3LDPA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with small molecule inhibitor
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 117
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldpA04
4BRMA 1DKGD 4A2BA 1J6ZA 1Q18A 2E20A 2J4RA 3WXJA 4CZHA 2QWRA 4H5RA 1X3NA 5BREA 1ATRA 4JN4A 3ATUA 2FSNA 3FZHA 2PAVA 1Z6RA 2D0OA 2HMPA 3SMSA 3C7NB 2P9NB 1GLDG 3RSEB 4IZ9A 2NZTA 2HF4A 5AQXA 4I6MA 3VPZA 4XH4A 4NO7A 5F1XA 2P9KA 5BN8A 3LL3A 3W3DA 4H0XB 4BC5A 1QZ6A 3LM2A 3M6GA 4ISFA 2E88A 4FL9A 2P9PA 5AQPA 2GEMA 3ZX2A 3KVGA 1OKJA 5BN9A 1XUPO 3U9ZA 3VGKA 4B1ZA 3WEEB 4BRDA 5BRDA 2P9UB 5AZJA 2F9TA 2YHWA 2FSJA 1P8ZA 1BG3A 3ZETA 4BRQA 1TUYA 1ZXOA 3FE1A 3SJHA 1GLLO 3HBTA 4GY2B 5KPRA 4IO8A 5AQKA 3JS6A 3CJ7A 1Z05A 2P9LB 3QBWA 4DB3A 2D4WA 3EL2A 3H3OB 3WXKA 2NRHA 4IJAA 4FO0A 3IMXA 3A8YA 3CJ1A 1ZC6A 3QICA 2FSKA 1YXQA 4BRCA 4BRGA 4BREA 4FWSA 3WXLA 3C7NA 5EOYA 4B1WB 2P9NA 2P9IB 4BRIA 4CZJA 3WXIA 2QM1A 2Q0RA 4PL7A 5LY3A 4CZEA 3HZ6A 3MN9A 3EKSA 3AARA 2AA4A 5AQNA 2ZGZA 4BR7A 1NGHA 2Q0UA 3U4LA 4BRFA 2QWNA 3FZKA 1LCUA 3DAWA 3QBXA 4WQ5A 4BC3A 2KHOA 5AQZA 3ZX3A 1T6DA 4QS7A 4EIAA 2Q1NA 1RDWX 1R59O 4YDUA 2Q2RA 3LDPA 3QFPA 2VWBA 5BRHA 1ATSA 4M63C 4HWIA 5F2RA 3WEEA 4CD1A 2FXUA 4BGAA 3P4IA 3WT0A 2ZGYA 1K8KA 1QHAA 1S22A 1V4SA 1KXPA 4FWMA 2V7ZA 4DCHA 3R8EA 4EAHD 5AR0A 3H6EA 1X3MA 3VOVA 5I9EB 1S3XA 3MDQA 1BUPA 5EVZA 5KPZA 3TU5A 4K42A 4BQLA 1QZ5A 4BR2A 1T6CA 1BDGA 1HKBA 3CERA 4XH1A 3FZLA 2A40A 1JCEA 3H3NO 1NM1A 4BR5A 1WOQA 2QXLA 3R9PA 1QQOA 4Y0WA 3WUHA 4EHTA 3A5LC 4IWVA 4B1VA 3GBTA 1BO5O 3CIPA 4FOEA 2AP1A 4BVPA 2E8AA 3VEOA 3JXUA 4Z94A 2ASMA 3H46O 4BGBA 3U8XA 1HKCA 4BR0A 1Y64A 2YJFA 4A2AA 4H0TB 2V52B 2CGKA 4L3QA 3GL1A 2QWMA 1QQMA 3D7EO 3MCPA 5LJWA 1YAGA 1G99A 1U6ZA 4H5VA 2CGLA 2ASPA 4FOIA 4IXCA 