3LDOA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amppnp
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldoA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldoA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldoA04
2E8AA 3O1BA 5AZIB 3ZX0A 2GTDA 1SQKA 3FLCO 1J6ZA 2UYTA 2Q0RA 3VEWA 3ZX3A 4BG9A 2QWNA 4XH4A 1KXPA 2CGJA 4O5FA 4CZIA 4BQLA 2ZGYA 1G99A 4CD1A 3B8AX 5JICA 2PBDA 5AZJB 5BPNA 1NGIA 3D2EA 5BPMA 1BU6O 2WUSA 4FWLA 4EAHD 4BR5A 4RTFD 3FZKA 4FWQA 2Q2RA 3WQUA 3H46O 3CJCA 4CZLA 3QFUA 4BROA 2ZGZA 2QWLA 1BDGA 2ITMA 4BRIA 3UE5A 1C0FA 4B1XB 3AY9A 2F9WA 2P9SB 4BGBA 3ZX2A 4CZFA 3I33A 1HPMA 3J8AA 3H1QA 4J8FA 3QB0A 3VEOA 1HKBA 5BRHA 1BO5O 2E20A 5JMVA 3VETA 3VOVA 3FZMA 4DCHA 5KQDA 3L6QA 3A5LC 3CQYA 4EFHA 4BR7A 5BRDA 4YDUC 3FZHA 3WT0A 5KPTA 1R59O 3H3OB 2A6AA 3TPQA 4H5RA 2HOEA 3OHRA 1YAGA 3EZWA 4IZ9A 4A62A 1CZAN 5EXWA 5BR9A 3QMLA 5JLHA 2Q31A 1WOQA 1RFQA 1JCGA 1SAZA 4FOIA 1T6CA 1ATNA 2QXLA 3U4LA 1NGAA 4M63C 1H1VA 2ASOA 2V7YA 3EKUA 5KQ8A 1KAXA 3BP8A 4DQ8A 3WUHA 1DKGD 3WEEA 3QBXA 4FWRA 4AM7A 4FL9A 4IJAA 4FOEA 1V4SA 3A5OC 2H3GX 2P9LA 1NGBA 3MCPA 2F9TA 3HBTA 2FSKA 4I6MA 1ESVA 4XH5A 1IG8A 3MN5A 3C7NB 1NGJA 4H5WA 2D1KA 4BC5A 3O1WA 3IFRA 3LL3A 4K43A 3VGLA 4H0YB 4FWKA 3DJCA 4H03B 1HJOA 3CJAA 4EIAA 2W40A 2D4WA 5AQLA 3QDKA 2HF3A 3WXLA 3O5BA 4NO7A 3U9DA 3MMVA 5EY4A 4GY2B 4MLHA 2YJEA 4Z94A 1KAZA 3SMSA 1QQOA 3FZFA 1TUUA 3M1FA 2P9KA 2FLOA 1TYQB 4JN4A 5CE3A 1Z6RA 3HZ6A 4KBOA 1MDUB 3BF1A 2NLXA 4BRGA 2GWKA 4JAXA 1E4GT 3EO3A 1K8KA 2I7PA 3WXJA 4IJNA 3ZEUB 2P9IA 1SZ2A 1WUAA 3BF3A 3H1VX 1NGFA 2V52B 3AAPA 5AQXA 4AM6A 2VYPA 5B8HA 3CQXA 5F0XA 1BG3A 4BVOA 3HTVA 3ULEB 2V51B 5AQKA 1S22A 2ASPA 5AQMA 5AQVA 3BUZB 4K42A 4WQ4A 5BN8A 4H5VA 4C23A 5AQQA 1DEJA 3M3ZA 3H45C 3O4WA 1NM1A 1HLUA 2P9UA 