1S0EA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 6.0
Total Genus 407
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
407
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
total genus 407
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0eA01
2A75A 1BASA 4YZ4A 1I3HA 1RIRA 2D22A 1EPWA 2VLCA 2DUPA 1Q8VA 3CAHA 5DVHA 2R1DA 2MLLB 3OJMA 1JY0A 2A71A 3OJBA 3AFKA 3I2AA 4JKXB 5H9RA 3WG3A 2BEBA 3NV3A 1QDCA 1OKQA 4HL0A 3OPZA 1TTUA 3OY8A 4BLIA 4XDQA 2OUJA 5EXOA 2AENA 2WT1A 2ZHKA 2ZHLA 1WBCA 1QNWA 1DYPA 2PHXA 2UWAA 2R0FA 2ZA9A 2YXSA 2P39A 5BQMA 3WVJA 4L4IA 3N7KA 2KH2A 5KXDA 4ZKTB 1MD6A 1WBLA 2EF6A 3ZUQA 2WJSA 1CONA 1BA7A 4I6IA 1ZL5A 2DVGA 4YGCA 1Z4SA 1CQ9A 3O12A 1AXZA 3KM5A 1QU0A 1YBIA 1JLYA 4YG0A 3ZC8A 5JMCA 3BAVA 3RTIB 3FJJA 1LULA 4CTEA 1R1ZA 2PHWA 2VSEA 4WZFA 4FPKA 1O4ZA 1QOTA 3BAUA 1XHBA 2A3YA 5GZFA 3VT1A 3AZWA 3OY8B 2OW4A 5GLVA 4YOLA 1JHNA 3UD9A 4JC1A 1II4A 5D62A 1IS3A 4LBQB 4YFZA 3VWCA 1HWMB 5GZCA 1ENSA 2ZGTA 3MALA 1RITA 5DZFA 3WUDA 4EB2B 2WLQA 4ZFYB 2X2TA 2X2SA 4KEKA 4XJAA 4Y1XA 2ZQOA 3FJKA 5KXEA 2P3IA 2VXRA 1VAMA 2E4MA 2FGFA 5T54A 3D5OA 3WINA 5H9PA 3F62B 4XJUA 5B2HA 1DFCA 1PZ8A 1DQ2A 3CA1A 2Y9XE 3AXDA 3IM0A 3PVOA 1W3AA 4G9NA 2GDFA 2IMCA 1K5UA 1AJOA 2GO2A 1WW4A 4FOQA 6I1BA 3JUTA 1Q04A 4FGFA 1SFYA 4XXPA 1GZWB 3MW3A 1LHVA 3BWIA 4LBOA 4BPZA 1GZCA 1LENA 4Y1YA 2AFGA 1S0DA 2R1BA 1LODA 1AJKA 1JN2P 1LHWA 2DVAA 3BAHA 2G7KA 1G8WA 4LO3C 3WLUA 2GMMA 1BYHA 2ZGNA 2AREA 2W68A 1UAIA 3ZX7A 3B00A 2EAKA 2B7YA 2D6OX 3I29B 3ZSJA 2EALA 3RG0A 2DTYA 2IWTB 3MW2A 1P63A 3P6IA 1H9WA 3E8LC 5FNXA 3QJ0A 3TC2A 1DQ4A 4C1WA 4A7YA 4U36A 2E7QA 1FMZA 1W6QA 1JT4A 3K3QB 3BIWE 5FREA 3UD8A 3NF3A 4I8MA 3JRRA 4G9MA 2FFUA 1ULFA 3ZXDA 2A6VA 4OEEA 2A70A 3INAA 4Q8LA 4X39A 1FV3A 4I4RA 4JKQA 4D8HA 2GMPA 1YXWA 1C1LA 4MYEA 1LOGA 3CRGA 2H0BA 2DS0A 4D69A 2UWBA 4YZ3A 2R0HA 3MW4A 1V6LA 4IONA 5JDBA 3QLQA 1I1EA 4FOVA 1WW5A 2QN4A 