3QDNA

Putative thioredoxin protein from salmonella typhimurium
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
285
structure length
285
Chain Sequence
AMSVQNIVNINESNLQQTLEQSMTTPVLFYFWSERSQHCLQLTPVLESLAAQYHGQFILAKLDCDAEQMIAAQFGLRAIPTVYLFQNGQPVDGFQGPQPEEAIRALLDKVLPREEELKAQQAMQLMQEGNYIDALPLLKDAWQLSSQNSEIGLLLAEAQIALNRSEEAEAVLKTIPLQDQDTRYQGLVAQIELLKQAADTPEIQQLQQQVADNPQDAALATQLALQLHQVGRNEEALELLFSHLRKDLTAAEGQTRKTFQEILAALGTGDALASKYRRQLYALLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Putative thioredoxin protein from Salmonella typhimurium.
rcsb
molecule keywords Putative thioredoxin protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 94
structure length 285
sequence length 285
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF14559 TPR_19 Tetratricopeptide repeat
A PF14561 TPR_20 Tetratricopeptide repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA03
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3qdnA01
1M99A 4WEYA 3HDCA 2LRNA 2A2RA 5IM9A 1GSQA 3DIEA 2H0HA 2GQMA 2XPEA 5CAXA 1U88A 1SD8A 2YCDA 3HXSA 5A6CA 4XRDA 5BNWA 1SKSB 5ID2B 4HJ2A 3P7XA 2H1AA 2H66A 3D0ZA 4GYWA 2H1DA 4JEDA 2ALBA 4MPFA 5FHIA 4KBQA 1PGTA 2FGXA 5B6MA 4JU5A 4IN0A 1T3BA 1NHYA 1T8EB 3HD5A 3ASDA 3M9KA 5ELGA 1B8XA 2WCIA 4FH8A 5JCWA 2H30A 3WT1A 4XI0A 5G1KA 2OA7A 2EIRA 3O48A 3H93A 3GRXA 1SJZA 2FCHA 5FTPA 5ECRB 3TKSE 2WJUA 5G1LA 1ZU2A 3EC3A 3DD3A 5D0OD 3APQA 1T4YA 1V9WA 1MDJA 2YZHA 2NBSA 5CREA 4V1Ag 5DAKB 2VYIA 4BPYA 3CEQA 3ESKA 3RO3A 4MZCA 5AISA 3KGKA 4OCFA 2HZFA 3S7JA 5JCUA 5J3RA 2LEGA 3IEGA 5C04A 1A0FA 2K9FA 3S7BA 3TCOA 1QK8A 3TKRA 3FEUA 2NPBA 2HRNA 6GSSA 1B4QA 1OKDA 2N5BA 3ZYWA 1BQ7A 5A4UA 3CK7A 4I17A 2YANA 1BG5A 1M2BA 3PE3A 2ON7A 2LNSA 1EZKA 3SWLA 1M0UA 3VK9A 4OCEA 3LGCA 3BBYA 3MKRA 2PQRA 5EKQD 5ECQB 5DQYA 1R4WA 4TR1A 5HFKA 3ZMKA 4KXKB 2DC5A 3UVHA 1VF4A 2CA8A 3QWVA 1GTIA 3ISOA 5EVOA 