5F2RA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amp-pcp
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
VGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 121
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-12-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f2rA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f2rA04
1YXQA 4A62A 4WQ5A 4FPAA 1S22A 1T44A 1HPMA 3GDQA 1T6CA 5TKYA 3WT0A 3A5MC 4H5VA 3WXLA 3AAPA 4BRKA 5AQIA 3EN9A 3GOIA 3WQTA 5JLFA 3CHWA 3GBTA 1NGBA 4CZIA 3WEEA 4EAHD 2FXUA 2P9IA 1KXPA 3LDLA 1BO5O 4BC3A 4F9OA 1NGDA 3M1FA 3QICA 4XH5A 1TUUA 4H0XB 4BRIA 2CGJA 2GWKA 4B1WB 2P9NB 3L6QA 3UE5A 3VERA 2Q36A 1TYQA 5CE3A 2CH6A 2GTDA 4NB4A 3RSEA 1NGIA 2V52B 4H0TB 3KVGA 3QFPA 1U6ZA 1ZC6A 1IJJA 1ESVA 4BR0A 3GL1A 2NRHA 4BRAA 5JICA 3AY9A 4WQ4A 3FZLA 3M6GA 3ULEA 3VEOA 3MN9A 3UB5A 5AQUA 3MN5A 3QBWA 4FL9A 3O6WA 3VOVA 4JN4A 4QS8A 1LCUA 2P9PB 3BF1A 1QZ5A 2A40A 2CH5A 4FSVA 3MCPA 1U2VB 3CQXA 3P4IA 4ISGA 4BC5A 2UYTA 2NLXA 4ISFA 5FPDA 2BTFA 1MWMA 5AR0A 3IMXA 5E26A 4HTLA 1GLAG 3VEVA 3S41A 3SMSA 4E1JA 4BC4A 3VPZA 3MN6A 4QS7A 3L4IA 2E2PA 3WEEB 3A5OC 1BU6O 2P9IB 4AM6A 3CIPA 1EQYA 1ATNA 2ASPA 3C0BA 3BUZB 2P9SA 2E2NA 4K43A 5F1XA 4BRLA 5AQRA 2A42A 2DPNA 4ISEA 4FO0A 5KQ8A 5FPEA 4BRQA 4CBXA 3QDKA 4BRDA 4DHYA 1TYQB 3UKUA 4BC2A 3FLCO 3LDPA 3RSEB 4FWLA 3WQUA 4CZMA 1J6ZA 2PBDA 3LM9A 3H3OB 4H5NA 3R8EA 2E88A 1NGGA 2E8AA 4M7XA 2PAVA 3IDHA 1GLFO 2IVOA 3DXMB 4K41A 4B1UB 5BN9A 3R9PA 5EOYA 2E1ZA 1MA9B 4BR9A 2E2QA 4XH1A 2A6AA 3VENA 1GLCG 3H46O 3O8MA 5AQOA 4H0YB 2ITMA 3ZETB 3FGUA 4H03B 1OKJA 3QMLA 1T6DA 5EXWA 4CZKA 3A0IX 1IG8A 3EO3A 4IXCA 4BQLA 1NWKA 5BRFA 4K25A 3SK3A 2ASMA 3VF4A 2FSKA 2Q0RA 3ZEUB 4EHTA 1RDWX 2VCPA 2V7YA 5LJVA 3G25A 4AM7A 1HLUA 3VETA 1G99A 3U9ZA 3TPQA 3VGLA 2Q1NA 5B8HA 2P9SB 