5EX5A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-adp and inorganic phosphate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 123
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ex5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ex5A04
2P9SB 3DXMA 3U8XA 1IG8A 3QICA 3D2FA 3WT0A 3L6QA 3MCPA 4KBOA 3U9ZA 3GOIA 3AAPA 3DXKB 2BUPA 4EFHA 2QWRA 1C0GA 3CJAA 3H46O 5FPMA 4B1XB 2QWMA 5LJWA 3L4IA 1TYQB 3VEZA 3UE5A 3D2EA 5AQGA 3ATUA 3UKRB 4CD1A 4CZJA 5BN9A 1GLEG 4AM6A 1QZ5A 2E2QA 4EHTA 4BC3A 3FZFA 5AFUA 3FE1A 3TPQA 4DHYA 3BF1A 3MDQA 3SMPA 4H03B 1NWKA 1T6CA 4FWMA 3JXUA 3CJ1A 4GY2B 1U6ZA 4JN4A 4MO4A 3ZX0A 3DWLA 1QQMA 2QWOA 5BN8A 5EX5A 3VPZA 1RFQA 2IVNA 4FWOA 5I9EB 1MA9B 5BRDA 1SQKA 2P9NB 2ASMA 5AQNA 1J6ZA 3VGKA 1NBWA 3SLCA 1NGDA 1RGIA 1BOTO 3CERA 3DJCA 1C0FA 3ID8A 3H3OB 3HZ6A 4FWLA 3DXMB 4BC4A 4MLHA 4E1JA 1DKGD 2VCPA 1KAZA 3D2FB 5FPDA 3VEWA 2ASOA 1GLDG 1V4TA 2BTFA 2WUSA 1NGJA 2D4WA 4H0OA 5AQMA 5EY4A 5E84A 3GG4A 2ZGZA 4FWKA 3WXKA 3W0LA 4H5TA 3FZLA 2GWKA 3L0QA 4RWTA 5AQRA 2V51B 5EXWA 5LJVA 3BP8A 2E2PA 4K25A 5KPTA 3D2EB 3C7NA 2YCHA 3CJ9A 3ZX2A 2HF4A 4BRMA 1HKBA 4B1ZA 5AQXA 1HUXA 2QXLA 3CJCA 4K43A 2QW9A 1YXQA 1BA0A 3VF6A 1ESVA 2HF3A 2ZWHA 4BRPA 4XH1A 3R9PA 3BEXA 3KZBA 4O5FA 3MK6A 4YDUA 3VF2A 5JLFA 2E20A 3LDPA 1NGEA 3B8AX 4BVOA 3IMXA 4WQ5A 1HLUA 4DQ8A 4H0YB 3H1QA 4IWVA 3VGMA 2NZTA 2VYPA 1ATNA 3A0IX 3ENHA 4CD3A 2A3ZA 4BRHA 4BR0A 3GDQA 4M7XA 4FPBA 4DB3A 1GLFO 5LY3A 5E26A 4CZFA 3O80A 4BQZA 3MN7A 5AFUH 2NRHA 4BQLA 4F9OA 4IO8A 3IUCA 2QWNA 5AQLA 2PAVA 1S22A 2CGLA 2GTDA 4CI6A 4FWPA 5AQFA 5JICA 4H5WA 1NGBA 1MWKA 4FSVA 5FPNA 3EKUA 4M63C 3C7NB 4FWRA 1BU6O 4IJAA 3U4LA 4WYBA 1R59O 3LM2A 3HI0A 1HX1A 2UYTA 3WUHA 5AQVA 5F2RA 4BRGA 1NM1A 5FPEA 4RTFD 3EZWA 3VEVA 3VEXA 3EO3A 4H0TB 3ZEUA 