1S0CA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.0
Total Genus 399
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
399
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 399
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0cA01
3H6SE 4DEPA 4KBBA 4M01A 4ZGRB 3DGTA 4I4VA 1DZCA 1KJLA 2D44A 1FWUA 3OBRA 1V6OA 1BASA 1YVGA 2P3JA 3BOOA 2ZAAA 1X50A 3AP6A 4GA9A 4J1LA 2E7TA 1RZOB 5DUXA 4C1WA 1QOTA 2VW0A 1BFCA 4QBCA 3USUB 4P0LA 3VT1A 3ENRA 1GGPB 2EXIA 4K21A 3SH3A 4DFSA 4XTMA 1DGLA 4Y20A 2WBCA 3FIIA 1HQLA 4LO0C 3UD7A 2G4IA 2CNAA 4Y26A 4LO7C 1OQ1A 4YZ2A 1CQ9A 1T9FA 1SLBA 4LBLA 4FPLA 4BM8A 1RG8A 2KH2A 1PWAA 3FJKA 3BA7A 2ZHLA 3VKOA 3N3HA 4ZFUB 1AX0A 4XJ9A 4QO3A 2ARXA 4PBOA 4U2AA 2V5YA 4FPJA 1PZZA 4D0ZA 1L2HA 3DSEA 4GAIA 2ISGA 3ZUQA 4GAFA 3N0KA 5GZGA 5BVPI 4ZKTB 2IWTB 2HYKA 1Q1UA 3N35A 4IONA 4P6AA 2WQZC 3A0KA 1II4A 5DUWA 5DZEA 2HZ9A 2ZA9A 3POSA 2FHRA 4J2KA 3I29B 4G9MA 3FLRA 3S8JA 3C8BA 1HWOB 1W3AA 2ZGNA 2FO1A 4AN7B 5F5QA 5H9RA 4EEEB 3D3XA 2QN4A 4BLJA 4AGRA 2W68A 1C1LA 2VUAA 5T50A 1MZ6A 1TWEA 2AYHA 2VXTI 1APNA 4ASMB 1SBFA 1WD3A 4LO7B 2GN7A 3M2MA 3D6EA 4I4OA 1ULDA 5LK5A 1KNMA 1DYKA 2J3PA 2D6PA 2MIBA 1BFBA 1F82A 3HSMA 1ENQA 5CBLA 4ENDA 3AYEA 4CZSA 2PELA 1JLXA 2G7NA 3T8SA 2G7PA 4XDQA 3HALA 3D7WB 3WDVA 2GZBA 3POYA 1GANA 1ILR1 3OPZA 1RITA 4LO8B 2MLLB 2BQPA 4G1RA 1LCLA 4KS6A 1LOGA 3VWCA 2FFVA 4GWNA 3A0NA 4FQZA 1V6MA 5D61A 5GLZA 2Y9FA 5T54A 3AZYA 3NF3A 3A21A 1KDKA 5EYYA 3OJMA 2OUJA 3LSDA 1HWPB 2L5XA 2DVGA 5DUVA 5D62A 1E0OA 4XE9A 3UL2A 1QQKA 1LEMA 1S0FA 2F2FA 4Z8BA 2ILPA 3ZXJA 5BP5A 4EFPA 1GZCA 1WLDA 2RSTA 5BYNA 5CA6A 3AP7A 2Q3NB 4PBPA 1H30A 1LHNA 4YM0A 4YFZA 1YIFA 4XMIA 1CVSA 5BQUC 3WDUA 2VSEA 2A8AA 3QIZA 4D69A 2PHXA 1LTEA 1DFCA 1Q03A 2PHFA 2JE7A 1FAYA 3WDXA 2G7QA 4TLPA 4Y22B 4A7ZA 3Q7XA 1C57A 4C1XA 4USOA 4FOYA 1TFMB 3BRGC 1S0JA 1LOFC 4XYXA 4Z8SB 3CA5A 4ATFA 3WV6A 3OYWA 4ZFWB 4YM3A 4YM1A 1G9AA 4NO4A 