5EY4A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 2'-deoxy-atp
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
378
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDITKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 378
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ey4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ey4A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ey4A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ey4A04
5AQUA 1V4TA 3O1WA 3HI0A 2YJFA 3ATUA 1KAXA 4FWNA 4BRPA 2P9KA 5BR9A 4O8KA 4ISGA 3LDNA 1LOTB 4K42A 1NGEA 3GG4A 4CBXA 1YAGA 5BPMA 2GUPA 4CZJA 2NZTA 3QB0A 3BF3A 4B1YB 2A6AA 4BRCA 4AM6A 4EFHA 3MMVA 2ASOA 2A42A 1YVNA 4MLEA 3VERA 3LM9A 3GBTA 1S3XA 2FXUA 2P9PB 3U9DA 5LJWA 4FOEA 1KXPA 4YDUC 1K8KB 3O1BA 3B8AX 3SJHA 4B1VA 4F9OA 4BRAA 3U9ZA 2P9UB 3P4IA 3GE1A 3ATVA 3LL3A 4K41A 3VOVA 5BRHA 2P9SA 5F1XA 1BA1A 1GLAG 4CZEA 2P9LB 1GLEG 1GLJO 1GLBG 3IMXA 2A41A 4BRHA 1Z6RA 1NM1A 1MA9B 4PKIA 2IVOA 3FGUA 4BGAA 5BRDA 4EAHD 3CJBA 2Q31A 2IVNA 1E4GT 3GOIA 5BRFA 3SMSA 1XUPO 1HKCA 2WUSA 3FR0A 3H46O 4CBUA 4WQ4A 1Y64A 1H1VA 1DGKN 4BRFA 5AZJA 4IO8A 3BEXA 4H0TB 1QQOA 3WXIA 3A5NC 4IJAA 4BRGA 1TYQA 3BF1A 4H0VB 5AQTA 3H6EA 5AQLA 2J4RA 1HPMA 5F2RA 2GEMA 3LM2A 4NO7A 2V51B 2IIRA 5EOYA 4H0OA 1X3MA 4CJ7A 2CH5A 2H3GX 1HJOA 1YXQA 2P9NB 1T6CA 2VWBA 2V52B 2ITMA 4ISFA 4HWIA 3QFPA 4JAXA 4K25A 3H3NO 1OKJA 1NGCA 3FZHA 4PL7A 3WXKA 2F9WA 2VYPA 3CJ1A 5AZIB 3ZX2A 5AQFA 1BG3A 3MK6A 1SAZA 5AQVA 4A2BA 4H5NA 3RSEB 2Q97A 3O80A 4O5FA 3U8XA 1J6ZA 3SMPA 1HLUA 1HX1A 4B1UB 1C0FA 4FL9A 3MN5A 4DCHA 4BQLA 2FLOA 3TPQA 3L6QA 4GNIA 1MDUB 2PAVA 3UKRB 3UKUB 4BVPA 2Q1NA 3UB5A 2E8AA 1ZC6A 3DWLA 3EL2A 2BTFA 3D2EA 3WQUA 1X9JA 3CI5A 4BG8A 5JMVA 3M3ZA 1MWKA 4FWSA 3LDPA 4BG9A 3ZX0A 2UYTA 2ZGZA 5EXWA 2HMPA 3QMLA 3BP8A 3W0LA 3WXJA 4BRKA 3MDQA 5KQ8A 3LDLA 4CZLA 1ZXOA 3D2FA 4H0PA 1TUYA 3IFRA 3A8YA 2FSKA 4H03B 3CETA 3MN6A 5BPNA 4K43A 4CZIA 2E2NA 1RGIA 2HF3A 2P9IA 4BGBA 4BR0A 5FPMA 3CQXA 4DHYA 5AR0A 1D4XA 4BRIA 3C7NB 1U6ZA 2P9UA 1XQSC 5AQRA 3DXMB 