3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
molecule tags Chaperone/protein transport
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
3ATVA 4IWVA 4RCHA 3H6EA 3HTVA 4BC3A 1DEJA 1HKGA 3GBTA 3HSCA 2P9LA 1NGBA 4FOEA 4H5VA 2HMPA 1BG3A 2A41A 2P9PA 3MN6A 2GEMA 4KBOA 1J6ZA 5EXWA 2OANA 4CZMA 1BU6O 4JNEA 5AFUH 3LDNA 3MN5A 3WUHA 4BQZA 4A61A 5BPLA 5AQKA 5ADXA 4A2BA 2F9TA 4LC9B 4BR7A 2P9IA 5LJVA 5BPMA 3QDKA 2P9NA 2Q36A 1HLUA 4FWMA 4PL7A 3QMLA 3SMSA 3WQTA 3HI0A 2P9IB 1E4FT 5JMVA 2YCHA 4MLHA 2Q31A 5AZJB 3CJ1A 3ID8A 4BRNA 2EWSA 2P9SA 3QB0A 3O1WA 4O5FA 5KPZA 3EZWA 5AQRA 3O08A 1LCUA 1NGDA 1SQKA 1LOTB 1S22A 1JCEA 2D1KA 3DAWA 3D2EA 5AQSA 4JHDA 1NLVA 5AQYA 4DCHA 5AQFA 3FLCO 2YI1A 3U4LA 5AQJA 5EY4A 4A62A 3CI5A 3GG4A 1V4TA 3H45C 4ISEA 1X3MA 1NGAA 3D2EB 4FWPA 5BRFA 3EKSA 2D0OA 3WEEA 3D7EO 3BF1A 2E2OA 3O6WA 4JAXA 1G99A 1YVNA 3VF4A 3C7NB 1R59O 3QBXA 3W3DA 2J4RA 4GNIA 2QM1A 4DQ8A 3M6GA 2PAVA 3LL3A 1P8ZA 3H1QA 5E26A 5F1XA 1YUWA 1U2VA 3O8MA 1JCGA 4Z94A 2E1ZA 4FL9A 3O1BA 1TUYA 3DXKA 2QWOA 1HUXA 4EHUA 2E2NA 2GUPA 1Z6RA 3CIPA 5FPNA 3SLCA 4H0PA 2ZGYA 1GLFO 3CHWA 3KHYA 3DWLA 3HM8A 4FOIA 5KQ8A 1C0GA 2H3GX 2NLXA 3ENHA 4B1YB 1ZBSA 3ZETA 1BWFO 3AARA 4BRGA 4F9OA 2P9KB 4WYBA 2Q0UA 4EFHA 4BR4A 4HWIA 5AQLA 1DGKN 3ZETB 2Q1NA 1E4GT 3KVGA 4K42A 1GLDG 2CH5A 2GWJA 1GLEG 2W41A 1Z05A 5EVZA 1SAZA 3WXLA 3MN7A 5KQDA 3LDPA 3WXJA 5CE3A 1QZ6A 4BRDA 5AQVA 1MWMA 3DXMB 4QS8A 3F9MA 1QQOA 1KXPA 3EL2A 5BN8A 3CJ7A 3EO3A 3DJCA 4CJ7A 3D2FB 1BA1A 4XH4A 4IZ9A 2YHYA 1HKCA 1QQNA 4BREA 4DB3A 3H1VX 2YJEA 5BRDA 3R6MA 4BC4A 4CBXA 3R8EA 4B1ZA 4O8KA 3VERA 4IJNA 2Q97A 1QQMA 4Y0WA 5ADXH 5F2RA 3H46O 1K8KB 5BREA 3A5NC 5JLHA 1GLCG 3ZEUA 3A5OC 2A42A 3O5BA 3CERA 5AQOA 1IJJA 2E1YA 2F9WA 3CQXA 2ASPA 3ZEUB 2P9LB 4H0VB 3U9ZA 