1S0DA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.5
Total Genus 404
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
404
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
total genus 404
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0dA01
5FREA 1YVGA 1Q8PA 3GALA 1N1TA 3D6EA 3FIEA 5DSSB 3INAA 4FPGA 3ZYRA 4CZSA 3BAHA 2AR6A 4FPCA 4GP3A 1DQOA 2F2FA 2AAIB 4WBCA 4I4XA 5CBLA 3ZC9A 4I6IA 5BP5C 2A71A 1YYNA 2CY6A 2JE9A 1GLHA 3UK9A 3WINC 2HYKA 2W39A 1GZ9A 1C1LA 4OZXA 3VKLA 2E4MA 3FJ8A 3OGGA 1S0EA 1S0BA 3OY8B 1AXKA 3C88A 4XJAA 4Y1ZA 2A3XA 5EYYA 1V6XA 1JW6A 1LHVA 1ISVA 5E88A 3V0AB 1IT0A 3ZUSA 3WDXA 1HCEA 3GNEA 2A6XA 4M3CB 1WBLA 1ITBA 4HJJA 2PHXA 1HDKA 3WG4A 1LENA 3BA7A 4DQAA 3JU9A 4W65A 3BB2A 3BAOA 3WCSA 3BTAA 2A6YA 3SH5A 2AXMA 1LHWA 3FJDA 1V00A 4A7YA 4PBOA 2XHLA 1GBGA 4GKXA 5AVAA 3NBDA 4G6MA 4XJUA 2DVAA 1BXHA 3AP7A 4ZFWB 1EV2A 1DQ0A 2A75A 3VUOA 1D2SA 2GO2A 4XHBA 3PHZA 4KUFA 2ZGSA 5D63A 1LHNA 3R4SA 3Q7WA 4YM2A 2AGSA 1QKQA 3ZXLA 3ZXGA 3ATGA 1WW6A 2I1BA 5BQMA 2YZ4A 1V6WA 2W2DA 4BLIA 3M3OA 1BFCA 1EYLA 3VKOA 4J1LA 3AZYA 2YMZA 1CQ9A 1IRPA 2NVHA 1X50A 1FATA 4IHZA 3WDUA 2DUPA 5T52A 4LO7C 2PHRA 3A07A 4ASMB 2ZGLA 2D3PA 3AFKA 4YW2A 4U2AA 2D6LX 4FP3A 4JQ0A 4Z9WB 4EKXB 1ZN3A 1YBIA 2FMDA 1SCSA 3NBEA 4JKQA 5IK7A 1KQRA 1CE7B 5F9TA 4Q2FA 4AVTA 1W6NA 3I8TA 3DDAA 5T5JA 2GMMA 1Q8VA 4GXLA 3SNMA 2VY0A 4EB2B 3JUTA 3H0OA 4LBNA 2XHLB 4D69A 3O4DA 1PZ7A 4ZFUB 3WV6A 5H9RA 1JUIA 3WO4A 31BIA 5G00A 3I2AA 1QGLA 2DUQA 3A0KA 3EF2A 4AVVA 4PF5A 3BX1C 2D6PA 2DVGA 4FOVA 3R4UA 3AKGA 3FBYA 3WUDA 2A97A 5JOZA 5SV8A 2ZABA 2R1DA 2D6NA 4RA0A 5BQMB 2W2DB 3RQ0A 2ZHMA 4DRVA 3H6RA 2ERFA 4D0ZA 3CA5A 4Y26A 4GALA 4YGEA 4YGBA 4FQZA 4PCRA 4JC1A 4XJ9A 1T9FA 2D24A 2LTNA 5GLUA 2XOAA 1SBEA 2YV8A 1N3QA 4TZDA 2BEAA 1W3GA 3OJ2A 2R9KB 1UL9A 2WQZC 1W6MA 1ILR1 4JKXB 1BJQA 4BQ1A 3T8SA 3N35A 1ISXA 3BOKA 3UD8A 2ISHA 5GJ6A 1W0OA 4R9DA 5DUUA 2EALA 3ZXFA 7I1BA 