5F1XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with atp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
382
structure length
380
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 117
structure length 380
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f1xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f1xA04
2D1KA 3CI5A 2YHWA 4BC4A 1NGIA 4DQ8A 3DXKA 1NGBA 4KBOA 3VEWA 4MO5A 4BC5A 1GLDG 3F9MA 2QWOA 2ASPA 3FZLA 2A41A 1YXQA 3U9ZA 3O08A 2YJFA 1OKJA 2NRHA 3JXUA 4J8FA 1XC3A 2P9NA 4H5NA 1MWKA 3CIPA 4XH4A 4AM6A 4CBUA 3WQUA 4B1WB 3ATVA 2QXLA 3GE1A 4CZGA 2D0PA 2FLOA 4YDUA 1Z05A 4BRNA 4EHTA 3BEXA 3W3DA 4H0OA 3GBTA 4FWNA 5AQKA 4BG8A 4BVPA 4DB3A 3VOVA 5KPTA 3L6QA 3ZEUA 4A62A 4FOIA 1U2VA 2P9PA 5KPRA 1NGDA 3FR0A 2QWLA 3UKRB 3A5NC 3H1QA 3BF1A 3VF2A 3AARA 5ADXA 3CETA 4IJAA 1E4GT 3P4IA 3VEXA 3IDHA 3W0LA 1XUPO 2CGJA 3VESA 2FSKA 3C7NB 3BP8A 3UKUA 4CBXA 1NBWA 1Y64A 4FPAA 1K8KB 4IZ9A 2PBDA 1Z6RA 4QS8A 5AQIA 1GLAG 3QBWA 4K43A 2E88A 1JCGA 2HF3A 3HZ6A 4JD2B 1NGEA 3KHYA 1R59O 5B8HA 2OANA 1E4FT 3SJHA 2HF4A 4BR2A 4IXCA 1YUWA 3S41A 3VERA 5AZIA 4H0PA 5AQWA 4H0YB 4JHDA 4M7YA 3FZHA 1BWFO 5AZJA 3CERA 4PKIA 4QS9A 4NO7A 3H1VX 1NGJA 3HI0A 4B1YB 5FPEA 5AQNA 3MK6A 4K42A 1ZBSA 3M3ZA 3ZETA 5FPDA 3HSCA 2QM1A 3O6WA 4PL7A 4CD1A 1WUAA 4WQ4C 3U9DA 4NB4A 3M1FA 2P9SB 1S22A 4FWQA 4BROA 5BN9A 3D2EA 4BC2A 3ENHA 3CJCA 2EWSA 2ZGYA 3A5MC 1HX1A 4QS7A 1ATSA 3CQXA 4AM7A 4C23A 4CZMA 3EKSA 1V4SA 3LDNA 5FPMA 2A42A 3QB0A 4A2AA 3QFPA 4H03B 5BRDA 1X3MA 3HBTA 2CH6A 2P9IA 3VEYA 3H3OB 4BQLA 4I6MB 1QHAA 4HWIA 1IJJA 1BG3A 2FF3B 1GLJO 3WXLA 4DHYA 5LJWA 4BRFA 4H0XB 1ATNA 1NGAA 4FWSA 2P9UA 4H5VA 4HTLA 4B1VA 1QQNA 2E1YA 2ASMA 2P9KA 4M7XA 2D4WA 2VCPA 5AQXA 3WUHA 1LCUA 2ASOA 4XH1A 4BGBA 4XEIA 4FWOA 1GLFO 4EHUA 2NZTA 4CZIA 1MWMA 1JCFA 2F9WA 