5F0XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 2'-deoxy-adp and inorganic phosphate
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f0xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f0xA04
1QQOA 4H03B 2QXLA 4NO7A 3SMSA 3LM9A 1K8KA 4JD2B 2PBDA 3SMPA 3CHWA 3R8EA 5AQXA 2WUSA 5ADXH 3MN5A 4BR2A 1U2VA 4K42A 4QS7A 2P9UA 1GLEG 3DXKA 3ZX2A 3WEEA 4IJNA 3VENA 3WXJA 2A40A 4O5FA 5EY4A 1ESVA 4DQ8A 5JICA 3EN9A 1HUXA 4FOEA 2UYTA 3ZX0A 1DEJA 2HMPA 3EKSA 1D4XA 1BOTO 4BRPA 2P9LB 1GLFO 2IVNA 2P9IA 3L4IA 4PKGA 5F2RA 4CZKA 2A42A 1IJJA 3UKUA 4BC5A 4JHDB 2E88A 4FPAA 4WQ5A 4EFHA 4CZGA 2YJFA 4BR9A 3D2EB 3LDQA 3TPQA 3IMXA 1RGIA 3BUZB 3IUCA 4PKHA 3UE5A 4O8KA 5LJVA 3S41A 3A5OC 1S3XA 3GL1A 4LC9B 2D0PA 5EOYA 4BREA 3QB0A 5AQNA 3GBTA 4CBXA 4XH5A 4BRLA 4CD1A 4FWSA 2W40A 2F9WA 3SK3A 2CH5A 2ZGYA 2A6AA 3CETA 3M3ZA 3BF1A 3M1FA 3VETA 4DB3A 1NLVA 4FL9A 3VERA 4EHTA 3UKRA 2V7YA 3HM8A 3ZETA 3ENHA 3MMVA 2FF6A 3DAWA 3VF2A 1BA1A 5AQJA 5FPEA 2ITMA 1NGFA 4FWRA 3EKUA 3GG4A 3FZHA 2D0OA 3CJ9A 2V7ZA 1U6ZA 3O1WA 2FXUA 3KVGA 1J6ZA 2CGKA 2Q0RA 3BP8A 1BU6O 2A41A 4YDUA 4H0YB 4DHYA 5BN8A 4H5VA 5AQOA 4H0TB 3MN7A 4MO5A 4WQ4C 1NMDA 5AZJB 4CZIA 3I33A 4BR7A 1BG3A 3LL3A 5BPNA 4BC3A 2FLOA 4BRMA 3QDKA 1BDGA 3QBWA 3ZX3A 1XC3A 2Q36A 5F1XA 3MCPA 4CZJA 1QZ6A 4BRAA 3VEYA 4M7YA 4B1ZA 2GTDA 4CZMA 3W3DA 1T6DA 2Q31A 3BF3A 4CZHA 3A5MC 4MO4A 3LDNA 1KAXA 1QHAA 2HOEA 2YCHA 1ZBSA 2QWOA 4EIAA 3DXMB 1V4TA 1YXQA 3O8MA 5AQPA 4WYBA 4EHUA 3H6EA 4BGAA 4CBWA 4BRDA 3O6WA 2GEMA 2Q0UA 3O80A 5AQKA 3BEXA 1T44A 3LDPA 2ZWHA 4JN4A 1X9JA 3W0LA 3FR0A 4BQLA 1S22A 2P9PA 3VEWA 4B1UB 3RSEB 5KQ8A 3ZEUA 2V51B 2P9NA 2E8AA 3R6MA 4M7XA 1P8ZA 4FO0A 5FPDA 3FZFA 2P9SB 3CJCA 4FPBA 4CZEA 4XEIA 4IJAA 4BRKA 3A5NC 2Q97A 2YI1A 4B1VA 1SZ2A 2ZGZA 5BPLA 