1G9DA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 2)
Total Genus 393
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
393
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 393
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9dA01
2ZGLA 5KXBA 2D3RA 3MW2A 3BWIA 2AYHA 1IJTA 1SR4A 1YTOA 2EIGA 4R9DA 1GNHA 1JT3A 2K8RA 3BADA 3FJJA 2UUSA 1R8OA 5DUVA 2UWBA 1ITBA 1G9CA 2JKBA 1QGLA 4I0YA 1MS8A 1I1BA 3C88A 1WD3A 1S1AA 2Y9XE 1BXHA 2ZHMA 1YXWA 5BP5A 3HN1A 4ATFA 5F8YA 1NLSA 3W59A 4XIKA 3ILNA 4I4YA 4FOYA 1ISYA 3O3QA 2A6ZA 1XG6A 1JW6A 2WNEA 3BRDA 3MALA 4Y1VA 4Z9WB 4XFUA 1A3KA 4X3AA 2IMCA 4YZ5A 1FNYA 1UKGA 2DVFA 1QOTA 1V6KA 5JMCA 4I4VA 3V0AA 3N7KA 4XZPA 4I7IA 2DUOA 3D5OA 3BRFA 1DFQA 5HCBA 1FWVA 1CONA 1IRPA 3KQRA 3VT0A 3LSEA 4GOVA 1XTGA 1WW5A 2UU8A 1DJSB 4FPOB 4YM1A 1AVUA 2WQZC 2IMAA 2MC2A 1RINA 2A3YA 1DZDA 4TZDA 2ZHKA 1Q8SA 4JQ0A 3JUUA 3V0AB 1MZ5A 3QIZA 4G9NA 1CESA 2D23A 1JHNA 3UL2A 1QQLA 1QKQA 4RA0A 1EV2A 4XHXA 3M3CA 4OUJA 4M3CA 3R4UA 2WLQA 1WLWA 5DUUA 1PUUB 3WG3A 1BASA 1HWMB 1F9KA 4XOGA 3WDVA 1AVXB 4K20A 4ZKTB 2ZQNA 1Z4SA 4A7KA 2ZGPA 5D62A 4OWLA 1LULA 4AGGA 3ZXDA 4JP0A 4M3CB 4I37A 2HWAA 1DQ2A 4OEFA 3D4KA 2FMDA 2D6PA 4MYEA 2LIEA 1T3AA 3CU1B 3F62B 2E6VA 2GALA 1JBCA 3T2TA 4HEVA 2JE7A 3I2XA 4SLIA 1V6XA 3H6QA 3AH4A 3SH5A 2JDZA 4AVVA 3OY8A 1BLDA 4LO2C 3O4AA 2VW0A 2FPQA 3OYWB 1ISVA 4QBVA 1KITA 1LEDA 3MEPA 4KC3A 5GAQA 2R1BA 2ENRA 2ETFA 2ZAAA 4ZBVB 3BAUA 1KJLA 1M2TB 2RSTA 1AZDA 3TC2A 3LSDA 1LGNA 3OY8B 4U36A 1BFGA 1FV3A 3ZSJA 4M3CE 4YW4A 4FQZA 1WCSA 3JUTA 1N1VA 1XTFA 2Q3NB 4YGDA 4GOYA 1AXZA 2ARBA 1BFBA 2E4MC 1ULFA 3Q7YA 1OQLB 9ILBA 3WOGA 1W6PA 3U4XA 2DUPA 1Q04A 1CIWA 1ISXA 2LTNA 2HW9A 5GJ6A 5DZUA 2GNMA 2AREA 1XHBA 21BIA 5IUQA 2WT2A 4FPGA 1LENA 3BA5A 