4KBOA

Crystal structure of the human mortalin (grp75) atpase domain in the apo form
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
376
structure length
374
Chain Sequence
AVVGIDLGTTNSCVAVMEGKQAKVLENAEGARTTPSVVAFTADGERLVGMPAKRQAVTNPNNTFYATKRLIGRRYDDPEVQKDIKNVPFKIVRASNGDAWVEAHGKLYSPSQIGAFVLMKMKETAENYLGHTAKNAVITVPAYFNDSQRQATKDAGQISGLNVLRVINEPTAAALAYGLDKSEDKVIAVYDLGGGTFDISILEIQKGVFEVKSTNGDTFLGGEDFDQALLRHIVKEFKRETGVDLTKDNMALQRVREAAEKAKCELSSSVQTDINLPYLTMSGPKHLNMKLTRAQFEGIVTDLIRRTIAPCQKAMQDAEVSKSDIGEVILVGGMTRMPKVQQTVQDLFGRAPSKAVNPDEAVAIGAAIQGGVLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the nucleotide-binding domain of mortalin, the mitochondrial Hsp70 chaperone.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Stress-70 protein, mitochondrial
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 374
sequence length 376
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 4kboA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4kboA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4kboA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4kboA04
3LDPA 3VEYA 5AQNA 3LM9A 2Q97A 1U2VA 3FLCO 3O5BA 2CH6A 4MLHA 1S22A 1NGEA 5AZIA 3H45C 4A2AA 2P9IA 1MDUB 3VEOA 4CD1A 2D1KA 1TYQA 2A42A 5ELZA 1ZBSA 3VGKA 1QZ6A 3HI0A 5AQLA 4FWNA 3DXKB 5AQMA 3UKRB 4GNIA 1ESVA 4BRPA 4JHDB 1GLLO 3FGUA 3RSEA 4XH1A 2QWRA 1V4TA 1QZ5A 1QQMA 1BUPA 3CERA 3WEEA 2QWNA 3VF4A 5JMVA 3VF2A 3TU5A 1XC3A 3VF6A 4B9QA 4FOIA 3H1QA 2GEMA 2P9PA 4IO8A 1MWKA 1HKCA 4FL9A 4AM7A 3CJ9A 4B1ZA 4IJAA 4YDUA 4BR2A 4KBOA 3H3NO 3SJHA 4BR4A 3I33A 3CQXA 4BQLA 2GWKA 1NGAA 5FPNA 1BU6O 5EOYA 4QS8A 3U8XA 1DKGD 5AQZA 3ULEB 3D2FB 2V51B 4JNEA 4QS7A 2PAVA 4BRDA 3A0IX 3MCPA 1EQYA 3R9PA 3DXKA 2YI1A 3SK3A 3L4IA 4QS9A 2VCPA 5AQWA 4H0TB 3A5LC 4JHDA 1KAYA 3CJ7A 2P9SA 1RGIA 1HLUA 2GWJA 5FPDA 1HJOA 4CBWA 1NGGA 3O80A 4CZHA 4BRFA 4XEIA 3R8EA 5AQYA 3LDNA 3QICA 1BG3A 2YJEA 3CETA 3O08A 3KVGA 3FR0A 5BRHA 4BC3A 