1S0GA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b apo form
Total Genus 406
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
406
sequence length
1290
structure length
1288
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
molecule tags Toxin, hydrolase
total genus 406
structure length 1288
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0gA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0gA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0gA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0gA01
4XJZA 1UZYA 1SR4C 3A4UA 2G4IA 4XBQA 2D44A 1IT0A 2ISHA 3QLQA 4K20A 3WOGA 1LECA 4KTXA 1L2HA 3RMXA 1FNYA 1MC9A 3OGFA 3PVNA 4Y20A 4Q2FA 1JQZA 2VU9A 2ZGLA 1LOGA 3GNEA 5DUVA 5GZFA 2SBAA 2E51A 3V79C 3FBYA 2ZHLA 1LENA 3EF2A 1F31A 2OVUA 2UWAA 1N3PA 1W6PA 4HJJA 1SCSA 1DQ4A 3W9TA 1IS5A 1F82A 1QDCA 5DUXA 1FN0A 1N4KA 1H9PA 2KH2A 4BLJA 2E7QA 4LO7B 1U0AA 4Y26A 3PJQA 4FVVA 1QGLA 3A21A 1QMJA 1TTUA 2OUJA 4IZEA 2ZAAA 1Q8OA 4LBQB 2HW9A 3IM7A 3WZ1A 2XOAA 1TWEA 3I2XA 1BA7A 21BIA 1ENQA 1WLDA 2GN7A 4A7KA 1SLIA 2PHRA 2P34A 1KDKA 1UN1A 4I96A 2DWRA 4Y1VA 4FPFA 2IMCA 2BQPA 2XG3A 2Q9XA 5T5OA 4Q9PA 2W08A 2UURA 1DZCA 1B09A 5IK8A 4ATFA 3MALA 5D61A 4Z8SB 4WVVA 3WDTA 5CB7A 1HCEA 2Q3NB 4XDQA 5H9QA 2FHRA 1PUUB 3JU9A 3IAGC 4ZGRB 2PHWA 1E0OA 1DZQA 1WCSA 4BMEA 1K5VA 2IMAA 3CQAA 1MS1A 3VT2A 2D6MA 3M3EA 5CNAA 1AFCA 5GAQA 1DQOA 5DVHA 5BXRA 4DRVA 1Q8QA 4MYEA 3BA7A 5DUWA 3BAQA 1XYFA 2GNTA 1PZ9A 1NZKA 2NVHA 3Q7WA 3DDAA 2VXTI 3N7LA 3IIRA 3HOMA 3A23A 3BOOA 1QXMA 4LO7C 41BIA 1CVNA 5T50A 3CA6A 5CA6A 1AVWB 2QYIB 4I30A 3H6SE 1SBFA 1LGNA 4ISRA 3FJFA 1DQ6A 2EXKA 1UX6A 3OJMA 4BMBA 4Y1UA 4EEEB 3O4CA 1DIWA 1RMLA 3AFKA 1V6MA 3D5OA 2DUOA 2VLCA 4LBLA 2DTYA 1ONKB 4Y20B 3ZPYA 3O49A 1JY0A 1UKGA 1XZZA 2A97A 3AP9A 1DQ5A 1G86A 2EIGA 1LEMA 1W6PB 2EXHA 2WSUA 5BQUA 4Q26A 2ERMA 1WLCA 1LEDA 2WJSA 4XFSA 4P9YA 2DTWA 31BIA 3S8KA 4FOWA 1MS9A 2ZHMA 1MS4A 3FIEA 2UUSA 5GLZA 5FRAA 4XBLA 4JC1A 3C8AA 2Z49A 3ZXDA 5F8YA 4XTPA 