1S0GA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b apo form
Total Genus 406
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
406
sequence length
1290
structure length
1288
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
total genus 406
structure length 1288
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0gA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0gA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0gA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0gA01
3N3HA 1WD4A 1LESA 1LENA 3PVOA 3RRDA 4LBJA 4OWLA 3VSZA 1QQLA 2ZHLA 5AVAA 2D6NA 1FYUA 3LSEA 3C8BA 1JT3A 1HDKA 3QW8A 2F2FC 2GMMA 5CB7A 2UUSA 2ZGSA 1MS5A 4ASMB 5DZUA 2ZMNA 3BX1C 1ISWA 3IM7A 3NV1A 1HQLA 2ZGOA 2BFHA 4Y22A 1LTEA 2KI4A 3N0KA 2QN4A 4F34A 1VLNA 3ILRA 4WV8A 2NZ9A 1HWMB 1DHKB 5DZGA 2YXSA 1IS6A 3N7MA 5JOYA 2LALA 4K21A 3WCRA 2ISHA 3QW5A 1CESA 1URXA 4ZOTA 3BAUA 2P3KA 2ZBJA 4IONA 1ZKXA 4JCKA 1LHOA 4YGDA 4JAWA 3C9ZA 3H6SE 2GN3A 2VW0A 1SBFA 4Q26A 3R05A 5T54A 1W6MB 1WBFA 3SH5A 4TZDA 5BP5A 5SV8A 3V79C 4YM2A 3NWKA 1DBNA 2K8RA 4A7YA 1PUMB 3BWIA 3E8LC 2OW4A 1HKDA 1BZWA 4XJ8A 2FFVA 1W6PA 3QJ0A 3WA1A 2GNTA 4U2AA 5JOWA 1S1AA 4KC3A 4KUFA 2NTDA 4R9BA 3N7KA 3FLPA 1LECA 2JD4A 1TEIA 2MLLB 5DUYA 2ZHNA 3AJYA 4Q9GA 1BFFA 1MS0A 1OKQA 1TWMA 3ZX7A 3R4SA 3H0OA 5F8SA 2ZGLA 2PHTA 4YFZA 1Q04A 2SLIA 4YM3A 1GANA 4ENDA 1ZL5A 1N1SA 2ZA9A 4IY9A 1MZ6A 4II0A 3POSA 2DRYA 4XXAA 1SBDA 1AJOA 2RSTA 3QR5A 1SCSA 4I3NA 1LOEA 1Z78A 5GZFA 2MIBA 3ZYRA 1IS4A 1G9AA 1UZZA 1MC9A 3C88A 1I3HA 4J2SA 1MS9A 1AXZA 2SBAA 4ZBVB 4OWJA 1DZDA 4FPGA 2FO1A 4EB2B 3FJKA 1GBGA 4HL0A 2UWCA 1Q8QA 4XXPA 2A7AA 3SISA 31BIA 4YGBA 4J23B 1LOFA 3CU1B 3CRHA 2CWMA 2X2TA 4I4YA 3B9CA 4OW4A 4X37A 1IHKA 3D3XA 3CNAA 2E51A 4FPJA 1BLAA 5BQMB 4JRAA 4YZ2A 2RQ9A 1ZL6A 2ZGTA 4XFTA 1DFQA 1S0LA 3BAVA 4KEIA 3AP7A 2D1ZA 2DUOA 1MD6A 3ZYPA 2DTYA 4OZXA 4I4OA 3BAHA 3W9TA 3B00A 1V6OA 4JP0A 3QLQA 4Y24A 3LCPA 5E8AA 4YG6A 1ONAA 3SITA 2HWMA 4XOGA 3OYWA 2ZQOA 1TP0A 