5F2RA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with amp-pcp
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
VGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 121
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-12-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f2rA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f2rA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f2rA04
1CZAN 4FWKA 1T44A 3VGLA 5F0XA 4CJ7A 1MWKA 2A5XA 3FZFA 4BQLA 3BP8A 3H3NO 3TPQA 4QS9A 1NBWA 3U9DA 3MCPA 5AR0A 4BQZA 1YVNA 1WUAA 3M1FA 3M6GA 2YJFA 1BG3A 1EQYA 1GLCG 4BRNA 5AQWA 3VEOA 4A2AA 2GEMA 5E84A 4FL9A 5AQZA 2QWLA 4BC2A 4FWNA 4O5FA 3MMVA 3D2EB 3LDPA 2IVPA 3GL1A 2D0OA 3D7EO 3DXKB 4IXCA 4Z94A 3FZHA 2V52B 3LDLA 5AQTA 3BEXA 1HUXA 2Q31A 4CZHA 3VEWA 3D2EA 3CJ1A 4BR5A 3D2FB 1NLVA 1BA0A 3VGMA 3EKSA 3SMSA 2V51B 2FF3B 2IIRA 3ZX2A 1HJOA 5AQHA 3QMLA 1GLLO 4FWSA 3LM2A 2Q1NA 3O8MA 4BVOA 1QQNA 2AA4A 4BRGA 3MN5A 1JCFA 5ELZA 3A5MC 5AQOA 4BG9A 4CZGA 1YUWA 4BRDA 2HMPA 2I7NA 4M7XA 3VESA 5KPRA 3LDOA 4BRPA 4NO7A 4K42A 3AAPA 1BDGA 4WQ4C 4MO5A 5BRHA 2FSNA 2V7YA 5LJVA 3O80A 1R59O 2P9UB 4BGAA 1LOTB 3ID8A 3ZETB 1GLBG 4H0YB 3L0QA 4ISEA 3G25A 4I6MB 3FE1A 1JCEA 2P9IA 3C7NB 5BN9A 3CQYA 5AQUA 2P9UA 4FWLA 2P9SB 5JLHA 2IVOA 3R6MA 3CQXA 2P9NB 4FWQA 1NGIA 2DPNA 4EFHA 1E4FT 3C7NA 2D0PA 1KXPA 3MN9A 4HTLA 3WEEA 3BF1A 2P9NA 3CJCA 4BG8A 4FO0A 4H0TB 1QQMA 3AY9A 5FPMA 3IUCA 1HLUA 3A8YA 2PBDA 4MO4A 4BVPA 4Y0WA 2D1KA 3VETA 3SMPA 3EO3A 3SK3A 4CZMA 3I33A 3I8BA 2A6AA 2A40A 3UKRB 4H03B 1GLFO 4DCHA 4K25A 4CZFA 3ZX3A 3KZBA 3SJHA 1Q18A 3F9MA 3WQUA 3QICA 4XH1A 2Q0UA 1X3MA 3EN9A 4JNEA 3ENOA 5AQLA 3DJCA 3ULEA 1LCUA 3L6QA 4ISGA 4CD3A 3HBTA 4QS8A 2HOEA 1ATRA 1S3XA 4M7YA 2I7PA 5AZIA 4RWTA 2F9WA 4EIAA 4BRCA 3EL2A 2QW9A 3O08A 2QWMA 1GLDG 3O4WA 3QFPA 