1S0DA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.5
Total Genus 404
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
404
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 404
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0dA01
41BIA 3WMUA 3F62B 3SNMA 2E6VA 2AH2A 2R0FA 3INAA 1SZ6B 1GZWA 4GWMA 3AJ5A 2LIQA 1JXNA 4ATFA 2D6NA 2D23A 4BLIA 4TLPA 1RITA 2AAIB 2ZGOA 5BVPI 4P9XA 1W6MB 2CTVA 4XBLA 3AZYA 2HWMA 3HSMA 4EB2B 4EFQA 1K5UA 1GZCA 4XJZA 2R1BA 4IY8A 1ZKXA 2EALA 4ZLBB 3IMNA 4FP2A 1PZ7A 2XB6C 4IZEA 2G4IA 4CTEA 3K3QB 4ELCA 1C57A 1V6KA 3Q7YA 1IS3A 3IAGC 5KXEA 3D5OA 4XJWA 5HPZA 1KDMA 1BFBA 5GZCA 3RSJA 2Y9WC 1LGCA 1T3AA 3VKOA 2ZGKA 1W3FA 5F8YA 3I8TA 3UJ4A 1DZCA 4EEEB 1BFFA 2ZMLA 2DTYA 1HQLA 4K20A 1WW5A 4M00A 5AVAA 5I1BA 1CE7B 2EXJA 2ERFA 3WLUA 3ILNA 1QMJA 2ILPA 3B00A 1IS5A 2GO2A 4XMAA 4P0JA 3O3QA 1AJOA 1MACA 2JJ6A 4I4XA 2YY1A 2EXIA 4RA0A 1YTOA 1WD4A 3H6RB 3ZC8A 5GLWA 5FZZA 3BA5A 3RMYA 1L2HA 2Y9XE 2D22A 3O0XA 1AX2A 3BADA 3NV2A 3BRDA 3N3HA 1SFYA 3ZSMA 2GN3A 1IHKA 1Q8QA 2ISGA 3ATGA 4XFUA 2PHRA 5BQNA 3DEBA 1O4ZA 5BQMB 2CL2A 2ZZJA 2GZBA 2FGFA 3OYWB 2UUSA 3QR5A 3WHUA 5DUVA 1JT7A 1MVEA 4YW1A 5IUQA 2A6WA 2RHPA 1T3CA 4ZKTB 1BZWA 5CB7A 5FZUA 1ZKWA 3Q7WA 1JW6A 5DZUA 2IWTB 3H6SE 3MW2A 4ZJXA 4P0KA 1CESA 3CA4A 3WOGA 1BQPA 2ZABA 1AVUA 4LO2A 5GZFA 2Y9GA 1ZB7A 2E53A 5GZDA 5GALA 2UU8A 3BB2A 1T4QA 1BKZA 5D62A 2WRYA 1W6MA 3WNXA 2UURA 1YIFA 2WSUA 1G9AA 4FPCA 1F9KA 2A6YA 1W6QB 3WDTA 4YM2A 2KKIA 3FJ9A 4FQ4A 1ISYA 3BA4A 4FPKA 1H9PA 1FGAA 5JOWA 1X50A 2VXTI 3FJJA 2FPQA 2FMDA 1G9BA 3AX4A 3FJEA 1VALA 4IY9A 3BWIA 3B9UA 2FFUA 4Z8SB 1ENRA 2Z42A 3FJAA 4I1BA 1HLCA 4LBOA 4IQPA 1TWMA 1QQKA 2YXSA 4AN6A 1DBNA 3AXEA 1QOSA 3OBTA 3R4SA 1FN0A 5T5LA 1LEDA 1W3AA 1PWAA 4OWKA 1S0CA 1QDOA 1SR4C 3N0KA 3WDWA 2PHXA 5JMCA 4FPJA 3FJKA 2UWCA 2GDFA 1S0BA 3POYA 1IS4A 4GA9A 4CZSA 1MS3A 4OUJA 4HJJA 1EPWA 4DS0A 3MW4A 4Y1YA 2VSEA 4AGRA 3H6RA 