3H1QA 5KPZA 1RDWX 5AQOA 1U2VA 2YHWA 4WQ5A 4C23A 5AQXA 3AY9A 5E26A 4KBOA 2NLXA 1NBWA 4IWVA 4GY2B 4JD2B 3J8AA 3VPZA 5AQPA 2D0PA 4CZMA 3QDKA 4HTLA 1QQNA 3CJ7A 3U4LA 5BPLA 5EY4A 2CGLA 2E20A 4FWLA 2Q36A 4FWQA 4BRQA 3GL1A 1KAZA 1BO5O 4IJNA 3ULEA 4FSVA 3JS6A 1GLDG 2ASMA 1C0GA 4I6MA 2KHOA 5AQGA 4M7XA 4QS7A 3O08A 5AFUA 3KHYA 5B8HA 1BOTO 1V4SA 2YHXA 5AZJB 4FWOA 4H5TA 2FF3B 5AQMA 3JXUA 2YJEA 2I7NA 3G25A 1ESVA 4E1JA 3WT0A 2P9KB 3O4WA 4A61A 2ZF5O 3HZ6A 4JHDA 4PKHA 5F0XA 1T44A 2D0OA 4CD3A 4FWMA 4Z94A 1X3NA 4FWPA 4EIAA 2Q0UA 2CGJA 3F9MA 2AA4A 3MN9A 3L4IA 3VGLA 1ATSA 5AQYA 1DEJA 3HM8A 3ENOA 1JCEA 2ZWHA 4CBWA 5AQJA 4EHUA 4WQ4C 2BUPA 4BRLA 2QWLA 3WQTA 3MCPA 1NWKA 2ZGYA 3AAPA 1NGGA 5EVZA 4B1WB 2QWPA 1GLCG 3VENA 4H0YB 3UKRA 2ASPA 1QQMA 2EWSA 4CZHA 4BC4A 4FPBA 5ADXA 3R6MA 1BDGA 1IG8A 3OHRA 3HBTA 1WOQA 3I33A 4H5RA 4XH5A 3WEEA 5LY3A 3M1FA 3VETA 1QHAA 3WUHA 3ZEUA 4IZ9A 5AQHA 3O8MA 3ZETB 1IJJA 3FZFA 3AAQA 2HF4A 1HKBA 2DPNA 3VESA 5JLFA 1MWMA 4XEIA 3A5MC 2GWJA 2E88A 5AQWA 1R59O 3CJAA 5KPRA 1NGFA 3ENHA 2V7ZA 1TYQB 3DXMA 5AQNA 4RTFD 1SQKA 5FPDA 4M7YA 4BRMA 2OANA 3R9PA 4ISEA 4JNEA 3QBXA 3FZLA 1E4FT 2E2PA 4BC3A 2QW9A 1EQYA 1Z05A 5JLHA 3C0BA 4BR2A 4CI6A 4IXCA 4AM7A 3A5OC 2QWRA 2P9PA 3CQYA 3DJCA 3VEYA 5FPEA 3TU5A 2E1YA 4BC2A 1K8KA 5AQSA 4MLHA 3AARA 4CZFA 5E84A 5LJVA 1NGBA 1LCUA 3VF2A 1CZAN 2GTDA 3VEZA 2D4WA 3A5LC 3VEWA 1NGDA 3SLCA 2P9LA 3I8BA 3EZWA 1NGAA 1GLFO 4B1ZA 2QXLA 3HSCA 4FO0A 2VCPA 3SK3A 3DAWA 1ATNA 3M6GA 4MO4A 3VEXA 4WQ5C 1P8ZA 4FWKA 3FE1A 4BR9A 4BR4A 5BREA 1KAYA 3CJCA 4H0XB 3D2EB 4H5WA 4QS9A 1NMDA 3CHWA 4YDUA 1G99A 4BC5A 1BUPA 3H45C 1S22A 5KQDA 3VF6A 4BRNA 1NLVA 4BRDA 4JN4A 1NGIA 1WUAA 4BQZA 3D2FB 4WYBA 3DXKB 3BUZB 4J8FA 4B9QA 4RCHA 2P9IB 2YI1A 2P9NA 1BU6O 4BR5A 4EHTA 3EKSA 2IVPA 2QWNA 2QM1A 4BR7A 1T6DA 3KVGA 1U2VB 4BREA 1GLLO 2FF6A 2HOEA 2YHYA 5AZIA 5EX5A 2D1KA 3QICA 3VEVA 1XC3A 3O6WA 2Q0RA 2I7PA 3EO3A 3RSEA 5FPNA 3EKUA 2GWKA 5AFUH 2CH6A 4LC9B 4DQ8A 2A3ZA 3S41A 3ZETA 5AQKA 1BA0A 1BWFO 4A2AA 1NGJA 1QZ6A 3ULEB 3EN9A 4XH1A 4I6MB 3LDOA 3CJ9A 3UKUA 1HUXA 