2F9WA 4RWTA 1NLVA 4FWOA 3SJHA 2IIRA 2V51B 2H3GX 4Z94A 2FSNA 2GEMA 1Z6RA 1ZXOA 5AFUA 4K42A 2VYPA 4EHUA 2V7ZA 3HBTA 1XUPO 4BG8A 2ZGZA 4I6MB 3WUHA 4BRPA 1Z05A 5AQXA 4FWRA 4CZJA 5AQPA 2E20A 3CERA 1NBWA 1MDUB 1XQSC 4CZLA 5AQZA 3VF2A 3D2FA 5AQYA 5ELZA 1SAZA 4DB3A 3BEXA 1KAXA 3HTVA 1C0GA 2CGKA 5EY4A 1QQOA 4BGAA 2F9TA 4BQZA 3FE1A 3ATVA 4RTFD 4PKIA 3HI0A 5BREA 1HKGA 4B9QA 2W40A 1X3NA 4YDUC 3VF6A 1LOTB 2YHXA 4M7YA 4QS9A 4HWIA 3KHYA 1QQNA 1Q18A 2I7NA 2ZGYA 2VWBA 1R59O 2GUPA 4YDUA 3LDQA 4MLEA 4H5RA 2YHWA 3OHRA 3DXMA 3LM2A 3VEXA 4FPBA 5AQNA 1NGFA 3J8AA 2YCHA 1WUAA 3EKUA 3ZETA 4O5FA 3ZX2A 3CJ7A 3H6EA 1BWFO 1DGKN 1HX1A 4J8FA 2HF3A 3F9MA 4CZGA 4CZEA 3CJ9A 4JD2A 2IVNA 3O5BA 1NGJA 4B1VA 4H0OA 4XH4A 2AA4A 3DXKB 4PKHA 3VGMA 1GLLO 3ZEUA 1BUPA 3EL2A 3D2FB 4BR2A 2IVPA 4GNIA 2D0PA 1BDGA 3R6MA 2YJFA 5AFUH 3A5LC 5AZJA 2ASOA 4IJAA 2YJEA 1P8ZA 4BRGA 1QZ6A 2NZTA 2P9LB 4DCHA 3U9DA 4XEIA 5ADXA 3SMPA 2GELA 3VESA 4IJNA 3ZX0A 3O4WA 1XC3A 3MN7A 5AQVA 4BGBA 4I6MA 1ATRA 4L3QA 5I9EB 1YVNA 5EX5A 1HJOA 2QWLA 1SZ2A 4CZFA 3DAWA 4PL7A 1E4GT 4IWVA 3IUCA 3MDQA 4CBWA 3C7NB 4JNEA 1K8KB 3AAQA 1DEJA 1JCGA 1HKBA 3MK6A 4JD2B 3FZKA 2Q97A 2QM1A 4FWKA 5KQDA 1DKGD 1X3MA 2ZF5O 1GLEG 4CD1A 3HZ6A 3VEZA 2QWQA 4GY2B 4H0VB 1BA1A 3BF3A 5E84A 3U4LA 5AZJB 3UKRA 1QQMA 4MO5A 1NGAA 3ZX3A 4BR4A 4FWQA 2D4WA 4EIAA 3D2EB 4B1XB 2I7PA 5F2RA 3O1BA 4IO8A 3FR0A 1V4TA 4M63C 4B1YB 5AQJA 3ATUA 3DXKA 4O8KA 3CI5A 2Q2RA 2QWPA 1QHAA 2FF6A 1HUXA 3DJCA 1V4SA 1SQKA 3FZHA 5FPMA 2QWOA 5ADXH 5BPMA 3H1VX 5AQWA 2W41A 3QBXA 1D4XA 4C23A 4CD3A 3LDNA 2P9LA 4BRNA 3QB0A 5JMVA 3CJBA 2QWRA 4WYBA 4BR5A 4FWNA 2P9KA 3H1QA 3I8BA 1KAZA 3M3ZA 4H5TA 3MMVA 4BVOA 3JS6A 5AQLA 4CBUA 4FOEA 1MWKA 2FLOA 2WUSA 4FWPA 2FF3B 1GLBG 3U8XA 3UKRB 4BRMA 3CJAA 3H45C 3EKSA 1RFQA 1BOTO 5LJWA 3C7NA 3W0LA 2P9UB 1NGEA 