4JAXA 5EY4A 1P8ZA 1Z05A 4CBXA 4IO8A 3GOIA 1T6DA 2ITMA 2A3ZA 1DEJA 3HSCA 4WQ5A 4H0XB 3RSEA 5CE3A 1HKCA 3M3ZA 5AQMA 3QDKA 5BPLA 1XQSC 5JICA 1YXQA 4BR7A 3TU5A 2QWNA 1X9JA 2ZGZA 4FWOA 1DKGD 4JN4A 1GLEG 4BR4A 1J6ZA 4PKGA 2QWPA 4CBWA 1XC3A 1NGBA 5EXWA 2CGLA 1NM1A 1QZ5A 5AZJB 4O8KA 3L4IA 1BWFO 1QQOA 1E4GT 2H3GX 2HF3A 3P4IA 4MLEA 3O1WA 1C0GA 4PL8A 4WQ5C 5AQFA 2Q0RA 3DXKA 5AZJA 2VCPA 1NGJA 5LY3A 2V7ZA 3MK6A 2WUSA 4EHTA 4WYBA 5ADXH 1BA1A 3WUHA 2NZTA 4JHDB 3D2FA 1MDUB 3VEZA 1XUPO 1H1VA 1JCGA 5FPEA 3HZ6A 2OANA 3R8EA 2BTFA 3VOVA 3WT0A 5EX5A 4JHDA 1GLJO 2E20A 2YCHA 5FPDA 2J4RA 2QWRA 4K41A 5ADXA 4YDUA 2Q2RA 2ZGYA 3FLCO 4NB4A 4B1XB 4BGBA 2QWQA 3FZKA 5F1XA 2GELA 3H6EA 2F9TA 4GY2B 2E1YA 3FR0A 2ASPA 3LL3A 2FXUA 3DXMB 2CH5A 3UKUB 3ZETA 4B1VA 5KQ8A 3UB5A 5KQDA 3GBTA 2W41A 1X3NA 4I6MA 2D4WA 3GE1A 4HWIA 4CD1A 2P9SA 5LJWA 4FOIA 1Y64A 1ESVA 2GWKA 4YDUC 4PL7A 2PAVA 4DQ8A 3CJ7A 2QM1A 4JD2B 3A5OC 3JXUA 4H5RA 3B8AX 3FGUA 4IJAA 2YJEA 2VWBA 3AARA 4BREA 2E2QA 2FLOA 3H45C 4FOEA 2GUPA 2KHOA 4BRMA 3HTVA 3GDQA 1HPMA 1TUUA 1TYQB 4FWPA 2NRHA 1GLAG 4M63C 3LDQA 3UKRA 2P9PB 5BPNA 2W40A 1KAXA 3WXKA 4CZEA 3CJAA 4CZLA 1TYQA 3O1BA 2FSJA 5AQVA 2CH6A 2ASOA 1NGHA 2BUPA 2P9PA 2UYTA 1ZC6A 3VEYA 2YI1A 2ZF5O 3SLCA 4F9OA 4DHYA 2YHYA 1QZ6A 2P9KB 1NMDA 2IVNA 3DWLA 5B8HA 2YHWA 1RGIA 4EHUA 5BPMA 3VEVA 1NGEA 4H5TA 1S22A 1SQKA 2A42A 5BN8A 4J8FA 2ZWHA 1HX1A 2CGJA 2P9LB 4FPAA 3QBXA 4FWMA 4A61A 3EKUA 3MN7A 5FPNA 4CZJA 4QS7A 1KAYA 4B1YB 4CZIA 3A5NC 1K8KB 3FFKB 4E1JA 5AQXA 4H0OA 4H5NA 1KAZA 1MA9B 2YHXA 3OHRA 2P9LA 2E2PA 5JLFA 4C23A 1HKBA 1NGDA 4IZ9A 3ATVA 1K8KA 5AQGA 1HKGA 3H1VX 4B1UB 4BRHA 5KPZA 2E8AA 5EVZA 5I9EB 2Q97A 1OKJA 4MLHA 1BO5O 2Q36A 4BRQA 4H5WA 1RFQA 3HM8A 2E1ZA 3LM9A 4L3QA 4BRAA 3ZX0A 3O5BA 3UE5A 4AM6A 5AQKA 3WQTA 3JS6A 4PKIA 3QB0A 5AQQA 1DGKN 1G99A 