5F0XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 2'-deoxy-adp and inorganic phosphate
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f0xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f0xA04
2E8AA 2QWPA 1P8ZA 2VYPA 4M7YA 3WXJA 1SZ2A 3WEEA 5BPMA 2FSKA 1YVNA 3IFRA 3VENA 5LJVA 5BREA 5AQYA 4JHDA 4H5VA 1MDUB 2KHOA 2VCPA 2OANA 4EFHA 3ZEUB 3JXUA 3VEWA 5CE3A 5FPNA 4QS9A 3TU5A 1TUUA 3RSEB 4CD1A 3CIPA 4I6MA 1IG8A 3AARA 2BTFA 3GE1A 5LJWA 4ISEA 1ZXOA 4B1ZA 4BRIA 3IMXA 3CERA 3JS6A 4BRLA 2YHWA 3O1BA 3R8EA 1GLJO 2P9PB 1DEJA 4BGAA 3UE5A 5AQMA 3A0IX 3EZWA 1XQSC 3QBWA 3UKUB 4H0XB 1NGFA 4BGBA 3VOVA 3VEYA 3BP8A 4A62A 5AQTA 4FWQA 4EIAA 1X9JA 2E2QA 3WQTA 2IVOA 3LDQA 3ZETB 1BWFO 4CZLA 3CJ7A 5EVZA 2ZGYA 2D1KA 5AQFA 2Q31A 4FO0A 1QQNA 2DPNA 3DWLA 2P9SA 5AQRA 2YCHA 3C0BA 2CGKA 5AFUH 3QICA 5AQNA 1OKJA 1YXQA 2EWSA 4CI6A 1BO5O 1QZ6A 2YJFA 2A40A 4FOEA 3ZX2A 4MO5A 3FZKA 4O5FA 1DKGD 4PKIA 2PBDA 4H03B 3ATVA 4A2BA 3CJAA 3ZX0A 4WQ5A 5BPNA 1BU6O 2BUPA 3TPQA 1NGEA 3OHRA 3L6QA 1JCFA 1NMDA 3KHYA 5AQGA 3LDPA 3W3DA 1ZBSA 2E2NA 4BRGA 1NGGA 4C23A 1E4GT 4XH4A 3CQYA 3H46O 2V51B 2PAVA 2D0PA 1ATRA 5I9EB 2FSJA 4FWRA 3D2EB 5AZJB 4Z94A 3H1QA 3CI5A 1G99A 3DXMB 2P9KB 1ATNA 3CHWA 4FWPA 3QMLA 4HTLA 1Y64A 5EY4A 3H45C 3WUHA 3QFPA 5AFUA 3O8MA 5EX5A 4K42A 4CZJA 3M3ZA 3H6EA 5AR0A 5BRDA 3VETA 3UKRB 4JNEA 3A5LC 1NM1A 4FWMA 3MCPA 4BREA 4CZHA 4FSVA 2CGJA 4H0TB 2WUSA 3FR0A 1C0FA 5JMVA 4PKHA 1ATSA 2P9UB 4BG9A 3ZEUA 4K43A 5JLHA 3HSCA 4BVPA 4NO7A 1U2VA 3ID8A 1NGHA 4IO8A 3QDKA 2ZGZA 4BRFA 1SAZA 4CZIA 1TYQB 4MLEA 3RSEA 4CZGA 4F9OA 2P9NA 2E88A 3D7EO 4RCHA 5JLFA 1U6ZA 4B9QA 5KQDA 3LL3A 3GL1A 3WT0A 2J4RA 4BRMA 1LCUA 3VF4A 5F1XA 4BRDA 3DAWA 5BPLA 2Q2RA 3A5MC 1V4TA 5BN9A 4BR5A 4EHTA 3L4IA 2ITMA 1NBWA 4FPBA 3UKUA 4IWVA 5ELZA 