3HMYA 1UAIA 1GLHA 4GAFA 4LO0C 1YYNA 1Z4SA 4FPFA 1AZDA 3CA0A 3MW3A 3QIZA 5BVPI 4FPKA 1W0OA 1FX5A 3FGMA 3OJ2A 4GAIA 1RINA 4FP2A 3HOMA 3AZYA 1C1FA 1O4YA 4LBMA 2JKBA 3SLIA 4QD2C 4Q1RA 1JN2P 3Q7YA 2A6WA 5T52A 1NUNA 3UJOA 4EKXB 4CJMA 2G7KA 4FGFA 1I1EA 4F83A 4U36A 4LBQD 4YW5A 1LEMA 2CTVA 1AF9A 1LOCA 1ULCA 3FJIA 4A7KA 2PELA 1OQLB 2A97A 2ZGPA 2D3RA 4XJ9A 4Z8SB 3N36A 1WLCA 1SCRA 4I4SA 3O3QA 2P2KA 4YG3A 4P9XA 3EF2A 5GAQA 1FAYA 2PHWA 3AKGA 1JHNA 3HALA 2CL2A 3OBTA 3FJFA 8I1BA 2YZ4A 1HLCA 4JKQA 4JKXB 1LULA 1LOAA 1QGLA 5JDBA 1YBIA 3JRRA 1IOAA 5JOXA 2ERMA 1QOTA 4GP0A 2DV9A 1DQ2A 1T4QA 4LO3A 4OEGA 3OYWB 2G4IA 2IHOA 1JLXA 1JBCA 3AP9A 3VKLA 4FOYA 2BQPA 1YI7A 1BFCA 2ETFA 4YLZA 3FLTA 3ZXFA 3QCWA 3WDVA 3BRDA 1V6JA 1DQOA 1GICA 4XBLA 3O44A 1QOSA 4P0LA 3FJCA 3RQ0A 2AYHA 3FJ9A 4P0KA 2ES3A 3IPVA 3VKNA 4DPNA 1F9KA 4PQ9A 2D24A 3U4XA 3BRFA 2W52A 1JYCA 1ITBA 2FGFA 3T8SA 1G86A 1SLCA 2CYFA 3WINA 1QOOA 2YY1A 3I8TA 5EC5A 1J0SA 1SLLA 3AZWA 3A4UA 2DREA 1AXYA 1JQZA 2FMDA 1Q8OA 1D0HA 2E4MC 4I2SA 3BOPA 3HBWA 1V6KA 3USUA 2E7TA 1WUVA 2I2SA 4JC1A 4MYEA 1M16A 5KXBA 5BXPA 3ZSLA 3A21A 3K1XA 3AH2A 3ATGA 1BKZA 4CTEA 4Y20A 3VT0A 4YW2A 3UJ0A 4L4HA 3WG2A 1DQ5A 1PUUB 4BMEA 2UU8A 2ENRA 4Z9WB 2BEAA 1DYKA 3BIWE 4YGEA 1G7YA 5D63A 5GM0A 3A22A 5IT6A 4EFRA 1MZ5A 1IJTA 3IN9A 3A0NA 4DS0A 4M01A 5IK8A 4M3CE 4IZXA 4XYXA 3N7JA 4I1BA 2ZKNA 4J2XA 3WLUA 4FOWA 1KDKA 1WW5A 2WT0A 2YROA 3WO4A 3AXEA 5DG1A 3M1HA 5FZYA 2WJSA 4AN6A 2D7IA 3WUDA 3UDAA 3L2YA 1ZN3A 5G00A 4UW5A 4M3CB 5EHAA 1PZ8A 4G9MA 1LJ7A 5GZDA 2EXIA 4BLJA 5E89A 1V6XA 3AYCA 1G9CA 5FRAA 4OEFA 4XMIA 1JT4A 2DS0A 3RTJB 4Y20B 5H9RA 2UWAA 3F62B 5EYYA 5DVHA 2X2SA 4BQ1A 1AX2A 2PHFA 1ISXA 1V00A 4XMAA 2CWSA 3WUCA 2R9KB 1JY0A 3AZVA 2E6VA 4K20A 1S0GA 1NZKA 1LU2A 2KM2A 3GNEA 4M3CF 4D69A 1AVXB 3MEPA 3NBDA 5BOWA 1NLSA 1AVUA 4UW3A 1UZYA 4XTMA 4Y1VA 3IM6A 4XJAA 1GNHA 4QD2B 4A7ZA 2DU0A 3AKHA 3WDUA 3Q7WA 4YZ4A 1G9BA 5DZFA 3O5WB 1XZZA 4GOYA 1IRAX 1GV9A 3VKFC 1W3FA 1OFSA 1Q03A 3AP6A 2NM1A 5DUXA 