1G9CA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 4)
Total Genus 405
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
405
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 405
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9cA01
1LU2A 4WBCA 3VSZA 3WG1A 2FO1A 5EC5A 2EIGA 3AK0A 5D61A 1KJRA 4M3CB 3DEBA 1G9FA 3A21A 3FJ8A 2G7KA 3NV3A 1SFYA 2ZAAA 3POWA 2GNDA 2DREA 4OWLA 5KXCA 2AUYA 4YZ1A 2JKBA 1Q1UA 2HWMA 5JDBA 4FQZA 4ZA3B 2UURA 4FOVA 3NV1A 3ZC8A 1GSLA 2Z42A 1LOEA 1F5FA 3D3XA 1VAMA 1WBAA 3NBEA 3V64A 3N35A 2KM2A 3RQ0A 1VLNA 3AXDA 3WLUA 2AREA 3VKMA 4YGEA 4XMAA 1R8NA 1W6NB 1S0FA 3ENRA 1WD3A 1N47A 1TTUA 2P23A 2PELA 3P6JA 4GAFA 2W2DA 4I4YA 3WO2A 2VH9A 1WUVA 3QW7A 1UZYA 2ZA9A 3VWCA 4ZFWB 4WVVA 3BAQA 1W6PA 4AN7B 2E6VA 3WDXA 1OQLB 4PF5A 3FGMA 3L2YA 2ZGRA 3OY8A 2WBCA 4LO7C 4AGRA 3BAGA 1AX1A 4XBNA 4EB2B 3IN9A 1CVNA 4UW3A 1WW4A 4I4PA 1SACA 5GAQA 4Y26A 3FJBA 1FWUA 3M3CA 1Q8VA 2B7YA 1IS3A 3O4BA 2A97A 5T55A 1MS4A 1XQNA 5BQMA 1RINA 1I3HA 5BXTA 2A75A 4P14A 3TB0A 2ISHA 3WINC 1TWMA 1W6QB 4FPCA 3D6EA 3T1LA 3WUDA 3WDVA 3H6RA 3FIIA 1DZCA 2SLIA 2ISGA 3HMYA 3ZVXA 2D6KA 1DQ4A 3CRIA 5T54A 3C9ZA 3T2TA 4NOTA 4Z8BA 4G6JA 5GALA 2YY1A 3IM0A 3OPZA 1GZWB 1ISXA 3PUBA 3FUOA 4BPZA 2BEBA 5CA6A 4SLIA 2DU1A 4GP0A 1MVEA 1T3AA 2E4MA 5DVHA 2WT1A 4YW5A 1PUUB 5E8AA 1BQPA 4WV8A 1IOBA 41BIA 4DENA 1CE7B 3BAOA 3AJ6A 2SBAA 4Q1RA 3CAHA 1IRAX 2AENA 3CU1B 4EL4A 1LENA 3C8AA 4XXPA 2E7QA 4FPHA 4YG0A 2Y9WC 3WA1A 1Y7BA 2EXIA 1TIEA 2A8AA 1BFGA 4QKSA 4LO3A 2IMCA 3WUCA 1KRIA 1TEIA 1S0GA 2RQ9A 2D6LX 3OYWA 3O0XA 2WKKA 4ITCA 1JY0A 5KXDA 4II0A 5GZEA 5FREA 4USOA 4ZFYB 3A4UA 2I1BA 2M49A 2D3SA 4Q26A 2VW0A 2IHOA 2P3JA 3AKGA 1ENRA 1FX5A 3WHTA 1QF3A 3LTQA 3WO4A 1JT4A 4FPJA 1W6OA 1ONAA 2DUPA 1ZB7A 5BQNA 3ZPYA 5H9PA 1IOAA 3BTAA 2A6ZA 2JECA 4XZPA 4PBPA 3SH4A 1ISZA 3VT1A 1YVGA 1OKQA 2ZGQA 4D0ZA 2PHXA 1FAYA 3AJYA 1ZL5A 5EHAA 2A3WA 1AX2A 1DZDA 3IPVB 1URXA 