3LDOA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amppnp
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 113
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldoA04
4BR7A 3EO3A 3CQXA 3SJHA 5B8HA 4BG9A 3AY9A 2QWNA 4FOEA 5AQNA 2E2QA 2F9WA 2NZTA 3DWLA 4CZIA 4FPBA 5AQSA 3O1WA 2IIRA 2HMPA 2FF6A 3MDQA 3VGMA 5EVZA 1IG8A 3WQUA 2CH6A 3EKSA 2W40A 3H46O 2NRHA 3O6WA 3LDPA 5JLFA 2V7YA 3D7EO 2PAVA 2ITMA 2A5XA 1BDGA 2IVOA 1WUAA 4O5FA 5AFUA 3GOIA 3VENA 4YDUA 3IFRA 2WUSA 4PL8A 2IVPA 1NGIA 4B1WB 3SMPA 1T6CA 1HPMA 4JD2B 2YHWA 3ZX0A 3L6QA 3VEZA 3BUZB 2ZGZA 2W41A 3CJCA 3MK6A 3ZEUA 4IXCA 4BC4A 5FPDA 2ASPA 4BRPA 3CHWA 3MMVA 4BR0A 3LM9A 1HKCA 3H1VX 2IVNA 1S22A 4ISEA 1C0FA 1CZAN 1ZBSA 2A6AA 3AAPA 4H0TB 4DHYA 2V7ZA 1G99A 3MN9A 1X3NA 4FWKA 4PKIA 4BC2A 4BRLA 3U8XA 2CGKA 1HLUA 3WXKA 2GWJA 1TUYA 4WQ5C 5ADXA 2QM1A 2I7PA 4CJ7A 2I7NA 3FE1A 4CBWA 1XC3A 4FSVA 4B1VA 2A40A 2YCHA 2CGJA 4A2AA 1GLDG 4RCHA 4LC9B 3ID8A 4CZGA 2P9LA 3LDNA 4H0VB 4J8FA 4H5VA 3BF3A 2CGLA 2GELA 4K25A 1WOQA 1U2VA 1K8KA 3FZLA 4K41A 5FPNA 1MWMA 1NGHA 4H0OA 4AM7A 5KPRA 1KXPA 4I6MB 5E26A 5LJVA 2ASMA 3ZX3A 5AQGA 3MN5A 2OANA 1NGAA 3FFKB 5EY4A 3H45C 3HSCA 2QWMA 4BRAA 4H5TA 4CZMA 3MN6A 3ZETA 3F9MA 3IDHA 1QQOA 4BGBA 2FF3B 3CI5A 2E20A 2Q0UA 3GE1A 3VGLA 4BGAA 2DPNA 5AQUA 3ATVA 5BPMA 3BEXA 1MDUB 3FR0A 5BREA 1KAXA 1J6ZA 1E4FT 3WT0A 4WQ5A 5F1XA 2P9PB 4GY2B 2ZWHA 3CJBA 2HOEA 4FWNA 4CD3A 3ENHA 4BRKA 3KHYA 4FL9A 4CI6A 5AQVA 4IJNA 2E2OA 2Q97A 4NO7A 3G25A 3HZ6A 5BRFA 4FWMA 3SK3A 1JCFA 3WXIA 4F9OA 4CZJA 5ADXH 4IO8A 3MCPA 3VF2A 4BG8A 4WQ4C 1NLVA 4BR9A 3A5MC 3R8EA 4BRGA 1ATNA 4BC3A 1TYQA 3S41A 1NGGA 2P9SA 1NGJA 1Y64A 3A5LC 1RDWX 1X3MA 3UB5A 1D4XA 4H03B 3QB0A 5LJWA 3LDOA 4M63C 1NGDA 3OHRA 3R6MA 3IUCA 4B1UB 1HUXA 4BRQA 3H1QA 