5EXWA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-atp
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
VGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 118
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5exwA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5exwA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5exwA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5exwA04
1SAZA 3JS6A 1HKCA 3R6MA 2GEMA 5AQOA 5JMVA 3ZETA 2P9IB 3CETA 2ZWHA 4BVOA 3O8MA 1BWFO 2F9WA 4BC3A 1BA1A 3M3ZA 1SQKA 4FWLA 4QS8A 3DJCA 3FLCO 2DPNA 3FGUA 4H0VB 3QB0A 1P8ZA 4B1YB 1K8KA 1QHAA 4H5NA 3A5MC 3VEYA 1MWMA 1T6CA 1YUWA 5AQXA 1EQYA 3VEXA 1GLCG 3CJBA 4IZ9A 3U9ZA 2P9PB 1IG8A 3UKUA 3SK3A 4BG8A 4BROA 2P9PA 2QXLA 1NGBA 3SMSA 3H1QA 2VYPA 5ADXH 4C23A 3EZWA 4BC5A 4I6MA 3GDQA 1GLAG 1WOQA 2KHOA 4E1JA 3EL2A 2A41A 2I7NA 1NGJA 5FPDA 1QZ5A 4DHYA 3D2EA 5AQYA 1HLUA 1ATRA 4A62A 2YHWA 2E2PA 2NZTA 3BEXA 1BUPA 1KAZA 3FZFA 4FWPA 1XQSC 3SLCA 2E88A 3U9DA 1YVNA 1JCGA 1MDUB 5AQRA 1DEJA 2ZGYA 3EN9A 2ITMA 4YDUC 4BGAA 4QS9A 2QWMA 4CZMA 3U8XA 2D1KA 5AQFA 3DXKA 2Q1NA 3VERA 3TPQA 1QZ6A 3A5OC 4BRHA 3O5BA 5JLHA 2YCHA 3WXKA 3FZMA 2CH5A 4HTLA 3CJ9A 3A5LC 1LCUA 4ISFA 3ZX3A 5ADXA 3H1VX 3SJHA 3DWLA 2P9NA 4FWKA 4YDUA 1NGCA 1Y64A 4F9OA 5AQPA 3W0LA 5I9EB 2YI1A 3FR0A 5AQIA 5ELZA 2E2OA 2V51B 4WYBA 3LM2A 3RSEA 3MCPA 3R8EA 5LY3A 1HPMA 3SMPA 3MN6A 1GLDG 4FWOA 3LDOA 2BTFA 4K25A 4LC9B 2I7PA 4FSVA 2QWNA 4DCHA 5EY4A 3H3OB 4WQ5C 2FSKA 3KZBA 2IVNA 4GY2B 3WQUA 2FF3B 3ID8A 4BRLA 2IIRA 3MDQA 4B1XB 2QW9A 3VESA 3AAPA 4BRIA 3KVGA 2FF6A 5BN9A 1D4XA 4PKIA 1NGIA 1X3NA 5F2RA 5AZJB 4WQ5A 4H0PA 4BRQA 3IMXA 3D7EO 1QQMA 1DKGD 5EOYA 3BUZB 3CJCA 3ZX2A 2P9SA 2OANA 4M63C 5FPEA 3BF1A 1G99A 1ZBSA 2UYTA 3L4IA 2PBDA 1Z6RA 3G25A 4A2AA 3VGMA 1TYQA 2HMPA 3C0BA 2QWLA 