4GNIA

Structure of the ssz1 atpase bound to atp and magnesium
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
391
structure length
385
Chain Sequence
RVVIGITFGNSNSSIAHTVDDKAEVIANEDGDRQIPTILSYVDGDEYYGQQAKNFLVRNPKNTVAYFRDILGQDFKSVDPTHNHASAHPQEAGDNVVFTIKDKAEEDAEPSTLTVSEIATRYLRRLVGAASEYLGKKVTSAVITIPTNFTEKQKAALIAAAAAADLEVLQLISEPAAAVLAYDASDKIIVVADLGGSRSDVTVLASRSGMYTILATVHDYEYHGIALDKVLIDHFSKEFLKKNPGAKDPRENPRSLAKLRLEAESTKRALSRSTNASFSVESLIDGLDFASTINRLRYETIARTVFEGFNRLVESAVKKAGLDPLDVDEVIMSGGTSNTPRIAANFRYIFPESTRILAPSTDPSALNPSELQARGAALQASLIQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Chaperone
molecule keywords Putative heat shock protein
publication title Structural characterization of a eukaryotic chaperone-the ribosome-associated complex.
pubmed doi rcsb
source organism Chaetomium thermophilum var. thermophilum dsm 1495
total genus 131
structure length 385
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 4gniA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gniA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4gniA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4gniA04
3DWLA 3O1WA 3C7NB 3WQUA 2A6AA 2W41A 3AAQA 2IVNA 5BR9A 1ATRA 4BR4A 5AQMA 1BG3A 4FPBA 3FZLA 5EY4A 3FZMA 3GL1A 1V4TA 4NO7A 4F9OA 3M1FA 3U9ZA 5I9EB 4BRKA 3B8AX 1V4SA 1HKCA 4BRGA 1XUPO 3ULEA 3BF3A 3WEEB 4YDUC 3EKUA 4BREA 2NRHA 2Q0RA 2YHXA 3CJ7A 4CBXA 4E1JA 1GLBG 4CZGA 3ULEB 3WXLA 4DHYA 1J6ZA 3IDHA 5B8HA 3VPZA 3MN6A 3EKSA 5BREA 3VF6A 2ASMA 4MO4A 4CZHA 4FSVA 2D0OA 3ZETA 1BU6O 5EOYA 5ADXH 5ELZA 2E1ZA 2FLOA 4AM6A 2E2OA 2CGLA 2ZF5O 3CJ1A 3ZETB 1HUXA 4A61A 4J8FA 4M63C 1DEJA 2ZGZA 3ENOA 4BC2A 3H45C 4BRMA 3U9DA 4DB3A 3MN7A 5EVZA 5KQDA 3LM2A 1G99A 2YHWA 3GDQA 3ZEUB 4H5NA 5AQRA 2VYPA 3RSEA 4MLHA 1K8KA 5AQOA 1S3XA 2Q1NA 4L3QA 4FWSA 4CZLA 4B9QA 4Y0WA 2H3GX 3DXMA 3R6MA 1MWMA 2V52B 4CD3A 4BGBA 4FWKA 2F9WA 3WUHA 4ISFA 3LDOA 3IUCA 4FWOA 3R8EA 3GE1A 4JHDA 4B1UB 4BG9A 2P9PA 2D1KA 