1S0DA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.5
Total Genus 404
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
404
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
total genus 404
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0dA01
2MLLB 2D44A 3H0OA 1JT5A 4XHXA 1BXHA 4J1LA 2IMAA 3Q7XA 2D3PA 3N35A 3B9UA 1ONKB 3AZVA 3HMYA 1RITA 4XFTA 4A7ZA 4LBJA 2WRYA 4PBOA 3T1LA 4P0JA 1G8WA 5G00A 2YUGA 2GNTA 5T54A 2X2SA 2AGSA 3BAVA 3TC2A 1DBNA 3ZXJA 1CIWA 1CVSA 3BRGC 5JOZA 2IHOA 1BA7A 5IK8A 2R49A 2BQPA 4TLPA 2VUAA 2Y9FA 1GBGA 2FHRA 5AVAA 2Y9XE 1I1EA 4OEGA 1GZCA 3V0AA 4K1ZA 4JP0A 2DRZA 2W2DA 1JTCA 4Q1RA 1B09A 3FFZA 1DQ2A 2OVUA 1EPWA 1YF8B 3ZYRA 4QBCA 2E4MC 4LO7B 2D23A 3WZ1A 2ISHA 2D7RA 3MW2A 1LOBA 2LALA 3R4UA 3D5OA 1C4RA 1DHKB 3ZXGA 2W52A 4W65A 4Q91A 4P9XA 1HKNA 2SBAA 1G9CA 1U0AA 5BQMB 4U36A 1C57A 1MS1A 3MW4A 1ZB7A 5EYXA 4ZBVB 4GWMA 2CTVA 4FPFA 5JOYA 1DLLA 3MPPG 4YOLA 4LBNA 2P23A 3FJFA 4HEVA 1N1TA 5CNAA 1WCSA 2ZHMA 2OUJA 2WLQA 1M2TB 3IMNA 1JY0A 2CL2A 4WVWA 2MIBA 3B00A 2P3IA 1QOTA 4M3CA 1DQ1A 2UWCA 4YGCA 4Z8SB 1DQ4A 2UWAA 3FIIA 3IM0A 3QW7A 4LBKA 4LO3A 1FQ9A 5GLWA 2DYCA 4IZEA 1Q04A 3V64A 3FJKA 2FFVA 1W6OA 1UZZA 3PUBA 4R9CA 3ZPYA 2J3PA 1JYIA 4AYUA 4D0TA 2BEBA 4QBVA 1FAYA 3K1XA 5DSSB 4M3CE 3E8LC 2ILPA 3BB2A 1JBCA 2ZABA 3ILNA 3F62B 5GLUA 3CRHA 4WBCA 1CESA 2UUSA 1XTGA 3ZC9A 3Q7WA 3O44A 4I6IA 1FNZA 4X39A 2D6MA 4A7KA 5F5QA 3PVOA 2A6YA 4Y20A 2AUYA 1V6XA 1ABRB 1T3AA 1T9FA 1PZZA 1GV9A 3AP9A 2OW4A 2YROA 4LBOA 2D43A 1JW6A 1RG8A 2VSAA 1DFCA 1AX0A 2JE7A 3A0KA 4I4QA 4XMAA 3VT2A 3AJ6A 4FOVA 2XB6C 1FV3A 2RG9B 2A7AA 3JUUA 3PVEA 3ZSKA 5E24E 1VLNA 2VSEA 4I37A 1ISYA 1PZ8A 4FPLA 4JAWA 1E1HA 5BYNA 2NM1A 3AJ5A 3NBEA 3AJZA 1HWNB 1LOEA 3L2YA 1GYKA 1ZL6A 5BQUA 5CA6A 4I4RA 4QKSA 1IS6A 4UW5A 4LBLA 4BMBA 4I4UA 1V00A 4H9WA 3D7WB 3UK9A 2AREA 1ULFA 2NZ9A 2Q3NB 2GNDA 3WO3A 2RSTA 4FQ4A 4YM0A 5F90A 2DU0A 4YW5A 4GAFA 3MALA 4FOQA 