3GDQ | Genus

Total Genus 122

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	379
structure length	376
Chain Sequence	GIAIGIDLGTTYSCVGVFQHGKVEIIANDQGNRTTPSYVAFTDTERLIGDAAKNQVAMNPQNTVFDAKRLIGRKFNDPVVQADMKLWPFQVINEGGKPKVLVSYKGENKAFYPEEISSMVLTKLKETAEAFLGHPVTNAVITVPAYFNDSQRQATKDAGVIAGLNVLRIINEPTAAAIAYGLDKGERHVLIFDLGGGTFDVSILTIDDGIFEVKATAGDTHLGGEDFDNRLVSHFVEEFKRKHKKDISQNKRAVRRLRTACERAKRTLSSSTQANLEIDSLYEGIDFYTSITRARFEELCADLFRGTLEPVEKALRDAKMDKAKIHDIVLVGGSTRIPKVQRLLQDYFNGRDLNKSINPDEAVAYGAAVQAAILMG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structures of the ATPase domains of four human Hsp70 isoforms: HSPA1L/Hsp70-hom, HSPA2/Hsp70-2, HSPA6/Hsp70B', and HSPA5/BiP/GRP78 pubmed doi rcsb
molecule keywords	Heat shock 70 kDa protein 1-like
molecule tags	Chaperone
source organism	Homo sapiens
total genus	122
structure length	376
sequence length	379
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-02-24

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.30.30	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Defensin A-like	Defensin A-like	3gdqA02
3.30.420.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	3gdqA01
3.30.420.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Nucleotidyltransferase; domain 5	3gdqA03
3.90.640.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Actin; Chain A, domain 4	Actin; Chain A, domain 4	3gdqA04

3A5OC 2BUPA 2IVOA 3VEVA 4CD1A 1NWKA 2WUSA 4H0VB 2QWLA 4IWVA 5BR9A 1YXQA 3DJCA 3VGLA 3LM2A 4ISGA 4FWQA 1GLCG 1QQNA 3UKRA 4K43A 3ZX3A 5AQNA 2CGLA 1MA9B 2CH5A 3LM9A 4FWKA 5KQ8A 4F9OA 3KVGA 4H5WA 3WXJA 3EKUA 2QWNA 5BPMA 3VF4A 5EVZA 1E4GT 3ZETB 1ATRA 4BRGA 1RFQA 3BF3A 3AAQA 3L6QA 1JCGA 2YHXA 4H0YB 5LJWA 5BN8A 3G25A 1TYQA 1SAZA 1X9JA 3DXMB 2P9IA 3SMPA 1RDWX 5BRFA 3JS6A 2GELA 3BP8A 3VEXA 1NGHA 1QQMA 4MO5A 3CJ1A 3QB0A 4EFHA 5AZIA 1MDUB 2D1KA 3MN5A 2ZF5O 3M3ZA 3EO3A 4BGBA 1C0GA 5AQVA 3U8XA 3M1FA 5JICA 2E88A 4GY2B 3VF6A 4CZHA 1HJOA 2E20A 3HSCA 3LDLA 4C23A 2QWOA 3LDNA 5JMVA 