1DKGD

Crystal structure of the nucleotide exchange factor grpe bound to the atpase domain of the molecular chaperone dnak
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
381
structure length
376
Chain Sequence
KIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKTGNRTIAVYDLGGGTFDISIIEIDEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIELLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the nucleotide exchange factor GrpE bound to the ATPase domain of the molecular chaperone DnaK.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR GRPE
molecule tags Complex (hsp24/hsp70)
source organism Escherichia coli
total genus 96
structure length 376
sequence length 381
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-02-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 1dkgD02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1dkgD01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1dkgD03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1dkgD04
3WT0A 3WQUA 3TU5A 3L6QA 2ZGYA 5TKYA 2EWSA 3MMVA 3VENA 1GLAG 3IUCA 4BRKA 3IMXA 4CBWA 5AQNA 4CI6A 2GWKA 4CD1A 1HUXA 3QFPA 3ID8A 2F9TA 2HF3A 3VGMA 3LDOA 4H5NA 3O5BA 5AR0A 3I8BA 1HKBA 4Y0WA 4NB4A 4FWQA 1NMDA 4M7YA 4FL9A 5LJWA 1BA1A 4H5RA 3VEWA 2A5XA 1DEJA 3CQXA 2P9KA 4HWIA 1XQSC 1BU6O 1ATRA 2W41A 3FZHA 5AQKA 4L3QA 5BPNA 5ELZA 2P9KB 1XUPO 4B1UB 5AZJA 3BF1A 4FOIA 4AM7A 1XC3A 4H0YB 4KBOA 3LDQA 2CH5A 4FOEA 4FWNA 2YJFA 1KXPA 2UYTA 2QXLA 2HOEA 1NGFA 4B9QA 1RFQA 2I7NA 4EHTA 5CE3A 3H3OB 3KHYA 3ZEUA 3SLCA 3O8MA 2IIRA 3WXJA 2ASMA 2NRHA 3P4IA 4EFHA 3O4WA 1GLCG 1QHAA 4CZMA 3I33A 3D7EO 4DCHA 3M1FA 4F9OA 1IG8A 3ZEUB 1CZAN 1V4TA 2Q31A 2KHOA 4XH1A 2YHWA 3CI5A 3D2FB 1MDUB 3ENHA 3JXUA 3FZLA 4M7XA 5KPRA 3DXMA 2A42A 4FWKA 4JHDA 3UKUA 4GNIA 2A41A 3O08A 5AFUA 1ATSA 2BUPA 3R9PA 2VCPA 1YAGA 4Z94A 2Q0UA 1NGGA 4CZFA 3DXMB 3QMLA 4JHDB 5AQVA 3UKUB 5BN8A 1ZXOA 3VEVA 2YI1A 1KAYA 