2NP0A

Crystal structure of the botulinum neurotoxin type b complexed with synaptotagamin-ii ectodomain
Total Genus 418
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
418
sequence length
1290
structure length
1289
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVKPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of cell surface receptor recognition by botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
total genus 418
structure length 1289
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2006-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 2np0A02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2np0A03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2np0A04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 2np0A01
3FUOA 2CY6A 3A21A 4YZ5A 4GWMA 4HJJA 8I1BA 5EHAA 4Q8KA 2HWMA 4G1RA 1ZKWA 1A3KA 1HWOB 1IKPA 2FFUA 4P9WA 3BAHA 3DEBA 4I4XA 2AYHA 1ULCA 2A3YA 4RL7A 31BIA 2WKKA 1W6NA 4P9YA 5DZEA 1QQKA 5BXRA 1TTUA 1QXMA 3WO3A 1I1BA 2AENA 3M3OA 1CE7B 4YW1A 1WW5A 1E1HA 2ZBJA 1ISVA 1HQLA 4ZOTA 4Y1YA 5JOXA 2QN4A 1JOJA 1WW7A 4FPEA 3OY8B 1DJSB 2EALA 4XJ9A 3CAHA 3O4OA 4QD2B 4Q27A 1LECA 2ILPA 1FWUA 3BA4A 4GOVA 3ZYRA 2YUGA 5CAZA 2DVFA 1LEMA 1GLHA 2DV9A 3ENRA 2CWMA 5KXDA 3CRHA 2LIEA 4I4RA 3BAUA 4YFWA 2AR6A 3CU1B 5BQUA 2NYYA 3EF2A 1LTEA 4HL0A 1BASA 5DZGA 4XBLA 2EXIA 3ZSKA 1BFGA 1WD4A 1LOCA 3ILRA 4I4UA 3BODA 2UWCA 4Y24A 2NP0A 5H9RA 2VU9A 4C1WA 2A5ZA 3DS9A 1MS9A 2D6LX 1HLCA 4A7YA 2OUJA 1GICA 5GLUA 5JOYA 1EVTA 3O4DA 4LO1C 1LGCA 3BIWE 1YO8A 2ISHA 4FPKA 2XHLA 1QNYA 1ZB7A 3ZSJA 4ISQA 1LU1A 1ENSA 4P9XA 1RINA 2GMEA 4ZXKA 4BM8A 4OWLA 2FO1A 3WUCA 5CBLA 1CN1A 1XHBA 4BLIA 2A6ZA 1CVNA 3B01A 2Q5TA 1R8NA 5FNXA 4NOTA 5DUUA 4YGBA 4BOWA 2BEAA 4I4PA 3AH1A 3UK9A 2H0BA 2A6XA 2RQ9A 1RZOB 2AAIB 3C9ZA 2FGFA 4DFSA 3FLPA 2WSUA 4KS6A 3IPVA 4JCKA 5DUXA 5GM0A 3D7WB 3WHTA 4YOLA 1Q04A 3C8BA 1N3QA 2A97A 5GZDA 1HKDA 4M3CF 1U0AA 1YBIA 4QBVA 1SFYA 1G8WA 3B69A 5E88A 4EKXB 2ZR1B 3N7KA 4Q9PA 4R9DA 2ZACA 3TC2A 3LCPA 1ULGA 2ARBA 4XTPA 3R4UA 1AXYA 