3CIPA 5AQWA 1QQNA 4BG9A 1JCGA 4I6MB 4ISFA 2A3ZA 4FWNA 3C7NB 3MDQA 1KAZA 4FWPA 2W41A 3ATUA 3CQYA 2QWPA 1K8KB 3VEXA 3D2FA 5KPTA 1NGGA 4K43A 4BVPA 4MLEA 4BRFA 1U2VB 4H5NA 2P9KA 2P9UB 4K41A 5CE3A 4BC2A 1TYQA 3DXKB 4BVOA 1BWFO 4CZFA 4F9OA 1GLLO 3WEEB 1C0GA 1T6CA 5B8HA 5LJWA 5AZIB 2HF3A 5AQVA 2GWJA 5EXWA 1LOTB 1TUUA 1YUWA 1C0FA 2P9IB 3D7EO 4IO8A 4GY2B 4H5TA 1E4GT 3F9MA 5E26A 3UKUB 2ASMA 1EQYA 4BRCA 2ASOA 1SAZA 3QFUA 4CJ7A 3HTVA 2OANA 2A5XA 4RCHA 1DKGD 3A8YA 4EAHD 5BRFA 1KXPA 3FE1A 4A62A 3CERA 3C0BA 3O1BA 3KZBA 1ATSA 3EO3A 4BQZA 5KPRA 5LY3A 3P4IA 1GLAG 3FGUA 5FPMA 2NLXA 2D1KA 2J4RA 5AQYA 4PL7A 3OHRA 5AFUA 1MWKA 2GWKA 4IZ9A 4PKIA 3CJBA 1XUPO 2E2NA 4RTFD 3AY9A 4WQ4A 1RFQA 3ULEA 4A2BA 4BRQA 4BC4A 2QWNA 3UKRB 1Y64A 1NM1A 2CGLA 1DGKN 2QWRA 1TUYA 3ZETB 4AM6A 4K25A 3DWLA 3ENOA 3FFKB 1QQMA 5JLFA 1MWMA 5ELZA 5KQDA 1V4SA 3M6GA 5F0XA 2E2PA 5AQFA 3H3OB 1GLJO 3VF6A 4H5RA 3WXIA 1MA9B 3VEOA 3QFPA 1Q18A 5BRDA 3EZWA 5AQTA 3A0IX 4YDUC 3G25A 5AQIA 4J8FA 1E4FT 5AQMA 2GELA 4NB4A 1GLDG 3MK6A 2GUPA 4BRHA 5BPMA 1HKBA 4JD2A 4B1XB 4FWKA 4XH1A 1RDWX 3U9ZA 1NGCA 1YVNA 5AFUH 4Z94A 4ISEA 4A2AA 3AAPA 4BGBA 1HKCA 4CD3A 5AQQA 1BO5O 4H0XB 3WQTA 1HX1A 1CZAN 2QW9A 1WOQA 3ATVA 2QWMA 1MDUB 3HZ6A 3I8BA 4Y0WA 4BRGA 5KPZA 5AQHA 2CH6A 2IVOA 1X3MA 2P9LA 2BUPA 3VGMA 3IDHA 3JS6A 1NGJA 4B1WB 4FWQA 4CI6A 1ATNA 5EX5A 2AP1A 4JHDA 4IWVA 2E2OA 3C7NA 4M63C 3D2EA 1NBWA 2YHXA 3GE1A 1NGHA 2NZTA 4CBUA 1ZXOA 1KAYA 4E1JA 4FWMA 5AQGA 2VCPA 3GDQA 4AM7A 2V52B 3H45C 1JCFA 3VEVA 3WQUA 3EL2A 4H0VB 3SJHA 3VPZA 3IFRA 1SQKA 2NRHA 3VGLA 2YHYA 1Z6RA 3VEZA 5AZIA 2P9PB 3CJAA 1NGAA 4B1YB 2CGJA 2IIRA 3ZEUB 3WXLA 4HTLA 2P9NB 3QBXA 4H0OA 5JMVA 1NWKA 3AARA 3UB5A 4BR0A 2Q1NA 4GNIA 5AQRA 2DPNA 2QM1A 4QS9A 5FPNA 1HPMA 4A61A 4WQ5C 3U4LA 5BREA 1R59O 