1IS6A 2OUHA 1N3OA 2IWTB 1AXKA 3MEPA 2GO2A 4R9CA 4CRQA 4D8HA 3BODA 4YFWA 4I96A 4GKYA 5DXDA 2DRZA 2XG3A 1V6XA 4ZOTA 2D7IA 3NBNA 4P0JA 4YZ4A 3NBCA 4KUFA 2A6VA 3DDAA 2IMBA 2F2FC 4J2XA 4Y1YA 2ET2A 1ZN3A 3O3QA 2WNEA 1ABRB 3TC2A 2KI6B 1MC9A 5BQUA 3SH3A 3UDAA 2NM1A 1DQGA 4RA0A 5FNXA 5BOWA 2ZABA 3POSA 3VKNA 5T52A 1YYNA 3HBWA 3V0BA 3F62B 3KM5A 5GM0A 1C57A 3WHUA 3RG0A 2ZGNA 1PZ9A 5FZYA 1S0LA 1ENQA 4LO8B 3ZXJA 5GZFA 3ZC9A 1S0JA 2WSUA 4OW4A 2HZ9A 3ZUSA 2HWAA 3FBYA 3T8SA 3AP4A 3EF2A 4XFUA 4ISQA 1G8WA 1YI7A 4Z9WB 5I1BA 3WCRA 5JOZA 3Q7XA 3O5SA 4XE9A 4I3NA 4J23B 4QD2B 5IK5A 4Q1PA 1NUNA 2G7PA 2WJSA 5SV8A 4P9WA 3W58A 3POKA 5F90A 5BXRA 8I1BA 3B3QE 4HR6C 4KBBA 1V6KA 4XJUA 1R8OA 2NVHA 1JLYA 2WRYA 4XJ9A 5GZCA 2D6MA 5GZDA 2GNMA 3ZX7A 3CA5A 2PHRA 3NV2A 1S0CA 2D44A 2DURA 1QOTA 1BYHA 5DUXA 3PVEA 4IZEA 2NP0A 3MW3A 3U4XA 3M1HA 1GZCA 1A3KA 4QBCA 4BMBA 4XOGA 3AP5A 3C88A 1ITBA 4QBVA 1JHNA 3RTJB 2CYFA 4K1YA 2W39A 4JPZA 1GANA 2ZGLA 3W9TA 1V6WA 4YW1A 4OWJA 4LBJA 4LBOA 3FLPA 3OGFA 4RL7A 5D62A 4XDQA 3RS6A 3HALA 3UJ0A 5BQUC 2A6WA 4YGDA 4DFSA 1RITA 1PC8B 2YMZA 4IY8A 3ZYRA 1N3PA 3GNEA 1V6JA 3K1XA 4GOYA 1F31A 4FOWA 2ZHNA 5EG6C 1Z7HA 4GAIA 1IHKA 2D3RA 4M3CA 3BRDA 4KEKA 2D7RA 3FJHA 2DUOA 1AZDA 4XILA 1SZ6B 2R9KB 1NZKA 5BP5C 3LSDA 3R05A 3WMVA 3ATGA 4JKXB 1LHWA 2PHUA 4OUJA 1MVQA 2DWRA 4M3CE 2GZBA 4BM8A 3M2MA 5BXSA 3RMYA 4GXLA 4XMIA 5DUWA 2NYYA 4OEGA 4X3AA 2DVAA 3SITA 5IUQA 3UJOA 2PHTA 3VSFA 2LALA 2LIEA 1GZ9A 1S1AA 3WDWA 3CA6A 1Q03A 3BAHA 2I2SA 3FIEA 4P9YA 1S0IA 1UZZA 1AX0A 1S0DA 1FN0A 3AKFA 1DHKB 2LIQA 1V6LA 3OGGA 3WG4A 4XTMA 4C1WA 4I4OA 2QN4A 2KKIA 3VKLA 1ULEA 3ZSKA 2A70A 3HN1A 5H9QA 3FLTA 2D6OX 2GMMA 1GNHA 1CIWA 1CPMA 2LTNA 3B69A 3VEQA 4AN6A 3QIXA 1SLCA 2AFGA 1JBCA 3RSJA 4PBOA 1CONA 1LGCA 1MS3A 1IT0A 1RMLA 1UAIA 2ESUA 3BX1C 1BFBA 5CAZA 1F9KA 5H9RA 1JQZA 1BASA 5HPZA 3VUOA 2Z48A 2J3PA 4GWMA 3FUQA 1LODA 2CY6A 1CPNA 3OJBA 2Q9XA 3TAYA 4CJMA 3V0AB 3QLQA 