3LDPA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with small molecule inhibitor
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 117
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldpA04
3D7EO 1JCGA 3RSEB 5AFUH 3EN9A 3UB5A 5JLHA 2CGLA 4XEIA 3UKRA 2Q0UA 4BC5A 4BREA 1XQSC 3EL2A 4I6MA 2DPNA 1BOTO 1NGAA 5AQGA 2EWSA 1TYQA 3B8AX 2Q1NA 3FZFA 3U8XA 4FSVA 3ZEUB 3LM2A 1NGBA 3MN9A 5AQKA 1R59O 4CZLA 2QWMA 1CZAN 2QW9A 4BRQA 1ATNA 2BUPA 2H3GX 2YI1A 3WXJA 5F0XA 4XH4A 4FWMA 5FPDA 2P9PB 3MCPA 4FWOA 3VF6A 4BRKA 2I7PA 4DCHA 3J8AA 2NRHA 5AQQA 2BTFA 1HKBA 5E84A 3L4IA 3HBTA 1QHAA 4WQ5C 1Z05A 3CJ9A 3W3DA 4BRFA 3I33A 3FZHA 3FR0A 1BG3A 2NLXA 4MO5A 2CH5A 3LDOA 4IWVA 2QWLA 3TU5A 3DXKA 3CI5A 3ZX0A 4DQ8A 4BRNA 3GG4A 3SK3A 1BUPA 2A5XA 2P9SB 5E26A 3VEYA 1YXQA 4CD1A 4XH1A 5AQWA 2CH6A 3JXUA 3MMVA 4ISEA 3A5MC 5JLFA 1Z6RA 4B1VA 4H0XB 4HWIA 2IVPA 3QBWA 4QS9A 4BR9A 4FL9A 3H1QA 4FOIA 4IZ9A 4QS7A 1IJJA 2HF4A 2HOEA 4K41A 4WYBA 1NWKA 5AZJA 4H5NA 3FFKB 5FPMA 2Q36A 1Q18A 1JCFA 4EHUA 1EQYA 3D2FA 2VWBA 1TUYA 4H5WA 1C0FA 4XH5A 2NZTA 1X3MA 4RTFD 3M1FA 2ITMA 4PKIA 3SMPA 2QWOA 2D0OA 5KPRA 3C7NA 4BGAA 2YHXA 1HPMA 5EX5A 4DB3A 2D4WA 2J4RA 2I7NA 2PAVA 2GUPA 5KQ8A 3ATVA 3L0QA 4FPBA 2GTDA 3CQYA 2HMPA 3CJCA 1ATSA 3DXMA 3M6GA 4JHDA 4YDUC 1ESVA 2ZF5O 1GLAG 2GWKA 5BR9A 5LJWA 2P9KA 3R8EA 4QS8A 3QMLA 2A6AA 2VYPA 3O1WA 4NO7A 4EIAA 1KAXA 3O80A 4FOEA 3SMSA 3O4WA 2P9UA 4BGBA 3MK6A 3LL3A 1YUWA 3A8YA 1SAZA 3FGUA 4BRLA 3WEEB 3IUCA 3KZBA 4CBWA 4CZFA 2ZGZA 3VENA 3GL1A 2A40A 1JCEA 1NM1A 4H03B 5EVZA 1U2VB 2IIRA 1HJOA 5F1XA 4MO4A 3DWLA 2P9IB 2AP1A 1D4XA 1U2VA 3ULEA 3FZLA 3RSEA 5BREA 4BRDA 4CI6A 3GDQA 3QBXA 4BR7A 3LM9A 2D0PA 2Q97A 3VGMA 4BRIA 1V4SA 4BRPA 2KHOA 4M63C 3VEVA 4IJAA 3CHWA 3AAPA 3F9MA 4WQ4C 4BRGA 3ZETB 2CGJA 3H46O 