3LDOA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amppnp
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldoA04
3A5OC 1T44A 4BRKA 4WQ4C 4JN4A 4PKGA 2H3GX 3DAWA 4HTLA 1BWFO 2E2QA 3ENOA 1NMDA 3WXLA 3VEZA 4CZKA 4K25A 1GLCG 1G99A 1R59O 3AAQA 3SJHA 1RFQA 3HZ6A 3GG4A 1KAYA 4JNEA 2PAVA 3EO3A 3HI0A 3H3NO 2Q2RA 5BRDA 3O1BA 3GOIA 1GLJO 1LCUA 4H0PA 2P9UB 4LC9B 3WQUA 3DXKB 2CH5A 5JLFA 1U2VA 3CERA 5ADXH 2P9NA 3A5MC 5FPDA 3GDQA 2A3ZA 4H5WA 2F9TA 4BREA 4FWPA 2QW9A 4CZMA 4AM7A 1NGBA 2GWJA 3FZFA 4BRDA 3EL2A 4QS9A 2QXLA 3LL3A 1JCGA 3SMSA 2ASOA 4IXCA 3L4IA 3GL1A 3H6EA 3QDKA 2ZWHA 3KHYA 4H5VA 4CBXA 5KPZA 4BRGA 4DCHA 2QWPA 4CZFA 2QM1A 5AQXA 5AQNA 3M1FA 4CI6A 2P9LA 3OHRA 3TPQA 5FPNA 3CIPA 5AQLA 1SQKA 4GY2B 4CZLA 1HLUA 3VEXA 3CETA 1NBWA 3BF1A 4PKIA 2BUPA 5AFUH 1BO5O 2P9UA 2IVNA 3O6WA 3H45C 4JAXA 5AQYA 3DXKA 1BOTO 2FSKA 1J6ZA 2E1ZA 2V7ZA 3I8BA 3VEYA 2QWRA 1GLBG 1NGIA 1HX1A 3FZKA 4H5TA 4EHUA 3DJCA 2E2PA 3QBXA 5BPMA 2BTFA 4I6MB 2OANA 3A5NC 1IJJA 4A62A 1X9JA 4Z94A 5BPLA 2YHWA 3IDHA 4CJ7A 3P4IA 4C23A 3VETA 3J8AA 4B1YB 4BRFA 3AAPA 4EAHD 3A0IX 5AQVA 2D0OA 2AP1A 3EKUA 1MA9B 1NLVA 1NGGA 1QQOA 1KAXA 5BPNA 5FPMA 1XQSC 3WUHA 2D0PA 3DXMB 1NGJA 4FWLA 4CZHA 3O80A 2ASPA 1GLLO 2QWLA 2HMPA 3W3DA 1T6CA 1YVNA 1E4GT 3ENHA 3SK3A 2IIRA 2Q0UA 4BRCA 3EKSA 5JMVA 1KXPA 5AQMA 3ULEB 4O5FA 4BG8A 4JD2A 1H1VA 3UKRB 5EX5A 3F9MA 1JCEA 3WEEB 3WXIA 2IVPA 4J8FA 1Q18A 4IO8A 5AZIB 3JS6A 1HPMA 3EN9A 5AQSA 3B8AX 3A8YA 4I6MA 2E2OA 4MO4A 4CBWA 4RCHA 3I33A 1LOTB 2WUSA 4CBUA 3VGLA 4NO7A 2Q0RA 1KAZA 1BUPA 4DHYA 1HUXA 4K43A 4BQLA 1DGKN 3QB0A 3DXMA 5EVZA 2YHYA 4BR9A 1Z6RA 3CJ7A 2FF6A 2P9PA 3D2EA 4FWRA 4B1VA 1U6ZA 4HWIA 2KHOA 5AQRA 2ZF5O 5E84A 4IZ9A 3U9DA 3CQXA 4WYBA 3LDPA 2Q36A 3ULEA 2Q97A 3L6QA 3VENA 