1S0BA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 4.0
Total Genus 408
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
408
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
total genus 408
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0bA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0bA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0bA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0bA01
1G86A 3FFZA 1HDKA 1OQLB 1LECA 2HWAA 3CRHA 5BP5C 3OJMA 9ILBA 3WLUA 2DWRA 2ZHNA 5JOZA 1DYKA 3FJCA 3WOGA 1IOBA 3B9CA 4LO1C 4Q8KA 4GALA 3NF3A 4LO0A 3CRGA 1JLXA 2AXMA 3DUIA 4QD2C 1N1VA 4FOWA 3APBA 4XFSA 3NV4A 5FZYA 5H9RA 4XTMA 3UD9A 3N0KA 3JUTA 1J0SA 3Q7YA 2D7IA 4J2XA 4IONA 1GNHA 4J2SA 5GLVA 3WO4A 3HMYA 4I1EA 1GICA 3AH4A 3FJHA 1D0HA 3WUDA 1O4ZA 1C1FA 3UDAA 1LEDA 1PZZA 2GMEA 3Q9OA 3T8SA 1QDOA 2FDBM 1WLDA 3A07A 2CWMA 4R9BA 3AH1A 3O4BA 1CONA 3MALA 3WINC 2XG3A 5H9SA 1E0OA 5EXOA 3ZX7A 3VKLA 3A23A 1ZL6A 1V6OA 3O5SA 1LHUA 5BQMA 1RIRA 2P3IA 4FOVA 3I29B 4XJWA 3W9TA 3O49A 5T5OA 3B9UA 5BQMB 4FP3A 21BIA 2FMDA 3DSEA 2YMZA 2P23A 4BMBA 5BXRA 1F82A 2JD4A 2P3KA 1WLCA 4A7YA 1Z4SA 3IPVA 2P3JA 1G9BA 1MS9A 4ISRA 4YGCA 3AYEA 1ISVA 2Q3NB 3UJ0A 3IPVB 4ELCA 4IHZA 1LOAA 1N47A 5I1BA 2YUGA 3PVEA 3B01A 1LU1A 4FQ4A 1JN2P 3FJAA 1QOOA 3BODA 4K21A 3I2AA 3ZUSA 2LIEA 2D3SA 3FGMA 3D7WB 3AYDA 1JT4A 3OGFA 3POWA 4FP2A 3WG3A 4PC4A 1B09A 4KTXA 1ITBA 3CA0A 3OGGA 4M00A 1HQLA 2DV9A 4DEPA 5JOYA 2DRYA 1Q56A 4YM3A 1DIWA 4KBBA 4YGBA 3AXEA 4EFRA 4I8MA 1SACA 1JLYA 4LO7B 4F83A 3QW5A 5IK7A 1NLSA 4X3AA 2GMMA 2I1BA 3K1XA 1Q1UA 3BOKA 3KM5A 1M2TB 5KXDA 1AZDA 4YG6A 1UZYA 2E4MA 1NXD1 1ZKWA 5HCBA 3Q7XA 1H9WA 4EL4A 2K43A 4K1YA 1YO8A 1HWOB 3DS9A 1TWMA 3AKFA 2KM2A 2K4AB 4IZXA 2E6VA 4FPJA 1JYCA 4IYBA 4YG3A 4PBOA 3OJ2A 2CWSA 1FX5A 3A22A 1UMZA 3DEBA 1S0IA 4FPKA 4XYXA 2PHXA 3N7KA 1RMLA 4LBKA 3N7LA 3POSA 1W6PA 5DUVA 3BRFA 3ATGA 3E8LC 4LBJA 4M01A 5HPZA 1JY0A 3VEQA 1QQLA 2A97A 1DZDA 3T1MA 3H6RA 