4AVVA 2Q9XA 2CWSA 3O49A 4IZXA 1DFQA 4YW3A 5G00A 4ZJXA 1W6OA 1N1VA 1PZ7A 4M3CF 5EC5A 3OJVA 2UWBA 2ZGTA 2GMEA 3GALA 1OKQA 1FMMS 1XG6A 1XTFA 1WW5A 5JOZA 1HCDA 1LOBA 4F83A 1JYCA 1ZM1A 1IHKA 3ZSMA 2AAIB 1IS5A 1JOJA 4YG6A 3S8KA 1OFSA 1MR5A 2DVAA 2ET2A 1ITBA 3AJ5A 2A70A 1GZWA 1G9BA 3BOPA 2AH2A 3AK0A 5IUQA 3VV1A 1GSLA 3UDAA 4YW4A 3FUOA 1DHKB 3L2YA 4W65A 3WDWA 1W3GA 1YXWA 1JXNA 3OY8A 4YFWA 4L8QA 3ZSLA 1Z7HA 3IIRA 3M3QA 4Q8KA 5JOXA 2CL2A 1AF9A 2AR6A 3NBCA 5FNWA 1JUIA 2ZABA 2XOAA 3V0BA 3CRGA 2CYFA 4Q2FA 3WMVA 1V00A 2P3KA 3C8AA 4CJMA 1MS1A 2EXJA 3P6IA 1S1AA 2YMZA 1I1BA 1T3CA 4CRQA 3FIEA 4GKYA 2D3SA 4XOGA 3JUTA 4ZA3B 4EFQA 1C1FA 2Y9WC 3IM7A 4DPNA 3AJ6A 1DQ0A 2QN0A 3R05A 1VCLA 5FRAA 1I1EA 5BQMB 5F8YA 3WMUA 1JT7A 2E51A 2ERMA 1BJQA 1TOOA 1V6IA 1SR4C 3FJ8A 4OEEA 1J0SA 1IRAX 2YROA 1N1TA 3ASIA 2YZ4A 3RTJB 4A7YA 2ZBJA 7I1BA 3QJ0A 1SZ6B 1WBLA 3DUIA 1T4QA 5IK4A 4JC1A 2Q5TA 4FOWA 2JKBA 4LBQB 1ZB7A 3WCRA 2ZGQA 3AYAA 2R9KB 3PUBA 1J1TA 4P0JA 4XZPA 3M3EA 4FVVA 5EXOA 3RRDA 4EJ5A 2ZZJA 2LIEA 1YRZA 2CTVA 3IPVB 4RA0A 4FPYA 5JOYA 1LOEA 4R9AA 4Y1UA 4M3CE 4X38A 2JJ6A 1ISYA 4DS0A 2RQ9A 3OGGA 4ISRA 5T55A 2DURA 4II0A 3N7KA 3DEBA 2UU8A 2EF6A 1KITA 3SH5A 1LU2A 4LO3A 5JLVA 3M3CA 1LEDA 3AKHA 5HCFA 1V6LA 5D63A 3WO2A 3LCPA 3ZSKA 5DG2A 3H6QA 4R9BA 1DYPA 2NMNA 4PC4A 3R4UA 4ATEA 2GO2A 1A78A 2AFGA 4YW2A 4Q9GA 1SLTA 1ISVA 4WBCA 4R9CA 1W6MA 3V79C 1W6NA 1CVNA 2WT1A 1CIWA 4UW5A 3NV1A 5GZCA 4YW5A 3FFZA 3ZURA 1GKBA 3FLTA 3KQRA 1XQNA 3W59A 1DQ2A 4Q1PA 2NYYA 5GZEA 5FNXA 2JD4A 3BB2A 2K43A 1GNHA 3O4DA 4R9DA 2H0BA 1Q8PA 4JQ0A 4I4XA 1E1HA 1LJ7A 1SBDA 3ZYPA 3D4KA 2GNDA 1HKNA 4G6JA 3QIYA 4XILA 2ZGUA 3A07A 5F9TA 5IT6A 3VUOA 1HWNB 3I2XA 3IM0A 1Z4SA 1MS4A 1ISXA 1ZKXA 1QNWA 3F62B 2EAKA 3V0AB 2DU1A 1IOAA 4Q1RA 3N36A 3SISA 4YLZA 4M3CB 2VY0A 2OUHA 3OYWB 4QBVA 5H9SA 4AVSA 5DUYA 3C9ZA 3AKFA 2XHLB 3ZXKA 1W6OB 3WUDA 3CNAA 5DG1A 5IK8A 1AVBA 3FJ9A 4HJJA 2ZR1B 2JDZA 3WOGA 1AXKA 