1GSLA 2Y9XE 1ULEA 4YZ4A 1ULDA 2ISEA 2DVBA 2RHPA 3BA7A 3AP6A 1S0JA 2YZ4A 1V6UA 3OGFA 3HMYA 5BQMB 5GZCA 1K5VA 2R0HA 4UW3A 4GP3A 4FPOB 1N3PA 1F31A 3UD8A 3BRFA 2GNDA 4LO0C 3O44A 2DU1A 1FV2A 1EPWA 2A3XA 1AVWB 1UN1A 1KRIA 2RSTA 1NZKA 3H6SE 2PHRA 3WDWA 2GDFA 1ISYA 4JKQA 2Z49A 3K3QB 3WOGA 4JAWA 4U36A 4XZPA 3BOOA 1N1SA 3BRDA 4XFUA 3U4XA 1JY0A 4A7ZA 2DU0A 3FJ8A 1MC9A 5GAQA 4JPZA 1LJ7A 4XE9A 1N47A 5IUQA 3M2MA 1W6OB 3RS6A 4AN7B 6I1BA 1WLDA 5D61A 1FMMS 1G82A 4XXAA 1MACA 1XZZA 2P39A 1KJLA 1NLSA 3C2UA 1SLTA 4MYEA 1DBNA 1V6KA 3NBDA 3ZURA 3DSEA 4BLJA 2ZHLA 5BOWA 2CL2A 1LCLA 4FQZA 2VXRA 2Z42A 3I2XA 2ISGA 5T5PA 3UD7A 5BXTA 5IK5A 3QYDA 2E7QA 5F9TA 3A07A 1SLCA 4I4SA 4QALA 4I2SA 4FPCA 1FV3A 4ENDA 1ENQA 1DZDA 1V00A 2NZ9A 1LOFC 3FIEA 3WO2A 1V6NA 3F62B 1Q8OA 2J3PA 4IYBA 2ET2A 5F8SA 1SCRA 5JMCA 2E53A 1IJTA 2IMBA 5T52A 2YV8A 4ZA3B 4FQ4A 5BQUC 4XILA 1ZL6A 5D62A 4D69A 1QNWA 3MW3A 1AX1A 4GALA 3LSEA 4ZLBB 2ZQOA 5IT6A 4LO7C 1QDOA 1XTGA 3V0BA 4FPYA 2MLLB 5EYXA 1M2TB 3H6RB 3JUTA 1LHWA 1ITBA 4XTMA 3C88A 1LULA 3R05A 2W2DB 2LTNA 4OEEA 2BQPA 5KXCA 2JE7A 3SISA 4FOYA 4X39A 2V73A 1FN0A 3AH4A 1JBCA 2W08A 1BXHA 2ERMA 1SZ6B 3ATGA 1OQ1A 3CA4A 1ZA4A 1S0FA 4Y20B 3IAGC 1Q56A 5G00A 5BXPA 2PHUA 4QC4A 2E7TA 4FP3A 2WBCA 3L2YA 3BAVA 2ES3A 2OUHA 4KTXA 2CYFA 2GNBA 4LBQA 4AWDA 5IK7A 2P34A 3CA0A 1TP0A 3ZXDA 1CQ9A 4EEEB 3AYCA 1HCDA 1DIWA 2UWAA 1W3GA 3WNXA 3AZWA 4XHXA 1ZM1A 1Z78A 3WCSA 1IS4A 5BVPI 3A23A 4PBOA 3AXEA 1RG8A 5KXBA 2JE9A 1WW4A 4OEFA 1BJQA 3B9UA 2A7AA 2AUYA 3PMEA 3PJQA 2DTYA 1M16A 5EC5A 3TB0A 1V6XA 2PHXA 5GZGA 4XDQA 7I1BA 4J23B 2FPQA 3ZSLA 1DFQA 1C4RA 2ARXA 4FPFA 2L5XA 3CNAA 3SH3A 3BRGC 3UL2A 2GMPA 3HSMA 4II0A 5GALA 3Q7WA 2ZGQA 3V0AB 1WLCA 1WW6A 2EF6A 3SH4A 3WMUA 4W65A 3VKLA 4JQ0A 1AXKA 5CB7A 4XMIA 3Q7YA 2A3WA 3O4CA 3AP5A 4L4HA 1H9PA 4HANA 4YW3A 2ZMNA 3DDBA 3USUB 2DYCA 3QIXA 1WBFA 1LHNA 1CJPA 3VUOA 1ZKXA 2D3PA 1ISXA 1LOBA 2FFVA 1N1YA 2CTVA 3UJQA 3D4KA 4HA2A 4M01A 4OWKA 2IWTB 3IIRA 1WD3A 2DS0A 4Y1UA 3H0OA 3QW8A 2DURA 1IT0A 2YY1A 4YLZA 4J2KA 2D6OX 3NV2A 3OY8A 1DYKA 2KI6B 3K1XA 