3M3EA 1HCEA 5IK4A 2ISGA 1W6PB 2J3PA 1DZQA 3HALA 3QW6A 3H6RB 5EYXA 1HLCA 3RTIB 2KI4A 3MW3A 3JU9A 5GZEA 3FJEA 3MW2A 5DZUA 5LK5A 2AUYA 2FO1A 1N3PA 3MW4A 2AGSA 2P34A 1K5VA 5FRAA 3FUOA 2VSEA 1AVXB 5IT6A 3VSFA 3PVNA 5GZGA 5EG6C 3ZSJA 5BVPI 3WG2A 1W3FA 5HCAA 5T52A 1AXZA 5EC5A 2NZ9A 3WDYA 2ZGUA 1QU0A 3IMNA 4EB2B 2Q5TA 2EXJA 3AFKA 4AGRA 2UUSA 2ZHKA 1GZCA 1UX6A 5BQUA 2EXKA 5DVHA 1N3QA 4XHXA 1SFYA 3BAOA 1SCSA 4J2KA 3WMVA 4FPGA 4YZ4A 1KJLA 2DU0A 4BMEA 1HWMB 3AP6A 4ZGRB 4I2SA 3ZYRA 2G7NA 1FGAA 1BJQA 1Q04A 2D6MA 4LO1A 1N1SA 4LBQD 2D6OX 2R49A 4HEVA 2H0BA 4J1LA 4I4OA 4LBQA 2ESUA 1MS5A 4JPZA 3QJ0A 1V6WA 3IKWA 4Y24A 3H0OA 4ISQA 1ISYA 4QD2B 4LBQB 1SR4A 1S0CA 2UURA 1S0GA 4W65A 3RSJA 4MYEA 1WW7A 1G9AA 5DZGA 3WDUA 4JAWA 1PUMB 1EYLA 1FWVA 3KQRA 4KS6A 4U36A 1CPNA 3BAUA 1GANA 4D69A 3IM5A 3WHTA 1F5FA 1UN1A 4I4VA 1D2SA 3AYAA 4LO8B 2NMNA 4II0A 3RS6A 4XDQA 3VSZA 3WINA 3IM0A 3ILRA 4LO3C 2JJ6A 4Q1PA 4JQ0A 2ARXA 1GKBA 4QKRA 3I2XA 2ZGLA 2ZGPA 5T54A 3HBWA 5FNWA 2KH2A 3CA1A 2DVFA 1AX1A 2WSUA 4AYUA 4I1BA 3MEPA 4CTEA 1CESA 1W3GA 1VCLA 1DZCA 1T4QA 4XE9A 2ZQOA 3IM7A 1SBFA 4KEJA 2UWBA 4JCKA 5CB7A 1CE7B 4HJJA 5IK8A 1HCDA 1YIFA 1SZ6B 4KC3A 1VAMA 4WZFA 1DQGA 1SLIA 1W6MA 4YZ5A 2EF6A 1V6VA 3O5WB 5DUWA 4KEKA 3FJFA 4YZ2A 1W6MB 3D5OA 2ERFA 3QCWA 1CN1A 5AVAA 2PHTA 1BARA 3ZC8A 2DVGA 3FIIA 3AK0A 4ZFWB 5GZCA 4BOWA 3ZC9A 1N1YA 1ULFA 2X2TA 3UK9A 1JXNA 3UJ4A 3RTJB 1FQ9A 2IMAA 5GLZA 3VT0A 1IS3A 4JRAA 3RRDA 5F8WA 3R4SA 3W58A 2DTWA 3BA5A 4FOYA 3CA5A 4WV8A 2AAIB 1SLTA 4FPLA 1HWNB 4ZFYB 1AF9A 1TIEA 3D4KA 3NJ5A 1JHNA 5EWSA 1R8OA 4DPNA 2DUQA 2ZGQA 2ZGSA 4UW4A 5CAZA 3QW7A 2GALA 3FJ8A 1IHKA 1ZL5A 1LOCA 3BWIA 3C88A 2DURA 1EVTA 2NM1A 1OFSA 2W39A 1C4RA 1QGLA 2F2FA 5BXPA 2YY1A 1UKGA 1ISXA 2QN4A 2A75A 3P6IA 3CRIA 3ZXFA 5DUUA 3CA3A 3UL2A 1N4KA 2MLLB 3OJBA 4IZEA 5SV8A 5DG2A 3R4UA 3ILNA 3B69A 1DQ6A 4Y1YA 3O4AA 1W0OA 1S0EA 4DQAA 2D1ZA 1BZWA 1F31A 5CA6A 3TB0A 1Q8SA 3BB2A 3WDTA 1V00A 2ILPA 3BRDA 2TEPA 2D6PA 4YZ1A 5G00A 