4I6MA 5AQGA 3U9DA 3ZX0A 1WUAA 2BUPA 3VEYA 2D0PA 1HKBA 2CH6A 4FO0A 2P9PB 2FLOA 3IUCA 2QXLA 2E2QA 2YHWA 3C0BA 4FWOA 1GLJO 4HTLA 3IDHA 4BR2A 4B1WB 5BPNA 1RDWX 1T6CA 4M63C 1NMDA 3MDQA 3A5MC 2A6AA 5JICA 2QWQA 3FZLA 5E84A 4BC5A 3QFPA 5AQHA 5BRHA 2P9NB 4BRIA 3O80A 4CBWA 4EIAA 2QWRA 2V7YA 2FSKA 1BO5O 4ISFA 3VPZA 1OKJA 4FWNA 1BUPA 3MCPA 2YJFA 2P9SB 4IXCA 4BR9A 3L0QA 3WQUA 4BRKA 4BROA 3HZ6A 3J8AA 4BRLA 2FSJA 1ATSA 4CZLA 1MDUB 4WQ5C 4FSVA 4JHDB 4YDUA 1BA0A 3FZFA 2VYPA 1HX1A 3JS6A 1XUPO 4NO7A 3FFKB 2Q0RA 4NB4A 4K43A 3GOIA 4CZHA 1NGHA 1NGJA 3WEEB 4BRQA 1NGGA 3M3ZA 3OHRA 5EOYA 4BRMA 5I9EB 1H1VA 4BRFA 1T6DA 3VEZA 1NBWA 2V7ZA 3VETA 4MLEA 3VGMA 4BVPA 4JD2A 1NGFA 2VCPA 3L6QA 1U2VB 3AAPA 4C23A 3UB5A 2QW9A 5AQQA 3CETA 4H5WA 3UKRA 1NGIA 2AA4A 3DXKB 3RSEA 3UKUA 3FR0A 2ASMA 5B8HA 2KHOA 3U8XA 3EN9A 3IMXA 1YAGA 3BEXA 3CQYA 1Q18A 3S41A 1CZAN 5AQIA 1V4SA 4BGAA 1DKGD 2CGLA 4BRAA 3I33A 2GTDA 2QWMA 1GLLO 4WQ4A 1TUUA 4K25A 2E20A 3VGKA 4H0TB 4IJAA 1YXQA 4PKIA 5BR9A 4MO4A 2ITMA 1BDGA 1KAXA 2HOEA 3VESA 3BP8A 5FPDA 4BQLA 2IIRA 3P4IA 2FXUA 3W0LA 1ESVA 2V51B 4FPBA 4K41A 1X9JA 2BTFA 3H3OB 5KPTA 1XQSC 2QWNA 2CGKA 3WXIA 1TYQA 3B8AX 2ASOA 4FWSA 4AM7A 3G25A 2I7PA 4CI6A 2Q2RA 4PKHA 3LM2A 2FF6A 2UYTA 3VENA 1KAZA 1TYQB 2FSNA 5AQMA 4I6MB 2ZGZA 4CZGA 1GLBG 1QHAA 2WUSA 3VEVA 4H5RA 2ZF5O 3O4WA 3BUZB 1WOQA 1EQYA 1ATRA 3EKUA 3QBWA 5BN9A 2HF4A 4XH5A 3LDLA 4CZJA 5FPEA 3CJBA 5AQPA 3IFRA 2DPNA 2IVPA 3QICA 3SK3A 2FF3B 2NRHA 1NGCA 3UE5A 4BRCA 5AQWA 3M1FA 2V52B 1MWKA 4H0YB 2IVNA 3R9PA 3LM9A 4B1VA 2YHXA 3VF6A 4H03B 4H0XB 3WT0A 3TU5A 2GWKA 5AZJA 2HF3A 5AQZA 3CJ9A 4WQ5A 3TPQA 1S3XA 1D4XA 2A5XA 5TKYA 3AY9A 1GLAG 1ATNA 3ENOA 5KPRA 4FWQA 5AFUA 3ULEA 5AZIA 3AAQA 4CD1A 4E1JA 1U6ZA 2VWBA 4QS7A 4RWTA 3MN9A 1NWKA 1KAYA 4BGBA 