3QDNA

Putative thioredoxin protein from salmonella typhimurium
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
285
structure length
285
Chain Sequence
AMSVQNIVNINESNLQQTLEQSMTTPVLFYFWSERSQHCLQLTPVLESLAAQYHGQFILAKLDCDAEQMIAAQFGLRAIPTVYLFQNGQPVDGFQGPQPEEAIRALLDKVLPREEELKAQQAMQLMQEGNYIDALPLLKDAWQLSSQNSEIGLLLAEAQIALNRSEEAEAVLKTIPLQDQDTRYQGLVAQIELLKQAADTPEIQQLQQQVADNPQDAALATQLALQLHQVGRNEEALELLFSHLRKDLTAAEGQTRKTFQEILAALGTGDALASKYRRQLYALLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Putative thioredoxin protein from Salmonella typhimurium.
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule keywords Putative thioredoxin protein
total genus 94
structure length 285
sequence length 285
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF14559 TPR_19 Tetratricopeptide repeat
A PF14561 TPR_20 Tetratricopeptide repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA03
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3qdnA01
3KIJA 3RDWA 2HE3A 2H70A 2WS2A 1GTIA 2GDRA 2FA8A 4WR4A 2B1KA 4J2FA 2F9SA 1XOBA 3FR3A 3TJFA 4WNGA 4JR4A 2WPVA 1LBKA 1YF0A 5DALA 3US3A 5DVBA 4OFTA 2JZRA 3GRXA 3VWVA 1KT1A 2AV4A 4PNFA 2B7JA 3F63A 1ACVA 1H4OA 3SBCA 1FCHA 1CQHA 1A8LA 1V40A 4ZL7A 2R5GA 2FD3A 1WP0A 1LJRA 2CVKA 2H73A 5AGYA 3U4TA 4TN8A 3DXBA 3BD2A 3ZHEA 1U88A 2MZCA 4TRXA 4PQIA 4YNDA 10GSA 5BW8C 1B9YC 1I5GA 4OCEA 3DGQA 3MAKA 4BTBA 1KNGA 1PA3A 3I9V2 2PPTA 3GYKA 3Q49B 2L4CA 1PD21 3CVPA 3FY7A 2FA4A 3TKPA 1O85A 5ECMB 3DMLA 1A17A 4HS1A 4XRAA 2HXKA 1T4YA 1WRYA 1XWKA 2DJJA 3H1NA 2GLRA 1MDJA 4GZ6A 1T4ZA 2B6MA 1NA0A 4IP6A 5D73A 4YAVA 3RU0A 2CV4A 4WF5A 5KN3A 3IV4A 2AUVA 2H0HA 2XGSA 1S3DA 4V1Ag 4BWRA 2V6KA 1ML6A 2VL3A 1EZKA 1M9AA 2HFDA 2LNTA 3F3QA 2H8LA 3EDTB 3APQA 5HFGA 4OMVA 1BX9A 2FY6A 1FOVA 3AY8A 4MH2A 1P5QA 1TKDB 3ME7A 4L8EA 5ECIB 3W8JA 2YJ7A 2HNLA 4MMMA 3FZ4A 5AIXA 4TW5A 5D96A 5DCHA 5KJLA 13GSA 3CBUA 2YZHA 3OXGA 3TUEA 2MMZA 1TU7A 1GRXA 3QWWA 4JL0A 1GULA 4ZILA 2JZSA 5JJ6A 3Q5MA 1A2JA 4K6XA 3V1WA 5B6NA 5A4UA 2KCVA 1N8JA 3VK9A 3RPNA 1T00A 1T8EB 2V41A 6GSSA 1FAAA 4G10A 1TRVA 4HJ2A 2I1UA 4O6FA 3TKRA 4KW6A 4HU9A 1E6BA 4I8BA 2C2LA 2K6VA 4WNDA 1G6WA 5IOXA 1EGOA 1YEXA 6GSUA 5ECLB 2JZTA 2GQLA 5IMFA 5HI7A 1F3BA 4JEDA 