4BR9A 4FWRA 3VERA 4ISFA 5BR9A 2FSKA 1C0FA 3QBWA 1QHAA 2E88A 4BR0A 1NGAA 3CJBA 3VPZA 2QWOA 3CI5A 5BRDA 3H3OB 4XH4A 4WQ4A 5E26A 1U6ZA 3ZEUB 1SZ2A 4A62A 3CJ9A 4FSVA 4XH5A 1YAGA 3ZEUA 2FF6A 1U2VB 2E2OA 4RTFD 5EOYA 3LDNA 3FZLA 5AQJA 3VF4A 4CI6A 4H0PA 2NLXA 4BRIA 1RDWX 1ATNA 1U2VA 3AAQA 2AP1A 1NGFA 3EZWA 3MDQA 4LC9B 3U9ZA 1D4XA 3O6WA 3R9PA 4CZKA 1Z6RA 3IFRA 4B1ZA 2P9IB 3DXMA 2A41A 3UKUA 4B9QA 3VGKA 3KHYA 5JMVA 3IDHA 2E2NA 5AQSA 3CETA 2EWSA 4FPBA 2CGKA 3J8AA 3VEXA 4BROA 1NWKA 3WEEB 3FZMA 3A0IX 4A2BA 3VF2A 3DAWA 1ZBSA 5BRFA 1TUYA 4CBUA 5AQNA 1T6CA 4IWVA 1BOTO 4JD2A 3H46O 5AFUH 4B1WB 4K43A 2GWJA 1WOQA 1V4SA 5KPTA 3WXJA 4GNIA 4AM7A 3W0LA 1IJJA 2ASMA 3S41A 3WXIA 1SAZA 3BF3A 5BREA 3VF6A 1BUPA 3BUZB 4H0VB 3MN6A 1ATSA 4BRKA 1ZXOA 5AFUA 3ULEB 4BRFA 4PKHA 3QFUA 4KBOA 4BC3A 3CIPA 1IG8A 3U8XA 1NGCA 4BRLA 4XEIA 3KVGA 5F2RA 5AZIB 3WXLA 3C0BA 3CERA 2VYPA 1MWMA 2GTDA 2P9KA 2HF4A 1V4TA 4RCHA 4EAHD 1BU6O 1NGGA 5AQRA 4H5VA 3IMXA 3HI0A 3ENHA 3H1QA 3ATUA 3W3DA 4BC5A 4IJNA 3CHWA 3A5LC 4DB3A 3GG4A 5TKYA 3RSEB 3U4LA 4BR2A 2QXLA 5AQYA 3VENA 4BC4A 5AQIA 5AQPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CZAN 4FWKA 4FJ9A 2A5XA 4E1MA 3CG7A 3AVIA 3BP8A 1RT2A 3MCPA 5HP1A 4BQZA 1UA1A 4OJRA 3M1FA 1BRZA 4CEEA 1BG3A 2DTUA 1POIA 3LDSA 2GEMA 5E84A 4FWNA 1VSDA 3PV8A 3SQ0A 1VSLA 5JVGL 1VQ5N 3LDPA 2YNGA 4AHVA 3GL1A 2D0OA 3D7EO 5M1NA 4Z0UA 3DXKB 3CMAN 4IXCA 2V52B 4IDHA 3NFAA 4KI6A 1HUXA 3L3VA 4CZHA 4IOXA 4DTUA 2OTJN 4BR5A 4AHTA 1B3CA 1BISA 4PHTX 1BA0A 4M3RA 4WE1A 3TANA 5GIPA 1GOAA 3ZX2A 3PSFA 3AA5X 5AQHA 1GLLO 4CF9A 2WC9A 3HPGA 4XIUA 3LM2A 3O8MA 1K9MO 1Q8IA 4FM1A 5AQOA 4CZGA 2QI2A 4DU1A 1B9FA 3LDOA 1OVQA 1OH5A 1NK4A 4BECA 2ATQA 4GV3A 1L3TA 4WQ4C 4MO5A 4B3MK 2FSNA 5LJVA 1BIUA 1TL1A 4F2SA 4DFJA 3M8PA 1JXBA 3G25A 2HHTA 4I6MB 2ITGA 3IG1A 5AQUA 