5F1XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with atp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
382
structure length
380
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 117
structure length 380
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f1xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f1xA04
4BR2A 1HX1A 1C0FA 4CBXA 2P9PB 4H0XB 4IJNA 4BRMA 1MWMA 3EL2A 1QZ5A 5AQJA 3VETA 2UYTA 3H46O 4MLEA 4H0YB 4BRCA 1HUXA 4BR4A 5AQYA 4DHYA 4WQ4C 2E2PA 2Q2RA 4B1UB 4DB3A 4CZKA 1ATNA 3SMPA 1GLBG 4BRNA 5AQXA 5AQNA 2BUPA 3ID8A 3QICA 3ATVA 5AQWA 2YHYA 5JLFA 3UKRA 1Q18A 3MN9A 4A2BA 4EFHA 3QFPA 2ZGZA 1BG3A 4FO0A 4PKIA 1ZXOA 3GG4A 4BRAA 3ULEB 1MWKA 3FFKB 3I8BA 1HKGA 1YXQA 3OHRA 4WQ4A 2P9SB 4BVOA 3UKUA 5I9EB 1U2VA 4K25A 3D2EA 4B1ZA 3TU5A 3VEVA 4B1WB 1XUPO 4MO5A 3RSEB 4BRQA 4CD1A 1QQOA 4CI6A 3EKUA 4C23A 1ATSA 3BEXA 4BRPA 1SAZA 2VCPA 3VEWA 2EWSA 2H3GX 1T6DA 4RCHA 3D2FB 1NBWA 2CGJA 2NLXA 2V51B 3ENHA 2A3ZA 5B8HA 4ISFA 4JHDA 2IVOA 2NZTA 2QWPA 4FWRA 4FOEA 5BPLA 1HKBA 3WXJA 1YAGA 5KPTA 1JCFA 1KXPA 2GTDA 1BOTO 4IXCA 1NGGA 3WEEA 3ZETB 3LM2A 2D0PA 4MLHA 4BC3A 3EZWA 3A5MC 3GDQA 4BVPA 1NGCA 3DXMA 2YCHA 4BR7A 5AFUA 4A61A 4CBWA 2F9WA 5JLHA 1RFQA 3EKSA 4YDUC 1TUYA 2E1ZA 2FSNA 1K8KA 5AZIB 4B1YB 4FOIA 1BA1A 2A40A 2CGLA 5KPZA 4FWQA 5AQFA 4BGAA 3S41A 3HSCA 5JMVA 1U6ZA 3LDNA 2FF3B 3I33A 3LL3A 2A41A 3VGLA 1KAXA 3HTVA 2QWNA 2QXLA 1GLCG 1QZ6A 5E26A 1TYQA 2E2QA 3ENOA 5ADXA 1ZBSA 3CJBA 4BRKA 3ZEUA 3FZHA 4H0PA 5AQPA 3AY9A 4RTFD 2ZWHA 5AQSA 2P9LB 5BRHA 4MO4A 4M7YA 2P9IA 4AM6A 2YJFA 5AQTA 3VENA 3U9DA 1CZAN 4CZFA 2KHOA 5FPMA 1GLLO 3H3OB 3SK3A 1YVNA 5AQLA 4CZJA 4KBOA 3VERA 3W3DA 4CZGA 1JCGA 1IJJA 5AQHA 3HZ6A 5TKYA 3AAPA 3SJHA 2V7ZA 2W41A 4FL9A 3FE1A 1J6ZA 3CJ7A 3EN9A 3FZKA 3VGMA 4L3QA 4ISEA 4QS8A 