1S0CA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.0
Total Genus 399
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
399
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 399
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0cA01
3DDBA 4GOYA 4YZ4A 4BOWA 5F5QA 5DXDA 3DS9A 3O0WA 3N35A 3PUBA 4ZFWB 3MEPA 3C8AA 3T1MA 4FOWA 2M49A 3WO3A 4IYBA 3PHZA 4BPZA 2ZMLA 2ZQOA 4I30A 2A6VA 5FNWA 2G7QA 2D6KA 2FGFA 1JLXA 3V65A 1CIWA 1FV2A 1ZB7A 4X37A 1YBIA 2ILPA 3WCSA 1PZZA 4IONA 1SCRA 4I96A 4D8HA 2GMMA 3IKWA 4X3AA 3BOKA 3TB0A 4FP3A 4FOYA 2JJ6A 3IM6A 3VKNA 1QDOA 1ZN3A 1QKQA 1CONA 3AH2A 3QIXA 4LBQA 4BMEA 1BFCA 4LBKA 3OJVA 2PHTA 3N7MA 4D0TA 2DVAA 1UMZA 4XXAA 1HDKA 1SACA 3UD7A 2P2KA 4FPFA 2A8AA 1ITBA 2ETFA 2F2FA 4LO0A 2CL2A 1T3AA 3NBNA 5F8WA 4ZFUB 2ERFA 1Z2VA 4L8QA 1T9FA 3WG3A 2YMZA 2WT0A 2ZR1B 3IMNA 1IRPA 3JUUA 1C1LA 2MLLB 2XHLB 3CA3A 3ZSLA 4H9WA 3F1RA 1WD3A 1J1TA 1G82A 4HA2A 3D5OA 2CY6A 2KLLA 2ZGUA 2ZGKA 3QLQA 3O3QA 3FJDA 3RQ0A 1TEIA 5GLWA 3FJ8A 2D6MA 5T5JA 1N1YA 1GZ9A 1IKQA 2GNMA 1QNYA 2WSVA 4P6AA 3M3OA 1A78A 4K1ZA 5KXEA 1GICA 1PWAA 3BAOA 5CAZA 2ZGRA 4AWDA 1IJTA 3K3QB 2OUHA 2GO2A 1N3OA 3BONA 4AN6A 1OQ1A 2F2FC 3JUTA 5BXSA 3OGGA 4BLIA 4LO0C 4FPJA 4OWJA 3CA1A 1N4KA 2K43A 2GNTA 1BYHA 3BOPA 2W08A 4UW4A 2P39A 1CVSA 3OJ2A 2MC2A 1BZWA 3POWA 2ZMNA 2AGSA 1NUNA 5BQNA 3W59A 5GLVA 1VIWB 2A3YA 1H9PA 1S0EA 2ISHA 2R1BA 3AJ5A 2W39A 2PHXA 1CPNA 1WW4A 2DREA 2G7KA 1DQ0A 5BVPI 4QBVA 3POYA 3IM5A 1LECA 1DFQA 4LO2A 1GGPB 2FPQA 4QBCA 5T55A 3ZUQA 1PUMB 2JE7A 2WT1A 3RMYA 4P0LA 3ZSKA 2E7QA 3N3HA 3BODA 4UW5A 5FRAA 2VSEA 3ILFA 2BEBA 4I4SA 2ARBA 4EJ5A 4FVVA 1KNMA 3W58A 4XBNA 4KEIA 2P34A 3FJKA 4Q1RA 4IHZA 4AGGA 1Q8PA 1SLBA 4Y1VA 1V6KA 5GALA 3JRRA 2SLIA 4DPNA 4YM3A 1IOAA 4XILA 1V6JA 4LO2C 5DVHA 4GALA 3WV6A 1CPMA 1MZ6A 4NO4A 1AXMA 1LOBA 1AF9A 1YO8A 3IM7A 1MS0A 1DQ2A 3PVOA 5CB7A 4FP2A 1HKDA 3NV2A 3P53A 1PZ8A 4DRRA 1XTFA 3NBEA 4XBQA 