2DUPA 4PCRA 4ELCA 2VH9A 4M3CE 4I1EA 4YW5A 1MD6A 1YRZA 3HN1A 2NVHA 1N1VA 4H04A 3WVJA 1SLBA 2ZMLA 3IM0A 2NM1A 3QW7A 1CPNA 4K21A 1W6QB 2ENRA 1ABRB 2D20A 2VSAA 5GZFA 2E4MC 4F34A 1BLDA 3ZXFA 1MZ5A 3HOMA 2ZGKA 1LODA 3O3QA 4Q9GA 2FMDA 4AVTA 1ZL5A 4Z8SB 1E0OA 4EFRA 2VXTI 2G7PA 5IK4A 4BQ1A 3HR9A 3N7JA 4I4VA 1DGLA 1GBGA 3O0XA 2PELA 5FZYA 1II4A 2D22A 1JLXA 4DRRA 3SLIA 2ZGNA 4SLIA 1JYCA 3MPPG 4Q26A 2HZ9A 3Q7XA 4ZKTB 2R1BA 1LU2A 2ZGRA 1V6VA 4XFSA 3PVEA 4ATEA 2D44A 1MVEA 1YYNA 3FGMA 1QOTA 1UZZA 3AX4A 5HCBA 1W6NB 3QR5A 3SNVA 4OWJA 5E24E 4YM1A 3POWA 4R9BA 5AVAA 1D0HA 3NBEA 1OKQA 1WCSA 2WT2A 5FRAA 3WDVA 4I30A 3FJKA 4J2YA 1PUMB 3RSJA 1IRPA 4I7IA 3AYDA 1DQ6A 3OGGA 4H9WA 1FYUA 1AVXB 2GNTA 2WSVA 1V6WA 1GZWB 1AF9A 1HWNB 1NXD1 2A71A 4J1LA 3IKWA 1Q8QA 2D3SA 3FIIA 4DCKC 2LALA 4Q91A 1Q1UA 2EAKA 3WG2A 2SBAA 1OQLB 4Z9WB 4IONA 2F2FA 4R6UB 4XJAA 3W9TA 1JW6A 5EXOA 5BP5C 3ZSMA 1PWAA 4LO7B 2DUQA 4TLPA 3AJYA 1G9CA 3OJVA 5BQMA 4Q1RA 1I3HA 4HR6C 2ZHNA 3BAOA 5DUYA 3POSA 5EWSA 3AKFA 1VALA 1KITA 3WDUA 4Y22B 2YMZA 1UKGA 2K8RA 2QYIB 1LOEA 2MIBA 3POKA 3FLTA 4FPHA 1GZCA 4YGCA 1QKQA 3QIYA 4XYXA 3DDAA 2GN3A 1Q03A 3PG0A 1G9BA 4YW2A 4GAIA 5L73A 1ILR1 3FLRA 3ASIA 4EFQA 3UDAA 2GN7A 1W6MB 3INAA 4JP0A 4Y26A 1BYHA 1VCLA 3HBWA 1WUVA 2DWRA 2ZGPA 2YXSA 1W6PA 1RITA 2UWBA 1F5FA 1SLLA 1W6OA 4XJWA 2FDBM 2K4AB 3QIZA 3VT0A 4KEKA 3VT2A 2ZAAA 4WVWA 1GKBA 2DVAA 3QW5A 1MS8A 1S0GA 1IS6A 3ZUSA 1FAYA 1QDCA 2OW4A 2PHFA 1J1TA 2DUOA 1PC8B 3IPVB 4TYSA 3D3XA 2NTDA 3OPZA 4QO3A 1YI7A 1XTFA 1AXMA 3AP7A 2X2SA 3SNMA 3FJJA 1TWMA 5H9QA 1VAVA 3OYWB 2AREA 1HWPB 4OW4A 1A8DA 2JD4A 2EXKA 3FJIA 3FBYA 5IK8A 4OZXA 2KM2A 3AKIA 4CRQA 1Q8SA 1PZZA 4QD2C 3N7LA 1C1LA 3VSZA 3GALA 4IZXA 2D6MA 1LESA 4D0ZA 1G7YA 1SR4A 2AQZA 3QJ0A 1LEDA 3KMVA 4USPA 1VLNA 1JTCA 4ZJXA 5F8WA 3SH5A 1QGLA 2A6WA 2QN0A 4XBNA 1SLIA 3R4SA 2ERFA 4LBJA 5DZFA 4F83A 4ATFA 4A7KA 3T2TA 1IKQA 3A4UA 1LENA 2EXHA 3I2AA 2BFHA 3UD9A 2ZABA 4M00A 4ISRA 4EB2B 3WG3A 3NBNA 4LBOA 3ZXLA 3BX1C 1UZYA 4DQAA 1JT4A 4GAFA 4KEJA 3W59A 3T1LA 1AVUA 3AH2A 4PF5A 4KUFA 1N1TA 2JECA 