3WUHA 1EQYA 3DWLA 3FGUA 4XH4A 5CE3A 4H5WA 3D7EO 3HBTA 5BN9A 3O1WA 3GOIA 3WXKA 5KQDA 2I7PA 4BG8A 1LCUA 5ELZA 3WEEB 4BQZA 4A62A 3FLCO 2FSJA 2YI1A 4WQ5C 3ZX2A 3ATUA 5AZJB 4XH5A 5LY3A 1S3XA 3VF2A 4FSVA 1E4GT 4PL8A 3M3ZA 3LDQA 4JD2B 2AA4A 4A2AA 4BRFA 1Y64A 3DJCA 4IO8A 2A6AA 1TUUA 3H6EA 5AR0A 3CQXA 4GNIA 3QBWA 4I6MA 1NMDA 3P4IA 1NGJA 1V4SA 3GBTA 4WQ5A 3A8YA 4B1VA 2GUPA 2Q1NA 1HPMA 2E2OA 2P9NA 1GLFO 2P9KA 2P9UA 2Q97A 1NGFA 1HKCA 2E88A 4QS9A 2VYPA 1S22A 4QS7A 2NRHA 5KQ8A 3C7NA 3LDPA 1E4FT 3H1VX 3A0IX 4FWNA 1BWFO 1OKJA 5AQGA 1GLEG 4ISGA 2GWKA 1NGDA 4FPAA 4FWMA 3CJCA 2GEMA 2QWQA 4O8KA 3WT0A 3R9PA 4O5FA 3SLCA 3B8AX 1DEJA 3L0QA 3O1BA 3QMLA 4HTLA 4CZIA 5EOYA 2FSKA 4BC5A 3GL1A 3W0LA 3FZMA 2FXUA 3JS6A 1T44A 2BTFA 2IIRA 3LDOA 1BU6O 1JCEA 3DAWA 1Z05A 2P9PA 3LDLA 4M63C 2Q36A 2QM1A 2F9TA 2V52B 2PBDA 3M1FA 3VEXA 4CZEA 3KHYA 1MA9B 3M6GA 1NGEA 4J8FA 3WQUA 4CD3A 3SMSA 1DGKN 1BDGA 3AARA 5F0XA 3VEOA 4BQLA 2ZGYA 3BF1A 5LJVA 4RWTA 3A5NC 4FPBA 3HI0A 3CIPA 1GLJO 3VESA 4FWSA 4CZLA 3QDKA 4H0OA 4EIAA 4JNEA 4Y0WA 1BUPA 1V4TA 3CERA 3ULEA 4NB4A 3UKRB 3A5OC 1P8ZA 3O80A 5KPRA 3EO3A 2P9SA 2CH5A 2PAVA 3O6WA 4BRHA 4BC2A 4H03B 3DXKA 1MDUB 2ASOA 4XH1A 2YHXA 3RSEA 3O5BA 3IUCA 1QQMA 3UKUB 1U2VB 3O08A 4BREA 3D2EB 3IDHA 3U8XA 3F9MA 1GLDG 2GWJA 3MCPA 3U9ZA 3CJAA 3MN7A 2YJEA 5F2RA 2D0OA 3D2FA 3IFRA 3CHWA 5FPDA 1ESVA 5AQMA 3VF4A 2FF6A 3BP8A 4BROA 3MMVA 4JHDB 4XEIA 4IWVA 4FWLA 5FPEA 5JICA 3KVGA 3CJ9A 4GY2B 2HOEA 2D1KA 5BPMA 3ZETA 1YUWA 1HJOA 1T6CA 3BUZB 5AQIA 3VGKA 3ZX3A 1SZ2A 5FPNA 2A5XA 3FZLA 4HWIA 5EVZA 2Q0UA 3L4IA 3DXMB 4CJ7A 5AZIA 2VWBA 3KZBA 5AQRA 2DPNA 2YHWA 4EAHD 1X9JA 2GELA 3QFUA 1QQNA 3IMXA 1K8KB 4NO7A 3R6MA 4BR9A 1Z6RA 1NGHA 1NM1A 2QWRA 2HMPA 5BR9A 4BR5A 2A42A 1G99A 3BF3A 3WQTA 1C0GA 1BA0A 4LC9B 3U4LA 1KAYA 1TYQB 3FZFA 2P9LA 