3LDNA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in apo form
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldnA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldnA04
3FZMA 4BRIA 3I33A 1HPMA 1XC3A 4CD3A 2FLOA 3WQTA 4RWTA 3FZKA 2HOEA 2A5XA 2FF3B 3HBTA 1P8ZA 5BRFA 2IVOA 3HSCA 3O6WA 4QS7A 3LDQA 4Y0WA 3R9PA 3UKRB 5BRDA 2Q1NA 1V4TA 4BC3A 4FSVA 1X3NA 4CJ7A 4JAXA 1QZ6A 5AQQA 3OHRA 3QBWA 4JD2B 4FO0A 3AAPA 3DXMA 1KXPA 4CZKA 2A6AA 3O5BA 4NO7A 2P9NB 3LDPA 3G25A 1E4GT 3WQUA 4EFHA 3A5LC 3QB0A 3HZ6A 3QICA 4WYBA 5AZJB 3BP8A 2F9TA 4FWKA 1NGEA 1YVNA 3W3DA 1YAGA 2AP1A 3JXUA 3VGMA 3KVGA 2Q0UA 1GLLO 2P9PA 3B8AX 5KPRA 3GOIA 3L6QA 2YI1A 3W0LA 3MCPA 4CBWA 2QWRA 1NMDA 1TUYA 4JHDB 3U8XA 3CETA 3IMXA 4H0XB 3WT0A 4EHTA 3QFUA 3DXKB 2FSJA 1NGAA 3UE5A 4CZHA 1NLVA 3VEVA 3WXIA 3HI0A 3VEWA 1GLFO 5ADXH 1HKBA 4M7XA 1JCEA 3DAWA 3M6GA 1NWKA 3MN7A 4FL9A 3FZLA 4A61A 2GWKA 2ZWHA 3KHYA 5KQ8A 1JCGA 3IUCA 4Z94A 4CZEA 5AQOA 2Q0RA 4PKGA 5EX5A 4L3QA 2FSKA 4PL8A 1QZ5A 2YCHA 5AQFA 3S41A 1MWKA 4BRCA 2CH6A 4BG9A 3F9MA 5F2RA 5AZIA 5B8HA 2D1KA 3ENOA 3O8MA 4IZ9A 4B1VA 3BEXA 5E26A 2QWOA 3UB5A 2YJFA 1SAZA 5AQYA 3D2EA 2ZGYA 4FOIA 1CZAN 3ULEB 2J4RA 3AY9A 1V4SA 4H5TA 4FPBA 2ZGZA 2VWBA 4WQ4A 3ZEUB 2OANA 4BR5A 3TU5A 4BRLA 4H5WA 1G99A 3GL1A 4BQZA 3VESA 1NGHA 2H3GX 3LM2A 3C7NB 4I6MA 4AM7A 4BQLA 5F0XA 1RDWX 1HUXA 4BRKA 1NM1A 1HX1A 1NGGA 5AQGA 5AQWA 3UKUA 3ZX3A 4DB3A 2E88A 1NGIA 5AQTA 2QWNA 3VEYA 2FXUA 2QWMA 3A8YA 3A5NC 4WQ5A 1BUPA 1BOTO 4K41A 4BVOA 3D2FA 3EZWA 4CI6A 2GWJA 5TKYA 4BG8A 1EQYA 5AQIA 4FWNA 4IXCA 2ASOA 5AQXA 3M1FA 4NB4A 3ID8A 2V7ZA 3CERA 4K43A 4YDUA 2P9SA 1QQNA 4O5FA 1OKJA 5AQRA 4FPAA 5BREA 4B1YB 3VETA 2P9LA 3RSEA 4FWOA 2Q97A 1MWMA 4HTLA 3VGKA 2E2OA 3ZX2A 4BRFA 4GY2B 1ZC6A 3GE1A 4XEIA 1NGFA 