5DZUA 5DVHA 1LOAA 5IK5A 2PHUA 1N1SA 3AP5A 2P2KA 2X2SA 3QIXA 1SLLA 4X37A 3BONA 4SLIA 3P6JA 1XZZA 1A8DA 1U0AA 2DS0A 3LLPA 3B69A 1N3QA 5F8WA 1GZWB 1DQ4A 4YZ1A 2D6MA 1Z0HA 3MW2A 4ITCA 1AJKA 2C9AA 3WG2A 2DRYA 3ILAA 1R1ZA 1HKDA 1ENSA 1SFYA 5H9QA 4G9NA 2ISHA 1MZ5A 4IHZA 6I1BA 3IN9A 4XTPA 1JW6A 1Q56A 4Y1VA 1F5FA 4YW1A 2KLLA 3WCSA 4JPZA 2ZKNA 2VW1A 1VAMA 3ZVXA 3K3QB 1IS4A 3WO3A 4J2YA 3AZVA 3APBA 2G7KA 2NN8A 3WO4A 3BTAA 4I4SA 1CPMA 2AENA 2FPQA 1VLNA 2GMMA 1F9KA 1LHUA 1LGBA 1URXA 3RMXA 2ZHMA 1N3OA 4OWLA 4DRVA 1QGLA 4MYEA 3WDTA 1UAIA 3VEQA 2GDFA 4WZFA 3O44A 1QDOA 4GP0A 1FQ9A 1V6WA 1BQPA 4XBLA 3VKNA 4QC4A 2LTNA 3PVOA 5EHAA 3NWKA 4XJ8A 2LALA 1O4ZA 1QNYA 2D7FA 2CY6A 1FV2A 1S0LA 2A97A 2ETFA 1IKPA 3BWIA 2ISEA 1JQZA 4XFTA 1W6QA 5FZZA 3MW4A 1F31A 3A4UA 4IY9A 4AGVA 2D6KA 4FPCA 2P37A 2YV8A 3H6RA 3FJDA 1WUVA 4YM2A 4AYUA 4HR6C 5EYXA 1MC9A 2VU9A 1BFGA 3B01A 4BQ1A 2ZMKA 4H55A 1S0IA 3LTQA 3AKGA 2MC2A 4D8HA 3TB0A 1DQ5A 3BAGA 1FV3A 3FJIA 1SR4A 3ZXGA 2PHRA 1W3FA 5SV8A 2Z42A 4P9XA 2W2DB 1UKGA 3E8LC 2P34A 1ONAA 3KM5A 3HBWA 1ONKB 5H9PA 2A6ZA 4I3NA 3I4IA 1WLWA 2GNMA 3R4SA 3MW3A 4XFUA 3FLPA 3AX4A 3FBYA 3NBNA 4XJAA 1R8NA 4PCRA 4KEJA 1N4KA 1JY0A 1CONA 2M49A 4QD2B 2HWMA 3O12A 1LGNA 4YGDA 3WINA 1W6MB 4IQPA 4A7KA 41BIA 5EWSA 2A6WA 2JECA 5GZDA 4OWJA 2WKKA 2ZHKA 4L4IA 1S0GA 3INAA 3NBEA 1TP0A 2PHTA 3SH4A 1V6UA 2ES3A 1KDMA 1GYKA 1UMZA 2I2SA 2JE9A 31BIA 3O5SA 2IMCA 1HDKA 4R6UB 3O3QA 1G8WA 2HWAA 3BADA 3W9TA 3NV3A 3ZPYA 3DDBA 3RMYA 3PJQA 2DVBA 1LODA 4FPHA 4I30A 1ULEA 3BA4A 3USUA 1Q8OA 1SBEA 1W6PA 3O4AA 1SLCA 4WVVA 2WJSA 4LO2A 3RTIB 3CA3A 1ZL5A 3BOKA 2A3YA 2DV9A 4H04A 4RL7A 2EALA 2A3XA 2ZMNA 2D20A 3QW7A 2A7AA 1PUMB 1C4RA 1GICA 4GKXA 3O0VA 3WDYA 4Y20B 3O4BA 4P0KA 4BPZA 3UJOA 3AJYA 1FNYA 4FGFA 4XXPA 1CPNA 3ZYRA 1S0EA 2KI6B 2VSAA 4LO1C 1HWMB 1DQ1A 3WA1A 3K1XA 2R16A 1MVEA 2A75A 5HCAA 3AFKA 1QOSA 5HCBA 3V65A 3KMVA 5GJ6A 3RQ0A 4P9WA 1YF8B 4AN6A 2AUYA 