1LESA 4KBBA 1GSLA 3WDYA 3PG0A 5F9TA 2WT0A 2NYYA 4ZGRB 1PZZA 3PJQA 2ZBJA 1Q1UA 3QW6A 1N1VA 1PUMB 1IKQA 2G7PA 4LBMA 5BYNA 4KUFA 2FO1A 1Q8SA 3FLRA 4D0TA 1HKNA 1AVXB 2ISEA 5GLVA 1WLCA 4LO3C 4WBCA 5F90A 1N4KA 1JYCA 5DXDA 1I1EA 1ONAA 3ILRA 3WO3A 3C89A 2OW4A 3IIRA 3OYWA 3CAHA 5EXOA 1LHWA 2W68A 3USUA 4XFSA 2Q9XA 3HBWA 4FOYA 2HZ9A 5CBLA 1R1ZA 4YGDA 3UJQA 1WW6A 4CJMA 3DDAA 21BIA 4JAWA 5JLVA 3ZUSA 3AH1A 3LLPA 3S8JA 2GALA 1KNMA 1JYIA 1WW4A 4DRRA 3FLPA 2OUJA 4I8MA 2I1BA 4JKQA 1H9WA 4WVVA 2QYIB 4JP0A 1W6QA 2A71A 2JECA 1OQ1A 1TP0A 4EFPA 1CR7A 4K1ZA 1B09A 1ULEA 2A5ZA 5T5PA 7I1BA 1FQ9A 5KXBA 4WV8A 3OBRA 1ULCA 1MC9A 1QDCA 1IJTA 4Y1ZA 2XG3A 2IMBA 1SBEA 4EL4A 1URXA 4MYEA 1DLLA 2J3PA 3C8BA 2W2DB 3M3CA 4Y1UA 3N7LA 5H9SA 3WDXA 4HL0A 2I2SA 4PBOA 2C9AA 4FPGA 1SLCA 9ILBA 1D2SA 2CWSA 3FGMA 1Z2VA 1YO8A 2P3IA 2SBAA 2HWAA 4FPEA 4Q9GA 2MIBA 1LENA 1AXMA 3FFZA 1UMZA 1DZQA 5BXRA 4DQAA 3M3OA 2P23A 3AZZA 4XZPA 4LO0C 4AGGA 4OW4A 5BXPA 1K5VA 5H9PA 5T54A 1G9CA 3KM5A 4X3AA 1JBCA 1AVWB 3IKWA 2A70A 3UD9A 2DVAA 3ZPYA 3E8LC 2IMCA 3AZXA 2KI4A 4GKXA 3SLIA 2EF6A 4KEIA 3RRDA 4Y20B 2F2FC 1FAYA 3B3QE 5BP5C 1Q8PA 3TB0A 3UK9A 1F82A 2VXRA 1NZKA 3AYCA 1WD3A 4GOVA 4Y1VA 4A7ZA 2VU9A 3HN1A 3AP6A 3V0AB 4WVWA 4R9DA 4XMIA 2D1ZA 2HW9A 1XTFA 4YW2A 4OEGA 2VSAA 1FV3A 1Z4SA 1V6XA 1YF8B 4Q26A 1LU2A 1FYUA 3OJMA 4I0YA 4C1XA 1QOTA 3O4OA 3OJBA 3JUUA 4I3NA 5FREA 1NUNA 4Z9WB 3AYDA 2D6MA 1DYKA 4YFZA 4QD2C 1LTEA 2A7AA 1HIBA 1Z0HA 3NV3A 4R9BA 5D61A 5DUYA 5DUWA 1IT0A 1SBFA 2R1DA 3CNAA 4D8HA 2ZGUA 2AFGA 2PHFA 2OUHA 3FJCA 4SLIA 1WLDA 5GLZA 3C2UA 2GNDA 1ITBA 2F8XC 2D7FA 3BX1C 3SITA 1MS0A 1DGLA 2A6VA 3VV1A 2P37A 3O0WA 3IM6A 1CN1A 1TWEA 1V00A 3O0VA 3SISA 3OPZA 3ZXGA 3OJ2A 2PELA 4G1RA 5EG6C 1RY7A 1P63A 4BOWA 1HWOB 1DQ2A 3P53A 1QOOA 1XZZA 3AJZA 3WUCA 4YZ2A 2W2DA 4XIOA 4FGFA 1UAIA 3I2AA 1YRZA 5F5QA 3ZXKA 4XHXA 2D44A 3BA7A 2AREA 1J0SA 4DCKC 4R9AA 4GAFA 1HDKA 2ES3A 2DTWA 5DVHA 4USPA 4EFRA 