3LDNA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in apo form
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldnA04
3CJCA 3QMLA 2Q97A 4AM6A 2P9LB 4FOEA 5CE3A 1Q18A 2IIRA 3LL3A 3VENA 1ATSA 4H5WA 1T6DA 3P4IA 4K43A 4PL8A 1U2VB 3GG4A 4BC3A 5BR9A 4WQ5A 4BR0A 5B8HA 5BREA 2GTDA 5AQWA 4B1VA 1QQOA 1GLAG 1DKGD 1K8KB 1WUAA 1BDGA 1OKJA 3EKUA 4B9QA 2P9UB 1C0FA 3DJCA 4M63C 4BRPA 3O08A 3HBTA 4FWSA 2FF3B 5AZJA 5BN9A 4FL9A 2GUPA 2P9KB 3D2EB 3KVGA 5AQKA 4IZ9A 5BPNA 4FPAA 1TYQB 4BVOA 4BVPA 2P9NA 4H0XB 2OANA 2FXUA 3I8BA 5AQUA 3CHWA 4Z94A 3D2FB 4BGAA 3CERA 2NZTA 3QFUA 4BROA 4CZMA 3FGUA 1HX1A 2VYPA 3WQUA 5BRDA 1GLEG 1NGGA 3O80A 4FWMA 4BRCA 1P8ZA 3C7NA 3GDQA 4LC9B 4A2AA 4C23A 5AQVA 2E88A 1E4FT 4K42A 3H3NO 3DXMA 3CJ7A 5AQPA 4RTFD 3CIPA 5KQ8A 3O1WA 1ZXOA 2P9LA 5F2RA 2CGLA 2YHXA 4JD2A 3GL1A 1EQYA 4FPBA 4PKGA 4YDUC 3WXIA 2P9PB 3R6MA 3U8XA 3L4IA 2BUPA 1U2VA 3HM8A 1S3XA 3VEXA 1MA9B 1X3NA 4BC2A 1NLVA 5AQFA 3BP8A 2E2NA 1BU6O 4CD1A 3LM2A 3WXJA 4EHTA 1K8KA 4PKHA 3CJ9A 3VEOA 3L6QA 2E20A 2QWLA 2VCPA 3EZWA 1IG8A 2ZGYA 5BPLA 4H0PA 4MLEA 2P9UA 4JHDB 3IMXA 2J4RA 4L3QA 3MK6A 2IVNA 1YUWA 5AFUH 4BRDA 1GLBG 3S41A 4BRQA 1IJJA 2P9KA 2YHYA 3D2EA 3ATUA 1V4SA 2EWSA 1JCFA 3A0IX 4DQ8A 1GLLO 1GLJO 4B1XB 5EXWA 5ADXA 2V7ZA 4H03B 3HSCA 2CGJA 3MCPA 3IFRA 5AQSA 3SK3A 1NGIA 5EVZA 4BQZA 3D2FA 1BWFO 3F9MA 3CJBA 1HJOA 3BF3A 2ZGZA 3ZX2A 1T44A 3A5OC 1GLFO 4AM7A 5AQGA 3D7EO 3KZBA 4BG8A 1HLUA 3SMSA 3AAPA 1NGAA 4FWPA 2QWMA 3DXKB 3EN9A 4BC5A 4BG9A 4CBWA 4CZFA 4FWKA 1QZ6A 4H0TB 3RSEA 1Y64A 2V7YA 3UE5A 4JD2B 2ZF5O 2D0OA 4DHYA 2P9PA 4BRLA 1KXPA 4PL7A 3FZHA 2DPNA 4CZJA 2E1ZA 1GLCG 3TPQA 3VEVA 1ATRA 3UKUB 4O8KA 3AAQA 2V51B 4J8FA 2GWKA 5F0XA 2ASOA 4QS7A 3KHYA 2V52B 5TKYA 3TU5A 3A8YA 3L0QA 3QFPA 1LOTB 