3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
molecule tags Chaperone/protein transport
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
2E1YA 4K43A 4CZKA 1GLCG 4BR7A 3P4IA 1XC3A 4RWTA 3VEZA 2ASPA 2FLOA 5JICA 1BO5O 3TPQA 5EVZA 1BDGA 3JXUA 2GTDA 1NGEA 2YI1A 1E4GT 3UKUA 4BRFA 4GY2B 3DAWA 4MO5A 5AQIA 5BR9A 2D0PA 1BA1A 5AQKA 4WYBA 2P9LB 1LOTB 1MWMA 5BREA 3CHWA 3QDKA 2HF3A 2GWJA 4ISEA 3VF6A 1SAZA 3IMXA 3EN9A 4RCHA 4B1ZA 1QQNA 3M6GA 4FWQA 2CGLA 2PAVA 3HTVA 1U2VB 2IIRA 4M7YA 3O6WA 2ITMA 3H3NO 3SMPA 4BQZA 1K8KB 2P9LA 4K25A 5AQPA 2E2PA 4FOEA 3WUHA 1NWKA 1Z05A 4WQ5C 2F9TA 3R8EA 3FGUA 4H5NA 2Q31A 1X3NA 3RSEA 5JLFA 2P9PB 3TU5A 4IO8A 2QWNA 4BVOA 1NGCA 3VEVA 1P8ZA 1SQKA 3J8AA 3GL1A 4WQ5A 2VYPA 5F1XA 2QM1A 5AQNA 3L0QA 2IVOA 1K8KA 4B1YB 1Z6RA 4Z94A 4CBUA 3CQYA 2KHOA 5AQSA 3O08A 3A5MC 3SK3A 1Y64A 1NGDA 3QBWA 3MK6A 1HJOA 1JCFA 4BQLA 3ZX3A 4XH5A 4EFHA 4BVPA 3HZ6A 1V4SA 3H1QA 3KVGA 4PL8A 3FZMA 3H45C 1NGHA 1DEJA 1GLDG 5AQQA 2P9UB 2Q1NA 3WXLA 4CZJA 3ULEB 1KAYA 4FO0A 3LDQA 4EIAA 1ZBSA 3IFRA 3HM8A 2Q2RA 3MMVA 5BRDA 4AM7A 2AP1A 4BRIA 3D7EO 3FE1A 1YUWA 5AQZA 5ADXH 1R59O 2HMPA 5AQHA 1MA9B 2F9WA 2ZF5O 3QB0A 5LY3A 3MDQA 2D0OA 2A40A 3W3DA 2DPNA 5ELZA 3VPZA 4BRHA 3AARA 5AQXA 1G99A 4BR9A 3F9MA 4CD3A 4MLHA 4MLEA 1HPMA 3ZETA 4I6MB 4FWPA 3R9PA 1YXQA 3FZFA 4FPAA 2ASOA 1XUPO 3DWLA 4B1UB 4DHYA 1QQOA 3CJ7A 2P9NA 3VGMA 3EL2A 1BA0A 2E88A 3DXKA 1T6CA 4FPBA 2H3GX 3A8YA 3WEEB 2QWPA 2P9SA 3EO3A 3H1VX 1HUXA 3ZX2A 4YDUC 1KXPA 4H0OA 2P9IA 3VETA 3ENHA 1LCUA 2P9KB 3MN6A 4BRNA 4I6MA 5F0XA 5EOYA 1RDWX 2ZGYA 1KAXA 1CZAN 1T6DA 3O8MA 3H6EA 1Q18A 2CH6A 2VWBA 1BWFO 4YDUA 3MN9A 4BR0A 3DXMB 4B1VA 1DGKN 5AQYA 3ATUA 2QWLA 2W40A 4LC9B 4A61A 4EHUA 3LDNA 3VF4A 2IVPA 1GLBG 1SZ2A 5AZJB 4BR5A 3WXIA 1GLJO 2E8AA 