1S0GA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b apo form
Total Genus 406
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
406
sequence length
1290
structure length
1288
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
total genus 406
structure length 1288
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0gA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0gA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0gA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0gA01
4ENDA 2E6VA 4Y22B 3QR5A 3E8LC 1YTOA 3R4SA 4EJ5A 4XILA 2AYHA 4L4HA 1IOAA 1MZ6A 2ERFA 3AYEA 1UX6A 3IM6A 1GNZA 3NV1A 2IMBA 4OEGA 2G7KA 2BFHA 2VXTI 3O4AA 1V6KA 1SLIA 1O4YA 5DUYA 4I4YA 5IK5A 3H6RB 3V64A 3BWIA 1ITBA 5CB7A 3O0XA 4XIKA 1FMMS 2ISGA 3WG1A 1OKQA 4LBOA 1JTCA 4G6JA 1PC8B 3CNAA 1ZM1A 5KXBA 4Q26A 1V6OA 3MW4A 3FJ9A 5GLZA 2A3XA 3B9CA 4FOVA 4OW4A 3N7KA 41BIA 1WD4A 1W6NA 3FJEA 1LEDA 1N1YA 4YLZA 2RQ9A 2VH9A 2WT2A 4XBQA 3SNVA 3WZ1A 2AFGA 2Q3NB 1WBCA 2B7YA 2R9KB 1CPNA 3VWCA 2G7PA 1Z2VA 2UWCA 3VEQA 2F2FC 5D62A 2R16A 5HPZA 4JCKA 1UN1A 1OFSA 2JE7A 5GZFA 4I2SA 3AZVA 2FO1A 3SLIA 2AQZA 4FPFA 3O0VA 1F9KA 1V6MA 1BFFA 1V00A 3C89A 1T3AA 5HCFA 3JUUA 4BMEA 5BQUC 1TP0A 3CRIA 5IK8A 1GZ9A 3N3HA 4I6IA 1Y7BA 1H9WA 1II4A 2HWMA 3HBWA 3TB0A 4LO3C 4P9YA 3OY8A 3FJCA 3PJQA 1P63A 2C5DA 3UJQA 3ZYPA 2UU8A 4Y1XA 1JUIA 3BX1C 5GALA 3OJ2A 3FJBA 1WD3A 1DZCA 3C8BA 2CWSA 4HEVA 4EB2B 1QXMA 3LCPA 3LSEA 1ULDA 4ZBVB 1W6MB 2D24A 1LHWA 4JKQA 4M3CB 2DTWA 4FPLA 1E1HA 1ZA4A 4LO8B 1JHNA 2DVDA 5GLWA 5T55A 2VLCA 2DVFA 3A0NA 3FJDA 1RINA 3WA1A 4G9NA 1LOFC 3BIWE 4BLIA 1HWOB 5JOXA 3QIYA 1URXA 2Z42A 4FPOB 2XB6C 4XKIA 3OBTA 1QNYA 4R9CA 3AZYA 4FVVA 4QKSA 2NYYA 2ZGOA 3MW2A 2GMPA 4FQZA 3WMVA 4K20A 4LO2C 1W6QA 4BOWA 2FMDA 4XTMA 2WQZC 1UL9A 4FPCA 4FPGA 4IY8A 4DRVA 4I7IA 4PC4A 1H30A 2EXKA 2E4MA 3P6IA 4OEEA 4I0YA 1LTEA 4AVSA 1D0HA 3RMYA 5KXDA 2ARBA 4HA2A 1AXKA 4ISQA 4W65A 1AXZA 2X2TA 3PVNA 1W6PA 2GNTA 1QOTA 4K21A 1LGNA 2CL2A 1JN2P 