1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
1QDOA 1G9CA 1AVUA 1YBIA 2IWTB 3VKMA 5JMCA 3IPVA 2P34A 1DYPA 5GALA 1TWEA 4I4XA 2FO1A 3CNAA 3AP4A 3N7MA 4XKIA 1CQ9A 2NVHA 4ELCA 3WVJA 4Q8LA 3AZXA 1PWAA 2EALA 4Z9WB 2HW9A 5DUYA 2UURA 1QKQA 4Y26A 3D3XA 2LALA 1AX2A 1GICA 3OY8B 4I4UA 1AXKA 1ONAA 3K3QB 2JD4A 4Y1XA 2XB6C 2JE7A 1GZCA 2NZ9A 4FQ4A 4YM0A 3AXDA 1T4QA 2D7IA 4G6MA 1TTUA 4F34A 4EL4A 1S0GA 3PUBA 1NXD1 4I4RA 2K43A 2RG9B 5BQNA 5GZDA 3AP6A 4H55A 1TIEA 2ISGA 5KXBA 1FATA 1SFYA 2P2KA 1MS8A 1RG8A 2QN0A 2GMEA 4GP0A 3NV4A 1PUUB 3VSFA 1QOSA 3RS6A 3H6RA 1J1TA 2FHRA 1F5FA 3N36A 4LBQA 2R9KB 1KJRA 4I4SA 4USPA 3FJEA 5DG2A 3WNXA 4P9YA 1V6OA 1RINA 2ZGRA 3OJVA 4WBCA 1NZKA 3O4AA 3JUUA 1WD4A 1C1LA 1IKPA 1QF3A 5I1BA 4HL0A 5IUQA 1F82A 2DVAA 4IQPA 1GKBA 2ESUA 1EVTA 3RMXA 3BA7A 2EXJA 5CNAA 2B7YA 3WDTA 2KI4A 2ZHMA 4UW6A 1JT7A 3QIZA 4TZDA 2ZGOA 3O12A 1FNZA 3SH4A 1S0EA 1GSLA 2J3PA 1LESA 2Z49A 3BB2A 4XMIA 3OY8A 3K1XA 1LHUA 3AZVA 3FLTA 4X38A 2ZBJA 1QNYA 4K21A 3VV1A 5DZFA 4ZBVB 2E7QA 5GZFA 1MS3A 2W2DA 3AKFA 1ZB7A 3IN9A 4M3CF 3Q7XA 1JT5A 5T5OA 3AJYA 3WUCA 1GZWA 5GLVA 3NV2A 1V6LA 2YZ4A 1W0PA 4XZPA 2A6XA 4FP3A 3HALA 3ZX7A 2AAIB 3SITA 3ZSLA 8I1BA 1MVQA 1FNYA 1DLLA 2AFGA 2AQZA 3ATGA 1SR4C 3AH1A 3FUOA 1W6NB 2WRYA 2GNDA 3RTJB 1URXA 1AX0A 7I1BA 3FUQA 1FV2A 3WO3A 1UMZA 1QU0A 4YG6A 1HLCA 4P0KA 1XHBA 4JRAA 2DWRA 3O0WA 3W58A 3HN1A 2GMMA 4AWDA 2GO2A 4LO3C 3UD9A 4ZKTB 3HR9A 5IK5A 2ZZJA 2NN8A 3O0XA 4NO4A 4DRRA 1R8NA 2YROA 3WLUA 1QDCA 3FLRA 3FBYA 2KLLA 4YFZA 2A6VA 4IY8A 1S0DA 3QLQA 3SNMA 1W6OA 4FPEA 2WBCA 5HCAA 4C1XA 3NBEA 1V6VA 2GALA 5BXTA 1XZZA 5BQMA 1WLDA 1LTEA 2E4MC 3UD7A 1SZ6B 2E6VA 1SBEA 2D6MA 3WG2A 1N4KA 1ABRB 4FVVA 2KM2A 3WCRA 3OBTA 1QGLA 4CJMA 4LO0C 3ZXLA 3C88A 5E89A 4J2SA 5H9RA 1W6NA 2ZABA 4BOWA 2GMPA 2DREA 2WKKA 3AYDA 4Y20B 2BEBA 3F1RA 2ZAAA 3WO4A 1GV9A 3V0AB 3NBCA 3B69A 1DGLA 1O4ZA 