4JHDA 4I6MB 2KHOA 1X3MA 1NGJA 2PBDA 1Z05A 2Q36A 3CI5A 4EHUA 5AQOA 1NGFA 4CZKA 1HPMA 3GOIA 3W3DA 2FSKA 4FWRA 4NB4A 3DWLA 4WQ5C 3R8EA 1S22A 3H3OB 5FPEA 3FFKB 4CJ7A 1MDUB 4GY2B 4DB3A 5KQDA 1RFQA 2IVOA 4BR9A 3U4LA 4BGBA 4F9OA 4FSVA 1SAZA 1YAGA 3MN9A 1HKCA 5AQJA 2QWRA 3UKRB 5AQIA 4WQ4C 1SQKA 2D4WA 2Q31A 2GELA 5FPNA 4QS8A 3FE1A 4H5RA 4BRFA 1G99A 4BRIA 3BF1A 4BR4A 3VEWA 4CZEA 1R59O 3DXKA 3LDNA 4KBOA 3WXKA 4YDUA 3VETA 3RSEB 1HUXA 1QQMA 1E4GT 4JN4A 2IVPA 3OHRA 4IJAA 3O5BA 3VOVA 1KAXA 3LDPA 1YXQA 3H45C 3VF4A 2QWOA 2P9IB 5AQNA 5E26A 4CBXA 2HOEA 5JLHA 4GNIA 1BA0A 2E2OA 3ZEUB 1TUUA 2A41A 1H1VA 3GE1A 3UKUA 1NGBA 1NWKA 2QM1A 5EY4A 4EFHA 4H0YB 5JLFA 4EIAA 4H5VA 5I9EB 4CZLA 1RDWX 1TUYA 3FZLA 4BRGA 5AQYA 2H3GX 3MMVA 4IWVA 5BRHA 4BREA 4CBUA 4BR5A 4I6MA 3ULEB 1LCUA 4BRAA 2BTFA 5EX5A 1NGCA 3IUCA 2Q2RA 1YVNA 3QB0A 3DAWA 2YHWA 4B1ZA 3MN6A 3EL2A 5KPRA 2FLOA 1BG3A 3U9DA 5BPMA 3QICA 2I7PA 3QBWA 5BN8A 3GBTA 2A6AA 3MN7A 2CH6A 2HF3A 3VEYA 3WT0A 2FSJA 3VESA 5ADXH 3UKRA 2F9WA 2PAVA 2QWPA 1BOTO 3HZ6A 2AP1A 1GLDG 5FPDA 2F9TA 2FSNA 2W40A 2E1YA 4K41A 4H5NA 2WUSA 1V4TA 3VERA 2E2QA 2QW9A 3WEEA 1XUPO 4BC4A 3M6GA 3ATVA 1QHAA 2P9IA 3ZETB 3H1QA 1WOQA 3SMPA 2A5XA 5LJWA 3H6EA 3M1FA 3ZEUA 4CZHA 3HTVA 4CZGA 3LDQA 2E2PA 5F1XA 1JCEA 1BUPA 4JNEA 2I7NA 4CD3A 2UYTA 5AZIB 4B1YB 2GEMA 3O8MA 3ULEA 3ZX0A 3CJ1A 1HKGA 2A3ZA 1NGEA 5AQLA 4A62A 1HKBA 1NGDA 4CI6A 3I33A 5AQZA 3VGKA 4CZIA 2CH5A 4RWTA 4IXCA 1QZ5A 3JS6A 2E8AA 2Q1NA 5FPMA 4WYBA 2P9SB 4H0VB 4QS9A 3SLCA 1D4XA 2QXLA 4WQ4A 1KAYA 4H0OA 1BO5O 3AY9A 1MWMA 3J8AA 4IO8A 3ZX3A 3SJHA 3JXUA 1BA1A 3LM9A 3MN5A 4MLHA 3R9PA 1ATNA 4B1WB 2Q0RA 3W0LA 1J6ZA 3O4WA 4O5FA 1JCGA 4K25A 4NO7A 5BRFA 4XH5A 5LY3A 4ISEA 3H46O 3CQYA 3A5LC 1NM1A 3WEEB 3HI0A 1KAZA 3WXLA 5JICA 2YJFA 3LDLA 3QBXA 4BR7A 1ZC6A 4IJNA 1QQNA 4A2BA 5AR0A 3ZETA 5AQMA 3FZKA 3CQXA 4XEIA 2A40A 1DEJA 3FLCO 2ASPA 4M7XA 1XC3A 3AARA 5KPZA 2NRHA 3A5MC 4A61A 4MO4A 2QWQA 4M7YA 4H5TA 5AQTA 1C0GA 3BEXA 2D0PA 5AZIA 3MDQA 1XQSC 4RCHA 4ISGA 1MWKA 3C0BA 3CJAA 5AQRA 1X9JA 4DCHA 3A5NC 3B8AX 4Y0WA 5JMVA 4BRNA 3QDKA 2VWBA 1Z6RA 4FWLA 2D1KA 4BRHA 4FWQA 5AFUA 3CETA 3WQTA 5AQXA 2NLXA 3WUHA 2A42A 4EAHD 2ZWHA 3ENOA 4E1JA 3O6WA 3LDOA 4XH4A 5EOYA 3VGLA 3FZFA 4FO0A 5KPTA 2P9SA 2CGKA 4HWIA 3ID8A 2GWJA 5E84A 3IDHA 4FWNA 3VF6A 2HMPA 3BUZB 5AZJB 2W41A 4BRMA 2HF4A 1SZ2A 3FR0A 4HTLA 4XH1A 3UB5A 4B1UB 2P9NB 1TYQA 4FWOA 4PKIA 2ITMA 3VGMA 2AA4A 1ESVA 3EKSA 4BRKA 5AQQA 5LJVA 2YJEA 2YI1A 2YCHA 5ELZA 3O1BA 3ENHA 1CZAN 2Q0UA 4BQLA 3U9ZA 1NMDA 4ISFA 4JAXA 1NBWA 2FF6A 3M3ZA 3C7NB 1T6CA 1RGIA 1U6ZA 1ZBSA 3VF2A 3VPZA 4BR2A 3H1VX 1DGKN 5AQHA 2QWNA 3FZMA 3VEZA 3DXMB 4MO5A 4FOIA 1NGHA 2ASMA 3G25A 3EO3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJCA 3SV4A 4AM6A 4JRPA 4H4OA 3L2UA 2B3CA 4WQ5A 5CY4A 1NK0A 1W0HA 2JLEA 5HRNA 5CZ1A 1DKGD 1NRAA 1WUAA 1BDGA 3R2VA 4RG8A 3F73A 1OKJA 1YVUA 1BIUA 4M63C 2P1JA 4CHQA 4OLBA 1SL1A 3O08A 1S1TA 2XRIA 4AQYK 3AA5X 1HYSA 2HNDA 5AZJA 3D2EB 1DJTA 4IKFA 1NKBA 4FPAA 3ISNC 4FJMA 4H0XB 3I8BA 3CHWA 2LY5A 3C6HA 3MWTA 3D2FB 2KTQA 1HX1A 2VYPA 3HL8A 2IGIA 2DY4A 1TV6A 4FWMA 4BRCA 4DF8A 2A7TA 1JZAA 3PX0A 4KKOA 1RTIA 4FZYA 1P8ZA 1RBUA 5A2QO 1JZBA 3C7NA 4C23A 3THYA 4CJEA 5AQVA 4AHTA 1VRTA 1E4FT 3H3NO 3N4PA 4YOVA 3SCXA 3CJ7A 4Y1DA 4B8CA 4E72A 3F9KA 4CEDA 4ZHRA 3O1WA 1ZXOA 1ZBLA 2CGLA 1A5WA 1VQ7N 4NCGA 3QIOA 3U8XA 3L4IA 1U2VA 1MYNA 3D6RA 3KLIA 1ZYQA 4ILGB 1X3NA 4DV5K 2E2NA 5HRSA 2RPIA 4B9SA 1B7DA 2VWKA 3ZCMA 1K8KA 3VEOA 1IG8A 3CCSN 1RTHA 4JHDB 3L8BA 4B9TA 1N8RO 4Z0UA 