1S0BA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 4.0
Total Genus 408
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
408
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 408
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0bA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0bA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0bA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0bA01
4WZFA 3BX1C 2EF6A 1E0OA 5L73A 2A6WA 4ZXKA 2AQZA 4XJUA 3JUTA 3V79C 4R9AA 2G4IA 3UDAA 3ZC9A 3CA5A 1KRIA 1F5FA 2WKKA 3QR5A 3T8SA 3MW2A 2AGSA 3B9UA 4G9MA 2F2FC 3A0NA 2GALA 4FOQA 1GBGA 2AREA 3M1HA 3UD8A 3ATGA 2ZQOA 3WMUA 3CRHA 1I1EA 2ZMKA 4KEKA 5CBLA 2FFVA 4Q26A 4Y1UA 5FZZA 5BOWA 1HWNB 5D61A 2A71A 4LO2A 5E88A 1JY0A 1BFFA 2R0HA 1Y7BA 3ZURA 1BQPA 2D7IA 3SITA 3DDAA 1N3OA 1CPMA 2E4MC 4Y1ZA 1FN0A 4YM1A 5GLZA 3H6QA 5FNXA 4G1RA 4H55A 1KITA 4I1BA 4C1WA 1KDMA 4JPZA 3CQAA 3AX4A 3K3QB 2ZGUA 1JHNA 4DCKC 3ZXEA 3WDVA 4OUJA 4YG6A 4FPEA 4J2SA 3B3QE 4M00A 2ZKNA 5KXBA 3ZPYA 5F8SA 4XTMA 1CIWA 2BEBA 4FPOB 4JC1A 2W39A 3ZXFA 4GOYA 1VIWB 4ZGRB 3WG4A 1LU1A 2ZACA 1HKNA 1D2SA 4LBQD 1VAMA 1XYFA 2ZQNA 3NV1A 4IZXA 4QC4A 4UW6A 3E8LC 2JD4A 1JW6A 5BXSA 4IYBA 3UJOA 3OBTA 5GZCA 2PHXA 4XFUA 2ZMLA 4FPCA 2NM1A 1S0IA 3VKNA 1OKQA 3M3OA 3QJ0A 2V5YA 3VSFA 1V6VA 3BB2A 4XJAA 3KM5A 4EFQA 1SLIA 1SCRA 2KLLA 1HWMB 2IHOA 2ZA9A 4EL4A 1DJSB 3WHUA 4BQ1A 4AVSA 4IY9A 3W9TA 4H04A 1LOBA 2YROA 4ISQA 4YW3A 4K1ZA 2GNMA 1G7YA 4GWNA 1BARA 1AVXB 3DUIA 1KJLA 4AWDA 1MS5A 1YF8B 2DVGA 1IRPA 3RS6A 5JDBA 3FJDA 1N4KA 3W59A 1AVUA 2D6PA 3WG3A 1V6LA 2JECA 1DYPA 1MD6A 3FUOA 4Q8KA 4XFTA 5DZUA 4DQAA 5T5JA 2D3PA 1HQLA 2A3WA 4ZFYB 4JAWA 1KJRA 1SBFA 1YO8A 4BMEA 2D1ZA 5IK7A 5JOZA 4YW1A 2EIGA 3O4BA 4YFZA 1Q8PA 3FUQA 3AKIA 4OEFA 4PBOA 3WG2A 1QQKA 4EEEB 4F34A 1ISYA 3QIYA 1F31A 4JQ0A 2W68A 2ZGTA 4I4UA 5IT6A 1BLAA 2WT1A 1WW4A 4P14A 3TC2A 2GO2A 2SBAA 1ONKB 1CR7A 5T5PA 4OW4A 4ITCA 1WD3A 4YZ5A 1Z2VA 5KXDA 3AP4A 3D4KA 