5F0XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 2'-deoxy-adp and inorganic phosphate
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f0xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f0xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f0xA04
3GG4A 2HF3A 1E4FT 2I7NA 3O8MA 3U9DA 4K25A 1QHAA 3VGLA 4CD1A 1BWFO 5BN9A 4CBXA 3M1FA 4CZHA 4IO8A 1QQOA 3FLCO 4H0YB 3VEYA 5AQSA 3B8AX 1HX1A 1MA9B 4B1ZA 2E2OA 3O08A 3LM2A 4BRAA 2FSKA 3ATVA 1RFQA 3L0QA 4BG9A 4EIAA 5AQJA 2ASPA 5TKYA 3VETA 1BUPA 5AQLA 2Q1NA 2YCHA 2AP1A 4JHDA 4HTLA 3ZX2A 2E2PA 2Q0RA 4FO0A 4BRIA 3CJCA 4BR4A 2P9IB 4RWTA 4Y0WA 5FPMA 5BRDA 1T6DA 3CQYA 1NGEA 2Q36A 5CE3A 5AQRA 3ATUA 3BF1A 3C7NB 5JLHA 1QQMA 3S41A 4CZFA 1YAGA 4YDUC 4B1VA 2V7ZA 2Q2RA 2HOEA 2QWMA 5AZJB 2F9WA 4C23A 1NGHA 1D4XA 2H3GX 4JNEA 2P9SB 2W41A 1K8KB 1GLEG 3CERA 4CD3A 1LCUA 3IDHA 3SK3A 3JS6A 3WXJA 3D7EO 1NGAA 2E2QA 3WT0A 3VF4A 4BR5A 4GY2B 1T44A 4FL9A 2BUPA 2QXLA 5AQYA 5E84A 3BF3A 3GBTA 3VEZA 3CJAA 4MO4A 2FF6A 1QQNA 2UYTA 2YHWA 3DAWA 1U6ZA 3MN7A 3WEEA 5AQMA 1LOTB 1GLFO 4WQ4A 3KVGA 3HBTA 2QWRA 1BA0A 3LDLA 1U2VA 5ELZA 2FLOA 3VGKA 2AA4A 3FE1A 4IJAA 1Z6RA 3SJHA 2P9UB 4EHTA 4FWKA 2FSNA 3BP8A 2E2NA 4H0VB 3VEVA 1RGIA 3DXKA 4HWIA 2PAVA 4GNIA 3VEXA 3EKUA 2V51B 3O6WA 3A5LC 5AFUA 3A8YA 5BPMA 2GWJA 5FPNA 3R6MA 5AQHA 4K41A 5F1XA 3LDPA 5EVZA 3AAQA 4H0OA 5LJVA 3DJCA 3QBWA 4O5FA 4BR7A 3OHRA 4A2AA 5AQXA 5AZIA 4XH5A 4DHYA 1NMDA 3IUCA 2GUPA 3WXIA 3MN5A 4BC5A 4IWVA 1WOQA 4BRQA 4FOEA 1S3XA 3BUZB 4BRPA 1ATRA 3GOIA 3R9PA 3D2FA 2P9LB 1KXPA 5AQGA 4J8FA 2ZGZA 1GLCG 3A0IX 3MN9A 5EXWA 3GDQA 3M3ZA 5AQQA 1ZC6A 4K43A 5E26A 4CBWA 1ZXOA 4H5RA 2P9KA 2V52B 3AARA 4FOIA 1HKBA 3H6EA 1NGFA 5AQZA 3LL3A 3QFPA 2A41A 4FWPA 4RCHA 3U4LA 3WQUA 4A2BA 3CJ9A 4CZKA 2QWLA 4BRGA 4PKIA 1DGKN 