1MDUB 3UKRB 5AQTA 4A62A 5ADXA 4BC3A 4CZMA 5AQFA 3HBTA 2YHYA 3H3OB 4J8FA 2D1KA 2NZTA 4ISGA 1QZ6A 1TUUA 5AFUH 3ZEUB 3CJAA 1BOTO 3MN7A 3AAQA 4H0VB 4K42A 2HOEA 5BN8A 3LM2A 5B8HA 5AZJA 4GNIA 1NMDA 2YHWA 1H1VA 4QS7A 5CE3A 1X3MA 4CBWA 3LDOA 1T44A 2V51B 3O5BA 4KBOA 1YVNA 2ASMA 4FWRA 5AQOA 1J6ZA 3VF2A 5LJWA 2VCPA 4XH1A 1U2VA 4MO4A 4E1JA 2OANA 4H5VA 4L3QA 4H0TB 5KQ8A 5EXWA 3BF3A 4ISFA 4DB3A 2QXLA 4F9OA 2P9PA 3D2FB 2HF4A 5KPRA 1ATNA 2AA4A 4HTLA 1TUYA 4BRLA 3VENA 2BUPA 1HLUA 3B8AX 2E20A 4H03B 3U9ZA 4H5WA 4CJ7A 3GOIA 3VGLA 5BPMA 1TYQB 4BRKA 4O5FA 3U4LA 1QQMA 3D2FA 3A5OC 4JNEA 1D4XA 4HWIA 3GG4A 3CJCA 3CIPA 5AFUA 3CJBA 1NGFA 4BG9A 3AAPA 3VGKA 1BU6O 1RFQA 3BP8A 4PKIA 2YCHA 2P9UA 1QHAA 4FWMA 3ULEA 5AR0A 2E2OA 2E2NA 3BEXA 1RGIA 2YJFA 1BUPA 3O4WA 4CBXA 4IWVA 5F2RA 4XEIA 1NGGA 4BC2A 3WQUA 4JAXA 5AQMA 5AQUA 3CERA 5E26A 3FZHA 2FF3B 4FWLA 4CZLA 5EX5A 3O1WA 2YHXA 3FR0A 3QFUA 4O8KA 2CH5A 3QICA 4BC4A 4JHDB 3QMLA 4PL7A 5BN9A 3D2EB 2QW9A 2A5XA 2BTFA 4B1WB 4H5TA 3LL3A 3C7NB 3ATVA 1ESVA 2A41A 3CI5A 3DJCA 3LDPA 4FSVA 4NB4A 1BG3A 3OHRA 1HKCA 4NO7A 4A2BA 3VEYA 3UKUB 4IJNA 4BR2A 3S41A 3EZWA 3WEEA 5EY4A 3UB5A 3IDHA 2GUPA 4FWSA 1C0FA 2P9KA 3IUCA 2ZGZA 2Q0UA 4DQ8A 1EQYA 2E1ZA 3MCPA 4BG8A 4DCHA 1NBWA 3VEOA 4BROA 3WQTA 3ENOA 1JCGA 3DXMA 3ID8A 3MN5A 2UYTA 2QWQA 5I9EB 5AZIB 5FPNA 1S22A 1IJJA 4B9QA 1QZ5A 2FF6A 2V7ZA 3M1FA 2QWOA 4B1XB 3VERA 4CI6A 2CGJA 5JMVA 4BC5A 4WQ4C 2A6AA 5AQLA 3GE1A 3UKRA 2A3ZA 2J4RA 3ZX0A 1HX1A 5FPMA 1NGAA 4IXCA 5BRHA 5KPTA 1C0GA 3RSEB 3VEXA 3JS6A 1E4FT 3ZEUA 1NM1A 4WQ4A 4FOIA 4RTFD 4M63C 4JN4A 4CZGA 5AQJA 4BGAA 1HKBA 5AZIA 4JD2B 3C0BA 1GLEG 3EKSA 4H0PA 4BGBA 1YAGA 2IVNA 3R6MA 3KHYA 2GWKA 2I7PA 2E2QA 3U8XA 4BRQA 4AM6A 3CETA 4K41A 3LDLA 4QS8A 2YJEA 3WXKA 1NGBA 4FL9A 2QWMA 2A42A 