5EX5A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-adp and inorganic phosphate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 123
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ex5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ex5A04
4CZMA 2D0OA 3C0BA 2P9IA 3ULEB 3DWLA 3FZMA 5AQRA 1HKBA 4FWQA 3CQXA 5AZIA 2F9TA 4BRHA 3M1FA 4ISFA 1X3NA 4QS7A 3D2FA 2GTDA 1Q18A 1GLJO 3UKRA 3QBWA 1G99A 3WXIA 2ZF5O 3A8YA 2VYPA 3HTVA 1K8KB 4BGBA 2P9IB 2QM1A 1RGIA 2A3ZA 3C7NB 1KXPA 4H03B 3UB5A 5BPNA 1U2VA 1IG8A 1YXQA 5AZIB 4BR0A 2OANA 2IVOA 5F0XA 1T6DA 3A5NC 3D2EB 3IMXA 3BP8A 4EHTA 4YDUA 3CJ7A 1NGJA 2CGKA 4I6MB 1JCGA 5AFUA 2VWBA 4EAHD 4K42A 2E1YA 3CERA 4H0VB 4AM6A 4RWTA 5AQPA 5EVZA 1U2VB 2D0PA 3O5BA 1NWKA 3GDQA 5ADXA 4BR9A 4XH4A 2WUSA 1Y64A 1C0GA 5BPMA 4MO4A 5BREA 3LDPA 3VEOA 4PL7A 3FLCO 1BDGA 2ZWHA 1JCEA 3UKUA 4EIAA 1BWFO 4JD2B 4H0YB 4BRQA 2QWOA 5KQDA 3CQYA 3VENA 5AQQA 4ISGA 3CI5A 4BR5A 1NLVA 3BEXA 2A41A 3LM9A 1LOTB 1NM1A 5AQIA 2V7ZA 3DXMB 2QWMA 5AZJB 3ZEUA 2ZGYA 4BQZA 1H1VA 4FWSA 2YHXA 4IO8A 4BRNA 2Q2RA 4H0OA 4BRGA 5AQMA 4CD1A 5TKYA 3MN6A 3JXUA 5BN9A 5AQKA 1LCUA 2P9KA 3M6GA 3VOVA 4PKHA 4WQ4C 4K25A 1QZ5A 1Z05A 3QDKA 3VPZA 5BRHA 3O8MA 4MLHA 4FL9A 1TYQA 3KHYA 3DJCA 1HLUA 1HKGA 2Q31A 3EKUA 1HPMA 4JNEA 3L4IA 4XH5A 1NBWA 4BC4A 4RTFD 1D4XA 4PKIA 5AQFA 3SK3A 2IVNA 4BC2A 4H0TB 3MN7A 2E1ZA 3CIPA 4A62A 4CZJA 3O6WA 4PKGA 5KQ8A 3MK6A 3KZBA 1NGHA 5E84A 2I7NA 4IJNA 5BRFA 1V4TA 4BRDA 4BROA 1S22A 2GELA 4BQLA 1P8ZA 2CH5A 5AQXA 3ENHA 4GNIA 4H0PA 4CBUA 3KVGA 5JMVA 4JN4A 3VGKA 4BG8A 3G25A 3GOIA 4BRKA 3HI0A 1NGGA 3WEEB 5B8HA 1YUWA 1E4FT 4JHDA 4B1YB 4BVPA 3DAWA 2EWSA 4BC5A 3H45C 2GWKA 3ZX3A 1JCFA 4AM7A 3ENOA 1NGFA 4H5NA 2NLXA 2QW9A 4QS8A 1T6CA 4FOEA 3GBTA 4H5TA 5EX5A 5FPNA 4HWIA 3H1VX 3VEZA 