1QZ5A 3HI0A 2P9IB 3CJ9A 3QBWA 3KVGA 4BRLA 2GELA 4ISGA 1IJJA 3AARA 1YXQA 5AQHA 4BRNA 1NGEA 4MO5A 4EHUA 2QWQA 2IVPA 4PKIA 2QWPA 1HUXA 4PKHA 1GLLO 3VPZA 4IXCA 4IWVA 5AQOA 3EN9A 4XH1A 4DB3A 1HX1A 1MWMA 5BRFA 4QS9A 4HTLA 3VEXA 2QWOA 2QWMA 4BRKA 4CI6A 1MWKA 2Q1NA 3R9PA 2A41A 5AQSA 2EWSA 3I8BA 3SLCA 4BRAA 4BQZA 4BR9A 4RWTA 4CZKA 4H5NA 4PKGA 4B1WB 4CZMA 2QWRA 5AQTA 3CHWA 3MN7A 3D2EB 2YCHA 3VF2A 5BN9A 3LDQA 4M7XA 1NGCA 2P9NA 1OKJA 3JXUA 4HWIA 3QFPA 3FFKB 3VESA 4BRHA 3CIPA 3A5MC 2VCPA 1GLJO 1X3MA 2FF6A 4JD2A 1X3NA 3VF6A 3D7EO 4H0VB 1D4XA 3H6EA 1RDWX 3BEXA 4BRDA 1ZBSA 1U6ZA 3LDNA 3EL2A 3L4IA 2A40A 4YDUA 3EKSA 4CBWA 4CZGA 4JHDA 4WQ5A 3FZLA 5AQIA 3LDLA 3CJ7A 3CJBA 1YUWA 2E2PA 2FSJA 3MN6A 4B9QA 1U2VA 2P9PA 4K41A 2KHOA 3LM9A 1JCEA 4NB4A 5F1XA 3AAQA 5AQJA 3F9MA 4JD2B 4ISFA 1ZXOA 5BPLA 2BUPA 5LY3A 2NRHA 5AQGA 3HSCA 5TKYA 3MK6A 4A2AA 2I7NA 3GE1A 3O08A 5AQUA 2W41A 3H3NO 1QHAA 5LJVA 1BWFO 2CH6A 3WEEB 1MA9B 2ASMA 3C0BA 3WQTA 1U2VB 5FPMA 4BRPA 3ATVA 3GL1A 5F2RA 3ENOA 4BRMA 2ZWHA 1X9JA 4F9OA 3D2FA 2P9LB 4I6MB 1BA1A 4CZEA 3MDQA 4A61A 3CI5A 3RSEA 4CZJA 5ELZA 5EVZA 2YHYA 4B1ZA 1GLDG 4PL8A 5EOYA 3DXMA 3GG4A 1KAYA 2AP1A 3VENA 2NZTA 5JLFA 1ATSA 5AFUA 3ID8A 3U9ZA 3DXKA 4FPAA 2YI1A 5AQWA 4BG8A 1S3XA 1NLVA 3FE1A 4BVPA 3SJHA 4CBUA 2A5XA 2QM1A 4QS8A 3UKUA 5BREA 3VEVA 2P9KB 1LCUA 1NGHA 4WQ4C 1GLBG 4H5TA 3IDHA 3U8XA 3DXMB 4BR0A 1XC3A 1K8KB 3IMXA 1GLCG 2D0PA 1BUPA 2IVOA 3LM2A 3SK3A 4H0OA 1QQMA 1JCFA 5I9EB 5FPNA 4H0TB 5KPZA 2QW9A 4JNEA 1NGGA 1NMDA 3CERA 2YJFA 1Q18A 3WXKA 3VGMA 4H0PA 1GLEG 5AR0A 3SMPA 2P9SA 2VWBA 4PL7A 2OANA 3P4IA 3VF4A 2P9UB 3TU5A 3A8YA 1NGDA 3ATUA 3GDQA 3L0QA 4B1YB 4O8KA 1TUYA 4FWOA 4XEIA 2IVNA 3CJ1A 4FWPA 4K25A 4BC4A 3O8MA 2HF4A 4BRQA 3A0IX 5E26A 3GBTA 3VGKA 3O6WA 4MLEA 1T44A 2CGLA 