5EX5A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-adp and inorganic phosphate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 123
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ex5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ex5A04
1E4FT 3EKUA 2W40A 2V7YA 5EY4A 1BDGA 3O1BA 3J8AA 1K8KB 4BR9A 1JCGA 3GG4A 3WXKA 2NLXA 2I7NA 2QW9A 4WQ5C 1T6DA 4BVPA 4CBUA 5ADXA 4CZKA 3A0IX 2CH5A 5F1XA 4AM7A 1GLJO 4CZFA 2CGKA 3QMLA 1T6CA 1WUAA 3JS6A 1G99A 3UKRA 3ULEA 3H45C 1NGJA 4JAXA 5KPZA 2GWJA 1HPMA 2P9LA 1H1VA 1KAYA 4FO0A 4BQZA 3VENA 1SQKA 1MWMA 3BP8A 3UKUA 3TU5A 1KXPA 1NLVA 4YDUC 5JICA 1Y64A 4BRLA 3MK6A 3ZEUB 4BC2A 3O08A 4MLEA 2NZTA 1CZAN 3L4IA 2FLOA 1BA0A 4Z94A 5BPLA 4ISGA 4BRAA 3ZX2A 3UKRB 4A61A 1GLCG 3F9MA 4EFHA 3WUHA 4B1YB 5AQGA 3QDKA 4RWTA 5AQRA 2EWSA 4B1ZA 1SZ2A 4MLHA 1ZC6A 4BRCA 1XC3A 5BRHA 5KPTA 3LL3A 3UKUB 2CH6A 3VEVA 1V4TA 2HF3A 4KBOA 2UYTA 3HTVA 1C0FA 4MO4A 4H5RA 4K25A 4J8FA 4B1VA 1SAZA 3EZWA 3IFRA 4FOEA 4CZJA 4RTFD 3VERA 5AQYA 3HM8A 4A2BA 4CD3A 3W0LA 3GOIA 2YHYA 2F9WA 4O8KA 2OANA 2D1KA 4BRDA 1KAXA 3R8EA 1MA9B 4CZLA 5AFUH 5AQOA 1EQYA 1Q18A 4BRHA 1HX1A 4GNIA 3IUCA 4L3QA 3U9DA 4IJAA 2FSNA 5AQXA 2P9UB 3P4IA 3LDLA 2A42A 4QS7A 3VF6A 2GELA 3VEOA 5AZIB 4CD1A 1QHAA 4E1JA 2ASMA 1BG3A 3RSEA 2P9PB 2P9NB 3D2FA 3O6WA 1X9JA 4IO8A 1YAGA 4H0TB 3VPZA 4FPBA 1BU6O 3FZLA 3VF2A 4B1WB 3I8BA 4BR7A 5BN8A 1YVNA 4BVOA 1MDUB 5F0XA 1V4SA 1GLLO 3DAWA 1BA1A 4PKHA 4FWNA 2VWBA 4FWQA 3BUZB 4CZIA 4B9QA 4MO5A 1X3NA 4IJNA 2BUPA 2A5XA 3MMVA 3RSEB 4HTLA 2FXUA 1GLFO 3FZHA 1QZ5A 3A5OC 2E2NA 3DJCA 4YDUA 4CJ7A 4FWKA 1ESVA 4H5NA 3H6EA 2QWPA 5AQVA 3AAQA 4FSVA 4ISFA 3DXMB 2BTFA 3CJAA 4BROA 2E2QA 5AQHA 4H0YB 2Q1NA 5BRDA 1BWFO 1NGDA 2E1ZA 3FGUA 3MN6A 3ENOA 5BN9A 3D2EB 4NO7A 4BRFA 5AQQA 4IWVA 5FPEA 