1K8KA 2P9UB 4M63C 4FWKA 4EAHD 5ADXH 2QWOA 3BP8A 4Y0WA 4BRLA 3DWLA 5AQIA 4A62A 5JICA 1X3MA 4BGBA 2KHOA 3MN5A 2NLXA 3CIPA 5AFUH 2FSNA 4FOEA 3ZX2A 4A61A 3C7NA 4H5VA 4BRHA 1YVNA 2PBDA 2I7NA 3EN9A 1NWKA 4CZFA 3UE5A 1YXQA 1U6ZA 2HF3A 3WXJA 4O5FA 2ITMA 5AQHA 3A8YA 3ULEA 1NGFA 1H1VA 2H3GX 5AQJA 3GOIA 3MN6A 4BVOA 4H5WA 3J8AA 3O8MA 3O6WA 2CH5A 3EL2A 1XQSC 4CBUA 3FZKA 4BC2A 4BROA 2EWSA 2A5XA 4BGAA 4YDUC 3VETA 4FWOA 4RCHA 2GUPA 3I8BA 4WQ4A 4H0XB 2D4WA 3SMSA 3CQYA 5F1XA 2E1ZA 3FZFA 3AY9A 4A2BA 1MA9B 3A5NC 4BRAA 4FPBA 4CD3A 4ISEA 1TUUA 3ZX0A 4H5TA 4K25A 3BF1A 3OHRA 5AQTA 3D2EA 5BN9A 3GBTA 4BRCA 1Z6RA 1BA1A 2E88A 4IJNA 5KPTA 1ATRA 2QWMA 3IDHA 2HOEA 2HMPA 1IJJA 4PL8A 1ATNA 4BRMA 4FWQA 2QXLA 3W0LA 4CZIA 3DAWA 3ZEUB 5KPZA 3O1WA 4B1VA 4B1YB 3M1FA 4WYBA 5BPNA 4IWVA 3QMLA 3M3ZA 1YUWA 3FZLA 3AAQA 4H5RA 1JCEA 4BG9A 4DCHA 5EXWA 4DHYA 4M7XA 1YAGA 3FE1A 3D7EO 1WUAA 4RTFD 5AQKA 1J6ZA 1RFQA 3QFPA 2ASMA 4I6MB 2A3ZA 4EFHA 4BRIA 3LM2A 3BEXA 4RWTA 1GLEG 3R6MA 2CGLA 3BF3A 4CZJA 4ISGA 2V7YA 3WQUA 3SMPA 1C0GA 1NMDA 1NGCA 2VWBA 4WQ5A 3VEXA 3WT0A 4FWRA 3DXMB 3H1VX 1ZC6A 4PKGA 1NGBA 1QHAA 3ATVA 2OANA 2QWQA 4MLEA 4EIAA 2P9NB 4BRGA 3EKUA 1NGDA 3BUZB 4BRKA 5BPMA 1Z05A 3C0BA 4BRNA 4GY2B 2E1YA 3UKRA 2NRHA 3WXKA 5AQQA 1NGJA 2FXUA 3CJ1A 2Q1NA 3VERA 3CJAA 3S41A 4J8FA 3WXIA 3TPQA 3JS6A 2V52B 1SZ2A 2YHYA 1DEJA 3CHWA 5AQVA 5KPRA 3MDQA 5BR9A 4CI6A 4PKIA 2IIRA 3VGLA 1NGHA 2BUPA 4H0VB 3FZHA 3KZBA 4C23A 4LC9B 4L3QA 3ENOA 5AQUA 2QWLA 1HKBA 4MO5A 2VYPA 3ENHA 4BR9A 2A6AA 3U9ZA 1HPMA 3AARA 4CJ7A 3IFRA 2P9IB 5E84A 1T6CA 5AR0A 2IVPA 3GE1A 1WOQA 1T6DA 1TYQB 3L0QA 3IMXA 1HUXA 2NZTA 3D2FA 2IVNA 4H0PA 4BQZA 4BR7A 5EVZA 2E2NA 2P9NA 5BN8A 4PKHA 3HTVA 5AQFA 3G25A 5F2RA 3RSEB 3EO3A 4AM6A 1NBWA 3VOVA 5LY3A 5F0XA 4BR0A 4NB4A 1BDGA 4FO0A 3U4LA 1BOTO 4WQ5C 2FF3B 1LOTB 3LL3A 3UB5A 3UKUB 5B8HA 4PL7A 4BC4A 1BA0A 3H3OB 4JD2B 3WXLA 1R59O 2P9KB 2P9PB 2GTDA 2P9UA 4FSVA 5ADXA 2CGJA 3QB0A 1GLDG 4JN4A 2E2OA 1HKGA 4H0YB 