4QS7A 3O8MA 4H0PA 1E4FT 2YHXA 4XH5A 1NGHA 4Y0WA 3CI5A 4A62A 3CQXA 1RDWX 4IXCA 1NLVA 3VEYA 5TKYA 1DGKN 5AQZA 2I7NA 2QWLA 1NMDA 4BRKA 2FSNA 3U9DA 1Z6RA 3EL2A 1LCUA 3C0BA 3GE1A 1BUPA 3WXJA 3SMSA 3WQTA 3I8BA 1IJJA 2Q0UA 3VERA 5BPNA 3FFKB 1XQSC 5AQHA 5AQQA 2NLXA 1SAZA 5F0XA 1U2VA 3R6MA 3HSCA 4BR7A 1BDGA 4EHUA 1K8KA 3A5LC 3ZETA 2D1KA 5JMVA 2P9LA 4PKIA 3VOVA 3VF4A 1YVNA 2A6AA 4PKHA 4CZLA 1GLLO 1XC3A 4CBXA 3A8YA 1GLAG 4FWQA 4QS9A 1ATSA 5AZJA 2V7ZA 3AY9A 5KQDA 1BWFO 2QWQA 2IVOA 3UB5A 1HKGA 3S41A 4BGAA 2YJFA 2Q97A 1QQOA 3VGLA 5AR0A 2A42A 1KXPA 3BUZB 4BC5A 4CZMA 3OHRA 1ZBSA 4FPAA 1HPMA 5BPMA 3IFRA 2CH5A 1T44A 2DPNA 1T6DA 2ZF5O 4LC9B 4B1VA 3JS6A 5AQJA 2FF6A 3MN9A 3IDHA 4YDUC 4FWNA 4WQ4A 3SJHA 2CH6A 3J8AA 3QBWA 5AQOA 3MN6A 5AZIA 5KPZA 3QB0A 2Q1NA 4H5NA 4EAHD 4PKGA 2YJEA 5AQWA 2CGKA 4A2AA 1NGAA 4BGBA 4CZHA 3QFPA 4BR2A 2E88A 5KQ8A 1H1VA 2HOEA 4CBWA 2EWSA 4BROA 2FLOA 4HWIA 3RSEA 1MWMA 4JD2A 5CE3A 2V52B 4Z94A 4H5RA 2Q36A 1U2VB 5BRHA 4BRDA 4J8FA 1YUWA 1K8KB 1ZXOA 2W40A 3WXIA 3ZETB 4AM7A 4K41A 1HJOA 4H5VA 2H3GX 1GLJO 1NGIA 2P9LB 4FOEA 3EKSA 4BRIA 4BRNA 3AAQA 4DCHA 4HTLA 4BREA 2P9KA 2YHWA 2F9TA 1ATRA 5AZJB 2P9PA 1OKJA 1EQYA 2IVPA 4ISFA 4A61A 1JCGA 4FOIA 2FSKA 3HTVA 4BRAA 3A5MC 4MO5A 5BR9A 4IZ9A 1V4SA 2CGJA 1KAXA 2IIRA 4BRQA 1BO5O 1JCEA 4CZEA 3QMLA 3KHYA 1BG3A 3ULEA 2E8AA 3FR0A 3VESA 4JHDA 5BRFA 2GWJA 5AZIB 2FXUA 5ADXA 5KPRA 3D7EO 2Q2RA 3M1FA 1P8ZA 1SZ2A 3CETA 1WUAA 4RCHA 1X9JA 3FZHA 5AQKA 3LDOA 4JAXA 3CQYA 3RSEB 3WQUA 1ZC6A 4GNIA 4JD2B 3UKUA 3CJ7A 3O1BA 3QFUA 2A40A 1Y64A 3H6EA 2V7YA 4L3QA 1HKCA 4I6MA 4PL8A 3VETA 4MLEA 2GUPA 1D4XA 4O8KA 1X3MA 1TUYA 3VENA 5BREA 3FZKA 3LDNA 1GLBG 2P9KB 5AQUA 3WEEA 3M6GA 1GLCG 3H45C 2P9PB 4BRLA 5EOYA 3I33A 1MDUB 2OANA 3CHWA 2P9IA 3QDKA 2KHOA 2AA4A 3O4WA 3GL1A 