2GWJA 5BRHA 3HBTA 4ISEA 3VGKA 4FWQA 2PAVA 1NWKA 3EO3A 3HTVA 5EVZA 2A5XA 5CE3A 3ZETB 2V52B 4BC4A 4FO0A 2CGKA 1Z05A 4CZFA 4B1UB 1BA0A 3MN5A 5LJWA 3IDHA 3A5NC 4BVPA 1J6ZA 3ENHA 4NO7A 3GOIA 3VF6A 1KAXA 1U2VA 1K8KB 5AQTA 1CZAN 4PKGA 3VEZA 2YJEA 3EKUA 3MK6A 4FOEA 2D0PA 2IVOA 3U4LA 3FE1A 3UKUB 2QM1A 1YXQA 3WQTA 3AARA 3O1WA 1QQNA 3CI5A 3CQXA 1GLFO 4I6MB 5BPNA 3H45C 4CJ7A 3A0IX 5JLFA 3O4WA 3S41A 3HM8A 5AQZA 4CZKA 3D2EB 1E4GT 3GBTA 4NB4A 4K41A 3CQYA 4QS7A 4JAXA 2H3GX 5BPMA 3VEVA 1NMDA 2AA4A 1HKGA 4O5FA 3VETA 4AM6A 1C0GA 3F9MA 4JD2B 2Q31A 5AFUH 5BR9A 3H3NO 4JD2A 3DXKB 4H5TA 4RTFD 4H0TB 4FWMA 2GWKA 5AQSA 3QDKA 5AR0A 4BR9A 2QWRA 4JN4A 3P4IA 2ASMA 2HF4A 3BP8A 2P9LB 3WEEA 5AQNA 2GUPA 3UE5A 1ESVA 4CZEA 3OHRA 2P9LA 1BU6O 4WQ4C 1XUPO 1ZC6A 1GLEG 3CJ1A 2P9NB 3VF4A 4EHTA 1NM1A 2VWBA 4RWTA 4XH4A 1XC3A 4FL9A 4B1WB 3RSEB 2YHXA 2IVPA 4BRCA 4EFHA 5LJVA 4BRPA 1S22A 4CD1A 5BREA 3GL1A 3LDQA 3VF2A 1NGEA 3FZLA 4MLEA 2FLOA 4WQ4A 5AZIA 5AFUA 2E8AA 1YAGA 2D4WA 2ASOA 4BR5A 1U6ZA 2F9TA 5AQJA 5BN8A 1NGHA 2W40A 5KQDA 3CJAA 1QQOA 5FPNA 3ATVA 4BRAA 4BRGA 3VPZA 3WUHA 5KQ8A 1HX1A 1WUAA 1RGIA 4K43A 2AP1A 5KPTA 2WUSA 2QWOA 1NGGA 3IUCA 4B9QA 3L6QA 1X9JA 1HKBA 4A61A 1GLLO 4H0XB 4FPAA 5AQHA 4BRDA 2E1YA 3WXJA 2EWSA 4AM7A 4BQZA 4H0OA 3DXMA 1C0FA 2P9KA 1BO5O 2E2NA 1V4SA 2P9SB 3ZEUA 3HI0A 1GLJO 4H5VA 2GELA 4O8KA 1H1VA 2FSNA 1RFQA 1TYQB 4JHDA 4BC2A 5AQMA 1ZXOA 5EX5A 3R9PA 1TUUA 4EAHD 4Y0WA 3ULEA 4H03B 1KAYA 4CZHA 4BRKA 1Q18A 2FXUA 2VCPA 2YJFA 1NGFA 4GNIA 3MN7A 3QFPA 3VGLA 4RCHA 1S3XA 4CZGA 5E26A 5AQUA 4A2BA 1LOTB 3A8YA 2NLXA 3ZX0A 5AQQA 2ASPA 2V7YA 1U2VB 3QICA 3M6GA 3AY9A 1IJJA 4BGBA 4CD3A 3TU5A 3CERA 4PL7A 4M7YA 2BUPA 2P9UA 3MN9A 3LDLA 5JICA 4IJAA 5KPRA 4BR0A 4EIAA 3UB5A 1HUXA 1OKJA 4IXCA 3C7NB 3O1BA 4H5WA 5AQKA 3CIPA 1BDGA 3C7NA 4PL8A 3VOVA 2J4RA 3QFUA 