1S0FA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 7.0
Total Genus 390
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
390
sequence length
1290
structure length
1276
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
total genus 390
structure length 1276
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0fA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0fA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0fA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0fA01
1BZWA 1FAYA 2ZMKA 5CA6A 3M1HA 1OKQA 1YYNA 3IKWA 5GZEA 2P3KA 4NO4A 4YM1A 4D0ZA 4KC3A 2AGSA 2ZGKA 3NV1A 4Q1RA 5IT6A 1JXNA 4R9BA 1W3GA 2WT2A 2D7RA 3HSMA 2CL2A 2CTVA 3QYDA 1BFFA 1G9AA 3AH1A 2GN7A 4BLIA 3W9TA 2NP0A 1FQ9A 4G6MA 1ENQA 1Q8VA 3F1RA 2J3PA 1IS3A 4PC4A 1YTOA 2E4MA 2NMOA 1DYPA 1MS3A 1VCLA 1M16A 1CVSA 1U0AA 3K3QB 2ISEA 4Q27A 3C9ZA 4IZEA 4F34A 3DUIA 2X2SA 3WDXA 1IS4A 1EYLA 3USUB 3SH3A 3M2MA 2YUGA 4JRAA 1N4KA 4QKSA 3T1MA 3MW4A 1PUUB 4X3AA 5E8AA 3PVEA 2DYCA 4EB2B 3OY8B 4R9CA 2D24A 1CPMA 5I1BA 5T5JA 4SLIA 5JOYA 4I37A 1S0EA 2W2DA 4F83A 1HQWA 3APBA 3BWIA 2F8XC 2KH2A 2R9KB 3E8LC 4AVVA 4G1RA 2NYYA 3H6SE 1UZYA 3RS6A 4M3CA 2F2FC 4HA2A 5EWSA 3BRGC 2ZGPA 1BFBA 3VT0A 4R9DA 3ZYRA 5DZUA 2AYHA 4XTMA 2ISGA 1J1TA 3AJZA 3FJEA 4A7KA 2D6OX 1DZCA 3BAUA 2VW0A 2XOAA 1ISVA 4QBCA 5DZGA 3ZUSA 3ILNA 2VXRA 1V6IA 2L5XA 4P6AA 2GNTA 2R1BA 4Q26A 4Q9GA 5BXTA 4GP0A 1BA7A 1MZ5A 1DQOA 1D0HA 2ETFA 1ISYA 1FMMS 1V00A 5G00A 4PF5A 2NN8A 2JE9A 1HDKA 2ZHMA 1DZQA 3CRIA 4LO7B 3V0AA 1AXZA 2BQPA 2JECA 3DS9A 2AH2A 3N35A 3K1XA 3C8BA 4D8HA 3WO2A 4J2KA 5IK7A 5T55A 2ET2A 1E1HA 4KEKA 1G9CA 2V73A 3LSDA 1UAIA 4FPOB 3B3QE 3QW8A 1ZA4A 1S0BA 2D22A 1HCEA 3CA6A 2YZ4A 4UW3A 1EVTA 5EG6C 2A71A 2W52A 4HL0A 3NBCA 1T9FA 4XFSA 3AKFA 4FOVA 2OVUA 4LBOA 5GJ6A 3GALA 3T1LA 5DG2A 4XFTA 2CY6A 1QQLA 1VLNA 3IIRA 2Y9WC 1HKDA 5JOZA 1HLCA 2MIBA 4U2AA 1Z4SA 1S0GA 1AXKA 1W6NA 2D1ZA 1ENSA 2ISHA 2ZBJA 3ZVXA 3VWCA 5DUYA 2GMPA 3VKNA 1ULGA 