1C0FA 1J6ZA 3GE1A 5AFUH 3ZX0A 1SQKA 3FE1A 3QFUA 2P9NA 3VEVA 3IUCA 3R8EA 3U8XA 3JS6A 4ISEA 5AQUA 1ATNA 1CZAN 3D2FB 4B1WB 2I7PA 2A42A 3W3DA 2HMPA 4WQ5C 3UKRB 4FPBA 4XH1A 3ATUA 5AQYA 5EOYA 5AR0A 3A5LC 3HZ6A 2V51B 1NGIA 1QQOA 3DXKA 2A5XA 3SMSA 4E1JA 2H3GX 3QFPA 1GLFO 2V7YA 2ZGZA 4H5WA 3W0LA 3MCPA 4DCHA 2AP1A 3GG4A 4FWOA 1QHAA 3WQTA 1MWMA 3VGMA 4JAXA 2VCPA 4KBOA 4CZIA 1RDWX 3BF1A 1BG3A 1KAYA 4FO0A 5CE3A 2ASPA 4FWLA 2A40A 3H1QA 5I9EB 3WXKA 4B1VA 2P9PA 4IJAA 4GY2B 2NZTA 1KAZA 2QWRA 1ZXOA 2UYTA 3WXLA 4MO5A 2E2PA 4BRPA 3WT0A 2PBDA 4EHUA 2GEMA 4WYBA 4PL8A 3UKUB 1DGKN 4K43A 3RSEA 3HBTA 4Y0WA 3EKSA 3MDQA 4RCHA 3WUHA 4DHYA 1S3XA 5FPMA 3ZEUB 3QMLA 5ELZA 3H3OB 3VETA 1NGBA 3M3ZA 5KPTA 2QWNA 3FGUA 4WQ5A 3U9ZA 4DQ8A 1E4GT 2AA4A 4FWNA 3AARA 5AQJA 1GLCG 2BTFA 3EN9A 1ZC6A 1BA0A 2P9KB 1X3MA 4BREA 3A5MC 2GUPA 2FF6A 3L6QA 2ASOA 1HJOA 5AQLA 5F2RA 2HF4A 4CZHA 3VF6A 3FZKA 3L0QA 1SZ2A 4H0XB 2Q0RA 4J8FA 1TYQB 3J8AA 3CHWA 3ZETA 3AAPA 2Q97A 4F9OA 2E20A 4FPAA 4IXCA 3SLCA 4EFHA 4FWMA 1TUYA 1XUPO 1XC3A 5KPRA 3VEWA 1YVNA 3ID8A 2Q1NA 5FPDA 5EXWA 1NMDA 2E2OA 4BR4A 4YDUC 1QQNA 3BUZB 4FWPA 3ZETB 4BGAA 3FZHA 1BU6O 1ESVA 1EQYA 1YAGA 2ASMA 3H3NO 2P9UA 3O1BA 2P9LA 5AQOA 2HF3A 2FSKA 4CZLA 2E88A 5BN8A 2D4WA 2Q0UA 3FFKB 4XEIA 3ULEA 3EL2A 4M7XA 5JLFA 4BG9A 4CBXA 4WQ4A 1WUAA 5BR9A 3O08A 3VERA 3AAQA 5EY4A 2BUPA 3AY9A 4JHDB 2P9UB 4NB4A 2P9LB 4CJ7A 4L3QA 2A6AA 4CBWA 2E2NA 3HSCA 4M63C 3I33A 1K8KA 3CJ1A 3C7NA 2CH6A 2E2QA 3MN9A 1GLEG 5AQSA 2YHWA 3U4LA 1WOQA 4H5VA 1HKCA 5ADXH 2YCHA 3D2EA 1ZBSA 4B1UB 3H46O 3LDQA 3U9DA 4FOIA 1MA9B 4HTLA 4I6MA 1NGEA 2QXLA 3WXJA 4FSVA 2P9NB 2IIRA 4CI6A 2W40A 3UE5A 5BRDA 2FF3B 3SJHA 4C23A 2FSNA 3MMVA 1Z6RA 4FWRA 1ATSA 3ATVA 4BR7A 2FLOA 5JICA 2E8AA 3A0IX 1QQMA 4BVOA 3IDHA 4BRCA 3DXKB 2W41A 1TUUA 