1G9CA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 4)
Total Genus 405
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
405
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 405
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9cA01
1Q1UA 3V0AA 9ILBA 3ATGA 1AXYA 3A07A 4JRAA 3ZPYA 1BASA 1CQ9A 2FFVA 1Z4SA 2Z48A 2DVGA 1QQKA 2ZKNA 3ZC9A 3WINA 5IUQA 1ISWA 2A7AA 1L2HA 3AYAA 2V5YA 3D7WB 3BA4A 3A4UA 5BQMB 3IPVB 3B3QE 8I1BA 1GZWB 2NMNA 2DYCA 2YZ4A 2M49A 4J2XA 1S0JA 1V6OA 1OFSA 1ISYA 2CWSA 3NV3A 3A23A 2ZHKA 1RY7A 2AFGA 3OJ2A 2FFUA 1QGLA 3AJ5A 1JLXA 4XILA 1Q8OA 1AVWB 4XFSA 2GNTA 3RTJB 3FJAA 4KEIA 4X39A 1MD6A 2D44A 3TAYA 4QD2C 1LCLA 3WV6A 3AK0A 1JBCA 4XJZA 3CAHA 2DUQA 2ARBA 3C8BA 4Q27A 2ZA9A 2ZGQA 1BQPA 5EWSA 1GYKA 4LO7B 5F8WA 4KS6A 1KITA 6I1BA 1HQWA 1DBNA 3USUB 5DZFA 3ZXJA 1URXA 4DPNA 2WBCA 4XJ8A 3QW5A 2CTVA 4LO3C 1YBIA 3R4UA 2ENRA 3M3CA 1SCRA 5G00A 4G9NA 3AZXA 1LHWA 1H9PA 1YYNA 4FVVA 1LOEA 4KEKA 1NUNA 3ZSLA 2IMCA 4I4PA 2ESUA 1AZDA 5JVVA 5LK5A 1XTGA 1HKNA 3AZYA 2AH2A 4P0LA 2DUOA 3O44A 1SLIA 3CA4A 3FGMA 5IK4A 3C88A 4XTPA 1CIWA 4OWLA 4OEFA 2A75A 2A6VA 3MW3A 1VAMA 3BAUA 1N3OA 4GKXA 2P2KA 4USPA 3FJIA 3ILFA 4CZSA 3NV2A 4TZDA 1FYUA 3UK9A 1WD4A 4OUJA 31BIA 3BB2A 2F2FC 4BLJA 4KEJA 2A6XA 2GMMA 1YVGA 4LO2A 2FHRA 3I2AA 2ZGMA 2VSAA 1LENA 2D6NA 2D7FA 4R9CA 4II0A 3FIEA 3TC2A 1Q8VA 1FAYA 1G7YA 5JDBA 4I30A 1X50A 2DTWA 4Y1ZA 4EFRA 5IK5A 3LSDA 3TB0A 1JW6A 2DWRA 2NVHA 4M3CF 4LBNA 2GN7A 4UW6A 1UL9A 2EXHA 4QC4A 3A0NA 1W6NA 5GZDA 4XHXA 5GALA 1JY0A 4LBOA 1M2TB 1W6OA 3I29B 2OW4A 1UZZA 3AYDA 3HALA 1S0FA 2JJ6A 1TIEA 3AP6A 1WBAA 1V6JA 5KXCA 3Q7YA 1YRZA 2R1DA 4XXPA 3BRFA 1WLDA 5DZUA 2D7RA 1G9DA 2E7QA 2R16A 1IKPA 3WO3A 3V0BB 3AFKA 4EFPA 2ZAAA 4FPJA 4EL4A 4ITCA 4QBCA 4DEPA 1AF9A 3WNXA 4AWDA 4P9XA 1BJQA 4YGDA 3I2XA 1D2SA 2ZMLA 3POSA 2GZBA 1JT3A 4W65A 3WO2A 4DRRA 2ZGTA 3RG0A 1FGAA 5H9QA 3M2MA 2D7IA 3FBYA 5BQNA 3V0AB 3ZSMA 