2OADA 3CSJA 2H75A 2LJKA 4PXOA 2KCKA 2AVPA 3CRUA 3GX0A 1B89A 1OE8A 4DSQA 3IEGA 3HVSA 5EVOA 1KLXA 3QPMA 1DE1A 17GSA 5LNKe 3H4KA 1BQ7A 5FJYA 1R7HA 1Y8MA 1GLPA 4IGJA 4LMVA 3VURA 1WAO1 4FH8A 4XS6A 5D9XA 3EE2A 4IQ1A 3TRPA 4GPKA 3GL3A 3C73A 2H6XA 4IVFA 5F07A 2DBAA 3ZRDA 4CGWA 3S7FA 1XVQA 1EGRA 4ZL8A 4I17A 2B1LA 1ZMAA 3FK8A 4MA9A 3KS2A 2ZNMA 2IMIA 4MZWA 3M8NA 4FO5A 1X9SB 3GH9A 5D0OD 3GTUB 4TR1A 1SJ6A 4U0ZA 3SF4A 1T1VA 2I3YA 3HCZA 4H86A 2F8FA 1X9MB 3BCKA 1Q4JA 2L59A 3FWVA 3DWVA 4J56E 4DSSB 3GTUA 3HHVA 1JZOA 3GKXA 4POLA 4HJMA 4OFMA 4DSSA 2R37A 2VM1A 1Y25A 3DEXA 3CMIA 3QR6A 3M9JA 3EMPA 1SKWB 3F9UA 4NAXA 4N2SA 4ZB8A 3TGZA 2KC7A 3S7JA 4YQVA 3KTLA 5EX3A 4MZCA 5G31A 5IIZA 2CA8A 4GYOA 2VGXB 3WGEA 4GZ3A 1YEPA 3TJKA 4ZB9A 5A6CA 1AQVA 1V9WA 4WBJA 5ECOB 1JZRA 3C1RA 4K8MA 4ECIA 3UBLA 2VM2A 2B5EA 3VPQA 4WNFA 2GS3A 2PGTA 1ELRA 3CSHA 2MYGA 1FVJA 2LTKA 5IMZA 2YNXA 2VCVA 1YKCA 3HVXA 4MJCA 1XW5A 3GH6A 3BBYA 2TRCP 3FRCA 4KUNA 4XS4B 3IBHA 2EC4A 3JYSA 4GA0A 2KATA 4ISDA 2H0GA 2RM5A 1TP9A 2C4JA 2R4VA 4EDYA 2KOKA 3BCIA 4GQCA 4IHUA 5IMCA 4HOJA 4XRDA 1GUHA 2E7PA 3UMAA 3ESKA 4NWYA 3DVWA 1GSSA 1TJDA 4MPFA 1PX7A 3FW2A 2VL2A 1M9BA 2OE3A 4YQMA 2VCTA 4ZBBA 1GLQA 2LEGA 1BYEA 2RUEA 1C72A 4XTSA 4G25A 4NV2A 4A1SA 4EDZA 3LYPA 1ZGNA 2VUPA 3TKQA 3GN3A 1LU4A 19GSA 5E4WA 6GSVA 4PQHA 1HNCA 4GCIA 2HZEB 1DBYA 3F6FA 2GVPA 2K8VA 3QMXA 3J7Yk 3LY9A 4GYWA 3Q18A 2HZEA 2YWIA 4MJBA 5ECPB 22GSA 5EL8A 1U3IA 2OBIA 2VCXA 3CTFA 3PH9A 4AY5A 1FB0A 5D93A 5KEJA 3RAZA 1O81A 2XPIA 1A2LA 2H1DA 2N5BA 5DCGA 5JCWA 2YWOA 4WUYA 1ERUA 3ERFA 3VTXA 3HA9A 4EL1A 1EWXA 1WMJA 3UUXA 1K0MA 1ZOFA 5ECKB 2LQOA 4KSOA 5D8IA 3WGXA 2PWJA 1G0TA 4GXZA 4LL1B 6GSXA 3ZTLA 4UQZA 2VLUA 1QMVA 1VGLA 2L6CA 1ERVA 3FR9A 2RLIA 2LRTA 2DJ1A 3L9SA 2TRXA 3VI7A 4PX1A 3KH7A 4AM9A 4EKZA 3I69A 3GZ2A 3D22A 2K9FA 1TW9A 3ASHA 4ZIJA 1SK1A 3KP9A 2L5OA 1DE2A 5C04A 2OBKA 2VL9A 2K8SA 4NMUA 1K0DA 4OD7A 4MF5A 3CRTA 5J4UA 2VLVA 3CEQA 2H72A 3LFLA 3ZGQA 1K3YA 1MDIA 2GZPA 3TJJA 3ZN3A 4J8DA 1HYUA 1F6MC 4IKHA 2HSYA 4D73A 3BOAA 4MZBA 1SKSB 3UEMA 1PMTA 3WGDA 2OACA 3RO3A 2DJ0A 1GTUA 2GW1A 4KH7A 5ID2B 1JFUA 3KMOA 2FI7A 3FZ9A 1K0BA 2H19A 2LSVA 3TOUA 3IK9A 2YP6A 4XI9A 4UQYA 2V5FA 5ID2A 3NZNA 2XCBA 3K9IA 4CW9A 4G19A 2GT6A 