1GLAG 1BU6O 2NZTA 3CJ1A 3MN5A 4E1JA 3O4WA 3BF3A 1NGDA 5LY3A 1Z6RA 2UYTA 3UKRA 3SJHA 5CE3A 3CJ9A 5FPDA 4MO4A 1QHAA 4LC9B 2PAVA 3D7EO 4BRGA 2CH5A 4EHUA 5BPNA 3FGUA 4FWQA 4CZFA 4JD2A 2F9WA 1S22A 2E2NA 3CI5A 4A2BA 4H0TB 3SLCA 3DXMB 5KPZA 1ATNA 4H0YB 4HWIA 1BDGA 4BR0A 1DEJA 4IJNA 5AZJA 4B1WB 5AFUA 3DWLA 2P9UB 4EAHD 4M7YA 3BUZB 4RTFD 4CBUA 4C23A 1LCUA 1TYQA 1YXQA 3CHWA 3EN9A 2Q36A 5BPMA 2P9PB 3BF1A 2GEMA 2QWLA 2GTDA 1X9JA 1XQSC 3C0BA 5AQHA 2ASPA 2VYPA 1T6CA 4F9OA 2CGKA 3O1WA 3L4IA 1GLBG 4PKHA 1WOQA 2VCPA 2I7PA 1T6DA 2WUSA 1NGCA 2DPNA 2ZF5O 3LDNA 4CZGA 1RFQA 2E1YA 4BC2A 2I7NA 5JLFA 4M63C 1HJOA 2P9IA 1TUUA 5AQVA 1D4XA 4FWSA 2V52B 1HLUA 3H1QA 3ZETA 3JS6A 2YHWA 4DHYA 1MA9B 1J6ZA 4MLEA 4ISGA 3HTVA 4IJAA 3LDLA 4O8KA 4BR4A 1GLJO 1U2VB 4BRDA 4A2AA 4EIAA 2E20A 5AZIB 3U9DA 1ZXOA 3CQXA 4BROA 2EWSA 3ULEA 4BC5A 2QWQA 3QFPA 3WEEA 3D2EB 1Q18A 5BRHA 2YJEA 3QDKA 4K25A 3VGLA 2QXLA 1T44A 3SMSA 2D4WA 3MK6A 3I8BA 3QMLA 1ESVA 2P9KB 3FR0A 2NLXA 4H0OA 4BREA 1QQOA 3MN6A 1K8KA 5LJVA 2E8AA 2IVPA 4QS9A 2IVNA 3FZFA 2A3ZA 3H3OB 4I6MB 3AARA 3EKUA 4FWMA 3WUHA 2W41A 4B1XB 2E2PA 2V7YA 3UKUB 3ATVA 1GLCG 3VERA 4XH5A 4A62A 4IWVA 4FWLA 3VPZA 5I9EB 1LOTB 4BR2A 2CGLA 4PKIA 2P9SB 4DCHA 4BRAA 1DKGD 4H03B 2P9LB 2D0PA 3CQYA 3KZBA 4CBXA 3ENHA 3MMVA 2E2QA 3VEZA 1SQKA 1QQMA 4B9QA 4CZJA 3MDQA 1BA1A 3U9ZA 4H0PA 4JNEA 5AQZA 2GUPA 4MLHA 3FLCO 4BRQA 1ATRA 3H45C 3ZX0A 1BA0A 3GDQA 3CJAA 3FZHA 3A5OC 2P9NA 2BUPA 5AQLA 3VEOA 3R6MA 3QBXA 4ISFA 3O08A 3TPQA 5AQJA 1Y64A 1DGKN 5FPMA 2AA4A 5LJWA 4H0VB 2KHOA 3H46O 3J8AA 2HF4A 5AFUH 4BC4A 4K42A 5JICA 2QM1A 1X3MA 2IIRA 4J8FA 4CD1A 2Q2RA 3CIPA 2HMPA 2P9UA 5BR9A 1C0GA 5KPTA 1NGJA 2HF3A 3FE1A 2QW9A 3U4LA 2QWPA 1RGIA 2CGJA 4BRPA 5F1XA 3WXJA 4JHDA 5BN9A 2GELA 5BN8A 4BVPA 3CJ7A 