3FJCA 4PBPA 4USOA 4I1BA 2ZGOA 2G7PA 2JECA 5GM0A 2L5XA 3T8SA 1W6PB 3T1LA 4Z8BA 4EFQA 1HWPB 2CL2A 3OJMA 1X50A 5H9QA 1UAIA 1KDMA 3WHUA 5T52A 3FIEA 2DRZA 4FPCA 1W3GA 3DDAA 1LU2A 4GA9A 4BPZA 3FGMA 3USUB 5DG1A 4CZSA 2CYFA 2DWRA 4JRAA 3VWCA 4L4HA 3POKA 2P2KA 3FUOA 3ZX7A 3WMUA 2NN8A 1V6OA 1TTUA 5JOYA 3BOKA 4BOWA 4KS6A 2VH9A 5E8AA 3WCRA 1ABRB 2FO1A 4IONA 4DPNA 2VY0A 3RTJB 3ZSMA 1GNZA 4J2XA 2GZBA 1BLAA 3FJEA 5CA6A 5GZDA 1V6MA 3WCSA 4LO0C 2ARXA 4OEGA 2W2DA 1LHVA 2D6OX 1W3FA 3C8BA 4CTEA 4LBLA 3C2UA 4GAIA 1LOFA 3DEBA 4YW2A 5BQUA 4FPKA 4QKRA 4OWKA 1I1EA 1UPSA 1G9DA 1TIEA 2SBAA 1J0SA 1C1LA 2ZHLA 4I8MA 2PHFA 3WNXA 2PELA 3VUOA 3PJQA 2W2DB 4LBJA 3QW8A 2BEAA 3UD9A 3FJDA 4ZXKA 5GLUA 3HSMA 4HJJA 3CNAA 1JYCA 1PWAA 4Y24A 2MIBA 4OW4A 2WRYA 4LO7B 2KLLA 3QIXA 3OGGA 3VKNA 1TOOA 1V6WA 31BIA 1FGAA 3ZSLA 4LBNA 4GALA 1F82A 1PC8B 3ZURA 3AH1A 3RG0A 4EEEB 2A6XA 4WBCA 2NM1A 4BLIA 3C9ZA 3P53A 2XHLA 5BQMA 1GSLA 1BKZA 3B69A 2Y9WC 4ITCA 4LO3A 1UZYA 5DZEA 2ESUA 2D3SA 4Z8SB 3N3HA 5BXSA 3I4IA 5EYYA 4GKYA 1RG8A 1DQ6A 4L4IA 1BZWA 4I4OA 1V6UA 1TP0A 5EG6C 1ILR1 1O4YA 2D44A 3FLPA 4R6UB 1I3HA 5BQNA 3AZWA 4Y22A 2D24A 5GLTA 3EF2A 2OVUA 1UL9A 2NZ9A 1P63A 3FJAA 3A23A 2Z48A 4I4XA 1II4A 3NV3A 4I1EA 3AP9A 4II0A 2D7FA 4Y22B 1SLTA 5T54A 1BQPA 1YO8A 1OQ1A 3UJOA 4Q8LA 3PG0A 4C1WA 3WINC 1TEIA 3R05A 3POWA 4P9XA 3DGTA 1SACA 3S8JA 1DQOA 1ULCA 1K5UA 3KM5A 1V6IA 1HKNA 1CN1A 2A71A 2BEBA 2ZGMA 1IHKA 4I2SA 4LBKA 41BIA 3OJ2A 4YM0A 3V64A 5IK4A 5F5QA 2PHUA 1HKDA 3LCPA 1LHUA 3W58A 2DTWA 5EXOA 5FZZA 5JVVA 1KRIA 3BA4A 4DENA 3O4DA 2HZ9A 2KI4A 4FQ4A 3A22A 1ZB7A 2F8XC 1N3OA 1EVTA 1FN0A 1JT5A 3I8TA 3UJ0A 2ZZJA 1BJQA 1ENSA 2DURA 2UURA 3AJ6A 4TYSA 1KJRA 1SR4C 1FNZA 3K3QB 3NJ5A 3GALA 4USPA 4P0JA 2DTYA 1G82A 2YV8A 3CA1A 3ZXJA 1DLLA 