2CGKA 4QS8A 3A0IX 2W41A 3GDQA 3ZX3A 2FSNA 1RFQA 3H3OB 3MN7A 2P9SB 4PL8A 4FOIA 1ATRA 3CERA 3D7EO 2QWOA 4XH4A 5AQQA 4FWRA 2E2QA 3VF4A 4MO5A 1JCFA 2W40A 3FZMA 5I9EB 4FPAA 1QZ5A 2E1ZA 3KZBA 4A62A 3R8EA 3VGMA 4L3QA 4M63C 4PKGA 3CIPA 4JHDB 5ELZA 4CZKA 4Y0WA 4H5VA 3C7NA 2FSJA 4NB4A 3WXLA 2V7YA 1TUUA 3VGKA 5AQIA 3IUCA 3VEOA 1Q18A 4CD1A 5KPTA 2F9TA 2Q2RA 3W3DA 4CZGA 5ADXH 5BN9A 4JD2A 1DKGD 2PBDA 2QWQA 3H1VX 1ZBSA 2AP1A 5BN8A 2NRHA 2A5XA 3LDQA 3IDHA 3UE5A 4DB3A 2QWMA 4BVOA 4BROA 2GELA 5CE3A 3FFKB 1NGHA 5AQZA 5JICA 1JCGA 4RWTA 3QBWA 3HTVA 2YCHA 5TKYA 3QFUA 3L0QA 4B1XB 1HKGA 2E2OA 3WEEB 3O5BA 3FZKA 3ID8A 1YUWA 3FLCO 1SZ2A 2A40A 3DXKA 3ZEUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I0RA 3O1WA 4KHNA 3HI0A 1NKEA 3MAQA 1RT1A 1KAXA 2JWKA 4FJ5A 4JK8A 4DF8A 3LDNA 4PQUA 1J5EK 4K42A 4IOAL 4B9TA 3DYAA 4CZJA 2A6AA 3CW4A 1I39A 3GKUA 3THYB 4DSJA 3MMVA 2XY5A 2A42A 4AEIA 4LF5K 3VERA 3BK3C 3BGRA 1TKTA 2KQ2A 3SUOA 3U9DA 1NU0A 4UJ0A 1XMQK 1K8KB 3O1BA 3ZSXA 4TSXA 3E9OA 2HVIA 1IKXA 1HYVA 3U9ZA 4IDKA 3RMCA 1RDDA 4YHHK 3GE1A 3LL3A 5BRHA 4KTQA 4Y1CA 2P9LB 2NY9X 4AQYK 3CYGA 3IMXA 4JRQA 1NM1A 4FM0A 4PKIA 2IVOA 1LQHA 3AVMA 4O8UA 5BRDA 2OA8A 4V1DC 4FLVA 1RDBA 4N47A 2Q31A 2IVNA 3F2KA 3GOIA 4YOTA 1ZBLA 3SMSA 3DLRA 3SQ2A 2VWKA 1XUPO 1EXQA 5CZ2A 1JLEA 1QE1A 1HKCA 1SKRA 4WQ4A 1Y64A 2KJAA 1TGOA 1TKXA 1U04A 1MU2A 4IJAA 4FJ9A 1VQMN 3OYEA 1TYQA 4CK1A 1I6FA 3MEGA 4DV7K 4CIEA 4LF4K 1BQNA 2J4RA 3CC7N 2GEMA 3NF8A 3SV3A 2V51B 2YKNA 4DFKA 1RT7A 4KH5A 2P9NB 1S1WA 2BE2A 2D0CA 2V52B 2ITMA 3CD6N 4ISFA 4JAXA 1OKJA 2UU9K 4KB1A 4E19A 4Q5VA 3QEXA 2AJQA 1TL3A 3ZX2A 3OYCA 3MK6A 1SAZA 4A2BA 2D5RA 3RVCA 2X78A 4AH9A 3RSEB 2Q97A 4M3YA 3U3YA 2ZJQL 3U8XA 4H4OA 4CJSA 4CJLA 3MWPA 3J80O 4B3OA 3K57A 4KH6A 1HX1A 5K14A 3JSMA 4BQLA 3L6QA 3UKUB 4LF7K 1JLFA 1OMYA 1X9JA 1MWKA 2DFEA 3LDPA 4BG9A 4CEOA 3E01A 3ZX0A 3LPUA 4CHYA 3LALA 3NE6A 3KOWA 1JL2A 3W0LA 1T7PA 3I0SA 3LDLA 1ZXOA 2Z1IA 4H0PA 1TUYA 1SV5A 4H03B 3MN6A 3HOSA 3V9XA 2HF3A 3VA0A 4BGBA 1W7AA 4FW1A 3OS0A 4HUFA 4BRIA 3TAPA 2JLEA 1N36K 1BHLA 5AQRA 