4H0YB 2W41A 3KVGA 3ENHA 3HM8A 4B1YB 3ZEUA 3CJ7A 1E4GT 2ASMA 2F9WA 3ZETA 1HUXA 1S3XA 1KXPA 4BVOA 4M7XA 1MDUB 1NGDA 5AQUA 1NLVA 5AQZA 4PL8A 3LDLA 4H0OA 4CZJA 3ENOA 5ADXA 5AQSA 2P9PA 3MN5A 3CERA 3H45C 4BQZA 2UYTA 2YJEA 4JN4A 1X9JA 1J6ZA 3EKSA 3M3ZA 2FLOA 2P9LB 2E1ZA 3FZMA 4BRCA 5B8HA 1X3NA 4FWQA 2E2OA 4A61A 1IG8A 1NMDA 4H0TB 3BF3A 5BPLA 2FF3B 4JAXA 4Z94A 3FLCO 3CJ1A 3O5BA 5FPNA 1HKGA 1KAYA 1GLLO 2D1KA 2PBDA 2QXLA 1GLCG 2ASOA 4JD2B 3SLCA 4BC3A 3O08A 4CZMA 3U4LA 2QWQA 3O6WA 2P9SA 2GWJA 1NGCA 5AQRA 1K8KB 1MA9B 2A41A 1QZ5A 5AZIB 5TKYA 4K43A 3EZWA 1P8ZA 2E88A 4BROA 2W40A 1MWMA 2WUSA 2E8AA 1BDGA 1WOQA 2OANA 3LDPA 4HTLA 3BF1A 1HKCA 2V51B 4A2BA 4C23A 3IDHA 4BR2A 3QFPA 4J8FA 4EAHD 2QWRA 5BN8A 4ISGA 1GLFO 4H0VB 1BWFO 2A42A 2V7YA 1YVNA 1DGKN 1RDWX 4KBOA 4AM6A 4CZHA 1LCUA 3KHYA 3ZX3A 1YAGA 4FPAA 4BRHA 3WT0A 1BA1A 3LDQA 3VF2A 1NGIA 4H5VA 1WUAA 4CBXA 1RFQA 3VPZA 2YHYA 3GBTA 3GE1A 4CJ7A 2P9NB 4B1ZA 4B1UB 3U9DA 1DEJA 1G99A 3IFRA 4GNIA 2V7ZA 4LC9B 1GLDG 3WUHA 1NGGA 4FWNA 5EXWA 2FF6A 3VETA 5AFUA 2YCHA 3DJCA 3S41A 5AQHA 5I9EB 2YJFA 3UKUB 1GLBG 1ATRA 5LY3A 4ISFA 1LOTB 1T6CA 3VOVA 4DHYA 4FWLA 5JMVA 1QQNA 5AQIA 4H5RA 2ASPA 1HLUA 1ZXOA 2FSJA 4FWKA 3WEEA 3VGKA 3U9ZA 4CZIA 2E2NA 3C0BA 3H6EA 5KQDA 4A62A 3QDKA 5F2RA 4WQ5A 1SZ2A 3R6MA 3G25A 4JNEA 1BA0A 1NBWA 5AQFA 4MLEA 2P9IA 5EOYA 3AAQA 3IMXA 3A5OC 3CJBA 4BRAA 3WXKA 1H1VA 3H3OB 3OHRA 5BRHA 5AR0A 3JS6A 3WQTA 5EY4A 2IVOA 3CJAA 3UKRB 4CZGA 3ID8A 2Q2RA 2IVNA 3BP8A 4I6MB 4IJNA 1GLEG 3R9PA 4F9OA 2V52B 5KPTA 1TYQB 3A5LC 1GLJO 1NGJA 4BVPA 4PKHA 4E1JA 1XC3A 4BG8A 3QB0A 3QFUA 3VESA 3AY9A 3A5NC 4NB4A 1DKGD 2FSKA 1SQKA 2QWNA 3TPQA 4CD3A 3FZKA 3CIPA 4CZEA 3VEXA 2P9LA 2QWPA 4IXCA 5BN9A 4IO8A 4BG9A 1MWKA 4K25A 3HTVA 4BC2A 4BQLA 1NGFA 3HSCA 2A3ZA 5CE3A 2ZGYA 3H3NO 