1V6KA 2FMDA 2HYKA 4QALA 5JOYA 4GAFA 5HCFA 1MS4A 3ZYPA 2P34A 1LOGA 1R8OA 2ERFA 1C1LA 1GZCA 1S0JA 2F2FA 2VLCA 4ZFWB 1QOSA 2NTDA 4EKXB 1HCEA 1XTFA 4XXAA 3WG1A 1LTEA 3AP9A 2CY6A 3W58A 7I1BA 2K43A 2WBCA 5CB7A 1SCSA 4SLIA 4ZA3B 4ZBVB 3VT0A 4ISRA 2NP0A 5B2HA 3PUBA 4GP0A 4OWKA 2AUYA 1JOJA 4Z8BA 2DU1A 2E4MA 2KKIA 4I3NA 1D0HA 1WW5A 2A7AA 2EXIA 5FZUA 1HLCA 4IQPA 1HCDA 3PJQA 3IM7A 2A6XA 3D7WB 3IAGC 4J2XA 3POKA 2EALA 2VH9A 4J23B 4R9DA 3MW3A 1QF3A 2WSUA 4YM0A 2R1BA 2ZGPA 5BYNA 5GLUA 1ISVA 2P23A 3VT2A 1MC9A 2DURA 1YVGA 3BA7A 1TTUA 3PVEA 3POYA 1K5VA 2CYFA 3Q7WA 1NUNA 5DVHA 1AJKA 3CA1A 2P3JA 5I1BA 1RY7A 3A22A 3ZSKA 3O4DA 3BAOA 4Q8LA 1LOCA 4OEEA 1A3KA 1ZKXA 2CWMA 4WVWA 2P3IA 1TIEA 1TFMB 2MIBA 5EG6C 2EXJA 4X39A 4WV8A 2LIQA 3QW7A 1ZB7A 3BA4A 3O4AA 2EXKA 3HR9A 4L4HA 1YBIA 4FQ4A 2G7PA 1DQ0A 4EFPA 1S1AA 9ILBA 3ILFA 3IMNA 2WQZC 1Q8VA 3L2YA 1SLCA 1S0FA 2D24A 2PELA 1ABRB 4I96A 3RTIB 1XZZA 3T1LA 1TEIA 4HL0A 4A7ZA 2D22A 1V6MA 4Z9WB 1AFCA 4MYEA 2R49A 1UX6A 1VALA 2KI4A 2P2KA 2ZGKA 3BODA 2YXSA 2W2DB 4BLJA 2ILPA 1EYLA 4JKXB 1U0AA 4DENA 2ZGNA 41BIA 2VW0A 4L8QA 1C4RA 2JDZA 3OJBA 6I1BA 4FPHA 2UU8A 3C8AA 3AJZA 2A75A 1AJOA 1AX0A 1XQNA 4Y1VA 3FJAA 4ZJXA 3R4SA 1FATA 4P9YA 3WZ1A 4KBBA 2W2DA 4BMBA 5SV8A 5JOXA 2EAKA 2MLLB 2RG9B 2RHPA 3BAGA 3MEPA 4C1XA 3D3XA 4CJMA 3SISA 4K1YA 4FPGA 1BJQA 5EC5A 4GA9A 2Y9WC 1DQ1A 4UW5A 3LCPA 2CNAA 1JN2P 1SLAA 3SH5A 1W3FA 2XB6C 1ISWA 4LO1C 2G7NA 2AXMA 5E8AA 1HIBA 4R9BA 3FJ9A 4DFSA 2XG3A 3INAA 1EPWA 1PZ9A 1DHKB 1YRZA 1LESA 5IK4A 8I1BA 1QDOA 1CPNA 3AZZA 4YGBA 3P53A 1IHKA 3OPZA 4XHXA 3WO3A 3IIRA 3RQ0A 2UWCA 1DQ4A 2ARXA 2D7FA 2VU9A 4YGCA 1CONA 2DVBA 2DTYA 3HBWA 1MZ5A 1ULDA 3WA1A 4AGGA 3AH1A 1MS0A 4YW4A 1RZOB 1AVAC 1XTGA 1W3AA 4QD2C 3PG0A 4XJ9A 5EWSA 3VEQA 4XKIA 5EHAA 1DZDA 3AXEA 1BKZA 3Q9OA 2AENA 2A8AA 3ASIA 3KQRA 3CNAA 3VWCA 5DUYA 2K4AB 3BIWE 1DQ6A 5DUUA 3O4OA 1MS8A 2FHRA 1Q8QA 3OYWB 5F90A 1V6UA 4IZEA 4HEVA 4BLIA 4XBQA 4I4XA 2BQPA 5CNAA 2GNBA 1KNMA 2QYIB 