4FWOA 1HLUA 3MDQA 3ZEUB 4PL7A 3H1QA 4CZMA 1ZC6A 2FLOA 2P9IB 2ITMA 4FWPA 4K42A 2OANA 2ASPA 3GE1A 4BRGA 3VEYA 1BO5O 5BRDA 5E84A 4H5VA 2IVPA 4BRDA 3J8AA 5AFUH 4DQ8A 4H5RA 1ATRA 4EHTA 3FR0A 3WXLA 5AQKA 3DXKB 1H1VA 3TPQA 1WOQA 2V7YA 1SQKA 2AP1A 4BC4A 4BRIA 4H5NA 1XQSC 4H5TA 3G25A 4H0VB 3VPZA 2J4RA 3MK6A 3QBXA 2CH6A 1NGAA 4BG9A 5ADXH 4FWKA 2Q0RA 4E1JA 3HM8A 2QWMA 3UE5A 4B1XB 1WUAA 1NWKA 3VF6A 2E8AA 1X3MA 3H3NO 1NGBA 4CZHA 3ZX0A 4M7XA 4IZ9A 1XC3A 5EY4A 4AM7A 5AZJA 2QWLA 4H0TB 3L6QA 5BPNA 3O8MA 4PKGA 3CJ1A 3MN6A 3A5LC 4JD2A 3UB5A 1NLVA 5AQUA 2HF4A 5AQOA 4B9QA 3R8EA 5EX5A 1D4XA 5EXWA 5F1XA 4CBUA 4IJAA 4K43A 3O4WA 1RGIA 2E1YA 5BRFA 2D4WA 3C0BA 4I6MB 4PKHA 1IG8A 4JAXA 2ZF5O 5BREA 4Z94A 4YDUA 1KAZA 1R59O 2Q31A 4DCHA 2E2NA 2P9NB 5AQQA 2P9KB 2P9UB 4F9OA 3VEZA 3CI5A 5LJWA 2QWOA 3CQYA 4WYBA 4JN4A 2E20A 4BR0A 1LOTB 2ASMA 1X3NA 3C7NB 2HF3A 1RDWX 3VOVA 3H45C 3AAQA 4EHUA 2WUSA 2W40A 1DKGD 4K41A 3WXIA 4BRLA 3JXUA 2I7NA 2CGKA 1GLAG 2IVNA 4BGBA 5AQVA 3LM9A 3MN5A 1QHAA 1NGIA 3QB0A 5BN8A 2QW9A 5AQZA 3CETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OJSA 4IOCL 4DR6K 4KFBA 1I2VA 4F8RA 1C0UA 4CK3A 2NRTA 2O8CA 3HO1A 4KHWA 4NLBA 4GV6A 1QZ5A 2WTUA 3KC6A 3AO1A 5AQJA 3VETA 2O8EB 1N33K 1HUXA 4AEIA 4BR4A 3SJJA 3J80O 2OCEA 4DHYA 2BDPA 2E2PA 2A1RA 4YOVA 3SV3A 1ZBFA 4B1UB 4ELTA 4DB3A 1I94K 1TKXA 3BZCA 1LV5A 3SMPA 1M90O 4Z4FA 1KFSA 2KW4A 4Z4CA 5GIOA 3UKRA 1VHXA 3MN9A 3TABA 3KTQA 2HW3A 1VQ9N 1QSSA 1Q9YA 3GG4A 3I8BA 1L4VA 2VG5A 3OHRA 4E1MA 4O0IA 3MXMA 5I9EB 5JENA 4C8MA 4B1ZA 1XUPO 4MO5A 3RSEB 3ZSRA 1J9AA 3B6PA 3U3GA 4DV4K 2YNHA 3EKUA 4ELVA 1BMRA 4OLBA 2VCPA 3VEWA 3ALYA 4H4MA 2HBJA 5J2NA 3AVKA 4J2BA 4RCHA 2V51B 4FJ8A 4DF4A 3OYLA 3ENHA 2OYQA 1XWLA 1EWQA 4ISFA 2LY6A 2BH1A 2NZTA 4DQSA 4IFVA 1YTUA 1HKBA 3WXJA 3HM9A 2W00A 