1HLUA 1YAGA 2FF3B 3H1VX 3ID8A 3HBTA 3CJ7A 3QICA 4IXCA 4BR4A 4H0PA 4L3QA 4CZLA 3CJ1A 1LCUA 4BG8A 3L0QA 2QWQA 4QS8A 1HKGA 3O5BA 1X3NA 1Z05A 1BA0A 2H3GX 5BN9A 2I7PA 3B8AX 3CQXA 3D2FB 3VOVA 4BRIA 1ATRA 2EWSA 2IVPA 2ASPA 2E1ZA 3CI5A 1JCEA 1G99A 2P9KB 2KHOA 4FWLA 4XH4A 2QWLA 1TYQB 3WUHA 3SLCA 3FZMA 5AQUA 4C23A 5AZJA 1BUPA 3LDOA 3MN6A 2FSJA 1IG8A 2FSKA 3AAQA 4JNEA 3DJCA 3VESA 1QZ5A 4FOIA 3U9DA 1ZC6A 5JLHA 3FZLA 2YHWA 3GOIA 3WT0A 4B9QA 2VWBA 3FLCO 4RWTA 1NGBA 5TKYA 4FSVA 1OKJA 2I7NA 1XQSC 2E20A 3H1QA 1HJOA 3O4WA 3VGKA 5E84A 1NGIA 5I9EB 3H46O 2FSNA 1WUAA 3TU5A 3U8XA 1GLBG 2PAVA 3DXMA 3MN9A 2BTFA 1H1VA 4BR5A 2E1YA 3WXKA 3L6QA 5BR9A 3FZKA 4DCHA 5ADXA 4JAXA 3LM2A 4BRNA 3R9PA 3QMLA 3ULEB 2F9TA 1NGEA 2HF4A 1NGDA 5BRHA 5AQSA 3VF4A 3JXUA 5AQZA 2AA4A 3RSEA 4FWOA 1GLCG 3HI0A 3J8AA 5AQLA 2VYPA 2Q2RA 3O08A 3HSCA 4H5WA 3A5LC 2P9SA 2E2QA 4HWIA 4ISGA 4KBOA 4MLHA 2YJEA 4BROA 3H3NO 5EVZA 3LDLA 2ZF5O 5AR0A 4PL8A 4I6MA 2D4WA 3KHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H03B 4Z4FA 2RE2A 3CF5L 1B9DA 3OYGA 4R79A 3TI0A 4FK4A 3ZSWA 3DLLL 1NPIA 3R8EA 5ADXH 3MN5A 2LR3A 1U2VA 4Q5VA 4GMJB 4K42A 4QS7A 2P9UA 1GLEG 1KVAA 3MEEA 4B9MA 3WEEA 1VRTA 3KLGA 4DTJA 1A5WA 2A40A 4O5FA 3DLGA 3VA3A 1ESVA 4DQ8A 3PIPL 2OPQA 4FOEA 1IBMK 1DEJA 3LANA 2HMPA 4BRPA 4B08A 4BE1A 4FLUA 2IVNA 3NFAA 3CFOA 4X66K 4PKGA 4CZKA 2QEXN 1DLOA 3KP1A 4BC5A 2E88A 4I9LA 2RKIA 3ALYA 4WQ5A 4BR9A 5SWMA 3IMXA 1RGIA 3E9OA 1K9MO 1LWCA 4KHUA 4CEFA 3CCJN 3GL1A 2O8BB 4BE7B 1NRBA 5AQNA 4E0DA 4CD1A 1HQEA 2HB5A 4UAFE 1JKHA 1I6GA 3ZT1A 2N2QA 1S9GA 3BF1A 2A7TA 3VQDA 4FL9A 4IFYA 4DB3A 4W5TA 4KO0A 1WB9A 1KSPA 2X6NA 4IG3A 4M3RA 4YOYA 4UADE 1NU0A 2PYJA 5FPEA 3NF7A 2Z1GA 3ZSQA 1XMOK 1SN4A 5AJ3K 3CCEN 3GG4A 4JI0K 3TANA 4CJPA 3AVAA 2YNGA 1NOZA 