4ISEA 4WQ4A 2FF6A 3DAWA 2IVPA 3VEWA 2D0PA 4RCHA 4RWTA 4BG9A 1ATSA 1IG8A 4QS7A 3U9ZA 3O08A 2QM1A 3IUCA 3FZFA 2HOEA 3D7EO 1H1VA 1HKCA 3VPZA 4Z94A 4BROA 3VESA 1NM1A 3ZX0A 4L3QA 4CBUA 1CZAN 1P8ZA 2NLXA 4WQ5A 3U9DA 4YDUA 3UB5A 4FSVA 1GLDG 2I7PA 3DWLA 3HI0A 4M7XA 2A42A 1RGIA 1BA0A 2V52B 5AQFA 5AQIA 1J6ZA 1WOQA 1T44A 3O1WA 1C0FA 3EZWA 2GWJA 4BRKA 2Q0UA 1NGCA 2V7ZA 5ADXA 3QDKA 5FPMA 1KAXA 2E1ZA 1ATNA 2E2PA 1Q18A 1HKBA 2W40A 2ASPA 4FOIA 2P9SB 4CZGA 5AQLA 5AQZA 2HMPA 3FR0A 3GDQA 3JXUA 4BRMA 5E84A 1NMDA 1E4FT 1V4TA 3CJ9A 4RTFD 1D4XA 3HTVA 1S22A 3O8MA 2PBDA 2HF4A 2IIRA 4H5TA 1KAYA 5CE3A 1NGJA 5AQTA 4EHUA 1K8KA 2E8AA 3CJBA 4BQLA 4NB4A 3VEOA 2QWRA 3A5LC 5JLFA 2QXLA 3I8BA 4NO7A 1V4SA 3UKUB 3SK3A 2J4RA 3ZX2A 4CZFA 4DQ8A 3CERA 3CQXA 1U2VA 1TUUA 3R9PA 4BQZA 5AQRA 3H1QA 3CETA 5BPLA 3ZEUB 3GL1A 1QQOA 1Z05A 3GG4A 3QICA 3QFUA 3FZMA 1ZC6A 5KPZA 4M7YA 2Q31A 3C7NA 3C0BA 1XUPO 5AZJB 4FWLA 3MCPA 4BC3A 2ITMA 1KAZA 1S3XA 1JCEA 1BA1A 3FLCO 3H3OB 2D0OA 4I6MA 4H0OA 4JHDB 3RSEB 1YAGA 2P9LA 1BDGA 3R6MA 1HKGA 4BRLA 3D2EA 4XH1A 3WEEB 3H45C 3A8YA 2P9NA 5AFUA 4E1JA 5FPDA 2QWPA 5TKYA 3I33A 5ADXH 2GTDA 4H03B 1HUXA 4BG8A 1SQKA 4PKHA 3WXKA 3MMVA 3H3NO 3D2FA 1OKJA 3MDQA 3GE1A 2QW9A 4BVOA 4M63C 2FLOA 4BRIA 4EHTA 4IXCA 1HLUA 3QBXA 5FPEA 4CZIA 4BGAA 3O5BA 2FF3B 5BPNA 1DEJA 3A5NC 3CJ7A 4Y0WA 3DXKB 3W3DA 2P9PB 2P9UA 5EOYA 2P9KA 3VGKA 3UE5A 4K42A 1ZBSA 4FOEA 3HM8A 1GLAG 3VEZA 4QS8A 3LL3A 4FL9A 4JD2B 4O5FA 1HPMA 5LJVA 3ULEB 5AQOA 4BRDA 2GUPA 3BEXA 2F9TA 2KHOA 4JN4A 1DGKN 4B1ZA 1BO5O 4BRNA 4HWIA 1GLFO 5AQMA 1X3MA 3ATVA 4H0PA 4BRFA 3AARA 3FGUA 3KHYA 4A61A 2QWMA 5AQWA 4MO4A 2Q2RA 3U4LA 3QBWA 3S41A 3VETA 3HZ6A 4PKGA 5AQPA 2H3GX 3ZETA 3UKRB 4FWPA 3O80A 4CBXA 4FWSA 4AM7A 2A5XA 2IVNA 4A2AA 3VENA 4BRHA 4CZMA 3WT0A 1TUYA 5F2RA 3DXMA 4K25A 4EIAA 1BU6O 3WXLA 5LY3A 3FZKA 5BRDA 4CZJA 5I9EB 3IDHA 2V51B 3M6GA 2NZTA 2UYTA 5AR0A 2F9WA 4GNIA 4FWRA 5BREA 2E2NA 1GLJO 1TYQB 3HBTA 3FE1A 1BOTO 3IFRA 2P9IB 2A41A 3P4IA 3O6WA 4FO0A 2ZGZA 4BC4A 4MLHA 4BC5A 1X3NA 2Q97A 4ISFA 3A5MC 4FWOA 