5AQKA 3ZX3A 2E8AA 3FZHA 3LDNA 5FPEA 5AQUA 1X3MA 4BGBA 2A6AA 3QICA 3AAPA 2W40A 1QZ5A 4FWQA 3I8BA 1NM1A 2IVPA 1HLUA 3ZEUB 3RSEA 1NGCA 4FWRA 2FXUA 3QBXA 1P8ZA 4WQ5C 3ZX0A 4BROA 2CGKA 1JCFA 2A42A 2J4RA 4FWNA 5AQOA 4WQ4C 4BR0A 1GLDG 4K42A 3W0LA 3WUHA 3DXKB 4ISEA 3H1VX 4BRDA 4I6MA 2QWPA 2P9PA 4M7YA 2QW9A 5ADXA 3QDKA 2Q97A 5BRFA 3I33A 3VENA 5KQ8A 1NGBA 4QS7A 2OANA 4CBUA 2A5XA 1ZBSA 3W3DA 3O4WA 5AZIB 1V4SA 4H5TA 3MDQA 1NGGA 5JICA 1V4TA 3DXMA 3VF6A 4RTFD 2VCPA 4H0XB 4FPAA 1NWKA 4LC9B 4WQ5A 4IXCA 4JD2B 5BRHA 3CJ1A 3A5NC 2NRHA 5JLFA 4BGAA 4DQ8A 3FFKB 4O8KA 1BG3A 3D2FB 4QS9A 2GEMA 4CZJA 4BRMA 1SZ2A 4BG8A 4NB4A 1TYQA 5EOYA 4B1YB 4CZLA 3MN6A 4KBOA 5AFUH 1E4GT 1HUXA 3EN9A 1GLAG 3F9MA 1JCEA 1RDWX 4PKHA 4EFHA 3GL1A 4XEIA 3EL2A 3H45C 2ITMA 3UE5A 5AQVA 3HI0A 4FPBA 4JHDB 4BQZA 1IG8A 3EZWA 4E1JA 2E20A 3KZBA 1T6CA 3C0BA 3EKSA 2CH5A 1NGJA 1NLVA 4FWMA 4PL8A 5KPTA 1KAXA 4BRCA 4JN4A 5AZJA 1X3NA 3VF2A 2P9SA 1HPMA 3VEOA 4F9OA 5AQPA 3O80A 1K8KA 2D0PA 3H1QA 4H0TB 5KPRA 3O5BA 1BO5O 2D4WA 1OKJA 2HMPA 3M6GA 3ULEA 2ZF5O 3D2EA 2A3ZA 5BPLA 3FZMA 3HM8A 3HTVA 5KPZA 3FZLA 5AQFA 1DKGD 2CH6A 1KAZA 4BVPA 3GE1A 3HSCA 3VEWA 1XQSC 4M7XA 4FWLA 4L3QA 4ISGA 3ENOA 4B1WB 1X9JA 4CI6A 1NBWA 2Q31A 3A5MC 4MLEA 3BEXA 3MMVA 5BREA 5F2RA 1ATSA 3L4IA 2ZGYA 4FWOA 3DXMB 3WEEB 4NO7A 4AM6A 1C0GA 3TPQA 2DPNA 4XH4A 2F9TA 3SLCA 3J8AA 1U2VB 2P9UA 1GLBG 3TU5A 2ASOA 5LJWA 5AQNA 3JXUA 2QWNA 3CETA 3UB5A 4CZMA 5ADXH 1TYQB 1EQYA 3H3OB 3LDQA 4H0PA 3CQXA 4BRHA 3UKRA 4B9QA 2E1ZA 3QFUA 5EX5A 3G25A 2YJEA 3FR0A 5AQIA 3U8XA 3EO3A 5F0XA 1MWKA 1MWMA 3KHYA 1Q18A 4MO5A 3ENHA 2P9NA 1BOTO 1XUPO 2WUSA 3WXKA 4BRKA 3ZETA 2VWBA 2D1KA 3CI5A 1YVNA 2NLXA 4H5NA 1HKCA 4EHUA 1DEJA 3A5OC 3UKUA 3FZKA 4MLHA 1MDUB 2YHYA 3O1WA 4CZIA 2KHOA 3DWLA 2P9LA 3FZFA 3O1BA 3IFRA 