2WKKA 1CPMA 3ZYRA 3HMYA 3F62B 4L4HA 1D0HA 3NBCA 2P3KA 3ILFA 1FV3A 3A0NA 3BB2A 1N1TA 1XQNA 4QC4A 4G9MA 1GSLA 1MS3A 4P14A 5KXDA 2H0BA 4YM3A 4DS0A 3ZSKA 1ENRA 4IY8A 4ZOTA 3FJAA 3BAVA 1GYKA 1S1AA 4BOWA 2C5DA 4YM0A 1M16A 2CNAA 3IPVA 4WZFA 3NV4A 3VV1A 4R9DA 3UD8A 1EPWA 2ES3A 3T2TA 2A6XA 3SNVA 3FIIA 1A3KA 5E89A 3FUOA 2AUYA 3T1LA 5JOXA 3VT0A 7I1BA 1QNYA 1RIRA 4QD2B 4FPKA 3ZC9A 1Q1UA 2Y9WC 1SLBA 1TIEA 1GNHA 3P6JA 4OEGA 1UMZA 3P6IA 2NP0A 1JBCA 3WDYA 2CYFA 2ZMNA 2R1BA 1VAMA 2D6LX 2EF6A 1GKBA 1ULCA 4YM1A 1NUNA 2A5ZA 3O4AA 3WO2A 3RSJA 2FFVA 2V73A 3WDVA 4KEJA 1GLHA 1C1FA 2RSTA 1YO8A 3GALA 4LO0A 2JE7A 3KMVA 1OQLB 1ILR1 3VUOA 1ZKWA 3BAHA 3RQ0A 4GKXA 1DLLA 2WT1A 2D6NA 5L73A 1XG6A 2GDFA 1CQ9A 3OJVA 2NZ9A 4KS6A 1DQ0A 5DZGA 4SLIA 1FWUA 5I1BA 3VKOA 4XFUA 2IMBA 3WDXA 1IRAX 3JUUA 3K1XA 1R1ZA 2DVBA 3ZURA 1IKPA 3PMEA 2P3IA 4H55A 3WVJA 2AAIB 4AGVA 1G9FA 4BM8A 1JYCA 3DUIA 3FLRA 3H0OA 2A6WA 1V6VA 2RQ9A 4QD2C 4YW5A 1XHBA 1FATA 2AENA 3JRRA 3BA5A 1RY7A 3UJQA 1KQRA 2WSVA 1BFFA 2AQZA 1HWMB 4UW5A 4WVWA 5D62A 2HWMA 1O4YA 2EXIA 1JYIA 1G7YA 4Z9WB 3VKMA 2DV9A 1UL9A 3OBRA 3D7WB 3PHZA 4Y22A 4FPCA 2ZQOA 4OWJA 1V00A 4DQAA 2ESUA 3FJ8A 3IPVB 3ZSLA 2D43A 4CRQA 1DGLA 1CESA 5T52A 2I2SA 2ZA9A 4XXPA 1AX1A 2DREA 5BVPI 3DSEA 5BQUC 2AH2A 2R0FA 2ZGSA 2A71A 5JOYA 4XIKA 5BXPA 1ZN3A 1WLWA 3AYEA 4XHXA 1UPSA 5F5QA 3IN9A 1GGPB 4K21A 1SACA 2HWAA 3O4DA 1N1VA 3VSZA 3O0XA 1DQGA 1G9BA 4XFTA 3DGTA 3V0BA 1HLCA 4LO3A 2P37A 4I1BA 4GKYA 4ISQA 3O4BA 4I37A 4QBCA 3DDBA 2Y9GA 1WW6A 2YMZA 5HCBA 3SNMA 3WHUA 5BXTA 1OQ1A 1G8WA 1GBGA 4XXAA 5IK5A 1ULFA 4OWKA 1QKQA 4EFQA 3BX1C 1BARA 1YIFA 4I4OA 3ZYPA 3WO3A 2VY0A 3W58A 1MACA 2ZGPA 3VKFC 1HWPB 1LHVA 3BTAA 2ARBA 4FOYA 3NJ5A 5HCAA 2K4AB 3KM5A 2A8AA 3CNAA 1HQLA 2ZBJA 4FQ4A 3AZYA 2FMDA 4I1EA 1IS3A 2R49A 5T5PA 5BQMA 2F2FA 2X2TA 1W0OA 2UWCA 1LOEA 2P3JA 1JT3A 4J1LA 1WBLA 4OZXA 5BQNA 3ILRA 1JLXA 3OGGA 1W3FA 3AP6A 1JOJA 5BOWA 4XIOA 4P0LA 1EV2A 1Z2VA 4PF5A 4PBPA 4AVSA 1Z0HA 2SLIA 1KNMA 3BODA 4Y22B 3ILAA 5GZDA 