2EIGA 5EG6C 1SR4A 1IKQA 5BQUC 3A07A 4QALA 3CA4A 3P6IA 2NYYA 4ISRA 2FFUA 2YUGA 1XTGA 1J1TA 1ILR1 4ATFA 4AGGA 4YOLA 3PVNA 1V6IA 3NBNA 1GZCA 5DUWA 1H30A 3BTAA 1ULGA 1PZZA 1R8OA 3WO3A 2AH2A 4XIKA 4ZGRB 4Y26A 2Q9XA 4ZLBB 2OVUA 1AX0A 3ZC8A 4PBPA 4YZ5A 1II4A 1RIRA 1MVQA 1IILA 1WLDA 3D7WB 3IM0A 2D44A 2D7RA 4HJJA 2R0FA 2W39A 5JOZA 3F1RA 4ZJXA 3AH1A 3POKA 1DJSB 4AGRA 4GWNA 1DZCA 1G82A 1DQ4A 4RL7A 4D8HA 3CRGA 3ILAA 4GKYA 3C8AA 4G1RA 1YRZA 2ISEA 3AP5A 1E1HA 2ZQNA 3V0BA 3FLRA 2LTNA 1BARA 3AZXA 4FPOB 1CR7A 1MVEA 1VCLA 4JQ0A 3ZXKA 4R9CA 4FQZA 3M2MA 1QDOA 3NV2A 1GZWB 3OGGA 2ZHMA 3IKWA 5BQMA 3LSDA 3PHZA 3RSJA 1SLIA 4P9WA 4Q8KA 21BIA 1VALA 1RZOB 3N35A 1RG8A 4LO1C 2ZGNA 4YGCA 1UN1A 4EEEB 2KI6B 2AQZA 2GZBA 1HCEA 2DTWA 3AH4A 3OJVA 2WNEA 2PHXA 4DEPA 3O4AA 4GWMA 1WBLA 2NN8A 2R16A 4XHXA 1YTOA 3SH4A 3M3EA 4BOWA 4G9NA 1ENRA 2A6YA 5GLTA 3NBEA 1JUIA 3WVJA 2UURA 2HYKA 1R1ZA 1QKQA 1ZB7A 3AKIA 1V6NA 1W3AA 2E7QA 1Z7HA 4LBKA 2P34A 2HW9A 4AVVA 1C57A 2D3SA 4R9AA 2VXTI 1YF8B 3WCSA 3KQRA 3WZ1A 3H6QA 3VKMA 2AFGA 3V0BB 1TTUA 2VY0A 3HSMA 4XJUA 3OPZA 1HWNB 2GMPA 3RTIB 1Z0HA 1A78A 1V6LA 2AGSA 3FJEA 1KDMA 2D20A 4XTPA 3BODA 3ZUSA 3WDTA 3ENRA 4HA2A 3VUOA 2WT1A 3MPPG 1YO8A 1EV2A 3ZPYA 5HCAA 1CVSA 7I1BA 2DUPA 4FOQA 5JMCA 1TWEA 3ILNA 1VAVA 3ILFA 2D22A 2KLLA 3OY8B 2UWBA 1KJLA 2G7NA 4LBQB 1B09A 2KKIA 5EWSA 3NJ5A 2G7QA 2XOAA 5HCFA 2GMEA 1CQ9A 1PZ7A 4I4VA 6I1BA 3CA1A 4FPHA 4I96A 4ZFUB 2DU1A 3ZSJA 4ZKTB 5E24E 1APNA 9ILBA 1YIFA 3T1LA 5GZGA 1P63A 4W65A 4CRQA 3M3OA 4G6JA 2RHPA 2J3PA 1CVNA 2D6MA 1X50A 3FJJA 2W68A 2WRYA 5CBLA 3WHTA 3TC2A 1FMMS 5T5LA 2HWAA 2EALA 1MS3A 3UD9A 2AAIB 1LHVA 2VW2A 2C5DA 2VU9A 1N4KA 3RMXA 2AREA 5GJ6A 3O12A 1FATA 1BFGA 3ZXJA 4H9WA 2ESUA 4FVVA 2NP0A 1F31A 2JE7A 4I1EA 4DENA 1N1YA 5GLWA 3A0KA 4KEJA 3OJMA 1HIBA 1Q8PA 3V0AB 1YVGA 1DQ6A 1K5VA 1Z2VA 4EL4A 1WBAA 4OUJA 2L5XA 4HR6C 1EPWA 3QW7A 4K1YA 4FPLA 5IK7A 1ULEA 1LODA 3SNMA 4QKSA 4XJZA 3WG1A 4G6MA 1DIWA 5DUVA 3M3QA 1DYPA 4USOA 2Y9FA 1Q56A 2ISGA 