2E2NA 1NGHA 3GG4A 1T6DA 4I6MA 3EO3A 4CBWA 1IJJA 4EFHA 4BG8A 4JHDB 4DCHA 2P9PB 2CGJA 3GBTA 3VF4A 2V7YA 4LC9B 5AQLA 1LOTB 4DQ8A 2QWLA 4JNEA 1T6CA 4WQ4A 1C0GA 3P4IA 3L4IA 2ITMA 5BN9A 4C23A 5BRHA 3MMVA 3DAWA 1QQMA 3VF2A 2CH6A 2W40A 3DJCA 3A5OC 2GWKA 2IIRA 4RTFD 4BR9A 3ATVA 2CGKA 3C0BA 3WXIA 2OANA 1BDGA 3EL2A 3I33A 1DGKN 4PL7A 2P9UB 3FZFA 3FZHA 4BVPA 4WQ5C 3C7NA 5AQQA 5JMVA 4B1YB 5AQUA 4H5RA 3L6QA 4FWPA 1U2VA 3I8BA 4CI6A 5AQZA 1BO5O 1Y64A 4CZKA 2GUPA 1LCUA 1U2VB 5AQJA 5BPMA 1WUAA 1ZXOA 3SJHA 2A42A 5BN8A 3VEXA 5BPNA 3VEOA 2WUSA 3OHRA 2NLXA 2IVOA 5F0XA 2CH5A 1C0FA 4H5WA 3WEEA 1XQSC 5BPLA 5EXWA 4IJNA 2QWPA 1QQOA 3QMLA 2QWOA 5AQHA 4A2AA 3VETA 4HWIA 4B1XB 1GLAG 2VCPA 3KZBA 1T44A 3EZWA 3LDLA 1Z6RA 5AQFA 3H3NO 4H0OA 5KPZA 3UKUB 3SMSA 4WYBA 1ESVA 5CE3A 1MWKA 1MDUB 4BRAA 5AQPA 1NGCA 3A8YA 2Q36A 4ISEA 1GLFO 5KPRA 4XH1A 2ZGYA 4M7XA 1H1VA 3HSCA 2YHYA 4IO8A 2P9KA 4PL8A 3EN9A 3D2FA 3CQYA 2ASOA 2HMPA 1SZ2A 1Q18A 3HTVA 1JCGA 1RDWX 1YUWA 3HBTA 5EX5A 4MLEA 4CZEA 5LY3A 1MA9B 2P9KB 4EHUA 3D2FB 1GLDG 3BF1A 5FPDA 3IFRA 2QWQA 3LL3A 3FR0A 3O08A 1RFQA 4XH5A 2V7ZA 1BOTO 1NBWA 3ZEUA 5JLHA 4QS7A 3VGKA 4XH4A 2NZTA 3MK6A 3MN9A 2I7PA 4BQLA 5AQVA 3LM9A 3AAPA 5BRFA 1JCFA 1HLUA 3L0QA 3O4WA 1HKBA 2E2PA 2GELA 3VESA 5ADXA 3A0IX 3JS6A 3FE1A 3A5NC 2EWSA 2QWMA 4CBUA 3AY9A 1BA0A 4BC3A 4CZJA 2QM1A 3UKRA 3J8AA 1KAYA 2AA4A 2F9TA 2E1YA 1EQYA 3U8XA 4IJAA 2FSJA 1QHAA 2AP1A 4FOIA 4PKGA 5AZIB 3VGLA 1ATNA 3UKRB 3ZX0A 4K43A 3VERA 3TPQA 3H3OB 4JN4A 2BUPA 4CZIA 3U4LA 1BWFO 1YAGA 4JD2A 5AFUH 2FSNA 4K25A 5AQTA 4FWQA 2FSKA 2QWRA 3SK3A 1OKJA 1P8ZA 3HM8A 4BRLA 2BTFA 2FF3B 4JD2B 3VEYA 3BEXA 1SAZA 2A40A 2P9UA 1GLLO 2PBDA 2YI1A 3VEVA 3ID8A 4BRCA 4ISGA 2D4WA 2E2QA 4FWRA 2P9NA 5FPNA 1NGDA 4H5TA 4CZFA 3WXJA 4O8KA 3SLCA 4CD1A 3CERA 3FFKB 3KVGA 1ZBSA 5AQIA 4FO0A 2GTDA 5JICA 3QDKA 5JLFA 1TUUA 2P9NB 2DPNA 1S22A 1HKGA 5BRDA 4BR2A 3A5MC 1JCEA 5AFUA 2E8AA 2ASPA 3CJ9A 3F9MA 1X3MA 1TYQA 4YDUA 2A41A 3WXKA 3S41A 1GLJO 4BC5A 