1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
4FPJA 3BAHA 3AKIA 1MVEA 5EC5A 1ULGA 4KEIA 1MD6A 2G4IA 2EF6A 3B3QE 4JKXB 5DG2A 3AZXA 5JMCA 2GNDA 2J3PA 1RITA 2EALA 4AGRA 2KKIA 3BTAA 2K4AB 3Q7XA 4ITCA 4EKXB 3H6RA 1ULCA 2UWCA 1M2TB 3VT1A 3ZC8A 2D6MA 3FJBA 2EIGA 1UL9A 1EYLA 4YM2A 4Y1ZA 3T2TA 1Z0HA 1Z78A 4P0LA 1SLLA 1G7YA 4K1YA 1W6OB 3AYDA 2ZHMA 2GZBA 2RQ9A 3FIIA 4KTXA 3VKMA 3P6IA 3AZVA 2VY0A 4FOYA 3WG3A 3O0XA 3ZXJA 4LBKA 1DFQA 4P0KA 4FP2A 3NV3A 1HKNA 4QD2C 1V6VA 1W6PB 4ZXKA 1DBNA 4JAWA 2FMDA 4LO0C 1DJSB 1A78A 1KITA 3GALA 3NWKA 1GICA 4FPKA 3HOMA 1ENSA 4OWLA 3V0BB 4GKYA 2DU0A 1QDOA 2AH2A 4WVVA 2P2KA 4R9CA 1GYKA 4I37A 3AP9A 2ZGMA 1F82A 3OY8B 2VSEA 3IM5A 5LK5A 2C9AA 2Q9XA 3W58A 1G9DA 3IM6A 3DS9A 1HWNB 5GZEA 3C88A 1W3FA 3WUCA 3ZYRA 4AVSA 4K1ZA 4J1LA 4I6IA 3A0NA 1W6MA 4D0ZA 2JECA 1ULEA 1ABRB 4CRQA 1KRIA 2R0FA 1H9WA 4L8QA 3O5WB 5BQNA 2WT1A 4ZBVB 3N7MA 2D6LX 1WW7A 2YUGA 3ZXFA 3UL2A 4LO7B 1LULA 4Q9PA 4LO0A 4OEFA 4XHBA 2CWSA 2CL2A 5FNXA 1W6NB 4F34A 2AGSA 5D62A 8I1BA 1G8WA 4XIKA 4IZEA 4M00A 4LO3A 3A23A 5GLTA 1Q03A 1FAYA 5GLVA 2Q5TA 2UUSA 1RG8A 2X2TA 1JQZA 2E7QA 1ILR1 3QYDA 3I2XA 1KQRA 1FYUA 1LGBA 1GGPB 3SISA 3POYA 4Y1YA 2WRYA 2A6VA 2P23A 2W2DA 3Q7WA 4Y1UA 3WOGA 1JOJA 4JRAA 1NUNA 1FV2A 3ASIA 1LOCA 2ZMNA 2YZ4A 4DPNA 2Z42A 3DDBA 2EXHA 1CPMA 2GMMA 4X37A 1OQLB 2BEBA 3BAVA 2V5YA 4QKRA 3ZXKA 2JE7A 3O0VA 1HKDA 1TEIA 4AVVA 1DQ5A 2KM2A 1ISXA 1V6IA 2A3XA 1C4RA 3IAGC 2EAKA 4J2YA 3E8LC 3QR5A 3RQ0A 2Z48A 4DENA 2LTNA 2ZAAA 2PHXA 4GP0A 5D63A 3FJHA 3Q7YA 1NLSA 4YFWA 3K3QB 4I4VA 2W52A 3FJ8A 4ASMB 4XJZA 3AYCA 5DZEA 2DUPA 4PBPA 3ZSJA 4Y20B 5IK7A 3WCSA 1N4KA 1G82A 3NV4A 5T54A 3N0KA 1W3AA 3B69A 3A0KA 1G9AA 4Y1XA 5T52A 3SH3A 1I1BA 3MW3A 2BQPA 4U2AA 4I4OA 2D23A 2P34A 4I30A 4BLJA 5HCFA 3B00A 3S8KA 3SITA 3TAYA 1ENQA 1GZ9A 1OFSA 1NXD1 2ZGRA 1B09A 1XHBA 2E4MC 5I1BA 2A70A 1AJKA 1HLCA 2M49A 