4XH4A 4B1UB 4DB3A 1HX1A 5AQSA 4XH5A 2UYTA 2Q0UA 2AP1A 2E2QA 5AFUA 4NO7A 5FPEA 4FWSA 4CZEA 3F9MA 3ZETB 3JXUA 1TUYA 1IG8A 3VPZA 2W40A 4CBXA 4M7YA 2FSKA 3WUHA 1GLBG 1E4FT 2ZGZA 4HTLA 1NLVA 2A41A 2FLOA 3EKSA 4K41A 1KXPA 3VEZA 1ZXOA 2V7ZA 1BWFO 5BPLA 1G99A 1GLCG 3W3DA 2P9LB 1Y64A 1ATSA 2CGKA 5TKYA 2Q36A 2P9SB 3M6GA 5AQPA 3VGMA 2FSJA 3SLCA 5JLHA 5I9EB 1JCFA 4K43A 3UKUA 3QBWA 1KAZA 5AQGA 1X9JA 4JD2A 3VEVA 4K42A 1DGKN 1K8KB 5LJVA 2P9KA 4DQ8A 2YHXA 4B1XB 4CZLA 3H6EA 5KQ8A 4BC5A 3VENA 5AQRA 2QW9A 2ASPA 4EHTA 1QQOA 4MO4A 2D0OA 4BREA 4CZKA 5JLFA 2I7PA 2BTFA 3MK6A 3C7NB 1GLJO 4WQ4C 4FWMA 4H5NA 5FPMA 3GDQA 1S3XA 3HSCA 2DPNA 3ZEUA 3ZETA 1P8ZA 5AQOA 1X3NA 3QBXA 1OKJA 3GL1A 4O8KA 4CZGA 4IXCA 3P4IA 3ATUA 3GG4A 3QDKA 1QQNA 5EX5A 2YHWA 3FFKB 2ZGYA 3FZMA 5EY4A 2QWPA 5BRDA 1T44A 4ISFA 5BREA 4Z94A 3MN9A 2D0PA 2J4RA 4BG8A 3O4WA 3EZWA 4E1JA 3MN7A 4I6MA 3LDQA 2P9LA 3HZ6A 5AZJB 4H03B 1SQKA 3H46O 2E20A 2ZF5O 4FPAA 2GELA 3B8AX 1GLAG 2E2PA 4BR5A 3IUCA 2A40A 3U9DA 1LCUA 3A5OC 2W41A 4IZ9A 1U2VB 3MMVA 1C0FA 2Q31A 5AZIB 3WQTA 2WUSA 2HF4A 3DXMA 5KQDA 3LDOA 3HBTA 2QM1A 3D2EB 3ID8A 3VEWA 1KAXA 4HWIA 2ASOA 2F9WA 4FWPA 3VESA 5BRFA 2Q2RA 4F9OA 1E4GT 4JAXA 4BRQA 2YCHA 3ZX3A 3CJCA 4CZMA 1GLFO 2YJFA 3O1BA 1XUPO 3KHYA 2FF6A 2ZWHA 4H0OA 3AAPA 1NM1A 4BVPA 4EHUA 1CZAN 5LJWA 4B1WB 3LDLA 5CE3A 1SAZA 2Q0RA 2E8AA 4FWLA 3WEEB 1V4SA 2IVOA 3CJBA 3DJCA 3QFUA 2AA4A 1NGIA 1JCGA 2F9TA 5E26A 1D4XA 1MWMA 3HM8A 5AZJA 1Q18A 3CI5A 5AQXA 1RDWX 3A5MC 1BO5O 3L6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVCA 4CHZA 3LDPA 1A5WA 3CC2N 5AQNA 4ILHA 2Q97A 1U2VA 1S1WA 4B9SA 2Y1JA 2CH6A 1VK0A 3H45C 2P9IA 3AVGA 5ELZA 2D0CA 4CJ3A 2OTLN 2DTUA 1OVQA 2HMIA 1L3TA 4HUFA 3LAKA 1GLLO 1KCFA 2OPPA 3D45A 3CM5A 3KHWA 1TL3A 3CERA 3WEEA 2HHQA 3VF2A 4CIFA 1XC3A 1C56A 1N32K 1VSDA 3VF6A 3H1QA 3TSPA 2P9PA 4IO8A 4CK2A 3SAGA 1MWKA 1HKCA 4JLHA 1QSYA 1LQIA 2LKBA 4CHYA 4CFAA 3KOYA 4YY3K 5GIPA 3SI6A 4YDUA 3C94A 1SKSA 5FDLA 4FM0A 