5EY4A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 2'-deoxy-atp
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
378
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDITKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 378
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ey4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ey4A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ey4A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ey4A04
1V4TA 3DXMB 3DXMA 4FWRA 3CETA 2YCHA 5AQVA 3TPQA 3KZBA 2Q0UA 4K42A 5AQMA 4FWLA 2QWMA 3SJHA 2AA4A 3FR0A 5JMVA 1QHAA 3CQYA 3B8AX 5F0XA 4PL8A 1MA9B 4FWMA 3LDQA 3H3NO 4K43A 2A3ZA 2GWJA 2E2OA 2Q97A 2CGKA 3WUHA 3FZFA 1YUWA 3KHYA 5AFUA 4XH5A 4DB3A 4B1ZA 3EL2A 3KVGA 3ZX0A 1OKJA 3D2EB 1TUUA 3D2EA 4ISEA 4B1YB 3VPZA 3JS6A 2IVOA 4MLHA 2GWKA 4BQZA 1MWMA 1TUYA 2QM1A 3ULEA 3M1FA 4HWIA 3SLCA 4CZJA 4Z94A 3HBTA 3QFPA 2P9UB 3J8AA 4BREA 4EAHD 3DWLA 4CZLA 3GG4A 4H5RA 3WXIA 2QWOA 2J4RA 3O1WA 4XH1A 1BO5O 3GE1A 2ZWHA 4BC3A 1X3NA 3LDPA 3ATVA 2AP1A 4BRDA 3CJ9A 3VEZA 3M3ZA 1LCUA 4JAXA 1NGIA 3U4LA 1WUAA 4ISGA 1SAZA 3QDKA 1G99A 1Z05A 3EO3A 1J6ZA 2V7ZA 1ZBSA 1DEJA 3A5OC 1S3XA 3BP8A 3MN6A 5AQTA 2FXUA 3LM2A 3H46O 5EOYA 4K41A 2Q0RA 3C7NB 5FPDA 2P9NB 2P9NA 4M7XA 4BG8A 5JLFA 4FO0A 4BR2A 5JLHA 4L3QA 1GLFO 5BR9A 4FPAA 1XUPO 2A41A 2IIRA 1X3MA 2NRHA 3LDNA 1HJOA 1CZAN 1RGIA 2YI1A 4H0TB 1KAZA 1HKGA 4IJNA 4BRLA 1GLJO 3WXKA 3ZETA 3ZETB 1RFQA 3U8XA 1NLVA 2D4WA 3WEEB 3WEEA 4QS7A 2E2QA 3ENHA 1ATRA 2ASOA 2OANA 3SK3A 4RCHA 3M6GA 3R6MA 4IJAA 4WQ5A 3MN5A 3UKRB 4A62A 3UKRA 4FWNA 5AR0A 3AARA 1GLLO 4GNIA 4PKIA 3VF6A 4CD3A 3O5BA 3P4IA 2A5XA 3GOIA 5AQIA 2FF3B 2P9PB 2P9PA 4CBWA 2BTFA 3S41A 1BDGA 3FZKA 2I7PA 4F9OA 3ZX3A 3ZEUA 4HTLA 3DXKB 4H5VA 5AQWA 5F2RA 3DXKA 1QQNA 3W3DA 4BVOA 1QZ5A 3UB5A 5I9EB 3AY9A 