1K5VA 1P63A 4LO7B 1ZKXA 1W6QA 2KI4A 1ZA4A 4MYEA 1G86A 2ZQOA 3MW2A 3P53A 2ENRA 4YGCA 2XHLB 3R4SA 2QN0A 1YTOA 2UUSA 5D63A 3IMNA 2ILPA 1MS8A 1KDKA 2JDZA 3M3EA 4IONA 2K43A 2WLQA 3C89A 1LJ7A 2BFHA 1UMZA 1GZWA 5T50A 1H9WA 2D1ZA 3QIYA 5H9SA 2AXMA 4G9MA 4ZFUB 3NV4A 4IY9A 4I30A 2UWAA 4GP3A 2FPQA 1QMJA 2OUJA 2D6NA 1HCEA 3D4KA 3AZZA 4G9NA 1SR4C 1PWAA 3NWKA 2Y9GA 4F34A 3OJ2A 3WO3A 4XJAA 3PJQA 3H6SE 1QGLA 2XOAA 1AXMA 1BLDA 1S0BA 1SCSA 3SLIA 1G9AA 1SBDA 1ULGA 4I4UA 4IQPA 2DUQA 2ZHMA 4FP2A 3AKHA 3D5OA 5BVPI 4Q8KA 1PZZA 1YO8A 2ZMNA 4LO0A 2VY0A 5F5QA 3A0NA 2ZGPA 4XIKA 4PCRA 1AXZA 1DGLA 3BAUA 2W2DB 4I37A 3CA4A 1Z78A 2GMEA 1J0SA 1QKQA 2MLLB 1MS9A 2EXJA 1FQ9A 4LO2A 2VUAA 2VW2A 5GLTA 4Q9GA 1XYFA 5EXOA 1LOGA 2W08A 2X2SA 1W6PB 1WD4A 4I7IA 2YZ4A 5FRAA 2FFVA 3O5WB 3WCSA 3OY8B 2ES3A 4ISRA 1CESA 3Q7WA 1MR5A 2NMOA 5F8WA 5DUUA 1WBFA 1ISWA 5BYNA 1LECA 4YZ5A 3O4DA 1YIFA 1A78A 5JVVA 4LBQD 1LHUA 4ASMB 1AFCA 2ZMKA 4ZXKA 1R1ZA 4KTXA 5GZGA 1BFCA 2ZGOA 5BQMB 2VSAA 2MIBA 5IK4A 3WNXA 1TFMB 4LBLA 1FMZA 4I4XA 1E1HA 1V6NA 2PHFA 3ILAA 1LGBA 3FJEA 1JXNA 4Y1ZA 1W6MB 1DYKA 5CNAA 3RRDA 1I1EA 3S8JA 4K21A 3O4OA 2DVGA 3N7LA 3H6RB 1DQ0A 3Q7YA 4F83A 1QU0A 3AFKA 1O4ZA 1E0OA 4XYXA 4P0LA 3AYCA 4J2KA 4LO1A 3VV1A 4X37A 3AP9A 21BIA 4BOWA 1KNMA 5DZUA 1HDKA 3P6IA 2FDBM 5GLVA 1QOOA 2DVFA 1W3FA 3UD7A 1Q56A 1V6IA 1IS4A 2IMAA 3QW5A 1G9BA 2UU8A 2UWBA 4YW3A 4EJ5A 4P9XA 5DZFA 3UD8A 1ZKWA 2A3XA 4LO0C 1II4A 4R9BA 3WDYA 3IM6A 1G9CA 1BZWA 1WLWA 5CBLA 4A7KA 5HCAA 4P0KA 2UWCA 1DZQA 4QALA 3QW8A 4FPLA 3ZURA 1TP0A 4IZXA 4JC1A 4Z8SB 4LO2C 1YRZA 2GNTA 2R49A 3WOGA 4BMEA 3ILRA 2E4MC 2AAIB 2DTWA 3AYEA 4GA9A 4ENDA 1BKZA 3OBRA 7I1BA 1WW5A 3O4AA 1DYPA 3DSEA 2P3IA 3KMVA 1SLLA 4Y22A 2A3YA 2Q5TA 1ULFA 4G1RA 4XJWA 2C5DA 5GLZA 1GBGA 2EXHA 1LHVA 4ZLBB 5EYXA 2A6YA 4LBKA 3HOMA 3JRRA 5KXBA 3ZUQA 4CZSA 4X39A 3PMEA 3H6QA 1X50A 1MS0A 1MZ5A 4DEPA 1FV3A 1QDCA 4TZDA 5CB7A 4Y1VA 4Y20A 2C9AA 4DPNA 