3O1BA 3VENA 3G25A 2W40A 4BR4A 3UKRA 3UKUA 1BA1A 2H3GX 1T44A 2ZWHA 4BC4A 3UB5A 3ID8A 3ZEUB 1TUUA 1TYQB 2V7YA 3DXMA 3EN9A 4CZIA 2YHXA 2IIRA 4BRKA 5E84A 3A0IX 1DGKN 4A62A 3DWLA 4K43A 1GLFO 4K25A 1LOTB 3CJ9A 3FLCO 1GLCG 2QW9A 1RFQA 3LDOA 4FWNA 1K8KB 2E2QA 4WQ4C 5KPTA 3LDLA 4B9QA 4MO4A 2YHYA 3SLCA 1RGIA 4CBXA 4XEIA 4DHYA 3ATVA 4H0VB 3U9DA 4CD3A 2CGJA 1NGIA 3LDQA 4FWKA 2I7PA 5AZIA 5AQIA 3FFKB 2QWPA 4PKIA 3VETA 1H1VA 4H5NA 5FPNA 1U2VB 2F9WA 4MLHA 1GLEG 3J8AA 4RTFD 3QDKA 1XQSC 4JAXA 3VF4A 3M3ZA 5AQRA 3D2FB 4BQZA 1MA9B 4GNIA 3MN5A 2UYTA 1ATNA 1IJJA 3R6MA 1HX1A 5AQSA 3UE5A 1NGBA 4AM7A 2IVNA 5FPMA 5AQQA 5ADXA 3FGUA 4CBUA 3O4WA 2QWOA 4M7XA 3WQUA 3VEYA 3H45C 3ZEUA 1TYQA 3DJCA 1JCFA 3CETA 1E4GT 5BPLA 3I33A 3ULEA 2ASOA 3BP8A 4BROA 4CZGA 1HKGA 1SAZA 5JMVA 3ZX0A 4CZLA 2A5XA 5EX5A 4WYBA 4C23A 1DEJA 4IJNA 3LM9A 2QWLA 1BOTO 2P9SB 3B8AX 3MMVA 3UKUB 1E4FT 2IVOA 3UKRB 3DXMB 3LDNA 5AQFA 4JNEA 4EFHA 2I7NA 3CJBA 5ADXH 3VEWA 4H5WA 4HTLA 3O8MA 4M7YA 3D2EA 5AQUA 2FF6A 3VERA 4H0YB 1U2VA 5EXWA 3M1FA 3HI0A 4WQ5C 3IDHA 5BPNA 2D1KA 1NGEA 5F0XA 1KAZA 4F9OA 3EO3A 4YDUC 4A61A 4QS9A 5FPEA 4FWPA 3VGLA 1HLUA 3EKUA 3AAPA 3VEXA 3D2FA 3MN7A 4FWOA 4FSVA 5KQDA 1QQNA 1MDUB 1NLVA 2A6AA 5AZIB 5BR9A 4LC9B 3TPQA 2YCHA 4NB4A 1HPMA 1KAYA 3AY9A 2DPNA 1NGAA 5AQTA 5TKYA 3GG4A 2A3ZA 1BA0A 2Q36A 2Q97A 2YJEA 2NLXA 3ENHA 4CZKA 4CZFA 4MLEA 3SMPA 1NGDA 1CZAN 3L6QA 5AQLA 3H1VX 2CH5A 3BUZB 4B1YB 2WUSA 5AQOA 2P9SA 4KBOA 4PKGA 4ISGA 3O80A 5AQVA 1C0FA 4CZMA 3W0LA 5JICA 1BU6O 5ELZA 4WQ4A 3FZFA 3I8BA 3ULEB 3A5NC 1C0GA 3KZBA 5AQYA 1GLAG 3VGMA 5AQJA 1NMDA 2VCPA 2OANA 1X9JA 1ESVA 3AAQA 2EWSA 3VEVA 1NGCA 4JD2B 2E2PA 1NWKA 1BWFO 2QWQA 4BRNA 2W41A 2Q31A 2HOEA 1NGFA 1MWMA 2FLOA 4DQ8A 2E1ZA 5AQMA 1NGJA 4H0PA 4ISEA 3D2EB 3DXKA 1YUWA 