2ZR1B 2K8RA 4OEGA 4I8MA 3MEPA 4OWKA 3POWA 4D8HA 3C2UA 3KM5A 4JPZA 4Q91A 1JT7A 1CR7A 1BZWA 1QU0A 3MW2A 1J1TA 4GXLA 2X2SA 3QW6A 5IT6A 5JOWA 3P53A 3AKGA 4WVVA 5DUYA 4IYBA 1Q8QA 4PBOA 4YW5A 1FQ9A 2PHTA 1DQGA 1ENQA 5IK8A 5T52A 3W59A 3PJQA 1TWMA 2P3KA 1LHOA 3AYCA 5CNAA 2AXMA 5T50A 3WUCA 1AVXB 1LOAA 1KDMA 4WV8A 3BAHA 4YGCA 3NBNA 3INAA 3P6JA 4M01A 4HJJA 1M16A 2D22A 3T8SA 4Z8BA 4YZ5A 1CVNA 3LLPA 1EV2A 2XG3A 2BFHA 4IZEA 4BOWA 3APBA 4EEEB 3NWKA 1N1YA 1O4ZA 4EB2B 3UD9A 1G9BA 5FNWA 1CESA 2B7YA 1F82A 5EC5A 3BTAA 2EF6A 4LBQD 1DHKB 3D4KA 4FP3A 1VALA 2EALA 3VSFA 4ZFYB 4LBMA 1IRAX 4LO1C 4D0ZA 2VSEA 3O3QA 1TTUA 4P9WA 1TOOA 2X2TA 2KKIA 1PUUB 1MACA 3K1XA 2JE7A 1II4A 4GAIA 4P0KA 5GAQA 5DZEA 4QALA 5GZFA 3T2TA 1ULCA 1LOFC 1JUIA 3AKFA 2Q9XA 1ISZA 3GNEA 4I4RA 4GKYA 1XHBA 5JLVA 4BMBA 2P3IA 2R9KB 1IT0A 4A7KA 4FOVA 4ASMB 5H9PA 4JAWA 5BQUC 1JYIA 4XIOA 3BAVA 1V6KA 3JUUA 4IQPA 1PUMB 1QQLA 2GNMA 4J1LA 4AN6A 1WUVA 4YG0A 3HR9A 2Y9GA 3AKIA 2Y9FA 3BONA 5JMCA 2VW2A 3AXDA 2L5XA 3A22A 4Y1YA 4Y1VA 1IRPA 3FUOA 5E8AA 2ES3A 4P0JA 5F90A 3T1MA 4I4VA 1S0GA 3AP7A 1WW6A 1ONAA 1N4KA 4WBCA 4R6UB 2ZQOA 2SBAA 4Q1PA 1JN2P 3P6IA 4HA2A 4FP2A 2VUAA 2GN3A 1SZ6B 3HSMA 2F8XC 5BQUA 1AFCA 1Y7BA 2RG9B 3QW8A 1LECA 2P23A 2J3PA 1ZM1A 1SBDA 3N7LA 2GO2A 1W6OB 5GLUA 2H0BA 2VU9A 2AENA 5FNXA 1A78A 1AX1A 4G6MA 1V6VA 1GKBA 4XTMA 2Y9WC 4TLPA 3AP5A 1RIRA 1LOGA 3CRIA 4CRQA 4YFZA 4XMIA 3JUTA 5E89A 4P14A 2DS0A 4HR6C 1QOSA 2FDBM 5DUVA 1N47A 3BX1C 1XTFA 2A3WA 3VKOA 1DQ5A 2WT2A 3RTIB 4ZLBB 1FNZA 4KTXA 1OKQA 3VEQA 3ILRA 3AYEA 3OGFA 1SLAA 4I1BA 5HPZA 4YM3A 2E53A 1N1VA 4Q9PA 1MVQA 3NJ5A 1GGPB 1S0DA 3AJZA 3AZVA 2KI4A 2D1ZA 3BOKA 3VKNA 3BRGC 1BLDA 4UW4A 3L2YA 1R1ZA 2NZ9A 3A0KA 3N0KA 3AP4A 5T55A 1KJLA 1Z7HA 1AXMA 4GOYA 3B69A 2JKBA 2D3PA 2YMZA 3S8JA 1K5VA 3O4CA 1JXNA 5DSSB 4XJWA 4XJUA 2DURA 3OPZA 3D6EA 1WW4A 1NZKA 1IS5A 2UURA 1P63A 5CBLA 1Q04A 1TP0A 4U2AA 4ZFUB 3SNMA 4QKSA 2FO1A 2DUPA 1G9AA 