3QB0A 3CHWA 4EAHD 5BR9A 3P4IA 3ULEB 4QS8A 3D2EB 3R8EA 3QMLA 3IMXA 2YJFA 4BVOA 3VOVA 3MK6A 4CJ7A 5BPNA 4B1XB 4BR2A 2YHXA 2QWQA 5EY4A 4PKGA 4FWSA 3FGUA 3L6QA 3VGMA 3VPZA 5FPDA 1G99A 4BC3A 2GWKA 2P9KB 1HJOA 3HZ6A 4M63C 4PL7A 1QZ6A 1R59O 2ZWHA 1BU6O 4BC2A 2I7PA 2BTFA 1YUWA 1SAZA 4AM7A 5JMVA 4YDUA 2GTDA 2Q0UA 1S22A 2P9IA 3SMPA 5AQTA 1TUUA 2ASMA 2IVNA 4FSVA 3ZEUA 4DCHA 3CIPA 3C7NA 4CZGA 1CZAN 1IJJA 3H46O 4BRNA 1JCGA 1NGDA 4H5WA 1HKGA 5I9EB 3WXLA 2QWOA 3RSEB 3AY9A 4IZ9A 4A62A 1BA1A 2YI1A 4B1UB 4CZEA 2NZTA 4BQLA 1NGIA 3LM9A 3MCPA 4ISFA 3H3NO 4XH1A 4BREA 1KAYA 1ESVA 3UKRB 3SMSA 4Z94A 1XC3A 2VYPA 4I6MB 3CJBA 2GELA 4H03B 2P9PB 5AR0A 4IJNA 4BC4A 2E1YA 2CGLA 3U9ZA 2PBDA 3CJ7A 3ID8A 2FSJA 1GLJO 4BRFA 5AQWA 1C0FA 4BR9A 4BRLA 4JAXA 5KQDA 1YXQA 2EWSA 2P9NB 2QM1A 3VERA 4A61A 2FF3B 1TUYA 1WUAA 4WYBA 5LY3A 3ZETB 1Z05A 4DB3A 3VESA 1J6ZA 2IIRA 4JD2A 1Y64A 4H5VA 5BN8A 1GLLO 2E88A 3UKUB 5B8HA 3WQTA 2A40A 1ATNA 2D0OA 2HF4A 1SQKA 2IVOA 2CGJA 1H1VA 3LDOA 1BDGA 2V7YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEBA 3AO2A 4UQGA 3NH2A 4FJJA 1E4FT 3E1YA 3QEPA 4CD1A 2E4LA 4CZHA 5KRSA 4IO8A 4H0YB 3CC4N 4YY3K 5CHIA 1OH8A 4JKGB 3F5TA 3L0QA 2XY8A 4CJPA 1BUPA 2F4VK 1TAQA 2WTUA 4JHDA 1JXEA 3Q7CA 3ZX2A 1BI4A 4BR4A 2P9IB 2NUBA 2Z1GA 4BE2A 1XHXA 1SL2A 3CQYA 2YV0X 3E9PA 5AQRA 4CJRA 3ATUA 4KKOA 4KTWA 3ZSXA 3VQCA 3LP0A 5JLHA 1LW0A 4M42A 4B3MK 1I39A 3TTFA 3VQ4A 4B1VA 1Q9YA 3AGRA 4IG3A 3O4QA 2HOEA 4CESA 2QWMA 4DTPA 2H3GX 3CPWM 1C0TA 4DR4K 3CERA 3QEXA 3IDHA 1EXQA 3WXJA 3PX0A 3D7EO 1WWNA 3SI6A 2YHBA 3T69A 3E9OA 4OVLA 5C25A 4CECA 2BUPA 2QXLA 3C94A 5DM6L 5AQYA 4BECA 1C6VA 1DTQA 5SWMA 2VGMA 4UAEF 1VQMN 3CJAA 3KOXA 1RILA 1QQNA 2UYTA 1W7AA 3J7AP 1VQ5N 3AO5A 4Z4HA 4FW2A 1GLFO 1ZBLA 4KB1A 3HRGA 3HBTA 4QCLA 2QWRA 5FROA 