3QMLA

The structural analysis of sil1-bip complex reveals the mechanism for sil1 to function as a novel nucleotide exchange factor
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
NYGTVIGIDLGTTYSCVAVMKNGKTEILANEQGNRITPSYVAFTDDERLIGDAAKNQVAANPQNTIFDIKRLIGLKYNDRSVQKDIKHLPFNVVNKDGKPAVEVSVKGEKKVFTPEEISGMILGKMKQIAEDYLGTKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVLRIVNEPTAAAIAYGLDKSDKEHQIIVYDLGGGTFDVSLLSIENGVFEVQATSGDTHLGGEDFDYKIVRQLIKAFKKKHGIDVSDNNKALAKLKREAEKAKRALSSQMSTRIEIDSFVDGIDLSETLTRAKFEELNLDLFKKTLKPVEKVLQDSGLEKKDVDDIVLVGGSTRIPKVQQLLESYFDGKKASKGINPDEAVAYGAAVQAGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone/protein transport
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein homolog
publication title Structural analysis of the Sil1-Bip complex reveals the mechanism for Sil1 to function as a nucleotide-exchange factor.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 114
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2011-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3qmlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3qmlA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3qmlA04
4IWVA 2E2QA 1YXQA 3GDQA 3BP8A 1HX1A 3VF6A 2D1KA 4FPBA 5F1XA 1G99A 3BEXA 3ID8A 1SAZA 3O8MA 4CZIA 4CZHA 2NZTA 2CGLA 3G25A 3M3ZA 3CJAA 3QFPA 3CJCA 1NBWA 3VEOA 1OKJA 4BRMA 4EFHA 2H3GX 3LL3A 1NMDA 1NGHA 1NLVA 2F9TA 5AQWA 5TKYA 1SZ2A 4IJAA 3B8AX 4A62A 4DHYA 4H0XB 2QWMA 3GE1A 2FXUA 3LDOA 1S22A 3WXKA 1HKCA 2QWQA 4QS9A 3LM9A 3CQXA 3VF4A 3I8BA 3FZLA 3C7NB 5BPNA 1YAGA 3IFRA 3LDQA 4PL7A 4B9QA 2P9SA 2OANA 2VWBA 4CZFA 4M7YA 5JLHA 5JLFA 4H0OA 4BRAA 2P9PA 4BC3A 4BC2A 1JCFA 5I9EB 4BG8A 1C0FA 1DGKN 5AQMA 1ZXOA 3IUCA 3VGKA 1HKBA 2A41A 3QBWA 4PKGA 1Z6RA 4M63C 5AQPA 1QHAA 2V7YA 4MO5A 4YDUA 2J4RA 3CIPA 4BRKA 4BR7A 2QWLA 1NGCA 4PKIA 4Y0WA 5KPZA 4A2BA 3O5BA 4DB3A 5FPNA 4A2AA 3R8EA 4JHDA 1X9JA 4Z94A 3SJHA 3A5MC 1K8KA 3UKUA 2A3ZA 3TU5A 5CE3A 