5F1XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with atp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
382
structure length
380
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 117
structure length 380
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f1xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f1xA04
4WYBA 4ISFA 3GL1A 2I7PA 2E88A 2FLOA 4AM7A 5AZJA 2P9UB 1GLCG 4JAXA 5CE3A 3W3DA 1KAXA 4O5FA 3FZHA 3O8MA 1Z05A 1X3MA 1ZBSA 1K8KB 5ELZA 3U9DA 3SMSA 3HI0A 1NGGA 2FSKA 4CJ7A 5B8HA 5AQFA 1HKCA 3ZETB 4KBOA 5EOYA 5KPRA 3WQTA 2QWRA 3MDQA 3QDKA 4M63C 4BQZA 1NGIA 2E2OA 1HX1A 5LY3A 3CQXA 3VF2A 2P9SA 4A2BA 2IVOA 3CETA 3WEEA 4EIAA 4MO5A 4H0XB 3AAQA 4CI6A 3VEVA 2A6AA 3O08A 4H0VB 5AQPA 4K25A 3JXUA 4H5VA 4NB4A 4YDUA 2YJEA 1X9JA 4BR4A 5AFUA 3O4WA 4PKIA 1RGIA 4IO8A 3MN9A 3VGKA 4B1VA 3ZX0A 1NGFA 3A0IX 3O5BA 1EQYA 3TU5A 4I6MA 3ZEUB 4BVOA 4JNEA 3CJAA 4BG9A 5AQTA 4IJAA 5F1XA 2CGKA 5BRFA 1NMDA 4CZKA 2D4WA 1SZ2A 3HZ6A 5AFUH 1Y64A 2QXLA 4FWNA 2Q0UA 3W0LA 3ZX3A 4BG8A 3DAWA 3CJCA 2FSJA 3HBTA 1ZXOA 5TKYA 3VERA 3ATVA 4BRDA 3WXJA 2A42A 3CIPA 1T44A 3UKUA 3AY9A 4CD3A 2PBDA 4BQLA 2BUPA 4ISGA 2Q0RA 2CH6A 2HF4A 1HKBA 3DWLA 4H5TA 3R6MA 1D4XA 2W41A 2Q1NA 3B8AX 4K42A 3RSEB 5EXWA 1E4GT 1NLVA 3BP8A 3P4IA 3CJ7A 2P9IA 4BRMA 1HJOA 1GLFO 3VEZA 3QICA 5BPMA 2A40A 1NM1A 3VOVA 1QQMA 3G25A 2ZF5O 3DXMB 3FZLA 4BRAA 1BG3A 2GUPA 3VEXA 3EN9A 4WQ4A 3WT0A 5AQRA 2IVPA 3MK6A 2P9LB 2QWQA 1LOTB 1MDUB 4QS7A 1TUYA 1WOQA 4IJNA 5BPNA 2IVNA 1BU6O 1IJJA 2UYTA 3DXKB 1XQSC 3O6WA 5KPTA 4K41A 4FL9A 3KVGA 4JD2B 3SLCA 5KQDA 3EKSA 1E4FT 2A3ZA 3FFKB 3H45C 3LDLA 2ASMA 4K43A 5E26A 2FXUA 3D2FB 4AM6A 1BA0A 4LC9B 1TUUA 2D0OA 4Y0WA 3F9MA 4FWLA 3A8YA 4B1XB 4EHTA 3VF4A 3A5OC 3D2EB 3MCPA 3EKUA 3SK3A 3U8XA 4DHYA 1XUPO 1U6ZA 4H5WA 3BUZB 1Q18A 1GLLO 