1H9WA 2DUQA 1YTOA 1DQ6A 2ARBA 3CA0A 4F34A 3RSJA 4XIKA 5KXCA 4P9YA 4I37A 3ILRA 5B2HA 1CE7B 4GALA 1PC8B 1BLDA 4LBJA 1YO8A 4BMBA 2A6VA 1A3KA 4QKSA 1YI7A 1MD6A 2P39A 3UD9A 1V6JA 1MS9A 3O0WA 1RY7A 3QYDA 1LU1A 4FP2A 3V64A 2Z48A 4LO0A 4HANA 1WBFA 1NZKA 1G9DA 1UPSA 1MS8A 2YUGA 4EB2B 2X2TA 3NBDA 5FREA 1GZ9A 5KXBA 1ULFA 3IM6A 3B9CA 4OEFA 1ZN3A 5BXSA 5F90A 2I1BA 1QU0A 5BOWA 3I8TA 21BIA 4Y1XA 2DYCA 1D0HA 5GZFA 3M3OA 4I4UA 2EXHA 1IILA 4Y1ZA 4FPKA 4I4QA 2D3PA 4I1BA 1HCEA 3BODA 4X3AA 4I2SA 5E8AA 3JU9A 1V6XA 3U4XA 1ZL6A 1BA7A 5EG6C 3CA6A 4G6MA 4OUJA 1UZYA 3ZXFA 3POKA 2IMBA 4KEKA 5GLUA 2E6VA 2AQZA 2OVUA 1K5VA 5GM0A 4AWDA 1VIWB 1K5UA 4UW4A 2E4MC 1KQRA 1XYFA 1Q8QA 1P63A 4KEIA 1TEIA 1IS6A 1GBGA 1AFCA 1WCSA 3SITA 4I96A 2VXRA 1MVQA 1JT3A 2C5DA 3VSFA 3QCWA 1VALA 4OWKA 1W6QB 2AXMA 4XFSA 3POWA 4Z9WB 1WW7A 3HMYA 2RG9B 1G9FA 1IOBA 1YBIA 2B7YA 4EFRA 1WW6A 2DU0A 4J2XA 1WBCA 1FMZA 4H9WA 1GV9A 1EYLA 2D22A 2DTYA 1RMLA 3GNEA 3CAHA 1VAVA 1ISWA 2UUSA 3OJ2A 4XBNA 4CTEA 3D5OA 3CRHA 1BLAA 2FMDA 1BYHA 1S0BA 4Y22A 1MS5A 3F1RA 2UWCA 1WW4A 4J2SA 2K4AB 3BAVA 1EV2A 3FUQA 3VT2A 4JKQA 1FYUA 2KM2A 1LECA 3SNMA 2DTWA 1TWMA 2LIQA 1V6VA 3ILFA 1HIBA 5FZUA 2KI4A 1ZKWA 1R8OA 2YXSA 1CESA 1JHNA 3MALA 4FQ4A 1IJTA 1LGCA 1SCSA 1Y7BA 3ZC9A 1KJRA 2GMPA 5GALA 4IZEA 2BEBA 4XKIA 2CWMA 3AZZA 1FWVA 2ZGKA 1Q8SA 3UD8A 1JT4A 3VKFC 2DWRA 5T52A 3T1MA 3AJZA 2NMOA 1XHBA 2D24A 1FNZA 5BQNA 1SLAA 5L73A 4GOYA 4USPA 4YG3A 2DREA 3JRRA 5BQUA 3VKMA 5GLVA 1W6PB 4FOVA 3OJBA 2P23A 1ULCA 3NV2A 2SBAA 5E24E 3ZXEA 3ZXLA 1PZ9A 4I1EA 4HL0A 1QQLA 2W39A 4YGBA 4JAWA 2R1DA 1QDCA 1AVUA 3O0XA 3A23A 1LHWA 1AVXB 2F8XC 4KUFA 3M1HA 3EF2A 1S0CA 2GNTA 2D1ZA 3FGMA 1LOFA 3OY8B 4FPFA 4XMAA 4ZOTA 3B00A 4U36A 3FJCA 2WRYA 2A6XA 3FJFA 3T2TA 2D3RA 4FP3A 4JCKA 3UK9A 1DJSB 1FGAA 3FJEA 1BXHA 1SCRA 3V0BB 3TC2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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