4FOEA 5EY4A 2E1ZA 4PL7A 1TYQB 3DXKA 1HKCA 4BRMA 4RCHA 4H5VA 3H3NO 1H1VA 3ATUA 5KQDA 2W40A 3HM8A 3R8EA 4B1UB 5BPLA 2FSNA 4ISEA 1IJJA 4FWRA 4CZLA 2ASMA 4BR9A 3WXLA 2YHXA 3IDHA 3SMPA 3VF4A 5AQNA 1MDUB 5ADXA 2A42A 3EL2A 5EVZA 1KAXA 2A41A 4BGAA 4KBOA 2BTFA 1S3XA 5AQUA 2P9IB 5AR0A 1BWFO 1WUAA 3DJCA 3GG4A 3AAQA 1HKGA 4WQ4C 1IG8A 3ZETB 2PBDA 5JMVA 3H6EA 2YHYA 5E84A 5AQMA 3VENA 2V51B 3EKSA 3LDOA 4BR7A 4BRNA 1BO5O 2A40A 3H1VX 3VOVA 3SK3A 4FWPA 1ATSA 2Q31A 2NRHA 1U2VA 4H5NA 4BGBA 3LM9A 3O80A 3ZEUA 1SZ2A 3A0IX 3CJCA 4WQ5C 3MN9A 3VF6A 1GLEG 4JN4A 1XUPO 1GLDG 4BRHA 3C7NA 1KAZA 3A5MC 3EO3A 4XH1A 4H5RA 4YDUC 3M3ZA 3WEEB 3FFKB 1E4FT 3VEXA 5ELZA 4CZMA 2P9KA 3GBTA 4GNIA 1BG3A 1U6ZA 3L0QA 4QS8A 4XH4A 3CJBA 4MO5A 4IO8A 1K8KB 2D0OA 5FPEA 3D2FB 4DQ8A 1NBWA 1KAYA 1ZBSA 1NGBA 5AQPA 1C0FA 1YUWA 5JLHA 5EOYA 3VF2A 3WXKA 3O1BA 1Z05A 5AQKA 3LL3A 2ITMA 5EXWA 1JCFA 4CZIA 5FPNA 5AQSA 3P4IA 1R59O 4B1ZA 3IFRA 2FF6A 4AM6A 3RSEB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV6K 4YORA 3CXCM 2FLOA 3FZKA 2A5XA 4DV0K 2FF3B 5C10A 1KLNA 4FJ5A 1RBVA 4FM2A 4JS4A 1G15A 3MXMA 4Z4IA 1RDCA 1J54A 5BRDA 4CJVA 4FSVA 4KV8A 3QBWA 3C6HA 3O3FA 1NPIA 2KZMA 4FO0A 3AAPA 4AHTA 4PHTX 3DXMA 2KGQA 1U04A 1XRSB 2P9NB 1XMOK 3LDPA 1SUQA 1UAXA 1YJWN 1ASUA 4EFHA 4CIGA 3QB0A 1YTAA 5TKWA 1LWEA 2MBKA 3L3UA 4WYBA 5AZJB 1VQLN 3CYGA 3NF6A 3VTHA 2IAJA 4DV3K 1YAGA 4UAFE 4CJ3A 4DSEA 5KGWA 2B68A 3KVGA 1GLLO 1K73O 2P9PA 3GOIA 1YF5L 4JYAK 3W0LA 4YNQA 4E19A 2QWRA 2PZSA 2HNDA 3CETA 2E3GA 3WXMB 2OZSA 4FLTA 4QCLA 3KD5E 3DXKB 4LFCK 3UE5A 4CZHA 4GVMA 3VEVA 2E6LA 3KK3A 1GLFO 5ADXH 4W5OA 2Z1HA 3DAWA 3CCQN 3V9ZA 4FL9A 4Y1CA 2MN5A 5DMRA 5HRSA 2GWKA 5CY4A 2DFEA 4BE0A 3AVLA 5KQ8A 5CZ2A 4CHNA 4DU3A 1B9FA 4Z94A 4CZEA 5AQOA 1HYVA 3JAMO 3N4QA 3SUNA 