3RTIB 4D69A 1AVXB 4LO3A 1AZDA 4LBNA 4GALA 1BLAA 4GAIA 4K1YA 3SNMA 1QOSA 5FRAA 2FPQA 2VW2A 2Y9GA 3BA5A 3UDAA 1F9KA 1F31A 1J0SA 2BEBA 2DURA 1CR7A 4BPZA 1IOBA 1AX1A 4LBMA 1HWMB 4OW4A 3CNAA 2PHUA 3ZURA 5BXSA 1V6KA 4AYUA 4LBQB 5T5OA 5BP5C 1DQ5A 4XBNA 3UD9A 4CRQA 1FGAA 4BOWA 1LHUA 4DCKC 1NLSA 1A8DA 1PC8B 4L4IA 4DS0A 4EFRA 3OJMA 2VU9A 2D7FA 2R0FA 3NWKA 3IM7A 5T5LA 3POWA 1S1AA 1UKGA 3PMEA 2XHLB 1Z0HA 1KITA 5T5PA 3O4AA 2PHFA 1IKQA 2D43A 2YXSA 4J23B 4Q2FA 5CB7A 3AZVA 5HCAA 2D23A 3FJAA 5IUQA 2AXMA 1G86A 3Q7XA 3RMYA 1C1FA 2DTWA 4XXAA 4ZGRB 3VEQA 2GMMA 4I96A 1ZM1A 1O4YA 1TTUA 2A6YA 3UK9A 1S0DA 1LU2A 4CTEA 2AQZA 5BQMB 3QIYA 4ZJXA 4P9XA 1LOFA 2KI4A 2DVGA 1GANA 2ZR1B 1ZB7A 2ARXA 3ZXFA 1QGLA 3CU1B 2G7NA 4P14A 1TFMB 4IZXA 2X2TA 2P3IA 4DQAA 4J2SA 1DQ4A 5BXRA 1RIRA 2PELA 1WBFA 2AREA 3WG1A 1OFSA 2AAIB 2ZGLA 7I1BA 2E53A 4FOQA 5D61A 5DSSB 4ZKTB 3IN9A 4AN6A 1LHVA 4LBQD 1W0OA 3VKOA 1BXHA 1KDKA 3T2TA 3ASIA 3C89A 4YFWA 2BFHA 4XYXA 1RINA 4JQ0A 5BOWA 4HANA 4DENA 2HW9A 4JAWA 3BOOA 1IHKA 1GZWA 1QQKA 2VUAA 3IAGC 2K43A 4Z8BA 1OQLB 4IONA 5F8WA 5F90A 1TP0A 4BMEA 2DWRA 3OJ2A 4FPLA 2K4AB 3SITA 2YV8A 4XKIA 4FPEA 3UJOA 2OUHA 2ZQNA 2WLQA 2QN0A 3AYCA 5AVAA 5EHAA 2RSTA 3WINA 1GZ9A 1A3KA 3FJKA 1KJRA 3B01A 3WO4A 3BAHA 1LEMA 1IILA 1P63A 3V64A 1LULA 3UD8A 3FIIA 1WW4A 1DFCA 1W6MB 1TIEA 3QIZA 2JE7A 1SLCA 1SBEA 3H6RB 3SISA 3UJQA 1ENRA 3IMNA 4C1XA 31BIA 4Q91A 4Q1PA 2M49A 1SLAA 2QYIB 4I1BA 4XJWA 2A75A 4I8MA 3JRRA 1BJQA 1XYFA 5BYNA 4XHBA 3NV3A 4DRRA 1N3OA 2EALA 2G7PA 4YG3A 4FQZA 2ERMA 2DTYA 1DFQA 4AVTA 5T54A 2ZHLA 3FGMA 4KTXA 4LO8B 1MS5A 4I4OA 5KXDA 1LJ7A 4ZBVB 1YO8A 3AK0A 1BASA 1Z78A 2Y9FA 1N1YA 2E4MC 3NBEA 4FPYA 4YOLA 1HWPB 4AWDA 2XB6C 2Z42A 1AFCA 3V0BA 4I30A 4PQ9A 1Q1UA 4ZXKA 3P6JA 3IM5A 5KXBA 1LHNA 2GNDA 3QIXA 2D6NA 1UX6A 1G7YA 2EXHA 2DVFA 5BXPA 1NUNA 5KXCA 4OEEA 2UURA 2WJSA 3ZC9A 2EXJA 3A0NA 3AXDA 3AP7A 4XBLA 3V65A 1Q8SA 2LIQA 4FOWA 1LECA 2GNMA 3D3XA 1ISZA 3OYWB 4XMAA 3SNVA 3LLPA 4UW4A 2WNEA 2A97A 