1S0CA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.0
Total Genus 399
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
399
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 399
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0cA01
1W6PA 1U0AA 4FVVA 2VY0A 2W2DA 4FPLA 5L73A 1GNZA 2WT2A 5G00A 3EF2A 5B2HA 1SLIA 4AGVA 4Q26A 5JOWA 4GP3A 4IY9A 1W6OA 4I2SA 1SR4A 4XMIA 2PHWA 5CB7A 2JJ6A 1JOJA 3ZSJA 2IMBA 1JBCA 3TAYA 8I1BA 3BODA 4R9BA 7I1BA 4TYSA 3A4UA 5FREA 2MLLB 2X2TA 1SLBA 4WV8A 3ZXGA 3O12A 3QIZA 2RHPA 3V0BB 2VW0A 1UPSA 1CVSA 1WLWA 5IK8A 3AH4A 1OKQA 2P2KA 4QC4A 3FIEA 4RL7A 1XTGA 3UJOA 3UL2A 1DGLA 2F2FC 5DG2A 1TP0A 4JCKA 1HWMB 4M00A 4UW6A 3ILFA 4Q27A 4UW5A 2P3JA 2CTVA 4YLZA 2VSAA 1FWVA 1OQLB 3WLUA 3V65A 3WO4A 4JPZA 4ASMB 1CPMA 4YW2A 2TEPA 1MS1A 1S0EA 5T50A 5DUYA 3QYDA 4OWLA 1NXD1 2KKIA 3V79C 5DUWA 1AJOA 4PBOA 1Q56A 6I1BA 1L2HA 1FAYA 1XYFA 1Z0HA 5IUQA 3L2YA 4GA9A 1LHWA 4YM1A 3WUCA 4AN6A 5GM0A 2PHUA 3RTJB 5BOWA 3ILAA 2D6PA 1IS6A 3WA1A 5BXTA 3CA4A 2DUOA 1SACA 3OBTA 1AJKA 1DQOA 2UU8A 1BLAA 1OFSA 1VIWB 5KXCA 1NLSA 3FJKA 1IS3A 1JLXA 3AP5A 1SBFA 4JAWA 4ZA3B 3AYDA 2A3YA 5BYNA 1KJLA 1CE7B 3P6IA 2A75A 1BA7A 3WDWA 3W9TA 4K1YA 1I1BA 1YTOA 1QKQA 1B09A 3ZXJA 2FMDA 4USPA 3VWCA 1ULFA 1S0IA 2XOAA 4I7IA 4PCRA 1XHBA 3JU9A 2W68A 3WDYA 2B7YA 1S0GA 2GZBA 3OPZA 1ISXA 4XJUA 3N36A 3SNMA 1HWOB 3PG0A 1SR4C 4GXLA 4USOA 3LLPA 2GDFA 4YM0A 4EFQA 3HMYA 5JMCA 3I2XA 1AXKA 1AFCA 5BP5A 5LK5A 2ETFA 2Y9WC 4YZ3A 5BQNA 3B9CA 4FPGA 2WKKA 2PHTA 3AYEA 2NZ9A 1FV2A 4X37A 4DQAA 4JQ0A 1WW7A 4KTXA 3IIRA 2Z49A 3O3QA 2GN7A 1KDKA 2R1DA 3BA4A 2ZGRA 4H9WA 2E4MA 3PHZA 3SH5A 1Z4SA 4AYUA 3WDXA 1G9AA 4SLIA 5E89A 4LO2C 2Y9FA 4M3CF 3WDTA 3QR5A 2ZGUA 2D22A 3K1XA 3DGTA 4FOQA 1QOSA 2DVAA 2E7QA 2ISGA 1YYNA 3M3QA 4XJWA 1HWNB 3O5WB 1GYKA 1LJ7A 1Q04A 3AZVA 1N47A 2I2SA 2D44A 3AP4A 2CNAA 2RSTA 4P0LA 4PF5A 3IN9A 3IM6A 4DRVA 4D0ZA 3WINA 3Q7YA 3QJ0A 3ZURA 