1FX5A 1YTOA 2R1DA 1SBDA 3MW4A 2D1ZA 4QO3A 4SLIA 5H9SA 2G7NA 3FJAA 1ISVA 2JECA 3IMNA 2IMCA 3IM6A 3DSEA 3CU1B 1LOBA 4XBQA 3WDUA 2ARXA 5IT6A 4FPFA 1GGPB 3H6QA 4XTPA 4WV8A 1AJKA 4XILA 1W6PB 2ARBA 3QYDA 3NF3A 3T1LA 4PBOA 3WV6A 3O49A 4ISQA 3A07A 1M16A 1Z0HA 1SR4A 4KS6A 2A6ZA 4GXLA 3WCSA 3IKWA 5DUWA 4I7IA 3Q7YA 2G7PA 1S0IA 1JLXA 1XTFA 4X3AA 5JDBA 4FQZA 2DS0A 4YG3A 4WZFA 1MS9A 4XBLA 3BOPA 3BA4A 1VAVA 4FGFA 2NMOA 5DG1A 4ATFA 4Q26A 4FPCA 4XBNA 4XIOA 3O4BA 2PHFA 1LOEA 3APBA 3F62B 3FJIA 2AH2A 4LO3A 4GKYA 3HBWA 4PCRA 4C1WA 1V6UA 2D7RA 1BYHA 2WJSA 5IK4A 1CJPA 1SLCA 4KC3A 1SBFA 2ZGQA 3CRIA 4Y20A 4D0TA 3AH4A 4K1ZA 3KM5A 3TC2A 3BAHA 2JDZA 1VCLA 3V0AA 3FJKA 3PVEA 1ITBA 1LODA 4G9MA 5FNWA 4LO2A 2DYCA 4R9DA 1LGCA 1JXNA 2VU9A 1PZ7A 2M49A 3L2YA 4LO1C 4Q27A 4XJZA 5EG6C 3NBDA 1FWVA 1CVNA 2ZGUA 3WDYA 4LBJA 3R4SA 3LLPA 4YW3A 2E4MA 1N3QA 2YMZA 4Q8KA 2XHLB 3FIEA 1A3KA 1W6PA 1V6WA 4YM3A 1Q8OA 2UWCA 2D3RA 2AGSA 4YZ3A 4KEIA 4OUJA 5BQUC 4K20A 2RQ9A 3MW2A 4JAWA 1TOOA 1BLDA 4M3CB 4DENA 2FPQA 1X50A 1ISWA 2WNEA 1QNWA 2LTNA 1G9AA 1AF9A 2V5YA 1KDKA 4USOA 1OFSA 2DUPA 21BIA 2DURA 4YOLA 2HYKA 2VUAA 3VKOA 3VWCA 1C1FA 3CAHA 4FPYA 5AVAA 5BOWA 2PELA 1N47A 1ULGA 1UN1A 2NP0A 3AP5A 2ZR1B 3FJCA 1SCRA 1CR7A 3SLIA 2HWAA 5BVPI 5JOZA 1S0LA 3ZXFA 1FMMS 4AGVA 5GZGA 1Q8SA 3V64A 2EXKA 1P63A 2W08A 2A3YA 4X37A 2CNAA 3M3QA 3MPPG 1XG6A 3D4KA 1TFMB 1ENRA 3MW3A 3ZXGA 1VIWB 2ZGNA 3V65A 4WVWA 3I29B 9ILBA 1PZ8A 3FIIA 2D20A 1S0JA 1SACA 1WD3A 1K5VA 1ZKXA 3BX1C 2PHTA 1WBAA 2P3IA 3ZUSA 2CWSA 1ULCA 1FQ9A 4D0ZA 4M01A 4KBBA 4AGGA 2CL2A 3H6SE 1KQRA 4YGDA 3OBRA 3QW7A 4BQ1A 1YRZA 3I4IA 3VKLA 1ENSA 4GAFA 2AUYA 3WA1A 4Y24A 1Z78A 4LBQB 1I1BA 2W52A 2NTDA 2NYYA 3B01A 1BFGA 3UJ4A 1IS3A 3T8SA 2UWAA 5GLUA 5EWSA 3N7JA 4LBQD 1JYIA 1N1VA 31BIA 1IS4A 1MC9A 1QMJA 4LO7B 2KH2A 5FZUA 2K8RA 2F2FA 4I4YA 3IIRA 5DZEA 5GLZA 1DZCA 4LO8B 4QBVA 3BAVA 