3HBTA 5EVZA 2Q0RA 4ISGA 5AQPA 2PBDA 4CBUA 2E1ZA 3W3DA 2P9UA 1NGCA 1JCFA 1QZ6A 2HMPA 4K42A 3WXLA 3QBXA 3ATVA 4BVPA 5JLHA 4CZGA 3KVGA 3LM9A 2F9WA 3MN5A 3ZX3A 4BR5A 4QS8A 5AQTA 2YI1A 2E2OA 3ULEB 4B1YB 4BG9A 2I7PA 4JHDB 3ZEUB 3LL3A 5BPLA 3O08A 4ISEA 1G99A 3H3NO 3P4IA 4IJNA 2ITMA 2P9SA 4BR4A 4WQ4C 3LDLA 1TUUA 4B1UB 3VEOA 2ZGYA 3FLCO 1Q18A 4XH4A 2FSJA 3DXKA 3BF3A 3UKUB 4WQ5C 4C23A 3GBTA 4H0VB 2J4RA 4NO7A 4BRCA 3F9MA 3O1WA 4FL9A 1Z05A 2AP1A 4I6MB 1TYQA 1X3NA 2GELA 2YHYA 4BR9A 4PL7A 1S3XA 4BRFA 2Q31A 2D0PA 3A5NC 1YAGA 5F1XA 4EIAA 3UKRA 4A2BA 1KAYA 3O5BA 3WEEB 2A41A 1QHAA 5B8HA 1E4GT 3AARA 4NB4A 4BG8A 3TU5A 2A5XA 1XUPO 4H0XB 3FZMA 2P9IB 2E1YA 3H1VX 3MMVA 3CIPA 5ELZA 2FF3B 2D0OA 4JNEA 5ADXH 1QQNA 5AQIA 3CJBA 3A5OC 3G25A 1NGGA 3ENOA 4XEIA 2P9UB 4FWSA 3R8EA 4B1WB 4B9QA 1BA1A 4CZKA 2GEMA 1DEJA 1CZAN 3DAWA 2QWPA 2P9NA 2VWBA 5AQYA 4BC2A 1NGFA 3EN9A 3M3ZA 2E2NA 3LDQA 4M7YA 1WOQA 3SK3A 3O6WA 3FGUA 4CJ7A 2ASPA 5AQSA 4CZIA 2W41A 4FO0A 3HM8A 2QM1A 1LOTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RT5A 1TGOA 3DXMA 2E6LA 4CIFA 3K57A 2NRWA 3QICA 4FM2A 3D2FA 3WT0A 2IS3A 5C42A 4KBOA 3U9ZA 1NK4A 3DXKB 4CJ5A 1S72N 1QSLA 2HMIA 5HBMA 1OVYA 1VQ6N 3CJAA 1VSIA 3K9JA 5IT9O 4B1XB 3ITHA 4CJRA 4CGFA 2VY6A 4DFKA 3T69A 1NKBA 1P0AA 1JXEA 3UKRB 4CESA 4DKWA 1K6YA 1VAZA 4BC3A 1HYZA 1HYSA 2OTJN 3TPQA 4K8XA 2I61A 2X78A 1JXBA 3CFPA 4OPHA 4DTUA 1T6CA 1VQKN 1NE5A 1RT6A 5BN8A 2C1IA 1UA1A 4DU3A 1EWQA 3DYAA 1KLMA 2PY5A 1VQON 4MQ3A 4FWOA 3HO1A 5I9EB 1MA9B 1T7EA 1AYJA 3VGKA 3TABA 3C6HA 1BOTO 3CERA 3CPEA 3DJCA 3SAFA 4F3OA 1C0FA 3OTOK 3HZ6A 1OH7A 4AHSA 5HP1A 4MLHA 4FJHA 5FLXO 1CN2A 2C1GA 2VCPA 2HNYA 3KLFA 4CFCA 4CGHA 3VQQA 2ZGZA 3WXKA 3AA5X 2I5JA 4RWTA 5AQRA 4DTRA 3TARA 1L3SA 4K25A 5KPTA 1C6VA 4FJJA 1XWLA 2HF4A 2QXLA 