2NP0A

Crystal structure of the botulinum neurotoxin type b complexed with synaptotagamin-ii ectodomain
Total Genus 418
20040060080010001200050100150200250300350400
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
418
sequence length
1290
structure length
1289
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVKPGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
publication title Structural basis of cell surface receptor recognition by botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
total genus 418
structure length 1289
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2006-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 2np0A02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2np0A03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2np0A04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 2np0A01
4XKIA 4R9CA 4KBBA 2Q3NB 2ISGA 5GLTA 1ITBA 4AVVA 1IOAA 3HOMA 2ISEA 4U36A 4XIOA 1VCLA 4ITCA 4A7ZA 4UW5A 4I0YA 3RRDA 5BXSA 3BX1C 3CA0A 3P53A 4FQZA 4J2YA 4DCKC 5KXEA 3O3QA 2D7RA 3MW3A 4JKXB 1FV2A 2GZBA 2JD4A 3O49A 3VKLA 4AYUA 4OEFA 3V65A 3LCPA 4KTXA 1V6KA 3WDXA 2DU1A 2BEBA 2DS0A 2J3PA 2D24A 5I1BA 4QO3A 1S0IA 1QKQA 3HR9A 3IAGC 3FJJA 1QF3A 5IK4A 1E0OA 1OQ1A 5G00A 1MACA 2GNMA 1DQ0A 1W6MB 4II0A 5T50A 3AKGA 4QALA 1C57A 4PC4A 1QDCA 2SBAA 3Q7XA 4KEIA 4FPFA 1WBAA 4YLZA 5GLZA 2QYIB 2A97A 4FPLA 4P9XA 2W68A 2A7AA 4A7YA 5BYNA 1S0EA 4EEEB 3BIWE 4P0JA 2EXIA 5T52A 1H9WA 4J2KA 1CPMA 4XTMA 4BQ1A 1DZDA 4Y26A 5EWSA 4YOLA 2IHOA 2BQPA 2IWTB 1SBFA 2I1BA 7I1BA 1SR4A 3O44A 1IS4A 4TLPA 1ZKWA 4I4OA 3O4OA 3N0KA 2VH9A 3DSEA 1BYHA 1RIRA 3QIZA 2ERMA 5GM0A 2LIEA 3P6JA 3VT1A 2Y9XE 4JP0A 2GN7A 5LK5A 1BXHA 4DPNA 2AGSA 2A71A 2V73A 1G9BA 1FYUA 4YM1A 1G7YA 4OEEA 5DUXA 5BXTA 2X2TA 3AYCA 2OVUA 1SCSA 1NXD1 3QIXA 1I3HA 1OQLB 4XJAA 3N7LA 1FV3A 5DG2A 3O4AA 4OWJA 1LEMA 2ZZJA 3DDBA 1I1BA 3WCRA 3L2YA 2X2SA 3QW8A 2G4IA 4BLJA 4XOGA 2VLCA 3POYA 2ERFA 5D62A 4KEJA 4C1XA 4QKRA 2ZGKA 1SLIA 2YMZA 2Z48A 4USOA 1SLLA 5HCBA 2D3SA 5KXBA 3WINA 2D22A 4OWKA 5IUQA 5T55A 5SV8A 3ZSMA 1GNHA 1GBGA 1QMJA 31BIA 1U0AA 1JBCA 4YW3A 2G7QA 3A0KA 3ZYRA 2I2SA 2NZ9A 4XJUA 2D6NA 1H9PA 5D61A 1LESA 3WLUA 3RSJA 3CRGA 1Q8PA 3PVEA 1ZL5A 1JY0A 1F82A 4WVWA 4LO7C 4D0ZA 3ZVXA 4QKSA 1F31A 1JLXA 2P3JA 1EVTA 5KXDA 2DVBA 5DZEA 3E8LC 1JHNA 4JAWA 1V6NA 4ELCA 3A22A 1RITA 5BQMA 5T5JA 3MW2A 3F62B 2ZHMA 1DQ1A 5BQMB 1N1YA 2A3XA 4Y1YA 5CB7A 