3VKOA 1AVUA 3WOGA 3A23A 3BOOA 2ZGLA 5HCFA 4ZBVB 3USUA 3WVJA 3NV3A 3RSJA 3AH1A 4PBOA 1URXA 3O12A 3RTIB 2DV9A 1V00A 1FWVA 2D7IA 3D6EA 4I8MA 3CA5A 1F82A 4EFPA 3AXDA 1LJ7A 4R9DA 3W9TA 1MS3A 4M3CB 3WCRA 1LU2A 2XG3A 2CYFA 3BWIA 3OYWA 2EXIA 3O5WB 3ZC8A 3O49A 1IRAX 3VUOA 1Q1UA 2SBAA 4YZ5A 4C1WA 1BKZA 2V5YA 2FHRA 3Q7YA 1O4YA 1DFCA 5JLVA 3PG0A 3CAHA 1SBDA 3ILAA 4QC4A 4FOVA 1GNZA 1LHVA 1P63A 1YTOA 5JVVA 1EPWA 1YRZA 2VXRA 3A0NA 4Q2FA 2VW2A 3AK0A 3AFKA 3WUDA 3HBWA 5BP5A 1MS5A 3FJJA 4XE9A 2K8RA 4Y1UA 4LBQB 5JOXA 1SLTA 2D6PA 4ISRA 4PBPA 4CZSA 2A3WA 1R8OA 3B01A 1Z4SA 5DSSB 2ES3A 1D0HA 4J2KA 4HJJA 1HLCA 2BFHA 2P3KA 4DS0A 3BAQA 1ISXA 1S0FA 3M2MA 3UJ4A 2D43A 3ZC9A 3ZURA 2D6LX 2DVBA 3ENRA 1N1VA 3OBTA 1W6QA 1TWMA 4ZFYB 4GOVA 1WW7A 5BP5C 1Q8SA 2E53A 3HALA 5D61A 1DYKA 2R0HA 3VV1A 1IOBA 2OUJA 3ILRA 4GAIA 1JYIA 2D22A 2ZKNA 3I2AA 1DIWA 1IT0A 4K21A 3DDAA 1C57A 2D24A 5DZFA 3FJHA 4P14A 4I37A 3QYDA 4Q1PA 4DFSA 2DS0A 1DGLA 1W3FA 3BADA 4YG3A 3FIEA 4ZA3B 4XFUA 1DQ5A 5DUWA 3T2TA 4AYUA 4Z8BA 3B00A 2A6XA 3MW2A 4FPHA 1UL9A 5DUUA 2UWAA 4I1BA 3IPVB 2DWRA 1IHKA 4EL4A 3ASIA 4YW2A 2P3JA 2VLCA 3A21A 3AZWA 5B2HA 3PVEA 2DRYA 1V6XA 1KDMA 1QOTA 1DJSB 1CESA 5EG6C 3A07A 1LGBA 2EAKA 1QU0A 1CE7B 2Y9XE 3KQRA 1WBLA 3P6JA 3AP7A 5T50A 3ZSJA 1LESA 1V6VA 3KM5A 3RS6A 2FDBM 4I4RA 1T3CA 1PZ7A 3O4DA 1HCEA 3BB2A 1ENRA 4IQPA 5DZGA 1MVQA 2YROA 3Q9OA 4YFWA 1M16A 2ZHNA 2DU0A 4Y20B 4KUFA 4GXLA 4QO3A 1V6WA 4H55A 4L4HA 1DHKB 3QW6A 3UD8A 2JE9A 2ZMKA 1NXD1 3AZZA 2NMOA 4YZ1A 1AXKA 1ULDA 1ISYA 1QMJA 3O4OA 1AVWB 2AFGA 2EIGA 2RHPA 1HWMB 3Q7WA 1H30A 3BA7A 3S8KA 2RG9B 2WNEA 4JKQA 4XBLA 5T5LA 3SNMA 3QW5A 4OEGA 3AP5A 4RL7A 3BX1C 2PHRA 2FMDA 2A3XA 3WDTA 2AQZA 1I3HA 3VEQA 2JECA 1VCLA 2NM1A 2L5XA 1ZL6A 1GSLA 3WO2A 4YG0A 1TP0A 1SLAA 1GLHA 4HANA 2P37A 3AYEA 5EYXA 2ZGQA 3UDAA 3ZVXA 4XTPA 2A6WA 4LO7C 2Y9WC 1XG6A 3AYCA 3ZUSA 2CTVA 2AR6A 2K4AB 4DRVA 4AVSA 4JRAA 4FOQA 5D62A 3APBA 1WBFA 2VXTI 