4FPKA 2KI6B 4G6JA 4I4YA 21BIA 4ATFA 3RQ0A 1ONKB 41BIA 2W08A 4YOLA 2VXTI 4XKIA 2EXIA 1LHUA 2A6YA 4XJAA 4XJ9A 3ZXGA 3IM0A 3WDUA 4I1EA 2D23A 4K20A 2C9AA 2AR6A 1W6QA 2A6ZA 3GALA 2R1BA 3N3HA 3SH3A 1FWUA 3MW4A 2R0FA 3ILNA 4Y24A 4KC3A 1OQLB 2G7QA 1F9KA 1LJ7A 1YF8B 5H9SA 1Q03A 2Y9XE 1MS9A 2A70A 4I37A 2ZQNA 1R8NA 2HYKA 1V6IA 1DFCA 1PWAA 1V00A 3UJ0A 4PCRA 4I0YA 1A3KA 3NV1A 3AH4A 3IAGC 5FZYA 3ZSKA 2C5DA 3FJEA 4EJ5A 1SCSA 4YZ4A 4ZA3B 2PHRA 4ATEA 2PHXA 1ZKXA 2A5ZA 5F9TA 3BOPA 5SV8A 4DCKC 5E88A 3BADA 2XHLA 2VLCA 3Q7XA 3BA5A 1YXWA 1SACA 4JP0A 4DENA 1BARA 1CONA 4K1ZA 4AVVA 3B01A 4RA0A 3WZ1A 2BEBA 1T3AA 4I7IA 4BLIA 2NMOA 4I6IA 1C1LA 4TYSA 2EXJA 4PC4A 1VLNA 4XZPA 1O4YA 1IS4A 1LEDA 2YV8A 2A8AA 2WRYA 1KNMA 2VW0A 3CNAA 1LULA 5JOXA 1I1EA 1YI7A 2Z49A 2I1BA 4ISRA 3IN9A 4FPHA 1EYLA 4IHZA 4YG3A 5DG2A 3IKWA 4LO3A 2AAIB 3BWIA 3OY8A 3RMYA 3FJJA 1WW5A 1UKGA 4XHBA 1HWPB 3LTQA 1XQNA 4ISQA 1ISVA 1Q8SA 4UW5A 5EXOA 1FATA 5GM0A 1WBFA 3T1LA 1TWEA 1ZN3A 4MYEA 4I4OA 3WMVA 3JRRA 4I96A 1F31A 5CA6A 1DQ4A 2A97A 5KXDA 2ZABA 3ZYPA 1WLWA 3H6RA 4RL7A 3H6SE 2G7KA 2CWMA 4LBJA 1I3HA 3O12A 4I4QA 3D3XA 2DRYA 4YM2A 4YGBA 1C57A 4H55A 3EF2A 5HCBA 4PBPA 2QYIB 4GP3A 2ERFA 3ZXLA 1Q56A 1JT5A 2F2FA 3HOMA 3FLPA 2YY1A 1CN1A 1FMZA 2RSTA 4Z9WB 3O0VA 3WHTA 5I1BA 1ZB7A 1MS1A 2ZGLA 4OWJA 4P6AA 3UD8A 4Q8LA 1RZOB 1W6PA 2OUHA 4XBLA 3B9CA 2E7TA 1JQZA 1W3AA 3FJHA 1HWNB 2JD4A 4C1WA 3N7MA 1MS0A 4GAFA 2LIEA 1U0AA 7I1BA 3BAGA 2MC2A 2PHUA 3AJ6A 3F1RA 1DFQA 5EYYA 1XG6A 1V6UA 4GP0A 4GALA 4M3CE 3H6QA 1K5UA 1S1AA 5D63A 1MVEA 3UD7A 4QKRA 4L4IA 4Y20A 1HDKA 5DUWA 2ZHMA 5F8SA 3FJ8A 1V6WA 3BA7A 1W6QB 1GSLA 2AYHA 3ZXEA 4J2YA 1BLAA 1GANA 3Q7WA 5FREA 2RHPA 2OVUA 1HKDA 3M3QA 3VT2A 2V73A 5BXTA 1GNZA 1YO8A 2ZGOA 1V6NA 4XOGA 2ZACA 3CRHA 3VKMA 1AXZA 3VKLA 2VW1A 3AP9A 4JC1A 3N7JA 3WOGA 1FV3A 3FLTA 1B09A 3RRDA 1ZA4A 1SLLA 1BA7A 3QJ0A 5IK7A 4IONA 4ENDA 3AZZA 2NN8A 5HCAA 3UDAA 2R0HA 4I4UA 1HCEA 