3VEOA 4CI6A 2D1KA 4BC2A 3O80A 2DPNA 1KXPA 4JHDB 1NGAA 1ZC6A 1ZXOA 2NZTA 4H0XB 4JHDA 5KPTA 4Y0WA 3WQUA 4A61A 2QWLA 1GLEG 3BF1A 3O1BA 3C0BA 2A6AA 1HX1A 5AQKA 3HSCA 2ITMA 3BUZB 1NGHA 2P9LB 4BROA 2P9LA 4O8KA 4M7YA 4RWTA 1GLAG 3QICA 1BA1A 3EZWA 1LOTB 3I8BA 2QWPA 1HKBA 2QWRA 2D0PA 1K8KB 1K8KA 2F9WA 2W40A 3A5LC 4H5WA 2QWQA 1BUPA 4BGBA 5BPLA 5AZIB 5LJWA 5AZIA 1T44A 4GY2B 4C23A 4E1JA 3IFRA 3VEWA 4BR9A 2VWBA 1R59O 1EQYA 1NBWA 5BPNA 4LC9B 2Q1NA 5KQ8A 1C0FA 3QFUA 3DJCA 4QS9A 1BWFO 2Q2RA 4MLEA 3A5MC 3TU5A 3QBXA 2Q36A 2QW9A 5LY3A 2P9UA 3VF2A 1TYQB 1TYQA 1XQSC 3QB0A 2YHYA 1Q18A 3W0LA 1NGJA 1SQKA 5AQXA 5BRHA 4WQ4C 3MN9A 5B8HA 1T6CA 4DQ8A 3A8YA 3EKUA 4B1VA 4BC4A 5JICA 3QBWA 4NB4A 4FPBA 1HLUA 3G25A 4BR0A 4CBXA 5ADXA 2GUPA 2VCPA 2H3GX 3L0QA 4B9QA 5BPMA 1P8ZA 4JNEA 1HKCA 4BRMA 4FSVA 3O6WA 4AM7A 4IZ9A 3VGMA 3LL3A 2V52B 5AQNA 1JCGA 2CH6A 4I6MB 4I6MA 1QQMA 2FSKA 3L6QA 3C7NA 4IO8A 4NO7A 1D4XA 1SZ2A 4B1WB 4BRPA 4YDUC 4CZIA 3FZLA 3CJ7A 3EN9A 3CIPA 1KAYA 3I33A 4FL9A 5EX5A 2E88A 1YAGA 5AQUA 3U9DA 1NM1A 4CZKA 2E20A 2P9SB 2P9SA 1Y64A 1MWKA 3D7EO 2IVPA 3CERA 4BRKA 4PKHA 1ESVA 1MDUB 4A2AA 4EHUA 2A42A 3UKUB 3UKUA 3H6EA 1QZ6A 1E4FT 2FSJA 2YHXA 2YJEA 2E8AA 4BRAA 2I7NA 1BOTO 4BR4A 4K25A 5AQZA 2VYPA 3A0IX 5AQSA 3F9MA 4YDUA 2E1ZA 4FWSA 5FPMA 1NGGA 5CE3A 4AM6A 4BRGA 4RTFD 4H03B 5AQOA 1Z6RA 3SMPA 2HOEA 3LM9A 5AQFA 1GLDG 2UYTA 3CJAA 2CGLA 3O08A 4H0PA 3GDQA 4BR7A 4H5NA 5E84A 3CJCA 3VERA 3LDOA 4IWVA 3ENOA 4DHYA 5AQPA 3HM8A 2A40A 2ZGYA 2IVNA 3VEVA 1YVNA 4FOIA 2BUPA 2EWSA 4CJ7A 1NWKA 5F1XA 3CHWA 4KBOA 1DKGD 3JXUA 3BF3A 5KPRA 4ISFA 3CJ1A 3H1QA 3IDHA 1NGDA 4FWOA 4MO5A 1BG3A 3MMVA 3D2FB 1NMDA 3D2FA 4DCHA 5BN9A 3GBTA 1NGFA 3U9ZA 4BRQA 2F9TA 5EY4A 2ASPA 2D0OA 2P9IB 3VEXA 2P9IA 3WQTA 3MN7A 3FE1A 1HPMA 5AQHA 2YJFA 4BVPA 4QS8A 1WOQA 2HF4A 5BRFA 1X9JA 4JD2B 4JD2A 