4JNEA 1QQNA 4I6MA 3C0BA 3O80A 5BRFA 3EL2A 4C23A 3FZMA 3ZX3A 3WQTA 3ZEUA 4ISEA 4DB3A 1XQSC 4BR2A 3CETA 4K43A 5JLFA 1J6ZA 4BREA 1GLDG 3L0QA 4O5FA 1NGGA 1ZBSA 4EHTA 1JCFA 3R9PA 1NGCA 4I6MB 2VCPA 5AFUA 4IZ9A 3U9ZA 4CZEA 1U6ZA 5AQJA 1LOTB 3GE1A 4WQ4A 3LDNA 5AQWA 2Q2RA 3HSCA 2GTDA 1IG8A 3VGMA 1RDWX 4H0PA 3FLCO 3KZBA 2QWOA 4BQLA 5KQDA 5EXWA 3CI5A 3D7EO 2ZGZA 3MN9A 1DKGD 4JD2B 4B1UB 5EVZA 1NGBA 2YCHA 4K42A 1X3MA 4CZHA 3IDHA 3SMPA 4H5WA 1ATNA 3WEEA 2D0PA 3MN7A 5I9EB 2QM1A 3MDQA 2FSJA 2QWNA 3C7NA 2P9IB 5AQMA 2YJFA 2D4WA 2P9UA 1LCUA 2H3GX 1HLUA 3CJ9A 3CIPA 4AM6A 5AZIA 4BGAA 4XH1A 4Y0WA 3SLCA 3VESA 4BC3A 4EIAA 2P9PA 2W41A 1DEJA 5AQPA 2P9NA 4H0OA 3H3OB 4BRKA 3WEEB 1TYQA 4GY2B 3M1FA 1Z6RA 3H1VX 2E88A 2A41A 4IXCA 3C7NB 1XUPO 3S41A 3ZX0A 4RCHA 1HJOA 2ITMA 2P9SB 3HI0A 1TUYA 5KPRA 5AQUA 5AQKA 2V51B 3FZFA 3EKSA 1NGIA 3ZETB 1HKGA 1NMDA 3VEXA 4H5VA 3B8AX 3VOVA 2P9KB 3QB0A 4BRQA 4WQ5A 5TKYA 3VEYA 3VGKA 1TYQB 5B8HA 3FFKB 3WXLA 4BRNA 2FF3B 1HKBA 2IIRA 3O1WA 1MWKA 4BR5A 3CJ1A 3DXMA 5LJVA 3BF1A 1YXQA 2YI1A 4FL9A 1OKJA 2ZWHA 4CZGA 2V7ZA 3FE1A 1E4GT 2F9TA 5LY3A 3D2EA 4HWIA 2WUSA 2A40A 2DPNA 4B1XB 1NGFA 3QFPA 5KQ8A 4CBXA 3JXUA 4FWMA 1S3XA 2QWMA 1HKCA 2V52B 3M6GA 3WT0A 1ATRA 4H5TA 3ID8A 3O4WA 5EOYA 1U2VA 5FPDA 4CBWA 3H46O 4FOIA 4BRPA 2Q0UA 2Q97A 2VYPA 3GL1A 5BR9A 4XH5A 4EAHD 3QBXA 3UE5A 5E26A 4DQ8A 1GLAG 1BUPA 3L6QA 4PKIA 5AQNA 4BG9A 5E84A 1GLBG 3VEWA 4FWSA 3G25A 3MCPA 1IJJA 2I7PA 3CERA 3BEXA 3HBTA 3HZ6A 3GBTA 3IMXA 1NBWA 5BPMA 3O8MA 2GEMA 3A8YA 5AZJB 1U2VB 2HMPA 3CHWA 2YJEA 1BOTO 3QBWA 4BC4A 2ASOA 2HOEA 3ATUA 2A6AA 4BG8A 4JD2A 5AQIA 4BR4A 1Z05A 3I33A 3ENHA 3CQXA 1QQMA 1NM1A 1R59O 5AR0A 4XEIA 3WQUA 3BF3A 1RFQA 2D0OA 5BREA 2P9IA 4M7YA 2CGLA 1C0GA 4CI6A 3VETA 4BRIA 3EO3A 4PKGA 4BC5A 4WYBA 3M3ZA 2E2OA 