2ZGPA 2AAIB 1UAIA 2E4MA 2BFHA 3POWA 1W3FA 3WCRA 3OYWB 4KEJA 6I1BA 3ILAA 2ZAAA 2ES3A 2WT1A 3AZWA 1YVGA 4UW3A 1LCLA 3W9TA 4I4YA 1FMMS 2EALA 3N0KA 1LULA 4DRRA 1IT0A 4XIKA 1AXKA 5HCAA 1W6QB 1WD4A 1CPMA 3W58A 1G9FA 3VKNA 4R9BA 5L73A 2BEAA 3BODA 1SCSA 1V6KA 2PHRA 5GZCA 4YGDA 2A97A 1XQNA 1DYKA 5DG2A 1GICA 2D3SA 3O49A 4Y24A 2IWTB 1WLWA 1MD6A 4LO1A 2ZQOA 1AF9A 1GZWA 4BPZA 4G6MA 3P53A 4LBQB 4Y22A 1MS5A 1XYFA 3ATGA 3AYEA 1MVQA 1YTOA 1GKBA 3AJYA 1PWAA 1LU1A 5B2HA 1MS0A 2ZMLA 2ZGSA 1OFSA 3B69A 3VT1A 3O3QA 1QOSA 3ZUQA 3AKIA 3M3EA 1AVXB 3FJJA 2P2KA 4RL7A 1KJLA 2DVAA 3IPVA 3O12A 1S0JA 4I30A 1LHVA 2D24A 3O5WB 1APNA 2ZACA 1V6OA 5D61A 3VKOA 1LOGA 3JU9A 4YG0A 3WDXA 1Z78A 2M49A 5DZFA 3BA5A 3IM7A 4AGVA 2ERMA 4XXPA 3AH1A 3H6QA 1V6LA 4HL0A 4GKYA 3GNEA 1CQ9A 3N7KA 3JRRA 2YV8A 2PHTA 4QD2B 2PHXA 4I8MA 3VSZA 1G86A 2A3YA 1GZ9A 2R1DA 3CA3A 1TOOA 3O0VA 2PHUA 4GP3A 3CNAA 4BLJA 1NUNA 2WQZC 2NTDA 4YZ5A 1OQLB 2RHPA 2A5ZA 4FVVA 4H04A 4I1EA 3FJ8A 2W2DB 1MZ5A 1N3QA 2WBCA 2IMBA 2GNBA 4GOYA 3OBRA 1UL9A 1ULCA 1IS5A 1ENQA 1W3GA 4FPKA 3AZZA 2ZQNA 4I2SA 2ZGUA 3FBYA 1QNWA 1BFFA 1BASA 2G7NA 1LESA 1JT4A 2FO1A 3N7MA 1N47A 3WVJA 3ZXFA 3OJVA 4ZFWB 2AQZA 3BONA 3O0WA 4GA9A 3ENRA 5BQNA 4KS6A 4DPNA 1R1ZA 1HQLA 4BM8A 1HWPB 5DG1A 1VALA 3AKFA 4DCKC 2A75A 2JD4A 1VCLA 4ZFYB 4BLIA 3KQRA 3OJ2A 1G82A 1R8OA 3ZVXA 1ZM1A 4K20A 4XJWA 4OWJA 2ZMNA 3O4DA 3RMYA 2Y9GA 3QYDA 3AK0A 3O4BA 5KXCA 4WZFA 4GALA 1II4A 2GMPA 2GMEA 2R16A 3FLTA 4D8HA 3ZSMA 1BKZA 1Z0HA 4XDQA 2EXHA 3VKFC 1AZDA 4J2KA 1ENRA 1W6OB 4GAIA 4K21A 5E88A 4G6JA 3SISA 1LHUA 1OKQA 4I4VA 3WCSA 3AYDA 5CBLA 2C5DA 1S0FA 2E7QA 4ZFUB 1DYPA 2ENRA 5KXBA 1FATA 4ITCA 4ZGRB 2NN8A 4OWKA 5LK5A 2XG3A 3WG3A 4EFRA 1JHNA 1GANA 3H6RA 1WD3A 1AVBA 2Z42A 5GM0A 2VH9A 3AP7A 2KI6B 3OJMA 3UD8A 3IM6A 1G9BA 4XE9A 2FFUA 1AVAC 1AXYA 3AXEA 2XHLB 2EIGA 4P9YA 2KM2A 5DZUA 5BQUC 1WW6A 1TIEA 4HJJA 1Q8PA 3RQ0A 2JKBA 4L4IA 3OPZA 1GNHA 4ENDA 3TAYA 3UDAA 