4ELCA 1WBFA 3QW7A 2DU1A 1ULDA 4YFZA 1MZ5A 3N7LA 3WO2A 2ZGTA 4YM0A 3BODA 2YMZA 4K20A 2NN8A 2SLIA 1V6KA 4QO3A 1PWAA 3O49A 2Y9XE 1SBFA 1V6OA 4Z8BA 3PUBA 1XTFA 3BA7A 5L73A 1R1ZA 4LBQD 2CYFA 4RL7A 1H30A 9ILBA 4ZFWB 1AX0A 3WDUA 2A6ZA 5BQUA 5IUQA 5GALA 4YM3A 4M3CE 1DHKB 1N3QA 5T5JA 2WJSA 4D69A 5GAQA 1UZYA 4IY8A 1CQ9A 4M01A 4AN6A 2EXKA 4YG3A 2E4MA 1SCSA 4NOTA 5CAZA 3BA5A 1W6QB 2D6KA 4PF5A 2Y9FA 1SBEA 4DS0A 1GLHA 1SLBA 5BXPA 2WSUA 3AH2A 3IKWA 2AAIB 1LHUA 3NBNA 1FQ9A 4YZ5A 1HDKA 3D5OA 3SNMA 3DSEA 1TFMB 2NMNA 5BXTA 1RINA 4YW5A 3ZXLA 1CIWA 3FJKA 3JUTA 2WT0A 2GALA 3GNEA 1G9CA 3NV2A 4I4SA 4X39A 4YGCA 1DYPA 4FPEA 1LHWA 4ATEA 1IHKA 4XXPA 3SH5A 4TZDA 1BLAA 5HCBA 2DUOA 2GNBA 3QCWA 1W6OA 2E7TA 3ILFA 2VUAA 2GNMA 3F1RA 3T1MA 2DVGA 1GSLA 4LO2C 1HCDA 3W9TA 2ETFA 4Y26A 5E89A 3WNXA 2FFUA 2KH2A 3D7WB 1W6PA 2EXIA 5B2HA 2IWTB 1JW6A 1SCRA 3I29B 4LO7C 2UWAA 3FUOA 4CZSA 2E6VA 4FOWA 1TTUA 1GV9A 3L2YA 4I4PA 3FIEA 1CE7B 2VW2A 4ZFYB 4XFTA 2A6XA 3O4OA 4ZGRB 3HR9A 2LIEA 5CB7A 3ZUSA 1JN2P 4EEEB 1FGAA 5AVAA 1CR7A 3QW6A 1YYNA 1JHNA 1LHNA 1XQNA 1V00A 4XOGA 4YW4A 1DQ2A 4I0YA 3MEPA 2JJ6A 1SZ6B 1YF8B 4I8MA 3B9CA 4LO2A 1JLYA 4TYSA 1LU1A 3WDVA 2AREA 1MS0A 3KM5A 1QGLA 5BQMB 4HANA 4ZJXA 1V6JA 2ZHNA 2FO1A 1Z4SA 3FJEA 4AYUA 4FPFA 4PBOA 3TB0A 1HCEA 3I2AA 3AX4A 1MR5A 1Q1UA 4CJMA 4LBJA 2XHLB 3H6SE 1W6NA 4GWNA 1S0BA 3M3CA 4GAFA 2WNEA 4BOWA 3O4AA 5BOWA 3O12A 3POKA 3AP7A 3OJ2A 5FZUA 3A21A 3ILAA 1PZ7A 2ISHA 1I3HA 1BASA 3WDYA 1ITBA 1OQ1A 1LOFC 4DEPA 4XDQA 4M3CF 4LO8B 1MS5A 1AVBA 1D2SA 3MW4A 5DVHA 3C8AA 1N47A 1MACA 1DQ1A 3UD8A 3ZVXA 1AX2A 4HEVA 2D6NA 4BMBA 1ISVA 4XTPA 2A7AA 1AFCA 4G6MA 5CNAA 2IMAA 3W59A 1N1SA 5H9PA 3HSMA 3ZUQA 1ZKXA 4I1BA 4M3CA 2KI6B 5BP5C 3WINC 1LGCA 5JVVA 5BXRA 3AJ6A 1GANA 3T8SA 4DRVA 4DRRA 3UDAA 4Z9WB 2NP0A 1XYFA 3V65A 3APBA 4R9BA 3QLQA 1JT4A 3M3EA 4HR6C 4I4YA 3CRHA 3C89A 1S0DA 1IOBA 5JDBA 