3FZFA 5AQHA 2QW9A 1X3NA 4CZEA 1BA0A 1GLCG 4JAXA 5EY4A 4IJNA 5KPZA 2KHOA 1NLVA 1ATRA 1BA1A 1P8ZA 3FGUA 4CBWA 3VEOA 4O8KA 4FWKA 1TYQA 2Q0RA 2A3ZA 3GG4A 3SMSA 2P9LA 3D2FA 4BRQA 1IG8A 1GLBG 2F9TA 2Q1NA 2VWBA 3ULEA 3CJBA 3CJ9A 4MO4A 2Q0UA 3O8MA 3CQYA 3QBXA 3J8AA 3SLCA 1KAZA 4WQ5A 4BRLA 5EVZA 4JD2A 2CGKA 5CE3A 4B1ZA 4YDUC 2V7YA 1NGHA 4BVOA 2E20A 4LC9B 1HPMA 5AQJA 4F9OA 1T6DA 3JS6A 3DXKB 4BRAA 2BTFA 3SK3A 3G25A 3D7EO 2QWQA 5AQQA 2IVOA 3DJCA 4BR5A 2W41A 2J4RA 4CI6A 5F0XA 4E1JA 2P9NB 3LDOA 1QZ5A 1HUXA 4M63C 4BREA 4BQZA 1EQYA 5EX5A 4BGAA 1CZAN 2CGLA 5JLFA 2Q31A 1BDGA 3VF4A 4BRKA 1KAXA 2E2NA 1ZXOA 3QICA 5AQZA 1G99A 3MCPA 3CJAA 1RGIA 4K25A 3WEEB 2ZGZA 4BRDA 4Z94A 3BUZB 2YHYA 3RSEA 4GNIA 5BRHA 1HKCA 3DWLA 3QDKA 2DPNA 2Q2RA 3ZEUB 3GDQA 3LDQA 3SMPA 1U2VB 2P9PB 3VETA 5E84A 3MN6A 4H5WA 1C0GA 4BRIA 2FXUA 3O1WA 1DKGD 1BO5O 4WQ4A 3CJ1A 1H1VA 3VGLA 1MDUB 3DXMA 5ADXH 1HLUA 4EIAA 5KQ8A 5E26A 4L3QA 2E2OA 1Q18A 4O5FA 4BRCA 3HTVA 4B1UB 3FLCO 3CHWA 2Q36A 2YJEA 1YAGA 5BRFA 4XH5A 3BF3A 2AP1A 1QQMA 1HKBA 5BPMA 2IVNA 1LOTB 3A5LC 3MN7A 2H3GX 3DAWA 4JHDB 5AZIB 3A0IX 3MN5A 2FSNA 2I7NA 2QWRA 4K41A 5AZJB 3LL3A 3LM9A 4RWTA 4A2BA 1X9JA 3EN9A 1SQKA 4ISEA 2Q97A 3I33A 1V4TA 3ID8A 5ELZA 4CZLA 5I9EB 3KVGA 3GOIA 3R8EA 3ZETB 2E1ZA 3O1BA 5AQOA 3TPQA 3H45C 3O80A 4FOEA 4BRHA 5EOYA 3R6MA 4BR9A 4CD3A 5KQDA 2GWJA 4FO0A 4FSVA 1YVNA 1NGFA 3LM2A 3HM8A 5BPLA 3D2EB 2V51B 3UKRA 4BR0A 5AQUA 4H5RA 3WXJA 3O5BA 4FWMA 3ZX3A 4ISFA 3ZX2A 2A5XA 3FZMA 1C0FA 2FSJA 5BR9A 4H0VB 1GLLO 3EZWA 1BOTO 5AFUH 3IUCA 5LY3A 5AQLA 3C7NA 4B1XB 4BC3A 5AR0A 2P9IB 5TKYA 5F2RA 1TUUA 1K8KA 3U4LA 3VPZA 2UYTA 2ZWHA 4IWVA 2GELA 3KZBA 3FFKB 2P9UB 4FWRA 2E8AA 4EAHD 5FPNA 1ZC6A 1NGCA 2P9KB 2VYPA 4BRPA 5EXWA 1HKGA 2NLXA 3WXIA 2QWPA 1BU6O 3WEEA 4EFHA 1DEJA 2W40A 4Y0WA 4CJ7A 4WQ5C 2D0OA 