4FWLA 2G8KA 1TKTA 3CQXA 1SKWA 2ZJQL 2UXCK 4LF7K 4UJ0A 4HTLA 2D0PA 3AO4A 3WEEA 4DV5K 5FRMA 3K0SA 5CHIA 1WBDA 3FFIA 1I94K 4BG8A 1NKEA 4FO0A 1QQMA 5FPMA 3IUCA 2PBDA 4BVPA 3DLGA 2X6NA 4J2EA 4JI4K 4H4MA 4N5SA 3HP9A 4CCHA 1ZVEA 4PUOA 2A40A 1L3VA 1Q9XA 4DCHA 4K25A 4CZFA 3AA3A 4CHYA 3ZX3A 3KZBA 3SJHA 1Y97A 4Z4EA 1Q18A 3DM2A 4IDKA 1BQMA 4DS4A 2R7YA 3ENOA 1WT7A 4CJ3A 3ULEA 1A5VA 1LCUA 1VNBA 3WNFA 4ISGA 5JS2A 1T7AA 2GMOA 3CCJN 3QESA 1N34K 4PY5A 2HOEA 4FVUA 4RW6A 4M7YA 2I7PA 4RWTA 1RT5A 5DM7L 4BRCA 3O4WA 4CJTA 3HL8A 2HBMA 4JKDA 4X62K 3CMEN 2JWKA 4DWIA 1J9AA 4ID1A 1Q7YO 1REVA 3MEGA 1DEJA 2YHAA 4N41A 2ZE2A 3U3GA 3TABA 4FCYA 4HCCA 2F96A 1YXQA 4CFDA 1W2BM 3NAEA 2W00A 3R3LA 5GAEP 4LFBK 2QWPA 3NVMA 4IFVA 1XC3A 3TSPA 3T19A 1NM1A 1VQPN 1QZ5A 2NRZA 4O8KA 2VWJA 1JXCA 2KZZA 3ALYA 1E4GT 3P4IA 4MLEA 4LF8K 3KLGA 3HJFA 1T8EA 5AQFA 2VCPA 3DRPA 2V7ZA 3MK6A 2WUSA 2E4LA 1BA1A 2NZTA 4ID5A 1JLGA 1JKZA 4B3TK 4FK2A 4BWJA 2GUIA 1MDUB 2O8EB 1B9DA 3HZ6A 2OANA 2BTFA 3L8BA 3KP0A 4CF0A 3HT3A 3IKMA 2O8EA 4JKAA 4B8AB 3OTOK 4QAGA 4NB4A 4OKKA 4B1XB 3THYB 4ZTFA 4BGBA 4DSEA 4M3WA 2QKBA 2GELA 3GKUA 3H6EA 1ZYQA 4WCEL 4GY2B 3V81A 4C1NK 2NRRA 1I3AA 4BEBA 1DLOA 4Z4HA 4FZYA 5KQ8A 1LV5A 3P38A 2PY5A 3K5OA 4M42A 2UU9K 1SL1A 4MQ3A 4CJEA 1IBLK 5HL7L 3AVFA 2KGQA 4F2RA 2P9SA 2PYLA 1SL2A 2PAVA 2LSNA 2E6LA 2HHQA 2YNIA 1NPIA 4JD2B 3A5OC 2E3GA 4B9LA 4I7FA 3B8AX 1JL1A 4HUFA 4IJAA 1MU2A 1ZBLA 4DQPA 3E9PA 2E2QA 3H45C 4BRMA 5HRNA 3G6EN 4FZXC 1TYQB 3JAMO 2NRHA 1GLAG 3M8QA 1WSHA 3CCVN 2YIPA 3LDQA 1HNWK 3UKRA 2P9PB 5BPNA 4J2AA 4OGCA 3S3NA 1KAXA 3ID6A 4JKCA 1TYQA 3O1BA 4M3ZA 2F8TA 3B6PA 3KKSA 1N5YA 2P9PA 4O5BA 1UGLA 4DFPA 4X65K 3DI6A 3VEYA 1HYZA 3BZKA 3EZ5A 4BE2A 4KKOA 5DMRA 1O1WA 3P83D 1EKEA 1ZVGA 1ITGA 3DWLA 1RGIA 4EHUA 3R1XA 4NCAA 1LQIA 2D5RA 1JL2A 1HQUA 4HUEA 4B3SK 4DS5A 