1IS3A 1PUMB 2ZBJA 3VKFC 1FWVA 1VIWB 1XZZA 2ZKNA 4I2SA 4X39A 3ZX7A 5DZUA 1IS5A 5AVAA 4U2AA 4Z8SB 4EKXB 1JXNA 1FNYA 3MW4A 1A3KA 4WV8A 1Q8VA 1G9FA 1W6NA 4LO1C 3BOPA 1JYIA 3CRIA 1R8OA 5E8AA 2ZGUA 2PHWA 3RMXA 4GWNA 1ONAA 3QIYA 3WNXA 1DQ2A 4QBCA 3D5OA 3VV1A 5JDBA 2E4MC 4F34A 1AVUA 1KNMA 1Z2VA 2A5ZA 2W52A 1TWMA 3FGMA 4PQ9A 5IK8A 1SLBA 3BAVA 1JLYA 4BMBA 1VAMA 4DRRA 1TOOA 4P0LA 1BQPA 1M2TB 5BOWA 2LALA 1OFSA 3AP9A 3FJHA 1LU2A 4ZJXA 2UWCA 4P0KA 1A78A 2RSTA 4YZ2A 4BPZA 1W6QA 1DYKA 3SISA 4USPA 5L73A 4R9DA 3MEPA 2G7KA 5EYYA 1DHKB 1MS3A 3DS9A 2ZHKA 1QXMA 1HWNB 2D3PA 3B69A 1YO8A 3M3EA 4XBQA 4EL4A 1QNYA 1AVAC 4GOYA 2WLQA 3PG0A 4FGFA 3BA4A 1IKPA 4ZOTA 5T54A 5BP5C 1IS6A 3AZWA 4I4UA 1O4ZA 3AKHA 4EFPA 2R1BA 1WBCA 3C89A 1DJSB 2ARXA 1GV9A 1HLCA 4P9WA 3HMYA 4BM8A 1DQGA 3IM7A 4YG0A 2RHPA 1ZKXA 2JDZA 3D3XA 3LLPA 4H55A 3F1RA 2SLIA 4LBLA 1AVBA 4YFZA 1MD6A 1C1FA 2DTWA 4L8QA 1LU1A 1AXMA 1CVNA 1Z4SA 1IRPA 5GZGA 1AX0A 2CL2A 4GP0A 2XG3A 5T5OA 4R9BA 2KKIA 2D7IA 4QBVA 1LGCA 2DUOA 2D6KA 1S0JA 3R4SA 4FOQA 5GLUA 4ZXKA 3CU1B 4RL7A 3UJ4A 2E7TA 2JJ6A 4D8HA 2OUHA 1LHOA 3NWKA 1FMZA 3ATGA 3WDYA 3VUOA 4GAIA 1AXYA 1WD3A 1N47A 3ZSKA 1SLCA 1DFCA 21BIA 1A8DA 1ULFA 1N1VA 2Y9FA 3T1MA 3FJAA 4ZGRB 3AP5A 4M3CE 3WZ1A 2UWAA 1SLAA 2ZGLA 4YM0A 2IMBA 3BAOA 4LO1A 2PHFA 2PHRA 4YZ3A 4LO0A 1MS1A 4HA2A 4CRQA 1BA7A 2ZGQA 1WBFA 2IMAA 3FFZA 4UW3A 2HWAA 4Q2FA 1ULCA 3BONA 2E4MA 4J2XA 1AXZA 5GZFA 4KS6A 3NBEA 1APNA 1XTGA 1BFCA 4I7IA 1TFMB 4Q8LA 5EG6C 4Q27A 3ZC8A 1QQKA 4ASMB 1WLCA 3NBDA 1YYNA 4Y1XA 2RG9B 1DIWA 3OGGA 1II4A 3AZYA 1Q56A 1T3AA 3NBNA 4GWMA 3O12A 4ZA3B 2GNTA 2ESUA 3WINC 2ETFA 2ZA9A 3W9TA 2AREA 3WA1A 2D6OX 1CE7B 1VLNA 3WG3A 2P39A 3CA5A 1ISZA 2FMDA 4FPKA 1Q03A 4YFWA 1J1TA 4M3CA 4I4VA 4GXLA 5BP5A 1HIBA 3AH4A 4I4XA 3UD8A 4M3CB 3BB2A 4TZDA 4XHBA 1Q8SA 3LSEA 3POSA 4XZPA 3VKMA 3BRFA 2ZGOA 3AXDA 3VSFA 1GKBA 2FFUA 1HKNA 1IOBA 1SCRA 5B2HA 3W59A 1MS4A 3BOKA 1GZCA 3FLTA 3SH3A 2FPQA 3RTIB 4P14A 2VSEA 1W6MA 1W3GA 1ISWA 2GMMA 2DV9A 4P6AA 3BAHA 1LULA 3TB0A 4PCRA 4XE9A 4X37A 4JCKA 4ZFUB 2A6ZA 1C1LA 3AFKA 3OJBA 3UD9A 3NV4A 4I3NA 3PVOA 4XJZA 1IT0A 2BFHA 2AAIB 3R4UA 4YGBA 5DZGA 1BLDA 4NO4A 4AGGA 3IPVA 4XTPA 1WW7A 3AZVA 3O0WA 3IPVB 1S0BA 3QW5A 2Y9GA 2MLLB 2ET2A 2ZQOA 2CYFA 4XFSA 4FPGA 2R0HA 3I8TA 3FJCA 1KQRA 2E53A 1AZDA 1LOCA 4OEGA 1YTOA 4FVVA 4EB2B 1GZWB 1MVEA 4G9NA 4DS0A 3CA3A 4M3CF 2FGFA 1LOGA 4YW5A 4XHXA 3BAQA 4IHZA 1AF9A 2DU0A 5GJ6A 2AH2A 