4I6MA 5ADXH 1TUUA 4QS8A 5AQYA 1JCGA 3WEEB 2E8AA 4BQZA 1GLFO 5BREA 1DEJA 1ZC6A 3DJCA 4AM6A 4CZKA 4BRDA 1BWFO 1X3NA 3ENHA 1V4SA 2IVNA 3A5LC 2Q2RA 4BRNA 3AAQA 2ITMA 4EIAA 3WUHA 4CD3A 3GBTA 4BRGA 5AQGA 1RGIA 2E1ZA 3EZWA 4FOEA 1LOTB 3M1FA 4RTFD 3DXMB 3EKSA 4PKHA 3S41A 5AQFA 2I7NA 3ZEUB 2DPNA 4WQ5A 3QICA 3FE1A 4I6MB 1P8ZA 3HZ6A 4BRHA 2Q36A 3R6MA 5LY3A 4K25A 3CJ7A 4BGAA 1NGAA 5FPMA 1KAYA 1QQMA 1GLLO 4XEIA 4FWLA 3QFUA 2EWSA 2ASMA 1D4XA 3DXKB 3CQYA 4YDUC 3WXIA 3D2EA 1XC3A 3MDQA 2P9LB 3MN9A 4FOIA 4FWSA 2ZGZA 3BUZB 5AQZA 3IDHA 3U9DA 3FR0A 2HOEA 1GLBG 3D7EO 3FLCO 5KQ8A 5LJWA 1TUYA 3A0IX 4H5TA 4H0YB 5AFUH 4CZEA 4HTLA 5JICA 4QS7A 3A5OC 1Q18A 2FLOA 3RSEA 1ATSA 2E2NA 1WUAA 4CJ7A 4IZ9A 1YVNA 2YJEA 3W3DA 3UKRA 2YCHA 4CBUA 1J6ZA 3ZETA 3MMVA 3HM8A 3ULEA 1NGBA 1GLCG 3I33A 4NB4A 1QQOA 2E20A 4CI6A 5KQDA 3L4IA 2A40A 3AY9A 1H1VA 5F2RA 1E4GT 2YHXA 3FGUA 4BRCA 3AAPA 3MK6A 3VGMA 5BRFA 4WQ5C 1NGJA 3VEZA 1XQSC 3UE5A 4BR0A 2P9NA 3CJ1A 4B1WB 4CBXA 2CH5A 2ZF5O 3O6WA 4BC5A 2BTFA 4A61A 3HI0A 1BA1A 3VERA 3MCPA 4EHUA 1RDWX 3QB0A 3VETA 3WQTA 1SQKA 1Z05A 1DKGD 3LDNA 3H6EA 3MN7A 1HKGA 3VGLA 5AQXA 4J8FA 2QWNA 2CGJA 2FSKA 2W40A 3O1BA 2GWJA 4CZJA 3HSCA 4BR2A 2CGKA 1E4FT 2IVOA 2YHWA 3JS6A 4IJNA 5AQJA 4FWNA 4B1XB 1GLJO 3ZX3A 1GLAG 2GTDA 1U2VA 3H1QA 4BRFA 3HTVA 2PAVA 3ENOA 5KPTA 5B8HA 4FWPA 4ISGA 5EXWA 1NGFA 1JCEA 1TYQA 3MN5A 5AR0A 2ZGYA 3BF1A 2HF3A 5AQHA 4BREA 3EN9A 4FWRA 2D4WA 4H5VA 5EX5A 5BPLA 2QWRA 2UYTA 3GG4A 3C0BA 2IIRA 2P9IA 4BR9A 1QZ5A 3H3NO 5BN9A 2P9SB 3U4LA 3UB5A 3WQUA 4CZGA 2P9PB 1ESVA 3LDLA 3O4WA 4BRLA 1ATRA 5FPDA 5AQQA 3FZFA 1MWKA 4K42A 3GL1A 3H3OB 1GLEG 4IXCA 3L6QA 4K41A 3DWLA 3EL2A 5BR9A 3FZMA 2GWKA 2HF4A 3O80A 4CBWA 4JHDB 4AM7A 4FWMA 4H0VB 3ZX2A 4ISFA 5AQSA 4FO0A 4IO8A 4JD2A 2E88A 1X3MA 1BU6O 1K8KB 2FSNA 3UKUB 3VEVA 2QWOA 4B1ZA 1RFQA 4C23A 2P9UA 5E84A 3KZBA 5AZJA 4RCHA 2ASPA 3EO3A 4XH5A 4RWTA 1T44A 4XH4A 4MO4A 1WOQA 5LJVA 4FWKA 4CZMA 2E2OA 4FSVA 4WYBA 4H5NA 3J8AA 3H1VX 3IMXA 