3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
molecule tags Chaperone/protein transport
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
2P9SB 3UE5A 1GLLO 4BQLA 2ZGYA 4BR0A 4FWNA 3GL1A 1D4XA 3ZETB 4CZHA 5KPTA 2P9IB 5AFUH 4O5FA 3VENA 4PL7A 2GTDA 1C0GA 4DQ8A 3O1WA 3CQXA 2E1ZA 4I6MB 3WQTA 1BU6O 4H5TA 1MA9B 1BUPA 3R6MA 4BRAA 3L4IA 3H46O 1WUAA 4F9OA 4H5RA 3ZX3A 1LOTB 3CJAA 3DXMA 4PKGA 4FSVA 1SZ2A 1HUXA 5BRDA 4BGAA 4BRQA 3D2EA 5AFUA 2QWNA 5AQTA 5JLFA 4WQ5A 2OANA 4BRCA 4KBOA 5AQUA 5LY3A 3WEEA 4BVPA 3UKRB 4FWRA 5AZJB 3ZEUB 3D2FB 2E2NA 2NRHA 4BC3A 3MK6A 3ZX0A 2FLOA 4BRMA 3GG4A 3M3ZA 5F0XA 2FSJA 2YI1A 1V4SA 3H6EA 1HLUA 3WXLA 2IVNA 4EHUA 4CJ7A 2UYTA 3SJHA 4CZLA 1HX1A 3SK3A 3WT0A 3GOIA 1BDGA 3FGUA 3LDLA 4M7YA 5F2RA 1Z05A 4FWMA 3M6GA 4JD2A 3DJCA 3W3DA 2E20A 3FZMA 2QWMA 5EX5A 2YHYA 3IFRA 3AAPA 1K8KB 4LC9B 4DHYA 3DXKB 3QFUA 3O6WA 3W0LA 1Y64A 2QM1A 4WQ5C 2P9PA 5AR0A 2D4WA 2IVPA 4BR5A 4FWOA 2KHOA 5ADXA 1TUUA 2P9KB 3ATVA 2I7PA 2E1YA 4BRKA 4H0YB 4MLEA 2Q31A 4BGBA 2J4RA 3EN9A 3KHYA 3VPZA 1YVNA 3ID8A 4BRPA 4A2AA 5AQHA 3EL2A 2NZTA 1GLEG 4WYBA 5AZIA 2YJFA 4EAHD 5AQGA 3MN9A 3HSCA 3WUHA 3ZX2A 2P9NA 3VGKA 4B1UB 3A5MC 1TUYA 4FPBA 3VEYA 3QMLA 4ISFA 4K25A 1QZ5A 1IG8A 3LDQA 2WUSA 3CETA 2V7YA 4A2BA 5KQDA 1GLBG 4CD3A 2HF4A 4CZKA 2IIRA 3DAWA 3HBTA 3S41A 4C23A 4CD1A 1XQSC 3IDHA 4GNIA 2AP1A 2FF6A 3G25A 4H0XB 1YUWA 2QWPA 5BN8A 1U2VA 3AAQA 1GLFO 3CIPA 2IVOA 1NGJA 3VOVA 3BP8A 3H1QA 4BRDA 4MLHA 2E2QA 2P9UA 5BRHA 3QICA 4NO7A 2YHXA 3J8AA 3IUCA 3HI0A 3VEXA 2YCHA 5FPMA 5EVZA 1MDUB 2P9LA 4BR7A 4GY2B 3BF1A 3GDQA 1SAZA 2CGLA 3O08A 4K42A 2GEMA 3QBXA 4E1JA 3KVGA 5AQVA 2FXUA 3LM2A 4QS8A 3U9DA 3DWLA 1HKBA 2BUPA 4FPAA 5AQZA 3HTVA 2QWLA 3HM8A 3FR0A 1U6ZA 4H0VB 3U8XA 1KAZA 2PAVA 2P9SA 3IMXA 3VEOA 