1KAZA 3J8AA 1YUWA 4WQ4A 1NGCA 3BF1A 3BEXA 1HKCA 4BRNA 4CZFA 3KVGA 2IVNA 3VGMA 4CBUA 1X3MA 1HKBA 3VGLA 1QQMA 3ZETA 3B8AX 4DCHA 3A5NC 3HTVA 1RFQA 3EKUA 4BC3A 4PL8A 3SMPA 3O4WA 1XUPO 3FLCO 3HI0A 1RDWX 2QXLA 3GBTA 3O1WA 4CBXA 1BA0A 4A2AA 2ZWHA 3AY9A 5FPDA 3R6MA 4EHUA 1K8KB 4B1YB 2QWRA 5F2RA 1J6ZA 3FE1A 1BA1A 1KAXA 2F9TA 4AM7A 3LM2A 1GLEG 4B1UB 1NWKA 3O6WA 3P4IA 3FZFA 5AQHA 4RWTA 5AQQA 3IDHA 2GUPA 4MLHA 4M63C 2HF3A 3QB0A 3W0LA 5AZIA 2A3ZA 2FSNA 3BUZB 4BC4A 1BDGA 2NZTA 2E1YA 4KBOA 2HOEA 3MN9A 2P9IB 2W40A 3M1FA 3UB5A 5LY3A 3HBTA 1BUPA 4BQZA 4NB4A 4FWLA 3MN6A 2IVPA 1QQOA 1MWMA 3IUCA 5AZJA 1NGBA 2IIRA 1JCEA 4BRAA 3DXMA 3MDQA 5KPRA 3FZHA 4H5NA 2Q0RA 3SK3A 1H1VA 1S22A 1Q18A 4FL9A 2D4WA 3CJ9A 2P9LB 3O5BA 5TKYA 1NGDA 3CJBA 4BR9A 3M6GA 2QWLA 4DQ8A 3UKRA 4JD2A 2V7YA 3LM9A 3S41A 4BRKA 4E1JA 2Q97A 3DXKB 3G25A 4WQ4C 1ZC6A 4Y0WA 3ULEB 1QHAA 2Q36A 2E2PA 1GLCG 3VEXA 3EKSA 3GG4A 5AQLA 5AQWA 4CZMA 2ASPA 4M7XA 5ADXA 5FPMA 2AA4A 2CH6A 2CGLA 4H5TA 1HX1A 3LDOA 2ASMA 3WXIA 2QWMA 4DHYA 4JAXA 2Q1NA 5BRFA 3LDLA 3MMVA 2A42A 4FPAA 1X3NA 2QWQA 2AP1A 2V52B 4IJNA 2Q0UA 3DJCA 3U9ZA 3I33A 3EO3A 1WOQA 4HWIA 4XH5A 5EOYA 2FF6A 4CD3A 2HMPA 1QZ5A 2GWJA 3H1VX 3D2FB 4IJAA 1HLUA 5BRHA 5AQVA 3AAPA 1T6CA 2F9WA 4WQ5C 4BR4A 3F9MA 5AQXA 3C7NB 2P9PA 5AQPA 4BC5A 4L3QA 2E20A 2NRHA 5JICA 1BOTO 4WYBA 3H3NO 1E4FT 3O80A 1K8KA 1NLVA 4PKGA 4FOIA 3ZX3A 3QBXA 2QWOA 3I8BA 1HJOA 1U2VB 1Z05A 1GLAG 3WXKA 2YJEA 3CETA 4DB3A 4ISFA 1HKGA 3GDQA 5FPEA 4K25A 2A5XA 2P9NB 2YHXA 3FZMA 3FGUA 3WEEB 4BVOA 5B8HA 4YDUA 3VESA 4JHDB 5BN8A 3AAQA 4GNIA 4J8FA 3CQXA 4MO4A 2P9IA 3HM8A 1T44A 3MN7A 4BRPA 2QW9A 1GLLO 2ZF5O 5AQIA 1T6DA 4CJ7A 3SMSA 4LC9B 4BRCA 2GELA 4RTFD 4B1WB 3CJ1A 5AQUA 3MK6A 1RGIA 1TUYA 1DGKN 2GWKA 3VEZA 3VEOA 4I6MB 5KPTA 5ADXH 5F0XA 1GLDG 