3QDNA

Putative thioredoxin protein from salmonella typhimurium
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
285
structure length
285
Chain Sequence
AMSVQNIVNINESNLQQTLEQSMTTPVLFYFWSERSQHCLQLTPVLESLAAQYHGQFILAKLDCDAEQMIAAQFGLRAIPTVYLFQNGQPVDGFQGPQPEEAIRALLDKVLPREEELKAQQAMQLMQEGNYIDALPLLKDAWQLSSQNSEIGLLLAEAQIALNRSEEAEAVLKTIPLQDQDTRYQGLVAQIELLKQAADTPEIQQLQQQVADNPQDAALATQLALQLHQVGRNEEALELLFSHLRKDLTAAEGQTRKTFQEILAALGTGDALASKYRRQLYALLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Putative thioredoxin protein from Salmonella typhimurium.
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule keywords Putative thioredoxin protein
total genus 94
structure length 285
sequence length 285
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF14559 TPR_19 Tetratricopeptide repeat
A PF14561 TPR_20 Tetratricopeptide repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA03
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3qdnA01
2Y4TA 3BBYA 4NRHB 3MWHA 1WOUA 1Q4JA 1PRXA 3RPNA 5HR3A 1U88A 3OXFA 2H1BA 2XGOA 1BEDA 2VUPA 4NPBA 1YEXA 4I1AA 1BQ7A 2HLSA 4J2FA 4K1FA 1ZCPA 2VSNA 1LJRA 1NHYA 2DIZA 1F6MC 5D9XA 1YF0A 2VLTA 2LSUA 5JCWA 1EGOA 4JR4A 3M3MA 4ZL8A 3GNJA 1ZOFA 5CAXA 5DBKA 2I1UA 4A1SA 4N3AA 5HR1A 3AS5A 5JJ6A 1T4ZA 5IMVA 5IMFA 1AQVA 2OOEA 2LUSA 5JCGA 1TRVA 3O76A 2MMZA 1OC9B 4JA9A 5FJYA 3H4KA 4EDYA 3HDCA 2CT6A 2JZTA 4XIHA 2LNIA 3MEKA 1W3BA 3ZTLA 3U4TA 1TJCA 1J9BA 3BCIA 4KGIA 1U3IA 5G05C 5KN1A 3UOMA 3NOFA 3UVTA 5DIZA 3GHAA 1U87A 4EE0A 3QPMA 2WFCA 2FA4A 3KEBA 3LYKA 5IIZA 3UBLA 2VGYA 1SYXA 4I97A 5CHEE 3S7BA 2LRCA 2X8GA 1SJZA 2HSHA 1TK0B 1BAYA 3TG5A 1A8LA 3MNGA 3N5OA 1SYRA 2H19A 1YQ1A 1G7EA 2K8SA 1FB0A 5KJLA 1YEPA 3IAM2 1MDIA 5A7DB 4RG6A 4MH3A 3I69A 1V40A 2CZ3A 4GA1A 2V1MA 2IFQB 3FY7A 3S7JA 2YPMA 1B4PA 4G25A 4RQXA 5LCWC 3DIEA 2D2ZA 