1NK0A 1BCOA 3VQCA 2CGKA 4DV6K 3BP8A 4JEPA 1U4BA 2A41A 4IBNA 4FJIA 1CN2A 5IWAK 4FJHA 2KTQA 4H5VA 4FLZA 5GAGP 2IC3A 4CZIA 1ASUA 3LL3A 4M41A 2FLOA 4M42A 2AJQA 3L2RA 3E1YA 4NLBA 3QEXA 3MXJA 1BDGA 3ZX3A 4CJWA 1XC3A 3SV3A 3I0SA 1QZ6A 5M1QA 4M7YA 3OBWA 4B1ZA 3ZT0A 4GW6A 1WWNA 3BF3A 4IDKA 1OMYA 1KAXA 2YCHA 4EIAA 3DXMB 1YXQA 4DV0K 3NH1A 4AAZA 3H6EA 1J5EK 2HHXA 5AQKA 2LSNA 1JL2A 1C0UA 4MFBA 4JN4A 2LJ7A 3L2QA 3E9PA 1S22A 4BQLA 4DG1A 4B1UB 3EY1A 4K0KK 1YJNN 3NF9A 2E8AA 4LH5A 1P8ZA 5FPDA 2NY9X 4CZEA 4FW2A 4FJLA 4XEIA 1UAXA 3A5NC 4CJSA 2Q97A 2YI1A 4B1VA 3PV8A 2IS3A 1BCMA 1EETA 5DK5A 1NJZA 3AA2A 3C7NB 4Z4GA 3CQYA 3D2FA 3CPEA 4DSLA 2D0AA 5KPTA 3VTHA 1NGGA 3ZLJA 3CCVN 3HT3A 1U2VB 4H5NA 2ZQBA 2KYQA 2P9UB 4K41A 4CZFA 4CJ5A 2G8HA 3WEEB 3KOYA 1L3TA 1CXQA 5B8HA 2HHTA 1S5JA 2GWJA 5EXWA 3AGRA 5HOOA 4J2DA 1LOTB 4CEBA 4FZYA 1YUWA 4FVMA 1T8EA 1T05A 1E4GT 5GIOA 2OZMA 1SAZA 3QFUA 1BMRA 3OYNA 3FFIA 3THWA 4KB0A 5BRFA 1KXPA 4DSIA 3E66A 3N4QA 1CHZA 1JKZA 4LSLA 2FBYA 3KZBA 4JK8A 5KTQA 1ATSA 2MZ0A 1RTJA 3C65A 2NRVA 1VQON 1XHXA 4WFNL 2HHWA 2ZJRL 1XNQK 5KK4A 4LFAK 4KI4A 4X62K 5AQYA 2GV9A 4DV1K 1NH5A 1MWKA 3P83D 4CIGA 4DR5K 1ILYA 3AVJA 2VY6A 4Q0BA 4WQ4A 3CFRA 1HJRA 4A2BA 1XI1A 4M3ZA 4I7FA 2QWNA 1UA1A 1I3AA 2CGLA 1TUYA 3DWLA 1JLGA 5CYQA 2DFEA 3PUFA 1MU2A 3AA4A 5F0XA 2LI7A 1OH5A 3LZJA 1MA9B 5JVHL 1Q18A 1OVYA 2WC9A 4X64K 3AO2A 1ZVGA 2B3CA 1S1UA 2F7TA 3CM6A 4FXDA 1ZBLA 4BRHA 1NK7A 1KFSA 4B1XB 2KSKA 2Y1IA 3T19A 1YVNA 3CXCM 1KVCA 4OVLA 4A2AA 2KQ2A 1HKCA 2RPIA 2HHIA 3QI7A 5AQQA 3OYAA 3K59A 3F5TA 1HX1A 2D56A 3LDSA 2G8UA 3TTDA 3VQAA 4BRGA 4Y0WA 2QA4N 2KKZA 4OJRA 3LP0A 5FRMA 1D9DA 1WNSA 1RT5A 2C1IA 3F73A 1LAWA 3D2EA 3GE1A 1ZXOA 4DR1K 3VQBA 3AVGA 1SKWA 5AQGA 2HW3A 3TAFA 4E7KA 3QERA 4JI8K 3EE8A 4Z0UA 1JCFA 3WQUA 