5JLHA 4NB4A 2ASPA 5F2RA 3QFUA 4H0VB 5ELZA 1NGAA 5CE3A 2AP1A 2YHXA 3LDOA 5AQFA 1D4XA 2IVPA 3ULEB 4QS8A 5AQTA 4DCHA 2QWQA 3GDQA 2P9SA 2P9LB 1ATSA 3H3NO 5FPNA 2E1YA 4QS9A 3CJCA 3MN5A 5AQLA 1TUUA 2GUPA 3CQYA 3VGLA 3WXJA 4BR0A 3ZETA 4FWRA 2P9KA 1QZ6A 3A5LC 5BPNA 3SJHA 1NWKA 4CZMA 4DHYA 5AQSA 3QICA 4JHDA 3FR0A 5ADXH 2ZGYA 2J4RA 1NGHA 2Q0RA 3DXKA 3LDPA 2HF4A 3EN9A 2KHOA 2QXLA 3CJ7A 2FSKA 4BRGA 5EX5A 3SMSA 3KHYA 2ZF5O 4M7XA 4K41A 4XH4A 4FWPA 3W3DA 4PL7A 1S22A 3U8XA 2GWKA 3KVGA 3UB5A 2PAVA 2A3ZA 1GLEG 1P8ZA 4EHUA 5AQZA 4H03B 4JHDB 3ATVA 4BRMA 4WQ4C 4LC9B 1DGKN 4FPAA 3A5MC 3AARA 2QWRA 5FPMA 3DXKB 4F9OA 2CGJA 3LDQA 2YHWA 3SK3A 1JCEA 3AAPA 3R6MA 3OHRA 4JN4A 1HUXA 2Q31A 4A2AA 3LM9A 4BGBA 3TPQA 4H0XB 2NRHA 1T44A 2AA4A 3VF4A 1QQOA 4A62A 2IVOA 2E20A 2E8AA 4M63C 3LM2A 5AZJA 2FF6A 3DWLA 2PBDA 5LJWA 1NGEA 2Q36A 1ZXOA 4FWLA 2IVNA 3O5BA 5JMVA 1K8KA 3VEZA 3A5NC 4FWOA 2E2PA 3D2FB 2QWLA 1WOQA 3U4LA 1RGIA 4PL8A 3WXIA 3H1QA 1YUWA 3CJBA 3AY9A 1KAZA 3FZKA 1BO5O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UUBK 3ZT1A 3O1BA 3JYTA 3QLHA 4FLXA 4FVMA 2VWKA 2I7NA 3E9OA 4LF9K 2QW9A 2AJQA 4JS5A 1M1KO 3JSMA 1TVRA 4CEQA 1KCFA 4CZKA 4JI6K 4AM7A 1GLJO 3VQDA 1WUAA 3IS9A 3NHGA 1G99A 5I42A 3HOTA 1LWFA 1NGJA 3VQ5A 2P9LA 4WE1A 4DR1K 4QOZB 1KAYA 1UA0A 2W00A 3N4PA 1HQEA 1MWMA 4KTWA 3BP8A 1RDDA 4FM1A 4CEAA 4YDUC 3KK2A 3QESA 4C8OA 4DSKA 1T7EA 1ZBIA 2UUCK 1RTIA 1I6GA 1KQSM 3AO3A 5BPLA 3UKRB 1EWRA 2OPSA 3KOWA 3QIPA 4B1YB 4KPYA 5AQRA 3OTOK 1ZBLA 3KK1A 1F21A 1ZC6A 1D8YA 4KYPA 3AVKA 2HHIA 1SKWA 4ID1A 3CCQN 3V4IA 1OVYA 3VEVA 1V4TA 4E7KA 2LJ7A 2UYTA 2JDQD 2HHXA 3ZSWA 2LKBA 4H5RA 1NRAA 1SAZA 3KP1A 3IFRA 1HRHA 3ZSZA 2A1SA 3TANA 3ENBA 3P1GA 2DFHA 2DFFA 4CD3A 1EXQA 4NXMK 1CXUA 1N32K 4C8MA 2YIPA 3KKRA 4O8KA 2D1KA 1B92A 2OZSA 