2VD0A 4HQZA 2GLRA 2NVLA 3WXXA 4N10A 1Y8MA 2E2EA 1PN9A 2MMOA 4IP1A 2R4VA 3QAWA 3P90A 2VCZA 3GTUB 2H6YA 4I2ZA 2IN3A 2PN8A 1SL2B 5ELAA 3F3RA 1GSFA 2MYGA 1KLXA 4HDEA 3F4RA 1LU4A 3EU3A 2DBAA 4WR4A 2H75A 1GSDA 1PX6A 5L71A 3PR8A 6GSTA 1Y6EA 3BD2A 3LG6A 2CA8A 2IIYA 2XPIA 2CVDA 3TJJA 1T00A 2I81A 4YH2A 1GL8A 1SD8A 1T7PB 4GYOA 5ID2A 3QFBC 1N2AA 2TRCP 1LBKA 3TKPA 1KEBA 3EC3A 2V6KA 1OVNA 4NHWA 3A2WA 1THOA 4YQVA 1M9AA 4OD7A 4TR3A 4Q5FA 2FCHA 2VYIA 3FEUA 4V1Ag 1XWGA 2GSRA 2C8UA 5DBQA 1T4YA 4XS4A 1ON4A 4WF4A 3TJGA 4DVCA 1ERWA 3P7XA 5J4UA 5KEJA 1A0FA 4EDZA 2VM2A 4YAPA 1HNAA 4OCFA 5J5NA 2FWEA 2FLSA 2C3QA 5HFKA 3A5WA 3KS2A 2AHEA 1F2EA 4KDYA 5A6CA 1ABAA 4K7IA 5AIVA 2ON5A 2Z9SA 2HSYA 1F37A 4XI9A 1K0DA 1GH2A 2P31A 5D9TA 1GP1A 3VK9A 4HU9A 2PUKC 1KBNA 4HZ4A 1GNEA 1TI1A 2WDUA 3R9AB 4X0XA 5JWRB 1XCCA 4MJEA 4DEJA 3CKBA 4IN3B 1BX9A 16GSA 2B6MA 3ZVJA 3APSA 4JBBA 20GSA 2QFCA 1USBA 2H1AA 1THXA 2HXKA 4GTUA 3ZL5A 3Q49B 1JFUA 2LJRA 2V32A 3J7Yb 5JCUA 1MTCA 3C7MA 3LY7A 4U0ZA 3HCZA 4X1UA 1HQOA 4UI9C 2LRNA 2RIIA 4N30A 3APOA 1MDKA 2L59A 4P3YB 3IR4A 5J9CA 4ID0A 3HVVA 3IOSA 2CVBA 3S9FA 1K0NA 1AQWA 5IO0A 3CK9A 2J9HA 3UVHA 2NBSA 4D73A 5FTPA 2DJ2A 2F8AA 2H66A 3TJKA 3C73A 2ONDA 2B1KA 4MJBA 4L0UA 4G2EA 1H4OA 1KNGA 2XPEA 4OFTA 2PERA 3KIJA 1O8WA 1G7OA 2JL4A 4DSQA 4IJIA 3U5RE 1HNCA 1EV9A 2B7JA 1MDJA 4AJ6A 4K7OA 4ZBDA 3FR3A 2H0GA 1TK5B 3QFAC 1WWJA 1OE7A 1S3DA 2H6XA 2Q7FA 5IPHA 4PNFA 4I5QA 1Z7RA 4HQSA 5DCGA 3QCPA 5LD0A 4GA0A 5C00A 2GSSA 4ML1A 1QFNA 5ECPB 3HYMB 4PQHA 1J0FA 2QSIA 4TXVA 1EV4A 3QOUA 4HJ2A 3RPPA 3UAPA 4CGVA 4FYBA 4F9ZA 1JZDA 4XHMA 4EXJA 5JJTA 4ZB9A 3CV0A 1XWKA 4KXKB 2XGMA 2O7KA 2AB6A 2ZNMA 5G5FA 4DSRA 3IAS2 3LSZA 3DMLA 4H86A 3G7IA 3IV4A 2OE3A 4EKZA 2PBJA 1B8XA 3ZGQA 4EL1A 4ZXGA 3FZ4A 3D22A 1FOVA 5LCWJ 3GIXA 4K2DA 5AGYA 4ISDA 3HJOA 1RQMA 1K3OA 2K8VA 4GZ6A 2VL2A 5D0QD 5IMCA 