5TKYA 5AZJA 5FPMA 1HJOA 4FWLA 4FPAA 1E4GT 5F1XA 3O5BA 4H0VB 5LJVA 3WT0A 2FF6A 2UYTA 1QQNA 3LDNA 1NLVA 3QFUA 1TYQB 1NGBA 2QWNA 1CZAN 5AZJB 1NGGA 1TUYA 3CHWA 4BR7A 4FWMA 4WQ4C 1NGIA 1NGEA 2P9IA 3O8MA 2E88A 2VWBA 3UKUA 3HI0A 3CETA 5AQNA 4GNIA 4A2BA 4QS8A 2A5XA 2P9IB 3AARA 4H5VA 3MN5A 1WOQA 4IZ9A 2PAVA 3IMXA 3O6WA 4HTLA 4IXCA 1X3NA 3KHYA 4BC4A 5AQXA 3ZX3A 3CQXA 5AQYA 1GLEG 4B1ZA 3QBXA 4NB4A 4RWTA 3SMPA 2KHOA 2GWJA 4K41A 3A5LC 2YCHA 4BQZA 3MDQA 3FGUA 5AQWA 3H6EA 1NGFA 4FOEA 4A62A 1QZ6A 3M6GA 2FXUA 4EAHD 4CZMA 3H1QA 4BRQA 3LDPA 1KXPA 1X9JA 5AQGA 4XEIA 1ZC6A 2YJFA 5KQ8A 3CIPA 2J4RA 3W0LA 3H1VX 4AM7A 1XC3A 2A3ZA 4BRDA 1R59O 4BR5A 1D4XA 3FZKA 3M3ZA 4FL9A 4BGAA 2QW9A 3QICA 3LDQA 2HF3A 4FWNA 3BUZB 4EHTA 4Z94A 1NGAA 2IVPA 3GOIA 4MO5A 1NWKA 2GEMA 4RCHA 4H03B 5AZIA 2YJEA 3CJCA 4H0XB 2Q31A 5E84A 3HZ6A 4K42A 4GY2B 3R9PA 3ATUA 1Z05A 3VGMA 2HOEA 2ZWHA 4H0PA 1GLCG 3H46O 4B1WB 3QBWA 3D7EO 2QXLA 3MCPA 4WQ5A 1BA1A 2D0PA 3VENA 3RSEB 5E26A 2HF4A 1E4FT 3DXKA 3WQTA 1K8KB 4PKHA 3JXUA 4EIAA 1NM1A 3G25A 4JAXA 4B1VA 5AQSA 5KPTA 4KBOA 4H0TB 3UE5A 3QB0A 3DXMB 1RGIA 5LJWA 3O1BA 1YVNA 3BP8A 3DXKB 1QZ5A 3VEZA 3D2EA 4BRPA 1HPMA 1YXQA 3CJBA 3UB5A 2Q2RA 4QS9A 2Q0UA 1SQKA 1U6ZA 4M7YA 3ZX2A 4CJ7A 3D2EB 2I7NA 1HX1A 3W3DA 3QFPA 3FLCO 3O80A 4I6MB 1IG8A 4BROA 4BRFA 2V51B 4BRHA 1ATSA 3VOVA 4O5FA 1DKGD 5AR0A 3CI5A 3VEWA 4BRNA 2P9SA 4BVOA 3ENHA 4H0YB 4PKIA 4BRIA 5AQKA 2E20A 5F2RA 2P9SB 1KAZA 2P9LA 3TU5A 3CJAA 5FPEA 1NMDA 2Q97A 1BUPA 1NGJA 4IWVA 4BR0A 2P9LB 1KAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O1WA 1T05A 3WQUA 1CXUA 3AVAA 1RT4A 2IVNA 2B6AA 4G9ZA 5BR9A 4JI5K 4FCYA 1ATRA 1BG3A 3NH0A 3FZLA 2VQEK 5EY4A 4LFCK 4HTUA 3NE6A 4PA1A 1S1VA 3TANA 1XNRK 4QCLA 3B8AX 4BDZA 4KI6A 1V4SA 3SZ2A 4O44A 4KKOA 1ASWA 4IG3A 5AJ3K 3BF3A 3C6HA 3LPUA 2KZMA 4LD0A 1C1BA 5HRSA 3ULEB 3WXLA 1Q9XA 1J6ZA 3WNGA 5B8HA 2PY5A 2O8DB 1WWNA 4MO4A 4CZHA 1IBMK 5EOYA 2N2QA 5ADXH 3OS1A 2E1ZA 4PQUA 2E2OA 2ASCA 2ZF5O 4CGDA 