2YI1A 1U6ZA 3QICA 4CZEA 4CD3A 5KPZA 3LDNA 4BRFA 4JD2A 3MN5A 3R6MA 4B1ZA 1ATRA 3GL1A 1BOTO 5LY3A 5AQTA 1NGCA 2KHOA 4Z94A 3EO3A 3VEYA 3B8AX 3IFRA 3DXMA 4BRMA 2CGLA 2DPNA 4H5RA 5AZJA 1BO5O 3CJ9A 4DB3A 5F1XA 1T44A 3OHRA 3HM8A 2P9PB 3O4WA 3S41A 3VEXA 3VF4A 1NGAA 5BPLA 2PAVA 3CETA 4BR2A 3P4IA 3WQUA 1RFQA 1R59O 5AQHA 4M7YA 4O5FA 2Q36A 2YJEA 4A2BA 4O8KA 4CZFA 3CJBA 5LJVA 3TU5A 4B9QA 1KAXA 4IWVA 3RSEB 1QZ6A 3SMPA 2P9SA 3FZLA 1BA1A 5AQGA 5AQWA 4MLEA 1XQSC 3VESA 3CJCA 3H6EA 4A2AA 4CZGA 1SAZA 2FSJA 3O80A 4LC9B 3LDLA 1GLDG 4CZKA 2F9WA 3R9PA 2QWLA 2YJFA 1GLBG 3QBXA 2IVPA 2J4RA 3BF3A 3A5OC 3VF2A 4BRAA 1IJJA 1GLLO 3I8BA 2P9SB 2HOEA 3LL3A 1HX1A 3QB0A 4A61A 3CJAA 4BRIA 1V4SA 2YHYA 3TPQA 1DEJA 1MDUB 3LDOA 4B1XB 3F9MA 1GLAG 1HUXA 3ZX2A 2ITMA 2QWPA 3D7EO 2D1KA 4IZ9A 2NRHA 5AQVA 5E26A 5LJWA 1MWKA 3WEEA 5AQNA 4FWKA 1OKJA 2V52B 4NO7A 3FR0A 3LM2A 4QS9A 2QWQA 1DKGD 3O1WA 5FPEA 3VGLA 2FXUA 1X9JA 4K41A 2GWJA 5JLHA 3EZWA 5AQZA 4BRLA 2CGJA 1NGDA 3FZFA 1BUPA 4BC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DR2K 4MDBA 2D0OA 1XMQK 3C0BA 3C65A 4KHUA 3OYIA 4TSXA 2G2KA 3OYCA 5AZIA 4DV7K 3M1FA 3KC6A 4QS7A 1B7DA 3RMBA 2OTJN 3D2FA 3CM6A 4DTNA 4CVNE 3CQ8A 1CXUA 4GV6A 4LD0A 1G99A 2HHWA 2ZF5O 4C1NI 3LAMA 4I2QA 3C7NB 4B08A 1WSHA 3UB5A 5BPNA 3PLAA 1U2VA 1YXQA 1ICAA 5F0XA 4JKDA 1T6DA 4BECA 3AA5X 1D8YA 2LR3A 4KH5A 1SKRA 4EHTA 1JZAA 1NGJA 2Z1GA 3SUPA 2CGKA 4DQSA 4Z4HA 1JCGA 1SL1A 4W5TA 2VWBA 4LF9K 4Q0BA 4H0VB 1DTTA 4CW7B 5K14A 4CJUA 3ZT3A 4U7BA 4BR9A 3OYBA 2RPIA 3EE9A 1Y64A 1C0GA 3VQDA 4MO4A 5BREA 4PL7A 4CJSA 4O0IA 4AB0A 1RDBA 2UU9K 4BRQA 5KQDA 4LF8K 3VENA 4FZYA 4ISGA 3MCAB 1DTQA 1FH3A 2HHQA 3L3VA 3LM9A 3QESA 4JK8A 5AQIA 2V7ZA 2QWMA 5MLCQ 3ZEUA 4CHZA 3HK2A 1LAVA 4HCCA 1VQNN 2LJMA 4JS4A 1NOYA 3ZSWA 3ZT1A 3MN6A 