2DU1A 3ZYRA 3POKA 1W0PA 3ZXKA 3CA1A 3A21A 1Z78A 4LO7C 2XHLB 1AX0A 2HWMA 1V6XA 1FX5A 2LIQA 4P9YA 3ZSJA 3O4DA 4QD2B 4IZXA 1KJRA 1AJKA 4YM1A 2G4IA 4K1YA 4XDQA 1LU1A 1TEIA 3CA0A 1DZCA 1HIBA 4YZ3A 4ZXKA 2AGSA 1GICA 3K3QB 5D61A 1DLLA 1DQ0A 4C1XA 1MZ6A 1CE7B 3WDWA 3O4OA 4D0TA 3DDBA 4DQAA 3M1HA 3IMNA 3WMUA 5EYXA 5B2HA 3ASIA 4LO1A 3NBEA 3O4BA 1LODA 4Y1UA 3OY8B 5DUXA 1DIWA 2AUYA 3LCPA 2YXSA 3O5SA 3PVEA 1BFCA 4ZGRB 4Q8KA 1MS4A 3WVJA 2D24A 2W39A 2HW9A 3C89A 5BXRA 3NF3A 4X37A 1JT4A 1BXHA 4Q1RA 4XBQA 4FPFA 1LOFA 2PHWA 3H6RB 2D6LX 3FIIA 4YGEA 2CYFA 5BXSA 4J2SA 2D6PA 2E4MC 3VWCA 2CNAA 1ENSA 1ZL6A 2BEAA 5HCFA 4Q2FA 1W6NB 2JE9A 4YM0A 4LO8B 4FPOB 3WDYA 3CRGA 2GMEA 3CA5A 3V65A 5BP5C 3WDXA 2D43A 4YFWA 4EKXB 4R9AA 5GZGA 2GNDA 5GJ6A 1QNWA 2ZGSA 1ULDA 3HMYA 1ULFA 3OGGA 3B00A 4OZXA 2IWTB 3BAOA 1WBCA 1W6PB 5GZEA 2IHOA 1UPSA 3POYA 1QXMA 2WKKA 2E4MA 1GZCA 1JLYA 1QF3A 3RSJA 4CJMA 4I3NA 4BM8A 1CPMA 4ZBVB 1LU2A 2VH9A 4OEEA 2GDFA 2P37A 1RINA 4FPYA 5EHAA 1C1FA 3SH5A 4GWNA 1JHNA 2WNEA 4YLZA 1ISXA 3FUQA 4Y26A 3N7KA 2DU0A 2ZHNA 1WD3A 3QLQA 2LTNA 2DVAA 3H0OA 2ZGNA 1T9FA 3DUIA 5GLWA 1SBEA 1XZZA 2CY6A 1ABRB 2ZGKA 3DEBA 3WINC 1LTEA 4AGVA 1Z2VA 3OJBA 1IS3A 1G9FA 1PZ8A 5JOYA 3FFZA 3MALA 2GMPA 3ZVXA 5EG6C 1ZKWA 3VT0A 4QBVA 1Q8PA 3WDVA 2HZ9A 4ZJXA 1Z0HA 1T4QA 3FJDA 3AJYA 1CPNA 3AZWA 1MS3A 2UWBA 4I4SA 2NP0A 1GV9A 4FGFA 3VSZA 2YUGA 1NXD1 1AX2A 3ZX7A 2ZGRA 5DVHA 1MS8A 1LOCA 4D69A 2P3JA 4FQZA 3VV1A 5GZCA 4FPLA 2LALA 1HLCA 5BXPA 2FGFA 3B9UA 4L8QA 2D6OX 1PZ7A 2QN0A 4FPEA 2XB6C 4ZKTB 5H9RA 1DYPA 4AGGA 4GOVA 2ISHA 1NLSA 2ETFA 3M3OA 2ZMKA 3DSEA 3PMEA 4DFSA 1QDOA 3O0XA 2UWAA 5DZGA 1FNYA 3QCWA 1N3PA 4HEVA 4H04A 1IHKA 1V6LA 1IOBA 1HQLA 1H9WA 1UN1A 3CU1B 2Q3NB 5T54A 3SITA 2K4AB 3SNVA 3IIRA 1UZYA 1G8WA 2PHFA 2DVFA 3IM6A 1SFYA 5BOWA 3NBDA 3F62B 2A3XA 1C4RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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