4B1XB 1XUPO 1YXQA 4BC2A 1TYQB 4FOEA 3ZETA 2P9IA 4FOIA 1BO5O 2E2OA 1S22A 4JHDB 2VWBA 3VF6A 3H1VX 4I6MA 5FPNA 3EKSA 3M1FA 2A41A 4M63C 3A8YA 4B1YB 4ISEA 3MMVA 5AQRA 5AQSA 1V4TA 1BWFO 5AQOA 3UKUB 3D2EB 3AARA 1HKGA 3U9ZA 3F9MA 2Q1NA 1C0FA 1P8ZA 4M7XA 5FPDA 4IO8A 4H03B 3D7EO 3WEEB 3H3OB 4CBUA 3A0IX 4O8KA 5ELZA 2QWRA 3WQUA 3ZEUA 1ATRA 5AZJA 4HWIA 4BQZA 3D2FA 2QWOA 2A42A 3HZ6A 3CHWA 3LL3A 1NGDA 1XC3A 4PKIA 3WXIA 3TPQA 2H3GX 3QBWA 3VESA 2CH5A 1QHAA 1X9JA 3L6QA 2ZGZA 1NGFA 3WXKA 1LCUA 1NGGA 1BG3A 2HMPA 3VGLA 1MWKA 3VEWA 4XH5A 4CZEA 4H0PA 1K8KA 4CBWA 3VEVA 2CH6A 3DXKA 4JNEA 2HF3A 5E84A 4L3QA 1BOTO 2D0PA 3CERA 5JMVA 3A5OC 1BA0A 3C7NB 5AQPA 4PL8A 2GELA 3ULEB 4CI6A 4RWTA 2DPNA 2P9KA 5BRFA 4FWPA 2QXLA 1OKJA 1GLJO 2Q0UA 1R59O 2V7ZA 5BPLA 5AQMA 2ZWHA 4K41A 5AQIA 3BUZB 1S3XA 3FE1A 4RCHA 2ASPA 2VCPA 4CZJA 1JCEA 4AM7A 3LDPA 3BEXA 4WQ4A 4H5NA 2PBDA 1MWMA 2P9NB 4HTLA 4IJNA 2E8AA 5AQJA 2Q2RA 3FFKB 5BR9A 2A3ZA 4BG8A 4BRLA 2W40A 4BRGA 3CJBA 1WOQA 3H3NO 1NGBA 4BRHA 3MDQA 2A5XA 4QS9A 5AQNA 4PKHA 4YDUA 1X3NA 3TU5A 3AY9A 3SMSA 4B9QA 3MN7A 3I33A 4BRIA 1DGKN 5LJWA 1ATSA 3RSEB 5KPZA 1NBWA 2FSNA 4IZ9A 4B1ZA 4FO0A 3ENOA 1KAXA 4H0TB 3UB5A 2BTFA 4Z94A 1Z6RA 4IWVA 1HKCA 1Q18A 1GLAG 1GLCG 4BG9A 2A6AA 4WQ4C 5B8HA 1NGEA 4B1WB 3EZWA 4BRNA 2E88A 5I9EB 1QQMA 1RGIA 4IJAA 3LDNA 1E4GT 2AA4A 2EWSA 4BR4A 2F9WA 4BROA 1NGHA 4JN4A 2ASOA 4BVOA 3KZBA 1TYQA 2ZF5O 4YDUC 2ASMA 2D0OA 4FL9A 5CE3A 4RTFD 4FWQA 4JHDA 3DXMB 3VF2A 3VETA 2Q0RA 3CJ1A 4EFHA 3LDOA 3VEZA 1IJJA 4J8FA 5KQ8A 5AQLA 1J6ZA 3MN6A 3CJ7A 3R8EA 2VYPA 4AM6A 4XH1A 4A61A 4FWSA 3UKRA 2I7NA 5BREA 1SQKA 2HOEA 3UKUA 2A40A 3FZKA 2CGKA 2YHWA 1E4FT 1T6DA 4BR9A 1KAYA 3LM9A 4QS7A 2ITMA 3O5BA 4FWKA 3I8BA 3U4LA 4BR2A 5EXWA 3QDKA 2CGJA 5KPRA 4B1VA 4CZFA 3O4WA 2V51B 