5F8SA 2X2TA 3P6IA 1Q03A 4OUJA 3PVOA 5F8WA 2ZGUA 1W6NB 1JN2P 1JT3A 3Q7YA 2P3JA 2MC2A 2P34A 1TFMB 5D61A 3QIYA 4I3NA 3WO3A 2GZBA 3O12A 3T1MA 4Y1YA 1FN0A 3CNAA 4BPZA 3RTJB 2JECA 5H9QA 1S0DA 2WT2A 5BXSA 2ZQNA 1JXNA 4I0YA 1V6IA 5IT6A 1XHBA 1SR4C 1TP0A 2WBCA 3OBTA 4ZXKA 4QALA 2A3WA 3IKWA 4P6AA 3IPVA 2A8AA 4XZPA 1SACA 2DUOA 5L73A 3ILRA 1F5FA 3H6RB 1QOOA 2R49A 1H9PA 3QIZA 3RMYA 1IKQA 1AXZA 4ZBVB 5FZZA 2EXJA 3D4KA 1AXMA 3ZSLA 4ATEA 5BVPI 4GKYA 1DYKA 3H6SE 3DSEA 2A6VA 1V6LA 2UWCA 2M49A 3A22A 1FV3A 4YG3A 5BOWA 2IMCA 4DFSA 5B2HA 2A3YA 1NXD1 4G9NA 4QD2C 4XMAA 1W6MB 4ZOTA 1RIRA 1LHUA 4EFQA 1DZDA 1S1AA 1PWAA 3QW7A 1WUVA 1GV9A 2YY1A 3VT0A 1MS8A 4Y1UA 3ILNA 2VLCA 1WBAA 4H9WA 2W08A 2LIEA 4QKSA 2DVFA 2KH2A 3A21A 2K43A 4F83A 4YZ5A 4EJ5A 1ZL6A 1WCSA 3ILFA 3I4IA 4QO3A 3POYA 5CNAA 4CJMA 1LOFC 4FPOB 1CN1A 1HKDA 1LOAA 1QDCA 1WW7A 2WRYA 4I37A 1MS4A 2ZMLA 3HN1A 1XZZA 21BIA 4I7IA 4UW4A 2C9AA 4XTMA 3FFZA 1SLTA 3WO2A 2Y9GA 3ILAA 4Q26A 1W6PA 2ZACA 5DUYA 4NO4A 1IS4A 4LBQA 1LJ7A 4G6JA 4AGRA 3HOMA 3QYDA 9ILBA 4I4VA 4AN7B 3IPVB 1WLDA 4SLIA 4IY8A 1VIWB 3N3HA 4JRAA 5E8AA 4GP0A 2V73A 2DRYA 4QBVA 4Q91A 2EAKA 3BRGC 3WHUA 2ZHKA 3MW3A 4LO7B 1N47A 5F8YA 1OKQA 1SZ6B 3OBRA 3O49A 3WDTA 5JOYA 3OJBA 3NBCA 3IAGC 3APBA 2Y9FA 5E89A 1MS0A 2EF6A 4IZEA 1H30A 3ZUQA 4A7ZA 1F82A 2P37A 3PVEA 3AJZA 3AJ6A 3BA5A 1WW5A 5T5LA 1DQGA 1YTOA 4DPNA 2IMBA 3VKMA 3QW5A 2R0HA 2D7RA 3ZVXA 1KNMA 2DREA 2IHOA 3OJVA 1FAYA 3AYAA 2E7TA 4XFSA 2BQPA 1LHOA 4TLPA 1Z2VA 3WG3A 1Z7HA 3KMVA 1V6VA 1AFCA 3WA1A 1APNA 1BQPA 1LEDA 4ISQA 3AKIA 1AX1A 5DUVA 4ATFA 1W6PB 2Z48A 3RSJA 2HW9A 2DVDA 3O3QA 2R1BA 1QF3A 1BLDA 4LBQB 4USPA 2CTVA 4NOTA 2ES3A 3CRIA 4YZ3A 3CAHA 2ZGRA 2X2SA 2YXSA 3LTQA 2CWSA 1SR4A 3SH3A 1RMLA 3N36A 3MPPG 3VSZA 3C2UA 3AX4A 4I96A 1Q56A 5GALA 2ZGQA 1R8OA 1C57A 1C1FA 3ZSMA 3M3EA 4YOLA 2KM2A 2KI6B 2FHRA 1QDOA 2WSUA 1LTEA 1GYKA 4KEJA 5BQNA 1DIWA 4TYSA 1SFYA 1MC9A 5BXRA 2ZR1B 1JYIA 4UW6A 