2R1BA 3O4OA 31BIA 3TC2A 2VY0A 2ZQNA 2R16A 5FREA 2A6YA 2SLIA 4TYSA 2D44A 4OWKA 2CNAA 4IQPA 3ZYPA 3BAVA 3FJ9A 1LHOA 1W6NA 2DU1A 3C8BA 2A3YA 1GGPB 2KLLA 1CR7A 2MIBA 1SBDA 5EHAA 3OBTA 1JW6A 1BLAA 4XJAA 4AVTA 3O44A 2A3WA 1V6LA 4XJZA 1W6NB 2M49A 4F34A 5E8AA 3ZXDA 4FQZA 4QBCA 1JUIA 4BQ1A 3NWKA 1CVSA 2P37A 4QC4A 5GALA 3ASIA 3AZWA 3OJVA 1G7YA 1CVNA 3ZVXA 3NBEA 1LU2A 1KQRA 4I6IA 4DENA 4CJMA 4YLZA 5JOXA 3WUCA 1TEIA 2LTNA 3ILAA 1IKPA 4LBLA 1S0FA 4GP3A 1CQ9A 2XOAA 5BXSA 1DFCA 4YGEA 2JDZA 6I1BA 4P6AA 1YBIA 3OYWA 3RG0A 2GNDA 1LJ7A 2F8XC 2VXRA 3OYWB 1ZA4A 1DQ5A 4WBCA 1SLCA 1T9FA 5F90A 5D63A 2FFVA 4XBQA 3VUOA 4EEEB 5JLVA 1MS3A 3WHUA 4LBNA 4AN7B 3ZSLA 3VKMA 1PC8B 4Q1RA 4C1XA 1PWAA 4LO3A 3WDWA 3V65A 1FV2A 2QYIB 1YRZA 2DUPA 1I1EA 4OEFA 4LO2A 3ILFA 3P53A 4M3CE 3CA6A 1Z7HA 3WG4A 4PQ9A 1FNYA 3NV3A 4NOTA 1V6JA 2YXSA 1J1TA 4IY8A 3C2UA 2D6KA 4BM8A 4CRQA 3SLIA 2D43A 4PCRA 2B7YA 4XJ9A 3VWCA 4Z8SB 1BYHA 3AJ5A 2Q9XA 3VV1A 4XXPA 1IS4A 1MR5A 1Z0HA 5GM0A 1QMJA 1K5UA 4WVWA 3MPPG 2ZMNA 1AXKA 1W3AA 2JECA 1DQ4A 1MACA 3SH4A 3F62B 1JQZA 1HKNA 2Y9FA 1RY7A 1ISWA 2VW2A 3WZ1A 5GZFA 1O4YA 2PELA 3T1LA 2Y9GA 4Q27A 1DQ2A 4I4RA 1DQ1A 3ZSMA 4YW5A 2ZGOA 2FHRA 1QF3A 3AKHA 3D3XA 1AXMA 4QALA 3EF2A 4GAFA 2VXTI 3QIYA 2ARBA 2WKKA 4AGGA 2BFHA 4FOQA 1ENQA 1A8DA 1N3OA 3V0AA 3BADA 3JRRA 3WCRA 3FBYA 3WO3A 3N7MA 1UZZA 3V0AB 4XIOA 1W6QA 2P39A 1V6IA 1JYIA 4H55A 4J23B 4X38A 4CZSA 2D24A 2LALA 3AZVA 1R8NA 1W6QB 5BQNA 1S0LA 2D7FA 1WBAA 3PHZA 1E1HA 4XZPA 4K20A 5D61A 1ENRA 3BA7A 2P2KA 3GALA 4XXAA 4I37A 5B2HA 2V73A 4XJUA 4FGFA 2PHUA 1ONAA 2DUOA 2E53A 1TWEA 2ZA9A 1N1TA 3NBDA 2ET2A 3AJ6A 8I1BA 1F9KA 2A5ZA 4PBPA 4YW1A 4ZLBB 5BOWA 4Z8BA 3NBNA 3K3QB 2ZGKA 4AGVA 5GJ6A 4USOA 4YM2A 5DUXA 3VT2A 2ISEA 1R1ZA 1JOJA 5BXTA 3BAHA 5BP5A 2WNEA 4AVVA 1KJRA 2D3PA 2DRZA 3LSEA 5L73A 1IOAA 1GBGA 5E24E 4I0YA 1I3HA 5E88A 3NV2A 2BEAA 1QOTA 3IIRA 4M3CF 5DZEA 2FGFA 1QNWA 1WLWA 4I4SA 5T55A 1LCLA 2JE7A 1WCSA 1A3KA 3M1HA 3QIZA 1QNYA 2ES3A 1QDCA 