1YAGA 1JZAA 4OKEA 5KPTA 2BE2A 3AO3A 3WEEA 2HNZA 1VSLA 3GDQA 1JXEA 2ZE2A 3MEEA 3TSQA 4FJXA 4KB0A 5JLHA 1RFQA 3DLRA 3VTHA 3LAMA 4O8UA 1LW2A 1DTTA 3ZSWA 3S41A 1NK7A 3NH2A 3PIPL 4AQYK 2OPPA 5JMVA 3VQ5A 4F2SA 1KTQA 2KYQA 1QZ6A 5E26A 4OLAA 3I0SA 3ZEUA 3V6DA 1WB9A 4I7FA 3LPTA 2UXCK 3CM6A 5AQSA 2P9LB 5BRHA 5CZ1A 1K9MO 2VG7A 3PO4A 5K14A 2YJFA 1XMOK 5AQTA 3VENA 3U9DA 2G8VA 4G1QA 1NK0A 1FH3A 5C24A 4WFBL 1TV6A 4B3OA 5A2QO 5MLCQ 4DLGA 1YVNA 3ZSOA 4F3OA 2VGNA 4JKCA 2N66A 2NRZA 4ILHA 4AHRA 3DLLL 4UQGA 1JCGA 3NF7A 5HLFA 2OA8A 5KGXA 4CVNE 4BE1A 1O13A 3DRPA 1KFDA 3AAPA 4FL9A 2NRVA 3QIPA 3OS2A 2E2FA 3BY5A 4CEOA 4L3QA 1N6QA 2VWJA 2MZ0A 1EQYA 3O1WA 3J81O 5BN9A 4E7IA 1NOZA 3CPEA 3WXKA 2I7PA 4DTJA 1KLNA 3AVMA 2G8IA 1B9FA 2YIPA 4DSIA 3ATUA 4CF1A 4DR7K 5AZJB 4XH5A 1ZFUA 4CEZA 5LY3A 4RW4A 3BK3C 1I39A 4CJRA 4A2AA 3DI6A 4O55A 4CJQA 3DJCA 1TAQA 5C12A 1RILA 3AA4A 4DG1A 1IKWA 3G10A 3KWIA 4CJKA 3V81A 1BI4B 1V4SA 4FJJA 2E2OA 4CEDA 3O3GA 1NGFA 1GPTA 4CJLA 1ZVEA 1HKCA 1VSKA 3C6AA 4YHHK 2OTJN 2WONA 4LD0A 2VYPA 2O8DA 4EZ6A 2RKIA 2NRHA 4HUGA 4F4KA 4JYAK 4OO1J 2XRIA 1E4FT 3KOWA 1BWFO 1OKJA 5AQGA 4DUZK 4ISGA 3LWMA 1NGDA 3SZ2A 1L3UA 1JLQA 1TK5A 1SNBA 2KGQA 2O8FA 2QWQA 3MAQA 1SEGA 2O4GA 1HQEA 3B8AX 2KBJA 4CIFA 3AVGA 2FSKA 2RE2A 1WT7A 4BC5A 3FZMA 2BTFA 4OPJA 2IIRA 4CERA 3T1AA 1DJTA 4L8RB 2HVIA 4M63C 4HHFA 5C42A 2PBDA 1XI1A 4CF2A 1WNSA 3M6GA 3BDPA 4J8FA 3CCEN 2O8EA 1DGKN 1GOBA 1SS6A 1BDGA 4CGDA 3LANA 1ILYA 3CMEN 4JKFA 1BRZA 1IKYA 4CGHA 1HQUA 1GOAA 3VESA 3V1QA 3KIOA 4H0OA 2B4JA 4H4OA 4JNEA 3O4QA 4CGJA 4Y0WA 1U4BA 4BE2A 4JI6K 4PA1A 4IEIA 4KH5A 2LI7A 3OYHA 4UAEF 4RW6A 1S6QA 4BEBA 2CH5A 1F21A 4BRHA 3AVAA 3HPGA 4BC2A 4H03B 3DXKA 1MDUB 3RSEA 3FFIA 2ZJQL 4FJMA 3IUCA 2KFNA 4CEAA 3O08A 4BREA 1WBBA 3IDHA 3U8XA 3EY1A 1VQKN 4JV5K 3U9ZA 3HOTA 