1DJSB 4GAIA 4I2SA 3LSEA 3HOMA 1BQPA 3VKNA 2AXMA 1TP0A 1E1HA 5BQUA 1SLAA 3FGMA 2D6NA 3ZXDA 3C89A 1BKZA 3ZC8A 2W2DB 4XDQA 5GM0A 4XJAA 3CA5A 4QBCA 1R8OA 2E51A 1KDMA 4Y1YA 3A4UA 4KTXA 1GZWB 3OGFA 4QALA 1QXMA 1LU2A 3B9UA 1JOJA 1LHVA 1IKQA 3UJQA 5BP5A 4PQ9A 5T5PA 3BADA 3IM5A 1YIFA 2R0FA 1JW6A 3NV3A 3O4CA 1WUVA 5EYYA 1MS4A 1WLWA 4W65A 1W3GA 1ULFA 2Q5TA 1LENA 5T50A 3BRGC 3QIXA 1MS1A 1Q03A 2YUGA 3DUIA 41BIA 4QC4A 3DDAA 1AFCA 4GKXA 3AYAA 1OKQA 1LJ7A 3C8BA 1U0AA 4OW4A 1S0BA 5SV8A 3DDBA 5BXPA 4EFRA 5F90A 1D0HA 4Y1UA 1IHKA 4KUFA 3CRHA 3GALA 4XFSA 3IAGC 3NV1A 2OW4A 2A7AA 3AJ6A 1MZ5A 4R6UB 1AX1A 3WG1A 2LIEA 1XYFA 4IHZA 1UZYA 2FFUA 3P6IA 2Z42A 2ES3A 2OVUA 1DQOA 4XFUA 1HQWA 4IONA 1GBGA 4YM2A 1HCDA 5L73A 1W6OB 2D44A 3PMEA 4XHXA 4ZJXA 4IYBA 3FJHA 4I30A 3B00A 1ISXA 3O4DA 4GWMA 5BQMB 1G9DA 1PC8B 2C9AA 1W3FA 4Y22B 4Q91A 5IK7A 4GWNA 2ZHNA 4FOYA 1I1EA 1E0OA 3NWKA 4EFQA 2A3WA 1R1ZA 3BAQA 4YFWA 4ITCA 2DVBA 2SLIA 2P23A 3PJQA 1BXHA 3WDXA 4YG0A 3CA6A 4G6JA 2X2TA 3FJ8A 5GLTA 3PVOA 4BMBA 2GNMA 2CYFA 2PHXA 4LBLA 2ISHA 1W0OA 4I4PA 1DQ1A 4J1LA 1RZOB 2WSVA 1TEIA 2AYHA 3RG0A 5GZCA 1APNA 3AK0A 2VLCA 3B9CA 3SH3A 2P37A 1SLBA 1ZM1A 1CN1A 1Z7HA 3JRRA 3BA5A 3UL2A 3AKHA 4XTMA 1LOFC 1WBLA 3AYCA 4JC1A 3UD8A 5CBLA 4R9CA 3HMYA 3QCWA 3VSZA 1AXYA 1QOTA 3BODA 2ZHKA 1JLYA 1Z4SA 1FAYA 4Y22A 3WINC 1WBFA 4KEJA 1LOCA 1NUNA 5JLVA 2FMDA 5BXRA 2VH9A 1VLNA 3DEBA 1BJQA 1BLAA 2GNTA 4DFSA 4EJ5A 3QW8A 4OWLA 1QQKA 2V73A 3VT0A 4OWKA 1SLLA 1S1AA 1WW5A 1L2HA 3WG4A 1WW6A 4Q9PA 2P3JA 3R05A 3C2UA 5T54A 4X39A 1LOAA 4QD2C 2E53A 3WMUA 5F8SA 2P3KA 1JT4A 2VW0A 3FJDA 4Y1ZA 4Q2FA 3CA4A 1WCSA 4DEPA 3P53A 1JUIA 1D2SA 1RITA 3AKGA 5FNXA 2MC2A 3DGTA 5CA6A 1IJTA 4AVVA 1SLTA 4FPOB 5D63A 3N7LA 3RQ0A 5LK5A 2GNBA 3R4UA 3BIWE 1Q1UA 2GDFA 1YF8B 2UUSA 3FJBA 3BOKA 2WT0A 5T52A 3GNEA 3IM0A 2HZ9A 4JP0A 4ZFWB 3N0KA 3WZ1A 1WLCA 3D5OA 3TAYA 2A6YA 