4D0TA 4BPZA 2ZBJA 1L2HA 1LHWA 2WT2A 3O0WA 3LLPA 4GXLA 3UD8A 3A4UA 4EKXB 3PMEA 1XTGA 4X39A 1DYPA 4EFPA 1FNZA 1Q03A 2VH9A 2YZ4A 2NN8A 1MC9A 5T5PA 3S8JA 3CA4A 3T2TA 2MC2A 2CYFA 4GOVA 1RZOB 2VU9A 3FUQA 4YZ3A 4Y20A 4R9CA 3HOMA 4ZXKA 3ZSKA 2WBCA 4USPA 3ZUQA 2E7QA 4Y20B 4OEEA 4P14A 3GNEA 4P9YA 4Y26A 1HIBA 1KDKA 3AJZA 5IK5A 4GAIA 1CJPA 2GMPA 2XB6C 3WMUA 2Z42A 2VW0A 1MS0A 4FPHA 4JKQA 1IILA 3IAGC 1XZZA 3VKNA 2IMBA 2GZBA 1WD4A 1LGCA 4R9AA 1XTFA 4XBNA 2C9AA 1XYFA 1LENA 1ULDA 1YVGA 2ETFA 4LBMA 5FNXA 3VKOA 3DGTA 2CL2A 5JMCA 1BFBA 4Q2FA 1IRPA 1EV2A 2ERMA 3S8KA 3V79C 4ZKTB 1W6OA 1GLHA 2CTVA 3M3CA 3RQ0A 4XMIA 2D3RA 1U0AA 4A7KA 3UD7A 2AR6A 4FPCA 2E51A 1G8WA 1W6OB 1TP0A 3H6SE 1KRIA 2FFUA 1IJTA 3PVOA 1SLAA 4KUFA 2DVBA 1EPWA 2HYKA 1V6XA 3O4DA 2I2SA 3LCPA 4OW4A 4RL7A 4G6MA 5EYYA 4YW2A 1TOOA 3U4XA 4X37A 5E89A 4YW4A 1VIWB 2AENA 4BLIA 1Q8VA 4ATEA 1UL9A 4L8QA 3CQAA 3B00A 3ZXJA 3BAQA 2X2SA 1KDMA 4LBOA 1BQPA 1ABRB 2Z48A 1MS8A 1VALA 2OVUA 3AZXA 4R6UB 4P9WA 4G6JA 1WW5A 2A71A 2AH2A 1WBFA 4R9DA 1SBEA 4QKSA 2A6ZA 1GYKA 1BFFA 1MS4A 4Z9WB 4HANA 1UAIA 2ZGMA 3O4CA 4C1WA 1FV3A 3O0VA 4FPOB 3V0BA 3CAHA 4G1RA 5FZZA 1GSLA 1YYNA 4P9XA 3V0BB 1ULEA 3OPZA 1UPSA 2D22A 1V6KA 4OUJA 3C8AA 3I8TA 2G7PA 2HW9A 1Q8OA 4AN6A 2UU8A 3R05A 5GZDA 3QYDA 3RMXA 3N36A 3AKGA 1WD3A 4Y1ZA 4DFSA 2EALA 3NBCA 1CPMA 5HCFA 4ASMB 3ZXGA 3SH5A 4ZBVB 4XTPA 1MVEA 3PUBA 4I7IA 3HN1A 2Y9XE 3FJBA 1H30A 5DSSB 2RQ9A 3SNMA 1HWPB 4J2YA 4I3NA 1GZ9A 2L5XA 2VSAA 3AP9A 2A3XA 3BA4A 1PZ8A 2IHOA 4KEIA 2A6WA 1SCRA 2R0HA 1VAVA 4U2AA 4XIKA 4AWDA 1QQKA 4JP0A 4GKXA 2GNBA 1JT3A 4I4QA 1QKQA 1FAYA 1IT0A 1BLDA 5F9TA 4UW3A 4FVVA 1WBLA 4TZDA 2WT1A 4G9MA 1S0DA 3PJQA 3C89A 3TAYA 2G4IA 2DREA 3AJYA 5DUYA 2EXHA 1X50A 4H04A 1LULA 5KXEA 2GN3A 1SR4C 2A8AA 1M16A 1JT7A 2D6LX 1MZ5A 3I4IA 3BTAA 3ZXKA 2PHRA 1BASA 2YROA 5FZUA 4DRRA 4PF5A 2KI6B 1DQOA 1RINA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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