4FWKA 4H0YB 4BROA 1IJJA 1GLFO 2A41A 4B1XB 2UYTA 2P9LA 4BR2A 2I7NA 1EQYA 4IZ9A 3O08A 2FXUA 2E1ZA 3VGKA 4XH1A 3SJHA 3D2EA 4A61A 3DXKA 3HZ6A 3A5OC 1XC3A 4BG8A 1MA9B 4H5RA 2P9KA 3R9PA 3U9DA 3WQUA 3ULEA 1NGJA 5AQKA 1HUXA 5E84A 3U4LA 4BR7A 3ATUA 4XEIA 2CH5A 1WUAA 3VEVA 2VWBA 4CBWA 1SQKA 3LDNA 2P9SB 4H0PA 3QFUA 3VPZA 1V4SA 5EXWA 4ISGA 5AZIB 5KQ8A 2FF3B 4K41A 5E26A 4FWSA 3U8XA 2HF4A 1S3XA 5AQZA 3WXLA 1C0GA 2P9UA 2ASOA 1R59O 4QS8A 4GY2B 4H0OA 3H3OB 2W41A 1ESVA 3EN9A 3VF6A 3VF2A 4PL7A 1TYQA 1MWKA 2E2OA 3CJCA 1NGAA 2I7PA 4JN4A 1JCGA 4O8KA 4YDUC 3SLCA 3FZLA 3D2FA 2FLOA 3L0QA 4BRHA 4CZEA 5KPZA 5AQJA 3ENOA 2YHYA 2YI1A 1BG3A 2D0OA 3KZBA 3GOIA 4H5WA 5AQSA 1CZAN 1KAYA 3C7NA 2GEMA 4EAHD 4BRQA 1YAGA 4JD2B 3A8YA 3MN5A 4FWOA 4AM6A 3BF3A 4IXCA 2QWNA 2NLXA 3ENHA 5AQOA 4B1VA 5BR9A 2QM1A 1GLBG 1Z6RA 4H0VB 4FWNA 1LOTB 2V7ZA 2GTDA 2H3GX 4QS7A 4CZKA 4BC2A 4BR0A 3EL2A 1KXPA 3FFKB 1D4XA 2A6AA 1NGIA 3VERA 4BQLA 1HPMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E8AA 1UAXA 3M8RA 2JWKA 4F3TA 3LWLA 3VA0A 3O3GA 1T7PA 1Q8IA 2B3CA 2UU9K 1IV0A 1J5OA 1M90O 5BPMA 4CK2A 1XMOK 3OYGA 5BREA 4JHDA 3EE8A 2YNGA 3SBTA 3U3GA 1DQ7A 4I2QA 3E66A 1HYVA 4BDYA 4QS9A 4RW4A 4ELUA 4ILGB 5AJ3K 1WSJA 1TL1A 3RSEB 5C10A 3CIPA 1JLQA 5JS1A 1JLCA 4QOZB 2BTFA 5LJWA 4ISEA 1EWQA 1HNIA 3IMXA 1N5YA 3JS6A 4I2PA 4DFPA 4YOXA 4PUOA 2HNDA 4BGAA 2OCEA 1RT6A 3EZWA 1POIA 3V9UA 1NGFA 3AO4A 3SUQA 1OH5A 1I94K 2OZMA 3F9KA 4KH6A 4Q5VA 2JLEA 4A62A 3I8DA 5M1OA 4EIAA 5HLFA 2E2QA 3WQTA 1RBRA 3ZETB 2YC1C 2ZQBA 4PY5A 4FJGA 3CG7A 3ENBA 2HNYA 3CM6A 1CHZA 1RDUA 3C0BA 5AFUH 4X64K 4DF8A 5J2QA 1IBMK 4LFCK 3HVTA 1OKJA 1YXQA 2EWSA 3MECA 4IFYA 4BE1A 1BO5O 1J9AA 2YJFA 4FOEA 3ZX2A 3P5JA 3FZKA 1RT1A 1DKGD 5C42A 4PKIA 1JKZA 2PBDA 1KV0A 3ATVA 4WQ5A 2VG5A 1T03A 1JCFA 