2YX6A 4CEQA 5BN8A 1HX1A 1NOYA 1OH7A 1K8BA 2CGJA 2P9LB 1PTXA 4FWMA 1TK8A 2YKNA 4UADE 2P51A 1KAYA 1HPZA 1IH7A 4B1YB 3A5NC 3FFKB 3HPHA 2BANA 2MBKA 1MA9B 2P9LA 1YI2N 4C23A 2MZ0A 1EXQA 1HKBA 5GAGP 5KGXA 4W5TA 4IZ9A 5SWMA 4IEIA 4KHUA 1HKGA 3H1VX 4BRHA 4OVLA 4DR3K 5KPZA 3Q7BA 3NHGA 2A1SA 3MXMA 4J2DA 2N2RA 4JI8K 1BO5O 4BRQA 4YNQA 1XNRK 3MECA 3ZT0A 3OJUA 2X74A 4L3QA 4A57A 3UE5A 4AM6A 2N2QA 1BCOA 3WQTA 5AQQA 1G99A 4DUZK 1M90O 4X64K 1ZU3A 5BR9A 1C0FA 3O9SA 3CJBA 1RTDA 3CI5A 3LP1A 1TAQA 4XH4A 3ZSWA 1U6ZA 3ZEUB 5HRSA 3CPWM 4AB0A 4A62A 3CJ9A 5KRTA 5FRNA 4OX9K 5J1EA 3ULDA 4FSVA 3DLBA 4FJJA 1DJTA 4QOZB 1YAGA 3ZEUA 1U2VB 1DTQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CZA N;  4FWK A;  4FJ9 A;  2A5X A;  4E1M A;  3CG7 A;  3AVI A;  3BP8 A;  1RT2 A;  3MCP A;  5HP1 A;  4BQZ A;  1UA1 A;  4OJR A;  3M1F A;  1BRZ A;  4CEE A;  1BG3 A;  2DTU A;  1POI A;  3LDS A;  2GEM A;  5E84 A;  4FWN A;  1VSD A;  3PV8 A;  3SQ0 A;  1VSL A;  5JVG L;  1VQ5 N;  3LDP A;  2YNG A;  4AHV A;  3GL1 A;  2D0O A;  3D7E O;  5M1N A;  4Z0U A;  3DXK B;  3CMA N;  4IXC A;  2V52 B;  4IDH A;  3NFA A;  4KI6 A;  1HUX A;  3L3V A;  4CZH A;  4IOX A;  4DTU A;  2OTJ N;  4BR5 A;  4AHT A;  1B3C A;  1BIS A;  4PHT X;  1BA0 A;  4M3R A;  4WE1 A;  3TAN A;  5GIP A;  1GOA A;  3ZX2 A;  3PSF A;  3AA5 X;  5AQH A;  1GLL O;  4CF9 A;  2WC9 A;  3HPG A;  4XIU A;  3LM2 A;  3O8M A;  1K9M O;  1Q8I A;  4FM1 A;  5AQO A;  4CZG A;  2QI2 A;  4DU1 A;  1B9F A;  3LDO A;  1OVQ A;  1OH5 A;  1NK4 A;  4BEC A;  2ATQ A;  4GV3 A;  1L3T A;  4WQ4 C;  4MO5 A;  4B3M K;  2FSN A;  5LJV A;  1BIU A;  1TL1 A;  4F2S A;  4DFJ A;  3M8P A;  1JXB A;  3G25 A;  2HHT A;  4I6M B;  2ITG A;  3IG1 A;  5AQU A;  4FWL A;  2G8K A;  1TKT A;  3CQX A;  1SKW A;  2ZJQ L; 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