1W2BM 4JI1K 1S1TA 2DY4A 4NCGA 3J81O 3NAEA 2X6SA 4K8XA 1HX1A 4OKKA 3HRGA 4GNIA 3OJUA 3MX5A 3AVLA 3CYMA 4BY9C 1RDBA 4DFPA 4BECA 3B6PA 3QEIA 4U67L 3VF6A 2HHWA 3ZSQA 1RT3A 5AZIB 4CD1A 1TV6A 4HUEA 1BG3A 1RBRA 1BHLA 4FJ9A 3P31A 2P9NB 3Q7CA 3IAYA 3CPEA 3TAEA 3SAHA 3VF2A 4KB1A 5C0YA 3O9QA 1LQIA 3OYGA 4Q5VA 1ZYWA 2UXDK 1XMOK 3J7YP 1GLLO 3H08A 2F8SA 3NVKA 4FWNA 2B6AA 4CZIA 2LY6A 3MXIA 4DQRA 1VAZA 2BUPA 3MMVA 4DWIA 2UU9K 4HTLA 2FXUA 1GLFO 5KI6A 3CMAN 3DJCA 3QNNA 1JLAA 1RDUA 5EU7A 4FJLA 2IOCA 3PSFA 1S1WA 3T1YK 2QWPA 1KLNA 4ISFA 1NMNA 1QVFM 5FLXO 3DLKA 1N8RO 4IFYA 3DXMB 1Y97A 5AQHA 1SN4A 3RVCA 4H0YB 2Q1NA 1HJRA 4DSLA 1BWFO 2E1ZA 1LAWA 3MN6A 3CQ8A 3ENOA 1VSEA 4NO7A 1NG9A 1QVGM 5AQQA 3AVJA 1X9SA 4Z4CA 3C0BA 4B9VA 1NJIO 4HUFA 1YJ9N 2VG6A 3EL2A 5M1NA 4KV8A 4B3RK 4DF8A 4YOWA 2YIOA 3L0QA 4O5FA 2NRTA 2YNHA 1S1VA 5J2QA 1QSSA 2LY5A 4FLZA 2VQFK 3F73A 3CC7N 3OYNA 2KPYA 4IZ9A 3K5LA 1X1PA 1PX9A 3O9SA 5KK4A 3GE1A 4WQ4A 1E3MA 3THWB 4F3TA 3HSCA 1BCGA 1S6PA 4E72A 3U3GA 2YKNA 1KC8O 3PIPL 3J7AP 3HXMA 2QWOA 1N4NA 5EXWA 5CYQA 3NH1A 2ZGZA 3TWHA 1BMRA 1NGBA 3RMBA 1C0TA 2O8CA 4K42A 4CFAA 1KD1O 2I61A 5JS1A 1VQLN 3SQ4A 4OX9K 1ILYA 3SQ0A 3KTQA 3CFOA 4EP5A 2QM1A 3MDQA 4JYAK 2BE2A 1TK0A 2F8TA 5FDLA 2P9UA 3EE8A 1FJGK 4AM6A 1C55A 4BGAA 2IS3A 4U7BA 5IT9O 4Y0WA 4BACA 1A5XA 3VESA 2W41A 4GVMA 3K57A 2LJMA 3WEEB 1NJYA 2VG5A 1TYQA 1Z6RA 2X78A 2GBZA 4DR7K 1WSHA 4IXCA 1XUPO 3S41A 4LFCK 3ZX0A 4LF5K 4AQYK 2ITMA 1QE1A 2P9SB 1TUYA 2A7TA 5AQKA 3FZFA 3EKSA 5FRMA 1HKGA 4C8KA 4Z4EA 5SZTA 4BRQA 1HNZK 4B9SA 2OYQA 1WNSA 4UADE 1L3TA 5CY0A 1G15A 3VEYA 3RR7A 3FFKB 4CJSA 1HKBA 1MWKA 4DV3K 3THXA 1CZBA 1XNQK 2ASCA 2YI1A 2M8BB 2P5OA 1KFDA 3SBGA 4JI0K 3FE1A 3RMCA 3MECA 5KRTA 1HNXK 2NY8X 4KI4A 5GINA 1S3XA 3KOZA 3C95A 4FLTA 2LT8A 4HE7A 1ATRA 