4JYAK 1ESVA 2HF3A 1RBSA 1RNHA 2HB5A 5CZ1A 4CJUA 3KK1A 3Q7CA 3KZBA 4O5FA 5C2FA 3O3HA 3I8DA 4HCCA 3QEVA 4KI4A 4GMJB 4A5BA 4FZZA 4KFBA 4O4GA 4DTMA 1ZUTA 1P90A 1BHLA 3DLLL 3SI6A 3KKSA 4CJVA 5KK4A 4PWDA 3IMXA 4DQ8A 1NKEA 1VSLA 3DLGA 4AB0A 4IWVA 3VGMA 4AF1A 1ATNA 1YTUA 1HMVA 4OPKA 2O4IA 2A3ZA 4BR0A 4KREA 4FPBA 1YF5L 1KVBA 4GKJK 1AHOA 1JLGA 4B3SK 3E66A 1IKXA 1VSJA 1S5JA 2O8FA 5AFUH 4F9OA 4FW2A 4E7LA 5LMNK 3SPYA 1BCGA 1SKWA 3L2VA 2P5GA 1RTJA 1IKVA 2GTDA 3IS9A 3WNHA 5AQFA 3CYMA 1HRHA 2LR3A 2KFZA 5FPNA 5JS1A 3M8PA 2HSTA 1RTHA 4FWRA 1VQLN 3OYCA 1NOZA 4KB0A 3ZSWA 4CK1A 1TK8A 3TANA 4Z4EA 3V6DA 4BRGA 3LAMA 4FJ8A 4DLEA 4RTFD 4YFUA 4KH4A 3ZEUA 5M1FA 4QS7A 4DF4A 1E4FT 2YHXA 3CI5A 4A62A 4DU4A 3RTVA 2UXBK 3ZT2A 4JKDA 3BZCA 4KHQA 3KOZA 1VK0A 1SKRA 3SMSA 2VQFK 4E3SA 3IRXA 3AO3A 3QINA 2BDPA 3MX5A 3VERA 4LF5K 3O9UA 2O8BB 2YKMA 3R6MA 4R79A 4BR7A 3AV9A 4I9QA 4M42A 3QEPA 1G15A 4NCGA 4Q5VA 1BK8A 3QO9A 4OPAA 1SN4A 3VOVA 3DLBA 1XC9A 2FC0A 1K73O 2ZD1A 4IKFA 1WMTA 3AY9A 3TTFA 4KI6A 4DQIA 1XRSB 5CYMA 3NFAA 2QWQA 3UB5A 4BGAA 1QQOA 2E3FA 3ZLJA 1ZBSA 1EP4A 4IG3A 3NH2A 4WFBL 5JENA 3IFRA 4C8KA 4NCBA 2OZSA 2GBZA 4TSXA 1WSHA 3JS6A 5AQJA 3C6AA 1DLOA 2OPPA 4FWNA 3KLHA 2CH6A 3TWHA 3QBWA 3MN6A 2VWJA 2D56A 3BGRA 2XY8A 4H5NA 2DY4A 3O9SA 1JKZA 1SKSA 4A2AA 1NRAA 4CZHA 4BGBA 3J80O 3SQ4A 5C25A 2HOEA 3IKMA 2YNIA 2KGQA 4HWIA 3LWMA 4KPYA 4B9NA 2UUBK 1RDBA 1B3CA 4C1NI 2W40A 3S3OA 1P00A 2H3GX 1WSFA 3KOWA 1NG9A 4OVLA 3CM6A 4L8RB 4HTLA 4BREA 4DS5A 1T7BA 5SZTA 4CCHA 2F7TA 3KWIA 4OKKA 4CEAA 5M1NA 4Q0BA 2G8WA 1WWNA 3CYGA 1JZBA 4A61A 1JCGA 2GV9A 4E7HA 3PUFA 2KQ2A 4IFEA 1J9AA 1XMQK 3THWB 3R1XA 4KTWA 4LF8K 4HE7A 1JLEA 2HHUA 1OH8A 1BISA 4NYFA 4FJXA 4IZ9A 1V4SA 1YT3A 4Z4CA 2ASCA 4FJLA 4IG0A 4BRQA 2G2KA 3O9TA 4B3MK 4CZEA 3KHYA 4YOTA 