3J7ZO 4BRDA 1GLBG 3NH0A 3OYKA 4UAFE 4O0JA 5BR8K 2NRRA 2OTLN 2EWSA 3K5MA 2YIOA 3KOXA 1Q7YO 3D45A 3QEIA 1HRHA 2CGJA 2FBVA 3MCPA 3IFRA 1BQMA 5AQSA 1C1AA 3SK3A 1NGIA 4JI2K 1BWFO 3CCQN 3BF3A 3VQ8A 3TAPA 1T44A 3AVGA 1YITN 4AM7A 1GLFO 3CCUN 4B9LA 2KSKA 4NYFA 1S9GA 1HNIA 3AAPA 4BG9A 1C0TA 4CZFA 3DMJA 3ZYYX 3PIPL 1Y64A 5M1KA 1U47A 4KYPA 1KFDA 4B9MA 1LWCA 2ZF5O 3E7UX 1XWLA 5M1PA 5M1QA 2F7TA 4PL7A 3FZHA 2A1SA 2DPNA 4CZJA 2BANA 3RWUA 2E1ZA 1GLCG 1ATRA 3KOZA 3K57A 2BDPA 3RTVA 4KRFA 2AJQA 4IEIA 5JS2A 2V52B 5TKYA 2QTDA 3TU5A 3A8YA 3IS9A 3QFPA 3CFPA 1Z25A 1TGOA 1VSKA 4CGGA 1NGJA 4C8NA 4EHUA 5AQOA 1WSEA 3THXA 1OH6A 4CZKA 1TK5A 1HPMA 4WQ5C 3TAMA 3G4SN 4KTQA 4WFNL 3H3OB 1GPSA 1L3VA 2ZQBA 4GV9A 1LW2A 2RF2A 1KQSM 2OCEA 4FJXA 4HUFA 1OH7A 1SN4A 2D56A 4F9OA 4FJ7A 4KTZA 3KC6A 2FC0A 3NH1A 5AQJA 2QWRA 1XRSB 3E9LA 3OYIA 2P51A 4DQIA 1YJNN 3L2RA 3ZSVA 2Q31A 4CJ5A 1VNAA 4BRIA 4I9QA 4CZEA 1YJWN 3DXKA 4KBOA 4IFVA 3VETA 1HUXA 3DRPA 2IVPA 3OHRA 3LALA 3LDPA 3WNGA 2KFNA 3H45C 3VF4A 3DM2A 2QWOA 1I3AA 1FH3A 1LW0A 4ELVA 3AVNA 4GNIA 2NRWA 4DKWA 3HOSA 4MFBA 2WTUA 4FVMA 4QAGA 4OGEA 4W5TA 1RILA 2VGNA 1BHLA 4H5VA 2LSNA 1NKEA 3KLHA 4KI4A 4CJ4A 5KRTA 1RDWX 4BRGA 2NRZA 4BREA 4DU3A 3R1XA 1W9HA 3HM9A 3NBPA 3KOYA 4YFUA 3TAQA 3PLAA 1LCUA 4BRAA 2BTFA 2Q2RA 1NGCA 3IUCA 4Q0BA 4B1ZA 2HSTA 3EL2A 1WN7A 4Z4HA 2D0BA 5GAEP 4BE1A 3MWPA 1FXXA 3CQ8A 3S3OA 1IBKK 4DV6K 4UY8O 4JI8K 3MN7A 3LWLA 2CH6A 1NK6A 2BH1A 3S5TA 1NJWA 2KFZA 3UKRA 3KK7A 2QWPA 4FJKA 3HZ6A 4DV1K 4X65K 2F9TA 2FSNA 1JKHA 3ZT4A 1YT3A 1N34K 1NK7A 1RT2A 3VERA 2E2QA 3RR8A 4CJKA 4LH4A 2QW9A 3WEEA 4YOWA 3K9KA 4JK8A 3LP3A 3ATVA 1QHAA 2P9IA 4CJSA 1BCOA 1NRBA 3ASMA 4FJGA 3ZEUA 4ZTJA 3HTVA 2PYJA 2ZJPL 4NYNA 1E3MA 4PA1A 4A5BA 1ZUTA 4IBNA 2UYTA 5AZIB 3DI6A 