5BN8A 1K8KA 4WQ4C 4IZ9A 2E1YA 4BRCA 3ENOA 4BROA 2GWJA 3GG4A 5BRDA 5BR9A 3FZMA 1NMDA 2A41A 2Q0UA 2QW9A 4BVPA 3O80A 2EWSA 4FWMA 4NO7A 5AZIA 3VEWA 4JAXA 3CJ1A 4H0PA 2D0OA 4Y0WA 3VEYA 4BR7A 3H3NO 2ZWHA 3WXIA 4PL8A 4RCHA 5AQQA 1NM1A 4CJ7A 1KAYA 3A5NC 2QXLA 4A61A 4B1ZA 4JHDA 4MO4A 1BG3A 5JLHA 4FOIA 4KBOA 5AQSA 3ENHA 3DWLA 1X9JA 1HKCA 5AQFA 5AQGA 3D2EA 3JXUA 3CQYA 3IFRA 3HM8A 2AP1A 1CZAN 2J4RA 3WXJA 5EVZA 3CETA 2P9KB 2YHYA 2D1KA 3FZFA 3L0QA 3B8AX 5KPZA 5BPNA 3AARA 3W3DA 3WXKA 5BRHA 5AQMA 3CJCA 3EZWA 4FWSA 5AQTA 3GE1A 1ATSA 2YI1A 1GLDG 3LDOA 5LY3A 1NGHA 4CI6A 1BA0A 5AQKA 1YUWA 3O08A 1H1VA 4PKGA 3I33A 4MLHA 1GLJO 2QWNA 2A3ZA 4LC9B 4H5WA 2CGLA 3VGKA 5AZIB 1E4FT 3ULEB 3BP8A 3QFUA 1TUYA 4BRHA 3TU5A 2E2OA 4A2BA 3D7EO 4BRFA 3LL3A 1S3XA 4JHDB 4BREA 1ZBSA 4DQ8A 1NGCA 1JCFA 2P9NA 3FFKB 5BPLA 3KZBA 2P9UA 3SLCA 5FPNA 5KPTA 2HOEA 4EFHA 2OANA 4BG9A 2FSJA 2Q31A 4CZHA 1JCEA 2QWMA 1RGIA 5F0XA 3A8YA 2KHOA 1YAGA 5AQHA 3ID8A 4A2AA 2A5XA 1Y64A 1C0FA 2HMPA 4WQ5C 2P9PA 5KPRA 1WOQA 2HF4A 2BUPA 3O1WA 1U2VA 3HSCA 3UKUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A62A 4BEBA 4E7KA 3WT0A 1LAWA 5SZTA 4H5VA 4OPAA 5AQIA 4JS4A 1RBSA 4FK4A 3CHWA 1HMVA 3WEEA 3RR7A 2FXUA 1I2UA 1CZBA 3Q7CA 3DRRA 1HNZK 1T7PA 1KXPA 1VQON 1NGDA 4XH5A 4CCHA 4H0XB 4A59A 2HHXA 1OH6A 2P9NB 3L6QA 1GOCA 3UE5A 1NMNA 4E7LA 4OJRA 5CE3A 1IV0A 2OTLN 3RSEA 4FM0A 1NGIA 2B68A 3KOXA 1JZAA 1B92A 3CCQN 1FH3A 3TR8A 4FJXA 3M6GA 3ULEA 3MN9A 3CCMN 3MWTA 3LP0A 3QBWA 4JRQA 3QESA 3O6WA 3CYGA 1L3SA 3U3GA 1LCUA 2P9PB 1I39A 1N32K 3D45A 4Z4IA 5GIPA 3PV8A 3P4IA 4CHYA 1T8EA 4CFAA 4JKBA 3DMJA 1GOBA 3OYGA 1LV5A 5E26A 3GKUA 4YOVA 4BC4A 3KOWA 4YOWA 3L4IA 3PSMA 3RMDA 1BU6O 1EQYA 2ASPA 3BUZB 4K43A 5F1XA 2P1JA 2A42A 3L4QA 4ISEA 4FO0A 3H08A 4GMJB 4BRDA 4DHYA 1TYQB 4BC2A 3FLCO 