4LBJA 4IONA 3SNVA 3IN9A 1W3GA 4J2YA 3D4KA 2QN0A 2Z48A 4PCRA 5F8WA 4J2XA 3FJHA 1N1YA 3MPPG 4KS6A 2NZ9A 1QXMA 1IRAX 1ENSA 3POWA 1HWNB 3QW8A 4RL7A 4YGEA 4Y26A 2CYFA 3UD8A 2VW1A 3B9CA 3RG0A 2DVFA 2VUAA 3ENRA 5IK7A 5FRAA 4YOLA 3WG3A 1S0FA 2ZMKA 2XHLB 4P0LA 1MS9A 1MS1A 2YUGA 1WLWA 3AP5A 1YYNA 1R8OA 3PVEA 5JOZA 5IK8A 1II4A 3RTJB 5H9QA 1W6PB 4I4QA 1TEIA 1S0LA 2D3PA 3SH5A 3V0AA 2AR6A 1DYPA 2ZGTA 4Q1PA 4BM8A 4GOYA 2EXHA 4U2AA 1QU0A 3I29B 1DQ4A 1HWPB 3VEQA 5H9RA 3AKIA 2EAKA 4K21A 3C8AA 1C1LA 1LHVA 3C88A 4UW4A 4TYSA 4FPHA 3EF2A 3WO4A 1LOBA 4XILA 2XOAA 3ZXDA 3AXDA 1LGBA 4DRVA 2VW2A 1Q8OA 4FOVA 1CVSA 4D69A 2ENRA 2P3KA 4FPYA 2ZGQA 1M16A 4AGVA 2AENA 1BYHA 1YXWA 5E8AA 5DZGA 1Q56A 5JOXA 2Y9FA 1GGPB 2D6PA 3NBEA 1IKPA 4OWLA 3QJ0A 3NBCA 2G7NA 3BAVA 2A3XA 1T9FA 1CJPA 2D6KA 1SACA 4LBLA 2CWMA 1ZL5A 2VLCA 3AYEA 2JDZA 3A0NA 4JKXB 1LOFC 3O4CA 1V6OA 5BQUC 1MZ5A 3M1HA 1AFCA 4XTMA 4C1WA 3O12A 2A3WA 4ZXKA 4I4UA 3V64A 2ZACA 2C5DA 2D3RA 1V6UA 4QC4A 4BMBA 5IK4A 4KEJA 4IZXA 4P6AA 4EJ5A 2D6LX 3NBDA 3WCSA 1W6NB 3W58A 2LTNA 1SCRA 1BFCA 1FATA 1F5FA 2PHWA 4XOGA 3CRIA 1S1AA 1Q04A 4ZFYB 3ASIA 1GLHA 1V6IA 3K1XA 5E89A 4OWJA 2UWAA 3DSEA 3RS6A 1QQLA 4J2SA 2V73A 3QW7A 2P2KA 1CQ9A 4A7KA 3A21A 1DJSB 1LHUA 4LO8B 3R05A 3ILFA 5EC5A 2LALA 3AH2A 1J1TA 1JN2P 4Y1XA 2HYKA 3WMVA 2F2FA 2ISHA 3N7MA 2XHLA 4QBCA 1AVBA 3ZYPA 4I4PA 4QO3A 3BONA 3CA0A 4XYXA 2WLQA 2WNEA 3LTQA 1CVNA 2P34A 3WINA 1W6PA 1LODA 1JTCA 5SV8A 4AVSA 3C9ZA 5F8SA 1WBCA 1YI7A 4UW3A 2JD4A 1APNA 2UWBA 3WDVA 1AZDA 2PHUA 3I4IA 1ZM1A 2ZQNA 1KDKA 4Z8BA 3FBYA 4YLZA 2X2SA 1HCDA 4OEFA 2CNAA 3GALA 4YGCA 1QNYA 1UZZA 3BAUA 3OGFA 2NMNA 2AUYA 4R9CA 2KI6B 3BRGC 3A4UA 2WBCA 1IOAA 3WDUA 1HKDA 2ARXA 1CPMA 4FQZA 2ESUA 4ASMB 4QKRA 2ET2A 3IM5A 4QBVA 5BQMA 4W65A 2DURA 3VT0A 4Q9PA 2RQ9A 4HANA 3V0BB 3BAGA 1ULGA 1VAVA 5T5JA 1G8WA 2KLLA 3CRHA 4ZOTA 2YV8A 4II0A 4JQ0A 3ZX7A 3RTIB 3VKNA 2DVBA 4WZFA 1QGLA 1JQZA 1DQ6A 1G82A 