1JXNA 3CA3A 2K4AB 1WW7A 3FJAA 1DZQA 4P0JA 2P23A 3WMUA 4M3CA 4J1LA 1LEDA 3AZZA 4FP3A 1BJQA 2ZGMA 3P53A 2DVDA 5GZEA 3QYDA 1RITA 4DCKC 4WVVA 3WG4A 5BYNA 3R4UA 2ERFA 5B2HA 3WDYA 3UL2A 2HZ9A 1H9PA 5DZEA 3T2TA 3ZVXA 2WSUA 5CA6A 1CPMA 2GN7A 4Q27A 3AJ6A 3FJ8A 3ZSKA 1N1VA 1N3PA 4XJWA 2VXRA 2ZR1B 5T5PA 1SZ6B 1N3QA 5DUUA 1CPNA 2GNDA 1JYIA 4LO0A 3TAYA 2VW1A 3BB2A 1L2HA 2D7FA 5T5OA 1LGBA 1NXD1 3PG0A 4FPYA 5JVVA 1N47A 4X38A 1ISVA 2XHLA 2D6OX 4XBNA 3QIXA 3VT2A 3INAA 3MW2A 1V6VA 3FIIA 3Q7XA 5FREA 1LOBA 3ZUQA 1V6MA 2K43A 2EF6A 5BP5C 1CIWA 2C9AA 1GSLA 2D3PA 4J2YA 1MR5A 3T1MA 2Q3NB 1WD3A 1PZ9A 1ULDA 4KEKA 4AYUA 4P6AA 3AKFA 4C1XA 1UKGA 2NVHA 4I8MA 1CONA 4LBLA 1AJKA 3AJZA 3WDXA 1TFMB 2A71A 4FOVA 1CN1A 2A3YA 2ET2A 4Q8LA 3ZURA 2AUYA 2ZGKA 1S0FA 3B69A 3BONA 4YZ3A 2JECA 2V73A 2NMOA 1S0DA 1WCSA 4TYSA 4LBOA 3SNVA 4DFSA 1AXKA 3CAHA 2VUAA 3JUTA 3OJBA 1Y7BA 2AXMA 3C2UA 4I4UA 1UMZA 3ZXEA 1AFCA 3B3QE 4QBVA 2Z48A 5KXCA 3AFKA 4L4IA 3W59A 1AVBA 3PVEA 2NMNA 1S0CA 5DXDA 4ATEA 5D61A 2XHLB 3BRGC 1W6OA 3ZSMA 5L73A 2FDBM 3POYA 5GLZA 1KITA 2A3WA 4I6IA 4YM1A 3BADA 5HPZA 4X39A 1IRPA 5E88A 3FUOA 3UJ4A 4YG0A 1XG6A 1FWUA 4ITCA 1JT5A 1CJPA 4DQAA 1ULFA 4HANA 3D6EA 4AVTA 1GZWA 4FQ4A 2R1DA 1BFBA 1LOFC 3LLPA 1S0BA 3O4DA 3ZC9A 4XBQA 4LO2A 5BXSA 1LHNA 1LGNA 3KMVA 3BA7A 3AYEA 5HCBA 1ZA4A 4BMBA 1JOJA 1WW6A 3NV3A 4XFSA 4YW3A 3DDBA 2E4MA 3QIYA 2ZACA 1ISYA 1PWAA 2A6XA 2CNAA 2EXJA 2R0HA 1LOGA 5CAZA 4EFQA 2DVFA 3AX4A 4XHBA 1QDCA 3HN1A 3ZXDA 2DRZA 4ZFWB 1KQRA 3W58A 2P39A 3H6RA 4UW4A 2AR6A 5IUQA 1XQNA 2PHUA 2MC2A 1O4ZA 2JJ6A 2YMZA 5H9SA 4XIOA 1LHUA 3MW4A 1EYLA 2RG9B 1GKBA 3WMVA 4YW4A 1FQ9A 1AX1A 3A23A 3CRIA 1W6OB 1JT7A 3S8KA 1W0PA 1YXWA 1S0IA 2WT2A 1FGAA 1Q1UA 2VSAA 2IMBA 2ZGQA 1W6NA 1HKNA 2F8XC 3VKOA 2Y9GA 4Y1YA 1RMLA 2WLQA 5F5QA 3RG0A 1Q8VA 1DFCA 3D5OA 3CA6A 1QU0A 5LK5A 5KXEA 1K5UA 4BM8A 4PCRA 5FNWA 4R6UB 4M00A 5KXDA 4QKRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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