2A2SA 4XIFA 5H5QA 4MDCA 3ME8A 3H4KA 4AY6A 5DBKA 4EVMA 3G7JA 2EIQA 2NVLA 1GSFA 4BWRA 4K2DA 2GTUA 1XBSA 2CAIA 5C1DA 4AGSA 3DXBA 2GSRA 4K9ZA 5FT3A 4RQRA 3H8QA 5FZQA 1Y8MA 3TKQA 4BVYA 5KN1A 3HZ4A 3GURA 5FT9A 1Z9HA 4PURA 1YF0A 2IN3A 4Q5QA 3KCMA 1F37A 3FHKA 2N5AA 2L4CA 4ACSA 1V57A 3O76A 1DE2A 4DSSA 4ZL8A 1LU4A 1G7OA 5ELAA 2AJQB 3RIBA 1WIKA 4GCOA 4LMWA 4ECBA 3WT2A 3ULQA 1OC8A 2H73A 1Y6EA 2C8UA 5H5RA 4I5QA 5CCLA 1NSWA 3CK9A 3KS2A 5E59A 1FB6A 1ZYQB 2L6CA 4G10A 4PGTA 2HRFA 2H75A 1ERTA 4KDXA 1U6TA 4G24A 2XGOA 2CVDA 4CGVA 4WR4A 2LSTA 3HVSA 3IAS2 2R6KA 5KN0A 3WXXA 4QL9A 4OFMA 2CQ9A 3IA1A 4KW6A 4LMVA 2K8SA 4XRAA 5F06A 3GX0A 3ZVJA 1T00A 4RG6A 3C73A 3GIXA 3MDKA 3ASHA 5H5SA 5B6NA 2HSHA 2IPAA 2VL2C 1EOHA 2MBSA 3US3A 3KD7A 2R5SA 5HFGA 4K6XA 4PXOA 2KHPA 3KIJA 4K0NA 2YQ8A 1USBA 2GSQA 4XS1A 3HJMA 4ILFA 1NA0A 1OYJA 3FWVA 9GSSA 1V2AA 5DAKA 1A8YA 3EVIA 1KEBA 3M9JA 4BWSA 1ZBPA 4P3YB 1SJIA 4V2NA 1XWKA 4O6FA 5LD0A 2GSTA 4HJMA 4WNGA 2N5FA 4JR6A 4V2LA 5E4WA 1ABAA 2HT9A 4KE3A 1CQGA 2FI7A 2AHEA 5HI7A 1JZRA 2OOEA 2XPDA 2B1LA 2WS2A 2C0GA 3PGTA 1G6YA 1TJCA 6GSXA 2Y4UA 2VD1A 3KXOA 2QFCA 2B5YA 4L5LA 4TR0A 4I2UA 5HQPA 2LV3A 3KAEA 3LEFA 3IBHA 5EY6A 2V5FA 1F2EA 3F6FA 4KYOB 4OO4A 1XW9A 2DMLA 4MF6A 1SL2B 1AIUA 4GYOA 3UMAA 1PX7A 1G6WA 2VCWA 1THOA 3CTFA 1LBKA 3MV3B 2XPIA 2QSIA 1A2LA 2DMMA 3A3TA 1NM3A 4HQZA 2IL3A 2PZIA 3H79A 3EDTB 2LRCA 3G9BA 3E4BA 5J9BA 3ZIVA 3TB2A 4RG9A 3GN3A 1M9AA 3D21A 2X64A 2YWIA 5IOXA 1F3AA 3KZQA 3S9FA 4IQAA 1GSEA 3Q6OA 4HOSA 4MH2A 2C3NA 1PN9A 1YF1A 1SKWB 1I9DA 3L9VA 2AVPA 4MABA 3TDGA 2DIYA 3QAVA 2I3YA 4G9HA 5A5KA 4ML1A 5LCWJ 1S3DA 2UY1B 2IMEA 4G23A 2FWGA 3FR3A 6GSTA 5FZRA 4XS4B 2I9HA 4K7OA 3R2QA 2VCXA 4HQSA 4E8HA 2HI7A 4YVOA 3GL3A 5AGYA 5CCMA 4J8DA 4EDYA 1GSUA 3GL5A 4ZB6A 1TK8B 1TRSA 3GH6A 4FYCA 4RI6A 5KJKA 2AYTA 4RQXA 5HQ8A 4LL1B 3CSHA 12GSA 3VTXA 1TJDA 1EEJA 4H7XA 4LL4B 4HEA2 5ECIB 4OFTA 3IDVA 