3ULEB 5AZIB 4QS9A 3A8YA 3SMPA 5AQXA 4RTFD 3SJHA 3FZMA 4XH1A 2E2PA 4PL8A 1C0FA 4B1UB 3FZHA 1SZ2A 5ELZA 3C7NA 2GELA 3LDQA 2A3ZA 4YDUC 2CGJA 3BF3A 3VEOA 3VGLA 4CZFA 4IO8A 5EX5A 4CD3A 2W40A 2QWLA 4B9QA 4JD2B 4BG8A 2NZTA 3WXKA 4AM6A 2E88A 2QWPA 1HPMA 3A0IX 5AQTA 1IG8A 3ATUA 3I8BA 3UKRB 4BG9A 2E8AA 4BRPA 3QFUA 4CZEA 3A5LC 2IVOA 3RSEB 3UKUB 2AP1A 5LY3A 3VOVA 4BC2A 3FGUA 3ZX2A 4BVOA 4FWKA 1ZC6A 3KZBA 3LDOA 2ZWHA 4CBUA 4ISGA 4FWLA 1QZ5A 4H0OA 4FPAA 4CZKA 1BOTO 2PBDA 1RGIA 3VF2A 2P9KA 4H5NA 1T44A 2I7NA 3H3NO 5LJWA 4FWRA 4M7XA 3VEWA 4MO5A 1JCFA 5AQNA 3CJCA 1NGEA 2P9UA 3CJAA 4XEIA 3GL1A 1XC3A 4H5TA 4B1XB 4WQ4C 4M7YA 3MMVA 3DXMA 5AR0A 1X3NA 1ZXOA 2P9UB 4BRHA 1HJOA 3GE1A 5JLFA 3MK6A 4L3QA 3GDQA 5FPMA 1MA9B 3JXUA 2D4WA 3D2FA 5F0XA 3L4IA 3FZKA 1RFQA 4J8FA 1NM1A 4EHTA 4JN4A 4BR5A 4EAHD 2A40A 4CZIA 3ZX3A 4BR0A 3VEXA 4A2AA 4PKGA 3HBTA 1Y64A 4GY2B 4DHYA 1K8KA 3FE1A 5AQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQ9A 1EETA 3H6EA 3DRPA 1DEJA 2LI7A 1C1CA 2Z1HA 3HSCA 5I42A 4DU4A 5JENA 3KHWA 2LKBA 2A41A 2P9PA 3MN6A 3RVCA 4DF8A 4F4KA 1WSGA 5EXWA 2OANA 2RPIA 3O4QA 3OYEA 4BQZA 1BMRA 5BPLA 4OPAA 2LY5A 2F96A 4LF9K 4BR7A 2P9IA 3BY5A 2UUCK 4GKJK 2RN2A 4PL7A 1HLUA 4FWMA 1C6VA 3WQTA 1RBSA 1HR0K 2N2QA 1E4FT 3NF7A 5JMVA 4C1NI 2Q31A 3ID8A 2EWSA 2P9SA 5CY4A 3O9UA 4O5FA 5KPZA 4LFAK 5AQRA 4HVJA 2VWKA 1XHXA 1LOTB 2D1KA 4DCHA 3D2EA 2P51A 1HNXK 1NLVA 1FKPA 5AQFA 1RBUA 1SNBA 2HHTA 4A62A 1EKEA 5LMUK 3T3FA 3H45C 4ISEA 1NGAA 4IG3A 4FWPA 1ZYQA 1HNWK 1RT7A 2D0OA 4AEIA 4B9VA 1I2VA 1G99A 4CJWA 3C7NB 1VQ9N 2YNIA 4Z4GA 1NH5A 5E26A 1WWNA 2OPQA 4FK4A 2YHBA 1NJZA 4LF4K 4BE1A 4OJRA 4DLEA 5HROA 1N32K 3B6OA 4N76A 4FL9A 2LJ7A 2QWOA 5FPNA 2YKNA 4JS5A 1DJTA 4FM0A 4M42A 1WSFA 4H0PA 1L3VA 3L3UA 1BQNA 3KHYA 4U7BA 