3O4OA 1QDCA 4Y1XA 2ZACA 5FRAA 3ZSKA 1QQKA 3M1HA 3RTIB 3BAOA 4KEJA 4CJMA 5BP5C 3QIYA 3FJHA 4ASMB 1MD6A 4ZFWB 4UW3A 4ZA3B 3FJKA 1RMLA 5KXCA 2QYIB 4AN6A 4KTXA 3FLRA 4EKXB 5H9SA 4K1ZA 2TEPA 1VAMA 1ZKXA 4YGEA 4YZ4A 2R9KB 1UZZA 2BQPA 1V6LA 1MS0A 3O44A 1MS5A 4FOVA 1W0PA 4NOTA 3P6IA 5IK8A 1PZ7A 4FPFA 4XTMA 4IZEA 1TFMB 1Z2VA 3VKFC 5BVPI 4XJZA 1LODA 3WUDA 4X37A 4ZGRB 1GGPB 1KQRA 3IN9A 4FOQA 1LGBA 2PHXA 4GP3A 1AF9A 2DVGA 2NTDA 4FPJA 2V73A 3IPVA 1MZ6A 4GKXA 5FZUA 1EYLA 1DIWA 1ULDA 2ILPA 3CAHA 5BOWA 4BLJA 4AGVA 2EXKA 2GNDA 2X2TA 1DBNA 4FPEA 1DQ4A 2E7TA 4D69A 3IPVB 2Q9XA 3O49A 1JT7A 4BMBA 1IRAX 4XMAA 4D0TA 4YLZA 1S0IA 4HR6C 3H6RA 2VUAA 2G7QA 3HR9A 4YM3A 3A4UA 4YW3A 1MVQA 1LJ7A 2W52A 1CQ9A 1NUNA 3KMVA 3IM7A 2HYKA 3BOOA 4IZXA 3FUQA 1IS4A 3N0KA 3DSEA 3O5WB 2CWSA 3H6RB 1S0LA 4DFSA 5DVHA 2DRYA 5I1BA 3CA6A 3BRGC 5DZGA 5GZFA 4FP2A 3ASIA 4FPLA 3NBCA 1ULEA 4FPHA 1O4ZA 4IHZA 2VXRA 3OYWA 1WW7A 4AN7B 3VT1A 3MW3A 1DFCA 4M3CF 3WDYA 3UD8A 3FLTA 4U2AA 1YF8B 2D3PA 4HL0A 2NP0A 1DYPA 3RMYA 3BTAA 4ZLBB 4GWMA 4KEKA 3D3XA 2D20A 2DVAA 3UD7A 5IT6A 1G9BA 1GANA 1FATA 3A0KA 1MVEA 1J1TA 4OWJA 5F8SA 3QLQA 4L8QA 2D22A 5B2HA 2K4AB 4M00A 1S0EA 5EHAA 2P23A 1A78A 2E7QA 1N1SA 3RRDA 4XJAA 2CTVA 4QALA 2GN3A 1AXYA 1RIRA 1ISZA 2XB6C 3N7LA 3I2AA 4RL7A 1TWMA 1TWEA 1H9PA 1T3CA 4PCRA 4Y1YA 4G1RA 5DSSB 4G6JA 2RQ9A 1VAVA 2A3WA 3ZVXA 1C4RA 4YFWA 1WBLA 4LO2A 5KXEA 3SH4A 2WSUA 4OEEA 2Z42A 5EWSA 1H9WA 2NVHA 3ENRA 2ZKNA 3BONA 2EAKA 3BODA 1SBEA 2UWCA 3USUA 1GZWB 4UW5A 3ZXEA 4G6MA 1GZCA 4ZFUB 3F1RA 2ZMNA 5AVAA 2GO2A 4R9CA 1DZCA 3E8LC 1LHWA 4GXLA 5DZFA 2A7AA 1WUVA 2D43A 1JLXA 1QOOA 1MACA 5F90A 1AXMA 2ISHA 1AFCA 5FNXA 3WO4A 2AR6A 2C5DA 3VSFA 2ZA9A 3ZC8A 2VW2A 1LOFC 4I4SA 4J2KA 1ENRA 2PHTA 1ZA4A 1YYNA 2ET2A 1LESA 1C57A 