2E0HA 1BIUA 1WBDA 3QEWA 2W6LA 1PE4A 3LM9A 1KCFA 2XY5A 1QSLA 3J7YP 2DFHA 1NGGA 4M7XA 3TANA 4F3OA 3CCRN 2OZSA 5BN9A 3NGYA 4CJ5A 4CJVA 1C56A 3DLRA 3KJVA 3BZCA 2NRRA 3KD1E 3VENA 1GLCG 3KKSA 3BZKA 3O8MA 4H0YB 2ITMA 3ZETB 4OLAA 4EP5A 2D56A 3THWA 4AHVA 1T6DA 3A0IX 2YHAA 4BQLA 1X1PA 4K25A 1T05A 1TKTA 3VF4A 2G8HA 4EHTA 1RDWX 4QOZB 1NK5A 5HP1A 3VQ8A 3U9ZA 1WNSA 4E1NA 4M42A 2P9SB 3SCXA 4FWOA 4CF9A 3SJHA 3CFPA 2IIRA 1ZBLA 3QI7A 2KYQA 1W97L 3T1HK 3HP6A 4Z94A 3T1YK 1YVUA 3KOYA 2HNZA 5AFUA 3THXB 3CG7A 3SAGA 2X6SA 1T0ZA 1ASVA 4I6MB 4LFBK 1Z05A 5I3UA 2QTDA 2IDOA 1XQSC 4DF4A 2O8DA 5ELZA 1VNAA 4M3RA 4DV5K 3BEXA 3HTVA 4DFJA 1C0GA 2CGKA 2JGUA 2F9TA 1ZYVA 3C65A 4JEPA 4PKIA 4R79A 1U4BA 4B9QA 3PSIA 1X3NA 3U6FA 1LOTB 2Q3SA 4M7YA 4QS9A 3QINA 4JI6K 3EY1A 1SKSA 2KBHA 4KTQA 3DLKA 4DQSA 1UAXA 2GUPA 4YDUA 3LDQA 3TAPA 4CIFA 4MLEA 3OBYA 4PUOA 1QVFM 4H5RA 2XRIA 1JXCA 3DXMA 4DSIA 5C0YA 2D5RA 5AQNA 3J8AA 4FM1A 2KBJA 3SJJA 4DR3K 2B5JA 1X9WA 3PY8A 1HX1A 3C95A 5HL7L 3F9MA 1K6YA 4Z4HA 2O8EA 4B1VA 2B6AA 4FJMA 2UXDK 4XH4A 4B3TK 3NH1A 3VGMA 1GLLO 1IBMK 3AVNA 4PHTX 4CEAA 2IC3A 4WFAL 4CK1A 4GNIA 3L2VA 2RKIA 4KRFA 4CF1A 1NJXA 2IS3A 4MDBA 4Y1CA 1QZ6A 4OPHA 4YY3K 2P9LB 4DCHA 3L56A 5K14A 3NMUA 1F21A 4BGBA 2QEXN 1RT3A 4L3QA 4GKKK 3OYHA 3AVAA 4CVNE 2JWLA 2VG7A 2N66A 3AVCA 3DAWA 1VSDA 4PL7A 1NJZA 2HVHA 1LWFA 3MX2A 1YF5L 3HT3A 1OZZA 2P5OA 1VSEA 4CBWA 2O8FB 5C42A 2O8CB 4JNEA 1K8KB 1NOZA 3TI0A 1DEJA 1JCGA 4CHZA 1UWBA 3VQ9A 1WSIA 1KSPA 1PX9A 4JK7A 4BE7B 1RDBA 2KPYA 2KSKA 4NXMK 4CJLA 3THYA 1XHXA 4CGFA 4HVJA 5KQDA 4FJJA 2HW3A 1HPZA 2ZF5O 1RDDA 1C0UA 2KTQA 1BA1A 3DYAA 3O3HA 3L2WA 4ELTA 2YNGA 1QQMA 4MO5A 1NGAA 1J54A 4DV4K 4BR4A 4FWQA 5J2PA 3D2EB 5F2RA 4AHCA 4FCYA 1KVCA 5KRTA 2VY6A 3C94A 4KHUA 2HHTA 4FVUA 1V4TA 4R5PA 4GVEA 4M3YA 3AVFA 3ATUA 3DXKA 3CI5A 