1WBBA 5FDLA 2HHWA 2AA4A 3LPUA 4YOYA 4JI4K 5M1NA 3V1RA 3T19A 4OLAA 2HBJA 4FWKA 2E2NA 2LI7A 1RGIA 5KK4A 4BE1A 1TK5A 4IFEA 5LL6Z 1T1TA 4FJ9A 3PY8A 2YHAA 5BPMA 1TKZA 2GWJA 3R6MA 4DU4A 1RTDA 4FZZA 5AQHA 4K41A 4HCBA 3LDPA 3VQ5A 3KTQA 2QEXN 4H0OA 3OYFA 1AHOA 4BR7A 4A2AA 1YJNN 1BIZA 2YKMA 4DHYA 2HNZA 1NMDA 4AQYK 2O4GA 4OKEA 4Z4FA 4CQKA 1RNHA 1FW6A 3LANA 3QINA 3THVA 1NKBA 3GOIA 4C8KA 3LALA 3LAKA 4WCEL 4NLCA 2QTDA 1QTMA 4DTOA 1GLCG 3MN9A 2KKZA 4FJHA 3GDQA 4AILC 3TSUA 4FOIA 5FRMA 1HKBA 3R3LA 5AQZA 3QFPA 2LJ7A 3CYMA 4FWPA 1EKEA 3JSMA 5C0YA 3C6UA 4W5NA 3QNOA 4EP5A 1K8BA 2ZD1A 3JYTA 3I55N 2GBZA 2GL1A 3MXMA 3FZHA 3LDNA 5K14A 3PLAA 1VQLN 1VQKN 4BGBA 4LFAK 2RHKA 1NK7A 2XHBA 4KRFA 5KI6A 1B92A 5C2DA 1QZ5A 4CFDA 4IFVA 1JKHA 1QSSA 2FXUA 3QBXA 4WQ5C 3ZX0A 2CGKA 2IAJA 4Z4EA 4DLEA 4PY5A 5AQOA 1TGOA 1WSFA 5DK5A 4ISEA 3H1VX 3V1QA 4IEIA 2N2RA 4YOVA 5ADXA 2M8BB 3THXB 3SQ0A 3G4SN 4BE0A 4NXNK 4DTNA 2D0AA 4CJUA 3KK3A 3NF7A 2A5XA 3VTHA 3OYDA 3QIPA 2VGNA 3SBGA 4CEEA 3OYJA 3DYAA 1NGGA 2DY4A 3N4PA 3DXMA 1XNQK 2VCPA 4LC9B 3OS0A 4FLYA 4IXCA 5BRHA 4J2BA 3CJ1A 4HVJA 3A5NC 2HBMA 4YORA 4KHSA 3D45A 1WSEA 3FFKB 3S5TA 4C8NA 2JWLA 1J54A 2O8FB 3NH0A 4NB4A 3S9HA 3T1AA 4B9SA 1HUXA 4DS4A 3ZT3A 1GLAG 4FCYA 1JCEA 4EFHA 3K5LA 3EL2A 4DKWA 5J2PA 2ITMA 3UE5A 3AVAA 4FPBA 4DQRA 4JHDB 4MDBA 4BQZA 1BI4B 4B8CA 2E20A 1T05A 2RPIA 3SAHA 3KLIA 1HQUA 4FWMA 1M1KO 2Z1IA 4O5BA 1N33K 5KGXA 4JN4A 2GX9A 4B9UA 1X3NA 1XMQK 1WAJA 5C2FA 4Y1DA 3RMCA 3H1QA 1BO5O 4FJXA 3D2EA 3HM8A 3HTVA 1QVFM 3H08A 5AQFA 3A2FA 1DKGD 1RT6A 1KAZA 1WSIA 1BCGA 1VQ9N 4CIFA 2HHVA 2O8DA 3GE1A 4M7XA 4DV6K 4DTSA 1T8EA 3OYLA 4ISGA 1X9JA 4CCHA 3KD1E 1NBWA 4MLEA 4CERA 3MMVA 4KV8A 4CFBA 2NRRA 5F2RA 1ZUTA 1ATSA 3L4IA 2X6NA 4OPAA 1VSDA 1AYJA 1I6FA 4DFMA 4FK4A 4JK8A 1TI5A 2DPNA 3ZSZA 