1MR4A 3RWUA 5AQOA 2YHWA 2Q3SA 4WQ5A 3OYFA 3B6PA 4C23A 1C6VA 4FZZA 4KBOA 1RT6A 4F3TA 1NBWA 3RR7A 1LAVA 3J8AA 2P51A 3U3GA 4CHNA 1I94K 1U49A 1B92A 5LMNK 1C1CA 5BPLA 4FWLA 2Q36A 1KAZA 1VNBA 3K9JA 3CFRA 4CF9A 1FJGK 2E0HA 4IJNA 4CW7B 4FSVA 4OKEA 2ASMA 4J2EA 3AVBA 4E7IA 3C6AA 1QVFM 3CCUN 2KHOA 4X66K 4M7XA 3SF4D 1Q81O 4E3SA 3O08A 1WT7A 3LP0A 4CGDA 4QOZB 5B8HA 3OYJA 1BI4A 4FWOA 5JENA 2YJEA 1PTXA 1EP4A 4I9QA 1IH7A 3V1RA 3L56A 2P9KB 4BWMA 2O8BB 4BDYA 3OJSA 2YHAA 2IS3A 3V4IA 4Z94A 2OTJN 3F9MA 1FKOA 1CZBA 3L4IA 3CF5L 4M3UA 2D56A 1C0UA 1DEJA 4B8CA 2KZMA 4O4GA 4E7KA 1N32K 4CESA 3E66A 3MCPA 4CJTA 1NWKA 3TTFA 1NGGA 4Z4IA 4H0YB 3V9ZA 4CEQA 3RRHA 4CZHA 4BC4A 4EP5A 4DTSA 1RT4A 1BDGA 4XJXA 5M1OA 5C24A 5HRNA 3HBTA 4CHOA 3OW2M 3SUPA 1WOQA 4H5RA 1YTAA 4JI7K 2G2KA 1VSFA 3K0SA 3NF6A 3L4QA 3WUHA 3ZEUA 5KTQA 3C94A 2HF4A 1HKBA 4CFDA 4MDBA 2KZZA 5JLFA 1K8AO 1MWMA 4CGFA 3SPYA 4XEIA 5AQWA 4OPKA 2V7ZA 2KSKA 4DTNA 4RTFD 1SQKA 1TVRA 1NKBA 3NF9A 4AHUA 4BRMA 3T69A 2DFFA 4AHVA 4N5SA 3T3FA 5CYQA 4BC3A 3CCLN 1CZ9A 5I42A 3IG1A 3A2FA 4M3WA 3L2QA 1KC8O 4IXCA 3N4QA 1ZU3A 1S9GA 3IKMA 4CEFA 3A5OC 2QWRA 3DJCA 3VEYA 3HPOA 4FM2A 4BC2A 1JKHA 5AQSA 4M41A 4MLHA 2A1RA 4Z4EA 4CJ4A 5E84A 1DJTA 1NGBA 1SNBA 3VQ7A 3VF2A 1CZAN 2GTDA 4WE1A 3OYGA 2D4WA 3A5LC 1NGDA 2QA4N 3AVAA 3I8BA 3DLGA 3CC4N 4DQPA 3KHWA 1Q7YO 4HHFA 1T0ZA 2NY8X 3HSCA 1SKWA 5DMRA 3NFAA 4OVLA 3SK3A 1XNQK 2F8SA 2F96A 1BRZA 3NCIA 4GV6A 3BZCA 2O8BA 4F8RA 1SL0A 3G6EN 4CF2A 3CCEN 5BREA 3HP9A 3S3NA 3D6RA 4I2PA 1W9HA 4CJ5A 3MEEA 1EO1A 5HBMA 4BC5A 2YV0X 3R1XA 4BRNA 4JN4A 2UXBK 4FZXC 3BZKA 4FLZA 1NG9A 2E3GA 4RCHA 2KFZA 2P9IB 1F21A 4DQRA 2HSTA 4CQKA 1WSIA 1A5WA 3KWGA 4BE2A 1BIZA 2RKIA 5HRPA 1J54A 4DS4A 1S1XA 3KVGA 4DMNA 4BREA 1VSDA 4WFBL 2FF6A 2HOEA 2YHYA 3NH1A 5AZIA 5SZTA 1L5UA 2YHBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3ZET A;  5AQK A;  1BA0 A;  1BWF O;  4A2A A;  1NGJ A;  1QZ6 A;  3ULE B;  3EN9 A;  4XH1 A;  4I6M B;  3LDO A;  3CJ9 A;  3UKU A;  1HUX A;  2CGK A;  4QS8 A;  3A0I X;  2W41 A;  3GDQ A;  3ZX3 A;  2FSN A;  1RFQ A;  3H3O B;  3MN7 A;  2P9S B;  4PL8 A;  4FOI A;  1ATR A;  3CER A;  3D7E O;  2QWO A;  4XH4 A;  5AQQ A;  4FWR A;  2E2Q A;  3VF4 A;  4MO5 A;  1JCF A;  2W40 A;  3FZM A;  5I9E B;  4FPA A;  1QZ5 A;  2E1Z A;  3KZB A;  4A62 A;  3R8E A;  3VGM A;  4L3Q A;  4M63 C;  4PKG A;  3CIP A;  4JHD B;  5ELZ A;  4CZK A;  4Y0W A;  4H5V A;  3C7N A;  2FSJ A;  4NB4 A;  3WXL A;  2V7Y A;  1TUU A;  3VGK A;  5AQI A;  3IUC A;  3VEO A;  1Q18 A;  4CD1 A;  5KPT A;  2F9T A;  2Q2R A;  3W3D A;  4CZG A;  5ADX H;  5BN9 A;  4JD2 A;  1DKG D;  2PBD A;  2QWQ A;  3H1V X;  1ZBS A;  2AP1 A;  5BN8 A;  2NRH A;  2A5X A;  3LDQ A;  3IDH A;  3UE5 A;  4DB3 A;  2QWM A;  4BVO A;  4BRO A;  2GEL A;  5CE3 A;  3FFK B;  1NGH A;  5AQZ A;  5JIC A;  1JCG A;  4RWT A;  3QBW A;  3HTV A;  2YCH A;  5TKY A;  3QFU A;  3L0Q A;  4B1X B;  1HKG A;  2E2O A;  3WEE B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3I0R A;  3O1W A;  4KHN A;  3HI0 A;  1NKE A;  3MAQ A;  1RT1 A;  1KAX A;  2JWK A;  4FJ5 A;  4JK8 A;  4DF8 A;  3LDN A;  4PQU A;  1J5E K;  4K42 A;  4IOA L;  4B9T A;  3DYA A;  4CZJ A;  2A6A A;  3CW4 A;  1I39 A;  3GKU A;  3THY B;  4DSJ A;  3MMV A;  2XY5 A;  2A42 A;  4AEI A;  4LF5 K;  3VER A;  3BK3 C;  3BGR A;  1TKT A;  2KQ2 A;  3SUO A;  3U9D A;  1NU0 A;  4UJ0 A;  1XMQ K;  1K8K B;  3O1B A;  3ZSX A;  4TSX A;  3E9O A;  2HVI A;  1IKX A;  1HYV A;  3U9Z A;  4IDK A;  3RMC A;  1RDD A;  4YHH K;  3GE1 A;  3LL3 A;  5BRH A;  4KTQ A;  4Y1C A;  2P9L B;  2NY9 X;  4AQY K;  3CYG A;  3IMX A;  4JRQ A;  1NM1 A;  4FM0 A;  4PKI A;  2IVO A;  1LQH A;  3AVM A;  4O8U A;  5BRD A;  2OA8 A;  4V1D C;  4FLV A;  1RDB A;  4N47 A;  2Q31 A;  2IVN A;  3F2K A;  3GOI A;  4YOT A;  1ZBL A;  3SMS A;  3DLR A;  3SQ2 A;  2VWK A;  1XUP O;  1EXQ A;  5CZ2 A;  1JLE A;  1QE1 A;  1HKC A;  1SKR A;  4WQ4 A;  1Y64 A;  2KJA A;  1TGO A;  1TKX A;  1U04 A;  1MU2 A;  4IJA A;  4FJ9 A;  1VQM N;  3OYE A;  1TYQ A;  4CK1 A;  1I6F A;  3MEG A;  4DV7 K;  4CIE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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