5IPGA 4GQCA 4KH7A 1CQHA 3UL3A 2QGVA 2F8FA 2B5YA 1XW6A 2VLVA 1NA3A 2VL2C 3C1RA 2IPAA 3FYGA 3TJBA 2L6JA 3VI5A 1ZL9A 1QK8A 1UC7A 1OC9A 5ABRA 3EMXA 5D93A 1AUCA 2LV3A 3LORA 2I6HA 3A3TA 4BT9A 2H1DA 3ZVJD 1YJ6A 5FZRA 4WNGA 3PH9A 1GUMA 3Q74A 2GDRA 2I3YA 1A23A 2RUFA 4V2LA 5KN3A 3TOUA 2OA7A 4GZ5A 4JU5A 2XCBA 1A17A 5CCMA 5BT1A 2HYXA 1XWAA 1O73A 5ECKB 1B9YC 4IN0A 4IP6A 4G19A 2FD3A 5DVBA 2RUEA 4HZ2A 2ZUPA 4G1TA 4TXOB 4I9CA 5AIXA 2L6DA 3TG4A 3M8NA 5KJMA 3EYTA 2VQ2A 1ERUA 5A4VA 3DWVA 1GRXA 5FZSA 2GSTA 1A2MA 5C04A 1G6WA 4MABA 6GSYA 1XWCA 3RHCA 1WM5A 2IFQA 4BWQA 5DDLA 3KH7A 1HNBA 4TKYA 5D8IA 4WR5A 4POLA 5B8AA 2VCWA 3DKSA 4WF5A 4HU7A 2O87A 4I6XA 3LY9A 1QGVA 2V41A 2ALBA 18GSA 7GSSA 5AN1A 5G5EA 1U6TA 1WRYA 5JWQB 2RM6A 1TU8A 2GZZA 4I8BA 3EURA 4MP4A 3GTUA 2IMKA 4JEDA 2O85A 1IYIA 4KB3A 1PD21 3LXZA 2LTKA 5HQPA 3VWWA 1O85A 2YOIA 1SD9A 2L6CA 3ISOA 4OO5A 3DVXA 2FY6A 3N71A 3ZFBA 1B48A 5DQSA 4ECBA 2KCLA 4O7HA 1WE0A 4Q5RA 2M80A 3FR6A 2PZIA 1Z3EA 4RI6A 4IGJA 4MDCA 4NV5A 3C8EA 2F3MA 4J0UA 5GZZB 4KCEA 5J3RA 1ELRA 4F0CA 5ECHB 3M1GA 3HKRA 4TR1B 11GSA 1BJXA 3DGQA 4GCOA 2PWJA 5H5SA 3ZZXA 2DIYA 5F06A 3OR5A 2VSYA 3L0HA 4H7YA 3ZITA 4WNDA 5EPFA 1TU7A 4U07A 1GSQA 4NWYA 5GAPD 2X8CA 2MMNA 4ME2A 5AYWD 3QWWA 2AUVA 2B7KA 1MD3A 4QL7A 3GSSA 1R5PA 4F03A 1AAZA 3CSIA 3VWUA 2PVQA 4IVFA 4XS1A 2NPBA 2OACA 2PMTA 2V5FA 5GSSA 2GT5A 2E0QA 1TK8B 3FZAA 3ASDA 4AJ7A 5FT3A 4HOSA 2DJJA 1JZOA 1J08A 2ON7A 2HNLA 4YVOA 4I9EA 3MKRA 4KYOB 2O89A 4WNEA 2XPDA 4X43A 2HRFA 4PX1A 5DJLA 2H73A 3VPTA 3D6IA 3D5JA 1BG5A 1R26A 1TJDA 1PX7A 2HI7A 4JR6A 1ACVA 4GSTA 2YCDA 3UARA 3GV1A 2VO4A 5EY6A 3HA9A 4WETA 1FVKA 3UPVA 4YNDA 4DSSB 1WJKA 2KP2A 3DYRA 1FW1A 4MPFA 1QXHA 1XIYA 3E4BA 2M72A 3E9JB 4AGSA 2CX3A 2R3XA 5JWOB 1JZWA 3ZIJA 2CQ9A 1W89A 4LL4B 3OXLA 3Q19A 4KCAA 4J8FA 3IE3A 2P0GA 2H71A 5ELGA 3TJFA 1OKDA 2UY1B 4UQZA 4L5LA 