4KPYA 1IBLK 4CEEA 1VSEA 3SJHA 3PIOL 3V4IA 1VSDA 3OA9A 1JLFA 1RBUA 1U45A 1Z6RA 4O4GA 2D0CA 4B1YB 2CGJA 2IIRA 3DM2A 3QBXA 3KLIA 3LP3A 5JMVA 3AARA 1IKWA 1QSYA 3IAYA 4M3WA 4FJGA 1KV0A 4LY7A 5M1FA 3DLEA 1NJYA 3T3FA 3K5OA 4A61A 4WQ5C 3U4LA 4J2EA 1BQNA 1VSJA 1R59O 3L2UA 1RTHA 4JKHA 3QEWA 3CJ7A 2LY6A 1P0AA 4L3QA 3ZSYA 3OYCA 2W6KA 5I42A 3AO3A 1HYZA 4EZ6A 4NCAA 2K35A 3O5BA 3P5JA 3B8AX 3SBGA 1W0HA 1WSJA 4JRQA 3D2FB 1WSEA 2EWSA 4E7IA 5J2PA 3KD1E 2ASPA 3QLHA 1B92A 3AGKA 2KHOA 1EX4A 2Z1HA 4XH4A 1XC9A 4BY9C 5HRPA 3ZT4A 3FZMA 5AQUA 1S1XA 4XJXA 5AZJA 3MN6A 3LDOA 3SJJA 2FSJA 3KLHA 2FSKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4H03 B;  4Z4F A;  2RE2 A;  3CF5 L;  1B9D A;  3OYG A;  4R79 A;  3TI0 A;  4FK4 A;  3ZSW A;  3DLL L;  1NPI A;  3R8E A;  5ADX H;  3MN5 A;  2LR3 A;  1U2V A;  4Q5V A;  4GMJ B;  4K42 A;  4QS7 A;  2P9U A;  1GLE G;  1KVA A;  3MEE A;  4B9M A;  3WEE A;  1VRT A;  3KLG A;  4DTJ A;  1A5W A;  2A40 A;  4O5F A;  3DLG A;  3VA3 A;  1ESV A;  4DQ8 A;  3PIP L;  2OPQ A;  4FOE A;  1IBM K;  1DEJ A;  3LAN A;  2HMP A;  4BRP A;  4B08 A;  4BE1 A;  4FLU A;  2IVN A;  3NFA A;  3CFO A;  4X66 K;  4PKG A;  4CZK A;  2QEX N;  1DLO A;  3KP1 A;  4BC5 A;  2E88 A;  4I9L A;  2RKI A;  3ALY A;  4WQ5 A;  4BR9 A;  5SWM A;  3IMX A;  1RGI A;  3E9O A;  1K9M O;  1LWC A;  4KHU A;  4CEF A;  3CCJ N;  3GL1 A;  2O8B B;  4BE7 B;  1NRB A;  5AQN A;  4E0D A;  4CD1 A;  1HQE A;  2HB5 A;  4UAF E;  1JKH A;  1I6G A;  3ZT1 A;  2N2Q A;  1S9G A;  3BF1 A;  2A7T A;  3VQD A;  4FL9 A;  4IFY A;  4DB3 A;  4W5T A;  4KO0 A;  1WB9 A;  1KSP A;  2X6N A;  4IG3 A;  4M3R A;  4YOY A;  4UAD E;  1NU0 A;  2PYJ A;  5FPE A;  3NF7 A;  2Z1G A;  3ZSQ A;  1XMO K;  1SN4 A;  5AJ3 K; 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