3FJDA 2PELA 4YW4A 1V6NA 3FJCA 5GZCA 4EFRA 2UWCA 3USUB 1K5VA 3OJMA 3B9UA 4LO1A 1LGBA 1KQRA 4DPNA 1LOGA 1ONKB 2IMCA 4XJ8A 1WUVA 3A07A 1ISZA 3F62B 1M16A 2FDBM 2PHXA 1VAVA 2D23A 3T2TA 1JN2P 1D2SA 3FJFA 3CRIA 4C1XA 1V6WA 1LHUA 1A78A 5EYYA 2ZABA 2DTYA 4AGRA 4L8QA 2W08A 2P37A 2ISEA 2E6VA 1O4ZA 4BPZA 2ZHNA 3UJ0A 3M3CA 3BRFA 3MW3A 4JRAA 4Q91A 4AN7B 4X38A 1MS9A 1UMZA 1EV2A 1DBNA 1HKNA 1TWEA 3CNAA 4OEEA 5BP5C 1WBCA 3ZYRA 3M3OA 4YW5A 3WZ1A 1ULCA 2Y9GA 5EXOA 4XZPA 4YZ2A 1WCSA 1CN1A 1LHNA 1UX6A 2DYCA 4I1BA 1C1FA 1PZZA 1II4A 1BZWA 3R4UA 5HPZA 1R1ZA 4IQPA 5T55A 5EHAA 1JT3A 4Y1YA 2E4MC 1RMLA 1LOBA 3BRGC 3UJQA 2YXSA 1LTEA 1QU0A 5E88A 1F5FA 3MEPA 4Q1RA 3LTQA 1CQ9A 3BAOA 4I1EA 2FHRA 5GZEA 4FPKA 3D6EA 2V73A 1F9KA 1ZKWA 2HYKA 1Q8PA 4LBJA 3LSEA 21BIA 3N7LA 3WNXA 4CZSA 31BIA 4G6MA 3CRHA 3B3QE 1AVBA 4OWKA 1DQ5A 2NVHA 4XKIA 3A21A 4JKQA 1BFBA 3RS6A 4HL0A 1V6KA 4EB2B 1W3FA 1MD6A 2DVDA 4NO4A 1CIWA 4XHBA 4HANA 4FQZA 1LGNA 3ILNA 2VXRA 3WINC 3ZX7A 4M01A 4K21A 1PZ8A 2AR6A 2HZ9A 4A7YA 1J0SA 3O4AA 2A97A 4I4SA 4LO1C 1IILA 4I4RA 1DFCA 3V64A 1K5UA 4ENDA 4LO7C 3VSFA 4I37A 3RSJA 3AKFA 4D69A 4P9WA 3BB2A 3APBA 1D0HA 2F8XC 2XHLA 2LIEA 3QLQA 2SLIA 3PJQA 3PVOA 5BXPA 1SCRA 4GWNA 2Z48A 3WVJA 1CESA 2GN3A 3SITA 3I8TA 1T9FA 4OW4A 5HCAA 2D3RA 2AUYA 1HKDA 4FPFA 3SISA 2CYFA 3ZXDA 3D3XA 2VSEA 5GLZA 2D7IA 3AP6A 1G9DA 4P9XA 2NTDA 1CONA 2QN0A 4YFWA 1GZ9A 2R0FA 2ESUA 3C2UA 1JUIA 2BFHA 3UJ4A 4QO3A 1Q8SA 1YO8A 3V0BA 1DQ2A 4Z9WB 2AAIB 3BAQA 3S8KA 3R4SA 3ZXKA 5IK5A 1G9CA 1QMJA 2ARXA 1P63A 3VUOA 2D1ZA 2ZR1B 2BEAA 1GGPB 1V00A 4LO3A 3VT2A 4I0YA 1LULA 5FNWA 4OEFA 1DQGA 1V6IA 1JYIA 3UD9A 1N1SA 1DYKA 1GICA 1QNYA 2GNMA 5DZFA 4FP2A 3MALA 2DUPA 1FGAA 1Q8QA 3ZXLA 4YOLA 1HLCA 3PUBA 1UAIA 1QDOA 1SLCA 4YGDA 2P34A 4PC4A 1KJRA 4J23B 4H55A 1LEDA 2VU9A 1YXWA 5F8SA 3TC2A 2G7NA 1DQ4A 2EALA 1GV9A 3AZYA 2ZGPA 3NWKA 2YMZA 3O0VA 4FPJA 3INAA 4QKRA 1WBLA 2YY1A 4XIKA 1W0PA 1N1YA 1BARA 4X39A 