3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
molecule tags Chaperone/protein transport
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
4BR5A 5AQGA 2E88A 4MLEA 5BN8A 3EL2A 4FPAA 5F0XA 4FO0A 3WXIA 3ZEUB 2P9LA 4K41A 3TU5A 1MDUB 4H5NA 5BRDA 3CI5A 1U6ZA 1GLCG 3CETA 3FLCO 2P9IA 3VETA 3O1WA 1TUYA 3ZX0A 4IJAA 4FOIA 4XH1A 3QICA 4WQ4C 3AAQA 3VEYA 1T6DA 2EWSA 3WUHA 4BRMA 4YDUA 4L3QA 5BPLA 3VF4A 2QXLA 4BRGA 5F1XA 4FWLA 2VWBA 3WXLA 1XUPO 4FWMA 3C0BA 1WUAA 4BRLA 3IUCA 4FL9A 2I7PA 3H3OB 3VPZA 5BRFA 1SAZA 2YCHA 5TKYA 3FFKB 1GLFO 4FWQA 4JD2B 1BUPA 1ATSA 5E84A 3U9ZA 4BGAA 5AQVA 4BVOA 4CZGA 4CZLA 2YHYA 3H1VX 1BDGA 4KBOA 2A42A 3H1QA 4EHTA 2DPNA 5AQUA 3HSCA 3BF3A 1QHAA 1E4FT 4BR4A 3FZHA 2YJFA 2V51B 1GLLO 2HF3A 4K42A 2A6AA 2AA4A 4ISGA 3QDKA 3EKSA 3A5MC 1NGDA 2Q2RA 4I6MA 5KQDA 1T44A 4BRHA 2QWOA 3HM8A 5AQQA 3DJCA 4DHYA 3AARA 4CD1A 4CZKA 1U2VA 1BU6O 4B1WB 1NGCA 1GLBG 3M3ZA 3DXMB 3H6EA 5AQNA 3VEOA 1K8KA 4DCHA 3KZBA 4BRFA 4IXCA 3CJ1A 2ASPA 4LC9B 2Q31A 3VESA 1ESVA 1BOTO 4CI6A 3DAWA 3FZMA 3JXUA 5AQLA 3QMLA 1JCFA 5AQPA 1T6CA 5FPMA 5AFUH 2P9NB 4XH5A 3EZWA 2ASMA 3O80A 3GDQA 1YAGA 4A2AA 4BC4A 5AQOA 1GLJO 3WEEA 4HTLA 2ASOA 4C23A 3J8AA 4WQ5C 4CD3A 1CZAN 1ATRA 4BG8A 3MN5A 1E4GT 4BC2A 4CBUA 3QBWA 2QWRA 3L6QA 3FZLA 4K43A 2QWNA 3CJ7A 4BRCA 4A61A 1XC3A 3W3DA 2CH6A 1OKJA 2FSKA 5AZJB 2Q0UA 2E8AA 3VERA 1RDWX 2IVOA 5AQWA 3EO3A 2NRHA 4CZFA 5JLHA 1X3NA 1BA0A 1DKGD 4Y0WA 1NBWA 3O4WA 4MLHA 2ZGYA 3C7NB 1C0FA 5AR0A 4BREA 3UB5A 5ELZA 1BG3A 1P8ZA 3QBXA 4RWTA 3VF6A 3WXJA 1QQOA 4BC5A 4PKIA 3LM2A 3SMSA 1GLDG 4BRIA 2F9TA 4GNIA 4CZMA 4GY2B 2E2NA 4BRAA 4BC3A 2CGJA 2P9KB 4PL7A 3GBTA 3LDPA 1NGEA 4M7XA 3ZX3A 3U4LA 1V4SA 1D4XA 3U9DA 2F9WA 4NO7A 3ENOA 4B1UB 1NMDA 5JICA 2UYTA 3ZX2A 3RSEB 3MN9A 