1EXQA 5HL7L 4M3XA 4JEPA 3KHYA 3LDPA 3N4PA 1HQEA 3T69A 3VQPA 3BK3C 3W3DA 4JRPA 4DV1K 1LQQA 2O8BA 3KP1A 2E2NA 4A59A 1Q9XA 2LN8A 4F2RA 3SAHA 1QVGM 1N4NA 3CQYA 3H46O 2RE2A 1ATRA 5I9EB 3ID6A 2YNHA 5SZTA 3CCRN 2VQFK 1IBKK 1Q9YA 3TABA 3WNFA 3H1QA 4H4MA 3OJSA 4OKEA 2P9KB 3KHWA 4FWPA 2ZJQL 4KO0A 2VWJA 1X9MA 3B6PA 3KLHA 5AR0A 4FM2A 4LF7K 4CF0A 2IDOA 3NH2A 1D9DA 4UAEF 3HOSA 3O3FA 3QEVA 3AO2A 5JMVA 1ATSA 4B9UA 3KOXA 1Y97A 3ZEUA 5JLHA 3AVMA 4BVPA 2XY6A 3TI0A 4CK3A 4NO7A 2ZGZA 4JKFA 4AEIA 3DRRA 3VQ9A 2YKNA 4IOAL 4Z4GA 2IAJA 4F9OA 2IS3A 4KTQA 3PLAA 4C1NK 4B9QA 5KQDA 4CHQA 1VSDA 3OYHA 2J4RA 3VQDA 4BRMA 2QKBA 1C0UA 3I0SA 5BPLA 3BZKA 3A5MC 3HK2A 4KTWA 1NMNA 3ZSWA 3KOWA 4DTRA 5ELZA 4C8MA 1KCFA 1YUWA 4WQ4A 2G8FA 3BEXA 1HKCA 2IVNA 2LY5A 1SN4A 4AHTA 1HKBA 1L3UA 2NRWA 4DTSA 1SEGA 2YIOA 3I55N 3O4WA 4Z0UA 2WC9A 4HE7A 4EP5A 4CF2A 1SL0A 2QXLA 3AVNA 4CF9A 1JXEA 4YFUA 1HPZA 4KV8A 3CCMN 3EE9A 3QLHA 4B1YB 1XHXA 3OYJA 1L4VA 4EZ9A 1KSPA 3L4QA 1RTJA 4B1UB 1NWKA 3P4IA 4FLXA 2GUPA 4CJWA 1BISA 1VSIA 3W0LA 5AZIA 3ASMA 3NFAA 1RDBA 3PSFA 4OLBA 2A3ZA 4W5NA 1BDGA 3THYA 5KRTA 1XC9A 2PYLA 1REVA 1D9FA 1YHQN 1N36K 3UB5A 1YI2N 1VNBA 3HBTA 4RW7A 1FXXA 1HR0K 4IFVA 4BQZA 4FWLA 5JS2A 1O1WA 5HRSA 2IVPA 5GIOA 3WNGA 4YOVA 1K9MO 4CESA 4PHTX 1NGBA 3RR8A 2IIRA 3ZT0A 1BQNA 2RPIA 1XRSB 3SV3A 4DQRA 4FK0A 1GOAA 3DXMA 3MDQA 2P9LB 2WONA 4Y1CA 3UKRA 2N2RA 5HBMA 2DTUA 1T3VA 1DLOA 4H8KA 1ZC6A 1S1VA 1SKRA 3ULEB 3E1YA 5CHIA 4M42A 3ZSYA 4WE1A 3E7UX 3V1OA 1T7AA 2KYQA 2HHWA 3QEXA 1CXQA 1YJWN 3QINA 1NOYA 3WXIA 3RMBA 2QWMA 2ITGA 2KBHA 4B9SA 1HYSA 4CGFA 5JVHL 3KWIA 4IEIA 3MMVA 4M45A 4DSKA 4FPAA 4BECA 1RBSA 1VQMN 4Z4FA 4FJ7A 1TI5A 5T7BA 3DJCA 3C6HA 1NE5A 4M3RA 1NK5A 3I33A 2Z1GA 2FF6A 3E9PA 2YIPA 4R79A 4Z4EA 1ASUA 4IJAA 4O0JA 1HLUA 3PUFA 4DR4K 