2YV9A 4MZBA 1ERWA 5D0QD 4GZ3A 3GSSA 4EF0A 5G5FA 1LJRA 3HVXA 3QAWA 4EKZA 4IP6A 3KEBA 2YHCA 1X5EA 3F4RA 1WRYA 2RM6A 1O6JA 4YQVA 4EXJA 2HYZA 4DSRA 3ZREA 3K9IA 2GT6A 3L78A 2LQQA 5IPHA 2H6YA 1GNEA 1Z7PA 1ELRA 1YY7A 4K7IA 4UQZA 4XI9A 1I5GA 3C7MA 4TXVA 3GHAA 4N11A 4KSMA 2BUGA 2WZ9A 1JLVA 1H75A 4I8BA 4I2ZA 4PQIA 3EU3A 4IJ3A 4NV2A 5B8AA 3JYSA 1P5QA 3VWXA 1O85A 3U3WA 4QQ7A 3FK8A 1F9MA 1OE8A 2KOKA 4IS0A 2LQOA 1Z7RA 5D93A 4ECIA 2RLIA 1J0FA 3NF1A 2YWNA 3GKKA 1XWAA 4PQHA 3ZFWA 1RW1A 3IRAA 5M72A 2CZ3A 4KA0A 2H8LA 3EURA 3KP9A 1N2AA 1MDIA 3APSA 4MJCA 4BT9A 2F8AA 2G2QA 2YJHA 2IFUA 5GAPD 1WJKA 1SK1A 1GUHA 4JRRA 1YA0A 4Q5FA 4Z7XA 1K3YA 2P31A 2H72A 2UWJG 1PL2A 1DSBA 1JFUA 3QMXA 2CVBA 3D22A 3N9JA 4G2VA 4DSQA 2NC9A 2AV4A 4KUNA 3ZGQA 2FA8A 4I2TA 5JJ6A 1O81A 5EPFA 1FO5A 3LORA 3D5JA 3PE4A 2XBIA 2O89A 3AY8A 2MMOA 1VGLA 2P0GA 2H74A 2CX4A 2YOIA 3GTUB 1THXA 3U5RE 2KCVA 1K0CA 2BJXA 4POLA 3UL3A 3VI5A 4APOA 2UY1A 1WPIA 1GUMA 2C0FA 4X43A 4MMMA 3L9SA 1YDKA 2HNLA 1PA3A 2DJ1A 1QFNA 2AAWA 4MCUA 2PN8A 4DSSB 5J4UA 4KCEA 2MYGA 3E3EA 1OUVA 4BA7A 5KJMA 4BTBA 1B9YC 3ERFA 2C4JA 3IPZA 2OE3A 4HUAA 4PX1A 3LSZA 2VM2A 4KGIA 2IMIA 1B89A 5L71A 1XW6A 7GSSA 4TR3A 3ZZXA 1WM5A 1M9BA 1YQ1A 2LUSA 2GSSA 2YP6A 4HOJA 5ECSA 2M72A 3TUEA 5KJNA 2WGRA 3Q19A 1VRSD 1VF2A 6GSWA 3WD6A 3CVPA 4E8EA 3IOSA 3WGDA 2VOCA 1NW2A 5IIZA 4WUYA 5CNWA 4UQXA 5JCGA 2EC4A 4WBRD 2R5GA 3FR9A 2B7KA 4OWYA 4J8EA 5CRDA 2VCZA 3VLNA 3FR6A 3QFBC 3U6VA 3UBKA 2VQ2A 5DVBA 1SK2A 11GSA 1YKCA 1TI1A 4KH7A 4FYUA 1OKTA 1ZMAA 4TXOB 5CP1A 3GW4A 4POKA 22GSA 4O7HA 3I9V2 3TJGA 3RBTA 1T4ZA 4JA7A 1BEDA 4LLRA 5ECOB 2DBAA 3QWPA 2QKEA 3L4NA 4O32A 3QKYA 5D9WA 4BTAA 3C8EA 3QDNA 2HXKA 2E7PA 1YZXA 1DUGA 2VGYA 2FY6A 5IO0A 2F8FA 4G1TA 3J7Yb 3FP3A 3F4TA 4K1FA 3ZLPA 1EV4A 3PDNA 2KCLA 1AUCA 1FCHA 3DYRA 5F07A 1KT0A 2LRTA 2WB9A 2V32A 2B1KA 1V98A 2H6XA 2H71A 2OBIA 3TGOA 2YJ7A 1HZ4A 1ZCPA 2GLRA 1MTCA 