1X3NA 1NGEA 5AQJA 3H6EA 3VGKA 4HTLA 2QWRA 3S41A 1S22A 4XEIA 3HM8A 3WUHA 2IVNA 3ZX3A 2E2PA 4AM6A 1YVNA 3OHRA 3CIPA 5JLFA 1QQNA 1WOQA 4BGBA 4EHUA 2QWNA 2GTDA 3CERA 1NGDA 3KZBA 3BUZB 2GWJA 2AA4A 1NM1A 3VOVA 1JCEA 1U2VB 2A6AA 2P9IB 3GG4A 3O1BA 5ADXA 5EXWA 1C0FA 5AQLA 2A40A 1HX1A 2P9NA 3LDNA 3R8EA 3WEEB 3CHWA 1V4SA 4B1YB 2FF3B 3C0BA 3ATVA 4H5VA 1K8KB 3WXKA 3FZMA 3A8YA 4BRNA 2P9NB 3FR0A 3W0LA 4JNEA 3EKUA 3SK3A 2V7YA 3D2EB 3O80A 4CZJA 4M63C 4WQ5A 4H03B 4O8KA 5FPDA 4B1ZA 4ISFA 3M3ZA 4QS7A 4GY2B 3GDQA 3ZETB 1ESVA 2J4RA 4PKIA 4BC5A 2QWPA 3CJAA 3HBTA 5BREA 3SMSA 2OANA 3H1VX 5LY3A 4FWOA 1LCUA 1X3MA 2GUPA 1NGJA 2V7ZA 5AQSA 3H3NO 3CETA 3ULEB 3EZWA 4BRGA 4EIAA 2QWMA 3U8XA 2I7PA 3LDPA 2V51B 3MN6A 4H0VB 4DHYA 4BRHA 3FE1A 1GLFO 5FPNA 3BF3A 2E20A 3QB0A 5EX5A 3VERA 3HSCA 5KPTA 2IVPA 3LM2A 4XH4A 3LL3A 4FWSA 2NZTA 1RDWX 2D0PA 2Q36A 1X9JA 2Q0RA 2YHXA 1GLJO 2V52B 4MO5A 2H3GX 2CH6A 3A0IX 3TPQA 3ZX0A 4JD2B 2Q97A 4BR5A 4FSVA 4XH5A 5F0XA 1Q18A 2DPNA 4BR2A 5LJVA 5AQMA 1HPMA 3MN9A 4JAXA 3W3DA 5AQFA 3MN7A 4BRMA 5AQGA 2ZGZA 4PL8A 1T44A 3H1QA 4WQ5C 1GLLO 4B1WB 3D2FA 3QFUA 1Z05A 5BRDA 1QQMA 3DJCA 4CJ7A 1GLEG 1NGAA 4CZGA 3QBXA 4K43A 1HKCA 3UE5A 5I9EB 1LOTB 2YHYA 1EQYA 3VEXA 4BREA 3FLCO 2IVOA 1NGBA 2YJEA 2E2OA 3SMPA 4FO0A 1MA9B 2E88A 1YUWA 2FLOA 3WXLA 4BR9A 1ZC6A 2Q2RA 4A62A 5BPMA 4BC4A 4WQ4A 3VESA 3B8AX 5AQRA 2QWQA 3EO3A 4H0OA 1G99A 3O6WA 5EY4A 2P9UA 1WUAA 3M6GA 4K41A 5AQUA 2AP1A 1QQOA 4RTFD 4IJAA 4QS9A 2ASOA 3FZFA 3GL1A 3DWLA 3O1WA 5E26A 3C7NB 1TUUA 2P9UB 4FWMA 4JN4A 4C23A 5AQQA 1NGHA 4BVOA 3JS6A 3VEYA 1U2VA 2P9IA 4CZIA 5AQTA 1BUPA 4ISEA 1P8ZA 3ATUA 1J6ZA 4QS8A 3WEEA 4BVPA 3MDQA 4BROA 1ATNA 3EKSA 4BQZA 1K8KA 5EVZA 5F2RA 1BG3A 4CZEA 4CD3A 1H1VA 3UKRA 1BOTO 3L4IA 4CBXA 3R6MA 3D2EA 1HLUA 4O5FA 1IJJA 5FPEA 5KQ8A 2D0OA 3G25A 2FF6A 3UKRB 3ZETA 5AQWA 5E84A 3ZX2A 4I6MB 5AFUH 3H45C 1TUYA 1BO5O 4BRIA 3VEZA 1NGCA 4E1JA 3ULEA 1E4GT 5KPZA 4BG9A 4PKHA 1NWKA 