2D22A 1Z0HA 4LO3C 4EKXB 1LCLA 3BOKA 3AZYA 4DRVA 4W65A 3O0VA 1JOJA 1GGPB 3PHZA 1HWPB 1W6OB 3N7JA 2R1DA 3BWIA 2DTYA 4L8QA 2ZMLA 2VLCA 1TOOA 3FJIA 4OEEA 3BA5A 2G7QA 1LGNA 1KITA 1Q04A 1D0HA 1ISVA 4HJJA 4LO1C 4AGVA 1EVTA 4I4VA 2KH2A 5T5PA 4HL0A 4QKRA 1N3QA 3JUTA 4XFTA 3O49A 2JD4A 3SISA 1W3GA 4ATEA 2YXSA 1OQ1A 1JT3A 4L4HA 1NLSA 1OFSA 1IKPA 5E24E 2VXRA 1QQLA 3ILNA 1Q8OA 5FNWA 3AX4A 3BAVA 3I2AA 3WV6A 5DZGA 5JOYA 1VAVA 4ZBVB 2ERFA 4XHXA 3HR9A 3AZXA 4DQAA 3CA0A 3GALA 2OW4A 3APBA 1HLCA 3WDTA 2D7FA 3V0BB 4AWDA 2ZZJA 2DVBA 4H55A 1UL9A 1Z4SA 3FJKA 1MD6A 4OEFA 1LHOA 1EPWA 3AP6A 3A0KA 3AYAA 1AF9A 1DQ6A 3CA1A 3USUA 3A23A 3IAGC 5EYYA 3QJ0A 2NTDA 3DGTA 2ZHKA 2A7AA 6I1BA 3DS9A 1JTCA 1MZ6A 4JP0A 1WBLA 1MS1A 3AYDA 4AYUA 2TEPA 2W52A 4JRAA 1AVWB 4QC4A 1HQWA 4YGBA 4R6UB 2G4IA 3M3OA 1LEDA 1WLDA 4HANA 2GALA 2YROA 3E8LC 1UN1A 3FLRA 1FGAA 4BQ1A 3AKIA 3NF3A 3RTIB 2GDFA 4A7YA 1T3CA 2ZKNA 1Q8PA 3BA4A 3ZXLA 5GJ6A 1A8DA 2L5XA 2E7TA 1S0EA 4JKQA 3IM7A 5LK5A 2NZ9A 3IM5A 1W6NA 4R9DA 4Y1XA 1VCLA 3N36A 2R1BA 3DUIA 3V0AA 2VW1A 31BIA 4KEJA 3ZXDA 2E51A 3N7KA 1QQKA 1W0PA 1Q8SA 2P34A 3WZ1A 2ZGMA 4H04A 9ILBA 1CJPA 3V79C 1NXD1 1RZOB 1DQ1A 2GN3A 2P39A 1T9FA 2PHWA 1LULA 3LLPA 1J1TA 4CTEA 1HQLA 4KS6A 4U2AA 4IHZA 1CVSA 1Q8QA 3LCPA 4DS0A 5HCBA 1ILR1 2ZR1B 3AH4A 5L73A 3WINA 1HKDA 2ZBJA 1GKBA 1QOSA 1I1BA 1LHNA 4HA2A 4XKIA 3O12A 1XZZA 2KLLA 3VKFC 2Q3NB 1N1YA 3FJAA 5DG2A 1APNA 1FWVA 4BLIA 1FATA 4YZ3A 3NJ5A 4USPA 1BXHA 4J2YA 1FNYA 2R0FA 1SLBA 2ZQNA 1F82A 4L4IA 1M2TB 1M16A 1SLAA 4XTPA 5IK8A 4U36A 2ZHLA 1H30A 3UJ4A 2H0BA 2R16A 3AP7A 2A71A 3D7WB 4LBQB 2YV8A 4AVSA 2WT2A 4IYBA 2HW9A 4FPFA 1GICA 3OJMA 1WW6A 1HWNB 1TWEA 3CQAA 1H9PA 3ZYPA 1DQ5A 3VT2A 1SLIA 1SCRA 2RG9B 1DFQA 4M00A 5JOWA 4Q27A 1GNZA 1ONKB 3INAA 4D69A 2D6PA 4Y1UA 2WT0A 4TYSA 1W3AA 2AYHA 3AH2A 3BRGC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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