2E20A 4WQ5A 3WEEA 2ZGYA 2VYPA 3VESA 3O08A 5AZIA 5AR0A 2P9SB 1E4FT 3CJ1A 4BROA 5EY4A 1ZBSA 3QBWA 3O4WA 1NM1A 2P9IB 2FSNA 1YXQA 5I9EB 3TU5A 3GBTA 3CJBA 4BR7A 3FR0A 4K41A 3M6GA 3KVGA 2FSJA 1NGEA 1ATNA 4CD1A 3VEWA 5JLHA 3HSCA 3FFKB 3MMVA 4H0OA 3ZX0A 1C0GA 4AM6A 3FZHA 5AQIA 3ATUA 3UKUB 4CZJA 4BC3A 4FWOA 4EHTA 4BRIA 1TUUA 3MN6A 3FE1A 3GE1A 5AZJB 1X3NA 1XUPO 3BEXA 1JCFA 5AQZA 3JXUA 4BRAA 4RWTA 1NGFA 3D2FB 3R9PA 3ZEUB 3U9ZA 3LDQA 4BRQA 2V51B 1Y64A 5AQGA 3U4LA 4H5RA 5BRHA 4H0VB 4XH5A 3G25A 4XEIA 1X3MA 2P9SA 5F1XA 3R8EA 5KPTA 1GLAG 2I7NA 1ATRA 1SZ2A 2P9IA 2HF3A 4XH1A 4BRPA 1K8KB 2GWKA 4B9QA 4MLHA 3VF6A 1C0FA 3ZX2A 4ISEA 5B8HA 3W0LA 2E88A 4BGBA 1SAZA 5JICA 2QWOA 1D4XA 2NRHA 4IWVA 4BR0A 4A61A 5F0XA 3LDOA 3IUCA 1HKBA 3WXJA 3CJCA 3UKUA 3CJAA 1BU6O 1DEJA 1HJOA 3SLCA 1CZAN 1QHAA 1QZ5A 5AZJA 3AARA 2Q31A 2J4RA 3LDNA 1P8ZA 1V4TA 4JHDB 2YJEA 2E1YA 3D2FA 3ZEUA 4L3QA 4BRLA 5FPEA 4BR2A 1IG8A 2F9WA 2QWMA 2YJFA 2CH6A 5AQQA 2YCHA 2A40A 3UB5A 3AY9A 1T6DA 2FXUA 1NGDA 1MWKA 1TUYA 4BC5A 2P9NB 1K8KA 3BF3A 4BVOA 5LJWA 1BG3A 2A41A 3LM9A 4FOIA 3WT0A 4BQZA 2UYTA 2VCPA 3O8MA 4BR5A 4CZIA 1XC3A 2V7YA 3H3OB 3FZMA 2D1KA 3IMXA 4H0TB 3U8XA 3WQTA 4CD3A 4GNIA 4NB4A 4FO0A 1BDGA 5AQPA 3ATVA 1NGCA 2P9KB 2YHXA 3MN7A 4M63C 4B1UB 3S41A 4WQ4A 4RTFD 4DQ8A 3QFPA 3MK6A 1Z05A 4IJAA 4WQ5C 3UKRA 3UE5A 4BRMA 4FL9A 4M7XA 5E26A 2P9LB 4JHDA 1RDWX 2NLXA 4YDUC 5TKYA 4YDUA 4FOEA 2A42A 1HKCA 4MO5A 3FGUA 5BN9A 4FPAA 4FPBA 3VEOA 3D7EO 3VOVA 2D4WA 1S22A 2EWSA 4XH4A 2E8AA 4FWKA 4FWMA 4Y0WA 3ZX3A 3QFUA 1ESVA 4KBOA 3H1VX 4BRNA 5F2RA 3VEVA 4PKHA 4EIAA 3VGKA 5AQTA 2IVOA 5AQJA 3SMPA 1DKGD 3QMLA 5ADXA 2V52B 4PL7A 1TYQB 1ZXOA 4BVPA 1YAGA 2W40A 2YI1A 3ZETB 2HF4A 2W41A 1NGHA 2P9KA 2QWNA 2ITMA 3VPZA 4MLEA 3EZWA 5BREA 1ATSA 