1DLLA 3K1XA 2ET2A 2D3RA 4P9YA 4XILA 3QLQA 5JDBA 5GZCA 1R8NA 4P0LA 4M3CE 2GN7A 4XFUA 4PBPA 1HWNB 3OYWA 4JPZA 4KTXA 3CU1B 2WT1A 3AZVA 1OQLB 1IHKA 1Y7BA 3VKFC 1ZL5A 2EXKA 1QQKA 3NV2A 2PHFA 1V6NA 3WOGA 1CIWA 4Y22A 1IS6A 4AVSA 1W6OA 3DGTA 4QBCA 1LOFA 3O0XA 1JQZA 3CA6A 1AX2A 1FWVA 3VKNA 2OUJA 5HPZA 4ELCA 3DEBA 1P63A 3S8KA 4YW5A 3FJKA 1FNZA 2PELA 5DXDA 1T3AA 3VT2A 2NM1A 2ILPA 1ISZA 2D44A 1Z0HA 2ZGTA 1FMMS 2D7IA 1LU1A 1IILA 2W68A 1BARA 3D5OA 1G9CA 4ITCA 4BMBA 2RSTA 3FJBA 1DQ4A 1XTGA 4XBQA 4RL7A 1QQLA 4YW1A 1CVNA 4OWLA 1DZQA 3IIRA 1SBDA 2SBAA 4KS6A 1VALA 2NN8A 3B9UA 2FO1A 1UPSA 3FJHA 3PG0A 1AVWB 1T4QA 3U4XA 3A4UA 3UJ0A 1LOGA 4YGDA 3WDYA 4FVVA 5GZGA 3CA3A 4I4SA 4EFRA 3OYWB 1MS9A 5T5PA 2Z42A 2D43A 4J23B 4XJ8A 5DZFA 4Y20A 4OW4A 3PVNA 5T50A 3N7KA 4LO1C 4XIOA 1ONKB 3KQRA 1JT7A 1XYFA 1QU0A 3O5SA 3CA4A 4DENA 2ZGMA 4Y22B 1SBFA 1TOOA 1W6OB 4XJZA 1RY7A 5GLTA 3V64A 3T1LA 1Q04A 1KDKA 5DUWA 3WVJA 2HWAA 1BFGA 1ZA4A 2FGFA 4HEVA 2GN3A 3I2XA 2DTWA 3SNVA 2AYHA 5GLZA 1AJKA 1W3FA 2J3PA 3BAVA 1UKGA 4Q1RA 1K5VA 2KLLA 4OWKA 5JOXA 1W0PA 3N0KA 1YXWA 41BIA 1HQWA 4R9AA 5CAZA 2GNBA 1CESA 2VXRA 5BP5A 3WDWA 3MALA 2K8RA 5H9SA 4KEKA 3NBNA 4EL4A 2D6MA 1FQ9A 1AF9A 3WINA 2A5ZA 5KXCA 1G9BA 4Y1XA 1ZB7A 4XE9A 4H55A 3FUQA 4XIKA 1XTFA 1E0OA 3M3CA 3HBWA 1BYHA 5FNXA 1AVXB 3N7MA 2D6KA 2GMEA 1PUMB 4OEFA 1FNYA 2LIQA 2ISEA 1CR7A 1IRAX 2WLQA 1VAMA 1CVSA 1MS5A 1DQ5A 4DRRA 1MACA 4Q27A 2G7PA 3B01A 4I4PA 1SLAA 2GNDA 1ZKXA 1A8DA 4KC3A 4Y20B 5IK5A 4YG6A 2W52A 4LO0C 4QKRA 4KEIA 1HLCA 4DS0A 1HWOB 4GA9A 2P3KA 1IOBA 1GNHA 5JMCA 4USOA 3BRDA 4LBMA 4QC4A 1UZYA 4CRQA 2EXHA 3HSMA 2VW2A 3F1RA 2IMAA 3CQAA 1FX5A 3HR9A 1JT4A 1GKBA 1LOCA 3WMVA 3B3QE 3QR5A 2WJSA 1UN1A 2Y9XE 1AVBA 2G7QA 1LODA 3N7LA 3TAYA 3OPZA 3IM7A 1PC8B 1ONAA 3UL2A 2RHPA 4R9CA 4YZ1A 1F31A 1LU2A 4H04A 1LGCA 5IUQA 2GMPA 5GM0A 2UWAA 4YFZA 2NTDA 2B7YA 4AGVA 4L8QA 4PC4A 1V6KA 5F90A 2QN4A 1ULGA 5GLWA 4FPJA 5BYNA 