1WLCA 2WBCA 4J1LA 3APBA 3UJ4A 2DREA 2PHUA 5BXPA 3FLRA 3VV1A 2YZ4A 5KXCA 2R16A 2Q9XA 1UZYA 1GICA 3NWKA 3OGFA 3FLPA 1PZ9A 1W6QB 1X50A 2D3SA 2W08A 2HYKA 1FN0A 4I7IA 3ILNA 1Q8QA 3RSJA 3S8KA 3FJBA 4Q9PA 3D6EA 3QW5A 1FWUA 1SR4A 4AGRA 2DTWA 1KJRA 1XYFA 4ZFUB 1MS9A 4M3CA 2OUHA 1Z0HA 2RG9B 3B3QE 2ZBJA 1XTFA 5SV8A 4PBPA 2W52A 2NYYA 3A0NA 4XHBA 4ZFWB 4ZXKA 3O0VA 1QXMA 4LO0C 1H9PA 4BMBA 4EFRA 2JECA 3M3EA 1MS3A 3CA3A 2KKIA 4R9BA 2W2DA 4P14A 4LBQD 4GP0A 4GWNA 2EXIA 1PUMB 3POWA 2ERMA 3OJ2A 1W6MB 4JQ0A 3Q9OA 3VKNA 3BA4A 3K1XA 3PJQA 3Q7WA 3SH5A 2D7FA 1LOFC 2CYFA 1RZOB 2Z48A 3POKA 4GA9A 4UW4A 1WBFA 3WO3A 1D0HA 2P37A 1QMJA 2DRYA 2AYHA 3KMVA 3O4AA 4M3CB 3I4IA 4UW3A 5GALA 3ZXKA 1IS5A 4XXAA 3O4OA 1KDMA 1LESA 2A6YA 3LLPA 4R6UB 1BFBA 1IILA 2ZAAA 1JT3A 3DEBA 1V00A 3S8JA 4XHXA 3AYAA 4I37A 2HW9A 1WD4A 3P6JA 1R8NA 4TLPA 5GZEA 1URXA 2GN3A 1QGLA 4FOWA 1AVXB 1QF3A 1LU1A 2UU8A 1JYCA 4A7ZA 3M3QA 4AWDA 2A6WA 2M49A 3WG1A 1PC8B 1G7YA 3VEQA 3RTJB 2W2DB 3HN1A 3UL2A 2NTDA 2C9AA 4DPNA 3B69A 2FFVA 3SISA 2ET2A 2G7PA 2A7AA 3ZSKA 3WDVA 1W6OB 1ULDA 3AK0A 4OUJA 2C5DA 3BADA 1ZKWA 1YTOA 4XBLA 5T5PA 2ILPA 3QIXA 1FGAA 3HBWA 3IIRA 5CBLA 3CA4A 3FJFA 2DWRA 1MZ6A 3R4UA 2ZR1B 2ZGMA 3V0AA 3TB0A 4I0YA 1GGPB 3B9CA 3JUUA 3O44A 3AH2A 1LOAA 3BRDA 3ENRA 4GOYA 1TWMA 2D44A 1ULGA 1V6MA 3WV6A 4EL4A 3C8AA 4PQ9A 1K5VA 3QIYA 2DU0A 4M00A 3BA7A 3AZVA 2PHTA 3BRFA 3AJ5A 1LGBA 1WW6A 3HSMA 1H30A 3BOOA 3ZPYA 1DIWA 1Z78A 4LO2A 3VKOA 1DZDA 1CR7A 4R9AA 1F5FA 1SACA 2DVBA 5EWSA 5CA6A 3FUQA 3IM7A 1QOOA 1UZZA 2L5XA 1DZQA 1PWAA 4H55A 4EFPA 3V79C 4GWMA 2Q5TA 1GLHA 3NBEA 3ZXLA 3V0AB 3FJAA 2KI6B 2ZGSA 5DZEA 1PZZA 4XMIA 3CQAA 4XFSA 3L2YA 2D7RA 5I1BA 3OBTA 4YW1A 4ENDA 1WLWA 1SCSA 2D3RA 2ZACA 3RS6A 4K20A 4CJMA 2G4IA 3WCSA 3AYEA 3T1LA 2F2FA 5G00A 4DQAA 1SLCA 1AF9A 4J2YA 1S0BA 2E7TA 1JQZA 1RMLA 1C57A 2VW0A 1MC9A 3M3OA 1HQLA 4ZA3B 4OEFA 4LBMA 3FJHA 4YM2A 1HIBA 1A78A 3IMNA 2E6VA 3UJQA 