4IJAA 1BO5O 3HTVA 3ZEUB 1HKGA 3EKUA 2D0PA 1BUPA 2FLOA 3WUHA 1SQKA 1NGBA 3VF6A 3LL3A 4RWTA 4GNIA 5JLHA 3LDLA 3SLCA 3M1FA 3QDKA 4FWRA 3O1BA 4BR4A 3J8AA 5I9EB 1E4GT 3ZX2A 1H1VA 2NLXA 3H3NO 1JCEA 3SMSA 3QICA 1Z6RA 4MLHA 3O4WA 5CE3A 1QQMA 4IWVA 3DXKB 3RSEA 4B1ZA 4O8KA 3R9PA 1GLCG 3VERA 3EZWA 5BR9A 3L0QA 1DGKN 2P9LB 4BRFA 3UKRA 3DXKA 4XEIA 4EHUA 1RFQA 3DXMA 4EFHA 5AQPA 1QHAA 1NBWA 2D4WA 3FZKA 4JHDA 4BRMA 4C23A 4DCHA 4WQ4A 1ATRA 5AQIA 1EQYA 5AQLA 1U2VB 1K8KB 3W0LA 3CJ9A 2E2PA 4RTFD 2GWKA 2KHOA 1BWFO 2VYPA 3LM2A 3VESA 5AQJA 1NM1A 1Q18A 3ENOA 3C7NA 1QZ5A 3DJCA 4CZKA 2QWRA 2J4RA 4MO5A 1MWKA 4PKHA 2CH5A 3CIPA 3ZETB 3IMXA 4XH1A 4BRHA 3CJ1A 2Q1NA 4CZHA 4EAHD 1OKJA 1X9JA 1GLBG 2YHYA 4BC5A 2A41A 4PL7A 5AQKA 4BRIA 4B9QA 4CBXA 3FZHA 1BA1A 2Q2RA 4FWLA 3AARA 3D2FA 3FZFA 2FSJA 2GTDA 3B8AX 4XH5A 3GL1A 3L4IA 5AFUH 4BR2A 5KPZA 2BUPA 2YJFA 4CD1A 2GEMA 3CJAA 3UE5A 3A0IX 4PKGA 1ZXOA 3QBXA 3WEEA 4QS9A 4M7YA 3BP8A 3CETA 3WQTA 5AZIB 4YDUC 1HKBA 4HWIA 4DB3A 3JS6A 1ZC6A 4BRNA 1T44A 5AZJB 1RGIA 3H3OB 4BQLA 1DKGD 3D2EA 5KQ8A 1V4SA 5AQFA 3HI0A 3VEWA 1GLFO 4BROA 3VEVA 5AQYA 5BPLA 5AZIA 3M6GA 2AP1A 3W3DA 5AQRA 4JNEA 5AQWA 5AZJA 3BF1A 2P9NA 5FPEA 3DAWA 5EXWA 4Z94A 1NGEA 1TYQB 3EL2A 2P9SB 4Y0WA 4B1XB 1QQNA 1XQSC 3M3ZA 4FPAA 2ASOA 3VPZA 3O80A 5FPMA 1ATSA 1GLAG 2YHXA 1KAYA 1LCUA 4FO0A 4AM6A 4BREA 1NGFA 2YJEA 2F9TA 5AQQA 3ULEA 4H5NA 4A2BA 2A3ZA 3FZMA 5F2RA 4M7XA 2E2NA 2P9IA 3VEOA 2BTFA 2A42A 1P8ZA 1R59O 2Q0RA 2P9UA 4MLEA 1YAGA 5AQXA 1BG3A 3U9DA 1GLEG 4HTLA 5AR0A 5ELZA 3QFPA 5JMVA 3GBTA 1DEJA 5BPNA 5KPTA 2FSKA 3I33A 3VF4A 3RSEB 4JAXA 4KBOA 1YVNA 3C0BA 1BA0A 1XUPO 1TUUA 5BRDA 3FGUA 2QW9A 3H6EA 4H5WA 4B1YB 5BN9A 2Q31A 3UKRB 2PBDA 2QWPA 4H0XB 3UKUB 3TPQA 3DXMB 3ATUA 5EX5A 3EN9A 4JHDB 5KQDA 3TU5A 2D0OA 