3OGFA 4LBKA 1ILR1 5GM0A 3RMXA 3ZC8A 4XJ8A 3VT1A 1G9FA 2B7YA 1RITA 1W3AA 3N7KA 1JT7A 5FZZA 3ZXDA 3DDAA 1Q8PA 4OWJA 2A5ZA 4YM2A 3ATGA 1V6XA 4EJ5A 3O5SA 2A6WA 5CAZA 1URXA 1LHWA 1RZOB 1DYKA 3AJ5A 21BIA 2DV9A 4CZSA 4YGCA 1FV2A 5JOXA 1ITBA 3POYA 2ZAAA 1IS6A 2A3XA 3JUUA 4BMBA 3GNEA 4ISRA 4XMIA 1N1TA 1N3QA 5GZGA 1PWAA 4XIKA 2CYFA 8I1BA 1JYIA 3OJBA 2YY1A 3AZZA 4JC1A 1MVEA 1W6QA 3B9CA 2ZGNA 2DVAA 3O3QA 2JDZA 1V6WA 1LEDA 2A6ZA 4DEPA 2ESUA 1OQ1A 2VXTI 1V6MA 1MR5A 1Q56A 2VSEA 1TEIA 1JTCA 2VSAA 4P9WA 1BKZA 3AJ6A 3I8TA 1BYHA 1XQNA 1LOAA 2SBAA 3AKHA 4K21A 1XG6A 5IK5A 2NVHA 1X50A 1IRAX 4OWLA 2MC2A 5IK4A 1NZKA 3D4KA 4TLPA 4FVVA 2DS0A 2PHRA 2RHPA 3IPVA 3N36A 4IYBA 1SZ6B 1YI7A 3AH4A 2CWMA 2C9AA 4R9AA 3WVJA 1CVNA 3N3HA 2P3JA 1FX5A 1FATA 1Y7BA 4LO3C 1KDMA 1AVWB 4UW6A 3BAOA 5H9SA 1QKQA 1FV3A 3WV6A 3FJ8A 4I3NA 2PHXA 2ES3A 1LTEA 2FDBM 4BLJA 2C5DA 2KLLA 3RTJB 1S0IA 2Z49A 2ENRA 3QW7A 1ULFA 2A6VA 1UPSA 3U4XA 4EL4A 3R4UA 1YBIA 1G9BA 3POSA 2FMDA 1LHOA 4W65A 4YW4A 4OEGA 3FIEA 4J1LA 2IHOA 2AFGA 3A21A 4GWMA 4YGBA 4XHXA 3O0XA 4JPZA 3BODA 5FZUA 3A23A 5BQUC 4WVVA 4WBCA 1FWUA 5CNAA 4XE9A 3CA5A 1V6LA 3VV1A 1SLBA 1SACA 3VKFC 1PUMB 2R49A 4RA0A 2VH9A 1R8NA 6I1BA 4M00A 1MS1A 3O4CA 3OGGA 1N1SA 4L8QA 2F2FA 4ATEA 3AP5A 4GP3A 5B2HA 2ZGRA 3BX1C 5EYYA 3WG2A 3B9UA 4YGDA 4GOYA 4YLZA 4FPKA 2FO1A 1AX0A 1DQ2A 4XTPA 3OPZA 1KRIA 3AKGA 4LO0A 1C4RA 1LOFC 1HIBA 4QKRA 4Y20A 3VSZA 2CNAA 3RSJA 4GAFA 3FLTA 3SH5A 2PHWA 3POKA 1Q8QA 1JLXA 5FNXA 1S0CA 3FJFA 1SBDA 3VSFA 4ZA3B 3O0WA 3ZYPA 4NOTA 3WDUA 5BQNA 41BIA 5T50A 1JLYA 2Q5TA 3B69A 1LESA 2WQZC 4AVSA 4USPA 4ZFYB 2W2DB 4KEIA 2G4IA 2ZQOA 5FNWA 1Z2VA 2FFUA 4J2YA 1GYKA 3FJCA 3M3OA 4TYSA 4M3CB 1W0PA 1IT0A 2KKIA 1S0JA 4LO2A 3W59A 1QNYA 1JT4A 3FBYA 1LGCA 3SLIA 1IS5A 3PVNA 1SR4C 3AKIA 1XTGA 2GO2A 1VAMA 3ILFA 4YZ1A 3A0KA 4I4VA 1W6OA 3RG0A 3HMYA 4AGGA 3NF3A 4KUFA 4I2SA 2K8RA 1M2TB 4Y26A 5GZDA 2D6PA 3JU9A 4M3CE 2WT0A 2HYKA 1MZ6A 2EXKA 4Q8LA 4FQ4A 3OBRA 1W6PA 4XBQA 2EIGA 