1W3GA 3QW6A 2D7FA 4I1EA 4DQAA 3JRRA 3A4UA 4GOVA 3AZXA 4GWNA 2DYCA 1WUVA 3U4XA 2JJ6A 1BARA 5H9SA 1GZWA 1DQ1A 3BA7A 4P6AA 5T5PA 1BXHA 4YZ5A 1AXMA 4D69A 1CE7B 1R8OA 3WCSA 2R49A 2ARXA 4JRAA 1ABRB 1DYKA 4IZEA 3O3QA 3T2TA 3WOGA 2VW2A 5JLVA 3ATGA 4IZXA 2X2SA 2GO2A 2MLLB 2EXHA 3T1MA 2GZBA 1AX1A 3O0WA 3M3OA 3IPVB 4SLIA 4YZ4A 4P0LA 2JECA 1WBAA 4BPZA 1WBFA 3PVOA 1IOBA 4I4QA 1T4QA 3OJBA 4OEFA 1BFGA 3LLPA 4D8HA 4Y1ZA 1TIEA 1AVBA 3AH4A 1GV9A 3RTIB 4M3CF 1GGPB 1BLDA 4I4XA 1WW5A 2DURA 4I30A 4LO0C 3C9ZA 2YXSA 4ATEA 4J23B 5FNXA 2K8RA 1YIFA 3ZC9A 2ZA9A 3F1RA 5DVHA 5EYYA 4ASMB 1RIRA 1YBIA 4PBOA 2I1BA 1JT5A 3ZSLA 3A22A 4XXPA 1F82A 1QQKA 5F5QA 4JQ0A 2Y9XE 1FV2A 3SITA 4LBMA 2D7IA 4PQ9A 4FPHA 1W6NB 5GM0A 3I4IA 2Z49A 2ISEA 4ZOTA 3RTJB 4P0JA 1LULA 1DQGA 1Q8OA 1JLXA 5DUUA 3SISA 2ILPA 4R6UB 3USUA 3FIEA 4Y24A 4USOA 2YMZA 3DEBA 5L73A 4KEJA 3FBYA 2UWBA 1S0CA 3INAA 5EYXA 4JKXB 1AVXB 2Z48A 4AGRA 1SCSA 4OWJA 4L4IA 1QQLA 2IWTB 3MALA 5LK5A 1CVSA 5BXTA 3H0OA 4I4RA 3O4CA 4YZ1A 1ULFA 3POYA 2ZBJA 3FJKA 1Q8SA 3UD8A 3WUCA 3AYCA 5BXPA 3OY8B 2FDBM 1LGCA 1RG8A 3B00A 2D1ZA 2ISHA 3M2MA 2UURA 2QN0A 1N3QA 2Y9FA 3AKFA 2KM2A 4UW3A 2LALA 1MS5A 4L8QA 4YGEA 3FUQA 1CJPA 2D6KA 3BRFA 1N4KA 4G6MA 1LU1A 4EL4A 3NBNA 3NV3A 3VKMA 1TOOA 3WINA 5IUQA 1ZL5A 1E0OA 3NWKA 5GLUA 4EKXB 4KS6A 1V6WA 1JYCA 1XTFA 1KJLA 4AWDA 2D44A 3CAHA 1YO8A 2VW1A 1DFCA 1B09A 1XHBA 4QBCA 3D4KA 4ZJXA 3O4BA 1YVGA 3JU9A 1JT3A 5GLVA 4XBNA 1S0BA 3K1XA 2SBAA 3V79C 3WDVA 4TZDA 1S0IA 2IMCA 3BAQA 3GALA 1JYIA 4YW5A 3FLRA 2ERMA 2P3IA 1HKNA 2DS0A 1W6QB 1FWUA 5CBLA 1HLCA 1H9PA 3L2YA 2A6ZA 4II0A 1ZKWA 3JUTA 1LESA 2DVGA 4X3AA 2NTDA 4WV8A 2IHOA 1GBGA 2BQPA 3B9UA 2E7QA 1QOSA 3PMEA 5F9TA 3CA6A 3QYDA 2DUPA 4WBCA 3VT2A 2WNEA 3WINC 4FPJA 2P34A 1DZQA 3CA5A 2R1BA 1W6PB 5DZFA 3QLQA 5GZEA 4PCRA 1W6OA 2Y9GA 3M3EA 2F2FA 1K5UA 2P2KA 1AVWB 1TTUA 1ULEA 2D20A 4FOQA 4F34A 3GNEA 1MS0A 2A70A 3DGTA 1SBFA 3AKHA 2PHXA 4IYBA 1SBEA 3CQAA 5BQUA 3WDTA 3ENRA 1YXWA 1GZWB 3N7JA 1CVNA 1SACA 4Q2FA 