5AQTA 2QWLA 1MA9B 4ISGA 3GDQA 3VETA 1V4TA 2GUPA 3UKUA 3JXUA 1SAZA 4JD2A 1BU6O 1NMDA 5AQZA 3O08A 2E1YA 4CZEA 2HF3A 4E1JA 2YI1A 1Z05A 3C7NB 2FXUA 2FSNA 4ISFA 3VEYA 5E84A 2HF4A 5F0XA 4FWQA 2ZGYA 2E88A 2E1ZA 4EIAA 1IJJA 3WXLA 5BRHA 3U9ZA 1C0GA 4JN4A 2E8AA 3D2FB 2EWSA 4QS7A 5JICA 3QBWA 3A5NC 4H0PA 1KAZA 2Q36A 1T6DA 3O5BA 1SZ2A 1GLJO 3QFUA 4BRCA 3MN7A 5AQHA 3O8MA 4CZLA 4H0YB 3VEXA 4DQ8A 4A61A 3FLCO 4XH4A 3WEEB 2V51B 3U4LA 3HM8A 2VCPA 4QS8A 1NWKA 4H5RA 5BN8A 2H3GX 1U6ZA 2P9KB 4CBUA 3D2EB 2VWBA 1HX1A 2QWOA 2ZF5O 3P4IA 5TKYA 4FWOA 1YUWA 1S3XA 2QXLA 2UYTA 3I8BA 4MO4A 4I6MA 4K43A 3VOVA 4BVOA 4BR5A 2P9NB 2P9KA 3GG4A 1GLLO 2V52B 4FWPA 1LOTB 3CJ7A 4CZFA 3HBTA 3LDQA 3KZBA 2QWQA 1NGCA 4WYBA 3WXJA 3CQYA 4NB4A 1BOTO 3VGKA 4BQZA 4BRDA 1JCGA 3CERA 1ESVA 4IZ9A 3KVGA 5AQOA 4L3QA 2D1KA 4BVPA 4K42A 5LY3A 2AA4A 4A62A 4EHTA 3ULEB 1QZ6A 1YXQA 4FOIA 2P9IB 3A8YA 5EOYA 4FWSA 3AAQA 3QMLA 2P9PA 5AQMA 2P9UB 3A5OC 1HJOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI4K 4G1QA 2B5JA 2VGMA 1IH7A 3M8SA 2FBYA 3PV8A 4Z4GA 3G71N 3K2PA 2QWNA 3ZSOA 2X78A 1UGLA 3C6UA 5AQSA 3O1WA 2IIRA 3WNEA 2HMPA 3CYMA 3MDQA 4DWIA 3VGMA 5EVZA 3HP9A 1CZBA 4L8RB 3WQUA 2CH6A 1M1KO 3O6WA 3LDPA 1NK4A 3OS2A 2PAVA 2OPSA 2XRIA 2IVOA 4MQ3A 4YDUA 4CHNA 1POIA 4FCYA 4B3RK 2KZZA 4EP4A 1OZZA 4PL8A 5E41A 1VSFA 2UXCK 1LWCA 4B1WB 1ZBLA 4DS5A 4O0JA 3HSTB 4UY8O 4CF1A 2LR3A 2KBKA 4G9ZA 3SV3A 1UA0A 4CJWA 1DQ7A 4AH9A 3ZSQA 3QEVA 4BR0A 3BY5A 4YOWA 2ZE2A 1REVA 4LSNA 4KHNA 4H0TB 2P51A 4KH4A 3L2QA 4FWKA 1X3NA 4BC2A 4BEBA 2YBRC 3DLKA 2ASCA 4Y1CA 1S1TA 2F7TA 1X9SA 4YOUA 1N6QA 3LP0A 1EO1A 3KWIA 4CBWA 4X62K 1TV6A 2DFEA 4IEEA 4MDAA 1VQ4N 1K9MO 1T7BA 4RCHA 3EY1A 1LAVA 3VQQA 2N2QA 4LC9B 4KHYA 1IBLK 1VHXA 3QEPA 4JI7K 5K14A 2VGNA 3OS0A 2UUAK 