4XH4A 1X1PA 4LF4K 3SLCA 3LWMA 3TU5A 2QWNA 2KBKA 4W5RA 3NH1A 4V1DC 3UB5A 4CZMA 2A1RA 3H3OB 1SKSA 3LDQA 3CQXA 4LF9K 4HCCA 4BRHA 3EYZA 3L3UA 3OYGA 5AQIA 1B7DA 4B9TA 2HSTA 3WNHA 3U8XA 5GAGP 3M8QA 3MEDA 1KC8O 4BDPA 4N47A 3CFOA 1JXBA 3E7RL 1BOTO 4Q5VA 5JS2A 2VQFK 4BRKA 3ZETA 4YHHK 1QSLA 4DS5A 1YVNA 4H5NA 4I2QA 4EHUA 3M8PA 1DEJA 1WNSA 3A5OC 5J2MA 4RG8A 1RT4A 1RBSA 3O1WA 1NOZA 3ZT1A 3FZFA 1T7BA 3OYEA 3CHWA 5CZ2A 3KLHA 3P4IA 4QS8A 1S6PA 3QMLA 4NCAA 2YJFA 1WT7A 1ZBUA 3VOVA 4BVOA 4DUYK 3HPOA 3GKUA 3SQ4A 1MR4A 3VA0A 3MK6A 1S5JA 2YHXA 4FWSA 1YITN 4JKCA 3VGMA 4JKGA 3VPZA 1VHXA 2GWKA 1KVBA 2ZWHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CEB A;  3AO2 A;  4UQG A;  3NH2 A;  4FJJ A;  1E4F T;  3E1Y A;  3QEP A;  4CD1 A;  2E4L A;  4CZH A;  5KRS A;  4IO8 A;  4H0Y B;  3CC4 N;  4YY3 K;  5CHI A;  1OH8 A;  4JKG B;  3F5T A;  3L0Q A;  2XY8 A;  4CJP A;  1BUP A;  2F4V K;  1TAQ A;  2WTU A;  4JHD A;  1JXE A;  3Q7C A;  3ZX2 A;  1BI4 A;  4BR4 A;  2P9I B;  2NUB A;  2Z1G A;  4BE2 A;  1XHX A;  1SL2 A;  3CQY A;  2YV0 X;  3E9P A;  5AQR A;  4CJR A;  3ATU A;  4KKO A;  4KTW A;  3ZSX A;  3VQC A;  3LP0 A;  5JLH A;  1LW0 A;  4M42 A;  4B3M K;  1I39 A;  3TTF A;  3VQ4 A;  4B1V A;  1Q9Y A;  3AGR A;  4IG3 A;  3O4Q A;  2HOE A;  4CES A;  2QWM A;  4DTP A;  2H3G X;  3CPW M;  1C0T A;  4DR4 K;  3CER A;  3QEX A;  3IDH A;  1EXQ A;  3WXJ A;  3PX0 A;  3D7E O;  1WWN A;  3SI6 A;  2YHB A;  3T69 A;  3E9O A;  4OVL A;  5C25 A;  4CEC A;  2BUP A;  2QXL A;  3C94 A;  5DM6 L;  5AQY A;  4BEC A;  1C6V A;  1DTQ A;  5SWM A;  2VGM A;  4UAE F;  1VQM N;  3CJA A;  3KOX A;  1RIL A;  1QQN A;  2UYT A;  1W7A A;  3J7A P;  1VQ5 N;  3AO5 A;  4Z4H A;  4FW2 A;  1GLF O;  1ZBL A;  4KB1 A;  3HRG A; 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