4EHTA 4XH4A 1GLDG 4JD2B 1YAGA 3SLCA 4ISGA 1NGCA 5BPMA 4A62A 1QQOA 2E2PA 3SMPA 1G99A 4EIAA 1BA1A 4Y0WA 5AQQA 5ADXH 1T44A 1X3MA 5JICA 2P9PB 2QW9A 2GWJA 5FPEA 2FSKA 4NB4A 4BC4A 1NWKA 3GBTA 3GE1A 2NLXA 3FZFA 3CI5A 4CZGA 2GUPA 3FZLA 3O8MA 3VGMA 1KXPA 3C7NA 5TKYA 3ULEA 2Q97A 3A5NC 3BF3A 4BC5A 2D1KA 5AZIB 5AQYA 4CBXA 1ATNA 1JCFA 5F1XA 3R9PA 1H1VA 1NM1A 4CZIA 4BRFA 3MN5A 3WXJA 4IXCA 3CQYA 3EKUA 3ATUA 1RFQA 4MO4A 1DKGD 3EO3A 5BPNA 1ZC6A 3FLCO 5AQXA 2V52B 3O1BA 4H5VA 4H0OA 2QWQA 5AQKA 3JXUA 2FF3B 4XEIA 1HPMA 3L0QA 2W41A 5BN9A 4DCHA 4DB3A 5JLHA 1ZBSA 3CJ9A 1NLVA 4FWLA 1JCGA 5EOYA 1EQYA 1ZXOA 5E26A 1DEJA 1QQNA 1U2VB 3QFPA 2GWKA 5AQFA 3CJCA 1T6CA 5EY4A 1CZAN 2P9UB 2YJEA 5AQWA 4H5WA 3QB0A 3ENHA 4BREA 3C0BA 3VF4A 1NGIA 3H45C 3OHRA 4CZMA 2Q36A 3MCPA 1NMDA 3RSEA 3FZHA 2P9LB 4JAXA 1NGAA 1QZ6A 3VERA 4K43A 3A5LC 3O80A 1RDWX 3JS6A 5LJVA 4MO5A 1HJOA 2F9TA 1ESVA 3B8AX 3P4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNFA 4B9TA 3V9XA 2ZGYA 4LSLA 4OPKA 3CCVN 3AVCA 3GL1A 1RT3A 4O5FA 5FROA 3ZT3A 3VENA 1BMRA 3EE8A 2GTDA 1C0GA 2FC0A 3THXB 3O1WA 2E1ZA 3V6DA 2I5JA 1L3TA 1MA9B 1BUPA 3AVGA 3L4IA 1LOTB 1O13A 3DXMA 1SZ2A 3CCSN 1XHXA 1YT3A 3BZCA 3Q7CA 1VQPN 1S5JA 3WEEA 4CESA 5LMUK 1J53A 1NPIA 1RTIA 3D2FB 3SZ2A 4M3XA 2NRHA 3DOLA 3MK6A 3CFPA 2DFFA 3LDSA 2FLOA 1HQEA 2UXCK 1V4SA 4AHVA 1HLUA 1SNBA 3VQ4A 4PUOA 2OZMA 3SK3A 3WT0A 1BDGA 3E7UX 3LDLA 4M7YA 5F2RA 1Z05A 1K8AO 3ID6A 4IDHA 3LWMA 4FWMA 3WNFA 4B08A 2VGMA 3W3DA 2QWMA 1RDBA 2YHYA 1IKWA 4BWMA 4DFKA 3KOZA 3DXKB 1DTQA 3O6WA 2XY6A 3OS0A 1JLGA 2IVPA 3SUPA 4BRKA 4H0YB 4KO0A 3C94A 3NE6A 1ZU3A 3EN9A 3VPZA 4BRPA 4KB0A 3EL2A 3N4QA 1GLEG 2NUBA 3OA9A 4WYBA 1JKZA 1FK9A 2YJFA 4JI7K 2Y1JA 1BI4B 3HO1A 2HBMA 1VNBA 2HHSA 3VQCA 3SV4A 3HPOA 3A5MC 4FW1A 5M1FA 