3RMYA 5EC5A 3CU1B 3ZUSA 4Q1RA 3U4XA 4OUJA 4LO2A 3SH5A 5HPZA 3AP4A 2ZGOA 4M3CA 3WDUA 3M2MA 4NOTA 4YFWA 4HEVA 2ZMLA 2DVAA 4R9CA 3RTJB 3WA1A 4JP0A 2R9KB 1IJTA 4IHZA 2ZMKA 2MLLB 2ARXA 4GAFA 3SLIA 5KXBA 3CA3A 3B01A 3BAGA 2AXMA 3CA0A 3ZXEA 2DU1A 4H04A 4Q91A 1JHNA 3POWA 4YZ5A 2KI6B 3V0BB 1AVUA 3AZWA 1YXWA 5B2HA 1LOFA 4CZSA 1BLAA 4P9XA 5F90A 1QOTA 3OY8A 3IM6A 3N7MA 4P0KA 3FJKA 5EXOA 1AXMA 4F83A 3NBDA 4DCKC 1CIWA 1A8DA 2AREA 2AYHA 9ILBA 3OYWA 1T9FA 1F9KA 4I0YA 1DYKA 1ZL5A 4K1YA 3BOKA 4LBNA 5DZFA 2JECA 4M00A 2A75A 3WNXA 4DPNA 4J2KA 4PC4A 2ZGRA 1FQ9A 6I1BA 3I29B 1LTEA 4AVTA 5E8AA 4Q1PA 2W2DA 1HQWA 4BQ1A 3HALA 2D3SA 3JUTA 3FFZA 1CE7B 4ASMB 5F9TA 1AF9A 2D7RA 3N36A 5IK4A 1C57A 3V64A 5BQMB 1MZ5A 4USOA 2G7KA 4G9NA 1GZ9A 1RG8A 1ZB7A 1PWAA 4AGRA 3AYAA 1PC8B 2LALA 3C2UA 2GMPA 1CPNA 3B3QE 4OEFA 3BRFA 4I4SA 2NYYA 2CY6A 1T3CA 2YUGA 4I2SA 5H9PA 3R4UA 4EKXB 3NV1A 3N0KA 4LO3C 3WLUA 4EL4A 1WBAA 2BEAA 1VALA 1Q56A 2IWTB 1NLSA 3O5SA 3SH4A 3MEPA 1I3HA 1W6MA 3UK9A 4YZ1A 2WBCA 1JT7A 3WINA 2DURA 1MVQA 5DG2A 4I6IA 4M3CB 5GLWA 1QU0A 1FYUA 3PG0A 3WDWA 4M3CF 2D6OX 3QIXA 4CJMA 1J0SA 5G00A 4TZDA 1DZDA 3WCRA 1WD4A 3WCSA 1LCLA 1V6XA 4QALA 4I4RA 1URXA 4YW2A 1I1EA 4L8QA 1UAIA 3TAYA 3UL2A 2DVFA 1S0IA 4IZXA 4JRAA 5E24E 2CWMA 4LBJA 3CAHA 1FGAA 1WBFA 1BXHA 5F8WA 1MVEA 1N47A 1SLLA 2ZGKA 3ASIA 4GXLA 2F2FC 4PCRA 4UW6A 4IQPA 4FPYA 5DSSB 3OY8B 3BRDA 1LULA 3M3OA 2R0HA 3L2YA 1V6OA 4GWMA 3WMVA 2D6PA 3APBA 3POKA 3OYWB 4I4YA 2PHUA 2A6YA 1ISXA 3ZXKA 3N7JA 1ITBA 1JN2P 5FZYA 1IOAA 1DQ1A 1WUVA 1AX0A 2DVDA 1HWOB 5GLVA 4Y1ZA 2WT2A 3QIZA 5KXEA 4YGCA 1YYNA 2D3RA 4LO2C 4BPZA 1BFGA 1ENSA 3OBTA 2W2DB 5DZEA 1C4RA 1KJRA 2DRYA 4FOQA 1LJ7A 3R4SA 1AZDA 3QW6A 4YZ4A 2A6VA 3ZSMA 1GZWA 1V6NA 4UW4A 8I1BA 2ZHKA 1FWVA 4GWNA 1MZ6A 3MW2A 2VUAA 1QOOA 1ULGA 4HR6C 1E1HA 1LOFC 4IYBA 4G6JA 1I1BA 1DHKB 1DFQA 2ZGUA 4YLZA 2A6ZA 2D7IA 2NMOA 5EYXA 4P6AA 5DG1A 1GZCA 1W6MB 5BXSA 3I4IA 5DXDA 4JAWA 1KDMA 4D69A 4Z8BA 2VSEA 1AVXB 2L5XA 3AKHA 1CONA 2E4MA 3BWIA 3V0AA 