2GELA 4CZLA 1U6ZA 4JD2B 1NGIA 4O5FA 5AQIA 1ATNA 2Q97A 3VEYA 3VENA 5AQKA 2CH6A 2FF3B 2P9UB 1HLUA 2V51B 3WXJA 3P4IA 2W41A 4DCHA 3VESA 4MLHA 2QW9A 4BRIA 4E1JA 5AQVA 5EY4A 4BR5A 4LC9B 3WT0A 2VYPA 2BUPA 1HUXA 3SMPA 3ATVA 4BQLA 1BO5O 3MN6A 2YI1A 3D2EB 3KHYA 3U8XA 2ZWHA 2PBDA 4BC4A 2Q1NA 4JNEA 3A5NC 3BF3A 3SLCA 4BROA 2A5XA 3R9PA 5FPEA 4JN4A 2GEMA 4JAXA 2VCPA 1KAXA 1CZAN 2Q0UA 2QM1A 3CI5A 3O08A 2P9KA 4HWIA 5AQRA 4O8KA 5ADXA 4GY2B 4FWQA 1V4TA 1BA0A 1EQYA 4FWOA 3C7NA 3CERA 3RSEB 4NO7A 4M7XA 1LCUA 1R59O 5AQUA 3UKRB 1BOTO 1C0GA 3QDKA 3ZETB 5KPRA 3ULEB 5BRDA 3H45C 5EOYA 2Q31A 2ASOA 1YUWA 5ELZA 1HPMA 1NM1A 1Y64A 2HMPA 5EVZA 4H5WA 1T6DA 2P9KB 5AQOA 2NLXA 1MA9B 3CHWA 3LDPA 3WXLA 2NRHA 3ZX0A 4B1YB 2P9NB 4L3QA 4BR4A 4BG9A 2YJFA 4BVOA 4XH1A 5AQLA 4MLEA 3QMLA 3W0LA 4BVPA 1QQNA 5BPMA 2AA4A 5AZIA 3WEEA 5AQTA 4FL9A 1NGEA 4H03B 1QZ6A 1IG8A 2KHOA 4GNIA 3D2FA 4KBOA 3O1WA 1NGGA 2IVPA 2E1YA 2E2PA 2I7PA 1U2VB 4DQ8A 3AARA 3FFKB 5AFUA 2AP1A 3M6GA 1NWKA 1TYQB 4WQ4A 4H5RA 3ATUA 3DXMA 1ZBSA 1NGDA 3GOIA 3QBXA 4F9OA 1XUPO 3ZEUA 1HJOA 2QXLA 4EAHD 2V52B 3F9MA 1BUPA 3HBTA 2P9IB 3L0QA 5AZIB 1MDUB 2QWPA 2Q0RA 3TPQA 3SK3A 3VF2A 4FPAA 3D2FB 4CD1A 3DXKA 4H0PA 4BRPA 3FZHA 2P9LA 5BN8A 2F9WA 3VOVA 5BRHA 4BGBA 4EHTA 3CJ9A 1KXPA 3OHRA 3CETA 1S3XA 3DAWA 4K43A 2A42A 1MWMA 5F0XA 3EKUA 5JMVA 1T6CA 2V7ZA 2D0PA 3CJBA 2GUPA 1KAZA 3VEXA 5AZJB 3H46O 2FSJA 3VEWA 5E26A 3U9ZA 3LM2A 4B1UB 2A6AA 3VPZA 4B1VA 2FF6A 2D0OA 4ISEA 4BRQA 1BDGA 3KVGA 2WUSA 4H0TB 1BG3A 2YHYA 1GLDG 3A8YA 4PL8A 4WQ4C 3SMSA 3JXUA 3FZKA 5AQNA 1IJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SYZA 2LKBA 1RILA 1OH6A 3MEDA 1OH8A 1FKOA 1YXQA 4DR6K 4MFBA 4CF9A 4BDZA 2D1KA 1UWBA 4FLWA 1ZUTA 3RR7A 2HHTA 3M5RA 3OYFA 3T19A 1VNAA 2CGLA 3VEOA 4DV5K 3LZIA 5AQWA 1JLEA 3B8AX 3KOYA 3M8SA 1U4BA 4CFCA 1VRTA 3KIOA 4IG0A 4QOZB 3M8PA 1HNIA 3ZCMA 4EP4A 2G8WA 1KV0A 5BPNA 4PL7A 4YOUA 4YNQA 2YHBA 4HVJA 2YIOA 1ICAA 2VWBA 4CJSA 1IKYA 3LDSA 3OBYA 4DFKA 