5ECMB 3APOA 1MD4A 4AJ6A 2P5RA 1QZ2A 2HFDA 3RHBA 2VM1A 5IMFA 2YV7A 3GTUA 2NDOA 3EE2A 1FVKA 3HJOA 1NA3A 3J7Yk 3CSJA 3W8JA 1XOBA 4G19A 3KH7A 2HO1A 5CRGA 4YAVA 3C1SA 4Y6CA 1YEPA 5A7DB 1ZZYA 4D73A 4N39A 4WNDA 3NIVA 1Q4JA 3HCZA 1ZL9A 1S3CA 3NOFA 4KSOA 4ZBAA 2FNOA 3CRUA 2HLSA 1DBYA 4TKYA 5J9CA 1HQOA 5IMDA 1QQ2A 8GSSA 2B3SA 1M7TA 6GSUA 2C80A 4WKWA 1MEKA 3BCIA 3P90A 5IO2A 1GSDA 1EP7A 5AIVA 3SZ7A 2IF4A 4HI7A 1B48A 4J56E 5CO3A 4ECJA 4CDOA 1N8JA 4ID0A 1YEXA 3UJ1A 3LG6A 4MH3A 4JZQA 1W3BA 4PUFC 4K0GA 1OC9A 1FVJA 4PQ1A 4MJBA 2HYXA 4GLTA 2L4QA 3GYZA 1A2JA 2BMXA 4GZ6A 3KP8A 3WGEA 2JZRA 4WXTA 3KTLA 5FJYA 3TG5A 3QOUA 1AC1A 2OACA 1SL1B 5GAND 1Z6MA 4I6XA 5DCHA 2WFCA 2DJ3A 3M0FA 4HOTA 3TAXA 4UI9J 3HA9A 3IV4A 1E6BA 3TJFA 1EEMA 3LXZA 3F9UA 4PNFA 2O87A 3RPPA 18GSA 4TXOA 4GYYA 4GCNA 1GL8A 3FW2A 1V58A 1URMA 2H1BA 1TRWA 1KT1A 4XCSA 6GSYA 2IFQA 3Q4AB 3Q5MA 2QC7A 1QUWA 4ZL7A 3O6TA 4IW9A 2C3TA 2FBNA 1TOFA 4YNDA 3VI7A 2GS3A 4X1UA 4I2WA 3DWVA 4FIWA 3TRXA 4CW9A 3LWAA 1AAZA 5IMVA 3VWWA 2XBQA 3FZ5A 4F9ZA 5HR2A 4HOUA 2I1UA 2YWOA 1MD3A 2JL4A 1GULA 4PNGA 1PL1A 4GRFA 2C1YA 4O92A 3TGZA 1BX9A 5ECLB 4U07A 4ML6A 3NZNA 3GZ1A 4YVQC 3SBCA 2VL3A 3N71A 3ASFA 5BT1A 1A2MA 4JA9A 5EL8A 2C3QA 1GUKA 4GQCA 1M2AA 4KDUA 2EIOA 2F3MA 17GSA 5DJLA 3D4MA 1IYGA 2WRTA 3GKXA 3KJYA 3F0IA 2Q7FA 4GF0A 3HJPA 5LCWC 3F6DA 5JWOB 3MA5A 4TVEA 3TOTA 2PUKC 4N0ZA 5G2ZA 4Q5NA 3RPNA 3DEXA 3UAPA 2KUCA 1WMJA 3AS8A 2H19A 3FY7A 1XIYA 4JBBA 3TG4A 4J0UA 1W89A 3ERWA 1PRXA 4NXIA 4K7NA 3DGQA 3IK7A 4W9RA 4CGWA 3GNJA 3LQ7A 4WF4A 1X5DA 3UQ3A 4TW5A 1A0RP 5F05A 2I4AA 2FEZA 3EYTA 1K0OA 2RIIA 4K8MA 4H86A 2HSYA 1ST9A 1VF1A 2YZUA 4TN8A 4U0SA 2GQLA 5CHEE 4MLYA 5D9XA 5ECNB 2JSZA 3QD9A 3GSTA 3CK8A 1PD21 1WOUA 1A23A 1HNCA 1XNFA 4OMVA 2V2GA 3M8NA 4AJ7A 3LKUA 5G30A 5IOWA 2VCVA 4I97A 2E2GA 2JACA 2HZEB 5G04J 2VGXA 10GSA 2V41A 2B7JA 1HNAA 2L59A 4F2IA 3S7FA 1OVNA 3Q18A 4GXZA 2DJKA 