1PZ9A 1YVGA 1WLDA 1LOFA 4A7YA 1SLAA 4X38A 4FVVA 3LCPA 1AVWB 3ENRA 1DGLA 1BJQA 3I8TA 4YW2A 1IT0A 2AQZA 4I4XA 4OW4A 1ZKWA 2MIBA 4LBQB 3FJCA 1QOOA 1SR4C 1JYIA 31BIA 4QBVA 1BFFA 5DUYA 4A7KA 4OEEA 1EV2A 4XMAA 5BYNA 1LCLA 1UX6A 2E53A 2P37A 4P9YA 5BP5A 4UW4A 3OYWA 3BOPA 1WW4A 3WINA 2G7PA 2ZR1B 2VW1A 4Q1RA 2ZHKA 1ULFA 5DUVA 2DVDA 2V73A 3AKHA 3FLRA 3WLUA 3R4SA 1GZWA 3VV1A 2B7YA 2L5XA 1QQLA 2AUYA 1GBGA 4FPGA 1PZ8A 1W0PA 2AFGA 4IQPA 2D6OX 1WD4A 1CESA 5JOXA 3SLIA 3BAGA 2BEAA 1TP0A 2VLCA 4YG6A 2DVBA 3BRDA 2Y9GA 3OJMA 4J2KA 1N3PA 1N3OA 1ZL5A 1RZOB 1SR4A 5KXBA 3VUOA 1YO8A 3FJDA 4QBCA 2ZBJA 1AXMA 2ZZJA 4XIOA 3IPVA 2Y9WC 4XJAA 1CN1A 2YY1A 3M2MA 1UZZA 1BQPA 1WBAA 5JOZA 3USUB 4Q26A 4Q8KA 4I7IA 3JUUA 2ZA9A 1AZDA 4G1RA 3WO4A 1VLNA 1JT7A 1UMZA 3C8BA 1JXNA 3I4IA 4XHXA 3WUDA 1PUMB 4WVWA 3QIXA 3RMYA 1YXWA 1BA7A 4LBLA 1KJLA 4Q27A 4DCKC 4ISRA 1ISZA 5KXDA 3ZSKA 1TWEA 3H6RB 3P53A 3AK0A 1FNZA 4XBLA 3VKLA 3B9UA 1LODA 5E8AA 1G9BA 1WLWA 1II4A 3AJZA 2LALA 4LO1C 3WCRA 5G00A 3BONA 2A5ZA 4YW3A 4ZLBB 1G9FA 2AENA 2A75A 2ZQNA 3MPPG 1FX5A 5FZZA 4L4IA 5FNWA 1J1TA 4CTEA 3VKFC 3NBEA 3WO3A 4FP3A 4XE9A 1LTEA 5GZGA 2A8AA 3CU1B 4YG0A 1ISYA 4XBNA 2CTVA 4TLPA 2ZGSA 3OJVA 4EFPA 7I1BA 2I2SA 4UW6A 4C1XA 1SLTA 5T5LA 2VU9A 1R8OA 1DQGA 2ISGA 1LOGA 3CA6A 2FDBM 2ZGOA 2GMPA 1RY7A 4GA9A 3FLTA 1MZ6A 3NF3A 5JLVA 4QKSA 4W65A 4EL4A 3QJ0A 1JLXA 3O4DA 1YRZA 3IM0A 3PHZA 2VH9A 2XG3A 1DYKA 1VALA 4LO1A 4H55A 3CNAA 2DTWA 5GLWA 1ZM1A 2IHOA 1MS8A 2WLQA 1Q8VA 5E24E 3MALA 4I4RA 3UD9A 4OZXA 1BKZA 4FPCA 2PHFA 1PZZA 2JKBA 4Q2FA 4KS6A 5BQMA 5GZFA 2ARXA 1N1TA 4I1EA 1A8DA 4XJ9A 2ZGPA 3AP5A 1ENRA 5EYYA 2XHLA 1MC9A 3NV1A 3WMVA 4OWKA 1LOAA 4PC4A 1LOEA 1FV3A 3C2UA 3SNVA 5D61A 3ZPYA 1RMLA 3QW5A 1YTOA 1Q8OA 1AVAC 1AVXB 1H9PA 1T4QA 2FPQA 4FOVA 3PJQA 3IM7A 4EFRA 4BM8A 2DRYA 3VSZA 2JE9A 1K5UA 1MS1A 1FWUA 3O4BA 1GNZA 1MS4A 2DV9A 1V6XA 4YZ3A 