5AQNA 4FWSA 4CJ7A 4BREA 4WYBA 5ADXA 4FPBA 1QQNA 4FSVA 5AQYA 2CH5A 1RGIA 4GNIA 4FO0A 3QICA 3S41A 1T6DA 2A3ZA 1BA0A 2FF3B 4BGAA 3G25A 5EX5A 2DPNA 4H0XB 2Q0UA 3JS6A 4QS7A 3MN9A 3KHYA 4WQ5C 3UKRA 4B1VA 2P9NB 5AQFA 3LDPA 5AQZA 1HKGA 4LC9B 3A5NC 4MO4A 1ATRA 2Q97A 3C7NA 3CETA 1Y64A 5FPEA 1YVNA 1QZ6A 2AA4A 5AFUH 4FWMA 1V4TA 3UB5A 4Y0WA 2GUPA 2ZF5O 4FWNA 4BRFA 3FR0A 2Q36A 4JHDB 3UKRB 4BC3A 4A2BA 3FGUA 3VEZA 2PAVA 1HKCA 4L3QA 2E1ZA 2P9PB 4BC2A 4CBXA 2HMPA 1NWKA 3ZETA 2V7ZA 2E1YA 2E2OA 1GLAG 1TYQA 4DHYA 3LDOA 3W3DA 2YHXA 2E2QA 4CD3A 1Z05A 3R6MA 1DGKN 4BRCA 3ZEUA 5LJWA 4BR4A 3IUCA 5FPDA 3M6GA 2E88A 2E2NA 3ULEA 1NBWA 4CZHA 4EHTA 3ZETB 2GEMA 3D2FB 1BOTO 5AQPA 1C0GA 4IO8A 1XQSC 2IIRA 1P8ZA 2FXUA 3RSEB 3VERA 5AZIA 1LOTB 4BR2A 1ZC6A 2GWJA 3GOIA 2CGKA 5KPRA 2BTFA 1E4FT 3WXIA 3ENHA 3VEYA 5E84A 4B1UB 3W0LA 2A42A 5AQRA 2D0OA 3DWLA 2FSNA 3DAWA 3DXKB 3HM8A 1EQYA 4ISEA 5AZJA 3KZBA 1XUPO 4M7YA 2J4RA 2YHWA 3O80A 3R8EA 5ADXH 4E1JA 4RCHA 3UKUB 1GLFO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IS9A 5JVGL 4JKGA 2E8AA 3O1BA 4CEFA 3OYAA 3MEDA 2GTDA 1DT9A 1SQKA 2UYTA 3SPYA 1RBSA 4JKDA 4BG9A 4XH4A 2CGJA 4CZIA 3F2KA 2ZGYA 2A7TA 4KTQA 3B8AX 5JICA 3TAQA 1NGIA 5BPMA 1GPSA 2RKIA 3B6PA 1W2BM 4KB0A 1VSHA 4FWLA 1BCMA 4UADE 2QXFA 4CJTA 3WQUA 1C55A 1Z25A 5JS1A 3AVIA 2ZGZA 4JKGB 5H1SQ 4BRIA 4KHQA 4CGJA 1C0FA 2Z1IA 3AY9A 5LMUK 4JKHA 4CZFA 3OS2A 1JKZA 3I33A 1HPMA 3LPTA 2VGNA 1FK9A 2N69A 3QB0A 3SQ4A 1HKBA 1KVAA 3LALA 1BO5O 3PIPL 1T3VA 1ZYVA 4DCHA 4CHQA 1EKEA 3T3FA 3FZHA 1VSFA 3PSIA 3WT0A 1SKWA 4H5RA 4CGHA 1YAGA 4LF5K 1VK0A 1KRPA 3OS0A 1CZAN 5BR9A 1JLCA 1QHTA 1WOQA 1NJXA 4GW6A 1SAZA 4EZ6A 4UJ0A 1T0ZA 1A5XA 1ATNA 3U4LA 1Q82O 2ASOA 3EKUA 3KWIA 3N4PA 4DQ8A 4KFBA 2Z1JA 4UAFE 1EX4A 5TKWA 3AVNA 3CCSN 1A5VA 4AB0A 