4JHDA 3CJCA 3L4IA 3S41A 4FPBA 2A41A 3OHRA 2ITMA 3H1QA 4O5FA 1SZ2A 3BF3A 5AFUA 4AM6A 5JLFA 1HUXA 1NBWA 5LJVA 3VF2A 3GDQA 3CQXA 2BTFA 3CQYA 4O8KA 4FWQA 1KAXA 4H0OA 2FF3B 5KQ8A 2E1YA 3IUCA 4CJ7A 4PKHA 5BPMA 3BEXA 3BF1A 4E1JA 4BVOA 3IFRA 4QS8A 2GWJA 5AQHA 3MK6A 3CHWA 3QMLA 4FPAA 1NGGA 3O5BA 2HF3A 3MN6A 1GLBG 4RCHA 3RSEA 2E2NA 2GUPA 3QFUA 3CJAA 4JD2A 2VYPA 3CI5A 5AFUH 3O08A 2GWKA 2PBDA 4J8FA 4B1UB 4RWTA 3A5MC 3O6WA 3QB0A 2A42A 5AQWA 3O1WA 4BC2A 4BG8A 3L0QA 4BG9A 3VESA 4BRAA 4BRLA 3VEZA 1GLJO 5AQGA 2P9UA 4I6MB 4H03B 1D4XA 2P9KB 3SK3A 4CBWA 3HM8A 5EY4A 2CH6A 5FPDA 2GELA 3A5OC 4PL8A 2P9PB 2E2OA 3WQTA 4H5TA 1EQYA 2GTDA 3HTVA 5JLHA 3GE1A 1HJOA 3HSCA 1JCGA 4MO5A 2BUPA 1SQKA 2P9LA 3DXKB 4JHDB 4EHUA 3FR0A 1YVNA 3GOIA 2ZF5O 1XC3A 5AZJB 4B1XB 4FWLA 5B8HA 3EZWA 3ZETB 4BRHA 3C0BA 4XH5A 4FWRA 3FZMA 5E26A 1ZBSA 3VF6A 1IG8A 1MWKA 5BRFA 2IVPA 3ENOA 2V51B 2D0PA 2P9IA 2YI1A 4BR9A 4BRPA 1WUAA 3KHYA 4K41A 5CE3A 1V4TA 4CI6A 3F9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRMA 1A5VA 3SQ0A 3CCLN 4ICLA 4KO0A 4M3UA 4DQQA 4DFJA 3E7RL 3ATUA 3FZHA 2PAVA 3V9UA 1Z6RA 2F7TA 5IWAK 2YX6A 3RSEB 4IZ9A 4Y1DA 2HF4A 1C0MA 4I6MA 3VPZA 4JK8A 1TK5A 4E7LA 2LT8A 2P9KA 3NAEA 5AJ3K 4H0XB 4ELVA 3N4PA 4C8OA 4FLZA 4F3TA 3NH2A 4E7JA 4M42A 1OKJA 3ZSVA 3VGKA 5C2DA 4M3ZA 4CJQA 5BRDA 2QKKA 4KFBA 1P8ZA 4BDYA 3R2VA 3ZETA 3LAMA 2G8HA 4FJXA 3MWTA 4B3SK 3FE1A 4WCEL 5J2PA 2KBKA 3JS6A 3THWB 3CCJN 3MAQA 1Z05A 2P9LB 3H3OB 3LDSA 1A5XA 4IOCL 3KLIA 3NDKA 3A8YA 2ZJQL 1JXBA 1RT4A 3L3UA 4I7FA 2HBLA 3HPGA 3QO9A 4LY7A 4BRCA 4JKCA 4ZHRA 4BDZA 3C7NA 3KK3A 2P9IB 3QEXA 3KK2A 3E7UX 2Q0RA 4Z4EA 4PL7A 4CZEA 3MN9A 3EKSA 2AA4A 5AQNA 4BR7A 1NGHA 5DM7L 1I2VA 2QWNA 4E72A 4WQ5A 3DAWA 4BC3A 3LANA 1ILYA 4EIAA 5CR4A 1RDWX 4N47A 3BDPA 1WT7A 