2P9PA 3MMVA 5AZIA 1MA9B 2VWBA 1J6ZA 3I8BA 4BC2A 4NO7A 2FSNA 4FPBA 2V51B 1GLBG 2P9NA 4BR9A 1R59O 2EWSA 1QQOA 4BR0A 5AQQA 4FO0A 3WXKA 3FGUA 2P9SB 3CJ9A 1MWKA 4FPAA 1T6DA 4BRKA 3A5LC 3LM2A 1U2VB 2E20A 4IZ9A 3EO3A 3KZBA 1XC3A 2Q31A 4DCHA 5F2RA 4BGBA 2Q36A 3R9PA 4MLHA 5JMVA 2GELA 4WQ5C 4FWOA 1C0GA 4H0TB 5EVZA 2QM1A 4FWKA 2NZTA 3H3NO 2VYPA 4A61A 4GY2B 5KPZA 3I33A 4PKGA 2YJFA 3SMPA 5AQSA 2QWOA 4BRCA 2FF6A 4FWSA 4RWTA 3ID8A 4BRQA 4I6MB 2E1ZA 1DGKN 1WUAA 1YVNA 2YHXA 3QBXA 2I7NA 5AQKA 3QFPA 3GE1A 4IXCA 4BROA 3D7EO 3J8AA 5JICA 4HWIA 1ATSA 1GLDG 3MN5A 5AQGA 3QMLA 4PL8A 1MWMA 3CJBA 2GTDA 2YHYA 3BF3A 4M7XA 1BOTO 4XH4A 4BRHA 4CZIA 3UKUB 3QBWA 4A2AA 4CBUA 4B1ZA 3CI5A 1YUWA 2QWNA 3CQYA 1DKGD 4B9QA 4J8FA 3C7NA 3R8EA 3L4IA 5KQ8A 1JCEA 4JHDA 1ZC6A 4B1YB 1X3NA 2VCPA 1KAZA 2E8AA 1BWFO 2P9IB 3FE1A 2AA4A 3MN7A 5AQWA 1HUXA 2ITMA 2HOEA 3L0QA 3RSEA 3FZKA 3O1BA 3ULEA 1BO5O 4BRFA 3BEXA 2CGJA 3U4LA 5AQYA 4M7YA 1NGDA 3VEYA 5BN8A 3UKRA 1NGJA 4BVPA 2OANA 3H6EA 5I9EB 5AQOA 1TYQB 3GOIA 4B1UB 3VEOA 4CBXA 4RTFD 4CBWA 4XH5A 5ADXA 2P9KA 4CZLA 3QB0A 3LDPA 2FF3B 1NGAA 1YAGA 4CZEA 1NGHA 2QW9A 3U9ZA 3WXLA 4QS8A 2CH5A 2ZWHA 1GLJO 5FPMA 2ZGZA 4BRLA 1Z6RA 2H3GX 4PKHA 5AQZA 2YHWA 1QQNA 5AZJB 2HF3A 4BRPA 1C0FA 3LDQA 1HPMA 3VPZA 3H1QA 1NGCA 2E2NA 3HTVA 4IWVA 4BR5A 2ZGYA 3WXIA 4BC4A 4GNIA 4FWPA 3TPQA 5AQXA 1JCFA 4XH1A 4QS9A 4BGAA 5AR0A 4E1JA 2P9UA 5ADXH 2QWMA 5BN9A 5AQUA 3WUHA 5BRHA 1YXQA 2AP1A 1LCUA 1K8KA 2P9PB 3D2EA 2ASOA 5AZIB 2V7YA 2GEMA 3IFRA 2QWLA 4JN4A 3C0BA 3LM9A 4L3QA 3ZETA 3H46O 4A62A 5AQVA 4EFHA 2F9WA 2P9NB 3UB5A 3EZWA 3WEEB 3VEWA 4DB3A 2YCHA 3M6GA 1RDWX 1HKGA 4Z94A 4FWMA 1RFQA 2WUSA 3VF6A 3ATUA 3FR0A 5AQIA 1DEJA 2D1KA 1P8ZA 1CZAN 1ESVA 2E2QA 4WQ5A 4H0PA 1OKJA 3VGLA 4DQ8A 4CD1A 2E1YA 1U2VA 3WQUA 5FPEA 2GWJA 4CZGA 2IIRA 5AQJA 3CJ1A 