2A40A 2E2QA 3H46O 3U8XA 4BR0A 2HF4A 2QWLA 3A8YA 4B9QA 1GLEG 4H0TB 4B1VA 4H5TA 1MWMA 1R59O 2P9PA 3IFRA 3AAPA 5AQYA 3MN6A 2CH5A 3EKUA 3DXMA 3ULEB 1RGIA 4AM6A 2E2PA 4H5VA 2WUSA 3O6WA 5F2RA 3FE1A 4BVPA 5AQSA 3SJHA 3GL1A 4H5WA 4ISFA 4BGBA 2FF3B 5BPNA 3G25A 4EIAA 1DGKN 4FWOA 1NGJA 4B1ZA 2I7NA 3ID8A 3GG4A 4EFHA 4O5FA 1KAXA 2E2OA 2P9NA 2IVPA 1XQSC 2V7ZA 2V52B 1KAZA 2W41A 3SLCA 4IWVA 3ZETB 4BG9A 2NLXA 4H0PA 2GWKA 4JNEA 4YDUC 4B1YB 3GE1A 3MN7A 3CQYA 3MDQA 4BRQA 4PL8A 4NB4A 2FSJA 4HWIA 1ZBSA 4A2BA 5BN9A 5BPMA 4XH4A 2CGKA 2OANA 3QFUA 3LM9A 1G99A 5AQKA 3SMPA 3D2FA 4FWNA 4H0XB 3A0IX 4H0OA 5ADXA 1NGGA 3A5OC 3DXKA 1NM1A 3FZKA 2A3ZA 4JHDB 3SK3A 1HJOA 2YHXA 2FSNA 5I9EB 3WQTA 2GEMA 5BR9A 4A62A 3FGUA 3QB0A 1EQYA 3QFPA 5KPTA 4WQ4A 3R9PA 3HI0A 2FXUA 3B8AX 3C7NA 3P4IA 3CQXA 4AM7A 4WYBA 3MK6A 4JN4A 2CGLA 2PBDA 2FF6A 5CE3A 1NGFA 5LY3A 3JS6A 2AP1A 4JAXA 3ZEUA 4IJNA 4IZ9A 3I33A 4CBXA 3HZ6A 1QZ6A 2W40A 1S3XA 3D7EO 1SZ2A 3KHYA 3LL3A 1HUXA 2Q1NA 3D2EB 1X3MA 3WQUA 3UKRB 2P9SB 4FSVA 2P9KA 1C0GA 3HBTA 1Q18A 3O1BA 1YUWA 2NZTA 5AQJA 2VCPA 5KPZA 3VF2A 4CBWA 2V7YA 1V4TA 2GELA 3CJAA 1YXQA 1NGHA 1S22A 2ZWHA 4K25A 3UE5A 1SQKA 3CERA 2KHOA 3ENHA 3CHWA 3RSEA 4BRDA 3GOIA 5FPEA 2IIRA 4QS9A 5LJWA 4JD2A 5BRHA 3CJ9A 1Y64A 5JLFA 4E1JA 3W0LA 5AQXA 4F9OA 2QWPA 3I8BA 1BO5O 5AZIB 5EY4A 3HTVA 3EN9A 3L0QA 3VEVA 4MO4A 2P9UB 2GWJA 5B8HA 2YHWA 2ZF5O 2BTFA 3UKUB 1TYQB 3ULEA 2FLOA 3O8MA 5FPNA 3BUZB 3MMVA 1LOTB 1WOQA 3VGKA 2HOEA 1HLUA 1LCUA 4ISEA 4Z94A 3O08A 2P9LB 3F9MA 3VENA 1YVNA 1J6ZA 1HKBA 3H45C 5AQFA 2A5XA 3BEXA 1NGBA 2P9IB 5EX5A 4FWPA 3TPQA 3ATVA 3O5BA 5FPDA 4BR9A 3IDHA 4BR2A 3MCPA 3ZETA 4H0VB 3LDQA 2E1ZA 3M1FA 4WQ5A 4CZIA 4PKGA 3IMXA 5AQTA 2QW9A 1MA9B 3S41A 4BQLA 4BR7A 2H3GX 4DQ8A 1QZ5A 2HMPA 4RCHA 4QS7A 