3CJ1A 3ZETB 1HUXA 2HHSA 4M63C 3VA3A 3V1RA 4R79A 2ZGZA 1DTTA 3CFOA 4BC2A 3OW2M 4DTRA 3QNNA 4KREA 4CERA 1KV0A 3EYZA 2NRWA 4IFEA 2FC0A 4FLTA 3G4SN 1G99A 3QIPA 3ZEUB 1Q82O 4KV8A 1U4BA 4MLHA 2SN3A 1K8KA 4H4OA 1TAUA 1VQ8N 4LF6K 3HO1A 1S3XA 4L3QA 4B9QA 3OY9A 3DXMA 4YORA 1NK7A 3ALYA 2ATBA 1D5AA 3SNNA 4KB0A 4DTUA 3WUHA 3CXCM 3IUCA 3R8EA 3GE1A 4B1UB 2G8KA 1WSJA 2D1KA 3IKMA 4ID5A 1NGHA 3O9UA 4LFAK 3GG4A 1BK8A 4I6MA 1IJJA 4RG8A 3VQ5A 4EFHA 1RNHA 3OYCA 3I8DA 1TAQA 2P9PB 5DK5A 3V6DA 4JI6K 3LWMA 4M3XA 1OH6A 3MEDA 1LOTB 4CHPA 2QWLA 2X74A 1C0GA 4N56A 2ITMA 5BN9A 1N36K 1NK8A 1D8YA 1QQMA 5HLFA 3VF2A 2CH6A 4AEIA 2A1RA 3C65A 1HYSA 2W00A 4OLBA 2UUAK 3I33A 4PL7A 1N32K 1JXEA 1LQQA 3VQ9A 5AQQA 4JI3K 5AQUA 4H5RA 4OGCA 4DTSA 3ZSXA 1WSFA 2E0HA 4DS5A 1AYJA 1LCUA 1JJ2M 4KFBA 4IO9L 4KTQA 1X9SA 1ZXOA 2A42A 4E3SA 4IDHA 5GAEP 3ASMA 2E2FA 3LP1A 1HQUA 1SL0A 1IBLK 4V19S 4E7IA 3ITHA 4CEQA 5F0XA 4U67L 1WN7A 1C0FA 2HHWA 4CHOA 4IJNA 1QQOA 1ZU3A 4FJIA 3D6RA 1D9FA 4DTNA 1T7AA 4HWIA 1IKVA 1WSHA 4B1XB 4E7HA 1KLNA 3OYLA 1RDBA 4LF4K 3EZWA 1Z6RA 5AQFA 4FK4A 4CHZA 1ESVA 3BZCA 3HM9A 1I6FA 1XMQK 4BDPA 1NGCA 3E7RL 2Q36A 1FXXA 4XH1A 1ZYWA 4W5QA 4IKFA 1NE5A 1W97L 4DF8A 3EN9A 3BY5A 1C0TA 1T03A 2HMPA 2VGMA 1Q18A 3HBTA 4CZEA 2DFEA 1UOCA 2HHUA 3BF1A 5FPDA 4FJJA 3V9WA 4GKJK 2NRRA 1RFQA 2O8EA 3P5JA 3L2UA 1WSEA 1NH5A 3ZEUA 1WBBA 5JLHA 2R7YA 3K5LA 2M8BB 4FJMA 4CJQA 4YOYA 3DI6A 4DUYK 2XO7A 1D9DA 3VESA 1KVBA 5E41A 4KRFA 3VTIA 4KHYA 2KW4A 3A5NC 1Q81O 2QWMA 4CBUA 4CQKA 1OH5A 2OZSA 2B5JA 3AY9A 4FZYA 1BA0A 1A5XA 2QM1A 4RW9A 1JZAA 3EZ5A 2KBHA 2FBYA 3ZSWA 3E9OA 1QHAA 1RBRA 2AP1A 5AZIB 3VGLA 3ZX0A 3V9XA 3CYMA 3TPQA 2BUPA 3F9KA 5J2QA 1VQMN 4J2DA 3U4LA 1ZBLA 2WTUA 4JK8A 4GW6A 5AFUH 1YF5L 3TSPA 4E0DA 3AA3A 4CEFA 3B6OA 4HHFA 5C25A 4FWQA 2FSKA 3V4IA 1OKJA 3SAGA 2W6KA 2BTFA 2FF3B 3SAFA 2Z1GA 3O4NA 1SAZA 1VSJA 4RW7A 4M42A 1YIJN 5J2MA 1N34K 4B9UA 3QO9A 1W0HA 3VEVA 2P5GA 2DY4A 3ID8A 4BRCA 3K58A 4ISGA 2D4WA 4FWRA 5FPNA 3MWTA 