4CZFA 2GWKA 1ATRA 3O1WA 3O80A 1BUPA 4YDUC 5BRDA 2V52B 1KAYA 1KXPA 3ENOA 3LL3A 2KHOA 1NBWA 3A5MC 3M1FA 1SAZA 3VGMA 2A41A 3CERA 3ZEUA 5FPDA 3MN6A 2E2PA 1IG8A 4BC3A 5AQNA 3L6QA 3S41A 3FZFA 3GG4A 4BRIA 2D0PA 5BR9A 2F9TA 3VENA 3IUCA 3H1VX 3DJCA 3HM8A 5EY4A 1QZ6A 1S22A 3ZX2A 4H5RA 2Q2RA 4FWRA 4FWQA 4BR2A 4CZHA 4RCHA 4H03B 4C23A 3A5NC 3EL2A 3UE5A 5E84A 3IDHA 2HMPA 3CHWA 3QFUA 3KHYA 2W40A 1HLUA 1V4TA 3AAPA 1G99A 3M3ZA 2CGLA 4HTLA 5JLHA 5EX5A 3SJHA 4PL7A 3C7NB 4EHUA 1BA1A 5JLFA 4JHDB 4MLEA 5AQLA 1V4SA 1NWKA 2V7ZA 2Q97A 3AARA 3GBTA 1NGBA 2YI1A 3VETA 4BREA 4CZMA 3ENHA 1S3XA 1ATNA 4XEIA 4FSVA 3DXMA 5FPNA 3ULEB 4H0YB 3LDOA 5F0XA 4BRGA 4BR7A 4CZJA 4F9OA 3LDNA 4B1WB 2P9LA 4EAHD 5AQHA 1H1VA 2NLXA 4BRNA 2ASPA 5LJVA 3UKRB 1GLAG 4WQ4C 4BC5A 3JS6A 3DXKA 2DPNA 1NGEA 1GLEG 3GDQA 2NRHA 4FOIA 5BPLA 3HSCA 3H3OB 4H5NA 1QZ5A 3BF1A 2P9KB 2BTFA 4JD2A 1SQKA 3VESA 2J4RA 5AQMA 1JCGA 3OHRA 1BDGA 1TYQA 2QWPA 3FZMA 1QHAA 3IMXA 4ISEA 1T6CA 4H0OA 3D2FA 3FLCO 5LJWA 4MO4A 2A5XA 4FOEA 4O8KA 5BREA 2PAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ISFA 4FXDA 4M41A 2E88A 4KHYA 2IGIA 3TR8A 5AZJA 1KFSA 2XY5A 4JAXA 1ZU3A 5T7BA 2HMIA 4JI5K 2FBXA 1J9AA 1ZBSA 4CCHA 4DR7K 5ELZA 3U9DA 3SMSA 4Z0UA 4C1NK 4I2PA 4ILHA 3OS2A 2HSTA 4MDAA 1C55A 4Z4IA 1ZBFA 3L3VA 2IOCA 4M63C 4PY5A 1S1WA 5LY3A 5CR4A 4FLUA 3T1YK 2BE2A 3B6PA 3CETA 1Q81O 4B9SA 1TK5A 2W6LA 3P1GA 3VEVA 2A6AA 1RT1A 3JXUA 4CERA 4KRFA 3KOZA 1RGIA 3DI6A 1HYSA 1M1KO 3A0IX 3O5BA 1JKHA 1J54A 3TU5A 1GOAA 5I3UA 5KRSA 4CEOA 5AQTA 1I94K 5JS1A 2N66A 3D45A 2VG5A 1X1PA 2RPIA 4CZKA 1O1WA 1SZ2A 3HZ6A 4W5TA 1VSEA 4GVMA 1FK9A 2BH1A 4FWNA 1D8YA 3CJCA 2KJAA 5GINA 3VERA 1TL3A 1C0TA 3IKMA 1WWNA 4MFBA 4CEBA 4F8RA 4YOXA 1SNBA 3KD1E 1L4VA 3TWHA 4BDYA 3OYKA 4WFAL 3AVHA 1NRAA 1T7EA 4K42A 1T7BA 3BP8A 3O4NA 3KTQA 5LMUK 