1MWKA 3HSCA 3JXUA 2P9IA 4BRFA 3O08A 2Q0UA 1DGKN 4DB3A 1HJOA 3GE1A 5B8HA 4MLHA 1T6DA 4L3QA 4KBOA 3WXIA 3VEWA 4HWIA 5AQLA 3FZKA 2A6AA 3H6EA 5AQWA 2A40A 3D2FB 5FPMA 1ATSA 3DAWA 4JNEA 3WEEB 3D2FA 4BR2A 5F0XA 5EXWA 2QWPA 3ATUA 2Q97A 4CBWA 3GG4A 1X3MA 3I8BA 2A3ZA 3BF3A 3IFRA 2HF3A 4B1ZA 1JCFA 3WXLA 4FOIA 4BR4A 4Z94A 1NLVA 4H0YB 3FFKB 4CZLA 3O6WA 3UKRB 1T44A 3VENA 3HZ6A 2A42A 4CZJA 5AZIB 4BG9A 3UKRA 3EKSA 1BG3A 3M1FA 2NRHA 3J8AA 4BREA 4H5RA 3VEOA 3LM9A 3I33A 3O80A 3QBXA 4IWVA 4BQLA 4ISGA 2CGLA 2Q36A 4K42A 4M7XA 1KXPA 3B8AX 4FWNA 3KHYA 2FSJA 4XH5A 4BRNA 4MO4A 4IJNA 3FZHA 1E4FT 3W3DA 4MO5A 3LL3A 2YHYA 3CJ7A 3DXMB 2P9KB 3QBWA 2E1ZA 5BRDA 1BOTO 1GLBG 3ZEUB 3LDPA 4BR7A 2GTDA 1RDWX 1TUYA 4FPBA 2ZF5O 4CBXA 3LDNA 4JHDB 4DQ8A 1SZ2A 4J8FA 3CHWA 1R59O 5F1XA 4FWRA 1NBWA 4FWSA 4BRMA 3QMLA 3L0QA 2Q0RA 3ULEB 3WT0A 4CZIA 5BPLA 5AQVA 4XEIA 2E20A 5AQGA 4PKHA 3ENOA 4CBUA 2Q2RA 2E2QA 1ATNA 3H46O 2ZGZA 5AZJA 3MMVA 5TKYA 2W41A 2HOEA 2CGJA 4EHUA 1JCEA 4B1VA 1V4TA 5BRFA 1NGDA 3AAQA 1MA9B 2D0OA 1NGAA 4XH1A 2P9UB 4CI6A 2CH6A 2QWQA 5KPZA 2V7ZA 5E84A 4IO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L3UA 1OVQA 4E89A 3JS6A 4NCGA 3IRXA 4IEIA 2RHKA 3PO4A 2GEMA 1RT6A 3C94A 3ZETA 2P9IB 2LT8A 2ZWHA 3O8MA 1M90O 3M3ZA 5JS1A 4QS8A 4CJPA 1RTJA 3QB0A 5M1FA 1P8ZA 4B1YB 3K0SA 3E9LA 1K8KA 3CW4A 4H5NA 3A5MC 3QO9A 1GLCG 2P9PB 3HO1A 3SK3A 3CCVN 4BROA 5HBMA 4JI4K 5ADXH 1RT5A 3F2KA 1VRUA 2IC3A 3G4SN 2A41A 3S3MA 1NGJA 4I9QA 1QVGM 2G8IA 3VQDA 1Q86O 4RW7A 2ZJRL 3AVLA 4JKHA 4FWPA 3FZFA 4AHRA 4CGGA 3TANA 3K2PA 1JLCA 1RT1A 1Q82O 2ZGYA 2ITMA 2YV0X 2QWMA 2K35A 3CFPA 3QEWA 3VERA 2Q3SA 3A5OC 3LP2A 1RDAA 1VSFA 1VSHA 2YCHA 1JLEA 2CH5A 2W6KA 3THXB 3O9TA 1JXBA 4ISFA 5DMRA 4CHQA 1CLQA 3MCAB 4YDUA 1NGCA 1JLGA 2NUBA 1BCGA 3OBWA 3KJVA 4FM2A 4BE7B 1I6FA 1OH6A 5AQIA 