3CPWM 1TK0A 1BG3A 1NJZA 4DR2K 3VESA 3HVTA 2YX6A 3CCRN 3OVNA 1N36K 1YI2N 4DTXA 1IG9A 2B3CA 4OGCA 3TAEA 1VRUA 1SZ2A 3PSIA 1NMNA 3ZSOA 4CEQA 5C15A 3LDOA 3CQYA 1ZC6A 4JD2B 3UKUA 3O1BA 5IWAK 3QFUA 1LQIA 1L3VA 1Y64A 4OKJA 4PL8A 5CHIA 3QEXA 4C8MA 3E7UX 3MXMA 1MR4A 3FZKA 1HNXK 4DFMA 4CJWA 3V9UA 3SQ2A 3WEEA 1NU0A 2B4JA 3EE9A 3AGRA 3PIPL 5EOYA 3CHWA 3DRPA 1CZ9A 1DT9A 5HOOA 4DWIA 2KBKA 3AO1A 5CY0A 2O4GA 2NRTA 3HBTA 1VSHA 5EVZA 4IOCL 3K5LA 1RILA 1T3VA 1RT3A 3ENBA 3V1OA 1S6PA 3W3DA 4GV6A 2P9UA 1JCFA 4O0IA 3NBPA 3HVRA 1ICAA 1QZ6A 2HMPA 1L5UA 3WXLA 3V9SA 3ATVA 4CGGA 5FDLA 3KVGA 2YIPA 3LM9A 3DOKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RT5 A;  1TGO A;  3DXM A;  2E6L A;  4CIF A;  3K57 A;  2NRW A;  3QIC A;  4FM2 A;  3D2F A;  3WT0 A;  2IS3 A;  5C42 A;  4KBO A;  3U9Z A;  1NK4 A;  3DXK B;  4CJ5 A;  1S72 N;  1QSL A;  2HMI A;  5HBM A;  1OVY A;  1VQ6 N;  3CJA A;  1VSI A;  3K9J A;  5IT9 O;  4B1X B;  3ITH A;  4CJR A;  4CGF A;  2VY6 A;  4DFK A;  3T69 A;  1NKB A;  1P0A A;  1JXE A;  3UKR B;  4CES A;  4DKW A;  1K6Y A;  1VAZ A;  4BC3 A;  1HYZ A;  1HYS A;  2OTJ N;  3TPQ A;  4K8X A;  2I61 A;  2X78 A;  1JXB A;  3CFP A;  4OPH A;  4DTU A;  1T6C A;  1VQK N;  1NE5 A;  1RT6 A;  5BN8 A;  2C1I A;  1UA1 A;  4DU3 A;  1EWQ A;  3DYA A;  1KLM A;  2PY5 A;  1VQO N;  4MQ3 A;  4FWO A;  3HO1 A;  5I9E B;  1MA9 B;  1T7E A;  1AYJ A;  3VGK A;  3TAB A;  3C6H A;  1BOT O;  3CER A;  3CPE A;  3DJC A;  3SAF A;  4F3O A;  1C0F A;  3OTO K;  3HZ6 A;  1OH7 A;  4AHS A;  5HP1 A;  4MLH A;  4FJH A;  5FLX O;  1CN2 A;  2C1G A;  2VCP A;  2HNY A;  3KLF A;  4CFC A;  4CGH A;  3VQQ A;  2ZGZ A;  3WXK A;  3AA5 X;  2I5J A;  4RWT A;  5AQR A;  4DTR A;  3TAR A;  1L3S A;  4K25 A;  5KPT A; 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