1YVUA 4BE7B 1Q7YO 3PX6A 4PWDA 2HHHK 2R7YA 4LF5K 4ID1A 1K6YA 5JICA 1BOTO 3J81O 2GBZA 5I42A 5FROA 1OH8A 3SJJA 2D0BA 3QIOA 3V1QA 4L8RB 4FJXA 1ZVGA 4F4KA 5JVGL 3ZX3A 4CEOA 1LAWA 2JDQD 2QWOA 3JAMO 3B6OA 3WXKA 1K8AO 4O4GA 4DV6K 3NCIA 4KREA 2P9NB 3FZMA 1EWRA 3FGUA 4DQQA 4DS5A 2EHGA 1WAJA 1ZU3A 4JHDB 3O4NA 4DF4A 2QEXN 3C6TA 4CHYA 4J8FA 4FJNA 3CQXA 1QSYA 2P9IA 3MN7A 4LH5A 1R0AA 3KD5E 4EZ6A 3L2RA 4JKDA 1GLLO 1VSHA 4OPKA 3SMSA 1ZBLA 4BRCA 2WBNA 4C8KA 3IRXA 4RTFD 4B1WB 4JI5K 2GWKA 4MQ3A 2G8KA 1JJ2M 2MZ0A 3K5NA 3SPYA 1GLDG 1S72N 4LF9K 4C8LA 3S9HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E8A A;  1UAX A;  3M8R A;  2JWK A;  4F3T A;  3LWL A;  3VA0 A;  3O3G A;  1T7P A;  1Q8I A;  2B3C A;  2UU9 K;  1IV0 A;  1J5O A;  1M90 O;  5BPM A;  4CK2 A;  1XMO K;  3OYG A;  5BRE A;  4JHD A;  3EE8 A;  2YNG A;  3SBT A;  3U3G A;  1DQ7 A;  4I2Q A;  3E66 A;  1HYV A;  4BDY A;  4QS9 A;  4RW4 A;  4ELU A;  4ILG B;  5AJ3 K;  1WSJ A;  1TL1 A;  3RSE B;  5C10 A;  3CIP A;  1JLQ A;  5JS1 A;  1JLC A;  4QOZ B;  2BTF A;  5LJW A;  4ISE A;  1EWQ A;  1HNI A;  3IMX A;  1N5Y A;  3JS6 A;  4I2P A;  4DFP A;  4YOX A;  4PUO A;  2HND A;  4BGA A;  2OCE A;  1RT6 A;  3EZW A;  1POI A;  3V9U A;  1NGF A;  3AO4 A;  3SUQ A;  1OH5 A;  1I94 K;  2OZM A;  3F9K A;  4KH6 A;  4Q5V A;  2JLE A;  4A62 A;  3I8D A;  5M1O A;  4EIA A;  5HLF A;  2E2Q A;  3WQT A;  1RBR A;  3ZET B;  2YC1 C;  2ZQB A;  4PY5 A;  4FJG A;  3CG7 A;  3ENB A;  2HNY A;  3CM6 A;  1CHZ A;  1RDU A;  3C0B A;  5AFU H;  4X64 K;  4DF8 A;  5J2Q A;  1IBM K;  4LFC K;  3HVT A;  1OKJ A;  1YXQ A;  2EWS A;  3MEC A;  4IFY A;  4BE1 A;  1BO5 O;  1J9A A;  2YJF A;  4FOE A;  3ZX2 A;  3P5J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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