3OBYA 3VEZA 5KGWA 1J5OA 1SV5A 2VGNA 4QOZB 1NM1A 1QQMA 5EU7A 3DXMB 3U3YA 4FM2A 1YJWN 2GUPA 3VEXA 3EN9A 4FJ7A 5J1EA 1NOZA 4NCBA 3QNNA 1N33K 2QWQA 4QS7A 3E01A 4UAEF 1YF5L 4DV1K 3DXKB 2UYTA 1CN2A 1XQSC 2F4VK 2HB5A 1BK8A 1Q8IA 1VSJA 1VQON 4JD2B 4Q0BA 5KQDA 3EKSA 2A3ZA 3FFKB 3HL8A 1WMTA 4CEQA 2KQ2A 3QEXA 3AVFA 2FXUA 4CFDA 3CCEN 3CF5L 3NF7A 2FBVA 4LY7A 4W5OA 4CJKA 3SJJA 4M3ZA 1KVBA 3CW4A 3D2EB 1WSFA 4B8CA 3EKUA 5KTQA 4DHYA 2UXBK 1JZBA 4LD0A 1Q18A 3K5NA 1RT2A 2P9PA 3VTHA 1MA9B 3ZT2A 1QSLA 3OA9A 1TK0A 4BC2A 2PFUA 5DM7L 4DSIA 2FSNA 3D6RA 2V51B 2P9NA 3WNFA 1R59O 4BR0A 2JWKA 3OYGA 4DTXA 3ZSZA 1RTJA 4DTJA 3G71N 4KKOA 4DCHA 2KGQA 4BGBA 3OYNA 5FRMA 3E1YA 4MLHA 5HOOA 2X78A 4CF0A 1C0GA 1Q82O 3V6DA 4BWMA 3K2PA 2YHBA 4A61A 1Z26A 5KPZA 4N5SA 3I33A 5AQSA 3QEPA 4GW6A 1LQQA 2QWOA 1JLCA 2FF6A 3KOWA 4BRQA 3TAFA 3SQ0A 4GKJK 1T05A 4CJTA 1NKEA 4FJXA 1WUAA 1YVNA 2YNIA 3NF8A 2I7NA 1VAZA 3QFPA 2JDQD 5HRPA 4BROA 4OPJA 4K8XA 3OYFA 4CGHA 1GLDG 1ZBUA 2KSKA 4PL8A 3QNOA 3CJBA 3HOSA 5J2MA 1OZZA 3BF3A 1BOTO 2EX3A 2GX9A 4CZIA 3KLFA 3AO4A 3K59A 3MXIA 3QBWA 4CEDA 4CBUA 2X74A 1ASWA 3TAQA 3OYLA 2D56A 3S3OA 1DKGD 4X64K 3C7NA 3R8EA 4XJXA 3L4IA 4CF2A 5KQ8A 1JCEA 4FLVA 4JHDA 3HP9A 1VQPN 2KTQA 4JK8A 3JAMO 4DSJA 2GV9A 2P9IB 2AA4A 4FW2A 4CJ4A 5M1NA 2O8BB 2HOEA 3LP1A 2D0BA 3RSEA 4JI8K 1YVUA 1N4NA 4DV2K 1BO5O 1FKPA 3ZSWA 3OVNA 2CGJA 3QETA 2VG7A 1BI4A 5AQYA 3WNGA 5BN8A 3HK2A 4M3RA 3HSTB 2A1RA 4LF7K 2YKMA 3KOYA 5GIPA 3OYCA 5GIOA 3PX6A 1DTQA 4CBWA 2A7TA 4CZLA 1YIJN 4FJJA 4JLHA 5HL7L 4DWIA 3QIOA 5KGXA 4JEPA 3WXLA 1VQMN 3BK3C 4QS8A 2CH5A 2ZWHA 5FPMA 2ZGZA 3MWTA 2OZSA 2KPYA 4M45A 4PQUA 2YHWA 1QQNA 5AZJB 4A57A 1VQ7N 1AYJA 1KV0A 5LMNK 3WXIA 4FWPA 3HM9A 1JCFA 1P00A 4QS9A 4E1JA 5AR0A 2RN2A 2X6SA 5ADXH 3IAYA 2QWMA 4YY3K 3E9PA 1VNAA 3ZSRA 1UA0A 1D5AA 3QLHA 