5DXDA 4J2XA 4ZFUB 1F82A 1QMJA 1B09A 5LK5A 5JLVA 1MD6A 4IY9A 3I2AA 2E6VA 2P39A 3V0AB 5E88A 3Q7WA 1GNZA 2ZHKA 3O4DA 4Y1UA 1G8WA 2DU0A 2ZKNA 3ILRA 4YG6A 3IM0A 3L2YA 1BFGA 1FYUA 1CPNA 4X38A 3EF2A 3WLUA 1CESA 3LCPA 4I1EA 1QDCA 2JD4A 2JJ6A 4IHZA 5HPZA 4EKXB 3RQ0A 4Z9WB 3CRHA 1QDOA 2D6KA 1RY7A 5BP5A 2I1BA 1CJPA 3WMUA 1QXMA 1QF3A 2G7QA 3TAYA 3I2XA 2IWTB 5FZYA 2NM1A 1W6NB 2ZHNA 2IMCA 1TWEA 2OUJA 1DJSB 1YVGA 1CN1A 3WO3A 1DQ6A 1IRPA 4D0TA 1SFYA 1MS9A 2DU1A 4Y22A 2A3YA 1FNYA 3WG4A 1UL9A 1CQ9A 2XG3A 4I4UA 1DBNA 2Y9XE 4Y1VA 2R1DA 2V5YA 1DGLA 1HKNA 5F8YA 3HALA 2NTDA 3USUA 4LO1C 2D20A 4LBJA 2QN4A 3ZUQA 5H9RA 1DZDA 1GV9A 4P0KA 1I1BA 4ITCA 3PG0A 4HR6C 2TEPA 1C57A 2A3WA 1T4QA 3OY8A 3AXEA 4XJZA 3VKMA 3QLQA 1GKBA 2UWBA 3PVOA 4AGRA 5H9PA 2RG9B 3H0OA 3FJ9A 2D7IA 3BTAA 2ERFA 4FPGA 1GLHA 4XZPA 3UJ4A 2GN3A 1AJKA 4XFUA 2WRYA 4II0A 5JMCA 1WLDA 4PCRA 1LOEA 3VT2A 1L2HA 3MW3A 4AN7B 3PJQA 1F5FA 4Y24A 3TC2A 5F8SA 1SBFA 4FOYA 4K20A 1MS8A 2DVBA 2Z48A 1GNHA 4I4RA 1WBAA 4USOA 3DDBA 3JUTA 4X39A 2OW4A 3WHUA 1BARA 3KMVA 4QD2C 1ZKXA 4EFQA 4BQ1A 5DG1A 3N7MA 3O0VA 4YFZA 1WD3A 2MLLB 3WHTA 3BA7A 5DUWA 4A7ZA 4MYEA 2NMNA 3O49A 3M3EA 2E7TA 1ULEA 1NXD1 4YZ2A 1MACA 1G82A 3BADA 1LOGA 5DUUA 3A4UA 1EV2A 4C1WA 5D63A 4ZOTA 4JP0A 4P0LA 2AENA 4JKXB 1HCDA 3UD7A 3O5WB 4Y1YA 5E24E 4DFSA 3FJJA 1GZWB 3R05A 5L73A 1JOJA 4YM3A 1XHBA 2GDFA 1LOBA 1LENA 4G6JA 2BEAA 4RL7A 4GXLA 4I4SA 3AX4A 5HCBA 3HR9A 3BAQA 3ZSLA 1ABRB 3FJDA 2VLCA 1WBLA 3Q9OA 1II4A 1V6UA 1ISWA 4Y22B 1AF9A 1MS0A 3Q7YA 3AZXA 1FMZA 3WMVA 3H6QA 2IMBA 2CWSA 2WBCA 1N1VA 3KM5A 1ULDA 1SLIA 2AR6A 3LTQA 4G9MA 3R4SA 4XXPA 2ZGQA 2D3RA 1XTFA 4HEVA 4ELCA 5DUVA 2EAKA 1V6NA 3BB2A 1VALA 3AJYA 3ILAA 4ENDA 1MVQA 1WLWA 2UWAA 3CAHA 5D62A 3WNXA 5EC5A 3DEBA 1DHKB 1LOCA 1PZ9A 3CA1A 2WT1A 4LBQA 3FFZA 1V6OA 5SV8A 3ZXKA 1BLDA 1Q03A 4PBPA 3ZXJA 3BOKA 2E51A 3HOMA 1JBCA 1WLCA 1LGNA 2D6MA 3P6IA 1AVUA 1JW6A 5GLTA 3NBNA 2P23A 2LALA 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