1K9MO 1JLCA 1C0GA 2NRXA 1T0ZA 3KTQA 2NLXA 1D5AA 3MWPA 3RMAA 1HJRA 4PUOA 5SZTA 4HUGA 1N34K 4Q5VA 3NGZA 1C0MA 3VN5A 4HWIA 3QEVA 1RTJA 4IG0A 3OYKA 4K42A 4B3SK 1Z05A 3WXLA 1B9FA 3MN7A 4H8KA 1TVRA 3C65A 4U67L 5AQVA 1MWMA 4GV6A 4NCAA 1LWEA 4LF8K 1QQOA 2ASCA 4I9QA 5BN8A 2SN3A 4DFPA 2YHYA 1HKCA 4DR3K 4KH6A 1BIZA 3PSFA 4BC4A 3PSIA 5BRDA 1TGOA 4KTQA 2E3GA 4Z0UA 3P39A 3VTHA 1QSLA 1S1TA 3RR8A 1C1BA 2GBZA 3A5NC 5BREA 5JLHA 1UOCA 4JI4K 4J2EA 3CERA 2HBLA 4FXDA 1IJJA 2E1YA 1E3MA 2Z1GA 3WNFA 4CEBA 1XMOK 3U9ZA 1OH6A 4FJ8A 1WUAA 1A5XA 2D0PA 2FLOA 4Z4CA 4DV7K 1MYNA 3IUCA 4LY7A 3F9KA 2HB5A 3C0BA 3CCUN 3R1XA 1NOYA 2QK9A 4LH4A 1RDWX 4CJ3A 3K0SA 2W42A 1XNRK 4M63C 5C15A 1KVBA 3P83D 2DY4A 4GVMA 2P5GA 5E84A 3QFPA 4DV4K 5AQHA 4B9LA 4NXNK 2DFEA 4CBWA 3OY9A 3MXJA 4B3MK 2QWRA 4O0IA 3V4IA 1BO5O 5CYMA 1PE4A 5A2QO 1J9AA 3MCPA 4DS5A 3MEGA 1D8YA 1BRZA 3HPGA 3WQUA 4BRLA 2OTJN 1MDUB 3ASMA 4FSVA 3Q7CA 5SWMA 3ZT2A 2E5LK 1BA0A 1QTMA 4HCBA 4X62K 5C2FA 3I56N 1QVGM 1NGJA 3L8BA 2B6AA 1BCOA 3M3ZA 3OHRA 4H4MA 4CGIA 3TAQA 1NK8A 1T6DA 5J2QA 3VEZA 1O13A 2V7ZA 1IKWA 3VETA 3O3HA 4JKCA 3ZT0A 4BVPA 1NGFA 4C8NA 3AAPA 1CLQA 4KHQA 1TK8A 2VG7A 3FR0A 3IG1A 4DR5K 3CF5L 1Q18A 4AHSA 3HM9A 1V4SA 2F8TA 2CGLA 1VAZA 4E7HA 2GTDA 4IOXA 4KB1A 4DV5K 3TSPA 3ULDA 2X78A 3KP0A 3VGKA 3KOYA 1N4NA 3J7YP 1TKZA 3CC2N 4YHHK 4PKIA 2KFZA 4ICLA 3THWA 4BACA 4CQKA 2VY6A 1BDGA 3TI0A 3VQDA 5KK4A 1VSLA 3THVA 1K6YA 4K0KK 5FPDA 5HRSA 5GINA 1B7DA 1YITN 3OYJA 4A59A 1REVA 2BTFA 4NLCA 4J2BA 2KZZA 2Q3SA 3H3OB 1XQSC 3CYGA 2OYQA 2XY5A 4FWSA 4LD0A 4CI6A 1EO1A 4O5BA 1SKWA 3LM2A 2FF6A 3OYLA 1XWLA 4JKHA 1S6QA 4I6MB 2ZGZA 2UUAK 4UAEF 3KOWA 3OS2A 4CGHA 4RG8A 3VEVA 4H5RA 3BUZB 1ATRA 5DK5A 3PO4A 2EHGA 1SL2A 3OS1A 4XH5A 2X6SA 3CJBA 4M3UA 1HYVA 2WONA 1HQUA 5CZ1A 