2YWMA 4F82A 4OFMA 4ZB8A 1XNFA 2WPVA 4G23A 3KXOA 1XWBA 4ZIJA 3L4NA 2PPTA 8GSSA 3HHVA 3S7DA 4CGWA 2JSZA 3Q5MA 1K0MA 4NXIA 4BVYA 1TKDB 4GQFA 1HH8A 3ED3A 5DAKB 5BNWA 1SU9A 2UWJG 1SK2A 3LYPA 3LKUA 3SZ7A 4Q5QA 4CHSA 2VGXB 5ECLB 1WIKA 2H0HA 1PKZA 9GSSA 2X99A 3A2VA 2YWIA 3QMXA 1VF2A 4GCNA 2V6OA 2F9SA 5IM9A 1M2DA 2WCIA 4WUYA 4XI0A 1G6YA 3U3WA 5CRDA 5HQ8A 3H79A 5CCLA 5EKQD 3URZA 2H0IA 1GTBA 2N5BA 3LWAA 3IBHA 1FAAA 4ILFA 4MZBA 2VOCA 2X8HA 2WZ9A 5D96A 2DMLA 3F8UA 1QZ2A 4RQRA 3CVNA 2CVKA 3KTLA 4MZCA 4G24A 2PQRA 4KBQA 2KOKA 1GLPA 2LSVA 4WBJA 1NA0A 4IQAA 4FO5A 2TIRA 3M0FA 3CRUA 4EVMA 3ME7A 5IOXA 5G1KA 3TKQA 1ZZYA 1ELWA 3GRXA 5D73A 2YV7A 3CMIA 4TOPA 1SKRB 3QWPA 4QL9A 1QMVA 1TTZA 3TRXA 3FZ9A 3D21A 3GSTA 3IEGA 1FB6A 3UQ3A 4WXTA 4UQYA 4O5RA 1EEJA 3KCMA 4GYYA 5DALB 3AY8A 2B5EA 3GKXA 1GUHA 2IWTA 5B6MA 2DMMA 3VPQA 4N3CA 1XOBA 2GQMA 4PUFC 3BJ5A 4CW9A 4E8EA 1DUGA 3NZNA 5ECMB 4KNDA 1TW9A 4G10A 1U3AA 2H6ZA 4Q5NA 4K0NA 3FR9A 4V2NA 2EIQA 3GMFA 3H1NA 3C71A 2VL3A 1HYUA 3IDVA 4MF6A 3RHBA 2XGSA 3CXGA 4LA1A 2KATA 2RLIA 3MSZA 5KJNA 4AJ8A 3D4MA 4FYCA 4TXOA 3EVIA 1X5EA 3IC4A 4J57E 1GLQA 3HD5A 1HD2A 2KC7A 3W6GA 14GSA 2LSTA 3CVQA 1XXUA 1NSWA 3FFLA 4U04A 1YA0A 5J41A 1ZYQB 6GSWA 1SL1B 2LJAA 1WMJA 2R5SA 3CK7A 4KUNA 3CSJA 1XFLA 3H8QA 1V98A 3F6DA 2HR2A 3UUXA 3DVWA 1M2BA 5FHIA 4N39A 2IF4A 2HO1A 2AV4A 4XS6A 5HR0A 2PQNA 3RDWA 2H8LA 1HZ4A 3TKSE 3CRTA 3TKRA 3BCKA 1H75A 4NV2A 3RAZA 2GS3A 2VIMA 3IPZA 2FHEA 2MHKA 4GCIA 3ERGA 5COHA 1A8YA 3GURA 2MZCA 1ERTA 1ZBPA 2KHPA 1OC3A 4IHUA 1A24A 4EO3A 3GYZA 1NHOA 4POKA 4PNGA 4RI7A 1XVQA 3LJRA 2HZFA 2K18A 4KSMA 4BPYA 4L5OA 2LS5A 4L0WA 3FW2A 4CDOA 4POMA 4TR1A 3F3QA 2KUCA 1NM3A 5D0OD 3F9UA 3EINA 6GSVA 3NIVA 1AIUA 2LKUA 4YVQC 1SENA 2YNXA 1FCHA 1GSSA 4TVEA 4GF0A 3WGXA 5INYA 3RBTA 2J23A 4OFNA 1AC1A 5D9WA 5DCHA 4POBA 1JHBA 4XRAA 1E96B 4GYWA 2C2LA 5E59A 