2E0HA 5ELZA 4TSXA 3M8QA 4KB1A 1NRAA 1HPMA 1S72N 3TSQA 1GLDG 4FWOA 3K5LA 1RBTA 4Z4EA 2QWNA 3E9OA 4DCHA 5EY4A 3KZBA 1XHXA 1T7BA 4C8MA 4B08A 1U4BA 2KLAA 4DTMA 2Y1IA 2YILA 3TTCA 2D5RA 3VESA 2DY4A 4BRIA 1RT3A 1D5AA 1PE4A 3LALA 1NJIO 3RR8A 4DTJA 2UUCK 4N76A 4DF4A 1D4XA 4PKIA 5AZJB 3KLHA 4WQ5A 2RE2A 4PA1A 1D9FA 3IMXA 1QQMA 2G8FA 2E6MA 3BUZB 4M63C 3OYIA 4UQGA 4A2AA 3G0ZA 1TYQA 3VGMA 3KK2A 2HNZA 4CHOA 4RW8A 1TK5A 2GWJA 2YC1C 4OPAA 5BRHA 3HBTA 3LWMA 2F96A 4ISEA 2JWKA 1NWKA 4M3TA 3SBGA 4JI7K 3C6UA 1L3SA 3AVIA 1BHLA 3ZETB 5GAGP 4BC4A 3V9ZA 4M3YA 3KLIA 1CXQA 5LJWA 3IDHA 3A5NC 4BVPA 1RBVA 3DRRA 1SN1A 3VF6A 1KAXA 1K8KB 4IFVA 4PKGA 2YJEA 3EKUA 2OTLN 1WWNA 4CHPA 3OYEA 4XJXA 3D0PA 1N33K 3ZSOA 1Y97A 2D0PA 4FLXA 1IBMK 1R0AA 3C95A 3LDSA 1OH5A 1QQNA 2OYQA 1HRHA 4BWJA 3TI0A 1HNIA 3PSMA 4F2RA 3O4WA 3S41A 1SNBA 5AQZA 4NCBA 1B7DA 3GBTA 2N2RA 4HUFA 4PHTX 4LF5K 2YKMA 2YX6A 4UAEF 5HOOA 2AA4A 4KREA 1HKGA 4CJVA 3VA0A 4PUOA 4DSLA 1UWBA 1VQON 3BY5A 4B9LA 3AVAA 5C42A 4E7HA 3H3NO 1JLAA 1W9HA 4FWMA 4CVNE 5C0YA 4B3SK 3V9WA 4GV9A 2PFUA 1C1AA 2P9LB 2GUPA 1S1UA 3DM2A 5IWAK 4CZEA 1P0AA 3T1YK 3THVA 1XUPO 3CC4N 4DTXA 4BACA 1K73O 3AVMA 1JLQA 2X74A 4RWTA 4XH4A 1XC3A 4WFNL 4KHNA 4CEQA 2VWJA 4BRCA 1UOCA 2WTUA 1J5OA 4EFHA 4A57A 4LSNA 4CD1A 2VWKA 1LQIA 5AZIA 1YAGA 4RW6A 1VQ4N 2ASOA 3EE9A 4ZHRA 4LFAK 1ITGA 3KP1A 5AQJA 2IS3A 5BN8A 4JI1K 3ASMA 5KQDA 2W00A 3CJAA 1GOBA 1JL2A 2ATQA 4BRAA 3TWHA 3SPZA 4EZ9A 1T0ZA 3VQBA 1RBSA 4X66K 4K43A 5KPTA 2QWOA 2FC0A 3L6QA 2G8HA 3H08A 2C1IA 1KC8O 1HJRA 1C6VA 4KB0A 3SZ2A 1TAQA 3PUFA 1CHZA 1DLOA 4WFBL 2Y1JA 4H5VA 1TK8A 3JAMO 1RFQA 1TYQB 4JHDA 4JI0K 3R2VA 4X62K 2VGMA 4JLHA 4DF8A 3SAFA 4IG3A 4CHZA 4JI3K 1LAVA 3HOTA 1KTQA 4CZHA 4U7BA 3SAHA 4EZ6A 3LAMA 2I61A 1N32K 1NGFA 3WNFA 3QFPA 3VGLA 3QNOA 3KLEA 3KP0A 2JWLA 4A2BA 4IG0A 