1I2UA 5BRHA 3P38A 2YEOA 4O8UA 4HWIA 5F2RA 1YI2N 1A5WA 2FXUA 4BGAA 5J2NA 3LPUA 3AO4A 3HPHA 1NJIO 1D8YA 4FJIA 1KXPA 4FWMA 4DCHA 2KW4A 5AR0A 3NE6A 3OY9A 4CK3A 4FJJA 1X3MA 2X74A 3LWMA 3ZSQA 1S3XA 4MDBA 1CHZA 1C6VA 1BUPA 5EVZA 1RT5A 5KPZA 3VQ8A 5JENA 4CF8A 3QEPA 1QZ5A 1HKBA 3CERA 3QESA 3H3NO 1OVYA 4BR5A 1WOQA 4WE1A 4Y0WA 1MYNA 3LZJA 2JWKA 2YC1C 4J2AA 4O0JA 3HVRA 3MEEA 4B1VA 3ZT0A 3GBTA 1BO5O 4CFBA 2E8AA 3VEOA 2Q3SA 2ASMA 1OMYA 3H46O 1XNQK 1ZYVA 2AJQA 1HKCA 1NH5A 1Y64A 4A2AA 4BR0A 3AVNA 4H0TB 4ILHA 4L3QA 3AVIA 2Z1IA 1RNHA 1QQMA 1FKPA 3D7EO 1TKTA 5LJWA 1YAGA 2MN5A 3NCIA 1BL3A 1QHTA 2HHSA 3THVA 3RRHA 5FRMA 1TL1A 3QETA 2ASPA 1AYJA 2BE2A 3T1AA 5C0YA 3VENA 2W40A 1ZBIA 1YJWN 3V9ZA 1T44A 4CHPA 4BC4A 3UB5A 3ID8A 3ZEUB 2V7YA 3S3NA 1U4BA 3BZKA 1O1WA 4KKOA 4AEIA 2ZJRL 3NH0A 1TKZA 1RDAA 4DG1A 1KVAA 2DFEA 1GLCG 2QW9A 4JI1K 1BRZA 1YTUA 4FWNA 5C25A 4WQ4C 5KPTA 5LL6Z 3MEGA 1L3SA 4MDAA 3CCMN 1RGIA 1QSSA 1IKWA 2OA8A 3G4SN 4C8KA 3O3HA 2E3FA 4CJRA 4JKFA 3AA3A 4EZ6A 3BY5A 4FWKA 5AZIA 5AQIA 3KTQA 1CN2A 3VETA 4DU4A 2HHQA 2F9WA 1RT3A 1HYSA 1RDCA 4DV4K 3SBGA 4DQPA 3AVKA 3QDKA 5AQRA 3L2UA 3KWIA 2OTLN 1RBTA 3CMEN 2ZD1A 1VQLN 4GNIA 4E3SA 1HX1A 2GX9A 1NGBA 1PX9A 4AM7A 2IVNA 4KAZA 3CCVN 2HHTA 2EX3A 1SKSA 3WQUA 1VQ5N 2WOMA 1ITGA 3TR8A 1JLEA 3PO4A 2FBTA 3I33A 3BP8A 4CK2A 4CJ3A 1HKGA 1KVCA 1QE1A 3Q7CA 1S72N 4CEEA 2O8CB 4FM2A 5JMVA 4FLVA 4GKKK 5KGXA 5HL7L 4WYBA 3KLFA 2QWLA 3UKUB 1JLAA 3OS2A 2ZM6K 4DTMA 4KB1A 3LDNA 4JNEA 4EFHA 1RBUA 3VEWA 2XY6A 1HNIA 4H5WA 4I2PA 2W6LA 2KLAA 3O8MA 3OYFA 1HRHA 1QQCA 4K8XA 3CFPA 1U2VA 1EETA 5F0XA 4F9OA 1QVGM 3EO3A 4A61A 4OPAA 5FPEA 3HYFA 1Q8IA 4Z4CA 4AQYK 4JI7K 2UUAK 1HNVA 1WSGA 2RPIA 4FWOA 2KYQA 3OS1A 1MDUB 2A6AA 2X6NA 2BANA 4NB4A 3THXA 4IFVA 4OLBA 1HPMA 5SZTA 4FZXC 4CIFA 