3VQ5A 3V9SA 3LAKA 1XNQK 3SQ4A 3SQ2A 3O3HA 2E4LA 5AZIB 4CJWA 3DOLA 4E1MA 3M8SA 2Z1JA 2OCEA 4B9LA 1IG9A 4A62A 4FW1A 5FRNA 4EFHA 3HXMA 2OPSA 3L3UA 1RBUA 1NKCA 2WUSA 1P8ZA 1CZAN 1ESVA 4KV8A 3P39A 1RT4A 1X9SA 1B3CA 4FJHA 4CD1A 3WQUA 1QTMA 1J53A 2YNGA 4CZGA 1U45A 1NRBA 3NGYA 4C8KA 3CMEN 1S1UA 2V52B 1KXPA 1X9MA 1BIZA 4KTQA 1KLNA 3LL3A 1D9DA 3M1FA 3VGMA 3CERA 2YC1C 3ZSXA 4OX9K 4OLAA 5CZ2A 2P51A 4R79A 3FZFA 4NYFA 3F5TA 3IUCA 3DJCA 3HM8A 3SF4D 5EY4A 1A5VA 4OKEA 3KLEA 3TARA 4KHSA 1HRHA 4FWQA 4BE1A 1C56A 5J2NA 1NE5A 1R0AA 2B6AA 4FVMA 4JKDA 5E84A 4CEEA 5E41A 4DTMA 1S1VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ISF A;  4FXD A;  4M41 A;  2E88 A;  4KHY A;  2IGI A;  3TR8 A;  5AZJ A;  1KFS A;  2XY5 A;  4JAX A;  1ZU3 A;  5T7B A;  2HMI A;  4JI5 K;  2FBX A;  1J9A A;  1ZBS A;  4CCH A;  4DR7 K;  5ELZ A;  3U9D A;  3SMS A;  4Z0U A;  4C1N K;  4I2P A;  4ILH A;  3OS2 A;  2HST A;  4MDA A;  1C55 A;  4Z4I A;  1ZBF A;  3L3V A;  2IOC A;  4M63 C;  4PY5 A;  1S1W A;  5LY3 A;  5CR4 A;  4FLU A;  3T1Y K;  2BE2 A;  3B6P A;  3CET A;  1Q81 O;  4B9S A;  1TK5 A;  2W6L A;  3P1G A;  3VEV A;  2A6A A;  1RT1 A;  3JXU A;  4CER A;  4KRF A;  3KOZ A;  1RGI A;  3DI6 A;  1HYS A;  1M1K O;  3A0I X;  3O5B A;  1JKH A;  1J54 A;  3TU5 A;  1GOA A;  5I3U A;  5KRS A;  4CEO A;  5AQT A;  1I94 K;  5JS1 A;  2N66 A;  3D45 A;  2VG5 A;  1X1P A;  2RPI A;  4CZK A;  1O1W A;  1SZ2 A;  3HZ6 A;  4W5T A;  1VSE A;  4GVM A;  1FK9 A;  2BH1 A;  4FWN A;  1D8Y A;  3CJC A;  2KJA A;  5GIN A;  3VER A;  1TL3 A;  1C0T A;  3IKM A;  1WWN A;  4MFB A;  4CEB A;  4F8R A;  4YOX A;  1SNB A;  3KD1 E;  1L4V A;  3TWH A;  4BDY A;  3OYK A;  4WFA L;  3AVH A;  1NRA A;  1T7E A;  4K42 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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