3WO3A 1G82A 2PHUA 3IM6A 3SNVA 3AH1A 4GKXA 2CNAA 3CA1A 4AVTA 1DFQA 2KH2A 4FOYA 3PVNA 1CIWA 1WD4A 3V0BB 3N7MA 3CQAA 1LGNA 1Q8QA 2CWMA 1Q8OA 1CJPA 2A3WA 4W65A 3N36A 2WSVA 1SFYA 4OW4A 4XBNA 4WVVA 8I1BA 2Q9XA 5JOWA 4Q26A 2D3RA 3QCWA 1ENQA 2DVGA 2FHRA 4XJ9A 4YGCA 1ENSA 1HKDA 3POWA 3FJBA 2ZGPA 3AKIA 1EYLA 4LBQD 2D1ZA 3FUOA 1ISXA 1MZ5A 1MS9A 1SACA 2ZACA 4DRVA 3C8AA 1LHUA 1AJOA 4FP2A 3O0VA 1ABRB 3SLIA 1HQLA 3FJ9A 3I4IA 4P9YA 1N1TA 1HDKA 3ZYPA 2P3IA 5FZZA 3OPZA 3D4KA 5JLVA 3A0NA 4CZSA 3B3QE 1EV2A 4UW6A 4KUFA 4JKQA 5F9TA 3PJQA 2D6LX 4IY9A 5GZEA 3WDTA 1W0OA 1S0LA 1VAVA 2L5XA 1BARA 3ILRA 5CAZA 4J2SA 1ULGA 3QW6A 1M16A 2M49A 1KJLA 3NBCA 2VXRA 2NN8A 2WQZC 2JE7A 2GO2A 1PZZA 2WSUA 3ZXDA 1CQ9A 3UJQA 2R16A 3JUUA 1K5VA 2AQZA 5E89A 3ILFA 2C9AA 1J0SA 1JOJA 3B01A 3FJ8A 4PF5A 3O0XA 1FQ9A 1HCDA 1QQLA 5BXPA 1PZ8A 3USUA 4NOTA 1FWUA 3BA5A 3EF2A 4XBLA 1MS0A 1F9KA 3USUB 4ZLBB 2ZAAA 3RTJB 1N4KA 2WBCA 5DZFA 3I29B 4I4RA 1RG8A 3ZXLA 3ILNA 3I2AA 2VY0A 5JOZA 3WVJA 4LO0C 4D0TA 4ZKTB 3UJ0A 2E51A 1RMLA 1ZA4A 1TIEA 4I1EA 3CA6A 1MC9A 4GP3A 2QN0A 2EALA 3CRHA 1EPWA 4Y1ZA 2P2KA 3FIEA 1S1AA 1VALA 2NYYA 1W6PB 2A70A 4QC4A 1FX5A 5IK5A 3O5WB 4Y24A 2OW4A 3RG0A 4MYEA 4JC1A 1JUIA 4ENDA 4FOWA 5T5LA 2YUGA 4AN7B 4IONA 1W6OB 3V64A 5HCAA 3FLPA 3N7JA 4YM3A 4K20A 1BASA 1ULDA 1V6UA 3BAGA 3W58A 4GOVA 3UD7A 2R49A 1B09A 3QW7A 4XIKA 1Q04A 4OUJA 4HEVA 3ZXKA 4XJ8A 3H6QA 1KITA 1GLHA 3APBA 5EYXA 2WT0A 4TYSA 1ZB7A 2DVDA 2ZMKA 2YROA 1KDKA 3AP6A 5FNXA 4XMIA 4X38A 3C8BA 3BADA 1V6VA 3UL2A 3OYWA 2GN3A 1UZYA 1V6LA 2MC2A 4I4QA 1DQ6A 4RA0A 1H30A 1JN2P 1LODA 3OYWB 4BMEA 2ARBA 3ZXFA 4WZFA 2A6WA 4AGRA 5JOYA 4AWDA 1QU0A 3QLQA 1JYCA 1TWEA 2ZGSA 2OUJA 5E24E 2P3KA 2CY6A 3M3OA 2ISHA 1LCLA 2NMOA 4Q1PA 1Z7HA 1SBDA 4YM2A 5GAQA 3VT2A 4FOVA 1QOSA 3ZSLA 1UKGA 2VU9A 3O5SA 3SH4A 1JT5A 3D6EA 4QD2C 3WO2A 3UJOA 5F8WA 1JT4A 3DGTA 4IZXA 3OJMA 1PC8B 2D23A 1CONA 3B9UA 5DSSB 1Y7BA 3WDVA 5JVVA 4LO2C 2A75A 2FO1A 3QYDA 4Y1UA 1N3PA 2ZGTA 1LHVA 2R9KB 4R6UB 1QNWA 3OBRA 1QGLA 2LIQA 4OZXA 1ISYA 4YZ4A 3T2TA 1HCEA 1ZM1A 2AR6A 3WV6A 5F5QA 1ILR1 1JT3A 3BRDA 1RZOB 3NF3A 1O4YA 5FRAA 4CJMA 5DG1A 1GYKA 4M01A 3ILAA 4ISRA 2F8XC 5EC5A 3BA7A 9ILBA 3FIIA 4Q9GA 1WLDA 3FLRA 1G9CA 2IMCA 3DEBA 3KMVA 5EHAA 2GDFA 2R1DA 3ZPYA 1AVWB 1WLWA 4L4HA 1UPSA 3GALA 5D63A 3T8SA 2CTVA 2KLLA 1S0FA 3K1XA 4DFSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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