3HSCA 1HKGA 3FFKB 4CZIA 3U9DA 1NGJA 5TKYA 4BRCA 1WUAA 2Q0RA 3SJHA 3QBXA 3FLCO 3UE5A 3A5NC 4FWOA 4JD2A 5BRFA 4BRMA 5KPZA 1GLLO 1XQSC 4IZ9A 4BR4A 1U6ZA 2FSKA 3GDQA 3VESA 1IG8A 2CGKA 4FWKA 1ZC6A 3GBTA 3H46O 3QFPA 2QWRA 5JLHA 2W41A 1NGIA 2PBDA 1WOQA 4H0YB 4BRGA 5AQRA 3BF1A 5E84A 2V7YA 5KQDA 4CZHA 4BRAA 3VOVA 4C23A 1GLAG 1TYQA 5LJVA 4CZFA 1ATSA 4IJAA 2FSNA 3O80A 3EKUA 3AY9A 4EAHD 3WT0A 3CJ1A 4CD1A 4QS9A 3SLCA 5AQGA 4A2AA 4FWNA 4M7XA 1DKGD 2Q36A 5AQWA 2Q97A 2ZWHA 1V4TA 4BREA 3CJ9A 3FZKA 3ZETB 3L4IA 5BPLA 2GEMA 4EHTA 1OKJA 3I8BA 2NLXA 1KAZA 4PKHA 4H0XB 3SMSA 3WXJA 2P9NB 4Y0WA 2FSJA 4BRDA 1GLFO 1X9JA 3DXKB 3I33A 4BRPA 1S3XA 2P9SB 3G25A 4CZEA 2D4WA 3M3ZA 4XH4A 3A5LC 1ZXOA 2P9IB 3KZBA 3O1BA 4H5RA 1NLVA 3A0IX 2EWSA 2I7NA 5BPNA 5FPEA 2NRHA 2FXUA 2V52B 3BUZB 5FPDA 4PKGA 5AQVA 4JHDA 3W0LA 3L6QA 3CQXA 3LM9A 3VEWA 2GELA 1MWKA 3D2EA 3HI0A 3FZLA 2WUSA 1ATRA 1JCEA 3C7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSPA 2VGNA 2Q3SA 3CCLN 4E1MA 4AHTA 1VQ8N 4K8ZA 4AH9A 1XC3A 1C0MA 3EZ5A 3NF7A 1I94K 4JKHA 3SAHA 2YIPA 5EVZA 3LAMA 2G8UA 4CHZA 3JXUA 1WBBA 1IV0A 1NGEA 1QSLA 1ASWA 4GY2B 4MO5A 5BR9A 2UUAK 3THWB 5AQKA 2Z1IA 4QAGA 4WYBA 1MWMA 2HNYA 4CK1A 3PO5A 2HF3A 4CFAA 3VF6A 3ZSRA 3M6GA 1SEGA 4FWQA 2G8FA 4JKGA 1LWEA 3RMCA 3AA4A 1EWRA 4OPHA 3D45A 3DRRA 3DLBA 4BQZA 2P9LA 4K25A 3PX0A 2W6KA 1WLJA 4WQ5C 1J9AA 2Q31A 4WFNL 1U04A 4OKJA 5JLFA 2P9PB 3TU5A 4BVOA 4CEOA 1KVAA 1P8ZA 3BGRA 4KH6A 5M1KA 1K9MO 1ZBUA 1X9WA 3MCAB 3M8RA 3L0QA 4E7KA 5KGWA 3MX2A 1DTTA 3OBWA 4O0JA 3RR8A 4B3OA 4CBUA 1LV5A 3A2FA 4PA1A 1FKPA 1HJOA 4FM2A 2B4JA 1PX9A 1JCFA 2RF2A 3SBGA 5MLCQ 4EFHA 2LY5A 1S1WA 1GPSA 4CGFA 3NGIA 4RW7A 1V4SA 1NU0A 4CGJA 4PL8A 3TARA 3FZMA 4M3XA 3NGZA 3HRGA 1JKHA 4BECA 1KV0A 4HHFA 2N2RA 1S6PA 4FZXC 