2GEMA 2OA8A 4DSFA 1JLQA 3ULEA 4DSLA 2F96A 3CJ1A 4OJRA 1N5YA 3OBWA 4LF4K 1HKBA 2KZMA 4CF2A 4KB0A 4PHTX 3I33A 1GOAA 1VSJA 4CZIA 4CJPA 2EHGA 4NLCA 3TAEA 4OGCA 1WSFA 1QZ5A 4FW2A 2LR3A 2UUCK 4ICLA 3VQCA 4CHZA 5FPMA 1TVRA 4WQ4A 1C56A 1L3SA 3J8AA 4JKEA 3CCMN 1G15A 3V4IA 2OPRA 1LV5A 4QOZB 4JS5A 1X9SA 3SBTA 3KOWA 3R9PA 1ATNA 3LANA 3KIOA 3RMCA 1JCGA 4K25A 4KV8A 3QETA 1L4VA 3H46O 4CHOA 3WEEB 1I6FA 3SQ4A 1K8BA 4DTMA 2YJFA 4C8OA 5M1NA 4BR7A 4KPYA 2QKBA 3SUQA 1QQNA 3QESA 1P00A 5AQMA 3LAMA 3EZ5A 1ICAA 2O8CA 2KYQA 1DEJA 3DYAA 2ASPA 1FJGK 1XC3A 2O8BA 5KPZA 1ZBFA 1QSYA 3NVMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CJC A;  3SV4 A;  4AM6 A;  4JRP A;  4H4O A;  3L2U A;  2B3C A;  4WQ5 A;  5CY4 A;  1NK0 A;  1W0H A;  2JLE A;  5HRN A;  5CZ1 A;  1DKG D;  1NRA A;  1WUA A;  1BDG A;  3R2V A;  4RG8 A;  3F73 A;  1OKJ A;  1YVU A;  1BIU A;  4M63 C;  2P1J A;  4CHQ A;  4OLB A;  1SL1 A;  3O08 A;  1S1T A;  2XRI A;  4AQY K;  3AA5 X;  1HYS A;  2HND A;  5AZJ A;  3D2E B;  1DJT A;  4IKF A;  1NKB A;  4FPA A;  3ISN C;  4FJM A;  4H0X B;  3I8B A;  3CHW A;  2LY5 A;  3C6H A;  3MWT A;  3D2F B;  2KTQ A;  1HX1 A;  2VYP A;  3HL8 A;  2IGI A;  2DY4 A;  1TV6 A;  4FWM A;  4BRC A;  4DF8 A;  2A7T A;  1JZA A;  3PX0 A;  4KKO A;  1RTI A;  4FZY A;  1P8Z A;  1RBU A;  5A2Q O;  1JZB A;  3C7N A;  4C23 A;  3THY A;  4CJE A;  5AQV A;  4AHT A;  1VRT A;  1E4F T;  3H3N O;  3N4P A;  4YOV A;  3SCX A;  3CJ7 A;  4Y1D A;  4B8C A;  4E72 A;  3F9K A;  4CED A;  4ZHR A;  3O1W A;  1ZXO A;  1ZBL A;  2CGL A;  1A5W A;  1VQ7 N;  4NCG A;  3QIO A;  3U8X A;  3L4I A;  1U2V A;  1MYN A;  3D6R A;  3KLI A;  1ZYQ A;  4ILG B;  1X3N A;  4DV5 K;  2E2N A;  5HRS A;  2RPI A;  4B9S A; 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