1S0CA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.0
Total Genus 399
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
399
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
total genus 399
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0cA01
1FV3A 5DXDA 2A6WA 5KXCA 2VUAA 5D62A 4PCRA 2YROA 1E0OA 3WG4A 4Y22B 5T54A 3D7WB 1QDOA 2Q3NB 4Q2FA 1A78A 3O4AA 4FPHA 4W65A 3USUA 4ISQA 3O4CA 2ZGPA 1T9FA 2PHUA 4UW3A 4P9YA 4JP0A 5H9QA 4UW5A 5T5PA 2P39A 2CYFA 1JW6A 1W6QA 3I8TA 1HKDA 3ILAA 1IOBA 3Q7YA 2UWBA 5DUUA 3D5OA 2YZ4A 4P9WA 4M3CF 3I29B 4OWLA 1BFCA 2D6MA 1DFQA 3Q7XA 4M01A 3ZXEA 3AZVA 3CAHA 1WUVA 3POSA 1QXMA 1DQ4A 3BA7A 3Q9OA 3CQAA 3AKIA 1QOSA 4QKSA 1FGAA 2L5XA 2DU0A 4M3CB 2D43A 3NBDA 3ZSKA 2YY1A 1LOCA 4Y1VA 1R8NA 2ES3A 2LIEA 3AXDA 5D63A 5IK7A 1G9CA 1AX2A 2VW0A 4J23B 2EALA 1MZ6A 4U2AA 4XBNA 1HDKA 2J3PA 2DUQA 1LECA 1ZB7A 1WW7A 2P2KA 4J2YA 3IPVB 4FOYA 1W3AA 4XILA 3ZX7A 4P0KA 3UDAA 4DEPA 1Q8OA 5JOWA 3ZYPA 1JYCA 2WNEA 2AQZA 5F8SA 2XB6C 2D3SA 4FOWA 1Q8PA 1QQLA 1ILR1 2VXTI 1V6NA 2AR6A 2GN7A 3OYWA 1G86A 4YW5A 1AVUA 2CWSA 4LO3A 3VSZA 4K21A 3QW6A 4I30A 5IK5A 1ULCA 4Z8BA 2E4MA 1PZ9A 4Y20A 3DGTA 1G9DA 3NV3A 4Q1RA 1GANA 3WNXA 4DQAA 5HCBA 4YM1A 3NV4A 3B3QE 2NMNA 2WRYA 3NBCA 1QKQA 2EXHA 1KITA 5T5OA 4DENA 3FGMA 3C8BA 1JOJA 1E1HA 5GLTA 4X38A 2DVAA 4ZFYB 4EKXB 1W3GA 1KNMA 4IZEA 1DQ1A 5E88A 1II4A 4I4RA 5BQMB 3OY8A 3RTJB 1DQOA 3BADA 1OQLB 2ISEA 4EFRA 1FV2A 4EB2B 4GOVA 1CIWA 1MZ5A 3CA0A 4NOTA 3ZVXA 5AVAA 5DG2A 5BVPI 1UN1A 3QCWA 2D3PA 3D4KA 1TTUA 4Y22A 1LGNA 3WHTA 4USPA 4FVVA 4XZPA 4Q1PA 4ASMB 3E8LC 4YM0A 4LO1C 3HALA 4ISRA 1W6PB 2W39A 3RQ0A 2GNTA 1GKBA 2ZMLA 3VWCA 2FFVA 1EPWA 3AK0A 1XYFA 1Z78A 4R9BA 1T3AA 3AJYA 4R9DA 1IS5A 4QD2C 5GJ6A 4EEEB 4I4UA 1UKGA 3RG0A 1JY0A 3LSDA 4Y1ZA 3WG3A 3VKMA 1YRZA 3OGGA 5EYYA 5LK5A 4I4XA 1LOEA 4FGFA 3R05A 1IT0A 1GLHA 4X39A 2G4IA 3B9CA 2D7FA 2ZBJA 1D0HA 2FHRA 3BIWE 1G9BA 1FNYA 4YG0A 5FREA 