3IFRA 4IOAL 2JGUA 4AHUA 3U3YA 4ID1A 3ZSQA 2X6NA 2GUIA 2HMPA 1D8YA 1XC9A 3CMAN 2ZF5O 3QB0A 3NH2A 2W00A 1HYVA 1RILA 2D0OA 2PY5A 5FRNA 4CJRA 2DPNA 1L3VA 1KFDA 3AARA 3KLHA 4CHNA 4GV9A 3O9UA 2HHVA 2SN3A 3VQ5A 3TWHA 1HPMA 4CCHA 4FVUA 4GKJK 3WNGA 3ZETA 1RTJA 1OH7A 4I6MB 3VA3A 4DTOA 3C6UA 4Z4EA 3R9PA 2RN2A 2LJ7A 1JZBA 3KKRA 4FPAA 1I6FA 1ITGA 1CXQA 3DWLA 2MBKA 3VQPA 3DLHA 3EL2A 1BA0A 4FLTA 3DXKA 1KLNA 3KOXA 3OW2M 3AVIA 4YDUC 1W2BM 3D0PA 3CC4N 4HE7A 3E01A 1PE4A 4JKAA 3OYCA 3NBPA 3T1AA 2BGGA 5CYMA 1VQLN 1BWFO 4CIGA 4DV2K 4C1NK 1VSLA 2KPYA 2W40A 3ZT2A 4EHUA 3I8DA 3LDNA 5HP1A 1RDBA 1IH7A 2IVPA 5AZJB 4LF8K 4KB0A 1C55A 4CERA 4BR5A 4MDAA 2WTUA 1OH8A 1HNXK 3HBTA 3O3FA 2YHYA 4M3TA 3DRSA 4J8FA 4FW1A 5AFUH 4CK2A 3JSMA 3ZEUB 2O8BA 1JLQA 1RDUA 3WNHA 1ILYA 2HOEA 2KQ2A 2WBNA 4IG0A 4WFAL 1T44A 3OYBA 4KBOA 1YVNA 3OYDA 4CQKA 1KSPA 3B6PA 4LF5K 4XH1A 1F21A 4H5VA 4LH5A 3L2VA 3OYGA 4H0TB 3SAFA 3KLGA 1IO2A 4FJXA 4B3TK 2O8FA 2N69A 4ISFA 4DR2K 1UA1A 1Q82O 4F9OA 1O13A 5JVHL 4ILJA 2HF4A 4A59A 3EE8A 4YHHK 4KTQA 1W0HA 1I39A 5LL6Z 4EP4A 1QS4A 3VQCA 3TAFA 5HRRA 2MN5A 1T8EA 3P83D 4WF9L 4FJGA 1TYQB 4OJRA 1JLAA 4BE7B 1JL2A 4IO9L 4JNEA 3FFIA 3IKMA 4KB1A 1Q9YA 2FBXA 1BGXT 2OA8A 3HJFA 5C15A 1XNRK 3AAPA 2LN8A 1SUQA 4K8XA 3DLGA 4LFBK 1BMRA 3DLLL 4FWMA 1JXCA 5AR0A 2E2OA 3SV3A 3BEXA 4KYPA 2Y1IA 4RG8A 2A7TA 1N34K 1N36K 3CCQN 1BUPA 4CBXA 3LP0A 4IWVA 4CJVA 4XEIA 4BC2A 4DV1K 2HW3A 1NKCA 1B3CA 3CCRN 4I9QA 1VHXA 4L8RB 2YNHA 5GINA 2FF3B 3OY9A 2FBVA 1K6YA 5EX5A 4O8KA 4FJLA 4BC4A 3CPEA 4FK4A 2LKBA 3D2EB 3EE9A 3KIOA 4BDYA 1WSIA 3TANA 4B1WB 3LL3A 2RHKA 1W97L 1YTUA 3SQ2A 5GADP 3OHRA 3SUQA 1XRSB 1HKCA 4FJMA 4RW9A 2IC3A 3VQ6A 3CCMN 3WEEA 5EY4A 4HVJA 3PX4A 4OX9K 1NK8A 4C8MA 4FK2A 1C0FA 1GPTA 1TAQA 2O8CA 2ZGZA 4CGDA 4DQ8A 