2CGKA 4H0XB 2E2NA 4WQ4C 1YXQA 1T6CA 2D1KA 3VETA 3BEXA 3WXIA 3HZ6A 2P9PA 1HKGA 2F9WA 1ZBSA 1JCFA 5BPLA 4IJNA 1SAZA 2D4WA 2PBDA 5AQYA 3MN5A 5AZIB 5BRHA 2P9PB 3KVGA 5JMVA 2ASPA 1Z6RA 3AARA 3MCPA 4JD2A 1D4XA 4BRAA 3FGUA 2E1YA 3GBTA 3CJ1A 5ADXH 5BN9A 5AQZA 4EAHD 4LC9B 3AAQA 4J8FA 5AQXA 1JCGA 2CGLA 2QWLA 1DGKN 1GLBG 2E2QA 1QZ6A 4CZLA 5JLHA 3CJ9A 3U9ZA 3FZKA 3EL2A 2E8AA 2HF4A 4IXCA 2VWBA 5AQIA 4MLHA 1NLVA 2QW9A 3VGLA 5F1XA 1Y64A 1U6ZA 3DAWA 4B1VA 3UB5A 4MO4A 3BP8A 2P9SA 4FPAA 2CGJA 3IDHA 4YDUC 1C0GA 3GE1A 2FSNA 4FWPA 1HJOA 5AZJB 2ITMA 3VF6A 1R59O 1BWFO 4FWRA 3EN9A 4A2AA 2A3ZA 1QZ5A 2P9SB 2FSKA 3A5NC 4A61A 4BC2A 3GOIA 5BR9A 3CJ7A 4H0PA 3QICA 5BRFA 4PKGA 4H5WA 3HI0A 4FWLA 5JICA 5AQHA 1T6DA 4CZKA 1S3XA 3AAPA 2Q1NA 4DB3A 3DXKA 4NO7A 2BTFA 2P9LA 2QM1A 2VYPA 2WUSA 3C7NA 2PAVA 3SJHA 5AQOA 3HTVA 3VEOA 4IZ9A 4BR4A 3DXKB 4MLEA 2W40A 4BRLA 4DQ8A 2GEMA 4BRFA 2HMPA 2P9LB 3LDLA 3FFKB 4BC3A 4K42A 4WYBA 1KAXA 3ENOA 5EOYA 3A5MC 3CJCA 4K25A 4RWTA 4BG8A 3VF2A 4FPBA 4H5TA 3RSEA 5FPMA 3WQTA 4BRDA 4H0TB 4BQLA 4CZHA 4IWVA 4BRQA 1GLDG 2QWOA 4BR0A 2FSJA 5AQPA 2NLXA 4BRCA 1E4FT 4B1XB 1TYQA 3QBWA 4RCHA 3H46O 3RSEB 3CJBA 1KAZA 1NGIA 4A2BA 4BR7A 1BA0A 1BDGA 3MK6A 4I6MA 1TYQB 3A5OC 3VPZA 4CBUA 3A5LC 2ZF5O 2E1ZA 3F9MA 2FXUA 4PL7A 3AY9A 1OKJA 3J8AA 3LM9A 3IFRA 1RGIA 4YDUA 3CQYA 3U4LA 1DKGD 4BRPA 2YCHA 4IO8A 1MWKA 1NBWA 3VF4A 5AZIA 4BGAA 3L0QA 5KQDA 3U9DA 1MWMA 2ZWHA 3QDKA 5B8HA 1SZ2A 2GELA 4ISGA 1SQKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AJQA 2EWSA 1BI4A 4DF8A 4B9LA 1GLAG 3DLKA 2GWKA 5HBMA 3ZSXA 4J2DA 3ID8A 4M42A 4C8MA 4GW6A 3VGMA 1QS4A 1KD1O 1I2UA 1HKBA 4J2EA 1TK8A 3MECA 4X64K 5SWMA 4FJ7A 4FWQA 4FL9A 2G8KA 4JKDA 3AA3A 4H5RA 3VEWA 1NRBA 2HBLA 3LAKA 4HE7A 3V1RA 4RW6A 4C8LA 5ELZA 1NKBA 4H0YB 4KBOA 1YTUA 5DMRA 3LDQA 2Z1HA 3CW4A 4FWNA 1KXPA 1YIJN 1OH8A 2HOEA 5M1QA 4ZHRA 4K0KK 4KHPK 3SI6A 3BGRA 4EHTA 5CE3A 3SLCA 4DU4A 3J80O 1C55A 2ASMA 4JKEA 