2PAVA 4ISGA 4MLEA 2GTDA 5LJVA 2IIRA 5AQGA 3H46O 4GY2B 2GWKA 3WXKA 3GL1A 1WOQA 4MLHA 1DGKN 4WYBA 4FWLA 3L0QA 1HJOA 1NGGA 2YCHA 4BR7A 2ZF5O 3VF6A 4H0TB 2P9SA 2V52B 1NWKA 3OHRA 5JMVA 1TYQB 3LDLA 3VGMA 3I8BA 3A5OC 1SAZA 3VEZA 4FL9A 2V7ZA 1GLEG 2FF6A 2P9LB 4JN4A 3D2FB 5F1XA 1NM1A 4CZJA 3H3NO 1QQOA 2A40A 3ULEB 2CH5A 1XQSC 1T6CA 3WQTA 2YI1A 1S3XA 3UB5A 2A6AA 4I6MA 3VENA 4CZKA 3H6EA 5BN8A 3CJ7A 3UE5A 3WT0A 2QWMA 4PL8A 4CZHA 5AQPA 2GUPA 1MA9B 3QFUA 3QMLA 5BPNA 3MDQA 3LDPA 1NMDA 3AY9A 3ZX0A 3A8YA 5AQRA 3UKUB 3U8XA 1SZ2A 1KAYA 3R9PA 4JNEA 3EL2A 4PKHA 1RFQA 5AQYA 3EO3A 4FPBA 3AAQA 1J6ZA 4CZFA 3M6GA 4H5TA 1T44A 3TU5A 3ATUA 3IMXA 1KXPA 2HMPA 3EKUA 5AFUA 4BR4A 3FZKA 3AAPA 3O4WA 2I7PA 3VEVA 2E2PA 2ITMA 4BRMA 2E2QA 3IFRA 5AQVA 1QZ6A 4PKGA 3RSEB 4A61A 1RDWX 5BREA 3MMVA 4IO8A 3VGKA 4RTFD 5JICA 1ESVA 3ENOA 2IVPA 3MN9A 3FE1A 4RCHA 1TUYA 4BG9A 2YHXA 4DCHA 2QWNA 4BRGA 3B8AX 4FWPA 2HOEA 3L4IA 5AQMA 1D4XA 3C0BA 5AQTA 1JCEA 2WUSA 2BUPA 1U6ZA 2AA4A 1BUPA 5JLHA 5AQFA 5AQSA 4B9QA 2GEMA 3DXMB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CK1A 2ATQA 1T7EA 4OVLA 1Q9YA 4DQ8A 1HNWK 1FW6A 3MEDA 4CHPA 4BC5A 3F9MA 3V81A 2ASPA 3FZLA 1LWEA 3Q7CA 1BISA 1NJIO 3U9ZA 4E7LA 4UY8O 4C1NI 3CYGA 5EU7A 2YNHA 2OYQA 4CJFA 3JXUA 1TVRA 4C8LA 4CJ5A 4C8OA 1VQ6N 4CJKA 5A2QO 2IC3A 3RR7A 3DRSA 3L3VA 3WQUA 4FXDA 4BE0A 4E7HA 3A2FA 4ICLA 3LWLA 4Z4IA 3WNGA 1W97L 4YDUA 1UAXA 2KFNA 4E1MA 3AO1A 3BEXA 2BH1A 4X65K 3GBTA 4FWNA 3LANA 4BG8A 4B3RK 3C6TA 5TKWA 4BVPA 4BWJA 4DB3A 4ZTFA 5KPTA 3L6QA 3M8RA 4CHYA 4CJSA 1U2VA 2LSNA 4CF0A 4DQIA 4QCLA 3A5NC 3H1QA 4GVMA 4W5OA 1RNHA 1S9GA 4K8ZA 3K5NA 4IJAA 2VG7A 1TL3A 1RILA 3ZSZA 3C7NB 3BP8A 3UKUA 4JI2K 4CBXA 2W00A 1NBWA 4FPAA 2PYLA 4KH5A 4IZ9A 1YITN 4Z4HA 3GKUA 3K59A 2P51A 5JS2A 2PBDA 1YI2N 3E9PA 3KOYA 5AQIA 1GLAG 2HBLA 