3H6RA 1MVQA 4WVVA 3OBTA 4R9CA 2B7YA 2W2DA 1JT3A 3VSFA 3C89A 2ZGUA 1HIBA 3BAGA 2SLIA 1AX0A 2WRYA 5E8AA 21BIA 4I6IA 1CIWA 3O5SA 4Y20A 2EXJA 1XG6A 1N3OA 2AH2A 2KKIA 3ZUQA 3CA6A 1T3AA 4RA0A 1S0CA 4Y1XA 4XFTA 3WINA 2D7RA 1AX2A 2ZHMA 4WZFA 3O4AA 4WBCA 4YZ3A 4AYUA 3PVNA 4IQPA 1NUNA 1DYPA 2D24A 3S8KA 3I8TA 3FFZA 1T9FA 2ZKNA 1J0SA 1VIWB 3CQAA 5GJ6A 2G7QA 4NO4A 4M3CA 1LHVA 1TEIA 3O0VA 1Q8VA 4DEPA 2WLQA 2VSEA 3ZC9A 1A78A 3BA5A 3FJBA 3NJ5A 4XJUA 2AFGA 2DVGA 5GZEA 2R16A 4CTEA 1K5UA 4P0LA 2A6YA 3ZXKA 3WZ1A 3AP9A 3BB2A 1O4ZA 3N36A 4ZFWB 3RMYA 1CONA 4QKSA 1IS5A 1UAIA 3ZXJA 4X37A 3T8SA 2D3RA 1KDKA 1CPMA 4I3NA 1FATA 3V0AA 3M3QA 1TOOA 9ILBA 3IM7A 1BLAA 3AJ6A 4I1BA 3OJMA 1LGNA 4C1XA 3WCRA 1MS0A 3ILFA 5GLVA 1F9KA 1GGPB 3RRDA 3AKGA 4XIKA 4ZBVB 4G9NA 2M49A 1AXZA 5T5JA 1GYKA 1EYLA 3ZPYA 3USUA 4Y1VA 3PVOA 3FJ9A 3LSDA 2G4IA 2BEBA 5GLZA 1G9AA 4LBQD 2D43A 3AXDA 4DPNA 1DQ0A 3PUBA 5EYYA 4I4OA 1JYIA 3A22A 1W0PA 4Q1PA 4YM2A 1FWVA 2ESUA 3MALA 2ZMKA 5EG6C 2X2TA 3AJ5A 3FJFA 1XQNA 3CA5A 2JKBA 4BMBA 2XOAA 2DVDA 1H9WA 3NWKA 4ITCA 3NF3A 1W3FA 1LHUA 4LBMA 1GZ9A 1F82A 3APBA 1V6JA 2ZHKA 2UURA 2D1ZA 3CA1A 4YM0A 4ZFYB 4FPGA 5LK5A 2UUSA 1W6QA 4FOVA 1YXWA 3AZYA 5JOZA 4I96A 4GWNA 3ZXGA 3MW2A 1GNZA 1SBEA 1ENRA 3D5OA 2G7KA 1CESA 1MS4A 1YF8B 2A6VA 1DHKB 1FNZA 1YIFA 1QMJA 3FJAA 4EJ5A 2RG9B 4I4YA 1JXNA 4LO2A 1SR4C 1WBLA 4G9MA 3FUQA 2GNMA 2D6KA 1FQ9A 1DQ5A 3RG0A 2P23A 5DG2A 3WDYA 3WV6A 2GZBA 4CZSA 1DFCA 3LLPA 3V64A 3ILNA 3QLQA 1AJOA 2A8AA 1EV2A 4UW5A 5D63A 2E6VA 4AN6A 2JDZA 3WG1A 5H9SA 1OFSA 1R1ZA 4DENA 4FOQA 4BMEA 3JU9A 3LTQA 1Y7BA 5F8YA 3OJBA 1JLYA 2VUAA 3O0WA 3WDXA 4HEVA 3V65A 2HYKA 4K1YA 1BFFA 1GNHA 2DRZA 1Z0HA 1V6IA 1BFCA 2Q3NB 5JOWA 1G86A 5BXSA 3PHZA 2Y9GA 3BWIA 2LIQA 1ULFA 5DVHA 3H6QA 3O5WB 4FGFA 5KXEA 1P63A 2AXMA 3A0KA 1B09A 1GZWA 4YZ2A 2ZQNA 5T50A 1S0DA 2Y9FA 3M3EA 1LOFA 4TZDA 3QW6A 4JKXB 4LO3A 4WV8A 3WINC 1UL9A 3FJCA 2NMNA 2I2SA 5T5OA 4DS0A 2D23A 1BQPA 4H55A 4P0JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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