4P0JA 2ZGSA 4M3CA 2ZZJA 2GMEA 1AX1A 1I1EA 3RTIB 3UL2A 2OUHA 1LOGA 4XJUA 3BAQA 1KJRA 4L4HA 5BXTA 2DWRA 2P3IA 2R0FA 4AGRA 4HEVA 2GNDA 1VIWB 1ONKB 1N3PA 3N7MA 3ZYRA 1HQWA 3AH4A 1FMMS 1BJQA 2X2SA 1N1YA 3IPVA 1OQ1A 4I4QA 1F82A 4ENDA 3VEQA 1TEIA 2LTNA 4DS0A 4GKXA 1T4QA 1ZM1A 4XBQA 2UUSA 5CAZA 3I2AA 3P6JA 2VH9A 4M00A 1WD4A 4XKIA 1DIWA 3APBA 1RZOB 3POYA 3BA4A 4LO0A 4GA9A 5CBLA 3U4XA 3O5WB 4TZDA 3AYEA 3WG2A 3A0NA 3O3QA 5DZUA 4BLIA 2NMOA 2HWMA 1Z4SA 1H30A 3W9TA 2A75A 1S0IA 1VALA 3AZWA 4XYXA 2G7PA 4TYSA 5DG1A 3UJ0A 4BQ1A 1DQ5A 2GDFA 2KI4A 1QNYA 9ILBA 4UW6A 3R4SA 4YFWA 2ZGQA 4KC3A 1MD6A 2R49A 2Y9GA 5I1BA 4PBOA 2FFUA 3FFZA 4D8HA 4XHBA 3UJQA 2CNAA 4IYBA 2NM1A 3O0XA 3UJ4A 4QD2B 4AN6A 1V6KA 3WDTA 4U36A 1ULDA 4I96A 4YW1A 3LSEA 2OW4A 1J0SA 3WZ1A 3ILNA 1Z2VA 1C4RA 4H55A 4R9CA 2FO1A 2XHLB 2AXMA 3BODA 1HWMB 4C1XA 2VY0A 4YW4A 1V6IA 4J1LA 3BB2A 3F1RA 2WT1A 1FMZA 3WO2A 3WHUA 2OVUA 2WSUA 5D61A 1G9AA 4A7KA 3CA4A 5CNAA 3UD9A 1LOFC 3TAYA 4IY8A 3D6EA 4F34A 1W6PA 1LHNA 3AP7A 3VKOA 2Y9WC 2UWAA 3AP4A 5BXRA 1EYLA 3I4IA 1C57A 4YGDA 2WSVA 1W0OA 1XG6A 1PUUB 3O4BA 1FAYA 3O5SA 21BIA 4XXAA 3B9UA 4XMIA 4FPLA 1Q03A 3VT0A 2P23A 1AJOA 1CPMA 4OEEA 4ZGRB 4QC4A 3BAVA 4JRAA 1LOBA 3MALA 2F8XC 1M2TB 1PZZA 1DQGA 4H04A 4FPJA 2HZ9A 3ZUQA 3MEPA 3IKWA 1LGBA 3HN1A 3O12A 4P14A 1WW6A 3BAGA 1AZDA 1CVNA 2C5DA 2PHTA 4I1EA 5FZUA 3M2MA 3VT2A 4K1YA 4FP2A 5GALA 2Z42A 3C89A 1L2HA 1ZKWA 2W52A 1CN1A 2BQPA 3DDAA 1WD3A 1Z7HA 3FBYA 1YF8B 3N3HA 3A07A 2D1ZA 2D23A 3SH5A 3SNMA 2GO2A 4XFTA 4Q26A 2ARXA 4UW4A 2DREA 4YLZA 3JUUA 4LO1A 5G00A 1ONAA 4HL0A 4LBOA 4FPCA 4WV8A 2H0BA 5BP5C 2ISHA 4JQ0A 1QQKA 1V6OA 1CPNA 2ZHLA 2AUYA 7I1BA 3N0KA 3AKHA 1GNZA 3A0KA 1W6MB 2IMAA 2PELA 2Y9XE 3QW7A 1AXKA 1BZWA 5GLZA 2SLIA 3NV1A 1N4KA 2XHLA 3HSMA 1KQRA 4AN7B 2G7QA 5KXEA 4BMEA 1VLNA 3NBNA 3BRGC 3IIRA 3ILRA 4P6AA 4XIKA 2VU9A 1HWPB 4TLPA 1G9FA 1DQ6A 2HYKA 1S0CA 1F5FA 2A70A 4FPFA 3M1HA 2FGFA 3PUBA 3FUQA 