1D9DA 4FK4A 1WBBA 3HZ6A 1R59O 5B8HA 2OANA 5HROA 2HF4A 4Z4CA 1RBVA 3P1GA 4PUOA 1BWFO 4NYNA 3WNHA 3PX0A 4HCCA 4B9VA 2LJ7A 5JENA 3V1QA 3MK6A 1ZBSA 3M3ZA 4EP5A 3PLAA 1A5VA 1UA0A 2GMOA 1ZBFA 4CD1A 4CGFA 2P9SB 2UXBK 5BN9A 3CJCA 2EWSA 2YKMA 5CZ2A 3QNNA 4Z4GA 1BQMA 1ATSA 1BCOA 3V6DA 1NK8A 1I6GA 4C23A 1V4SA 3LDNA 5FPMA 3VQAA 4A2AA 3K5MA 1FXXA 3CCJN 3CQ8A 4Z0UA 1RT5A 1U04A 2P9IA 1FK9A 4I6MB 1QHAA 1B92A 1M90O 1J5OA 4BDPA 5LJWA 5JVGL 1R0AA 3CCMN 4H5VA 3LPTA 2E1YA 4KH4A 2ASMA 3E7UX 2P9KA 3WUHA 1J53A 3KKRA 2ASOA 4CEFA 1J54A 4FWOA 3C6HA 1HRHA 4KTZA 1Q81O 1WSHA 4CZIA 4B9NA 2F9WA 5AQHA 2QW9A 1BIUA 5GINA 1BA0A 1YTUA 1I94K 3J80O 2F96A 5KPZA 3S5TA 3CC7N 4CBWA 3FGUA 4YHHK 3QERA 4O8KA 2HNZA 4ILJA 2Q0RA 3GG4A 2VQEK 3NH0A 4Y1DA 5LMUK 1OH6A 1ZBHA 3SNNA 1GLBG 2NNWA 4H8KA 2Q1NA 2G8WA 3ULEA 1RT7A 4FZXC 2GV9A 3I0RA 2LT8A 3CQYA 4JKGB 3SI6A 2HBMA 4NCAA 1B3CA 4JRQA 4CK2A 3OYNA 2YNFA 4CK3A 4BVOA 2E20A 5JS1A 2ZQBA 4F9OA 3SK3A 1DLOA 3ZT4A 2QWQA 1RBSA 4BR5A 4KREA 4DMNA 4CIGA 1MYNA 2E3GA 3V9UA 3MEGA 3DMJA 4K0KK 4H4OA 4U7BA 4FLTA 3NAEA 1CZAN 5JLFA 2Q31A 1BDGA 1TL1A 3KP0A 3MECA 4W5TA 2VGNA 3C94A 4DSFA 3IRXA 3CJAA 3MCPA 3RSEA 2XRIA 1DJTA 3CPWM 4GNIA 3CMEN 1QSSA 1ZVGA 4WCEL 3JSMA 4HUGA 3HO1A 3B6OA 1Q9XA 4DQPA 1NG9A 3S3NA 3DLHA 2FXUA 2OPRA 3OYMA 1LQHA 1DKGD 1BO5O 4GKJK 4IG0A 1REVA 4DFKA 1WMTA 2O8EA 3DXMA 5DMRA 3NGYA 1K8AO 4CERA 1NRBA 5KQ8A 2W6KA 2KPYA 2E2OA 3WNFA 3LAKA 4O5FA 4N76A 1JKZA 4B1UB 3THYB 4JKBA 3CHWA 2YJEA 3C6AA 5DM7L 5DK5A 5J2MA 3BF3A 3I0SA 4DTPA 3O3GA 1P90A 2P5GA 2IVNA 1LOTB 1VK0A 1O13A 4JHDB 2I7NA 5AZJB 1IKWA 1JLBA 1JLFA 3LP1A 4DF8A 3KD1E 1SQKA 3I33A 3NMUA 1JL2A 4DSLA 3ZETB 2E1ZA 3KWIA 1S6QA 4LFCK 3K2PA 3H45C 1NNEA 2RKIA 1NK5A 5KK4A 2YHBA 4FO0A 2G8UA 1YVNA 2YEOA 3SF4D 3LM2A 4DV7K 3UKRA 3KHWA 4YOXA 1LW2A 4FWMA 3K9KA 3ZX3A 4BDYA 