4BG8A 4JI2K 1Q81O 3AVLA 2QK9A 4DV6K 4KRFA 1JCGA 3THVA 3ID8A 1ZBFA 3MN5A 2E3FA 1D5AA 1BIZA 4DSKA 2C1GA 2QWQA 5I9EB 3N4PA 1LQHA 5AZIB 4JKGB 5C10A 4FJIA 4JKDA 4N5SA 3OYMA 3HL8A 3THXB 3M1FA 2QWOA 4B1XB 4BC5A 4WQ4C 3SI6A 3LAKA 2J4RA 4F8RA 1HX1A 4OLBA 4KHPK 3MXMA 5KPTA 2HVIA 1C0GA 3R3LA 3JS6A 1WBDA 1NM1A 3ZSZA 2JWKA 3T1HK 4CZGA 4M63C 3OYEA 3I55N 3LPTA 3O3HA 1RBSA 4H0PA 4V19S 1YAGA 3TTFA 4FW2A 2GWKA 3ASMA 4Z4IA 1TK8A 4CW7B 1VQNN 3LDLA 3L56A 5FROA 3SQ1A 4N41A 2GL1A 1SL2A 1WMTA 4IBNA 3CXCM 1DTQA 1NGJA 4BRCA 3ZSYA 4X65K 1WUAA 4CEAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TSP A;  2VGN A;  2Q3S A;  3CCL N;  4E1M A;  4AHT A;  1VQ8 N;  4K8Z A;  4AH9 A;  1XC3 A;  1C0M A;  3EZ5 A;  3NF7 A;  1I94 K;  4JKH A;  3SAH A;  2YIP A;  5EVZ A;  3LAM A;  2G8U A;  4CHZ A;  3JXU A;  1WBB A;  1IV0 A;  1NGE A;  1QSL A;  1ASW A;  4GY2 B;  4MO5 A;  5BR9 A;  2UUA K;  3THW B;  5AQK A;  2Z1I A;  4QAG A;  4WYB A;  1MWM A;  2HNY A;  4CK1 A;  3PO5 A;  2HF3 A;  4CFA A;  3VF6 A;  3ZSR A;  3M6G A;  1SEG A;  4FWQ A;  2G8F A;  4JKG A;  1LWE A;  3RMC A;  3AA4 A;  1EWR A;  4OPH A;  3D45 A;  3DRR A;  3DLB A;  4BQZ A;  2P9L A;  4K25 A;  3PX0 A;  2W6K A;  1WLJ A;  4WQ5 C;  1J9A A;  2Q31 A;  4WFN L;  1U04 A;  4OKJ A;  5JLF A;  2P9P B;  3TU5 A;  4BVO A;  4CEO A;  1KVA A;  1P8Z A;  3BGR A;  4KH6 A;  5M1K A;  1K9M O;  1ZBU A;  1X9W A;  3MCA B;  3M8R A;  3L0Q A;  4E7K A;  5KGW A;  3MX2 A;  1DTT A;  3OBW A;  4O0J A;  3RR8 A;  4B3O A;  4CBU A;  1LV5 A;  3A2F A;  4PA1 A;  1FKP A;  1HJO A;  4FM2 A;  2B4J A;  1PX9 A;  1JCF A;  2RF2 A;  3SBG A;  5MLC Q;  4EFH A;  2LY5 A;  1S1W A;  1GPS A;  4CGF A;  3NGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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