4BE1A 4DS4A 1ZXOA 3SBGA 5GAEP 2QXFA 4QCLA 2N2QA 4PKGA 3QINA 3DRSA 5AQPA 2V7YA 2HSTA 2J4RA 3CIPA 4FVMA 4RW9A 4Z4HA 4DTRA 5J2PA 2UUBK 3VQ6A 4A2BA 4H4MA 4Y1DA 3O5BA 3IG1A 5CYQA 4JHDA 4DR5K 3SJHA 1UA0A 4FM2A 4CCHA 4JI8K 1XWLA 3TU5A 5D3GA 3TANA 2M8BB 4H4OA 4N76A 3E66A 4QS8A 1JCGA 1D8YA 4B3TK 1T7EA 1DEJA 5FRMA 3DJCA 4AM6A 3NHGA 4E7HA 4BRDA 1SL2A 5M1QA 1V4SA 4IOAL 1ZYVA 2Q2RA 4E7LA 4L8RB 1RBTA 3AAQA 3KK2A 1C1AA 2VG6A 3L4QA 3CFRA 3AO1A 4N56A 3GBTA 5AQGA 3TAFA 4ELUA 2BANA 4ILJA 4KAZA 4FJ5A 5AQFA 1FKPA 4Z4CA 4FK0A 2DPNA 5A2QO 2FBYA 3DLRA 1EETA 4E7KA 3QICA 1WBDA 5LY3A 1UA1A 3R6MA 4DSEA 2OYQA 1SN1A 1NGAA 5FPMA 1L4VA 4XEIA 2FBTA 3TR8A 1QHTA 2XY7A 1D4XA 3DXKB 3CQYA 4YDUC 2FC0A 2OZMA 3D2EA 5IWAK 2LY5A 3SBTA 4FOIA 1HMVA 3BUZB 4JK9A 5AQZA 3P39A 1RTHA 2NRZA 2E6MA 3KD5E 3O9RA 3LAKA 3HVTA 4CGFA 2BDPA 4IDHA 5DM6L 1LQIA 2P5OA 4BE2A 1OVYA 1VQON 4QAGA 4HTLA 3A5OC 4CGHA 3MECA 4E89A 2FLOA 1JLBA 2E2NA 4G9ZA 4PHTX 1VSFA 1HPZA 4IZ9A 1UAXA 2YJEA 4O55A 2O8FB 2G2KA 1GLCG 5FDLA 3U6FA 3V81A 1IG9A 2E20A 3L4IA 3MEGA 2JGUA 3NFAA 1RBVA 4DU3A 3AAPA 3L2VA 3T3FA 3VGMA 2QTDA 3MXJA 1C6VA 2QK9A 1NKBA 2P9NA 4CBXA 4DF4A 1RTIA 3AVFA 3VERA 2B5JA 3MCPA 2QEXN 3WQTA 1NH5A 1WT7A 4LD0A 3G0ZA 4I9LA 3CCQN 3LDNA 2I5JA 3VGLA 2QWNA 2CGJA 3CCSN 2HHVA 4OLBA 2PYJA 1YHQN 4CZJA 1BI4A 4OPKA 4CEAA 1E4FT 2IVOA 4JKBA 3OYAA 4WFAL 1YTUA 4YOTA 4JS4A 3RTVA 1VQ5N 3ZX3A 1GLAG 4FLYA 3V6DA 1U2VA 3NMUA 3ENOA 3NE6A 4ISGA 1NGFA 4ICLA 3OVNA 3HOTA 2ZGYA 2VWJA 5KGXA 4DQIA 3J7ZO 3EN9A 3PSMA 3BGRA 5BPLA 2LI7A 3DI6A 3GG4A 3RMDA 4FLZA 2P9IA 2HVIA 3H3NO 1C56A 5BN9A 3IKMA 5JENA 3UB5A 1BI4B 3OYMA 3ZSZA 2N66A 3O4WA 1ATRA 3NGIA 5FPDA 1MWKA 4BE0A 1HNZK 4GV3A 4BE7B 4LFCK 4IXCA 3L6QA 4FW1A 4K41A 3V4IA 3EL2A 4LFBK 1C0TA 4DSIA 1IKWA 4CJ5A 3OS0A 1RT5A 4FYDA 3MXIA 2HHXA 1SL1A 3OBWA 1GOAA 3OYCA 4CBWA 1LWFA 3I56N 1IO2A 5HBMA 3IRXA 1YI2N 1BU6O 1K8KB 3VEVA 4CJVA 4K8XA 1GPTA 1UOCA 4RCHA 3DMJA 4RWTA 3RMBA 1VSKA 1BMRA 1ZBLA 1WOQA 1RDCA 1S1VA 4AHTA 