3VESA 4BRNA 1C0GA 4FWQA 3SMSA 1JCFA 2KHOA 1NGBA 1U6ZA 4BQLA 4XEIA 5AQRA 1GLCG 3MCPA 3R9PA 2NLXA 4BR5A 2ASMA 3ULEB 4CZHA 2QWNA 5LJVA 3MDQA 3AAPA 2CGJA 4B1UB 5FPEA 1V4SA 4BRHA 5AFUH 4JN4A 2GEMA 1S22A 4H0YB 2V7YA 2ZF5O 1IG8A 5E26A 3WXLA 1HUXA 4BGAA 2WUSA 3QMLA 1H1VA 2GELA 3LDLA 2Q31A 4CZFA 4MO4A 3WXJA 3VOVA 2PAVA 4BRIA 5BN8A 4EHTA 5FPNA 3FGUA 1U2VB 1U2VA 3H1VX 4EFHA 5KQDA 3GL1A 2CH5A 3VF4A 3FFKB 4CZGA 3BEXA 4WQ4A 3ID8A 3VGKA 4FOEA 2ZGZA 2YHWA 2QXLA 3O8MA 4CD1A 4WQ5C 3ZX2A 3CI5A 1E4GT 1NGEA 2V51B 3L4IA 4PKGA 3OHRA 3H45C 3FZMA 1NGCA 1GLBG 2GTDA 3HI0A 3ATUA 3HTVA 4FWKA 5ADXH 2E1YA 1IJJA 3CQXA 5BRDA 1JCEA 3UE5A 1YXQA 1XC3A 2P9KB 2P9KA 5AQJA 4H0OA 1ATSA 4IXCA 3EKSA 2FF6A 4CBUA 3FLCO 5AQYA 3VEYA 1T6DA 4EIAA 3WT0A 2E2NA 2FSNA 3FZHA 2PBDA 3R8EA 4BC5A 2HF3A 2FLOA 3IMXA 3RSEB 4CZEA 3HZ6A 4H0VB 5AQQA 3RSEA 5BREA 4M63C 5AQGA 1BU6O 3CJBA 3DAWA 4CZMA 5TKYA 1BA0A 3VGLA 3VENA 1DGKN 2E2PA 3MK6A 5EXWA 1KAXA 1RDWX 4O5FA 4J8FA 4BG9A 5KPZA 3A5NC 5EVZA 5AQLA 2W41A 2HMPA 5ELZA 3ZEUB 4BRCA 4H5TA 1ATNA 4WYBA 4FWPA 4A2BA 3AAQA 1QQOA 3IUCA 4BRFA 4XH4A 3H3OB 3O4WA 4B1XB 3VETA 5AZJB 4PL7A 5AZJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHUA 2YCHA 4CHYA 3OYJA 1OH7A 1KVAA 3L2QA 3KZBA 3BY5A 4CK3A 1ZVEA 4WFNL 2UXDK 4FWLA 3ZSQA 2AA4A 4CGIA 3I56N 3VQDA 5DM7L 3KOXA 3FR0A 1NH5A 1HPZA 3T7ZA 4AHTA 3LDSA 3LDQA 3H3NO 4K43A 2YNFA 4DSLA 3E7RL 4JI1K 4FJNA 2GWJA 2Q97A 1ZYVA 2CGKA 2WBNA 3OYFA 5CZ1A 2O8DB 1B9FA 2VGNA 1L5UA 1YUWA 2UUCK 3KHYA 2BE2A 3VQCA 2BGGA 3CCLN 3D2EA 3CFPA 4CQKA 2QM1A 2GV9A 4OKJA 4CZJA 4Z94A 4CF8A 3V1QA 2GMOA 4LD0A 4CZLA 3HT3A 4OX9K 4DTXA 2WTUA 2B68A 3SCXA 1VQPN 4BC3A 5KTQA 1Q8IA 2G8KA 3ATVA 2AP1A 5J2QA 1O1WA 3KLIA 3VEZA 1KFDA 1I3AA 1WB9A 3U4LA 4FLYA 1S72N 3RWUA 1IV0A 4JI8K 3N4QA 3QDKA 1BI4B 1G99A 2JGUA 2V7ZA 4DR6K 2Y1IA 3MX5A 1LV5A 1RT1A 