1UX6A 1ULEA 1ZA4A 2D7RA 1Q04A 31BIA 3R4UA 1ABRB 2VLCA 5DUXA 3PHZA 1BLDA 2FPQA 2VSAA 1S0BA 4LBKA 4FOQA 4L4IA 5DUYA 3NJ5A 4AVVA 3WDWA 4I1BA 3BOKA 3AYCA 1IRPA 3A21A 2Z49A 2Q5TA 2B7YA 4FOVA 1QF3A 4CZSA 6I1BA 2IHOA 5F90A 1NZKA 3UJOA 1GV9A 2WBCA 5H9SA 1V6UA 1TWMA 5BQUC 4DRVA 3AZYA 1AVXB 2A3WA 5JOXA 1AXZA 1GZ9A 3CNAA 3DUIA 1AXYA 2ESUA 4ZFWB 3W58A 2MC2A 1WLDA 4LO7C 2E6VA 1HCEA 3AZXA 4GAFA 1MS1A 3DDBA 2JECA 1LHVA 3WDYA 4YW2A 3PG0A 3WOGA 1URXA 2PHWA 3AKGA 4PF5A 3ZC9A 3N36A 1DZQA 4FQ4A 3BOPA 2IMBA 5JMCA 2D24A 3AYDA 4J2SA 1WLWA 3ILFA 2WT0A 3SLIA 4AVSA 4P0LA 4EL4A 1XTFA 2YMZA 4PBPA 1IS4A 5GZFA 4GAIA 2D22A 1CR7A 1F9KA 3V0AA 1KJLA 1I1BA 2MLLB 3SH3A 1Q56A 2GNMA 2D3RA 1JHNA 1TWEA 4PQ9A 3ZSLA 1EV2A 2K8RA 1PZ8A 3RMXA 1LOFA 4F83A 3PJQA 4H9WA 1WLCA 2A3YA 3IM6A 4JC1A 3VKNA 4YZ3A 3AX4A 4LBLA 1Y7BA 4XJ9A 3ZPYA 4M3CE 1FWUA 1SCRA 2ZGLA 2VSEA 2ZGTA 2WJSA 5DZEA 1W6MA 1LOAA 4OEFA 2A71A 3AXEA 1Z0HA 5IK8A 1BFFA 1VCLA 4Q8KA 3NBEA 3D3XA 1ITBA 4ZXKA 4G9NA 4XFUA 3ATGA 4YG3A 1RY7A 3P6IA 1ZL5A 3FLPA 3QR5A 3Q7WA 1RINA 2PHXA 1YTOA 4FPEA 1ZKXA 1MC9A 3KMVA 2AH2A 4RL7A 1SZ6B 1WBFA 1S0EA 4OWJA 3O49A 4Q9GA 1LEMA 4LO8B 1C1FA 2DVDA 3H0OA 1G8WA 4XOGA 2DVGA 1IILA 2ARBA 1V6JA 1A3KA 1QU0A 4KEKA 4EFPA 1NXD1 3POKA 4LO7B 1QNWA 4D0ZA 4YFZA 1Q8SA 5EHAA 3C88A 4LBJA 3IMNA 3TC2A 2D6NA 3BOOA 3SH4A 2WLQA 3AFKA 1GZWB 4JKXB 3N7LA 1D2SA 3CRHA 2DVFA 4XMAA 5F9TA 2Z48A 2RSTA 1ENSA 3V64A 1R1ZA 1YI7A 2PHRA 2E7QA 4MYEA 4JAWA 1WBLA 41BIA 1ISYA 5BXPA 4WZFA 3IAGC 1DYKA 4ZFUB 2G7KA 3MPPG 2NP0A 2A5ZA 4WVWA 4I3NA 3TB0A 1MS0A 4BOWA 3VKLA 2ZAAA 1SBFA 3FJEA 1GICA 4I8MA 1AJKA 1XZZA 5BP5A 1MS9A 3FIIA 5DZFA 4GP0A 2SBAA 1RMLA 2AYHA 2NN8A 2CWMA 4Q91A 3NF3A 2A3XA 2QN4A 1BXHA 1GGPB 1LESA 4I4SA 2IWTB 2DRYA 4QALA 3AYAA 1MS4A 3O4OA 3WMVA 4HANA 2D6LX 1ULGA 4XXPA 2D44A 1JT5A 4JKQA 1DJSB 3ZC8A 1LODA 3FJ8A 3JU9A 1FATA 3UD7A 4ZLBB 3I2XA 1XQNA 3RSJA 1N3QA 1DZDA 1OFSA 3HR9A 3AJ6A 2FMDA 4DCKC 