3D6RA 3ZT3A 3V9SA 3OBWA 3AVCA 1IKWA 2E6LA 4FJNA 4CW7B 2OPQA 4CBWA 4FOIA 4BRPA 1ZBFA 2Q0UA 4XH5A 3TSQA 4CJ5A 4YNQA 2GMOA 1WBDA 4PHTX 3QI7A 4Z0UA 1RT2A 1J5OA 3MCPA 4N41A 4RW9A 1IJJA 2I7PA 3NH2A 3CERA 3HZ6A 3IMXA 1NBWA 5BPMA 3O8MA 4DUYK 3V9ZA 4FW1A 1QSLA 2KBKA 4J2AA 1ZBHA 2X6NA 2K35A 1N33K 1K8AO 4CGDA 5HROA 3ATUA 4BG8A 5AQIA 4BR4A 2OZMA 3C6TA 1ICAA 2O8EB 4Z4HA 2ZD1A 3ENHA 3K9JA 4B9LA 3KWIA 3CQXA 1QQMA 2BANA 1R59O 1YI2N 3HO1A 5AR0A 4GKJK 4XEIA 3WQUA 1UA1A 1PTXA 3BF3A 3K59A 2D0OA 5BREA 5DM7L 2IDOA 1ASUA 5M1FA 1SN1A 4H4MA 3DM2A 2CGLA 3NBPA 4V19S 4DSIA 3OYEA 1EKEA 5HRNA 1KVAA 2D0BA 3SUPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2UUB K;  3ZT1 A;  3O1B A;  3JYT A;  3QLH A;  4FLX A;  4FVM A;  2VWK A;  2I7N A;  3E9O A;  4LF9 K;  2QW9 A;  2AJQ A;  4JS5 A;  1M1K O;  3JSM A;  1TVR A;  4CEQ A;  1KCF A;  4CZK A;  4JI6 K;  4AM7 A;  1GLJ O;  3VQD A;  1WUA A;  3IS9 A;  3NHG A;  1G99 A;  5I42 A;  3HOT A;  1LWF A;  1NGJ A;  3VQ5 A;  2P9L A;  4WE1 A;  4DR1 K;  4QOZ B;  1KAY A;  1UA0 A;  2W00 A;  3N4P A;  1HQE A;  1MWM A;  4KTW A;  3BP8 A;  1RDD A;  4FM1 A;  4CEA A;  4YDU C;  3KK2 A;  3QES A;  4C8O A;  4DSK A;  1T7E A;  1ZBI A;  2UUC K;  1RTI A;  1I6G A;  1KQS M;  3AO3 A;  5BPL A;  3UKR B;  1EWR A;  2OPS A;  3KOW A;  3QIP A;  4B1Y B;  4KPY A;  5AQR A;  3OTO K;  1ZBL A;  3KK1 A;  1F21 A;  1ZC6 A;  1D8Y A;  4KYP A;  3AVK A;  2HHI A;  1SKW A;  4ID1 A;  3CCQ N;  3V4I A;  1OVY A;  3VEV A;  1V4T A;  4E7K A;  2LJ7 A;  2UYT A;  2JDQ D;  2HHX A;  3ZSW A;  2LKB A;  4H5R A;  1NRA A;  1SAZ A;  3KP1 A;  3IFR A;  1HRH A;  3ZSZ A;  2A1S A;  3TAN A;  3ENB A;  3P1G A;  2DFH A;  2DFF A;  4CD3 A;  1EXQ A;  4NXM K;  1CXU A;  1N32 K;  4C8M A;  2YIP A; 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