1N3OA 4XDQA 3Q7XA 5KXDA 2P39A 3USUA 4I4RA 3RS6A 1G9AA 4OEGA 3VV1A 3AZXA 3NV3A 2ZGKA 1UMZA 1SLLA 1E1HA 2ZZJA 2UUSA 4YGCA 3PJQA 2FFUA 3FJCA 3SH4A 2ZA9A 5H9PA 1BLAA 4Q8LA 1HIBA 1Q1UA 2JKBA 3WZ1A 3C9ZA 3TB0A 4ZLBB 2HZ9A 2CYFA 1DBNA 4FOYA 4BOWA 4LO2C 4XJWA 4GOVA 3ZSJA 5CB7A 1ZKWA 2D20A 3ZXDA 3C8BA 1YI7A 3C89A 2V5YA 5BQUC 1QNYA 1FV2A 1JBCA 4I2SA 5CA6A 3ZSKA 2RG9B 3BONA 1TIEA 3FJEA 4ZKTB 5HCAA 2DYCA 5E24E 4JCKA 2Q3NB 1UX6A 3MEPA 1QOTA 1ENRA 2XB6C 3LCPA 3DUIA 3R05A 4JAWA 3O4CA 1GGPB 1VCLA 1QMJA 1IS5A 3AP6A 1S0IA 2DWRA 3AH4A 2PHTA 4L4IA 2EIGA 1ENSA 1LGNA 4KBBA 3VSFA 2G4IA 4LBKA 3LLPA 1CONA 4XXPA 1SLBA 2PHWA 2BEBA 3CA1A 1DHKB 5T54A 3LSDA 5GZDA 1GZWA 3WUCA 2D6OX 1ZM1A 4I4YA 1MVEA 4FOWA 4M01A 3ZXJA 3RTIB 1BA7A 3USUB 1SCRA 2WT0A 1G82A 4I1EA 3P6JA 3O0VA 3C8AA 1I1EA 3SISA 4M3CF 2NP0A 2A70A 2E6VA 1MR5A 3I29B 1JLYA 3L2YA 2AREA 1Z78A 1A78A 1JY0A 3VT1A 1KITA 2G7KA 1QXMA 4FPEA 3FIIA 2EXIA 2VU9A 2OVUA 2A6ZA 4CTEA 1TTUA 3M2MA 3B9CA 3A23A 1SLIA 3WNXA 4YG0A 1S0LA 1EPWA 5HCBA 3BADA 2JE7A 4XMIA 4BLJA 2VUAA 4WZFA 1OQ1A 4YFWA 5I1BA 4IZXA 4YM1A 1S0JA 4HR6C 3F62B 4ZJXA 3VWCA 1XQNA 3FJFA 2WKKA 1F9KA 2OUHA 1MD6A 2D23A 3UJQA 4FPYA 4LO8B 4WV8A 4D0TA 1IOAA 1O4YA 4WVVA 4P0KA 1WD4A 3FUOA 1FMZA 1AJOA 3O44A 3WG1A 2NMNA 2F8XC 3POKA 3KM5A 2JJ6A 5FNWA 2RQ9A 1GZWB 3ENRA 3SLIA 3O4AA 4GAFA 3RMXA 3AZZA 4FPHA 4Q9PA 2AUYA 1TWMA 2DVBA 4UW5A 1LULA 2WNEA 1ULFA 3CRGA 5DZUA 2K4AB 5EHAA 3NV4A 3O0WA 4YZ2A 2ZGPA 4J2KA 1KRIA 2H0BA 3NJ5A 1ENQA 1N1SA 2E53A 1TWEA 1V6JA 3BAGA 3HMYA 4BM8A 2WSVA 4G1RA 1G86A 2NYYA 5DZGA 2PHUA 4LO2A 3QW8A 2VXTI 1DYPA 3BA4A 4J2SA 4XYXA 1V6UA 5IK8A 1PUUB 3BODA 3ASIA 5KXBA 2ZMNA 4FQ4A 1SLCA 5BQUA 1DFQA 4Z8BA 3AYEA 3AH1A 3P53A 4C1WA 3BWIA 2DU1A 4XTPA 3N7JA 4YZ4A 1ULDA 1Q8OA 1YRZA 1AZDA 4DEPA 5BXPA 3NF3A 3WCRA 1N3PA 1G7YA 4ISRA 4OWJA 3FLPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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