4YM0A 3BRDA 4OWLA 1ZM1A 2Z49A 4R9CA 2VU9A 3OYWB 2HYKA 3VKFC 5GAQA 4JAWA 4ISQA 2G7NA 1KITA 3FLRA 2G4IA 1AXZA 2ZGNA 3BIWE 3UK9A 4PF5A 4W65A 2DUPA 3CU1B 1FNYA 2JDZA 3O4CA 3UJOA 1ZA4A 4G6JA 4G6MA 3DEBA 4M3CA 3N36A 5F9TA 1LODA 3H0OA 2RQ9A 4LBNA 1PC8B 4FPCA 1A8DA 5FZZA 2AAIB 3HN1A 3WDYA 3BAUA 1ULCA 5F90A 3AYDA 4UW3A 1HKNA 1W6NB 4JCKA 4J1LA 1SBEA 1H9WA 3VT0A 2ZGMA 1MVEA 2A7AA 1ONKB 4I6IA 4GWMA 2E4MA 4EFRA 1YIFA 1DQ1A 4X39A 1D2SA 3O0XA 4M3CF 1AXYA 1HCDA 4EFQA 31BIA 1ULGA 1ENSA 3RRDA 4YZ2A 2OW4A 4LBMA 4ENDA 2TEPA 4I4UA 3SH5A 1ILR1 1W6QB 4P0JA 1I1BA 1M2TB 3ZXFA 2QN0A 5E88A 2WRYA 3FUOA 3I4IA 1APNA 2IWTB 4AGVA 4IZEA 5FZUA 3POKA 3OGFA 1ABRB 4XMAA 5H9QA 2GMEA 1XHBA 1W6PA 1FQ9A 1S0LA 3NBDA 5GZFA 3V64A 3VT1A 1SLLA 4XTMA 2NVHA 1S0CA 2E4MC 1V6LA 1IS3A 1AVXB 4BQ1A 1Q8OA 5DZUA 3T8SA 1LU1A 2DVFA 2J3PA 4SLIA 3LLPA 5CNAA 2FFVA 1GV9A 1GBGA 2R0FA 4XJ9A 2Q3NB 1LOAA 4Q9PA 4FGFA 4XDQA 1R1ZA 1RZOB 2FO1A 1RIRA 4JP0A 3BAVA 3B9CA 3D4KA 4TLPA 4YZ3A 3IPVA 1BFGA 3H6QA 3H6SE 1VALA 4QD2C 1JBCA 1UPSA 2KI4A 1FMMS 5HCAA 2IMCA 1S0GA 4D0ZA 3FGMA 4J2YA 5EXOA 4CJMA 1II4A 4LO7B 1WUVA 4FQZA 1QGLA 2ZHLA 1DZCA 4ITCA 2ERMA 2H0BA 2R9KB 4Y20A 1ISZA 1MACA 5GM0A 5IUQA 3NF3A 1AJOA 2AUYA 1QF3A 1JY0A 5JDBA 1AFCA 4P9YA 4OUJA 1TTUA 1LULA 1SLIA 4K20A 5GZDA 4LO1A 5FNXA 4GWNA 5KXBA 4XIKA 3AKFA 3AJYA 4WVVA 1N47A 1DQGA 3AKGA 3WG4A 1QXMA 4GAFA 2OVUA 4QKRA 1EV2A 1KQRA 4ASMB 1W3AA 4Z9WB 1G9DA 3VSFA 5IK7A 2ZACA 3HSMA 1F9KA 1CVNA 4A7ZA 3MW3A 4Q27A 2BEAA 2EXKA 4DCKC 4GP0A 1KJLA 5T54A 2GMPA 3QW8A 5GLUA 1SCSA 3WLUA 3IM0A 3DUIA 2GNBA 3NWKA 1LGNA 5GLTA 2JKBA 2EXJA 2Y9FA 2D23A 4CRQA 2A70A 3ATGA 1JHNA 1DQOA 3R4SA 1DZDA 1A3KA 3HR9A 3SISA 4EKXB 4LO8B 4M01A 1C1FA 2YXSA 2WJSA 3FJAA 2WSUA 5BQMB 1LOFA 1W3GA 4TYSA 1BARA 3ZX7A 1WLCA 4GKXA 5JOYA 1LHWA 5F8YA 1F5FA 4FPGA 1WBAA 2F8XC 3AJZA 5GZCA 1LOCA 2ZHMA 2A97A 1HIBA 4GKYA 1QOSA 4DEPA 2G7PA 1SBFA 3VKLA 2DUQA 1W6NA 1RG8A 2UUSA 4FPOB 