3K5NA 4B9LA 2XO7A 2CGLA 4K0KK 4CK1A 3SPYA 1U2VA 4DR4K 4K41A 4C8OA 1MWMA 1NGHA 2FBVA 4H0OA 3C65A 4I6MB 1XMOK 4Y1DA 4KI6A 3ZX3A 3ZT1A 4WCEL 2EHGA 4DV0K 4CVNE 2OANA 5J2PA 2Y1JA 3HSCA 3D45A 1QSYA 2NRRA 3WXMB 1QVGM 2OPQA 3ZETA 1WBDA 4WE1A 3OJUA 4PQUA 5HRSA 4CEAA 2FF3B 3GE1A 1DT9A 3O4QA 2HHHK 4JI0K 1IKXA 4J2AA 2DPNA 3BZCA 4DSEA 4CE9A 3SBGA 4BECA 1HR0K 1WN7A 3ATVA 3T3FA 4EZ6A 3S3OA 3Q7CA 4M3XA 1J6ZA 4CQKA 1E4FT 2O8DA 1C55A 4GY2B 2ZWHA 2HOEA 4CF9A 5J2NA 3E1YA 1SUQA 3ENHA 4LSLA 1RTHA 4CI6A 4JK7A 3SQ0A 5AQVA 4JLHA 2IDOA 3CXCM 1ZUTA 4KH6A 5HRRA 3ZT0A 4FM2A 1Q9YA 3MECA 1S5JA 4CZJA 2NY9X 4DR6K 3VQDA 4CEFA 4IO8A 2W6KA 3M5RA 4BR9A 1NOZA 1KVCA 3AVJA 1ZBHA 5CY4A 3A5LC 1RDWX 4EZ9A 2QI2A 3SQ1A 1VQMN 1ASUA 2VQEK 3QB0A 5LJWA 5M1PA 1GOBA 1J5EK 1HUXA 2XY5A 4DFMA 2D56A 1HKGA 2D0PA 2FLOA 2QXFA 1SQKA 1L3SA 3LL3A 4FJ7A 5AJ3K 3ITHA 3VQ5A 4DQQA 3SLCA 2ATBA 1I2UA 2VG5A 4BR4A 3J8AA 5I9EB 1KFDA 2X6NA 3KLEA 1IBMK 2G8UA 1JKHA 2UUBK 3QICA 1Z6RA 2A1RA 2LSNA 4OGCA 3NGIA 4CGFA 3RSEA 4B1ZA 1HQEA 4PY5A 2G2KA 4WFAL 3KK3A 2HHVA 3I56N 1GLCG 4CJFA 5BR9A 4AEIA 1OH7A 3UKRA 4XEIA 2BDPA 4FJ9A 1OMYA 3DXMA 4MDBA 1ZFUA 4E19A 2VG6A 1NBWA 4BRMA 1WAFA 4OX9K 1ATRA 5AQLA 1U2VB 4AHCA 2X6SA 4GKKK 1VRTA 5LMUK 5C15A 3Q7BA 5AQJA 1YITN 5HP1A 2O8BA 4DV5K 4ID5A 4LF7K 1QZ5A 2WFBA 3O4NA 2WC9A 5GAEP 4K8ZA 4PKHA 2CH5A 3ZETB 2KFZA 4DMNA 1LQHA 1ZVGA 3CJ1A 4CZHA 4DUYK 4HTUA 3T1YK 4QCLA 2KTQA 3OYBA 3MEGA 4CBXA 3FZHA 3TSUA 2ATQA 2Q2RA 3AARA 3D2FA 5CYQA 2GTDA 3J7AP 4UAEF 4CD1A 3CJAA 2O8DB 1NJYA 1U49A 3K9JA 3AVLA 4C8NA 4IEIA 3LAMA 3V9WA 5KI6A 3K5LA 1HNXK 4KFBA 3CETA 3E9LA 3NVKA 1VQ8N 5AZIB 3LDSA 1JLQA 4DU3A 3AGKA 1BRZA 3P38A 2UUCK 3D2EA 4F3TA 5BPLA 4WFBL 3MWPA 5AQWA 4NXMK 2VY6A 1HQUA 5EXWA 2LT8A 3TI0A 4OPKA 4NLBA 3AO3A 1RT5A 3VPZA 