1QU0A 4P6AA 4YLZA 1P63A 2AYHA 6I1BA 1HWPB 4SLIA 1F5FA 3UJOA 3AP4A 1V6LA 2F2FC 1WD3A 2EXJA 1OKQA 4YGEA 3MW2A 3LLPA 2NVHA 3QIYA 3CQAA 3ZYPA 1LJ7A 2PELA 2DURA 4R9AA 2OUHA 2UWBA 1Q8SA 4JP0A 1QQKA 3DGTA 2R1BA 3V79C 3CRGA 4KEKA 1WCSA 2P3KA 2ZGUA 3BOOA 3VKOA 1CPNA 5GZCA 1FN0A 2DUQA 1PUUB 1IS6A 1W0OA 1NZKA 3RRDA 1WBLA 2R9KB 1MS9A 5KXEA 4EFQA 1FMZA 3D6EA 3V0BA 1JT5A 1IKQA 3AH4A 3EF2A 1IOAA 2GMEA 1BFBA 4J23B 3FJAA 3WDXA 3WDTA 3WDWA 3FJFA 2D43A 3OY8A 1VCLA 4ZA3B 2F2FA 4II0A 1QNWA 1L2HA 1S0IA 1JTCA 5H9RA 4XTMA 4FPHA 4AVTA 3RSJA 1JBCA 4K21A 2K43A 2VXTI 3PVNA 1V6WA 4OEGA 5DUWA 5DXDA 3ILNA 1SACA 2IMBA 5F8YA 3PVOA 41BIA 1BARA 3WG2A 5T55A 1DQ4A 5SV8A 4UW3A 2NMOA 3AJ5A 2OUJA 4D0TA 2G7QA 2ENRA 5CBLA 2D22A 4XILA 1IS4A 3POWA 2WKKA 3CA4A 3BRFA 1IJTA 3HMYA 2ZABA 3Q9OA 1WBCA 2WQZC 2ZGLA 1U0AA 2P39A 3VWCA 2IMCA 4WV8A 2FHRA 1YIFA 4G9NA 1HWOB 1BXHA 4YZ1A 1HIBA 5F90A 2G7KA 4G6JA 3POSA 4FQZA 4Q1PA 4XXAA 5GLZA 5H9SA 3BAUA 3O4CA 3BAQA 1RIRA 3IIRA 1T3CA 2G7NA 2W39A 2XB6C 2RG9B 3RS6A 3D3XA 1EPWA 1F9KA 1QXMA 3RMXA 3AJYA 1AJOA 5HPZA 3ZX7A 2K8RA 3ILRA 1N1VA 2JDZA 4A7ZA 2R0HA 1IRPA 3USUA 5F5QA 2ET2A 4KC3A 3QIZA 3OGFA 4QALA 4GALA 4IZXA 4P0JA 4WBCA 2PHTA 1S1AA 1HQWA 1SBDA 2A3WA 2DTYA 3HALA 2GO2A 2PHWA 1QF3A 2D24A 2BFHA 4IONA 4ZFUB 3ZXGA 4BMEA 2D7RA 1WLCA 1S0LA 1LOBA 1S0CA 3VT0A 3A07A 1GZCA 2CWMA 3M3QA 1FWVA 2D20A 5EG6C 2RHPA 3TC2A 4GP3A 2WBCA 2XOAA 2CY6A 2ZGQA 1APNA 2OW4A 5GJ6A 3FLPA 1WW5A 1JY0A 4BQ1A 4Y20A 2FFVA 3WG1A 1G86A 1Q8QA 1AX1A 1DQ6A 3AP6A 1BFGA 1DFCA 4GWMA 3LSEA 4I3NA 5H9QA 4BLIA 3V0AB 2R1DA 5HCAA 3BADA 1Y7BA 4I4QA 4F83A 4XJUA 4R9DA 1C1FA 1SFYA 4LBMA 2QYIB 2NTDA 3H0OA 1EVTA 4P9WA 1FATA 1X50A 4ISQA 3BIWE 1S0FA 4I96A 4C1WA 2AR6A 3IN9A 4LO3C 1DIWA 1LEDA 4XMIA 1I1EA 2TEPA 4EJ5A 2CNAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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