5AZIB 4FWMA 4FPBA 1NGIA 3F9MA 3ATUA 4BR7A 4IO8A 3IMXA 3L0QA 3MK6A 2CGJA 3WQUA 5AQGA 1R59O 2CH6A 3KZBA 4BR0A 5EY4A 1XQSC 4B1YB 5AQSA 1JCFA 2FXUA 4A2BA 4B9QA 3TPQA 4B1VA 1MWMA 2YJFA 2VYPA 3CI5A 4XEIA 3CIPA 5ELZA 3MN6A 3SLCA 3H1VX 3VOVA 4H5NA 1YUWA 4IZ9A 4B1UB 4XH5A 3AAPA 2V7YA 3FFKB 2OANA 1NGDA 5EX5A 1NGAA 2YJEA 2ZWHA 1NBWA 3L4IA 2YI1A 4A62A 1NGFA 2GWKA 2FSJA 3SJHA 1WUAA 4DHYA 2Q36A 2FSNA 2ASMA 2P9SA 2Q0RA 4BR5A 2PAVA 3MN9A 1QZ6A 5AQJA 4O8KA 3LDQA 2QWQA 4CD3A 4WQ5C 5JLHA 4H0TB 4K41A 4YDUC 3H46O 2A6AA 2Q1NA 1QZ5A 2A40A 3GOIA 4CZKA 3VF2A 5AQQA 4LC9B 1BWFO 4BRPA 2HF3A 3TU5A 1T6CA 2D4WA 3QMLA 3A0IX 1NLVA 4CI6A 3MN7A 3O4WA 4CZEA 3W0LA 3R8EA 1LCUA 5EXWA 1GLEG 3CJCA 4PL7A 2AP1A 4IJNA 3UKUA 3ENHA 1DKGD 3CHWA 2BTFA 1LOTB 5F0XA 1K8KB 1Z6RA 1IJJA 2DPNA 4BREA 5AQHA 3SMSA 3ZEUA 4IJAA 4FPAA 1NGBA 4PL8A 4H5RA 3EN9A 5BN9A 3VGMA 5BRHA 2VCPA 1U2VB 2YHWA 5AZJA 4JAXA 4AM6A 1HX1A 3FZLA 4KBOA 4B1WB 1EQYA 1YVNA 4QS9A 4BRCA 5KPRA 5AQYA 2A3ZA 3OHRA 1BG3A 1Y64A 4BR4A 2FSKA 3C7NB 4DB3A 4BVPA 4JHDA 2NRHA 3RSEA 2YHYA 3CQYA 2ASOA 5FPNA 1ZXOA 1QHAA 4BRQA 4EAHD 3J8AA 2YCHA 5AQKA 4MLEA 3WEEA 3EKSA 3BF1A 4H0XB 3O1BA 4WYBA 4FWNA 5AQUA 1KXPA 2CGKA 5AFUH 5KPTA 4CJ7A 3WQTA 3BUZB 4I6MB 2I7NA 4JNEA 1NGGA 5KQDA 5B8HA 3VERA 2P9LB 3QFPA 1U6ZA 3LDOA 2E1YA 5E26A 4BR2A 1XC3A 1T6DA 3D2EB 3B8AX 2P9NB 3GBTA 4BR9A 5F1XA 4XH4A 3H6EA 4J8FA 5AQXA 1SZ2A 3LDPA 1MWKA 3FZHA 3AY9A 2ZGYA 3D2FB 3DXKA 4BC2A 1ESVA 1BUPA 2P9PA 3WUHA 2VWBA 1GLLO 2GEMA 4CBWA 4PKIA 3VEYA 3ENOA 3CJAA 2E2QA 4JD2A 4DCHA 3WXIA 3ID8A 2AA4A 2EWSA 3ULEA 4H5VA 4HTLA 1G99A 3EL2A 1NGEA 1GLBG 2E2OA 4BRAA 4WQ4C 4CZLA 2P9UB 2W41A 2P9KB 4B1XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3A5OC 3SUPA 4A5BA 2AJQA 3VEVA 4UJ0A 3MEEA 1N36K 4B3OA 1IO2A 2JWLA 4B9LA 4FJLA 4CJVA 5DMRA 3LM2A 1GLCG 4K43A 4DTUA 3PO5A 2HHWA 2HHSA 5M1OA 2CGLA 3NH1A 2CH5A 4AH9A 3V1QA 4XIUA 1JJ2M 4H5WA 1ZBIA 3VF4A 4M3ZA 5HRSA 4FLVA 4PUOA 4OPHA 3ZYYX 3NHGA 1ATRA 4A59A 2KGQA 3AVMA 3O9RA 1UOCA 4J2BA 3OVNA 1C6VA 1VQ6N 5LJWA 1SAZA 1ZBUA 