4QS8A 4ISFA 5CE3A 3IFRA 2GELA 3H46O 2VWBA 3KZBA 5KPRA 2GUPA 4BGAA 4EFHA 3VF2A 4BC2A 3M3ZA 1GLDG 2CGLA 5AQUA 3FLCO 3A5LC 1HKGA 3RSEB 5AQFA 2E2NA 2I7PA 3QICA 3FZLA 4FWNA 3DWLA 3C7NB 5KQ8A 4BR4A 4BG9A 4O8KA 2GEMA 4JD2B 4H0YB 1NWKA 4K42A 5EOYA 4E1JA 2A5XA 1QZ6A 2ASMA 1GLFO 2GTDA 5AFUA 1MDUB 1QQNA 4B1XB 1RGIA 3BP8A 5AQOA 4FWQA 3CI5A 4ISGA 2FF3B 5LY3A 1TYQA 5BR9A 3CHWA 4PL8A 1V4SA 3CJ9A 5BN8A 3ZETA 4BRHA 3H1QA 4FWSA 4CZGA 5AQHA 4F9OA 4FSVA 4A2AA 4M7YA 5LJVA 3MCPA 4QS7A 2Q1NA 2NZTA 5AQWA 4H03B 5EXWA 1MWMA 2A6AA 3CQYA 2PBDA 5KQDA 4IJNA 3R6MA 2ZGZA 4DB3A 1WUAA 3D2EB 2P9PB 3C0BA 3MN9A 5BRFA 1BA0A 3O1WA 1NGAA 3HTVA 2CGJA 4H0XB 1OKJA 1U2VB 3RSEA 2DPNA 3ID8A 3MDQA 3C7NA 4CZEA 1S3XA 1BA1A 2CGKA 3VGMA 1WOQA 3BUZB 3VF4A 1QQMA 5AQKA 1ZC6A 3O5BA 5ELZA 3VERA 3HM8A 4B1WB 2AA4A 1EQYA 1GLEG 4H5NA 3HBTA 2QWQA 3LM2A 2HOEA 1YUWA 3WXKA 4BC4A 2FLOA 4B1ZA 3LDLA 4A2BA 3MN5A 3L0QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1NA 3MEEA 4WQ4C 1L5UA 2GX9A 1VQLN 4HTLA 2E2QA 4YNQA 1HJRA 4K25A 1Z25A 3CFPA 1R59O 4LFBK 3HZ6A 3RMDA 3GG4A 2YX6A 2PAVA 2QXFA 3H08A 1EXQA 4H0PA 1X9WA 5LMUK 2YEOA 1LQIA 2KSKA 3OYFA 4Y1CA 3K5NA 3I0RA 2P9NA 2P1JA 3A5MC 4JK7A 3GDQA 4H5WA 2F9TA 4OPHA 2E4LA 4FJJA 2GWJA 4E1NA 1NJIO 2UU9K 4BRDA 3JSMA 4FJGA 4ZTJA 3EE8A 3IAYA 3LL3A 1JCGA 3PLAA 3SMSA 3CYMA 2JDQD 2ASOA 4Z4FA 3AVAA 4IXCA 4CIEA 4DMNA 4Q5VA 3GL1A 3H6EA 1DTQA 1VQ9N 3QDKA 1ZU3A 4DFKA 2O8CA 4BRGA 4DCHA 5AQNA 2FBTA 4C8LA 4GKJK 5FRMA 1J9AA 3T1YK 3R1XA 4DTUA 3NAEA 3LALA 3OHRA 3WXMB 4CHQA 3V1QA 5FPNA 2Z1IA 3KTQA 1KV0A 3CIPA 5AQLA 5HL7L 4M3TA 1NBWA 3BF1A 2BUPA 3VQ6A 2P9UA 2IVNA 5E41A 1JL1A 2KBJA 4JAXA 1DJTA 5T7BA 4JI7K 1BOTO 2FSKA 3AA5X 4J2AA 1WAJA 1RT6A 3OY9A 1G15A 1GLBG 3NDKA 1JLEA 4IFYA 1ZBLA 4CJVA 