3CA4A 5H9RA 3FJ9A 2F2FA 3O0VA 2E53A 3AZVA 3QW7A 3NWKA 3AYDA 3NBEA 2D6LX 3CQAA 1LOEA 1Q8OA 4Q91A 4X38A 3IIRA 2YUGA 1SCSA 3O5SA 4FP3A 3VT2A 1AVAC 1W6MA 5F9TA 2ERMA 2VSEA 4XJ9A 5H9PA 3ZC9A 5GALA 2XG3A 1SBDA 1BYHA 5LK5A 2XOAA 1JYIA 1DHKB 1ZKWA 4XJWA 1W6OA 3NV1A 1OKQA 2OUHA 3O4CA 5IK7A 3OGFA 3WDWA 2WKKA 3IAGC 4CRQA 1W6MB 1W3AA 2P34A 4I4QA 1RY7A 1CE7B 3N7JA 3AYCA 4F34A 1BFFA 4IQPA 2NMOA 4QBCA 3FFZA 6I1BA 2YMZA 4PF5A 5HPZA 5GLVA 1W6OB 2P37A 5BXRA 3UJ4A 2YZ4A 4Q9PA 3BX1C 4J2YA 1D0HA 1LOGA 3B9CA 3NV2A 4YGCA 5KXDA 1MS1A 2R0HA 4IY8A 1KDKA 1MS3A 1N3QA 4D0ZA 5CB7A 5GZGA 4XMIA 1GICA 2Q5TA 4P6AA 4Q1RA 3AXDA 1CPMA 2NMNA 3AYEA 1Y7BA 2DVBA 1AX1A 2K43A 1BARA 1V6VA 2AXMA 4FGFA 3PVOA 3FBYA 1FX5A 1F31A 3SNMA 3V79C 2VXTI 4I3NA 1CVSA 3BA7A 4QO3A 4QD2C 2FFVA 3BAGA 1AJKA 1N1YA 2PHWA 3DS9A 1S0JA 1HWOB 1WLCA 3IM5A 3WHTA 3QR5A 4XJ8A 5T50A 3N35A 2GMEA 4R9AA 3NBDA 4AGRA 3DUIA 1B09A 5GLZA 2C9AA 4XKIA 1LEMA 4XILA 1LHNA 3WO3A 3N7MA 4EL4A 2FGFA 3UK9A 1CPNA 4YZ2A 4Q9GA 1LTEA 1N47A 3Q7XA 2Y9FA 4XYXA 1FMZA 4IY9A 4LO1A 5JOXA 3FJ8A 2W08A 5JOWA 3OJVA 1QNYA 2GNTA 4XBLA 4YG0A 3WG2A 5CBLA 1ONAA 1IS5A 5DXDA 3PHZA 1RITA 4XBQA 3C8AA 5IK5A 1HCDA 4WVVA 3M2MA 4DRVA 4GAFA 2NYYA 1LGCA 4XIOA 4YM2A 1D2SA 1JUIA 2KKIA 5BYNA 1FQ9A 1R8NA 2WJSA 1HDKA 3WDTA 2A6YA 4FPYA 5T5PA 1YIFA 4WVWA 3AJZA 1BFCA 4A7YA 1Q56A 2D6KA 2GDFA 1G9FA 2RHPA 1DGLA 4XDQA 4A7ZA 2A6WA 2DU0A 4P9YA 2YXSA 4R9BA 1LECA 1VCLA 5T5LA 2GMMA 1H30A 4AVSA 1K5VA 1LOBA 3AKGA 1N1TA 1WBAA 2P3JA 5CNAA 1GYKA 4W65A 1IS6A 3AKIA 3B9UA 1ZL5A 4HA2A 2D7RA 2FFUA 1S0BA 2DU1A 3ILFA 2W68A 4H55A 1G8WA 1HCEA 1NZKA 5T5JA 3O0WA 3AXEA 2A97A 2V5YA 2G7NA 5BXPA 5G00A 3WLUA 1ENQA 3ZXGA 3CA5A 3UDAA 2AGSA 2ZGKA 5T5OA 3AFKA 2EF6A 3L2YA 1G9AA 4HANA 3H6SE 3QYDA 1N3PA 3Q9OA 