4OO1J 2KW4A 4GV9A 3SQ2A 4JI4K 4RW4A 5I3UA 3CQ8A 3QEXA 3C6HA 3V1OA 4DV0K 2O8EA 4YOYA 4H8KA 3VEYA 3PX0A 2WBNA 3VENA 5AQKA 2UXDK 2V51B 4DKWA 2YEOA 3ZLJA 2E3GA 1S1UA 1N32K 1W97L 3I55N 1XNQK 4LC9B 4YOWA 3SMPA 3ATVA 1BO5O 4NCAA 4NXNK 3KHYA 2PBDA 1TL1A 3MCAB 1JLAA 2Q1NA 1KVAA 4CFAA 3AO5A 2O8EB 1FH3A 1Q81O 3V9XA 1I39A 2RKIA 2G8KA 3CI5A 1I6FA 1A5WA 1WSJA 4O8KA 5ADXA 3L2RA 4KI4A 2DY4A 2C1GA 4GY2B 1VSHA 4FWQA 1BA0A 1U45A 4FWOA 4W5QA 1VQ7N 4HCCA 4M7XA 3RRHA 1XHZA 1TKXA 4CHOA 2XY5A 1ZFUA 4U7BA 5BRDA 1I6GA 4R79A 3PV8A 3H45C 1EX4A 5FROA 4LH5A 3F9KA 4CEQA 1TI5A 4B3MK 1Y64A 3S3MA 4B9LA 5EVZA 1T6DA 4UQGA 2NLXA 3EE8A 3NCIA 3CHWA 4CJUA 3LDPA 3WXLA 4LY7A 3IS9A 4BG9A 2X74A 1BIUA 1WSHA 1LV5A 1WN7A 2O8DB 4MLEA 5FRNA 3QMLA 3W0LA 4BVPA 3AA3A 2JLEA 4O0IA 1YT3A 4H03B 3LP1A 3CC2N 4GNIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3SYZ A;  2LKB A;  1RIL A;  1OH6 A;  3MED A;  1OH8 A;  1FKO A;  1YXQ A;  4DR6 K;  4MFB A;  4CF9 A;  4BDZ A;  2D1K A;  1UWB A;  4FLW A;  1ZUT A;  3RR7 A;  2HHT A;  3M5R A;  3OYF A;  3T19 A;  1VNA A;  2CGL A;  3VEO A;  4DV5 K;  3LZI A;  5AQW A;  1JLE A;  3B8A X;  3KOY A;  3M8S A;  1U4B A;  4CFC A;  1VRT A;  3KIO A;  4IG0 A;  4QOZ B;  3M8P A;  1HNI A;  3ZCM A;  4EP4 A;  2G8W A;  1KV0 A;  5BPN A;  4PL7 A;  4YOU A;  4YNQ A;  2YHB A;  4HVJ A;  2YIO A;  1ICA A;  2VWB A;  4CJS A;  1IKY A;  3LDS A;  3OBY A;  4DFK A;  4BE1 A;  4DS4 A;  1ZXO A;  3SBG A;  5GAE P;  2QXF A;  4QCL A;  2N2Q A;  4PKG A;  3QIN A;  3DRS A;  5AQP A;  2V7Y A;  2HST A;  2J4R A;  3CIP A;  4FVM A;  4RW9 A;  4Z4H A;  4DTR A;  5J2P A;  2UUB K;  3VQ6 A;  4A2B A;  4H4M A;  4Y1D A;  3O5B A;  3IG1 A;  5CYQ A;  4JHD A;  4DR5 K;  3SJH A;  1UA0 A;  4FM2 A;  4CCH A;  4JI8 K;  1XWL A;  3TU5 A;  5D3G A;  3TAN A;  2M8B B;  4H4O A;  4N76 A;  3E66 A;  4QS8 A;  1JCG A;  1D8Y A;  4B3T K;  1T7E A;  1DEJ A;  5FRM A;  3DJC A;  4AM6 A;  3NHG A;  4E7H A; 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