1M90O 3CQXA 3LP0A 2OCEA 4BQLA 4EP4A 1NGAA 3SUOA 2PFUA 2KBKA 4ICLA 1BU6O 5EOYA 3OYEA 2HVIA 2VG7A 3QEXA 3CFPA 1X9SA 3MCPA 1EQYA 5KGXA 2B6AA 1FXXA 2YI1A 4DTNA 4QS9A 3LPUA 4KAZA 4KTZA 1RBRA 3OW2M 1S9GA 2P5GA 3SV4A 4FLUA 1HJOA 4WFAL 1NGGA 4CESA 5HROA 1IO2A 1BGXT 4DR6K 2NRRA 3QICA 3THWB 4CJFA 3FR0A 3SNNA 5BRHA 5A2QO 2UUBK 4DF4A 4BC3A 4EAHD 4AHUA 4AILC 4IOAL 1TKTA 5HLFA 1WSGA 2G8WA 2KHOA 4AHVA 2KW4A 2FSNA 4A61A 3V9ZA 2PBDA 3O3HA 1IH7A 1NWKA 5FLXO 1U6ZA 3RWUA 2G8VA 5C0YA 3CCSN 5AQHA 3TANA 1YVUA 4IG3A 2G8UA 1H1VA 4OPKA 3MN6A 3O6WA 4IKFA 1N8RO 2Z1IA 4K0KK 2EWSA 4RCHA 2GUPA 3VQ6A 2G8FA 2E1ZA 3HL8A 1BI4B 4A2BA 2OA8A 2NUBA 1EXQA 1TVRA 1NK7A 3MX2A 4CD3A 4M3TA 4H5TA 3THWA 2QKKA 3BF1A 4FK4A 5AQTA 4DFKA 4BRCA 1B92A 1AHOA 1ATRA 1RT5A 4DFJA 4BDYA 1QVFM 4CGFA 1ATNA 4BRMA 4C1NI 1NE5A 3DAWA 4BDZA 1T7AA 5KPZA 4ZTJA 5KI6A 4B3SK 1T1TA 5K14A 4W5RA 4BG9A 4CERA 3HPHA 4DHYA 1WUAA 4LH5A 4FJGA 3F5TA 4CJKA 1VQON 2IC3A 4BRIA 3LM2A 3O3GA 3BEXA 3QEPA 4W5TA 2HSTA 4CGIA 2V7YA 1REVA 1C0GA 1T7PA 4DSJA 4AHTA 3N4PA 4OKJA 5T7BA 1UOCA 1BI4A 3BDPA 3CCLN 4CHPA 3QI7A 3DXMB 3H1VX 1ZC6A 4PKGA 1W7AA 3OJUA 1NGBA 2QWQA 4EIAA 2RKIA 4BRGA 3BUZB 4Z4FA 3UKRA 3WXKA 1XMQK 3AA3A 3CJ1A 3LANA 3CJAA 4C8NA 2HBJA 2UXBK 3TPQA 3JS6A 3ASMA 2V52B 1GOCA 4RW8A 2KSKA 4CJVA 1S1UA 3AVBA 4M45A 4H8KA 1ZYQA 1U48A 3R1XA 1I2VA 1C1CA 5BR9A 3VQAA 3VGLA 1RT3A 2KQ2A 1VHXA 1MYNA 4H0VB 4DV6K 3L2RA 4WE1A 1U04A 2QWLA 2VYPA 1K6YA 1TGOA 4ILGB 3V81A 1OMYA 1TAUA 3U9ZA 4JI5K 1VSEA 1VSLA 1TYQB 3L2WA 1F21A 2KZZA 3D2FA 2IVNA 4H0PA 4BQZA 3E1YA 4BR7A 4CJPA 1NJIO 1NKCA 5AQFA 1O1WA 3RRGA 3DLKA 3RSEB 2LJ7A 2F96A 3HSTB 2YNHA 3EO3A 3KK3A 5LY3A 4Z4EA 2PY5A 1EP4A 2Z1GA 4FO0A 4A57A 1HYSA 3LL3A 3UB5A 4DU3A 4CIEA 5DM7L 4FW1A 3WXLA 1R59O 2P9KB 3LP1A 1LQHA 2ATQA 4EZ6A 3AVIA 4Z4HA 5ADXA 3QB0A 1GLDG 1C0TA 2DFFA 4R5PA 4H0YB 3MECA 4B1UB 4RG8A 4RW6A 3NF6A 4CJSA 3DLEA 4JKFA 5FPEA 4FWSA 1WBBA 4DSLA 2OZSA 3ZETB 3JXUA 1VQ4N 4CIGA 2HHHK 1C1BA 4IFVA 2ZGZA 