2GNTA 3I2XA 2DUOA 2WT2A 1TWMA 4Q2FA 3MPPG 3AJ6A 3BA5A 4KC3A 3OYWA 2ES3A 1LJ7A 3AZWA 21BIA 4HA2A 4YGEA 1EV2A 1IRAX 5E89A 4DS0A 1JLXA 1OQLB 5DZGA 4LBLA 1IS3A 2UWBA 1LGBA 3A07A 4D8HA 1QNYA 1N1TA 2KM2A 2GMEA 3N7LA 3BAVA 1DQGA 2GN3A 4ATFA 2ZBJA 3C88A 1GZWB 2SLIA 4A7YA 1FAYA 3N3HA 3VKFC 3IPVB 3O44A 4JKQA 2PHRA 2Z49A 2KH2A 4FOWA 1VAVA 2K8RA 2ZGLA 3P6JA 3IM0A 3QLQA 4NOTA 5FREA 5BQUC 4KEJA 1ONAA 4I4RA 4KTXA 4RL7A 4YLZA 3QIZA 5F5QA 2R1DA 1GZWA 1APNA 1BASA 3BOPA 3AYCA 3IPVA 2ENRA 1RMLA 2Y9GA 2G7KA 2HZ9A 3GALA 4QKSA 3OBRA 1E1HA 4JRAA 1NXD1 3WINC 1ULEA 2CTVA 3AH2A 1DQ2A 3ILAA 3N0KA 2DV9A 5GLWA 4GAIA 1LULA 4OZXA 1Z7HA 1FV2A 5KXCA 3WCRA 4FPKA 4HANA 4J2KA 4XJ8A 2DYCA 4W65A 3WDUA 3ZSJA 5T54A 1SBEA 2A3XA 2A5ZA 1JLYA 3O49A 2D6LX 3RTJB 4AGVA 4LO1A 3I8TA 4Y24A 3ZUQA 5BXPA 2AYHA 1AX1A 2BFHA 4LO3A 3IM6A 1DFQA 3SH4A 3LTQA 1FNYA 1X50A 1JBCA 2FFUA 2WRYA 3FJBA 4YM3A 3TB0A 2VXRA 4J2YA 3WUDA 4JCKA 3O4CA 4QD2B 2DU0A 1FWVA 2WLQA 1JT7A 4KUFA 1FMMS 1W6NB 1AXKA 5DZFA 1N1VA 1GANA 4XZPA 1BYHA 2YV8A 4USOA 3ILNA 3O5WB 3O0WA 4I2SA 2NN8A 4I4VA 2ZGMA 3GNEA 1FGAA 4L4IA 1J0SA 3UK9A 1LOAA 3BAHA 1JT3A 3BAUA 4FVVA 4BPZA 3NF3A 3AXDA 1BFCA 1JYCA 1PZ7A 3IM5A 3CA3A 1W6NA 1CESA 5GALA 2EXHA 1LEMA 2ZMNA 3MW4A 4OWJA 3I2AA 2E7QA 1ZM1A 3LSDA 3R05A 4ELCA 1GICA 3O0XA 1OQ1A 4Y1XA 1DYKA 1W0PA 2ZGQA 2ZR1B 2E53A 3NBDA 4YOLA 4GXLA 2W52A 1GLHA 1EVTA 1W3GA 5BP5C 1ILR1 1LEDA 1UL9A 1OFSA 3QYDA 5H9PA 2ERMA 2IMAA 3AKFA 3WVJA 2DTWA 1N47A 1GNZA 2CL2A 3QIXA 4P6AA 3FFZA 1DZQA 3USUB 1S0LA 1DFCA 2A6VA 1AZDA 5T5OA 5GLVA 4YZ1A 2IMCA 2A6ZA 3N7KA 2PHUA 1PUUB 1ENQA 1I3HA 1UZYA 2ESUA 1N3QA 1Z4SA 1QU0A 1JXNA 3OGFA 4LO8B 1GYKA 4YG0A 4M3CB 4IHZA 1JTCA 5T52A 2V73A 3RMXA 3AP7A 5GAQA 2GMPA 3USUA 3A23A 1XG6A 1CVSA 3P6IA 1SACA 4XMIA 2FO1A 4P0KA 3AKGA 1LCLA 3BAQA 2Q3NB 4YZ2A 3BRGC 3AK0A 5EYYA 4GKYA 2A3YA 1CVNA 2NMNA 1G82A 1ENRA 5BQUA 4M3CA 3O12A 2DUQA 3H6SE 2HWMA 4R6UB 4EB2B 3V65A 3A21A 1G9CA 2D43A 3NBEA 3F62B 4LO7C 4XHBA 3OY8B 3C89A 