4FVUA 5KTQA 5AQKA 1LCUA 4GW6A 2OYQA 3M6GA 3K9KA 4A5BA 1OH7A 4K25A 4NCBA 4YFUA 3VPZA 3MX2A 3DM2A 1PTXA 4FL9A 3HOTA 4DTXA 3KHYA 1YVUA 4A57A 3DJCA 3EKUA 4DFMA 2ASCA 4DU4A 4FXDA 4PKIA 2Z1JA 5AQFA 4IBNA 3QNOA 4H0TB 3MN7A 3CIPA 5E41A 3KK2A 4GKJK 3M8SA 1YJNN 2E3GA 1UWBA 2Y1JA 2I7NA 3PSFA 2NRXA 2FBYA 2GELA 2O8BA 2B68A 3E7RL 2B4JA 2YILA 1UGLA 2UXCK 5D3GA 2LJ7A 1NGGA 1HPZA 4G1QA 4CFBA 2KTQA 4IDHA 3ITHA 4B1YB 1JLCA 3DAWA 5JVHL 3FFIA 3DLGA 4DQPA 4JI2K 3H45C 2GWKA 4B9MA 1JCFA 3ENOA 1G15A 1KSPA 1NH5A 5SWMA 3V1OA 4FOEA 3K0SA 3C6AA 2F4VK 4CHYA 4DSIA 3VEZA 1GPSA 4FJ5A 4KFBA 1DLOA 1VQ8N 1HQUA 4KO0A 1SQKA 5JVGL 1JXEA 4B8AB 3U8XA 3HM9A 3PV8A 1MYNA 4ISEA 2G8IA 3AVNA 5A2QO 2RKIA 4B1WB 3LDSA 4RW7A 4KAZA 2HMPA 4DSJA 4XH1A 1YTAA 4PQUA 5LL6Z 3ATUA 4IOAL 4M3UA 1C1BA 3I0RA 4OKJA 2V51B 4KHYA 4CF1A 3VQCA 4E1JA 2F96A 2H3GX 2PYLA 1LWFA 4B9TA 3W0LA 1NG9A 4DFKA 3L8BA 4DKWA 2KW4A 3HVTA 3GG4A 1QHAA 3SQ4A 3WQTA 1HR0K 4JAXA 3P39A 4BE1A 3BF1A 2OZSA 3OS2A 1GOBA 4PY5A 1P0AA 3LWLA 4J2DA 4KHNA 3TTDA 3WXKA 4DSEA 2P9PA 2GBZA 4GY2B 4HUGA 3VQ7A 1P00A 1QVFM 1ZXOA 3WXLA 4Z4IA 3O9TA 3AVIA 1K6YA 4W5NA 3WT0A 3OBYA 2GEMA 4WYBA 4PL8A 4U67L 3TABA 1JZBA 4CJEA 4JKGA 2O8DB 3ZSQA 2YHAA 4K43A 3MWTA 3OVNA 3OA9A 1POIA 3RSEA 3MXIA 3HBTA 3OJSA 1SN4A 4Y0WA 3MDQA 5CY0A 1S5JA 5ELZA 2E0HA 1GOAA 3VETA 3M3ZA 2WC9A 1C56A 3U9ZA 3J7AP 1Q7YO 3CCLN 5AQJA 3WNEA 3WXMB 4YHHK 3OY9A 4JKBA 1GLCG 3L56A 3AGRA 3EN9A 4N47A 1SV5A 4BREA 3SQ2A 2EX3A 2YKMA 2FF6A 3CYGA 1HJOA 5AQLA 2HF4A 4CZHA 3E7UX 3FZKA 2Q0RA 1RDAA 3AAPA 4BE2A 3KP0A 4LFCK 3PUFA 1HYVA 1NNEA 3SLCA 4FWMA 1HRHA 3HPGA 1TUYA 4EP4A 2D5RA 3DI6A 4CK1A 4RW4A 4KRFA 4IEIA 2BH1A 2VG6A 4CJWA 1QQNA 3BUZB 1L5UA 2KZZA 3NGIA 3AVBA 3KLGA 1EQYA 4NLBA 4CE9A 4WFAL 3PX0A 3VQ8A 5AQOA 2WOMA 1YIJN 3THYB 4Y1DA 2IGIA 