4DRVA 1DQ4A 3O5WB 1FN0A 1Z2VA 4XMAA 2BEAA 3QJ0A 3QW6A 1DBNA 3LTQA 4Z8BA 3OJBA 1I3HA 2BFHA 1MS5A 4LBOA 4MYEA 4DPNA 4K1YA 1CIWA 1XQNA 1RIRA 2VW2A 3AJZA 3ZSJA 4I1EA 2I2SA 2Q9XA 2ZQNA 2FDBM 3VT1A 2L5XA 1II4A 1YI7A 5F8YA 5T55A 2A97A 2G7KA 1F31A 1G86A 5HCBA 1RY7A 1KNMA 1LOFA 3PG0A 4OEEA 5D61A 2FFVA 2Z48A 1FMZA 3SISA 5G00A 3RMYA 5GLWA 4I4OA 4D8HA 4OZXA 1W6MB 2D6OX 5KXEA 2Y9FA 2D7FA 3WINA 1HWOB 4GOVA 3OYWA 3W59A 1YO8A 4XXPA 3ZXEA 2ERMA 4PF5A 1OQLB 1ISYA 5E8AA 5B2HA 3D7WB 4LO0A 1AZDA 4I4QA 1NLSA 4G1RA 1G9FA 1G8WA 4RA0A 2LIQA 5EC5A 4PC4A 4P0JA 2DV9A 2YXSA 1DQGA 4I1BA 3BAUA 4YZ5A 1IRAX 1LGNA 2UWBA 3AZWA 2GZBA 2XG3A 4HA2A 4JQ0A 4YW5A 3BOOA 1MZ6A 3INAA 5BYNA 3A0KA 2D6KA 4H04A 1DIWA 1ENQA 4QKRA 2EXHA 1GANA 3ZVXA 1UAIA 4FPGA 3PHZA 2XOAA 4JKQA 2R0HA 3POKA 4FOQA 2ENRA 2P39A 2DVFA 2PHWA 3NJ5A 2D3PA 5F8WA 4XJWA 1W6MA 1Q04A 1QQLA 3POYA 1N1TA 2VSAA 3N7KA 2R16A 5JVVA 1Q8VA 1Q8QA 3H0OA 3HSMA 4ASMB 1MACA 2IMAA 3LCPA 1EV2A 4GP3A 2C5DA 4J2XA 2QYIB 1J0SA 1WW4A 3BONA 1C57A 2WLQA 2JE9A 4ZGRB 4ZOTA 4XYXA 4XE9A 1HKDA 1WBCA 2D6LX 2D43A 3A22A 2DRZA 3AX4A 3ASIA 2ZMKA 4LBKA 4A7KA 4G9NA 3V79C 2PHUA 4ZFYB 1LOGA 2ZGPA 4Z8SB 4ISRA 1JQZA 2KKIA 2DVGA 1LULA 1WW7A 2ZA9A 1IOAA 5FZZA 4LO1A 2RSTA 4QKSA 1AJOA 1FYUA 1F9KA 3AP7A 1ONKB 4BLJA 1KRIA 2JKBA 1BA7A 2R49A 4ZLBB 5D62A 1DQ0A 3O4OA 5FREA 4FPKA 1HQLA 3ILRA 4J23B 1CE7B 5JOYA 2Q3NB 2ZGKA 1LHNA 1HKNA 2ZHLA 1ULDA 4GOYA 1N3PA 1ZA4A 3JUTA 1JTCA 1T3CA 4LBNA 3IM7A 2K4AB 4XOGA 4ENDA 1UX6A 1XTGA 1MVEA 3T1MA 3AYEA 1N3OA 5EHAA 1MD6A 2DVDA 3E8LC 4HJJA 1BARA 4PBPA 1MS0A 4AVTA 1AXZA 1LU1A 3MEPA 3USUA 2DRYA 1W3AA 1IS5A 4YGBA 4P9XA 2FGFA 2ZKNA 4Y1VA 4R9AA 4DCKC 1K5UA 3WHTA 3OJ2A 1V6JA 3AFKA 3V0BA 4AYUA 1S0FA 3ZUQA 2GN7A 1DZQA 2PHRA 4M3CE 1SCSA 3I2AA 4YZ4A 2D3SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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