3PVNA 4IHZA 3ZSMA 1ISYA 1AZDA 3QIYA 2D6MA 2G4IA 1H30A 4EJ5A 4XMAA 1AVWB 2ZBJA 4Y20A 3HOMA 3NV1A 3MW4A 4ZFYB 4Q1PA 4XJ9A 5EG6C 2GMMA 4K20A 2R16A 2VXTI 3NF3A 3BAUA 2DRYA 1PC8B 5FZZA 1ITBA 2LALA 4IZEA 1KDMA 1BXHA 3FLPA 1N1VA 1LHVA 3AP7A 2A6XA 4J2XA 4XBLA 5DSSB 3BAGA 5JOZA 1IJTA 1ISVA 1ZL5A 1WD4A 5KXBA 1N3OA 1LECA 3IMNA 3ZXFA 3W58A 3VSZA 3IPVA 1GLHA 1SLTA 2EXIA 2UUSA 4LO3C 2CY6A 5GLWA 3WG1A 3T8SA 1Y7BA 2RQ9A 2DU0A 2ZQNA 5T5OA 4XTMA 4XILA 4LBNA 3JUTA 2ZGQA 4I30A 3ZYPA 3C9ZA 1AXMA 4J2KA 4AGGA 3JUUA 3IAGC 2Z42A 3AYAA 3WCRA 3DDBA 4LBQA 3TB0A 4OZXA 2AREA 2ZMKA 2A7AA 5DZGA 4OWJA 2HWAA 3BA5A 2AYHA 5T52A 1WW4A 4ISQA 2K43A 4XFSA 1S1AA 4Y20B 1S0DA 4XIOA 3C8AA 4A7KA 4C1WA 1FX5A 1CVNA 3VKMA 4ITCA 3M3EA 1WW6A 1TOOA 3CAHA 2D6NA 4AVVA 4DCKC 3USUA 1XQNA 2R0HA 3ZVXA 3VKNA 4M3CE 2OUJA 3VKLA 1MVQA 4FOYA 5T5JA 5GZGA 3FFZA 3O0XA 4XDQA 1E0OA 2IHOA 3A23A 1UL9A 4FGFA 1E1HA 4LBLA 3WMVA 1ZA4A 5DUXA 3FJ8A 1QQKA 4XBNA 2A71A 3WUDA 4I4XA 4DS0A 3FJJA 5CNAA 3IPVB 2EXJA 3Q7WA 1V6OA 2WBCA 3BONA 1WBAA 4U2AA 3FJ9A 5JVVA 3QW8A 3T1MA 1FQ9A 5DUVA 3B01A 3AJZA 1A3KA 3V0AB 2D7FA 4Y26A 1JW6A 2V5YA 4Y1UA 3ZSLA 3BOKA 1DZCA 2JD4A 4P0KA 4LBQB 1LEMA 4DENA 4YW1A 3H6RA 1RY7A 3BOOA 3NV4A 5DG1A 3JRRA 2R9KB 1EYLA 2A6VA 3NBEA 41BIA 2VW2A 2WQZC 3OY8A 1QF3A 4XXAA 1ABRB 3ILRA 1ISWA 5HCFA 4FPOB 3AJ5A 4F34A 1FMMS 2UURA 4X3AA 4LBOA 5GLTA 3WHTA 4EL4A 1FMZA 1W3GA 1DQ1A 1SCSA 3FUQA 4FOWA 1FYUA 4FPCA 1S0LA 2YZ4A 5D62A 1JT4A 4DEPA 4Z8BA 1LU2A 1Q8OA 1G82A 4OUJA 5F5QA 4ZJXA 3SH3A 4J2YA 4XFTA 3VV1A 1MR5A 4KEKA 4YW3A 1SLAA 1GZWA 2A3XA 4YGBA 2DVBA 1XTFA 1LOCA 1QDCA 2OUHA 3BOPA 4PBPA 1W6QA 1ZB7A 4XJZA 2CWSA 4YM2A 2M49A 4CTEA 1IS4A 5T5PA 4K1ZA 1CJPA 4JC1A 3LSDA 3QCWA 1ZKXA 3BADA 4G1RA 1G8WA 3FGMA 1MZ6A 3Q7XA 3FLRA 1V6JA 3H6RB 2LTNA 2DURA 2ET2A 2GO2A 3WDVA 4Y1ZA 4QD2B 2OVUA 1LODA 3O5SA 1BASA 3OY8B 1YRZA 4BOWA 2NMNA 3D5OA 9ILBA 1ILR1 2ZGSA 3CA6A 4TZDA 4P9YA 1T4QA 2DVFA 2KH2A 