1RDUA 4IJAA 2KFNA 1V4SA 2BH1A 4BE2A 3ASMA 3NVMA 3THYA 1VSIA 1T8EA 1LAVA 3MN5A 4HE7A 3L2VA 3O1WA 3IFRA 3HL8A 3PUFA 4Z4EA 4H0YB 3DJCA 4GV6A 1HJOA 2W40A 2D4WA 1Q86O 1KFDA 4J2AA 4ZTJA 4DG1A 2R7YA 2YHAA 3HT3A 5J2NA 1T7BA 2YJEA 2O8FA 1KAZA 3SMSA 3QEXA 4WFNL 4KAZA 2RE2A 4DSFA 1QSLA 3FZFA 1TUUA 3M1FA 2P1JA 3THYB 3L3VA 3OYKA 2FLOA 1NK0A 3O9SA 5A2QO 4JN4A 1Z6RA 1TV6A 1JXCA 1VQ8N 3D6RA 5CHIA 2E4LA 4IJNA 2P9IA 1SZ2A 4OKKA 4B9LA 3BF3A 1NGFA 3AAPA 3TAMA 2X6NA 4I2QA 4DFJA 3VQAA 3M8SA 1L3VA 5F0XA 3CC7N 4DKWA 5GAGP 1S22A 2N66A 3KLFA 2ASPA 1PTXA 5AQVA 1XHZA 1S1VA 3BUZB 2OPRA 5BN8A 4O8UA 1HRHA 1DEJA 1SUQA 4JI8K 3H45C 3SUPA 1NM1A 1REVA 2P9UA 1SKRA 3HI0A 3IG1A 1JLFA 4NCAA 2P9IB 4G9ZA 2HBKA 3KVGA 4KHPK 2DFFA 4CCHA 5SWMA 4EHUA 1Q9XA 4JKEA 1I39A 5J2QA 4IXCA 3ZSXA 2QKKA 2G2KA 3PLAA 4OLBA 4DB3A 3LZIA 3B6OA 4DS4A 4HTLA 1RT2A 5HRRA 3VEXA 3DLGA 3R9PA 5AQSA 4RWTA 4X65K 1JLEA 5AQTA 3CCUN 3BK3C 1JLGA 1SS6A 3T19A 5BN9A 3VQEA 4JI4K 1VSMA 3VA3A 3JXUA 3F9KA 4LF6K 4B9VA 3FFKB 4E19A 4BRHA 1ZU3A 2KBKA 1WSJA 1ZYQA 2FF6A 1XRSB 3F73A 1NJYA 5BR8K 1LW2A 3SBTA 3H6EA 4ID5A 1S1WA 3BEXA 4BRDA 3LDNA 3AA5X 1VQLN 3QERA 2YNFA 4CJ4A 4ID1A 1C0TA 3EKSA 4X62K 4CZGA 3LP2A 4JHDA 4FM2A 4FK4A 1BL3A 3LDLA 3CJBA 1IKWA 3MN6A 1NKCA 4B9QA 1U2VA 1TAUA 4NLCA 4IOXA 1UA1A 2KHOA 3LM9A 3HM9A 1EXQA 3F9MA 4ISFA 1ZXOA 3K5NA 3MK6A 3E9PA 1IBKK 4A2AA 1NK9A 2HNYA 3GE1A 3O08A 3KLEA 5KGXA 5LJVA 1VQON 4OPAA 1MA9B 2ASMA 4PHTX 1U45A 4PA1A 3WQTA 1U2VB 2KZZA 4DQRA 3ATVA 3GL1A 1RBVA 3SQ0A 4WFBL 3UIQA 2O8EB 3KOYA 1FW6A 3RSEA 4JS5A 4CZJA 2VQFK 3KOZA 5I3UA 4B1ZA 4PL8A 3L2WA 1KAYA 4N56A 3O9TA 2FBVA 4CHOA 2LKBA 2UUAK 4ILJA 4CJPA 1RILA 1Q9YA 1HNVA 2XRIA 2QA4N 1S3XA 2LJ7A 3OJUA 3ENBA 3T69A 3THWA 2YKMA 2OTJN 1J5EK 1JXBA 3NFAA 3VEVA 2P9KB 1LCUA 2KJAA 1RTDA 3RVCA 