1WAFA 3FFKB 4XEIA 4JRQA 3HYFA 4M7XA 5JLFA 4ILHA 2Q3SA 4KH6A 4BG9A 1RBTA 4CGHA 3OS0A 1U49A 4PA1A 3KWGA 3V1RA 3O08A 3J7ZO 2PZSA 3AAQA 2JWLA 4DSKA 4I9QA 1NU0A 1VQ7N 2OCEA 5EY4A 1YT3A 4KI4A 3E9PA 3AY9A 3M8QA 4OLBA 4M42A 2P9LB 2GL1A 3SBTA 2A6AA 2E2NA 2B6AA 3HSCA 4M63C 3O9QA 2CH6A 2E2QA 1OH5A 1EO1A 1I2UA 5AQSA 2HBLA 2Y1IA 3AVJA 3D2EA 3VQPA 4B1UB 2LY5A 3H46O 2ZJQL 2G8FA 4E0DA 4BEBA 3ZSVA 4FOIA 4KTZA 1YITN 3HT3A 1CLQA 3SJJA 2P1JA 1WSGA 4W5QA 4F8RA 1VQLN 1HQEA 2HVIA 5C0YA 2C1IA 5M1KA 3CCVN 4KV8A 4CI6A 5BRDA 4KTWA 3V9WA 4C23A 2FSNA 3CD6N 3TAFA 3IS9A 3RVCA 3ATVA 4BR7A 2FLOA 1JJ2M 1QQMA 3TSPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4DR2 K;  4MDB A;  2D0O A;  1XMQ K;  3C0B A;  3C65 A;  4KHU A;  3OYI A;  4TSX A;  2G2K A;  3OYC A;  5AZI A;  4DV7 K;  3M1F A;  3KC6 A;  4QS7 A;  1B7D A;  3RMB A;  2OTJ N;  3D2F A;  3CM6 A;  4DTN A;  4CVN E;  3CQ8 A;  1CXU A;  4GV6 A;  4LD0 A;  1G99 A;  2HHW A;  2ZF5 O;  4C1N I;  3LAM A;  4I2Q A;  3C7N B;  4B08 A;  1WSH A;  3UB5 A;  5BPN A;  3PLA A;  1U2V A;  1YXQ A;  1ICA A;  5F0X A;  4JKD A;  1T6D A;  4BEC A;  3AA5 X;  1D8Y A;  2LR3 A;  4KH5 A;  1SKR A;  4EHT A;  1JZA A;  1NGJ A;  2Z1G A;  3SUP A;  2CGK A;  4DQS A;  4Z4H A;  1JCG A;  1SL1 A;  4W5T A;  2VWB A;  4LF9 K;  4Q0B A;  4H0V B;  1DTT A;  4CW7 B;  5K14 A;  4CJU A;  3ZT3 A;  4U7B A;  4BR9 A;  3OYB A;  2RPI A;  3EE9 A;  1Y64 A;  1C0G A;  3VQD A;  4MO4 A;  5BRE A;  4PL7 A;  4CJS A;  4O0I A;  4AB0 A;  1RDB A;  2UU9 K;  4BRQ A;  5KQD A;  4LF8 K;  3VEN A;  4FZY A;  4ISG A;  3MCA B;  1DTQ A;  1FH3 A;  2HHQ A;  3L3V A;  3LM9 A;  3QES A;  4JK8 A;  5AQI A;  2V7Z A;  2QWM A;  5MLC Q;  3ZEU A;  4CHZ A;  3HK2 A;  1LAV A;  4HCC A;  1VQN N;  2LJM A; 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