3CU1B 3BA7A 1SBDA 1DZQA 5JOYA 3A22A 2BEBA 3DDAA 1V6LA 4R9AA 3IM5A 3S8JA 3OBRA 4Y1VA 3IM7A 4XFUA 2EXHA 3O4CA 2NM1A 4EKXB 3FJIA 4XJAA 1W0OA 5T5LA 5BQUA 4FPEA 1AVUA 3SLIA 4KBBA 5AVAA 1X50A 5BXRA 4GOVA 2KI4A 1CPNA 3AKIA 3ZC9A 4I4VA 1EVTA 2D6OX 1GZWB 1NZKA 1Q8VA 4ELCA 2GNBA 3AH1A 4Q8LA 1N4KA 1VLNA 1JY0A 5F9TA 1W6QB 4GOYA 3MPPG 1LHOA 4HR6C 4ATFA 1MC9A 1MZ5A 3POYA 4BQ1A 4WVWA 1PUUB 3B00A 1HQWA 1J1TA 3CA1A 1LOAA 3C88A 5FRAA 3UD8A 2H0BA 3Q9OA 1XZZA 3AX4A 3K3QB 3O44A 1KITA 2ZQOA 2P3IA 2G7KA 2GMPA 2WRYA 3SNVA 3WOGA 3QW7A 1DHKB 2R49A 1ZM1A 1R8OA 1Q1UA 3DEBA 3FLTA 2FO1A 4YZ4A 4YGCA 4P6AA 1TIEA 2WT1A 4I4QA 1V6MA 2RG9B 1DFQA 2K8RA 3AH2A 2GALA 1SLLA 4Y24A 3OGFA 4XXPA 2VH9A 2YV8A 1W6NA 2KM2A 5GZFA 3UD7A 4BLJA 3MW2A 2Q9XA 3HALA 4ZGRB 3N7JA 1FATA 3OYWA 1RZOB 3IKWA 2D3SA 3VKFC 1UKGA 3AJ6A 1JHNA 1AVAC 4Q9PA 3UK9A 3FJBA 3VKOA 3OJ2A 3ZSKA 2Q3NB 3BAVA 3OJBA 4GWMA 3BRDA 4QKSA 4KUFA 5H9SA 2WSVA 1BLDA 5H9QA 1JQZA 2A5ZA 2Q5TA 1MS3A 2FGFA 3BAHA 1GBGA 4Q9GA 1MS5A 4DFSA 1AX1A 1QOTA 4JKXB 1WW5A 3WHUA 3O4DA 3I29B 5JOXA 3CRGA 1LESA 3NV3A 3FJHA 4FPHA 4FPYA 1IKQA 2WNEA 5CAZA 5GALA 2QN4A 3H0OA 5BQUC 1H9WA 5DXDA 3ZUSA 3KMVA 3ENRA 1C1LA 1JLYA 4I3NA 4Y22A 3WG4A 5EC5A 1IOAA 2A6YA 4G9NA 1WLCA 3WO3A 2GNTA 4KC3A 2L5XA 4I4PA 1V6XA 1VAMA 1TWMA 4ISRA 3KM5A 1AF9A 3AYCA 3B69A 3M1HA 3WCSA 3NBDA 3I4IA 2IWTB 4D0TA 2ARBA 1V6UA 2XB6C 3O0WA 1W6NB 1ENQA 4LO0A 2JE7A 3NBNA 5E8AA 1DZDA 5DZUA 1VCLA 3OYWB 1JT7A 5EYXA 5F8WA 1IRPA 2EIGA 2G7QA 4I6IA 4U36A 2X2SA 4HEVA 4UW4A 3P6JA 2FPQA 1C57A 2GMEA 3BWIA 1MS0A 2K4AB 2SBAA 1MACA 4GAFA 3SH4A 2P23A 1YBIA 3O49A 4WBCA 4II0A 3AK0A 2WT0A 1IRAX 2I1BA 2FFVA 4ZXKA 3M2MA 1SFYA 3I2AA 2PHRA 2NP0A 4J2SA 2A70A 5KXDA 2JECA 1JTCA 3BTAA 4LO2A 1N3PA 3C89A 1PZ9A 1PWAA 4BM8A 1IHKA 2J3PA 5D61A 5H9PA 2DREA 1QOOA 2DUQA 1RITA 2AFGA 2ES3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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