3CPWM 3RMCA 3SQ2A 4DV4K 1RT7A 2P51A 4KAZA 4KPYA 1IG8A 3DLGA 2UUAK 1WWNA 1EP4A 3RVCA 3T3FA 4LH5A 2RN2A 2HF4A 4CJLA 4JKCA 1XQSC 3IDHA 3G6EN 4W5QA 3IRXA 1KLMA 3MAQA 1X9SA 3BY5A 4LF7K 5BN8A 3AAQA 3LP3A 3H1QA 4BRDA 4MLHA 1QTMA 2IDOA 3SAFA 3IUCA 4JKHA 2P9LA 1OZZA 4CGIA 3TARA 3O08A 3AV9A 3AA3A 4KHUA 1VRTA 1NG9A 1TAUA 1VQ9N 3VA0A 3T19A 4CHPA 2KGQA 1K73O 4HUFA 3BDPA 3AVBA 3I55N 3EYZA 4DSFA 2OCEA 2O4IA 4DS5A 3VEOA 1XUPO 3NMUA 1BGXT 1IKXA 1Q7YO 3QIPA 4M3TA 1Q8IA 4PWDA 2E2OA 4JKFA 1T3VA 4DSLA 1J5EK 1WSHA 2ZJQL 3F5TA 2A41A 3M1FA 4KRFA 2IAJA 3VN5A 1N6QA 4M63C 1XNRK 3THYB 4ISEA 3LP1A 4FJNA 5AQSA 4B8AB 1V4TA 4NCGA 3V9UA 4IOAL 3ENBA 4J2DA 1EETA 3ASMA 3V9SA 4M7XA 2Q1NA 1UOCA 4CJ5A 4ILGB 4IDKA 4FM1A 1YIJN 5GIOA 3A2FA 3H3OB 4YY3K 5HRPA 2QWRA 4PQUA 1ATRA 5M1QA 2NY9X 1CZ9A 3KWGA 1WMTA 4CECA 3HZ6A 3NF9A 1W2BM 2VG5A 4JI2K 1XC3A 2B6AA 5DM7L 4PKIA 4ID5A 2HNZA 2W42A 4J2AA 2N2RA 1BRZA 1K8BA 3QBWA 1Z26A 4DG1A 5SWMA 1QHAA 2W00A 1TKTA 2VY6A 4AHUA 3WXKA 3SPYA 1XHZA 1EWQA 1TV6A 1LCUA 1BG3A 2O8DA 3ZT0A 1F21A 4XH5A 1KCFA 1K8KA 4CBWA 2N69A 1OH8A 1X9MA 3KP0A 2HF3A 3Q7BA 2O8CA 1BOTO 5HL7L 3NVMA 4CIGA 2VQFK 2GELA 5BRFA 4FWPA 2Q0UA 1N36K 2V7ZA 5JVGL 3AO1A 4K41A 1HJRA 4LF9K 4CGJA 2VCPA 1T05A 2G8KA 1TL3A 2GV9A 3J81O 2X74A 2IGIA 4R5PA 2A1SA 4AM7A 1YJNN 4B8CA 4KFBA 3CC7N 2HVIA 1QSSA 3SJJA 2P9NB 4C8NA 4HTLA 3VQEA 2D0AA 1Z25A 2O8FB 4B3RK 2FBVA 3ZSVA 4BRGA 5SZTA 4IFYA 4KHWA 3TAEA 4B9QA 3SMSA 4LH4A 3I8DA 4PY5A 1ATSA 4O0JA 4Z4FA 4WCEL 1MYNA 4DTXA 3UB5A 4H0TB 4N47A 4YOXA 5J2PA 1FKOA 4Z94A 1GOAA 4CJVA 1I6GA 4JK9A 4QAGA 1GLAG 1GLCG 1HQUA 4J2BA 1T1TA 1WAFA 1S1XA 1QQCA 3CM5A 4CHYA 4B1WB 1W9HA 1QQMA 3KOXA 3KLHA 5KK4A 3BZKA 2XO7A 4BROA 1GOCA 4JN4A 4DS4A 1JLEA 2LSNA 3ZCMA 1IBMK 4I9LA 4BVOA 4BE2A 5HLFA 3KOYA 2D0OA 