D24A 4ZKTB 1G9BA 2AFGA 1L2HA 4Y1YA 1S0EA 1ISZA 4FOWA 3NV4A 5T55A 3WDTA 1C4RA 4ASMB 1ILR1 4QD2C 2ES3A 1QQLA 2DTWA 4G1RA 1AVWB 4IONA 1AX0A 3RTJB 1IRPA 3WLUA 1IS5A 4KEKA 2W08A 3ENRA 1MS9A 2VH9A 3HBWA 1JN2P 2WT1A 4YM2A 2XHLA 1FN0A 1TOOA 3V0AB 4EFPA 2KI4A 2V5YA 4I7IA 1AVBA 2JDZA 4NOTA 1QQKA 1XYFA 5BQNA 1RIRA 2PELA 2VW0A 1MS3A 4LBLA 4I37A 3O4AA 4Q9PA 1XQNA 4Q9GA 1QF3A 1GZWA 4XMIA 1LJ7A 3NBEA 2BEBA 3D4KA 3O44A 2R1DA 4HL0A 3BRGC 1OQ1A 3BOKA 4PC4A 4YGEA 1RINA 1WLWA 4WVWA 3SNVA 1FYUA 2D6PA 2WT2A 2OW4A 5DZEA 1HWMB 3MPPG 1IHKA 1ONKB 2FPQA 2ERFA 3UL2A 1F31A 1ZN3A 2VSAA 3OJ2A 2NYYA 2ET2A 2A3XA 3WG3A 4QBCA 5DZUA 4DS0A 1ITBA 3K1XA 2D23A 2YUGA 3D3XA 5GZDA 5D62A 4YZ3A 1FQ9A 2ARBA 1ULCA 2ZQOA 1JT4A 1DLLA 2A75A 1DIWA 1HKNA 4QC4A 1XG6A 5GZCA 3N7LA 3AP5A 5GLZA 5IK4A 3B01A 2CY6A 5CB7A 3QW6A 1LULA 1SBDA 1G9AA 2UWCA 1N4KA 3T8SA 3B00A 4XBLA 1DHKB 4M3CA 1WUVA 2UUSA 1AXMA 4BOWA 1G82A 4PF5A 1EPWA 2SBAA 2R0HA 1ONAA 2D7FA 2ZMKA 3UJQA 1ENSA 4FQZA 2LIEA 4CRQA 1JTCA 2KKIA 3D7WB 3ATGA 4I96A 2EXHA 4FPCA 1JBCA 5DUXA 3K3QB 3IAGC 3IM7A 4ZBVB 2IMCA 3PHZA 4Y1ZA 1TEIA 1GYKA 2DYCA 1KRIA 1YXWA 4LBQD 2UWBA 3UJ0A 2IMAA 1WLCA 2A6ZA 4QKRA 1W6OA 5CA6A 2XHLB 1MVEA 3WG1A 4ENDA 2A7AA 4U2AA 3WINA 5LK5A 2A3YA 1Z7HA 3AJ6A 4GWMA 1V6NA 3FIEA 4YM0A 3JU9A 1MS1A 3RRDA 1BKZA 1QNWA 2EIGA 4ITCA 7I1BA 1QOSA 2D6OX 4CJMA 1WLDA 4P14A 1YBIA 4M00A 2R1BA 1QXMA 1W0PA 4HEVA 4USOA 2R16A 1V6LA 3N35A 1DQ4A 3POSA 4I1EA 1VCLA 3E8LC 3WNXA 2K4AB 1FNYA 3AJ5A 4K21A 4BQ1A 1BFCA 4UW6A 1ISVA 3FJBA 2Q5TA 3FFZA 3WCSA 1S0GA 4ZLBB 1LU1A 3ILFA 3DEBA 3FJHA 4HA2A 2ZR1B 5EC5A 3ZC8A 2ZZJA 4YLZA 4Z9WB 4M3CE 1DYKA 3MEPA 1JQZA 1LEDA 3VV1A 1IOAA 2ZGNA 3KM5A 2ILPA 1WW7A 2FHRA 2C5DA 1Q8VA 3IMNA 1WD3A 4Z8SB 5DXDA 4A7KA 1G8WA 2NMOA 4WZFA 3A23A 2D1ZA 2AR6A 2ZGLA 4YG3A 4XZPA 5GZFA 4XTMA 3ZXEA 3M3CA 3VSZA 3R05A 4UW3A 2R0FA 2IHOA 3AKGA 3I8TA 2D20A 4DENA 3Q9OA 1SACA 1SLAA 1JYIA 2A6WA 4G6JA 4I4QA 3FJCA 4LO8B 3DSEA 4M3CB 4XILA 1URXA 1BLAA 3KQRA 1Z78A 1W6QA 3CAHA 1WBFA 2VUAA 1PZ8A 3IIRA 5GAQA 2RQ9A 3A4UA 2ZABA 1CONA 4YOLA 4FPEA 3QW5A 4YGBA 5E88A 5DUVA 4G9NA 1DQ2A 1ULGA 2AH2A 2DREA 2I2SA 1DJSB 4YW4A 4A7ZA 1AVXB 2GZBA 4ZFUB 1MZ5A 1QU0A 1WCSA 2GNDA 1Z2VA 1YVGA 3NBCA 1TP0A 1RG8A 4YW1A 2JKBA 3O4DA 3AZWA 3PVEA 4I4XA 4AN7B 1QKQA 1W6OB 4KUFA 4KBBA 1SLLA 1S0JA 3N7MA 1W3FA 4WBCA 1BJQA 3IM6A 1A8DA 1FMZA 1JLXA 4Q27A 3D6EA 2P23A 1JW6A 5BXRA 3QYDA 2D6KA 3INAA 5H9SA 2Y9GA 4ZA3B 4MYEA 1EV2A 1ZB7A 4LBNA 3V64A 3P6JA 2WJSA 3WDYA 5H9PA 4Z8BA 3WUDA 1JXNA 1KITA 4YZ2A 3C89A 4XHBA 1RY7A 1G86A 3OY8A 5EYYA 3FJDA 4YM3A 2DRYA 2GMEA 2AQZA 1YTOA 2ZGKA 2CL2A 4J2XA 2HW9A 1LOEA 2FDBM 3C9ZA 1DZQA 1HWOB 3IM5A 9ILBA 1KJRA 1CVNA 4I30A 5G00A 1V6OA 3M3OA 2P37A 3CNAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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