3QIYA 1XYFA 4L8QA 1N3QA 4G6JA 1S0JA 3PVNA 4R6UB 2ERMA 1IILA 4I4SA 3F1RA 3V79C 2W08A 1RMLA 1HCEA 1A3KA 1BXHA 2DYCA 5JVVA 4ZFUB 3QW5A 1W6NA 3SH4A 4GP3A 2K4AB 1A8DA 4M3CE 3ZSLA 1PZ8A 4K1YA 1ZL6A 4LO7C 4G6MA 4M3CB 3NV1A 1Q8VA 1HQWA 2G7QA 2E51A 3H0OA 2WKKA 4ZA3B 3RMXA 3IM7A 1QNWA 3WCRA 2YZ4A 1KJRA 4LO2C 3A07A 3V65A 1M2TB 3TC2A 2FFVA 2WJSA 4LBNA 3TAYA 1IOBA 1FWVA 4Q1RA 3BAHA 1C4RA 1D0HA 1VAMA 1DFCA 1XHBA 2GMPA 4ZFWB 3NJ5A 1DQ1A 2BFHA 3AFKA 2DUQA 5L73A 2RG9B 4M01A 4LBQB 2D24A 3CQAA 1RIRA 1DFQA 1LOAA 4U36A 1LJ7A 4J2KA 1DZDA 2A6ZA 2Z49A 3FIIA 4A7YA 1PC8B 3DS9A 3CA5A 3JRRA 1RINA 5DUXA 4H9WA 5HCFA 1G7YA 2GNTA 1Y7BA 1MD6A 4M3CF 2JE7A 1GICA 1V6LA 3AP7A 3HR9A 6I1BA 2NP0A 3N36A 4HA2A 4YW4A 4X39A 4PF5A 1N1TA 1QF3A 5EYXA 3QLQA 1W0PA 1Q03A 2M49A 1XG6A 3PUBA 3GNEA 1YBIA 1ILR1 3VKFC 2H0BA 3APBA 1LULA 2VW0A 1GYKA 5GLTA 1G9FA 4AVVA 4KC3A 3M3EA 3WZ1A 2RSTA 5EWSA 1QKQA 4QALA 1W0OA 2OVUA 1UZYA 4FPLA 5IK5A 3FUQA 1LOFA 4P9YA 2ZGLA 4KEKA 1DQOA 4AN7B 4YZ4A 1DHKB 3LSDA 1EV2A 1ISXA 3LCPA 3P6JA 3MALA 3D6EA 2D6OX 1BJQA 2A3YA 2ARBA 3D3XA 1JT3A 1S0EA 5HCAA 4I2SA 3UD7A 3IPVB 5DG1A 1ZA4A 1TOOA 4I30A 2AYHA 4QKSA 4ENDA 4H55A 3S8KA 3AP4A 1GZ9A 3RQ0A 1ENQA 2SLIA 3UL2A 4L4IA 2DV9A 3BODA 3KMVA 1WW7A 4J1LA 4X38A 2DS0A 1BLAA 3CA6A 4LO7B 4YFWA 4Q8KA 1UX6A 4IHZA 1RZOB 3ZXLA 4M3CA 5GM0A 4YG6A 1CPNA 2K8RA 1SLAA 1GANA 4JRAA 3FJIA 3AKFA 1OKQA 4YGBA 2EIGA 1JOJA 2AQZA 4YZ3A 3ZXJA 4FPOB 1WBAA 1GNHA 4H04A 3VT1A 1LHNA 1MS8A 3ZSJA 3HMYA 3ZSKA 1AJKA 4I4VA 1O4YA 5CA6A 4ZBVB 3WG2A 3PMEA 1JHNA 1SR4A 3QIXA 4YZ1A 1SLBA 3O49A 4LBQA 3BRFA 3ZYRA 2VH9A 5FNXA 4PQ9A 1DQ0A 2GNMA 4F34A 1AX0A 2W39A 1ONKB 3AKHA 4GXLA 4XBQA 1TFMB 2ZHLA 3A22A 1FV2A 5E88A 4Y20A 2A97A 1WBFA 1BASA 5G00A 1VLNA 4XTPA 3FJFA 5BXTA 2NVHA 4XXPA 4LO3A 4I96A 3DDBA 1WUVA 1N3PA 1OFSA 2K43A 2DUOA 3BAQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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