3H6RA 1JTCA 1KQRA 4FPFA 1LGNA 4ZGRB 5BP5A 2ZGQA 1SCRA 2KI4A 3GNEA 4HANA 1BXHA 3H6SE 5T5JA 4ATEA 3BAGA 4GAFA 3M2MA 4PC4A 3RMXA 4KEJA 2R49A 4OWLA 1ENRA 1M2TB 2VSAA 4ZOTA 3HOMA 3R05A 5JOWA 2WT2A 4YW4A 2GNTA 4HJJA 4P0KA 2NN8A 3O4DA 4L4HA 1HDKA 3VT0A 1XQNA 4WV8A 3C8BA 1V6KA 4Y1UA 1VCLA 1SLBA 3M1HA 2D43A 1HLCA 1D2SA 1GNZA 1DQOA 2MC2A 4ISQA 4DRRA 1XZZA 3AP7A 2BQPA 4OWJA 4I4SA 3NBNA 2QYIB 5JOYA 1WBAA 2A6ZA 4FPOB 5BQMB 1IHKA 3PUBA 3BRGC 3ZSLA 2YUGA 4I1BA 2ZZJA 3N7MA 5F90A 4Z8SB 5DXDA 2D23A 5T5LA 4XJZA 4UW6A 1HKNA 4EKXB 2FDBM 1BARA 1HWNB 4FPLA 1IJTA 4JP0A 1G9BA 4I4PA 4USOA 1SBFA 5CB7A 41BIA 4DENA 5IUQA 3BODA 5E8AA 1TWEA 3ZXGA 3FBYA 2WQZC 3CU1B 2Q3NB 4IQPA 2ISEA 2GZBA 3FIIA 4P9XA 3VT2A 4IZEA 1S0IA 1YF8B 21BIA 5JLVA 2WKKA 3N3HA 1W0PA 2ENRA 1LEMA 1SBDA 4PF5A 4RL7A 1BFFA 1N47A 3POSA 3RRDA 1MVEA 4DFSA 4IY8A 4YGBA 2VU9A 1JLXA 1ONKB 5H9SA 2CWSA 3QR5A 4QBCA 3DDAA 3FJDA 2FMDA 1CVNA 1DGLA 1F9KA 4CRQA 1T4QA 4XMAA 2V73A 2ZKNA 4P6AA 4YW5A 1IT0A 2MIBA 4CZSA 3MPPG 1S0EA 2NMOA 1UPSA 1GANA 3AKIA 4AVSA 4BQ1A 1G82A 3UK9A 4LO8B 1VALA 1Q8SA 4Y24A 4QALA 3VUOA 3WDUA 3O4CA 5BQUC 2D7IA 3CRIA 4Y20A 4QKRA 2ZMLA 2J3PA 5EHAA 4QO3A 4XZPA 1ZM1A 4G6JA 3ZYRA 2EIGA 4I2SA 3WCRA 1FV2A 4DEPA 1N3OA 3BAQA 1HCEA 4I30A 4XTPA 4YZ2A 1BJQA 2OVUA 1MS8A 4XBNA 4OW4A 1W3GA 4BOWA 2P23A 5BYNA 1V6WA 1G86A 4K1YA 2DVFA 4Y1VA 1ENQA 4XBQA 4I1EA 2KM2A 5F9TA 2ZHNA 4FPJA 3AXEA 4LO3A 4AYUA 2DRZA 1TP0A 4LO1C 4F83A 2P34A 1WW7A 1ISVA 3FJCA 2ISHA 3UJOA 4QD2C 4K1ZA 4RA0A 4A7KA 1E1HA 4OZXA 4Y20B 3H0OA 5E24E 1WD3A 3AKFA 3CA6A 1JT5A 2PELA 2CTVA 3AH4A 4QKSA 4XJWA 2XG3A 3CNAA 3PG0A 4P9YA 2AR6A 1N3QA 3AZZA 5EYYA 1YIFA 2ARXA 4YFWA 2XOAA 3N0KA 4WVWA 1EVTA 1GZ9A 4QC4A 3CA0A 1JOJA 3AYDA 3V65A 5E89A 3FJIA 3HR9A 3FLTA 4GP3A 5GLZA 4YZ1A 5GLTA 5FZZA 1MS1A 5D61A 3WMVA 2NVHA 3VKMA 5BXTA 1NXD1 3WMUA 1LEDA 1DLLA 4LBKA 4G6MA 4G1RA 1MVQA 3A4UA 3VKLA 1ISWA 4DS0A 4I4OA 2E51A 3OJVA 3LSDA 