3ZYRA 5BOWA 3BRGC 1Y7BA 1HWOB 4YW3A 1S0IA 2ZABA 3O4AA 4OEFA 4XFTA 2ENRA 4OEEA 3IN9A 5BXTA 3R4UA 4HR6C 1TOOA 7I1BA 5T52A 3KMVA 1BLAA 4HL0A 1LOFC 5H9PA 4YG6A 2HZ9A 5DG2A 4FQ4A 3C9ZA 3UJQA 21BIA 1W6PB 3B9UA 4RA0A 3M1HA 4QD2B 3SITA 5GJ6A 3WG2A 3SNVA 3M3QA 1BFBA 1T4QA 3AP6A 1Q56A 2LIQA 2D1ZA 1IILA 1YXWA 4G9NA 2HW9A 2I2SA 4Y1XA 2DU1A 2C9AA 2V73A 3FIIA 1NZKA 1VAMA 1X50A 2Y9GA 1B09A 1LEDA 4XJWA 3TAYA 2A6YA 3WA1A 2DUOA 2D44A 2HWMA 2XOAA 2YZ4A 1JT5A 4XJAA 3CRIA 3FBYA 4YFZA 5JOWA 3L2YA 1DQ6A 3CNAA 2NZ9A 2E7TA 3WO4A 2GN3A 4AGRA 3TC2A 2LIEA 3N7JA 2EF6A 3FJ9A 3N7KA 2NYYA 3O5SA 2Q5TA 2WBCA 4Z8SB 3C88A 1W6OA 3FUQA 1CN1A 1GYKA 2HWAA 3SLIA 3V79C 1OFSA 3OJMA 2DRZA 1BA7A 2ZQNA 4OWKA 4YLZA 1V6IA 3AKIA 4XXPA 2UWCA 1G9BA 4MYEA 2VSAA 2KI6B 2C5DA 1JN2P 1FN0A 3AXEA 2GN7A 5CA6A 3BRFA 2GDFA 1IS5A 3N0KA 1YYNA 1OQLB 4J2SA 1V6OA 1DQ4A 3U4XA 4QALA 5DZEA 2A6ZA 4OZXA 3WHTA 4XYXA 2DVDA 3PMEA 4YM2A 2W2DA 2DTYA 1PZ9A 1GZWA 3ZXEA 4XJ8A 1O4ZA 1RINA 4DENA 1JT7A 2UURA 2QN4A 2Z48A 2WQZC 2A5ZA 4XJZA 3CRHA 2IMAA 3ZXKA 2I1BA 3BAHA 1G9AA 1ZKXA 3FJEA 1GANA 3P6IA 2ZGTA 2EXHA 3BAGA 3H6RB 5FREA 3CA4A 4Q9GA 1AX2A 1ULEA 4J23B 4Y1ZA 3WDXA 3ZXGA 5IK8A 3B3QE 2FFUA 3CA6A 3WNXA 2KKIA 3ZXJA 4ZKTB 1N3QA 4ZJXA 2ISGA 3AZVA 3FJIA 4J2XA 1NLSA 3QIYA 5EC5A 1S0BA 3AYAA 2ESUA 1AJKA 4P0KA 5JMCA 3FJBA 3RTJB 1FAYA 1FWUA 3MPPG 4IY9A 3VKMA 2XB6C 1ISVA 4FPYA 4Q26A 2B7YA 1MS4A 5H9SA 1GKBA 3V0AB 3OBRA 2NN8A 5E89A 1FATA 1C4RA 3OJBA 2WKKA 3M3CA 5IT6A 1N1TA 5DG1A 4PC4A 4USPA 2ZZJA 4ATFA 4ZOTA 5BQMA 1MZ5A 3CA0A 1HQWA 1FNZA 3HOMA 3AZXA 5D63A 4Y22B 3WDUA 2RSTA 4FPLA 1LHUA 3T1LA 4EB2B 3QJ0A 4KEKA 1BQPA 1UX6A 2D7FA 1DYPA 3ZPYA 4XMIA 3JU9A 1LTEA 1XYFA 1KRIA 2EALA 4XZPA 3PJQA 1W6MB 1JXNA 1FV3A 3ZYPA 3AX4A 4H04A 4YGEA 1PUUB 4ZGRB 4KEJA 2UU8A 6I1BA 2AXMA 4JKXB 4AN7B 2ZBJA 3NBCA 4YW1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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