3E66A 1W7AA 4I6MB 3SI6A 4A62A 1IKWA 3ZYYX 3SJJA 4B9LA 2UXDK 1S1WA 5M1KA 3VQ5A 1VQMN 3J8AA 4DR3K 4EAHD 2DTUA 5AQVA 3ZSZA 2UUAK 3OYDA 1NGGA 1QQOA 2NY8X 3CD6N 1RT1A 1NK6A 3KKRA 1NGJA 4FWLA 3KK2A 4CF1A 4JI0K 1GLLO 3F5TA 1C0MA 1J53A 1T6CA 4OPAA 4DSEA 1T7EA 1B92A 4BRCA 3EKSA 5JMVA 1IV0A 1SV5A 2O4GA 1I6FA 1KXPA 3ULEB 3TTCA 3WXIA 3WEEB 1JCEA 5AZIB 2A7TA 3EN9A 3AVBA 1VQ5N 1LWEA 2E2OA 4MO4A 4UADE 3T1HK 4HUEA 1OH8A 3TTDA 4E89A 3ZSOA 1XNRK 4CBUA 2Q0RA 1WAFA 1KAZA 4CECA 3LWMA 3P1GA 2D0CA 1HUXA 3ULDA 4DSJA 1HMVA 4BQLA 3QB0A 3PSFA 5EVZA 2LN8A 1Z6RA 3CJ7A 1BI4A 3D2EA 4B1VA 4FVUA 4CHYA 1U6ZA 4HWIA 2KHOA 3N4QA 3TTFA 1PTXA 5J2MA 5GAHP 1UAXA 4IO9L 4KTZA 4KHSA 3CQXA 2B6AA 1U48A 3LDPA 1ZYVA 1N33K 4N5SA 4A5AA 2VYPA 1HNXK 4KPYA 2P51A 3VQBA 5EY4A 3CMAN 4CEBA 3M8SA 4FK0A 3TANA 2NRVA 3FR0A 3CPEA 1EP4A 1YJ9N 4M3XA 3KWGA 3G71N 3L8BA 3KVGA 3AO2A 4ELVA 3L2WA 1NGEA 1JXEA 4CD1A 2O8FB 2I61A 1J54A 1C0GA 1NJYA 1Q82O 5AQIA 3ATUA 1WNSA 4CZJA 3VQ4A 4JS5A 2G8VA 4OLAA 2HW3A 2C1GA 2WTUA 4ICLA 4DSKA 1KLMA 1XUPO 3BEXA 3JXUA 1NGFA 1X9SA 4FJNA 3D2FB 3R9PA 5TKWA 3ZSYA 3DRRA 3U4LA 3MXIA 3NGYA 2QTDA 5BRHA 2O8BB 1VSKA 4KTWA 1JL2A 4CHPA 1IBLK 1NMNA 2LJMA 3AGRA 5KPTA 1VQ4N 3V9UA 1SZ2A 3AO5A 4BRPA 5MLCQ 3DLEA 3AVKA 2M8BB 2KQ2A 2YNGA 3QIOA 1WBBA 5HRNA 3LPTA 4NYNA 2YNHA 2NRWA 2QWOA 4KFBA 4BE2A 4M3WA 2G8FA 3I55N 3SUQA 1SL0A 4BR0A 4A61A 1I3AA 1HKBA 4B9SA 3WXJA 2F7TA 3LP1A 4BE7B 2HMIA 3UKUA 5KGWA 3MXMA 3HVTA 4YORA 1BU6O 1DEJA 1HPZA 1XI1A 5AZJA 1C0TA 4KV8A 2J4RA 3LDNA 1V4TA 2KW4A 5H1SQ 3S5TA 1RDBA 3ZEUA 1IG8A 2HVHA 5LL6Z 4IOAL 1PE4A 3KHWA 2D56A 3UB5A 3DLBA 3RRGA 3AY9A 4BWMA 3DRSA 1MWKA 1LW0A 1B7DA 3EY1A 1SS6A 1KFDA 1K8KA 2D0AA 3VQEA 1IKVA 4GMJB 5M1PA 2A41A 1TKXA 3C6HA 4BQZA 3CFOA 4UJ0A 3VTIA 2V7YA 1C56A 