1EO1A 4JEPA 1ZYWA 2D0OA 3R3LA 5FPDA 1ESVA 3ASMA 3CYMA 5AQMA 1B9DA 3VF4A 2UU9K 1T3VA 4JI7K 3R2VA 3MMVA 4KV8A 1REVA 3QLHA 5JICA 4FK4A 2E6MA 1CZ9A 4CW7B 1JLEA 5AQIA 2YNIA 3OYGA 4LF5K 2A5XA 4A5AA 4HE7A 1VQ7N 1TL3A 4M3RA 3H08A 4IOXA 4PY5A 3DXMB 4CJ7A 2B68A 4CJFA 4O0JA 3KZBA 4AB0A 2YHWA 4NCAA 1X9JA 3QFUA 3SUOA 2HBMA 1K8KB 3K2PA 3QEIA 1KVCA 3R6MA 3O3HA 3TAFA 2P1JA 1TVRA 1KSPA 1NM1A 3WQTA 1C0GA 2QEXN 4BE7B 4KRFA 2P9LA 3NF9A 1QSYA 4PL7A 4YOYA 4KH6A 4KPYA 5HBMA 4DTMA 2P9IB 4K42A 4JK8A 3RMAA 2OANA 3AA5X 5FDLA 1TAUA 3HT3A 5TKWA 2HNYA 5HRNA 1AHOA 4LF8K 5BRDA 1NJWA 5J2PA 4BRDA 5AFUH 4EHTA 5C15A 3QERA 4CJWA 2YIOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OJS A;  4IOC L;  4DR6 K;  4KFB A;  1I2V A;  4F8R A;  1C0U A;  4CK3 A;  2NRT A;  2O8C A;  3HO1 A;  4KHW A;  4NLB A;  4GV6 A;  1QZ5 A;  2WTU A;  3KC6 A;  3AO1 A;  5AQJ A;  3VET A;  2O8E B;  1N33 K;  1HUX A;  4AEI A;  4BR4 A;  3SJJ A;  3J80 O;  2OCE A;  4DHY A;  2BDP A;  2E2P A;  2A1R A;  4YOV A;  3SV3 A;  1ZBF A;  4B1U B;  4ELT A;  4DB3 A;  1I94 K;  1TKX A;  3BZC A;  1LV5 A;  3SMP A;  1M90 O;  4Z4F A;  1KFS A;  2KW4 A;  4Z4C A;  5GIO A;  3UKR A;  1VHX A;  3MN9 A;  3TAB A;  3KTQ A;  2HW3 A;  1VQ9 N;  1QSS A;  1Q9Y A;  3GG4 A;  3I8B A;  1L4V A;  2VG5 A;  3OHR A;  4E1M A;  4O0I A;  3MXM A;  5I9E B;  5JEN A;  4C8M A;  4B1Z A;  1XUP O;  4MO5 A;  3RSE B;  3ZSR A;  1J9A A;  3B6P A;  3U3G A;  4DV4 K;  2YNH A;  3EKU A;  4ELV A;  1BMR A;  4OLB A;  2VCP A;  3VEW A;  3ALY A;  4H4M A;  2HBJ A;  5J2N A;  3AVK A;  4J2B A;  4RCH A;  2V51 B;  4FJ8 A;  4DF4 A;  3OYL A;  3ENH A;  2OYQ A;  1XWL A;  1EWQ A;  4ISF A;  2LY6 A;  2BH1 A;  2NZT A;  4DQS A;  4IFV A;  1YTU A;  1HKB A;  3WXJ A;  3HM9 A;  2W00 A;  1YAG A; 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