2FXUA 1RBSA 4ICLA 5EOYA 3ISNC 5FPDA 1J9AA 2P9NA 4M7XA 3VMFB 4BG8A 5JLFA 1WSJA 3VQ6A 4L3QA 1B3CA 4FPAA 4JKFA 1SNBA 2NRHA 3C6AA 2G8HA 3CC4N 1CZAN 3I8DA 4F3TA 5CHIA 1HKGA 3NVKA 2KJAA 4IJNA 3CFOA 4AB0A 1SL0A 3GKUA 1GLJO 2I5JA 1C1CA 3IRXA 1RFQA 1S6QA 3K9JA 3WEEB 4BWMA 3OVNA 4GV9A 4JKGB 1YHQN 3MN5A 3UKRB 1HYZA 4FWNA 3AARA 3VF6A 2XY7A 3O5BA 5HLFA 5AQIA 1ZVGA 4CBWA 3QIPA 4FK0A 1YI2N 1NE5A 4IG0A 3SYZA 2I7PA 3ZX3A 4WE1A 3NF9A 3DXKB 4BVOA 1QZ5A 4NXMK 3UB5A 3AY9A 4M3YA 3HPHA 2D1KA 4UAEF 4BC2A 1SEGA 4FJGA 4CEAA 4JHDB 3ZSRA 4J2BA 1ZC6A 3M8SA 4BE1A 4KHNA 4Q0BA 3AA3A 3P1GA 1SKSA 1JKHA 2HNZA 4FM1A 1GPSA 4FLTA 2YHBA 3L2RA 3PLAA 3T69A 1TAQA 4EP4A 4DR4K 1JKZA 4BROA 1O13A 1JLBA 3ZT1A 2X74A 3QICA 3EZWA 2D0PA 4IKFA 2IS3A 3OYDA 3E1YA 1P0AA 4H5WA 3KWIA 3K5LA 4BEBA 4BGBA 1S6PA 2IOCA 3MXIA 5I3UA 5AZIA 4C23A 4E1JA 3IFRA 3VEWA 3AVAA 4BR9A 3AVKA 4ID5A 4LC9B 3AVFA 2VY6A 1S5JA 2QW9A 4N47A 5LY3A 4DV4K 3VF2A 3PIOL 3SAFA 2YHYA 2KZZA 2X78A 4JKDA 2HNDA 4DSEA 5BRHA 1FKPA 1VQ8N 1X9WA 4OLBA 4O44A 4DF8A 3DI6A 4BC4A 3KWGA 2NNWA 4FPBA 4O0JA 1P00A 1CHZA 1HR0K 3ZLJA 2H3GX 4KPYA 4JKHA 1DTTA 1P8ZA 4Z0UA 1T7PA 3HP6A 1LAVA 2B5JA 3AGKA 4FSVA 4V1DC 3VGMA 5FRNA 1RCHA 1JCGA 3R3LA 4BACA 1QQMA 1SKRA 1YF5L 5T7BA 1VSFA 3L6QA 1KD1O 1Y97A 2QI2A 4C1NI 2ZD1A 1IKWA 3TAPA 4CZIA 3CJ7A 4GVMA 3CIPA 1KAYA 3WNGA 3I33A 3VQ5A 3HPOA 1VSDA 1J5EK 4K8XA 4CZKA 1N36K 2E20A 2O8FA 4CGJA 3PX4A 1T7EA 3S3OA 2OTJN 1B7DA 3PSFA 2IVPA 3CERA 2G8VA 4BDPA 2ATBA 2FBYA 2B3CA 1MDUB 4TSXA 3L56A 3MX2A 3H6EA 1RILA 1CLQA 4JKEA 4IEEA 3WNEA 4DTPA 4BR4A 1KQSM 1L3TA 5AQZA 3CMEN 4ZTFA 5CE3A 1TKTA 2MZ0A 1BHLA 5AQOA 1Z6RA 2N2RA 1GLDG 3K5OA 2CGLA 4CCHA 4L8RB 4H0PA 2YKMA 3SPYA 4CFAA 4YHHK 4H5NA 4C8OA 3VERA 1LQQA 3ENOA 4DHYA 3HM8A 2ZGYA 4AQYK 2X6NA 3G10A 3HXMA 4FOIA 4KO0A 5C15A 4RW4A 1VQ4N 3M5RA 3HVTA 4UADE 5KPRA 