1G0TA 1YDKA 1Z6MA 2XEVA 3APQA 4PQIA 1K3YA 2HE3A 1XW9A 3TKSC 4OWYA 4H7XA 5G31A 1SL0B 4GSNA 4RG9A 1GUKA 2C0DA 1M0UA 4L8EA 1M2AA 3P2AA 3KH9A 4V1Ap 2IFUA 5E4WA 2CV4A 5IQYA 4UQXA 5EVOA 1TRSA 1O6JA 1GNWA 3PE3A 4YAVA 1Z9HA 2LQOA 5G1LA 2BJXA 1K3LA 3RKVA 4Y6WA 4MJAA 1X5DA 3CBUA 3Q18A 2L57A 5EX0A 5AISA 3S7FA 1GTIA 2PU9C 1FG4A 1K0OA 4GXZA 3K8NA 3CVPA 1WP0A 4HUAA 3QKYA 4DSSA 2XC2A 2XBQA 4EF0A 5ECRB 2CAIA 5EX3A 3GYKA 1OE8A 4I2TA 4GSSA 2MBTA 1W4VA 2VAFA 3V1WA 4GA2A 1AQXA 2ES7A 2C0LA 1NW2A 2B3SA 1SK0A 3FKFA 4HOUA 3J7Yk 2OKAA 2UY1A 3HY2A 3WT2A 2VM1A 2IJYA 3F4TA 2XBIA 4XCSA 4NHZA 3LFLA 6GSSA 1Z5YE 1IYHA 4AIFA 5ECQB 2GZPA 2CZ2A 5JJ7A 5IMDA 1OUVA 4LL1B 2XHFA 4WKWA 4F0BA 5D9VA 1RK4A 4K0GA 3G7JA 3RIBA 3TGZA 3F0IA 4MF7A 3E0UA 5DAKA 3FK8A 2YQ8A 2C0EA 4GRFA 3KD7A 4BT8A 2VGXA 3ME8A 3ZRDA 2DSAA 4G9HA 3VI7A 2HT9A 3MAKA 4KSOA 3DXBA 2H1GA 2P5RA 2I9HA 4IELA 4HEA2 1M99A 4BWSA 4MMMA 4TR0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4BVX A;  5GST A;  4PUR A;  3I3N A;  1TXX A;  4IKH A;  5KN0 A;  3P2B A;  2JZR A;  1GUL A;  2X64 A;  2OAD A;  2AJQ B;  3HJM A;  3ZLP A;  6GSX A;  4IBP A;  2B1L A;  3FTY A;  3ASF A;  2YP6 A;  4YQU A;  1OYJ A;  3Q75 A;  1DE2 A;  4RUV A;  2WRT A;  3UIO C;  4N0V A;  2FBN A;  3TOT A;  1FPP A;  4CYM D;  4MCU A;  1QQE A;  3GX0 A;  13GS A;  4CDN A;  4ACK A;  1DCE A;  2X6K A;  5CEA A;  1IYG A;  2AAW A;  1TRU A;  1TP9 A;  2X49 A;  1KTE A;  1R4W A;  4UWK A;  2DZN A;  2KCV A;  4V3I A;  2R37 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1OWO A;  2Y4T A;  4C0M A;  3BBY A;  3LEW A;  4NRH B;  3MWH A;  1WOU A;  1Q4J A;  1PRX A;  1TJF A;  3SD5 A;  3RPN A;  5HR3 A;  1U88 A;  3OXF A;  2H1B A;  2XGO A;  4J8S A;  1BED A;  4J6I A;  2VUP A;  4NPB A;  1YEX A;  4I1A A;  2WXP A;  4LCT A;  1BQ7 A;  2WXJ A;  2HLS A;  3B7R L;  4DI3 A;  2X4A A;  4J2F A;  