5C2FA 5HOOA 1O1WA 3M8SA 2ZJRL 3I33A 4U67L 4F9OA 1IG8A 4V1DC 3ZEUB 1CZAN 3S3OA 3HP9A 2Q31A 1XHZA 4XH1A 4DR6K 4JK9A 2YHWA 2Z1IA 1C1BA 4ILHA 4DV7K 2GMOA 4M7XA 3DXMA 2HHIA 2A42A 4FWKA 4CEFA 2W00A 3PLAA 2HHWA 5AFUA 1ATSA 2B4JA 1RTDA 2VCPA 1YAGA 4Z94A 2HHXA 2Q0UA 3CCLN 1NGGA 4PUOA 3QMLA 3T69A 3PO5A 2NY9X 3VQQA 1X3NA 1Y97A 3NVMA 5JVGL 3H6EA 3DLBA 3VGKA 3KD1E 1WAFA 4CFDA 2XY5A 1WSJA 3KIOA 1S22A 1IV0A 3HM8A 2ZQBA 4OO1J 3WUHA 3VQCA 4EZ6A 4ELUA 3OHRA 2A1SA 4CFAA 5JLFA 4EHUA 4OGCA 3KZBA 3D6RA 1Q8IA 2AA4A 4IOCL 1JCEA 1BIUA 1U2VB 1RDCA 3O1BA 5ADXA 4JI8K 2A40A 4KHNA 1JLEA 2VWKA 3O9QA 4BACA 1Q86O 2YKMA 1RBRA 2FF3B 5I3UA 2KFZA 3ATVA 4H5VA 2X6SA 4E3SA 5C24A 3WXKA 3DOLA 2HSTA 5LMUK 1YTAA 3AGKA 4Y1DA 4FJLA 1C0TA 3SNNA 1HQEA 4JNEA 3SK3A 1VQ5N 2V7YA 3M8RA 2KBKA 3HO1A 4N56A 4H03B 4B1ZA 5FPDA 2N66A 4TSXA 3M3ZA 2O4GA 1J5EK 1D9DA 4KI4A 3CG7A 2QWPA 3NGIA 3F73A 4B3SK 4FWOA 3PX0A 4IO9L 3LDSA 1WMTA 2O4IA 1TL3A 3CETA 2UUAK 4ELTA 2D0CA 3NH1A 2EHGA 2IOCA 1LAVA 3VN5A 4DTSA 2QWMA 2I7PA 1NK4A 4JKFA 4YOYA 1YITN 3LDPA 3AA2A 3NMUA 1EO1A 4DHYA 3C6UA 3FE1A 5FPNA 1BGXT 4GV6A 3B6OA 2O8DB 4WE1A 4MFBA 2Q36A 2KQ2A 3VQ9A 2Q0RA 2H3GX 2CH6A 3QIOA 3I56N 4XH5A 5F0XA 4KO0A 3QEIA 1UOCA 2VY6A 4UQGA 5HROA 3HL8A 3KLGA 3MN9A 3OYAA 3VQ7A 2WC9A 4NCBA 1ICAA 3K5OA 4CGJA 1LWCA 4BRMA 4AHCA 2ZGZA 4J2BA 1NH5A 1ZYQA 3H1QA 3SUPA 3CD6N 1JLGA 4NCGA 4JKHA 3D2FA 5BRDA 3DJCA 3VTIA 4FVMA 1HKCA 2YNGA 5I9EB 1EQYA 1VSMA 4BREA 4CESA 2DY4A 2O8EA 2C1IA 4BECA 1NGBA 3DYAA 1FK9A 4W5QA 4CGIA 3CM6A 4DWIA 1NKEA 3P38A 4CHYA 1TKTA 3SMPA 4FO0A 1MA9B 1WN7A 1A5XA 4DTMA 5GADP 4W5RA 3O3FA 1ZC6A 4A62A 5BPMA 2IDOA 4JKGB 4ID1A 2PYJA 3KWIA 2NY8X 3CCJN 5AQRA 2QWQA 4DSEA 3QETA 4H0OA 4CJ4A 4OLAA 1S6PA 1BRZA 4FJKA 4H8KA 2SN3A 1KV0A 5AQUA 3GKUA 1QQOA 4RTFD 3PIPL 1NJWA 4PWDA 1BIZA 4AH9A 3FZFA 4FJ8A 5E26A 3C7NB 1TUUA 2P9UB 2ASCA 4CJUA 3JS6A 1U49A 1FKOA 2P9IA 3R3LA 5AQTA 3H08A 1IKWA 3J7ZO 4LSLA 1ZUTA 2JDQD 2E0HA 3KOXA 