4EHUA 3BP8A 4J8FA 5AQHA 3R6MA 5AFUA 2A41A 5AQMA 3OHRA 2Q36A 4XEIA 2YJEA 4BQZA 3VGLA 1ATNA 4FOEA 2VYPA 3VEXA 1NGIA 4MO5A 3CIPA 4H0YB 1NLVA 4JHDA 4FWKA 4M7YA 2IVNA 3VGMA 2P9PB 4CJ7A 4CZEA 2QM1A 3LDOA 4O8KA 1GLAG 4B1XB 5AQIA 1IJJA 1X9JA 1HKGA 5JMVA 2E1YA 3VEZA 4CZJA 1HKCA 5KQ8A 4IO8A 1QQNA 5AZJA 4I6MB 2YI1A 5EOYA 1QQMA 1KXPA 3FR0A 1KAYA 3BF1A 4PKHA 1TUUA 2D0PA 4H03B 1BA1A 2J4RA 2Q0RA 1BWFO 1JCEA 1U2VB 2GUPA 4BRPA 5E26A 4CZHA 3ATUA 2D4WA 2PAVA 3M6GA 2GTDA 1DEJA 3LDLA 5BREA 3D2EA 3A5NC 1Z6RA 1K8KB 3DWLA 3H3NO 2ITMA 4EAHD 3FZFA 3UKRA 4FWSA 4BROA 1MWKA 2P9SA 3R8EA 1IG8A 4FWRA 3KVGA 3L4IA 5AQRA 2Q97A 3CJBA 5AQZA 4M63C 4RTFD 3WT0A 2ZGZA 4H5RA 1NWKA 4BRKA 1H1VA 3VOVA 2D1KA 2BUPA 1RFQA 3D2FB 4QS8A 4BRNA 5ADXH 2QWMA 5KPRA 2QWQA 3DXKB 1Z05A 3LDNA 1ZC6A 3WEEB 4DB3A 3VEWA 1HX1A 5AZIA 4FPBA 1NGAA 1ZXOA 2E20A 3CJCA 3A5LC 2P9UA 5LJVA 5EVZA 3AY9A 2D0OA 3WXKA 5EXWA 1JCGA 1HPMA 3UKUA 1TYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHYA 4JKHA 2VWJA 3SAHA 4MLEA 1C56A 3L2WA 4FJ7A 1VSDA 3K0SA 4F8RA 1FKPA 5FROA 4DF4A 4FO0A 4K41A 3SPZA 4H5NA 2HB5A 5BRDA 3CI5A 1X9SA 1QVFM 3O1WA 1TUYA 4PWDA 4X62K 4FOIA 3QICA 3CFPA 4DSEA 2WC9A 4ILHA 4L3QA 4CJEA 2QXLA 3PY8A 4BRGA 4KH5A 4FWLA 2VWBA 1VAZA 1ZYVA 4BDYA 2HVIA 3IUCA 2F96A 2O8BA 3V9SA 2YCHA 3SNNA 4CEZA 4RW9A 1TKXA 4CGDA 3VQ7A 4FWQA 4JD2B 2G8HA 4HCBA 4CZLA 5AQVA 1KLNA 4KPYA 2YHYA 1BDGA 2RHKA 3CMEN 1HRHA 3DOKA 2YHAA 5AQUA 3BF3A 1QHAA 4BR4A 2RN2A 2YJFA 1GLLO 2D0CA 4C8NA 4U67L 4DFMA 3CCLN 2XY8A 3QDKA 2YBRC 1KQSM 1RDDA 2A1RA 1LWEA 4BRHA 1RDUA 2QWOA 4FJXA 3KWIA 3HM8A 4B3TK 5AQQA 3VQCA 1U2VA 5C10A 1T7BA 2FBVA 4CERA 2MZ0A 4I9LA 4OKEA 1T7EA 2HBMA 3CW4A 4DCHA 4R79A 2E2FA 2ATQA 2E3GA 2HMIA 3E9PA 2X6NA 4LC9B 2NNWA 3O3GA 3KLFA 2G8VA 1BI4B 