4K1F A;  1ZCP A;  2VSN A;  1LJR A;  4PDX A;  1NHY A;  2DIZ A;  1F6M C;  5D9X A;  1YF0 A;  2VLT A;  2LSU A;  5FQ8 A;  5JCW A;  5J08 A;  4K0R A;  1EGO A;  4JR4 A;  3M3M A;  3LXU X;  4ZL8 A;  3GNJ A;  3CHO A;  3TL5 A;  1EPU A;  1ZOF A;  5CAX A;  5DBK A;  2I1U A;  4A1S A;  3D9O A;  4IYP A;  4N3A A;  5HR1 A;  3AS5 A;  5JJ6 A;  1T4Z A;  5IMV A;  5IMF A;  1AQV A;  2OOE A;  2LUS A;  5JCG A;  1TRV A;  3O76 A;  1FVF A;  2MMZ A;  3HVE A;  2PM6 A;  2KZT B;  4JA9 A;  1OC9 B;  3FUE A;  2QA2 A;  5FJY A;  3H4K A;  4EDY A;  3HDC A;  1HO8 A;  2CT6 A;  2JZT A;  2NSZ A;  4XIH A;  3CHR A;  2LNI A;  3MEK A;  1W3B A;  3IHV A;  1EYH A;  3ZTL A;  5C2Y A;  3U4T A;  3UX4 A;  1TJC A;  3SHF A;  1J9B A;  4I6J A;  3BCI A;  4I43 A;  1DNP A;  3LVR E;  4KGI A;  2WMN A;  1U3I A;  5G05 C;  5KN1 A;  3UOM A;  1HX8 A;  3NOF A;  3UVT A;  4B8C B;  5DIZ A;  3GHA A;  3FUD A;  1U87 A;  3FUI A;  4EE0 A;  3QPM A;  5FWQ A;  2WFC A;  1U3C A;  1OWL A;  2FA4 A;  3KEB A;  3LYK A;  5IIZ A;  3UBL A;  2VGY A;  1SYX A;  4I97 A;  5CHE E;  3S7B A;  3TXN A;  1H2U A;  2LRC A;  2X8G A;  1SJZ A;  2HSH A;  1TK0 B;  1BAY A;  3TG5 A;  1A8L A;  3MNG A;  3N5O A;  1SYR A;  3P1U A;  2H19 A;  1YQ1 A;  1G7E A;  2K8S A;  1FB0 A;  5KJL A;  3CHS A;  1YEP A;  4AP2 A;  1MDI A;  5A7D B;  4RG6 A;  3IAM 2;  4MH3 A;  3I69 A;  4LRZ A;  1V40 A;  2CZ3 A;  4X4J A;  4GA1 A;  2V1M A;  2IFQ B;  3FY7 A;  3S7J A;  2YPM A;  2WXQ A;  1B4P A;  4G25 A;  4RQX A;  5LCW C;  3DIE A;  3L6A A;  2D2Z A;  3ML8 A;  2VD0 A;  4HQZ A;  2GLR A;  2XPY A;  2NVL A;  4F7A A;  3WXX A;  4N10 A;  1Y8M A;  3CQG B;  2E2E A;  1PN9 A;  2MMO A;  4IP1 A;  2R4V A;  3QAW A;  3P90 A;  2VCZ A;  3GTU B;  2H6Y A;  4I2Z A;  2IN3 A;  2PN8 A;  1SL2 B;  5ELA A;  3F3R A;  1GSF A;  5BUZ A;  4Q96 A;  1QNF A; 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