3RMCA 1VNBA 1YI2N 3ZSXA 3G6EN 5AQFA 1GPSA 4Z4HA 3S41A 4RW4A 4JI5K 1TKZA 2CH6A 2NRRA 3HYFA 3CCVN 1FJGK 5E41A 4JI7K 3O8MA 3KP0A 2UXCK 1PE4A 4HE7A 3EYZA 5AQYA 1KLMA 1CZAN 1EKEA 2J4RA 3VQBA 3AY9A 4H5TA 5C0YA 4WQ4A 4CCHA 3KHWA 2WFBA 5I3UA 1JJ2M 3SV4A 3TAEA 1U4BA 2VQFK 3HO1A 4FK2A 3HL8A 3C7NB 4I6MA 1RDWX 4H4MA 4A59A 5AQGA 3PO4A 3VQDA 3P5JA 5AQWA 4CGFA 1NGIA 2QWNA 2FXUA 3MXJA 2I61A 1BUPA 1BOTO 3AVNA 3DRRA 1SEGA 1B92A 4YOUA 5C12A 4YFUA 5TKYA 1L3SA 2OCEA 3MEEA 4KHNA 4FWNA 4IXCA 1QS4A 5KI6A 2ASOA 4R79A 4YDUA 2P9SA 4GKJK 4M3TA 4FLWA 4W5NA 4DSIA 1J5EK 5BREA 2Z1IA 3AVHA 5GINA 1RDAA 1SN4A 2JLEA 4MQ3A 3G4SN 4J2BA 4FWOA 3QETA 1P00A 1MWMA 2QTDA 2BANA 3VGKA 2E2OA 4CK1A 3ZX2A 3KOWA 4FW1A 4DR3K 2YNFA 3PO5A 3EY1A 1GLAG 2NZTA 1ITGA 3CJ1A 3MN5A 4DLEA 3LP0A 5JS2A 2W6LA 1TAUA 1XNQK 4KI4A 3SJHA 1DTQA 2HHTA 1S72N 1N33K 4CJTA 3PX6A 5K14A 4CZFA 2F9WA 1S22A 3VQ9A 4WFAL 3KTQA 2GL1A 4H0TB 4HTUA 2O8EA 2OPPA 3JYTA 3TAPA 4NYFA 3CF5L 1BDGA 3V1QA 5AZJA 1RT4A 2KQ2A 4BE1A 3DMJA 1XI1A 3DLHA 4FLZA 4EAHD 4DFMA 1DTTA 2YV0X 4KAZA 4DV4K 4KHPK 4F2SA 4ILGB 3AA3A 1RDDA 5SZTA 3Q7CA 1HR0K 4N47A 1I94K 4M3WA 3BF1A 3TANA 3ZSYA 3WNFA 1BHLA 5A2QO 4OVLA 3PSMA 2QWLA 1ZBUA 1RBUA 4HUGA 3O3GA 3SQ4A 3C0BA 1T6CA 4Q0BA 3KWIA 1ZBHA 4WFBL 2VCPA 1VQ5N 2ZF5O 4WFNL 3LDNA 2IGIA 1VQKN 3T1HK 4B08A 4CZGA 3OYFA 3SCXA 1DLOA 3EZ5A 4M63C 1HJRA 4FWSA 2XY7A 1KC8O 2G8IA 3AVGA 3ZETA 3UIQA 3P31A 3C6TA 4FJMA 4L8RB 4JS5A 4FYDA 1C56A 1Z25A 4DF4A 1J6ZA 1RT2A 4ISGA 3HTVA 3SAGA 1HNXK 4RW6A 1TL1A 3F5TA 4ELTA 4X64K 3S3MA 1RTHA 3VQ7A 2LN8A 1GLJO 1J5OA 4BRDA 4A2AA 2LJMA 3DLRA 1S1TA 2E0HA 3CQXA 2EWSA 3P38A 3K5MA 4JK8A 4DQQA 3M8SA 1JKHA 4OLAA 4DR7K 3D2EB 3K2PA 4CHQA 2DTUA 3QDKA 3MK6A 3I8BA 4FCYA 4C1NI 1RBSA 4FXDA 1QQOA 1QSSA 2YNGA 4QS9A 3CC2N 