4K41A 3TR8A 3TI0A 3V9XA 4KH5A 4KV8A 1X9MA 1WBDA 4O0IA 4BE7B 1Y64A 3IS9A 2YX6A 3M6GA 1GPTA 1WWNA 2X74A 1JXBA 1ASUA 1WSFA 4CF1A 4KHWA 3KKSA 3SLCA 4NXNK 5I9EB 1IKXA 1JCFA 4DV4K 3OYLA 4CGHA 3NH0A 4K42A 1K8KB 3VQ4A 2P9KA 3O4NA 3QINA 1A5VA 1JZBA 2ASPA 4EHTA 1YJ9N 1TK5A 1KVBA 2D0OA 4BREA 2I7PA 1KRPA 4TSXA 3MK6A 2NY8X 4WQ4C 2ZJPL 3HRGA 4FWMA 3S3OA 3NH2A 1S3XA 3HSCA 3ZETA 3V1QA 3KLFA 3QBXA 4GV9A 4CEAA 2YIPA 3HPOA 3GG4A 3K59A 2HBMA 2YHWA 3MEDA 4KO0A 3QNOA 5EY4A 4OVLA 3MN9A 2D0PA 4BG8A 1Y97A 1O13A 4E1JA 3MN7A 1JLQA 3C6UA 3VA0A 3LDQA 3HZ6A 1TKXA 3B8AX 1GLAG 2LY6A 4BR5A 4GV6A 3IUCA 1CN2A 3HPGA 4DQPA 4DUZK 2ASCA 2YNGA 1C0FA 2Q31A 3ZT4A 4OLAA 2F8TA 1B7DA 5HRSA 3D2EB 3K57A 3O9RA 5C10A 4CEBA 2QXFA 4FWPA 2Q2RA 1E4GT 3CM6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AVC A;  4CHZ A;  3LDP A;  1A5W A;  3CC2 N;  5AQN A;  4ILH A;  2Q97 A;  1U2V A;  1S1W A;  4B9S A;  2Y1J A;  2CH6 A;  1VK0 A;  3H45 C;  2P9I A;  3AVG A;  5ELZ A;  2D0C A;  4CJ3 A;  2OTL N;  2DTU A;  1OVQ A;  2HMI A;  1L3T A;  4HUF A;  3LAK A;  1GLL O;  1KCF A;  2OPP A;  3D45 A;  3CM5 A;  3KHW A;  1TL3 A;  3CER A;  3WEE A;  2HHQ A;  3VF2 A;  4CIF A;  1XC3 A;  1C56 A;  1N32 K;  1VSD A;  3VF6 A;  3H1Q A;  3TSP A;  2P9P A;  4IO8 A;  4CK2 A;  3SAG A;  1MWK A;  1HKC A;  4JLH A;  1QSY A;  1LQI A;  2LKB A;  4CHY A;  4CFA A;  3KOY A;  4YY3 K;  5GIP A;  3SI6 A;  4YDU A;  3C94 A;  1SKS A;  5FDL A;  4FM0 A;  1M90 O;  3CQX A;  3LP0 A;  2OCE A;  4BQL A;  4EP4 A;  1NGA A;  3SUO A;  2PFU A;  2KBK A;  4ICL A;  1BU6 O;  5EOY A;  3OYE A;  2HVI A;  2VG7 A;  3QEX A;  3CFP A;  1X9S A;  3MCP A;  1EQY A;  5KGX A;  2B6A A;  1FXX A;  2YI1 A;  4DTN A;  4QS9 A;  3LPU A;  4KAZ A;  4KTZ A;  1RBR A;  3OW2 M;  1S9G A;  2P5G A;  3SV4 A;  4FLU A;  1HJO A;  4WFA L;  1NGG A;  4CES A;  5HRO A;  1IO2 A;  1BGX T;  4DR6 K;  2NRR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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