2XHLA 1J1TA 4XE9A 2DVGA 2HZ9A 2TEPA 3VT1A 4UW3A 1LOCA 1V6LA 3FLPA 1JTCA 2GNBA 3Q7XA 1AXYA 1SCRA 1WBCA 3WUDA 4GAIA 2WQZC 4JCKA 4A7YA 2R16A 1AJOA 3BA4A 2E7TA 5T54A 1ABRB 4AVVA 3RG0A 3C89A 4YG6A 1APNA 4YGEA 1II4A 4Q9GA 4G1RA 1LHWA 1AVAC 4QO3A 4LBOA 4OEEA 4GP0A 2ZGMA 5AVAA 4FP3A 2ZGTA 4R9AA 2YV8A 3O0WA 1S0DA 4M01A 2DUPA 1X50A 3LCPA 4J2XA 3AJYA 1WW4A 1V6JA 3NBNA 1AX2A 3I2AA 1YTOA 4XBNA 5CAZA 1C1LA 1JT4A 4KEKA 3WINC 1XTGA 1ZA4A 3WG1A 2GALA 4BLIA 1AXZA 2A3YA 1CVSA 2YY1A 3P53A 4P9WA 4KBBA 1G9CA 4M3CE 5T5LA 3BAUA 3AKGA 1DJSB 5GM0A 4K1ZA 1GZWB 2CL2A 4ZJXA 5EWSA 1A78A 3ENRA 1LOBA 1QQLA 3IM0A 1G9AA 4Q8KA 3NV2A 3WG2A 2QN0A 1V6UA 2GMEA 4AGGA 5CBLA 1HCDA 2CTVA 1ISYA 5BP5A 1H30A 2JKBA 2ZABA 1ZL6A 1Y7BA 3UD9A 5LK5A 4G6MA 1LODA 3BOPA 3HSMA 3FJDA 1BQPA 3V0AB 2XHLB 1BLDA 2VSAA 3B69A 4ENDA 3ZVXA 3CA5A 4FPHA 5GLUA 5HCFA 3WHTA 1SBEA 1SZ6B 4XMAA 4DENA 2WNEA 4YW3A 1Z7HA 2ZACA 4FOVA 5KXCA 1H9WA 3IMNA 3UJOA 3O0VA 3AZXA 1BFCA 1TOOA 4C1WA 2K43A 2M49A 2F8XC 4I8MA 3LTQA 3QYDA 3FUQA 2D22A 4EFPA 3PUBA 1ULDA 3M3CA 1SFYA 3A22A 1QF3A 2GN3A 3BADA 2WT0A 2NM1A 5DUUA 1LGBA 4WBCA 1S0EA 1N1SA 5DUYA 3H6RA 4XJUA 4F34A 4YW1A 3WG4A 1F5FA 2E4MC 3NF3A 4I3NA 1LESA 1V6IA 4DFSA 3AJ6A 1LGCA 3FJIA 5T5JA 4ZLBB 2ZR1B 4XZPA 1JXNA 1O4ZA 3C8BA 2GMMA 2JD4A 1W6QA 1PUMB 4I4PA 3MPPG 2P2KA 2W52A 2MIBA 4H9WA 3CRGA 3ZSJA 1ISWA 2NTDA 4YZ3A 4X38A 3AKIA 2ZGNA 2KM2A 3VWCA 1R8NA 4R6UB 3ZXLA 3Q9OA 4D0ZA 5SV8A 2EALA 1XTFA 1IS6A 4AYUA 4J2SA 2I1BA 1MS8A 1BASA 2DS0A 1QOSA 1RZOB 1TWMA 3AH1A 3CRIA 5IUQA 3O5WB 1P63A 1BFBA 3UJ4A 1KITA 5GZCA 4X3AA 1LU1A 2RHPA 3ZXJA 2LTNA 4D0TA 1JW6A 4U36A 1PZ8A 3DEBA 3INAA 4DRRA 4L4IA 3QCWA 1WW5A 2ERFA 1FNZA 4Q8LA 1SBDA 3OJBA 1BYHA 3HN1A 3IKWA 3BAOA 2C9AA 5H9RA 1S0GA 1Q8VA 4D8HA 5GJ6A 2ILPA 1W6OA 1Q8SA 3HR9A 1K5UA 4GALA 4XTMA 4XKIA 1M2TB 4W65A 2XB6C 1QNWA 3LLPA 2FGFA 1YRZA 4YGDA 2D20A 1BKZA 3AH4A 3H6QA 1WD3A 1ONAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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