2D1KA 3IMXA 1NE5A 3RMAA 4JI5K 4DQIA 1EO1A 4FO0A 4DR7K 1NGCA 2P9KB 4OKJA 2YHXA 1TKZA 2ZD1A 4KHWA 4M63C 4A5BA 4B9UA 2FBXA 4E0DA 1FH3A 3DOKA 4HE7A 3CW4A 1S1VA 2BRZA 3UE5A 3KP0A 1CXUA 4NLBA 1RDWX 4DV2K 2NLXA 1A5XA 4YDUC 4FJHA 1NKCA 4FOEA 1HKCA 4K8ZA 4FPBA 3VOVA 2F96A 1S22A 2EWSA 5BR8K 3KIOA 1RTJA 5C24A 1YF5L 1RDUA 5CR4A 1UA0A 1CZBA 4M3RA 3CC7N 2VG6A 2HVIA 4KYPA 1RTIA 2RPIA 4PKHA 4EIAA 1LAVA 4F2SA 5AQTA 3SQ4A 4IDHA 3SMPA 4CIGA 4PWDA 2JLEA 1ZYWA 4CGIA 4DV5K 2IAJA 3SQ2A 1WLJA 4OJRA 3DMJA 2QWNA 1OZZA 4CJWA 3LAKA 3L2RA 5BREA 1NNEA 1ATSA 3RWUA 1S5JA 1R0AA 3H46O 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5M1N A;  3MEE A;  4WQ4 C;  1L5U A;  2GX9 A;  1VQL N;  4HTL A;  2E2Q A;  4YNQ A;  1HJR A;  4K25 A;  1Z25 A;  3CFP A;  1R59 O;  4LFB K;  3HZ6 A;  3RMD A;  3GG4 A;  2YX6 A;  2PAV A;  2QXF A;  3H08 A;  1EXQ A;  4H0P A;  1X9W A;  5LMU K;  2YEO A;  1LQI A;  2KSK A;  3OYF A;  4Y1C A;  3K5N A;  3I0R A;  2P9N A;  2P1J A;  3A5M C;  4JK7 A;  3GDQ A;  4H5W A;  2F9T A;  4OPH A;  2E4L A;  4FJJ A;  2GWJ A;  4E1N A;  1NJI O;  2UU9 K;  4BRD A;  3JSM A;  4FJG A;  4ZTJ A;  3EE8 A;  3IAY A;  3LL3 A;  1JCG A;  3PLA A;  3SMS A;  3CYM A;  2JDQ D;  2ASO A;  4Z4F A;  3AVA A;  4IXC A;  4CIE A;  4DMN A;  4Q5V A;  3GL1 A;  3H6E A;  1DTQ A;  1VQ9 N;  3QDK A;  1ZU3 A;  4DFK A;  2O8C A;  4BRG A;  4DCH A;  5AQN A;  2FBT A;  4C8L A;  4GKJ K;  5FRM A;  1J9A A;  3T1Y K;  3R1X A;  4DTU A;  3NAE A;  3LAL A;  3OHR A;  3WXM B;  4CHQ A;  3V1Q A;  5FPN A;  2Z1I A;  3KTQ A;  1KV0 A;  3CIP A;  5AQL A;  5HL7 L;  4M3T A;  1NBW A;  3BF1 A;  2BUP A;  3VQ6 A;  2P9U A;  2IVN A;  5E41 A;  1JL1 A;  2KBJ A;  4JAX A;  1DJT A;  5T7B A;  4JI7 K; 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