1HYSA 4N76A 2DY4A 2YHBA 3DRPA 3SQ4A 4CEDA 1JXCA 3LDOA 3K2PA 3K0SA 4J8FA 4E7LA 2KTQA 3MN6A 3CJ7A 4OKJA 3R8EA 3G10A 4CE9A 1B3CA 4A61A 3NH2A 4FWSA 3PIPL 4O0IA 3UKRA 4UJ0A 5BREA 1SQKA 1KC8O 3OYNA 3TABA 4KHNA 1I6FA 1HYZA 3HPGA 2A40A 1CN2A 1NKCA 2XRIA 1E4FT 3LM9A 1LV5A 1N34K 3O5BA 4FWKA 1EX4A 4OGCA 5AJ3K 4CEFA 1NH5A 1RNHA 1YHQN 1T8EA 1SL1A 3MX5A 2G8HA 1W97L 3KOWA 2QKKA 1PX9A 1HR0K 1T7BA 1OMYA 5HRRA 4XH4A 1GLDG 3HT3A 4ISGA 1NGCA 4NXMK 4GV3A 4CGDA 4Y0WA 2YNIA 4DQSA 3RWUA 2KZZA 2P9PB 3AO4A 4NB4A 2MBKA 3K5NA 3ISNC 4RW7A 2GUPA 3VGMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2YNF A;  4B9T A;  3V9X A;  2ZGY A;  4LSL A;  4OPK A;  3CCV N;  3AVC A;  3GL1 A;  1RT3 A;  4O5F A;  5FRO A;  3ZT3 A;  3VEN A;  1BMR A;  3EE8 A;  2GTD A;  1C0G A;  2FC0 A;  3THX B;  3O1W A;  2E1Z A;  3V6D A;  2I5J A;  1L3T A;  1MA9 B;  1BUP A;  3AVG A;  3L4I A;  1LOT B;  1O13 A;  3DXM A;  1SZ2 A;  3CCS N;  1XHX A;  1YT3 A;  3BZC A;  3Q7C A;  1VQP N;  1S5J A;  3WEE A;  4CES A;  5LMU K;  1J53 A;  1NPI A;  1RTI A;  3D2F B;  3SZ2 A;  4M3X A;  2NRH A;  3DOL A;  3MK6 A;  3CFP A;  2DFF A;  3LDS A;  2FLO A;  1HQE A;  2UXC K;  1V4S A;  4AHV A;  1HLU A;  1SNB A;  3VQ4 A;  4PUO A;  2OZM A;  3SK3 A;  3WT0 A;  1BDG A;  3E7U X;  3LDL A;  4M7Y A;  5F2R A;  1Z05 A;  1K8A O;  3ID6 A;  4IDH A;  3LWM A;  4FWM A;  3WNF A;  4B08 A;  2VGM A;  3W3D A;  2QWM A;  1RDB A;  2YHY A;  1IKW A;  4BWM A;  4DFK A;  3KOZ A;  3DXK B;  1DTQ A;  3O6W A;  2XY6 A;  3OS0 A;  1JLG A;  2IVP A;  3SUP A;  4BRK A;  4H0Y B;  4KO0 A;  3C94 A;  3NE6 A;  1ZU3 A;  3EN9 A;  3VPZ A;  4BRP A;  4KB0 A;  3EL2 A;  3N4Q A;  1GLE G;  2NUB A;  3OA9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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