4OUJA 1W6NB 2CL2A 2UWCA 4I0YA 2GNBA 5T50A 3VT1A 3O4DA 4ZKTB 4Y26A 2ZGOA 1PUMB 1TFMB 4LO2C 5FZZA 3OJ2A 1HIBA 3T8SA 1NLSA 4PC4A 3OJBA 4USOA 1LHWA 3K1XA 3T2TA 3WDUA 2CY6A 3N7KA 4YZ4A 2QN0A 1HWNB 4YZ2A 3O0VA 1BFBA 2A6XA 3QIYA 4AVTA 4DFSA 8I1BA 3BONA 4IHZA 3V79C 1VAMA 3AP5A 4Z8SB 2GALA 4DPNA 1V6LA 4XFSA 1CVSA 1YVGA 5CA6A 4HR6C 4OEGA 4LBQB 4CTEA 2F2FC 1WBAA 1W6OB 5DUVA 5E24E 3ZXKA 2MIBA 4Q27A 5BQUA 2A6ZA 2JE7A 4KBBA 1CQ9A 3DS9A 2JKBA 1GYKA 3VV1A 4XJ8A 1MR5A 3QIXA 2GZBA 1IJTA 1SLLA 3WCRA 1YIFA 3AZZA 1V6VA 1HKNA 2ZABA 1NUNA 3O0WA 2ENRA 3FUOA 4Q9PA 1RIRA 2DV9A 2TEPA 4A7ZA 5F8WA 1BA7A 2KKIA 2KM2A 2RG9B 2EXJA 4EJ5A 2I1BA 1GZWA 3OBTA 2LIQA 1SACA 4R9AA 1BLAA 3IM7A 2AAIB 1DGLA 2E7TA 1LULA 1I3HA 1SR4C 4K20A 2ERFA 1LJ7A 4BPZA 1IKPA 1O4ZA 3EF2A 2EAKA 2D6PA 2R1BA 2VXRA 4QBCA 2P3JA 1LEDA 2ZGMA 3VUOA 1V00A 2JD4A 4HJJA 1AX0A 3FLRA 4GWMA 1TIEA 4FPYA 1LHOA 2K43A 1KDKA 3SNVA 3MW2A 3V0AB 1ULFA 2A7AA 2YV8A 1O4YA 4D69A 5DUWA 3POWA 2P3KA 5EXOA 5CB7A 4OZXA 2AENA 3HOMA 5JLVA 2ZQOA 3AKFA 1R8OA 4YG6A 4YZ1A 2NVHA 1SCSA 2G7NA 4GXLA 3A23A 4YOLA 2VW1A 1PZ7A 3MW4A 1BKZA 4QKRA 3PMEA 1XHBA 1SFYA 1IS3A 4XBLA 4KEIA 3GNEA 5EC5A 5T5JA 3WUDA 3BX1C 3CA1A 1DHKB 1LHUA 1SBDA 1ISZA 2EXIA 3B01A 3M3CA 1DFCA 1JT7A 3WO3A 3QW8A 4ZA3B 3DEBA 5IUQA 1W6NA 2D6KA 5EG6C 2NYYA 2M49A 4BLJA 3V65A 3ENRA 3ZSJA 1EVTA 3OPZA 5JDBA 1UPSA 2EIGA 4GP3A 4AWDA 4G6JA 3NV2A 2ZGKA 2D20A 3FJIA 3VKFC 1AFCA 2GN3A 1FWVA 2OUJA 1ISXA 3PVOA 3V0BB 4GKYA 1VAVA 4ZOTA 2EXKA 1U0AA 1UL9A 3LLPA 2WT2A 1YO8A 3OBRA 4AGVA 4LBQA 5F5QA 2DYCA 5H9PA 4IQPA 2JE9A 2P34A 2W68A 1W6OA 3BRDA 1KRIA 2JDZA 3IM0A 1T3CA 1IKQA 5GAQA 1QGLA 3FJ9A 4LBQD 3S8JA 5SV8A 4XIOA 4I4YA 2DVBA 3IN9A 1BARA 3L2YA 2D7IA 1FNZA 1DQ2A 1JLYA 1MACA 2AREA 2XOAA 4XDQA 3CA5A 4I4OA 4I37A 2VW2A 2NTDA 3OJMA 4AYUA 4X37A 2K4AB 3H6RB 3T1LA 2DU1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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