4GMJB 4KTWA 5GADP 2Q97A 4X62K 2YJEA 4GW6A 3KLHA 4N76A 4CZFA 4MLEA 4FJGA 1NGDA 4CHOA 1K9MO 2NRWA 4CEBA 4CFCA 2YHAA 4BWJA 1W97L 3B6OA 4C8NA 1CXUA 1LQQA 1S6PA 2I61A 2P9SA 4DS4A 4E0DA 5FROA 1FKOA 1LWFA 3ZT2A 3KWGA 4IG3A 1C0FA 2UXDK 4YHHK 3VQ4A 1BU6O 4WQ4A 3ULEB 3I8BA 3C6AA 3A5NC 1C0GA 3L2QA 3K0SA 3TAEA 1VSLA 1RCHA 1KSPA 1GLAG 4HUEA 5AQJA 2VCPA 1BIUA 3BZCA 1WBDA 2EWSA 2G8KA 4B9SA 2E2PA 3T1HK 1NWKA 3QLHA 3V4IA 4DTNA 4BRNA 3PX6A 2Q31A 1UAXA 3PX4A 4B9MA 1NGFA 1NGJA 1W2BM 3I8DA 2E4LA 4GV9A 3HK2A 2HNZA 3HOTA 4B3OA 4CF1A 1YUWA 1KRPA 4DLGA 4W5QA 3OHRA 3V81A 4IBNA 1VQKN 4NCBA 1HUXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BRM A;  1A5V A;  3SQ0 A;  3CCL N;  4ICL A;  4KO0 A;  4M3U A;  4DQQ A;  4DFJ A;  3E7R L;  3ATU A;  3FZH A;  2PAV A;  3V9U A;  1Z6R A;  2F7T A;  5IWA K;  2YX6 A;  3RSE B;  4IZ9 A;  4Y1D A;  2HF4 A;  1C0M A;  4I6M A;  3VPZ A;  4JK8 A;  1TK5 A;  4E7L A;  2LT8 A;  2P9K A;  3NAE A;  5AJ3 K;  4H0X B;  4ELV A;  3N4P A;  4C8O A;  4FLZ A;  4F3T A;  3NH2 A;  4E7J A;  4M42 A;  1OKJ A;  3ZSV A;  3VGK A;  5C2D A;  4M3Z A;  4CJQ A;  5BRD A;  2QKK A;  4KFB A;  1P8Z A;  4BDY A;  3R2V A;  3ZET A;  3LAM A;  2G8H A;  4FJX A;  3MWT A;  4B3S K;  3FE1 A;  4WCE L;  5J2P A;  2KBK A;  3JS6 A;  3THW B;  3CCJ N;  3MAQ A;  1Z05 A;  2P9L B;  3H3O B;  3LDS A;  1A5X A;  4IOC L;  3KLI A;  3NDK A;  3A8Y A;  2ZJQ L;  1JXB A;  1RT4 A;  3L3U A;  4I7F A;  2HBL A;  3HPG A;  3QO9 A;  4LY7 A;  4BRC A;  4JKC A;  4ZHR A;  4BDZ A;  3C7N A;  3KK3 A;  2P9I B;  3QEX A;  3KK2 A;  3E7U X;  2Q0R A;  4Z4E A;  4PL7 A;  4CZE A;  3MN9 A;  3EKS A;  2AA4 A;  5AQN A;  4BR7 A;  1NGH A;  5DM7 L;  1I2V A;  2QWN A;  4E72 A;  4WQ5 A;  3DAW A;  4BC3 A; 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