3HI0A 3AARA 4JD2A 3HZ6A 1KAZA 3CETA 3ATUA 5KPZA 1BO5O 3WQUA 1XUPO 1Y64A 1OKJA 3DXKB 4BR0A 2CGKA 5ADXH 1K8KA 1NGEA 5AZIA 4YDUA 1HX1A 3EKUA 1C0GA 2Q0RA 3O8MA 3VGLA 3I8BA 4B1WB 3CQXA 4BR5A 5BRFA 4FWPA 1U6ZA 5AQYA 3VF4A 2YHWA 1QQMA 2Q31A 3QICA 2QM1A 4GY2B 5AQOA 4B9QA 4RWTA 1NGHA 3VEWA 3VEZA 4H0PA 3WXIA 3FE1A 3UE5A 5AZJB 2FSNA 3D2EB 1QZ6A 4M7YA 1QQOA 1T44A 2FXUA 4FWSA 1ZBSA 4K42A 5AQMA 3A0IX 3D2FB 2ZWHA 2HF3A 3D2EA 5ELZA 4BRMA 4MLHA 4A2AA 1TUUA 3L6QA 3H1VX 1ZC6A 1V4TA 3GOIA 2E2PA 3C7NB 2E2QA 1BU6O 5BPMA 2E20A 2P9NA 4FWRA 3ZX2A 3MDQA 2GELA 2GEMA 4WQ4A 4AM7A 1T6DA 3EO3A 3DXMB 4B1XB 4JHDB 4O5FA 3SJHA 5AQJA 3VEOA 4O8KA 2P9KB 5JICA 2F9TA 3UKUA 2E1YA 2AA4A 5BPNA 4PKGA 4L3QA 4Y0WA 4EHTA 3VERA 4BR4A 5AQVA 5AQLA 4H5TA 2P9UB 1S22A 3MN7A 3BEXA 4FO0A 5LJVA 3LDNA 5FPEA 3DAWA 3O1BA 4CZKA 4BC4A 5AQTA 4EFHA 4PL7A 3W0LA 4RCHA 3P4IA 5AQNA 1RGIA 5BRDA 5AQPA 5AQXA 2VCPA 3BUZB 3WXLA 3MN6A 1E4FT 3ULEB 4CBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7DA 3RSEB 5AFUH 1HNVA 2CGLA 4FLVA 4BC5A 1S1XA 3EL2A 4I6MA 2DPNA 3CCRN 3SV4A 4E19A 1U47A 2LN8A 2C1IA 2HHVA 2D0BA 4F8RA 4CF0A 3CCLN 3L2RA 3ZEUB 1T7EA 4KHUA 1JLFA 3AVMA 4CZLA 1DTTA 2QWMA 4O44A 3T1AA 4WFNL 1T05A 5HRSA 2WONA 4J2DA 5FRNA 2BUPA 2H3GX 4LF5K 1BI4A 4JKGA 5FPDA 3LP0A 5M1NA 4I9QA 3KD1E 2NRHA 2IC3A 4IKFA 2G8IA 2P51A 1ZBLA 1QHAA 1HNZK 3VQBA 2UUAK 3I33A 3FZHA 1GOAA 1RBTA 3C6TA 4H4MA 4DV2K 3FR0A 4B8AB 2NLXA 1IBKK 2CH5A 3TI0A 2QKKA 4KHYA 3LDOA 2LSNA 4DWIA 3TU5A 4DTXA 5KGXA 1SUQA 3VQCA 3DLRA 1VQMN 4CD1A 3TTDA 4HCCA 3F2KA 4OKJA 3JXUA 3MMVA 4I9LA 4ISEA 3A5MC 1YVUA 4JI6K 3MAQA 5C15A 3KLIA 1JXBA 3T1HK 1C6VA 4FL9A 4IZ9A 1P0AA 1JL1A 4B3MK 3VQ6A 3CM5A 3O3GA 3K57A 2O8CB 4WYBA 5CZ2A 4WFAL 3PX0A 4JK7A 4H5NA 2Q36A 1Q18A 1VSHA 3ZT1A 4JI5K 1BCGA 2IGIA 3DLKA 