4FGFA 5BXRA 4LO3A 1WW6A 5F90A 1ONKB 3DUIA 5KXEA 5D61A 3S8JA 3O44A 3W59A 4G1RA 2P3JA 2M49A 4DS0A 1V6XA 4XMAA 5JOWA 4ZXKA 4YG6A 3OBRA 1LECA 2YROA 4I4UA 1DBNA 1DJSB 1N1SA 4GWMA 3BADA 3SNMA 2D23A 3ZXFA 4YFZA 4JPZA 3OPZA 4DFSA 2ET2A 1DHKB 1HCEA 4Q9GA 3M3QA 1ONAA 4WVVA 1F5FA 1GYKA 4I1BA 5DSSB 4X38A 1LOFA 3D6EA 2OUHA 4PF5A 4YW2A 4J2XA 3AZZA 4I37A 2WRYA 2W39A 1BLAA 3AH2A 3ZURA 4ATFA 3BA5A 2D6PA 2GNDA 4HJJA 4DEPA 4Z8SB 5FZYA 5H9RA 3FJJA 3V65A 4LO2A 1Q8VA 4CTEA 3ZSMA 1N3PA 2P23A 5I1BA 4C1WA 3A21A 5T5OA 1KNMA 5DXDA 5EHAA 1T3CA 3QW5A 4OZXA 1O4ZA 1VAMA 1MS4A 4FPYA 4XXAA 1LGBA 5BYNA 3VT1A 2JDZA 1ILR1 3BONA 4I4SA 1ULGA 3BODA 3NBEA 1M16A 21BIA 4KTXA 4XDQA 2VSAA 3AX4A 2ZAAA 4QC4A 3USUB 2QN4A 4ZA3B 4KUFA 1JXNA 2FGFA 4GKXA 1WW7A 4KC3A 3BOOA 3D5OA 1ISXA 1A8DA 2E53A 3BOKA 1LOEA 3PG0A 1EYLA 3VKLA 1WLWA 4I3NA 4LO7B 3M1HA 4FPEA 2ZMNA 3VV1A 3BOPA 3V0BA 4QKRA 5DUVA 1FYUA 4YZ2A 5GZCA 1G9DA 5JOZA 1AJKA 3VKNA 4AGGA 4IONA 2ZGRA 3CRHA 1RY7A 4HR6C 1A78A 1Q04A 4WZFA 3UL2A 1BYHA 2R1DA 3ZXGA 1KITA 3BTAA 3KQRA 3AXEA 4IY9A 3SH4A 1KJRA 3A23A 1NUNA 2DRZA 5CNAA 2D43A 1G8WA 1N1VA 2AR6A 4AVTA 4DENA 3Q7WA 4YW1A 1SR4C 2AGSA 1JY0A 1GICA 1QU0A 5BQMA 5SV8A 4QD2C 2YV8A 1SLLA 3TC2A 2TEPA 1S1AA 1MS3A 1GZCA 1UAIA 3VKFC 2I2SA 4JC1A 1GSLA 4LO0A 3UJ4A 3CA3A 4LBNA 8I1BA 3APBA 2K4AB 3O4DA 3C8AA 3D7WB 2W08A 1C57A 1NZKA 2Q5TA 1IRAX 1UZYA 4JAWA 3ILFA 1LOBA 1MS8A 1U0AA 4CJMA 3BA4A 4CRQA 2GMMA 5B2HA 1DFQA 5E24E 2JKBA 3OJVA 5T5JA 3N36A 1PZ7A 4C1XA 1G86A 4RL7A 3UJOA 4Y26A 3O4OA 5FNWA 3ILRA 4I96A 3AP9A 1S0JA 2D6LX 3FUOA 4ZFYB 1QF3A 2ZACA 5D63A 1W6OB 3HR9A 4LBLA 2GN3A 3WDUA 3N7LA 1SCRA 1WW4A 3VUOA 3A0KA 3I29B 3WLUA 5HCBA 1HQLA 4YZ3A 4YW3A 4TLPA 3D3XA 4WVWA 3IM7A 2NVHA 3FLPA 1JT4A 3C88A 3FLTA 2PHFA 2ZR1B 5CA6A 3M3CA 4IQPA 1J0SA 4YGBA 4F83A 2HWAA 1WLDA 2RG9B 3AJYA 3I2AA 1KQRA 2MC2A 2XHLA 2D6OX 3T8SA 5FZUA 31BIA 2XOAA 3OGFA 5T54A 2ZQOA 2GMEA 4D0TA 1PUUB 1JW6A 4ZFWB 1HWMB 2DV9A 2ZQNA 4Q27A 4HANA 2ES3A 4Y1VA 3EF2A 1FAYA 2FPQA 