2DFHA 4B8CA 4C8MA 2KBJA 3EKUA 4FJXA 4C8LA 3NH2A 1SKSA 3ATVA 3KWGA 3L2WA 4Z4EA 3PUFA 4CJUA 3CCJN 1L3VA 1E3MA 1LOTB 2UUAK 4CHZA 3HP6A 4PKIA 4LF6K 5C42A 3SF4D 2N2QA 1EX4A 4DCHA 3VQAA 1DKGD 4E1NA 3OS0A 3QIPA 2HB5A 4H03B 4DFKA 4FLYA 4LY7A 2KPYA 2B6AA 1WT7A 3MX5A 4DKWA 2BE2A 4IDKA 3VEZA 4B9QA 2M8BB 1P90A 4CESA 1BA1A 4KB1A 2YBRC 5AQZA 3HP9A 1SL1A 1QSYA 2O8BB 1SN1A 2LT8A 4BRQA 5AJ3K 3CJAA 3FZHA 3A5OC 5AQLA 5M1FA 3R6MA 3B6PA 3I0SA 3O08A 3TPQA 2OTJN 1Y64A 1S1WA 5FPMA 5LJWA 4GV3A 4AAZA 3H46O 3J8AA 2HF4A 3QINA 3T3FA 2G8UA 5JICA 2QM1A 4CD1A 4AHRA 1C0GA 3O9SA 5KPTA 2HF3A 4W5TA 5EU7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4DV6 K;  4YOR A;  3CXC M;  2FLO A;  3FZK A;  2A5X A;  4DV0 K;  2FF3 B;  5C10 A;  1KLN A;  4FJ5 A;  1RBV A;  4FM2 A;  4JS4 A;  1G15 A;  3MXM A;  4Z4I A;  1RDC A;  1J54 A;  5BRD A;  4CJV A;  4FSV A;  4KV8 A;  3QBW A;  3C6H A;  3O3F A;  1NPI A;  2KZM A;  4FO0 A;  3AAP A;  4AHT A;  4PHT X;  3DXM A;  2KGQ A;  1U04 A;  1XRS B;  2P9N B;  1XMO K;  3LDP A;  1SUQ A;  1UAX A;  1YJW N;  1ASU A;  4EFH A;  4CIG A;  3QB0 A;  1YTA A;  5TKW A;  1LWE A;  2MBK A;  3L3U A;  4WYB A;  5AZJ B;  1VQL N;  3CYG A;  3NF6 A;  3VTH A;  2IAJ A;  4DV3 K;  1YAG A;  4UAF E;  4CJ3 A;  4DSE A;  5KGW A;  2B68 A;  3KVG A;  1GLL O;  1K73 O;  2P9P A;  3GOI A;  1YF5 L;  4JYA K;  3W0L A;  4YNQ A;  4E19 A;  2QWR A;  2PZS A;  2HND A;  3CET A;  2E3G A;  3WXM B;  2OZS A;  4FLT A;  4QCL A;  3KD5 E;  3DXK B;  4LFC K;  3UE5 A;  4CZH A;  4GVM A;  3VEV A;  2E6L A;  3KK3 A;  1GLF O;  5ADX H;  4W5O A;  2Z1H A;  3DAW A;  3CCQ N;  3V9Z A;  4FL9 A;  4Y1C A;  2MN5 A;  5DMR A;  5HRS A;  2GWK A;  5CY4 A;  2DFE A;  4BE0 A;  3AVL A;  5KQ8 A;  5CZ2 A; 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