2JZSA 5IMCA 1ML6A 1K0DA 2HR2A 2J9QA 1PX6A 5ECKB 5J5NA 2JU5A 1FOVA 1O73A 2MBTA 2YN1A 1F6MC 2GVPA 4WR5A 2K6VA 2REMA 1TRUA 3QCPA 3ZMLA 3W6GA 2P5QA 1CQHA 3M1GA 4NWYA 1JZDA 4L0WA 1TK0B 3BJ5A 4NHZA 2DIZA 4HOQA 2IWTA 4J57E 1Z5YE 2XC2A 1GLPA 1QQEA 1GSSA 2O8VB 16GSA 4BL7A 2VSNA 3M3MA 4MF7A 2MHKA 3IK9A 1R5AA 3G7IA 1G0TA 2VLTA 4ZBBA 2LSUA 5GSSA 2P58C 3ZFBA 2OJLA 1Y25A 3K8NA 5C00A 3LY9A 3MSZA 1NHOA 2L6DA 4KAEA 2L5LA 3CKBA 5JJ7A 2FA4A 3FFLA 1TRVA 4L5OA 5EX3A 4U0UA 2R37A 3CYNA 3GZ2A 4ISDA 3W8SA 2GT5A 1SYXA 3ZVJD 2IMKA 2DJ0A 3LFLA 1VF3A 3CVNA 2PVOC 4TRXA 4NV5A 4HZ2A 1A24A 5F8BA 3MEKA 1GH2A 3AS4A 2JSYA 2PMTA 3DKSA 1GTAA 4EO3A 4EL1A 2O7KA 2ON5A 2CAQA 3DVWA 5IQYA 1SKRB 1QXHA 1H4OA 1RQMA 5D9VA 4MP4A 2VCTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1M99 A;  2QY7 A;  4WEY A;  3HDC A;  2LRN A;  2A2R A;  5IM9 A;  4I6E A;  4PS8 A;  1GSQ A;  3DIE A;  2H0H A;  2GQM A;  3G2S A;  2XPE A;  5CAX A;  3PEU B;  1U88 A;  1GW6 A;  1SD8 A;  2YCD A;  3HXS A;  4B0Z A;  5A6C A;  4XRD A;  5BNW A;  1SKS B;  5ID2 B;  4HJ2 A;  3P7X A;  2H1A A;  2X6I A;  2H66 A;  4ILI A;  3D0Z A;  4GYW A;  2H1D A;  4JED A;  2ALB A;  4MPF A;  2AXZ A;  5FHI A;  4KBQ A;  1PGT A;  2FGX A;  4Q96 A;  3MX3 A;  5B6M A;  4JU5 A;  4IN0 A;  1T3B A;  1NHY A;  1T8E B;  3FTU A;  1OWN A;  3HD5 A;  3ASD A;  3M9K A;  5ELG A;  1B8X A;  2WCI A;  4FH8 A;  5JCW A;  2H30 A;  4AXH A;  3WT1 A;  4XI0 A;  4I43 A;  5G1K A;  2OA7 A;  2EIR A;  3O48 A;  3GRX A;  3H93 A;  1SJZ A;  2FCH A;  5FTP A;  5ECR B;  2CG3 A;  3TKS E;  2WJU A;  2J08 A;  5G1L A;  1ZU2 A;  3EC3 A;  4U8H A;  4KZ0 A;  3DD3 A;  5D0O D;  1IQU A;  1T4Y A;  2RG8 A;  1V9W A;  2BTD A;  1MDJ A;  3APQ A;  2YZH A;  2NBS A;  5CRE A;  4JW1 A;  4V1A g;  2M63 A;  5DAK B;  2VYI A;  4BPY A;  3CEQ A;  3ESK A;  3FTY A;  3RO3 A;  4MZC A;  5AIS A;  3KGK A; 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