1J6ZA 1L3VA 5JS1A 4QS8A 4FM0A 4BVPA 1TI5A 1HYZA 3MDQA 4N47A 4BROA 1DJTA 1ATNA 1UWBA 2F8SA 1NOZA 1WSIA 4ZTFA 3L4IA 3OYDA 3D2EA 2VGNA 3LPTA 1IJJA 2XY8A 1YJ9N 3G25A 1KFSA 2YHBA 4XJXA 3LZJA 3ZETA 3OYNA 2QXFA 5AQWA 1FH3A 2ATQA 1B7DA 4I6MB 1SUQA 3H45C 1TUYA 3MX2A 4DFKA 5J2QA 1U04A 3SBTA 3PX4A 1E4GT 1YVUA 5KPZA 4BG9A 1S1VA 4PKHA 5C42A 4DR2K 1WSEA 3O9SA 2G8WA 3SAHA 4DQPA 4E7KA 3THYA 2O8CB 2YNHA 1OH7A 1SNBA 2B6AA 2PBDA 4DV5K 1VSLA 3P1GA 1NOYA 1LWFA 3KVGA 3AV9A 1B9FA 4KHWA 1Z6RA 3AARA 3CCUN 4Q5VA 4BDZA 5FRNA 4KHSA 5M1KA 5AQZA 4PA1A 2HNDA 4IOAL 2DFHA 1HMVA 3LP1A 4J8FA 5AQXA 4DSLA 4ILJA 2QWLA 1EKEA 1QZ6A 5JLHA 2E6LA 2OTJN 4RG8A 3OY9A 2QK9A 2HHTA 3CJ9A 4W5OA 3U9ZA 1D8YA 5CY4A 4O44A 3V6DA 4M3ZA 1XWLA 2E8AA 2BANA 3IKMA 2ZD1A 3ZLJA 4DQRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2AJQ A;  2EWS A;  1BI4 A;  4DF8 A;  4B9L A;  1GLA G;  3DLK A;  2GWK A;  5HBM A;  3ZSX A;  4J2D A;  3ID8 A;  4M42 A;  4C8M A;  4GW6 A;  3VGM A;  1QS4 A;  1KD1 O;  1I2U A;  1HKB A;  4J2E A;  1TK8 A;  3MEC A;  4X64 K;  5SWM A;  4FJ7 A;  4FWQ A;  4FL9 A;  2G8K A;  4JKD A;  3AA3 A;  4H5R A;  3VEW A;  1NRB A;  2HBL A;  3LAK A;  4HE7 A;  3V1R A;  4RW6 A;  4C8L A;  5ELZ A;  1NKB A;  4H0Y B;  4KBO A;  1YTU A;  5DMR A;  3LDQ A;  2Z1H A;  3CW4 A;  4FWN A;  1KXP A;  1YIJ N;  1OH8 A;  2HOE A;  5M1Q A;  4ZHR A;  4K0K K;  4KHP K;  3SI6 A;  3BGR A;  4EHT A;  5CE3 A;  3SLC A;  4DU4 A;  3J80 O;  1C55 A;  2ASM A;  4JKE A;  5C2F A;  5HOO A;  1O1W A;  3M8S A;  2ZJR L;  3I33 A;  4U67 L;  4F9O A;  1IG8 A;  4V1D C;  3ZEU B;  1CZA N;  3S3O A;  3HP9 A;  2Q31 A;  1XHZ A;  4XH1 A;  4DR6 K;  4JK9 A;  2YHW A;  2Z1I A;  1C1B A;  4ILH A;  4DV7 K;  2GMO A;  4M7X A;  3DXM A;  2HHI A;  2A42 A;  4FWK A;  4CEF A;  2W00 A;  3PLA A;  2HHW A;  5AFU A;  1ATS A;  2B4J A;  1RTD A;  2VCP A;  1YAG A;  4Z94 A;  2HHX A;  2Q0U A;  3CCL N; 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