1E0OA 1SZ6B 4AVTA 1WW4A 3IM6A 3QW6A 1Q03A 3WVJA 3WG4A 3R4SA 3GNEA 3ZYPA 3BIWE 1GZ9A 3CA3A 1SLCA 2AH2A 4BM8A 3CRGA 1HLCA 5GLWA 3ZUSA 4I96A 1ZM1A 5JLVA 1VIWB 1JOJA 2ZGNA 3PUBA 1Q8VA 4XHBA 3AKHA 3O0XA 2QN4A 1LU1A 5EYXA 1FV2A 4AWDA 1E1HA 4QC4A 1URXA 4LBOA 4ZFYB 5EC5A 1JLYA 2EXJA 1R1ZA 3BAVA 4Q2FA 4ELCA 3A0NA 3A21A 1JQZA 3CA0A 4D8HA 1UX6A 4DS0A 4GP0A 2ISGA 1JY0A 5FNWA 1HIBA 1Z7HA 3WG1A 5HCAA 3AP4A 1SBFA 2BFHA 2YROA 3UJQA 1UMZA 4EFRA 4C1XA 3ZPYA 1ISWA 4J23B 3V65A 1LOCA 1F5FA 2W39A 3BB2A 1W6QA 2GMPA 1S0GA 1HQWA 1N4KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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 2B42 B;  4Z9W B;  4XFU A;  1A3K A;  3LAG A;  4X3A A;  2IMC A;  3ZYG A;  4X6Q B;  4YZ5 A;  3S0M A;  2KXL A;  5J36 A;  1YNA A;  1FNY A;  3NJZ A;  1UKG A;  4NVP A;  2DVF A;  1QOT A;  2HWF 1;  1V6K A;  3FFQ A;  5JMC A;  1O7F A;  4I4V A;  3V0A A;  2FMY A;  3N7K A;  3J8F 3;  4XZP A;  1H4G A;  3GHN A;  4I7I A;  2DUO A;  3D5O A;  3VBS A;  3BRF A;  1DFQ A;  5EFU A;  5HCB A;  4XW3 A;  1FWV A;  1CON A;  3WQ0 A;  1M4W A;  1S55 A;  3IT8 A;  1IRP A;  3ELN A;  3KQR A;  2NQY A;  3VT0 A;  3LSE A;  4GOV A;  2XJP A;  1XTG A;  3NO8 A;  3TN9 1;  2XPJ A;  4OHW A;  1RJ7 A;  2HKX A;  1PM7 A;  4P5H A;  1WW5 A;  2UU8 A;  1DJS B;  5ACA 3;  4FPO B;  4YM1 A;  1AVU A;  2WQZ C;  3VGI A;  2IMA A;  5FOJ B;  2MC2 A;  2ZX0 A;  1J58 A;  3JD7 2;  1RIN A;  1PIV 2;  4KU7 A;  2A3Y A;  1DZD A;  4TZD A;  3GBF A;  2ZHK A;  1TMF 2;  1Q8S A;  4JQ0 A;  3JUU A;  3V0A B;  1MZ5 A;  3QIZ A;  4TLF A;  3VBS B;  4L9B A;  3GZA A;  2RMU 2;  4G9N A;  4CDU C;  1CES A;  5BNO C;  2D23 A;  1JHN A;  4JTO A;  3UL2 A;  1FPN 3;  2O8Q A;  3NST A;  5KBF A; 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