2E5LK 3WXJA 4CD1A 1TKXA 4CK1A 1REVA 3THWB 1K8BA 3KVGA 5H1SQ 2GTDA 4RW4A 3QDKA 3PX0A 1SL2A 4CJRA 2KFZA 1S22A 1HKGA 5BRDA 1JKZA 3SV4A 1JCEA 3NF8A 5AFUA 4MQ3A 2RN2A 2ASPA 3I0RA 1SEGA 4YDUA 4CK3A 1BIUA 4E1NA 4A59A 1YTAA 4H0VB 2KBJA 5AZJA 2YNFA 1Q86O 4B9VA 3GKUA 2JGUA 3RR7A 1NLVA 1TYQB 3R3LA 1CZAN 1WT7A 3CHWA 4BR7A 4CIEA 1EX4A 1X1PA 3SYZA 4NYNA 2P9IA 4FJ8A 2KQ2A 3AGKA 3LP0A 5AQNA 4PHTX 4A2BA 1KTQA 4QS8A 4M41A 4JI1K 3O3GA 5C24A 1I3AA 4DU4A 4Z4CA 4IZ9A 1KRPA 1RTJA 4N41A 4BWJA 1OH7A 4DR6K 1O1WA 3KOYA 3CQXA 1JZBA 1JL1A 5HOOA 5CZ1A 1NK5A 1B3CA 2KHOA 2PZSA 3TTDA 1ZBHA 2B3CA 4M45A 2YCHA 4A62A 1IV0A 3AVKA 2FXUA 4EAHD 1NJWA 4BRQA 2HMIA 4OO1J 4AILC 3OYGA 4CFCA 1DLOA 1B9DA 2YJFA 4GV3A 3NVKA 1RTHA 1YT3A 3OBWA 4Y1DA 4YOVA 4BR5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3O1W A;  1T05 A;  3WQU A;  1CXU A;  3AVA A;  1RT4 A;  2IVN A;  2B6A A;  4G9Z A;  5BR9 A;  4JI5 K;  4FCY A;  1ATR A;  1BG3 A;  3NH0 A;  3FZL A;  2VQE K;  5EY4 A;  4LFC K;  4HTU A;  3NE6 A;  4PA1 A;  1S1V A;  3TAN A;  1XNR K;  4QCL A;  3B8A X;  4BDZ A;  4KI6 A;  1V4S A;  3SZ2 A;  4O44 A;  4KKO A;  1ASW A;  4IG3 A;  5AJ3 K;  3BF3 A;  3C6H A;  3LPU A;  2KZM A;  4LD0 A;  1C1B A;  5HRS A;  3ULE B;  3WXL A;  1Q9X A;  1J6Z A;  3WNG A;  5B8H A;  2PY5 A;  2O8D B;  1WWN A;  4MO4 A;  4CZH A;  1IBM K;  5EOY A;  2N2Q A;  5ADX H;  3OS1 A;  2E1Z A;  4PQU A;  2E2O A;  2ASC A;  2ZF5 O;  4CGD A;  3CJ1 A;  3ZET B;  1HUX A;  2HHS A;  4M63 C;  3VA3 A;  3V1R A;  4R79 A;  2ZGZ A;  1DTT A;  3CFO A;  4BC2 A;  3OW2 M;  4DTR A;  3QNN A;  4KRE A;  4CER A;  1KV0 A;  3EYZ A;  2NRW A;  4IFE A;  2FC0 A;  4FLT A;  3G4S N;  1G99 A;  3QIP A;  3ZEU B;  1Q82 O;  4KV8 A;  1U4B A;  4MLH A;  2SN3 A;  1K8K A;  4H4O A;  1TAU A;  1VQ8 N;  4LF6 K;  3HO1 A;  1S3X A;  4L3Q A;  4B9Q A;  3OY9 A;  3DXM A;  4YOR A;  1NK7 A;  3ALY A;  2ATB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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