4Z4HA 1QSSA 4H4OA 2FBVA 3PSMA 1S9GA 2YHAA 4I2PA 4BDPA 4DF4A 3D45A 3RR7A 3WT0A 2GWKA 3VQ6A 2O4IA 4NCBA 1S3XA 3V9UA 4DTOA 5KPRA 1B92A 5DM7L 1C55A 2WOMA 3RTVA 4ILGB 3ULEB 1T7EA 4CF8A 1KV0A 4M3ZA 3MEDA 3SJHA 1X1PA 1DQ7A 3F5TA 5IWAK 3SQ2A 4IO9L 1QHTA 5ELZA 1JLGA 4OPJA 3LDQA 3KLGA 3TTDA 3LANA 1JLFA 2YNHA 1NK5A 1UAXA 4CD3A 5KI6A 2W40A 4JD2B 2KBHA 1RBRA 4AM6A 3EY1A 2E88A 4CJFA 2A7TA 1HPMA 2QWPA 1A5WA 1TK5A 1IG8A 3E9PA 2P5OA 4CZEA 2BE2A 4PWDA 2AP1A 2YV0X 5LY3A 1NE5A 4BC2A 4BVOA 5TKWA 3CCQN 5FRMA 4HUFA 4DLGA 1HPZA 1VQ4N 2PBDA 3TSUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3VQ9 A;  1EET A;  3H6E A;  3DRP A;  1DEJ A;  2LI7 A;  1C1C A;  2Z1H A;  3HSC A;  5I42 A;  4DU4 A;  5JEN A;  3KHW A;  2LKB A;  2A41 A;  2P9P A;  3MN6 A;  3RVC A;  4DF8 A;  4F4K A;  1WSG A;  5EXW A;  2OAN A;  2RPI A;  3O4Q A;  3OYE A;  4BQZ A;  1BMR A;  5BPL A;  4OPA A;  2LY5 A;  2F96 A;  4LF9 K;  4BR7 A;  2P9I A;  3BY5 A;  2UUC K;  4GKJ K;  2RN2 A;  4PL7 A;  1HLU A;  4FWM A;  1C6V A;  3WQT A;  1RBS A;  1HR0 K;  2N2Q A;  1E4F T;  3NF7 A;  5JMV A;  4C1N I;  2Q31 A;  3ID8 A;  2EWS A;  2P9S A;  5CY4 A;  3O9U A;  4O5F A;  5KPZ A;  4LFA K;  5AQR A;  4HVJ A;  2VWK A;  1XHX A;  1LOT B;  2D1K A;  4DCH A;  3D2E A;  2P51 A;  1HNX K;  1NLV A;  1FKP A;  5AQF A;  1RBU A;  1SNB A;  2HHT A;  4A62 A;  1EKE A;  5LMU K;  3T3F A;  3H45 C;  4ISE A;  1NGA A;  4IG3 A;  4FWP A;  1ZYQ A;  1HNW K;  1RT7 A;  2D0O A;  4AEI A;  4B9V A;  1I2V A;  1G99 A;  4CJW A;  3C7N B;  1VQ9 N;  2YNI A;  4Z4G A;  1NH5 A;  5E26 A;  1WWN A;  2OPQ A;  4FK4 A;  2YHB A;  1NJZ A;  4LF4 K;  4BE1 A;  4OJR A;  4DLE A;  5HRO A;  1N32 K;  3B6O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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