1CVNA 4ISRA 4A7YA 3AKGA 2VXRA 3B9CA 4M00A 4C1WA 1MR5A 2ZZJA 2D6LX 4LO7C 1FNYA 1LHOA 3PHZA 4AWDA 4QO3A 4Y1XA 1V6NA 2EF6A 3FJ9A 2DTWA 4FQZA 4XIOA 4R9AA 1IS4A 2B7YA 3MW3A 2GN7A 1LEMA 4NOTA 3R05A 1K5UA 4G9MA 3BAHA 2WT2A 3A22A 2V73A 3N7JA 4L4HA 1GLHA 4USOA 3USUB 2AR6A 1RZOB 5IK7A 4QALA 3WDVA 4Y1VA 3OGFA 3ZC8A 4I4PA 4XJAA 4GOVA 4IYBA 2ZHLA 1LGNA 3CQAA 2JE9A 4P0LA 1IS3A 2L5XA 3T2TA 4LO1C 2DRYA 1SLAA 3A07A 3BA7A 4WVVA 3FLPA 2JECA 4Q2FA 1ITBA 1QXMA 4YM1A 4XKIA 2I1BA 1YI7A 4I0YA 3O4CA 3FJEA 1X50A 2AFGA 1RIRA 3NBCA 3QIXA 1W0OA 4YW2A 2G7QA 1YO8A 3WNXA 2ZMKA 4ZXKA 5GALA 2F8XC 3FUQA 1GZWB 5FREA 2R1BA 5H9SA 4UW6A 3M3OA 4Y22B 3UJ0A 5EXOA 1LHNA 1E0OA 2ZR1B 4Q1PA 1O4ZA 1V6IA 1S0IA 1JT7A 2D6KA 1UMZA 2R9KB 1URXA 3N36A 4XBQA 1JOJA 4EL4A 2EAKA 1IRPA 3BAUA 5JOWA 3I2XA 3IPVB 3VSFA 1ULGA 2GMMA 5JDBA 1YYNA 2D7FA 3PMEA 3NBNA 1Z2VA 2NVHA 2A6WA 3LCPA 4AGGA 2UU8A 4I4OA 4XHBA 4HR6C 5BXRA 4KTXA 2GNMA 3PG0A 1Q8VA 3HN1A 3FJDA 3SNMA 1D0HA 3AH2A 1DZQA 1Q1UA 2DUPA 2ZGLA 5BOWA 1Q8OA 4M01A 3IKWA 1AXZA 4EFQA 3JUTA 4R9DA 5D62A 3P6JA 4I3NA 2VW0A 1AX1A 4C1XA 5GLVA 4XJ9A 1KJRA 2D6OX 4YM2A 2ETFA 3Q9OA 4DQAA 1TWMA 1SBFA 3APBA 4YZ4A 1AJOA 4KEKA 1F5FA 1HIBA 4LO0C 3BOPA 5KXDA 2GO2A 1JQZA 1S0LA 4Z9WB 4AN6A 2WJSA 2Q5TA 4ZJXA 1BYHA 1DQ0A 3RSJA 1YXWA 1FX5A 1KNMA 4Q8LA 3CA0A 3WHUA 1BFCA 3KMVA 5DXDA 7I1BA 3C8AA 1Z7HA 3WUDA 2D22A 2ZGTA 4G9NA 4U2AA 5DUVA 4D69A 4XOGA 4KEIA 2A8AA 2HYKA 5BQMA 4YGBA 5T5PA 1DQGA 2G7KA 4FP3A 5T5LA 4ZLBB 1MZ6A 3CA6A 1W0PA 3K3QB 4DRVA 3WG4A 1SLTA 1QQKA 1HWOB 5GZFA 4OEEA 4XFUA 2E51A 3MEPA 1ISXA 4ZKTB 4OEFA 9ILBA 2E7TA 1LOAA 1QQLA 4FOWA 5EYYA 4PC4A 4P0KA 2FPQA 1UPSA 3W59A 1PUMB 2D6PA 2HWAA 3P6IA 2FMDA 3D6EA 2FGFA 1WW5A 3UJ4A 3C8BA 3HSMA 1S0CA 1RMLA 2WSUA 2EXJA 4KBBA 1I1BA 5T55A 4HA2A 3BWIA 1ULEA 3NV1A 1W6NB 1TFMB 2KKIA 3DDAA 5EHAA 1FYUA 1AVWB 3CRGA 2ZGRA 1SLLA 2A6XA 2LTNA 3AXDA 1WW7A 1JYCA 4K1YA 3FJAA 3WINC 4DEPA 3D3XA 1IOAA 4CRQA 