1VQ6N 1X9SA 2B5JA 2O8DA 3J81O 1KVAA 1T05A 2KYQA 4DSKA 1BIUA 3OYBA 4KHYA 3AY9A 4BGBA 3HP6A 1BMRA 2LY6A 4DG1A 3NE6A 4E19A 5JICA 3RMAA 5KPRA 2C1GA 2LY5A 2KBKA 4E3SA 2A1RA 2O8FA 1HUXA 4CFBA 1C1CA 1XWLA 3PV8A 4H5WA 3QFUA 3JXUA 3CCJN 4BRFA 1ZBIA 3O08A 1G15A 1C0TA 2Q0UA 3GKUA 2SN3A 3RTVA 3LP0A 2D0BA 3T7ZA 3CCRN 1Q8IA 1S9GA 4IFYA 4MLHA 3DLEA 1T6DA 3DLGA 3QERA 1NOYA 1T1TA 4JKGA 3HM9A 5LL6Z 1D9DA 5AQLA 3FZKA 3O3FA 3NF7A 1QSLA 4DQSA 2A40A 3D2FB 5FPMA 1ATSA 3PY8A 1ZBFA 3SUOA 4JKBA 1RBRA 2QWPA 3CC2N 3ALYA 3I0SA 1NKBA 4CF8A 1NKEA 2ASCA 2KFNA 2PYJA 2OZMA 2AJQA 4FK2A 4IBNA 1KFDA 3LP1A 1MU2A 1JCFA 3V4IA 1SKRA 1HNVA 4CW7B 1LAWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L3U A;  1OVQ A;  4E89 A;  3JS6 A;  4NCG A;  3IRX A;  4IEI A;  2RHK A;  3PO4 A;  2GEM A;  1RT6 A;  3C94 A;  3ZET A;  2P9I B;  2LT8 A;  2ZWH A;  3O8M A;  1M90 O;  3M3Z A;  5JS1 A;  4QS8 A;  4CJP A;  1RTJ A;  3QB0 A;  5M1F A;  1P8Z A;  4B1Y B;  3K0S A;  3E9L A;  1K8K A;  3CW4 A;  4H5N A;  3A5M C;  3QO9 A;  1GLC G;  2P9P B;  3HO1 A;  3SK3 A;  3CCV N;  4BRO A;  5HBM A;  4JI4 K;  5ADX H;  1RT5 A;  3F2K A;  1VRU A;  2IC3 A;  3G4S N;  2A41 A;  3S3M A;  1NGJ A;  4I9Q A;  1QVG M;  2G8I A;  3VQD A;  1Q86 O;  4RW7 A;  2ZJR L;  3AVL A;  4JKH A;  4FWP A;  3FZF A;  4AHR A;  4CGG A;  3TAN A;  3K2P A;  1JLC A;  1RT1 A;  1Q82 O;  2ZGY A;  2ITM A;  2YV0 X;  2QWM A;  2K35 A;  3CFP A;  3QEW A;  3VER A;  2Q3S A;  3A5O C;  3LP2 A;  1RDA A;  1VSF A;  1VSH A;  2YCH A;  1JLE A;  2CH5 A;  2W6K A;  3THX B;  3O9T A;  1JXB A;  4ISF A;  5DMR A;  4CHQ A;  1CLQ A;  3MCA B;  4YDU A;  1NGC A;  1JLG A;  2NUB A;  1BCG A;  3OBW A;  3KJV A;  4FM2 A;  4BE7 B;  1I6F A;  1OH6 A;  5AQI A;  2E0H A;  5ELZ A;  4TSX A;  3M8Q A;  4KB1 A; 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