1WT7A 4CIEA 4GV9A 3DRRA 1OMYA 4JKCA 4JI2K 3RMAA 5FROA 1N5YA 1VQ6N 2IVOA 1RTJA 1VSLA 3LM2A 4JLHA 3CMAN 3P38A 3JAMO 1BHLA 1KLNA 5HRNA 5I9EB 5FPNA 2KPYA 3CCMN 4J2DA 5KPZA 4JNEA 2NRRA 4DTRA 2P5GA 1NGGA 3DM2A 4JI6K 3THWB 4LSLA 2UUBK 4DF8A 3S9HA 1SN1A 3WXKA 3VQ7A 4H0PA 4FK0A 1GLEG 2P9SA 5FRMA 3V1QA 2OANA 1BCGA 1U04A 4FJGA 3AGRA 1RT4A 3ATUA 3O9QA 4CJ3A 4XEIA 2IVNA 5C24A 1ZFUA 3O8MA 4KTWA 2HF4A 4BRQA 4LFAK 4A59A 3DRPA 1WSIA 2QEXN 4WFAL 4OGEA 4LF4K 3CCRN 3J7ZO 3P83D 3S3MA 5DM7L 1ZUTA 4FSVA 1OVYA 3CM5A 3ZT2A 4FO0A 3SF4D 1I6FA 1VSEA 4OGCA 1B92A 5EX5A 2JDQD 2Q0UA 1BK8A 4CK1A 4CF8A 4GKKK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3IS9 A;  5JVG L;  4JKG A;  2E8A A;  3O1B A;  4CEF A;  3OYA A;  3MED A;  2GTD A;  1DT9 A;  1SQK A;  2UYT A;  3SPY A;  1RBS A;  4JKD A;  4BG9 A;  4XH4 A;  2CGJ A;  4CZI A;  3F2K A;  2ZGY A;  2A7T A;  4KTQ A;  3B8A X;  5JIC A;  3TAQ A;  1NGI A;  5BPM A;  1GPS A;  2RKI A;  3B6P A;  1W2B M;  4KB0 A;  1VSH A;  4FWL A;  1BCM A;  4UAD E;  2QXF A;  4CJT A;  3WQU A;  1C55 A;  1Z25 A;  5JS1 A;  3AVI A;  2ZGZ A;  4JKG B;  5H1S Q;  4BRI A;  4KHQ A;  4CGJ A;  1C0F A;  2Z1I A;  3AY9 A;  5LMU K;  4JKH A;  4CZF A;  3OS2 A;  1JKZ A;  3I33 A;  1HPM A;  3LPT A;  2VGN A;  1FK9 A;  2N69 A;  3QB0 A;  3SQ4 A;  1HKB A;  1KVA A;  3LAL A;  1BO5 O;  3PIP L;  1T3V A;  1ZYV A;  4DCH A;  4CHQ A;  1EKE A;  3T3F A;  3FZH A;  1VSF A;  3PSI A;  3WT0 A;  1SKW A;  4H5R A;  4CGH A;  1YAG A;  4LF5 K;  1VK0 A;  1KRP A;  3OS0 A;  1CZA N;  5BR9 A;  1JLC A;  1QHT A;  1WOQ A;  1NJX A;  4GW6 A;  1SAZ A;  4EZ6 A;  4UJ0 A;  1T0Z A;  1A5X A;  1ATN A;  3U4L A;  1Q82 O;  2ASO A;  3EKU A;  3KWI A;  3N4P A;  4DQ8 A;  4KFB A;  2Z1J A;  4UAF E; 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