3MEDA 4CI6A 5C12A 3VQ6A 1RT4A 3SUNA 3FZMA 4UY8O 5FPMA 4H4OA 4HUGA 5HROA 3EE9A 4CEEA 3I55N 4FJHA 4B9TA 5K14A 3SQ4A 4Z4EA 1KRPA 4MFBA 2Z1GA 1NE5A 3V6DA 4LF4K 4LF6K 2ASOA 1CZAN 1KTQA 3MN5A 4BC2A 4CBUA 1PX9A 2QWRA 3K9JA 3L6QA 4GMJB 3R2VA 4K43A 3VMFB 2O8FA 4CJFA 4HHFA 3ZSQA 3HPHA 1X9MA 3O3FA 4ZTJA 2CH6A 1D5AA 1WBDA 3K5OA 4OKKA 1OKJA 1VSJA 3VERA 1RDWX 5C25A 4IEEA 4FLTA 2NRHA 3CYMA 3V9ZA 4NCBA 2F8TA 2XHBA 1DKGD 4JKAA 1NBWA 4MLHA 2QI2A 1C0FA 1FXXA 1WSEA 5AR0A 3UB5A 4DQQA 3AA3A 4DFKA 4CJRA 3AA4A 1BG3A 1P8ZA 3CF5L 1P0AA 2FC0A 4CEAA 3THWB 3WXJA 4IBNA 1O13A 3SMSA 1GLDG 1RT6A 3V1OA 2HHIA 4GY2B 3M5RA 2E2NA 4BRAA 3L2UA 2LJ7A 1LW0A 3K9KA 4G1QA 3LDPA 2MBKA 3P1GA 3AVNA 4BY9C 4YFUA 1ICAA 3E66A 1D9DA 3AGKA 1NMDA 3MX5A 3ZX2A 3OTOK 2QEXN 1U48A 4KB1A 2BDPA 4KAZA 2KBHA 1K9MO 2D56A 3T1AA 1WMTA 4IEIA 1RT7A 4NXMK 4B1VA 1YJ9N 3ID6A 4CJVA 3QI7A 3EKUA 3HYFA 4PHTX 3SQ1A 1WSHA 4JI5K 3L2QA 1JJ2M 3HSTB 2ATBA 2N69A 2JLEA 5I42A 1S1TA 3OBYA 4DUYK 2F7TA 4HUFA 4NLCA 2IAJA 4JV5K 1TVRA 1BRZA 4FWOA 1NGJA 4DTJA 2KBJA 2HNYA 4CGHA 2DFHA 1DTQA 3VQ9A 2N2RA 1I39A 4GV3A 1NH5A 1XNQK 2HHVA 4YHHK 2W41A 4KFBA 1SL2A 2NLXA 2GWKA 4JNEA 3DLLL 3FFIA 4CHPA 5KGXA 4PL8A 3RMBA 5BPMA 4XH4A 3VTIA 2CGKA 3LM9A 3LWLA 3OS0A 5CY4A 3LZIA 1XRSB 3KWGA 4C1NK 4LSLA 2HHSA 3PIPL 4XIUA 4KH6A 1LV5A 4HTUA 4JHDB 2QK9A 1QSLA 3F9KA 5KTQA 3WNEA 3MWPA 3WQTA 1WAJA 3FGUA 3QB0A 1OH6A 2NRWA 3HI0A 4KRFA 3EZ5A 3P4IA 2CGLA 3VQBA 4JAXA 4IJNA 2HNZA 4F4KA 1JLCA 4KHWA 2X74A 1P00A 1P90A 1QZ6A 2W40A 1HUXA 4B3MK 1HJRA 4M45A 3K2PA 2P9SB 3O1BA 3I8DA 5CYMA 3KOXA 4CEDA 3K59A 3KD5E 2NZTA 5AQJA 4B3SK 1UOCA 1V4TA 3CJAA 5BR8K 3KOWA 2ZWHA 4K0KK 2G8WA 1C1BA 3CERA 2LJMA 3CCMN 2PY5A 1J53A 4CE9A 3ENHA 4JI6K 5J2NA 3L4QA 4BRDA 5FPEA 3IS9A 4JD2A 1S1WA 4I7FA 3VQ5A 