2P39A 2DUQA 3V0BA 3H6RB 4J23B 3FUOA 1QDOA 1YRZA 2Z48A 2K8RA 3CA5A 4XJ8A 2YY1A 3AKHA 4BMEA 3FJCA 2ISGA 4GP0A 3ILRA 3OY8A 1UN1A 3A23A 2OUHA 3PVNA 4FGFA 3AZXA 4J2YA 1XG6A 3R4SA 1DIWA 1LECA 4YW3A 1ONAA 5GZGA 5JLVA 4I4XA 1BARA 3POKA 3AP5A 4YZ1A 1S0GA 3O4OA 3V65A 3V0AB 5FNXA 1FWVA 1W6PA 1PZ9A 3ILFA 3BTAA 3LTQA 2DU1A 3WDUA 4XYXA 4P9WA 5EWSA 41BIA 2A71A 4ASMB 4IY9A 3ZXLA 4CZSA 4QC4A 4AVSA 3ASIA 3VWCA 1H9PA 1F82A 1BLAA 1A3KA 2QN0A 4YM3A 3DGTA 3V79C 5HPZA 1LENA 5H9QA 5DUYA 3WDTA 1Y7BA 4IY8A 1DQ5A 2JJ6A 3WHTA 2VW2A 1XZZA 4LO0A 3PJQA 4J2XA 1KDKA 3SH4A 3ZX7A 3WOGA 2AXMA 5DUWA 2DWRA 4P14A 3BA4A 4YW1A 4JKQA 3IM5A 1ZA4A 3ZXEA 1NLSA 1OQ1A 3D4KA 1DZCA 4JC1A 2ZHNA 3CA4A 4OZXA 1JXNA 4M3CB 1DQOA 4I1BA 2HW9A 1XTFA 4GKXA 2Y9WC 4I4SA 5FNWA 1V6VA 1TP0A 1EV2A 1LHWA 2VW1A 1N1SA 2EXKA 3M3QA 5H9PA 2V5YA 1HCEA 2FDBM 5EC5A 4YFWA 1JN2P 3O4AA 2AENA 1SLIA 1W6QA 1QU0A 3IN9A 2X2TA 4EKXB 3NJ5A 3QR5A 3QW8A 2GALA 3I29B 1CE7B 4R6UB 1TEIA 1H9WA 4Q26A 2CY6A 4JKXB 2P3JA 5DVHA 2LIQA 1V6UA 3VV1A 3FGMA 1F31A 4X3AA 3BRFA 4ATFA 1LJ7A 4Y20B 8I1BA 3A0NA 3SH5A 3BAQA 5IK4A 3WUCA 1UKGA 3DUIA 3QW5A 4I96A 1JLYA 4XTMA 1EVTA 1WBAA 2TEPA 3WDYA 4YW4A 2Z49A 1CN1A 1J0SA 2ESUA 2F2FC 1F9KA 1N1YA 4KUFA 4NO4A 3UJQA 2P34A 2GZBA 1KITA 5FRAA 4MYEA 3AZYA 1MS9A 1QMJA 4OW4A 4FP2A 3WINA 4CJMA 5GLTA 5DZEA 4F34A 1SR4C 3DEBA 5BXSA 4YG3A 3UD7A 1A78A 1GGPB 3I4IA 4SLIA 4Y1YA 1A8DA 1S0BA 1IJTA 1CPNA 1LEDA 4DENA 3BOKA 3VT0A 2VU9A 1ILR1 2P3KA 1ULDA 5GAQA 2NYYA 5GLZA 3QLQA 4H55A 5D63A 2AYHA 4Q9GA 4FPEA 3FJBA 3FJIA 1W6MA 4FOYA 3WG1A 3OBTA 1KRIA 1RINA 1FWUA 4X37A 1P63A 2R0FA 3M3CA 3S8JA 2DURA 4PBPA 5GJ6A 4LBQD 4XJZA 1JT3A 3WMVA 2LIEA 4X38A 3KM5A 1V6MA 3WA1A 5JMCA 1G7YA 1SFYA 1IRAX 5DUUA 3POSA 2ZGOA 5BXTA 5JVVA 4UW4A 4M3CF 2IMCA 2W08A 1C1LA 3AX4A 2W68A 3ZYPA 2DV9A 1KDMA 3B3QE 5E89A 2ZGKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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