4CIGA 5FPMA 1ATSA 1KAYA 5CHIA 1JLFA 2AJQA 3DLLL 1K8AO 3ZT2A 4AM6A 1LW2A 1WWNA 3HXMA 2F9TA 1SL0A 3BZKA 3FZMA 3NF9A 2P9IA 3NH2A 3VEOA 2O8EA 4HUFA 2A42A 2BANA 2Q0RA 2P9UA 2OTLN 4CESA 2VQFK 3OVNA 1L5UA 1YAGA 3E66A 4BE1A 2SN3A 3AVGA 5LMNK 5AR0A 4QOZB 4DG1A 3GBTA 1DEJA 1KCFA 3VF4A 3RSEB 1TI5A 4IG0A 1T3VA 4JAXA 3KIOA 1YVNA 1XUPO 3FGUA 4F2SA 1W7AA 5BN9A 3AVBA 2Q31A 3UKRB 5J2QA 3DXMB 3KKRA 1BIUA 3EN9A 2JWKA 3TU5A 1MA9B 3TTDA 3UKUA 4CGIA 5M1FA 2LJMA 5GINA 4JD2A 3PLAA 3VQ7A 1NKEA 5AQZA 2E1YA 4CZEA 2HF3A 1LW0A 4RW6A 2ZJRL 4F3OA 2O8BB 2YI1A 3F73A 3ZSXA 4ISFA 5E84A 4OGEA 2HF4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4JI4 K;  4G1Q A;  2B5J A;  2VGM A;  1IH7 A;  3M8S A;  2FBY A;  3PV8 A;  4Z4G A;  3G71 N;  3K2P A;  2QWN A;  3ZSO A;  2X78 A;  1UGL A;  3C6U A;  5AQS A;  3O1W A;  2IIR A;  3WNE A;  2HMP A;  3CYM A;  3MDQ A;  4DWI A;  3VGM A;  5EVZ A;  3HP9 A;  1CZB A;  4L8R B;  3WQU A;  2CH6 A;  1M1K O;  3O6W A;  3LDP A;  1NK4 A;  3OS2 A;  2PAV A;  2OPS A;  2XRI A;  2IVO A;  4MQ3 A;  4YDU A;  4CHN A;  1POI A;  4FCY A;  4B3R K;  2KZZ A;  4EP4 A;  1OZZ A;  4PL8 A;  5E41 A;  1VSF A;  2UXC K;  1LWC A;  4B1W B;  1ZBL A;  4DS5 A;  4O0J A;  3HST B;  4UY8 O;  4CF1 A;  2LR3 A;  2KBK A;  4G9Z A;  3SV3 A;  1UA0 A;  4CJW A;  1DQ7 A;  4AH9 A;  3ZSQ A;  3QEV A;  4BR0 A;  3BY5 A;  4YOW A;  2ZE2 A;  1REV A;  4LSN A;  4KHN A;  4H0T B;  2P51 A;  4KH4 A;  3L2Q A;  4FWK A;  1X3N A;  4BC2 A;  4BEB A;  2YBR C;  3DLK A;  2ASC A;  4Y1C A;  1S1T A;  2F7T A;  1X9S A;  4YOU A;  1N6Q A;  3LP0 A;  1EO1 A;  3KWI A;  4CBW A;  4X62 K;  1TV6 A;  2DFE A;  4IEE A;  4MDA A;  1VQ4 N;  1K9M O;  1T7B A;  4RCH A;  3EY1 A;  1LAV A;  3VQQ A;  2N2Q A; 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