2E5LK 1VSMA 4O4GA 3SMPA 1UAXA 1NK7A 1ZBFA 3P39A 4BDYA 2B3CA 4FW1A 3CJ1A 4MO5A 3TSPA 5HRNA 4KV8A 1J9AA 4FLWA 1MDUB 1WBBA 3MN5A 3NGIA 4BGBA 3N4PA 5AQVA 3K9KA 4ZTFA 2DY4A 5JICA 4GY2B 3VF6A 4CZHA 3OYJA 2E20A 3HSCA 2QXFA 4C23A 4FM2A 4IFYA 5JMVA 2OCEA 2FF6A 4DV4K 3H08A 2HBLA 3OYFA 2D0PA 4RCHA 4RWTA 3CYMA 5JVGL 2XY6A 4IDKA 3OJUA 2E6LA 3PSFA 3U9ZA 1VQ8N 3HSTB 2QKKA 4CF2A 4OPJA 3AVFA 3N4QA 4CJUA 2P1JA 3NFAA 3V6DA 3LWLA 4MFBA 3VESA 1UWBA 4DR3K 3T1YK 4CBUA 1IKXA 2HNZA 1P8ZA 4WQ5A 5C10A 3ZT2A 1BHLA 3V9ZA 1K73O 5CZ2A 1N5YA 4CK1A 3D6RA 4EP4A 5I3UA 1J6ZA 1WOQA 4YORA 5DM7L 1MU2A 1T44A 5EU7A 4B9VA 4ID5A 4BRKA 3ZSQA 3O3FA 2Q0UA 2V7ZA 3NE6A 1N8RO 5FPMA 3DI6A 3VTIA 2W40A 3Q7BA 3LP0A 2P9SB 2RKIA 3KP0A 1U48A 5AQZA 5E41A 3JXUA 1SEGA 4BRMA 3KK2A 1I2UA 4ELUA 1CN2A 4BE7B 4CIEA 2GUIA 4O0IA 3AO3A 4CFDA 4FJ8A 3HTVA 2PBDA 1TGOA 2HF4A 5CE3A 4CGDA 1OH7A 5IWAK 5SWMA 1YIJN 4CJTA 1WT7A 3A5LC 1JLBA 3I56N 3DYAA 4LFBK 5JS2A 4DMNA 3RMAA 1NK5A 2QKBA 1OVYA 2J4RA 2OYQA 1BK8A 2HSTA 1U2VA 1TUUA 3VQ7A 4I9QA 4BQZA 1JKZA 1Y97A 3CXCM 1NK8A 3LPTA 1R0AA 1QQOA 4GVMA 1Z05A 3GG4A 4LSLA 4BE2A 1ZC6A 5KPZA 4BE1A 4M7YA 2HNYA 3C7NA 4IBNA 1ZU3A 2ITGA 5AZJB 5KGXA 3PV8A 4FWLA 4BC3A 1YVUA 1Q81O 3O3HA 4K8ZA 1REVA 3SQ0A 3HJFA 1BA1A 1C56A 1IH7A 1QHTA 2EX3A 2NY9X 4CECA 4C8KA 2KFZA 3AVKA 4CFBA 1CZ9A 4IO9L 1BDGA 4RW6A 3GKUA 4XH1A 4DR6K 3A8YA 2G8VA 1RT3A 5FPDA 3WNHA 1BCOA 1VSKA 5TKYA 4DTOA 5FRNA 4PKHA 3QNNA 3H3NO 4CFCA 2G2KA 1UA0A 1JL1A 4DLGA 1PTXA 3AVJA 1OKJA 1IBKK 4F8RA 3MDQA 1Q7YO 4W5QA 2QW9A 4M63C 1C1BA 4EHTA 4JI0K 3QBXA 4CZIA 1KRPA 4M3XA 3CJ7A 3DXKB 4B3SK 2F7TA 1EWRA 2P9UA 1ZBSA 3SV3A 3QESA 4FOEA 3HM8A 3DOLA 4GV6A 4QS8A 5JENA 4G1QA 4CHOA 1TKDA 2OPQA 1IBMK 1OVQA 5AQOA 2BGGA 2NRXA 3TANA 2GUPA 3K5LA 2BE2A 3BEXA 2JGUA 2YX6A 4B8CA 4JN4A 4B1ZA 3ALYA 4BRNA 4HWIA 1GOBA 1X3MA 2QWMA 1RDCA 4MO4A 3QBWA 4PKGA 4F3OA 3O80A 4FK0A 5BR8K 4FWSA 3OBYA 2A5XA 3CPEA 4UQGA 3DXMA 4JS5A 4FLTA 4DU3A 2OPPA 2YBRC 3CQ8A 1DLOA 1SL2A 3M6GA 2NZTA 3CCRN 1HPZA 4CF1A 4GNIA 1WSEA 1KCFA 3ZSVA 5BREA 1GLJO 4CEAA 