2YIPA 1QHAA 1B7DA 2FF6A 5EU7A 1RDAA 4FK2A 1LQQA 3FZHA 5ADXH 2YHBA 5LMNK 3QLHA 4KHYA 4EZ9A 1BMRA 2Z1IA 3VQCA 3VQPA 4CD3A 4CK3A 2BGGA 5JS2A 2GMOA 1B9DA 1WT7A 3D0PA 4Z0UA 1S9EA 3OVNA 4WYBA 1N33K 4FWNA 3V9UA 2P9KA 1KAZA 3M3ZA 4DSFA 4KHWA 4H5TA 4BVOA 3PUFA 1S1XA 4CBUA 2ATQA 3CPWM 1N8RO 2FF3B 2HHUA 2YNIA 1VQMN 2ZQBA 4PY5A 2KKZA 1DJTA 2G8UA 3CJAA 3H45C 4FLXA 4WFBL 3ZSRA 3NAEA 3CCJN 1QQCA 3C7NA 5BN8A 4DR5K 2NRXA 4BRCA 3BY5A 1NMDA 4DQQA 3VEWA 5AZIA 3CJ1A 4CJPA 5HRPA 3WXIA 4PL8A 3CFRA 2D0CA 3KC6A 4JHDA 4F3TA 1BG3A 1T03A 4K0KK 4O4GA 5AQSA 4CF2A 1R0AA 3ENHA 1BK8A 1HKCA 3ZT1A 3SBGA 3JXUA 1YT3A 4DU1A 1I94K 3O4QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A62 A;  4BEB A;  4E7K A;  3WT0 A;  1LAW A;  5SZT A;  4H5V A;  4OPA A;  5AQI A;  4JS4 A;  1RBS A;  4FK4 A;  3CHW A;  1HMV A;  3WEE A;  3RR7 A;  2FXU A;  1I2U A;  1CZB A;  3Q7C A;  3DRR A;  1HNZ K;  1T7P A;  1KXP A;  1VQO N;  1NGD A;  4XH5 A;  4CCH A;  4H0X B;  4A59 A;  2HHX A;  1OH6 A;  2P9N B;  3L6Q A;  1GOC A;  3UE5 A;  1NMN A;  4E7L A;  4OJR A;  5CE3 A;  1IV0 A;  2OTL N;  3RSE A;  4FM0 A;  1NGI A;  2B68 A;  3KOX A;  1JZA A;  1B92 A;  3CCQ N;  1FH3 A;  3TR8 A;  4FJX A;  3M6G A;  3ULE A;  3MN9 A;  3CCM N;  3MWT A;  3LP0 A;  3QBW A;  4JRQ A;  3QES A;  3O6W A;  3CYG A;  1L3S A;  3U3G A;  1LCU A;  2P9P B;  1I39 A;  1N32 K;  3D45 A;  4Z4I A;  5GIP A;  3PV8 A;  3P4I A;  4CHY A;  1T8E A;  4CFA A;  4JKB A;  3DMJ A;  1GOB A;  3OYG A;  1LV5 A;  5E26 A;  3GKU A;  4YOV A;  4BC4 A;  3KOW A;  4YOW A;  3L4I A;  3PSM A;  3RMD A;  1BU6 O;  1EQY A;  2ASP A;  3BUZ B;  4K43 A;  5F1X A;  2P1J A;  2A42 A;  3L4Q A;  4ISE A;  4FO0 A;  3H08 A;  4GMJ B;  4BRD A;  4DHY A;  1TYQ B;  4BC2 A;  3FLC O;  2E0H A;  1BIU A; 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