5M1PA 4A59A 2ZJPL 3EZ5A 1O1WA 3THYA 4CGDA 1X3MA 1NMNA 3M1FA 4PKIA 1VSEA 2QWOA 4IFYA 5KPRA 2KBJA 2LR3A 3C7NA 2YHXA 4BGAA 4FZXC 1HPMA 2I7NA 2PAVA 1HNWK 4FJHA 3ATVA 1NRAA 2XY8A 4DQPA 3RR8A 2HMPA 4CEDA 1XNQK 4JHDA 1J54A 1ESVA 2P1JA 4N47A 3V81A 2GWKA 3K58A 3THXB 1M1KO 2P9KA 4TSXA 5MLCQ 3TARA 1BL3A 4M3UA 4QS8A 3QMLA 2VYPA 4BY9C 4NO7A 4EIAA 1UOCA 2EX3A 4FOEA 4BEBA 3O4WA 3F73A 4FJMA 3MK6A 3L3VA 1JL2A 1YUWA 3A8YA 3LL3A 4DTUA 2O8DB 2ZGZA 3RMAA 4CFAA 4ID5A 1LV5A 2A1SA 1VQ5N 2R7YA 4HUGA 5GAHP 4ID1A 4DF8A 2AP1A 3KOYA 4C1NI 1U2VA 1JKZA 4KH5A 5BREA 4BRDA 1NKBA 1RTDA 3QBXA 2UXCK 3L4QA 4FJ5A 1EETA 5LMUK 3F9MA 3DRSA 2ZE2A 3ZETB 3H46O 3PY8A 1VNBA 2W00A 3DLEA 4AHSA 2O8BA 2F9WA 2KPYA 1BIUA 1B3CA 4PL8A 3LDLA 3S3NA 4KTWA 4DV6K 3C65A 5AQSA 1BIZA 4FJ7A 1DT9A 2P9PA 4BQZA 4B08A 2LJ7A 1J6ZA 3LAMA 4YFUA 2E1ZA 4FW1A 1SKRA 4GKKK 4N5SA 2VG7A 3CQ8A 4CJ5A 3SAHA 4Z94A 2D0AA 3HVTA 1DTQA 1SL1A 3CJ1A 2UUCK 1HKGA 2W6LA 4CJEA 3VQ9A 1S1VA 2FBTA 2KGQA 1YJWN 2LY6A 4JD2B 1I2UA 4AF1A 4N76A 4JKHA 3V1QA 3NH2A 2F8TA 4AH9A 4ELTA 2O8FA 2QWQA 3ZT0A 1VAZA 2P5GA 4FJIA 3D45A 1VQ7N 2HHIA 4OPKA 3CCUN 2C1GA 2A41A 1FK9A 3SJJA 1QTMA 3EE8A 3DLLL 3EZWA 2XY5A 4IOAL 4KHQA 1MWMA 2WUSA 4CFBA 2E8AA 3AO3A 2X6SA 3ISNC 3RTVA 3LDPA 3BF1A 4A2BA 1NJXA 3IDHA 4BR2A 5BN8A 5CR4A 3E7UX 3LP3A 3CFRA 1VQ6N 4FXDA 1SN4A 2A42A 2ITGA 1JJ2M 1RDWX 4B3TK 4IDKA 4CIGA 1YAGA 4FZZA 4JKFA 1NPIA 1NGIA 4H5VA 1N33K 2N2QA 4DV5K 4B9VA 2P9NB 3OVNA 1TK0A 4R79A 3EE9A 1G99A 4DQIA 4AHCA 2NNWA 4LF6K 3AA4A 2AJQA 5C2DA 3P83D 1Z26A 5AFUA 3S41A 3L2WA 2OTJN 4CGIA 2KZMA 2OPRA 4ISFA 4DUYK 1LOTB 3VOVA 4DHYA 4RW6A 1PTXA 5JMVA 3HVRA 1QVFM 2FSJA 2YC1C 3WEEA 1HLUA 3ZCMA 4CJPA 3QEIA 3HXMA 4CZIA 3KTQA 3MWTA 4WQ5A 3KK3A 3CCEN 3G25A 1NBWA 1C0UA 5AQFA 1W9HA 2P9IA 4KKOA 2E5LK 2NRXA 1Z25A 