1TYQB 5KK4A 3IFRA 2A41A 1U47A 2Z1IA 4N41A 3PO4A 1S6PA 3HRGA 3KIOA 4BC4A 1TK5A 2LI7A 4HHFA 1FKPA 2ZJPL 3IKMA 5FROA 4FWOA 5AZIB 4FWMA 3RRGA 1ZBHA 3CMAN 4KB1A 4IO8A 3MK6A 4CQKA 3TAFA 3WNFA 3VQDA 1W97L 3E66A 4IOAL 4CJ4A 4BR0A 2OA8A 5EY4A 1IG9A 3NH0A 4HCBA 4B1YB 4CF9A 3TR8A 3C95A 1JCFA 4A57A 1CXQA 1T03A 2ZE2A 1L5UA 4B1VA 1MWMA 3CD6N 4I2PA 4XEIA 1I39A 2NNWA 4JKAA 2Q3SA 5DK5A 3SLCA 3VQ6A 1ZYQA 4FZXC 4OKJA 5FLXO 1YUWA 1WSHA 4B1UB 3S5TA 1HNVA 2V7YA 4JLHA 3FFKB 4CHNA 3ZT4A 3HVRA 5EX5A 1VSDA 3BGRA 1VQ5N 3O3GA 1QSSA 1FW6A 1LW0A 2UUAK 4A62A 3OYDA 4FZYA 4DTRA 3SJHA 1WUAA 2Q36A 2ASMA 2Q0RA 3MN9A 1QZ6A 4O8KA 4JRQA 5JLHA 4H0TB 3V9UA 2Q1NA 3GOIA 1NMNA 1A5WA 4N47A 3AO2A 1K8BA 4Y1DA 2GBZA 2HF3A 4IDHA 1ASUA 1T6CA 4OGCA 1T7PA 1RT7A 1NLVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A5O C;  3SUP A;  4A5B A;  2AJQ A;  3VEV A;  4UJ0 A;  3MEE A;  1N36 K;  4B3O A;  1IO2 A;  2JWL A;  4B9L A;  4FJL A;  4CJV A;  5DMR A;  3LM2 A;  1GLC G;  4K43 A;  4DTU A;  3PO5 A;  2HHW A;  2HHS A;  5M1O A;  2CGL A;  3NH1 A;  2CH5 A;  4AH9 A;  3V1Q A;  4XIU A;  1JJ2 M;  4H5W A;  1ZBI A;  3VF4 A;  4M3Z A;  5HRS A;  4FLV A;  4PUO A;  4OPH A;  3ZYY X;  3NHG A;  1ATR A;  4A59 A;  2KGQ A;  3AVM A;  3O9R A;  1UOC A;  4J2B A;  3OVN A;  1C6V A;  1VQ6 N;  5LJW A;  1SAZ A;  1ZBU A;  2E5L K;  1VSM A;  4O4G A;  3SMP A;  1UAX A;  1NK7 A;  1ZBF A;  3P39 A;  4BDY A;  2B3C A;  4FW1 A;  3CJ1 A;  4MO5 A;  3TSP A;  5HRN A;  4KV8 A;  1J9A A;  4FLW A;  1MDU B;  1WBB A;  3MN5 A;  3NGI A;  4BGB A;  3N4P A;  5AQV A;  3K9K A;  4ZTF A;  2DY4 A;  5JIC A;  4GY2 B;  3VF6 A;  4CZH A;  3OYJ A;  2E20 A;  3HSC A;  2QXF A;  4C23 A;  4FM2 A;  4IFY A;  5JMV A;  2OCE A;  2FF6 A;  4DV4 K;  3H08 A;  2HBL A;  3OYF A;  2D0P A;  4RCH A;  4RWT A;  3CYM A;  5JVG L;  2XY6 A;  4IDK A;  3OJU A;  2E6L A;  3PSF A;  3U9Z A;  1VQ8 N;  3HST B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3GDQA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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