4DTRA 4W5QA 1R0AA 3H1QA 4CHQA 2HHSA 3MMVA 3RMAA 4NXNK 1NMDA 4CF1A 5BN9A 4RW9A 4KKOA 3U9ZA 4DV6K 4FXDA 5M1OA 3TSUA 4Z4GA 1TVRA 2D0OA 3RVCA 3MN7A 3K2PA 1HPMA 1W9HA 3E9LA 2HF4A 4JD2B 1MU2A 4CEQA 4BRNA 4FJ7A 4K0KK 4GMJB 1JXCA 4IDHA 3LPTA 5HRSA 2KHOA 1NGBA 1HQEA 1KSPA 1A5WA 1Z25A 2FBXA 5AQRA 3QERA 1U49A 1RT7A 1S1VA 4Y1CA 2MBKA 1NK9A 4BR5A 1IBMK 2KGQA 4UJ0A 4O8UA 4DU3A 4KB0A 1BMRA 4OPJA 2QWNA 4HHFA 4JI5K 3MDQA 2QEXN 4ZTJA 5CYMA 1S22A 2ZF5O 5K14A 4IOCL 4E1MA 1H1VA 1ASVA 3NFAA 3OYKA 2HSTA 4YORA 3KLHA 1DQ7A 1J5OA 3K57A 4C8NA 3SQ4A 3R1XA 3J7YP 2O4GA 4EFHA 5KQDA 2JWKA 2UXBK 1LWCA 3FFKB 4CZGA 4CJUA 3BEXA 1UOCA 3ID8A 4E7JA 3VGKA 4KYPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4AHU A;  2YCH A;  4CHY A;  3OYJ A;  1OH7 A;  1KVA A;  3L2Q A;  3KZB A;  3BY5 A;  4CK3 A;  1ZVE A;  4WFN L;  2UXD K;  4FWL A;  3ZSQ A;  2AA4 A;  4CGI A;  3I56 N;  3VQD A;  5DM7 L;  3KOX A;  3FR0 A;  1NH5 A;  1HPZ A;  3T7Z A;  4AHT A;  3LDS A;  3LDQ A;  3H3N O;  4K43 A;  2YNF A;  4DSL A;  3E7R L;  4JI1 K;  4FJN A;  2GWJ A;  2Q97 A;  1ZYV A;  2CGK A;  2WBN A;  3OYF A;  5CZ1 A;  2O8D B;  1B9F A;  2VGN A;  1L5U A;  1YUW A;  2UUC K;  3KHY A;  2BE2 A;  3VQC A;  2BGG A;  3CCL N;  3D2E A;  3CFP A;  4CQK A;  2QM1 A;  2GV9 A;  4OKJ A;  4CZJ A;  4Z94 A;  4CF8 A;  3V1Q A;  2GMO A;  4LD0 A;  4CZL A;  3HT3 A;  4OX9 K;  4DTX A;  2WTU A;  2B68 A;  3SCX A;  1VQP N;  4BC3 A;  5KTQ A;  1Q8I A;  2G8K A;  3ATV A;  2AP1 A;  5J2Q A;  1O1W A;  3KLI A;  3VEZ A;  1KFD A;  1I3A A;  1WB9 A;  3U4L A;  4FLY A;  1S72 N;  3RWU A;  1IV0 A;  4JI8 K;  3N4Q A;  3QDK A;  1BI4 B;  1G99 A;  2JGU A;  2V7Z A;  4DR6 K;  2Y1I A;  3MX5 A;  1LV5 A;  1RT1 A;  2FXU A;  1RBS A;  4ICL A;  5EOY A;  3ISN C;  5FPD A;  1J9A A;  2P9N A;  4M7X A; 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