4PHTX 1XI1A 1WT7A 4BRAA 3QNOA 4DR7K 4KRFA 1A5VA 3WXKA 3RRGA 5DMRA 2RPIA 2LI7A 3OHRA 3CCMN 5SWMA 4Y1CA 1JLQA 2IVOA 1T03A 2DY4A 3ID8A 3CFPA 2QI2A 1OVQA 4I6MB 1ZYWA 1U04A 4F9OA 1GOBA 3A5LC 1GLJO 1HRHA 3MX5A 1DQ7A 1L3UA 1IKYA 1XC3A 4CE9A 4KV8A 3OJSA 3QFUA 3VESA 4HVJA 2E3FA 4CJRA 1MU2A 1U45A 1TAUA 1T1TA 3TPQA 1XC9A 1EP4A 1BI4B 4JKGB 4ZHRA 3CIPA 2QWPA 3OYKA 5KK4A 2Q3SA 1MWKA 4BG9A 3DOKA 3VQDA 4CGJA 3HTVA 4BWMA 2PY5A 3CMEN 2I5JA 1NGFA 1VK0A 1Q9YA 4KH6A 3OY9A 2HHSA 3PX6A 5GIPA 3CETA 3VQ5A 3AVAA 1ZFUA 3WQUA 1XUPO 1Y64A 1OKJA 4E1MA 1VQLN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B7D A;  3RSE B;  5AFU H;  1HNV A;  2CGL A;  4FLV A;  4BC5 A;  1S1X A;  3EL2 A;  4I6M A;  2DPN A;  3CCR N;  3SV4 A;  4E19 A;  1U47 A;  2LN8 A;  2C1I A;  2HHV A;  2D0B A;  4F8R A;  4CF0 A;  3CCL N;  3L2R A;  3ZEU B;  1T7E A;  4KHU A;  1JLF A;  3AVM A;  4CZL A;  1DTT A;  2QWM A;  4O44 A;  3T1A A;  4WFN L;  1T05 A;  5HRS A;  2WON A;  4J2D A;  5FRN A;  2BUP A;  2H3G X;  4LF5 K;  1BI4 A;  4JKG A;  5FPD A;  3LP0 A;  5M1N A;  4I9Q A;  3KD1 E;  2NRH A;  2IC3 A;  4IKF A;  2G8I A;  2P51 A;  1ZBL A;  1QHA A;  1HNZ K;  3VQB A;  2UUA K;  3I33 A;  3FZH A;  1GOA A;  1RBT A;  3C6T A;  4H4M A;  4DV2 K;  3FR0 A;  4B8A B;  2NLX A;  1IBK K;  2CH5 A;  3TI0 A;  2QKK A;  4KHY A;  3LDO A;  2LSN A;  4DWI A;  3TU5 A;  4DTX A;  5KGX A;  1SUQ A;  3VQC A;  3DLR A;  1VQM N;  4CD1 A;  3TTD A;  4HCC A;  3F2K A;  4OKJ A;  3JXU A;  3MMV A;  4I9L A;  4ISE A;  3A5M C;  1YVU A;  4JI6 K;  3MAQ A;  5C15 A;  3KLI A;  1JXB A;  3T1H K;  1C6V A;  4FL9 A;  4IZ9 A;  1P0A A;  1JL1 A;  4B3M K;  3VQ6 A;  3CM5 A;  3O3G A;  3K57 A;  2O8C B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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