3JU9A 3FJEA 3BTAA 4XILA 3USUA 3ZVXA 3PVEA 3ZYPA 2Y9WC 3IPVA 1BFGA 4GAIA 1AZDA 1PUUB 5GZDA 2DYCA 1VIWB 1TIEA 2CWMA 3N7JA 4YM0A 1JUIA 1LOBA 5DZUA 2Z42A 3VKFC 4Y22A 5DUWA 4Q1RA 5FZUA 3SITA 1DQGA 2VUAA 1W0OA 3N7LA 2D6NA 2KLLA 4R9DA 2SLIA 2CL2A 3ZUSA 1LHOA 2EXHA 1YRZA 1LHNA 2ZGRA 4LO0A 5HPZA 1QOSA 3QW6A 4TZDA 4L8QA 1Q56A 3O0WA 4FPEA 5T55A 2AUYA 3A21A 3WDYA 4P9WA 4J2KA 8I1BA 3FIEA 3USUB 3FGMA 4ITCA 3WDWA 1KJLA 1T3AA 31BIA 1LOFA 1GBGA 1CJPA 1E0OA 2JDZA 1FAYA 2Y9GA 3QCWA 4UW5A 1O4YA 2FO1A 4GALA 4AN7B 1S1AA 1SLIA 3W58A 3NV2A 1J0SA 3DDBA 1S0GA 2A6XA 4Z8BA 4I3NA 1N1VA 1S0CA 1W3FA 1N1SA 3ZSMA 2BFHA 3IN9A 4J2XA 1S0JA 2JJ6A 3WG2A 4AVTA 2ZGOA 4FPYA 3AH1A 2HWAA 2AH2A 3OYWA 2YY1A 3R4SA 1TEIA 4YLZA 3GALA 5IK7A 4II0A 1DQ1A 1V6JA 4WBCA 1DZCA 1ZA4A 5F8SA 4DRVA 4FQ4A 1AVWB 3N35A 1ONAA 3OGGA 1JXNA 5BVPI 3O0XA 1IOBA 1EYLA 1BZWA 3AJZA 1ZL6A 1LGCA 4J23B 1UN1A 1LOCA 4YGEA 1GV9A 1UL9A 2WRYA 1IRPA 1NLSA 5EYXA 2ZMNA 3WO2A 5BOWA 1DQ5A 3V64A 3AKHA 2HWMA 3LTQA 2ZGUA 4X3AA 3AJ6A 3OBRA 4EFQA 5DG1A 4HEVA 1G9DA 3ZC9A 4FPHA 2LIQA 1GYKA 3OYWB 4Y26A 3SNVA 3UDAA 1LTEA 3WOGA 1UKGA 5GLUA 1HKDA 4YZ5A 4GXLA 5KXBA 2DVDA 1FNZA 5DUYA 2GMEA 1V6IA 3ILRA 4Q91A 4GKXA 1AFCA 1IS6A 3PVNA 4BLJA 4YGDA 4KTXA 2ARBA 2ZABA 1Q1UA 5CNAA 3P53A 3BAOA 1R8OA 1UMZA 4XJ9A 2ETFA 3DSEA 4Q27A 3V0BA 3CA5A 3T1MA 1ABRB 1AVUA 1L2HA 4YG3A 1BLAA 2VW1A 5DZGA 2YROA 1G9FA 4LBQA 2NMNA 4X38A 1SBEA 1Z7HA 2E4MC 3WINC 1Q8OA 4IY9A 1RG8A 1A8DA 1MS0A 2VXTI 4KEIA 1VAVA 2DU1A 1DBNA 4XKIA 4Y1ZA 4XYXA 1DYKA 1DHKB 2VW2A 4XTMA 4USPA 4X37A 4FOYA 2IMBA 3BX1C 2JD4A 3AJYA 3W59A 1ISZA 3EF2A 2VY0A 4QBVA 3MEPA 1YYNA 1SLAA 5GJ6A 3NBCA 3AZXA 4YW2A 4W65A 3H6RB 1BFCA 3O5WB 4HA2A 2NM1A 3IM5A 1TOOA 3HALA 3A07A 2GNDA 2ZGLA 4U2AA 5IK8A 2VH9A 4YG6A 1GZWA 3VSZA 3V0BB 3NJ5A 1Y7BA 4R9CA 5JOZA 2D24A 1QQLA 3TAYA 2A8AA 1AVBA 1CESA 4AGGA 5IT6A 2G7QA 1QQKA 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