3KD5E 3ZX2A 2A5XA 5BR9A 4BECA 5M1NA 1YVUA 2ZE2A 3PIPL 5HRNA 5AR0A 3MXJA 4IEEA 5F2RA 3QESA 4CFCA 3VPZA 1Y97A 2UYTA 3OVNA 2ZJPL 2LY6A 4AHUA 1IKYA 4KTWA 1RT1A 3T69A 4F4KA 4JS4A 3AA3A 2FBYA 4DLGA 3LP0A 4BDZA 2YBRC 1JLQA 1DEJA 4EFHA 5M1FA 1NJZA 4CJ7A 3QEWA 4FM2A 3SBTA 4WQ5C 1BQNA 2MBKA 3ZSWA 1WOQA 1A5XA 4MLHA 1DGKN 4WYBA 4FWLA 1HJOA 1NGGA 1XWLA 2HBKA 2ZF5O 4H0TB 2KYQA 3IG1A 1C0UA 3OHRA 1LAVA 3LDLA 3VGMA 4FJKA 3TAGA 1NK7A 3I8BA 4E0DA 3TSQA 1SAZA 4CVNE 3KLEA 3TARA 3OJUA 2P9LB 4W5RA 2KSKA 1B7DA 3BK3C 4DTOA 2A40A 1XQSC 4FVUA 1S1TA 2F8TA 4QOZB 1EWRA 3OYEA 1N36K 3ZT2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CK1 A;  2ATQ A;  1T7E A;  4OVL A;  1Q9Y A;  4DQ8 A;  1HNW K;  1FW6 A;  3MED A;  4CHP A;  4BC5 A;  3F9M A;  3V81 A;  2ASP A;  3FZL A;  1LWE A;  3Q7C A;  1BIS A;  1NJI O;  3U9Z A;  4E7L A;  4UY8 O;  4C1N I;  3CYG A;  5EU7 A;  2YNH A;  2OYQ A;  4CJF A;  3JXU A;  1TVR A;  4C8L A;  4CJ5 A;  4C8O A;  1VQ6 N;  4CJK A;  5A2Q O;  2IC3 A;  3RR7 A;  3DRS A;  3L3V A;  3WQU A;  4FXD A;  4BE0 A;  4E7H A;  3A2F A;  4ICL A;  3LWL A;  4Z4I A;  3WNG A;  1W97 L;  4YDU A;  1UAX A;  2KFN A;  4E1M A;  3AO1 A;  3BEX A;  2BH1 A;  4X65 K;  3GBT A;  4FWN A;  3LAN A;  4BG8 A;  4B3R K;  3C6T A;  5TKW A;  4BVP A;  4BWJ A;  4DB3 A;  4ZTF A;  5KPT A;  3L6Q A;  3M8R A;  4CHY A;  4CJS A;  1U2V A;  2LSN A;  4CF0 A;  4DQI A;  4QCL A;  3A5N C;  3H1Q A;  4GVM A;  4W5O A;  1RNH A;  1S9G A;  4K8Z A;  3K5N A;  4IJA A;  2VG7 A;  1TL3 A;  1RIL A;  3ZSZ A;  3C7N B;  3BP8 A;  3UKU A;  4JI2 K;  4CBX A;  2W00 A;  1NBW A;  4FPA A;  2PYL A;  4KH5 A;  4IZ9 A;  1YIT N;  4Z4H A;  3GKU A;  3K59 A;  2P51 A;  5JS2 A;  2PBD A;  1YI2 N;  3E9P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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