5DM7L 1QSSA 1C1AA 1Y64A 3BK3C 3C6HA 5C0YA 5FDLA 1DJTA 3KC6A 3HTVA 1L4VA 4CF2A 1L3VA 4MO4A 1K73O 3CYGA 2XO7A 2YHWA 2ZF5O 3ZCMA 1RBTA 1NK8A 1VQ4N 2BTFA 3ULEA 4QCLA 3O8MA 5FPNA 1B9DA 4CFCA 1W2BM 4WFBL 3NCIA 3MWTA 4ISEA 4OVLA 1REVA 4F3TA 3NVMA 3VN5A 1NOYA 1WB9A 3BEXA 1S1VA 3M8RA 3TPQA 1S9EA 3O5BA 3EEQA 3AVKA 1SKWA 5KI6A 4JI2K 3ZETA 4QAGA 4WQ5A 2Y1JA 4FZXC 2QW9A 4DV7K 3S41A 4EP4A 3SZ2A 4CEOA 4CJ3A 3HO1A 4KHSA 4OX9K 2QKBA 1VQ8N 5AQHA 1L3UA 3QEPA 2O8BB 3OHRA 1Q86O 4B9UA 1JLFA 4E72A 4FJJA 2KFZA 3VGLA 4DR5K 2VYPA 3V9XA 1NGIA 3QLHA 4AILC 1EETA 3E9OA 5HLFA 1MYNA 1LQQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CHY A;  4JKH A;  2VWJ A;  3SAH A;  4MLE A;  1C56 A;  3L2W A;  4FJ7 A;  1VSD A;  3K0S A;  4F8R A;  1FKP A;  5FRO A;  4DF4 A;  4FO0 A;  4K41 A;  3SPZ A;  4H5N A;  2HB5 A;  5BRD A;  3CI5 A;  1X9S A;  1QVF M;  3O1W A;  1TUY A;  4PWD A;  4X62 K;  4FOI A;  3QIC A;  3CFP A;  4DSE A;  2WC9 A;  4ILH A;  4L3Q A;  4CJE A;  2QXL A;  3PY8 A;  4BRG A;  4KH5 A;  4FWL A;  2VWB A;  1VAZ A;  1ZYV A;  4BDY A;  2HVI A;  3IUC A;  2F96 A;  2O8B A;  3V9S A;  2YCH A;  3SNN A;  4CEZ A;  4RW9 A;  1TKX A;  4CGD A;  3VQ7 A;  4FWQ A;  4JD2 B;  2G8H A;  4HCB A;  4CZL A;  5AQV A;  1KLN A;  4KPY A;  2YHY A;  1BDG A;  2RHK A;  3CME N;  1HRH A;  3DOK A;  2YHA A;  5AQU A;  3BF3 A;  1QHA A;  4BR4 A;  2RN2 A;  2YJF A;  1GLL O;  2D0C A;  4C8N A;  4U67 L;  4DFM A;  3CCL N;  2XY8 A;  3QDK A;  2YBR C;  1KQS M;  1RDD A;  2A1R A;  1LWE A;  4BRH A;  1RDU A;  2QWO A;  4FJX A;  3KWI A;  3HM8 A;  4B3T K;  5AQQ A;  3VQC A;  1U2V A;  5C10 A;  1T7B A;  2FBV A;  4CER A;  2MZ0 A;  4I9L A;  4OKE A;  1T7E A;  2HBM A;  3CW4 A;  4DCH A;  4R79 A; 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