3DSEA 1WCSA 3A0KA 1WLDA 1DBNA 3WINA 4TZDA 3ZUSA 4AGRA 4P0JA 1A78A 5JLVA 3UJ4A 1JQZA 1LODA 5DZEA 2QN4A 2WT0A 2B7YA 1BFGA 5AVAA 1GSLA 2Q5TA 3M3EA 3ZXLA 1DGLA 4FPFA 2UURA 1G9DA 3OY8A 5BXTA 3IKWA 1H30A 1ZN3A 2ZGOA 5T50A 2HW9A 2A97A 1LECA 3C2UA 1LHWA 4Q1RA 3JRRA 1HWOB 2ZZJA 1LOEA 3CAHA 1IS6A 1N1YA 1LU2A 2FPQA 4G9NA 1FX5A 2A6YA 5F9TA 1K5UA 5T55A 3IN9A 1NLSA 4I30A 4Y22B 4CZSA 3AYEA 2Q9XA 2JE9A 1T3AA 1SR4C 4AVTA 4XIKA 3UL2A 3BOOA 4Y20B 3CRIA 1V6IA 4XXPA 3ZYRA 1IJTA 1UPSA 1WLWA 1LENA 1LHOA 3WDWA 2ZHKA 4I4QA 3V0BB 2ET2A 3AP6A 1G8WA 4Q27A 1RIRA 2ZHLA 5D63A 4D0TA 4YZ4A 3V0AB 1WD4A 1S0EA 4D69A 1IKQA 4Y22A 5GJ6A 1UMZA 3NV4A 4Y20A 3VKOA 1URXA 1V6WA 4Z8SB 3QW5A 4Q1PA 3AYDA 3PVOA 4XTPA 2ISEA 2Y9FA 3WLUA 3V0BA 2ZGSA 3VUOA 3CA4A 3FJFA 1F82A 1TOOA 4I1EA 3V0AA 1AF9A 4UW3A 4M01A 1TWEA 2DS0A 1PC8B 5FNWA 3K1XA 3FIIA 3AYAA 5BP5A 2YUGA 2ARBA 3NWKA 2VSAA 3WO4A 3POSA 5IUQA 2TEPA 1FQ9A 4DRVA 1ZA4A 1C57A 1S0BA 1BXHA 3FLPA 2PHTA 2VXTI 3H6RB 3OJVA 1SLTA 1G9BA 1ULCA 1SLBA 1DZCA 2WJSA 1IILA 2DRYA 4U36A 3WDTA 2IMBA 4XJZA 1W6MB 4PF5A 3M3CA 2D44A 1SZ6B 3B01A 3ZSLA 1V6JA 1IT0A 2YY1A 2KI6B 3HSMA 4X3AA 3HN1A 1L2HA 1UN1A 2GZBA 4I8MA 5EYXA 1BFBA 4ZKTB 4NO4A 1C1FA 4EJ5A 2I2SA 3UD9A 4I6IA 2L5XA 3OJ2A 2R0FA 4YW2A 4LO7B 1A8DA 2DVDA 3VSZA 3H6RA 3S8KA 3PMEA 3PVNA 4X38A 1AX2A 4Q9GA 4II0A 1W6MA 1V6OA 5HCAA 3B9CA 2AH2A 1RITA 1MR5A 1MVEA 1V6XA 1LGCA 2ETFA 1SLLA 1S0GA 1JUIA 1HDKA 1WBFA 2NVHA 2ZGRA 1CQ9A 5FRAA 4H9WA 4TLPA 1DQ5A 3ZX7A 1JYIA 2G7QA 4P9WA 1V00A 4K21A 3ZXDA 1UKGA 4FPYA 1YTOA 1LOFC 2ZHMA 3DS9A 2CWSA 2HWAA 2NZ9A 4XMAA 1J1TA 1I1BA 3WOGA 4WBCA 2GMMA 2J3PA 3Q7XA 1GKBA 3ZXKA 1O4ZA 4I4SA 1TP0A 2GN7A 4D0ZA 1NZKA 3D5OA 2D6NA 1HKDA 3AZVA 3FJKA 3V64A 3POWA 3RMYA 5BQMB 1LHUA 4AN7B 1T4QA 4LBJA 1YI7A 1MZ6A 5GZFA 3ENRA 5DUVA 1KQRA 2ZAAA 4XBLA 3BONA 3UD7A 4HR6C 4FP2A 1BLDA 3NBNA 5H9QA 2DVAA 2VUAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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