5EG6C 4J2KA 1SBDA 2P3KA 2KI4A 3AXDA 1W3FA 5DG1A 3AP4A 3UD7A 4AYUA 2GNBA 2FFUA 3QCWA 4FP3A 2YUGA 3RRDA 1DQ5A 2SLIA 4Y1YA 2A3YA 3O5SA 3UDAA 5HCAA 1TWMA 3WV6A 1CN1A 1PZZA 3AK0A 3IN9A 5E88A 5BP5C 2PHUA 6I1BA 4OWKA 2UWAA 2JD4A 4QBVA 4GKYA 2ZGQA 1KDKA 1Z0HA 2XG3A 4AVVA 1ZKXA 3V0AA 5JOYA 1PUMB 3ZUSA 1LHVA 2ETFA 2CTVA 4OWLA 3RQ0A 3IM0A 3OYWA 4I4OA 9ILBA 1DQ2A 1IS4A 4JP0A 1DZDA 5BVPI 2EXJA 3IKWA 4YFWA 5DUWA 1TEIA 2EXIA 2DU1A 2C9AA 1G9FA 4YM2A 4LBQA 3DDAA 1WCSA 3WHUA 1I3HA 3NBCA 4ZLBB 2HYKA 4J2YA 3HSMA 2ZGMA 1IILA 4YG0A 1GNHA 1Z78A 1TWEA 3PUBA 5E89A 1FN0A 2CNAA 4LO1C 2A5ZA 1DQ0A 1SLTA 2ZHLA 3AFKA 3MW3A 1FWVA 3V0BB 2RHPA 4H9WA 3ILAA 1UKGA 3PVEA 5BXSA 1DLLA 1BQPA 4USPA 3DDBA 2ZKNA 3LTQA 1IS5A 2WT0A 1HCDA 3R05A 2KLLA 3C2UA 4GP3A 4YM1A 1CPMA 2OW4A 3PHZA 1VALA 1V6LA 4K1ZA 2D7RA 3POKA 4YW4A 1V6JA 3KM5A 1TFMB 2DRYA 4LBJA 1X50A 1BZWA 2GN7A 4FQ4A 3R4UA 4XHBA 2PHTA 4QALA 3HALA 4EEEB 4XJZA 4BMBA 3ASIA 3B69A 5BOWA 3B3QE 1AX2A 2E51A 4RA0A 1Q8PA 4EFPA 3HOMA 5BQMB 4P14A 4IHZA 4GAFA 1YI7A 2AUYA 4K1YA 1FNYA 1MC9A 1RMLA 1XZZA 4KBBA 2RSTA 1ISYA 4DRRA 3WG3A 5EWSA 3IM5A 4XHXA 2OUJA 1OQ1A 4FOWA 1K5VA 2VUAA 3H6SE 2WSVA 1FX5A 1C1LA 4R9DA 3UK9A 3AKGA 1V6UA 2DUQA 1MACA 3I2XA 1AXYA 3WMUA 2ZHKA 5JMCA 2CYFA 1QDOA 3FGMA 2W52A 5DZGA 1MS1A 2H0BA 4D0ZA 2W68A 1BJQA 2VY0A 1V6IA 3ZSJA 1VCLA 2YZ4A 1LHOA 3T1LA 3AYDA 3VKOA 3MPPG 3RS6A 1CIWA 5FRAA 1DQOA 1C4RA 4UW6A 4G9MA 2VU9A 1IKQA 3AJ6A 2DREA 3N7MA 1FATA 2LIQA 4I8MA 1LCLA 4MYEA 1BA7A 3RMXA 3N0KA 3DSEA 1N47A 1NLSA 4BLJA 4GOYA 5FREA 2R0FA 2VSEA 1N1TA 3ILNA 3POSA 1Q8QA 2ZGLA 1S0GA 3CA1A 4A7KA 4XFTA 1DGLA 4UW4A 3ZVXA 3O12A 2DVBA 1MVQA 1QMJA 2ZHNA 2DVAA 3WDXA 4GA9A 1S0DA 1Q03A 2AENA 4H04A 5CAZA 2CY6A 1DQ6A 1PZ9A 4ZKTB 1DIWA 3NJ5A 2ZGNA 4Y1UA 1MS9A 2PHWA 1Q56A 1SFYA 2ENRA 3WVJA 1HWPB 4AN6A 3UJ0A 1D2SA 1YRZA 4OUJA 4Y20A 2XHLB 3MEPA 7I1BA 4ZFUB 1HDKA 1G9AA 1GLHA 2W2DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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