2KP1A 2H1BA 2PBJA 2ZUPA 3EWLA 1V58A 1B8XA 2GSRA 2FF4A 3J7Yb 2IFQA 3F4TA 5FT3A 4YQUA 5CRGA 2B5XA 4TXOB 1X5DA 3WT1A 4GCNA 4GYYA 5D9WA 1OC8A 3GV1A 5DAKB 1KBNA 1PRXA 3M9KA 3N9JA 4TXOA 2GSQA 5B6MA 4KXKB 3RKVA 2UY1B 3KTBA 7GSSA 2YJHA 3TKSC 4ZXGA 2PVOC 2DMLA 3LWAA 3NIVA 3CV0A 3UPVA 2LRCA 5IO0A 4I9EA 3EMXA 4POMA 3O48A 1R5AA 1YZXA 4N0VA 3Q15A 4IN3B 3NOFA 4BWQA 1G7EA 2UWJG 4Y6WA 4EE0A 2WB9A 1TRSA 5B8BA 3GKNA 2O89A 3N5OA 4B94A 2HRFA 1TDIA 3S7DA 4IW9A 4EUYA 1W3BA 4WETA 4PUFC 2LKUA 3CKCA 2JLBA 1S3AA 2P5RA 1T3BA 2GT5A 2LRNA 1I9DA 3Q6OA 4MF6A 3LY7A 3OXLA 4JZQA 3S7BA 4JRRA 3P2AA 3CXGA 2H76A 2IIYA 4X1UA 3Q47B 5A7DB 3ME8A 2H66A 1JZDA 2A2RA 3GSSA 4U04A 4OO4A 1IYIA 3GYZA 1XPVA 2HLSA 1XXUA 3DVXA 4MK3A 4TKYA 4IJIA 4GCOA 4KSMA 2H1AA 2H0IA 3O6TA 4V2MA 4K7IA 3HXSA 3VWXA 2J9QA 1GH2A 1Z5YE 3KM6A 2EIOA 4F0BA 1ST9A 3QCPA 4AF2A 3GURA 4QL9A 2C0EA 3TGOA 1KTEA 4HZ4A 5JWOB 5F06A 3E9JB 2WFCA 5G5EA 3DIEA 3H93A 4YH2A 4JA9A 3RJVA 2PU9C 2CVBA 2R6KA 2FWEA 1MEKA 2RIIA 3VWUA 1TTZA 4AJ7A 4X0XA 4PNGA 1VRSD 3A2WA 5IOWA 1R4WA 4JU5A 5FZQA 1GSYA 4N3BA 3CKBA 5HR2A 1FO5A 2TIRA 4PUAA 1QUWA 4IQAA 3PDNA 3L4NA 1MDKA 4NHWA 3MEKA 1R5PA 2B7KA 3F0IA 5L71A 4K2DA 2E2MA 5COHA 4O92A 4BPYA 1X0RA 4PGTA 3EINA 3KXOA 5AYWD 3D5JA 3FKFA 2M46A 3M1GA 1G6YA 2IWTA 3MKRA 3ASFA 4N3CA 3RHCA 5GAND 2CAIA 2JU5A 3ZMLA 1ON4A 1WPIA 4N3AA 4K0GA 1WOUA 3KP8A 4NV5A 4AIFA 3VLNA 3QOUA 3C1SA 3ERGA 4WKWA 5CCLA 1BEDA 3F6DA 1NZNA 4KCAA 2DJKA 4UQXA 5B7CA 3TG4A 4GLTA 1NHYA 2VO4A 3HJPA 3GUSA 3GKKA 1Z7PA 4FYBA 5G2ZA 5ARGA 3L0HA 1ABAA 2H30A 1YY7A 3GA4A 4I97A 2C0DA 5D9TA 4MDCA 4KDYA 1XOAA 1IYHA 3ZVJA 5HR1A 5JCGA 3KD0A 2PVQA 3UVTA 1URMA 1ILOA 5HQ8A 4HUAA 2YWNA 2VCWA 4ME2A 4LA1A 2IFUA 2C1YA 4WXTA 4IN0A 4Z7XA 3TDGA 3E3EA 2ONDA 2P31A 4J0UA 4HQSA 5EY6A 2B3SA 4YVOA 2HYXA 2YOIA 4TR0A 2IMDA 4EF0A 4GWRA 4GQFA 2VCZA 4JHRA 5DBKA 3OR5A 2FWHA 3KCMA 3KZQA 1M7TA 2CVDA 5ABRA 4ZBAA 5LD0A 4I1AA 4ULXA 4I2WA 4GA1A 2G2QA 2OE1A 1TK0B 3ZREA 4XI0A 2WJUA 1ZZYA 1B4PA 4EVMA 2BUGA 2H6YA 5DJLA 1XFLA 1Z6NA 5J41A 3RO2A 2CZ2A 3LKUA 1GNWA 3HVVA 1F2EA 4U0SA 2XBIA 4OO5A 4KDUA 5F05A 1SD9A 4JR6A 2D2ZA 2IL3A 1U6TA 2FO7A 5FHIA 1ERTA 8GSSA 5GAPD 1MD4A 1OE7A 4OCFA 3CVLA 1OC3A 3H79A 2CZ3A 4YVQC 2CAQA 2GSSA 2VGXA 1NSWA 1MD3A 2QFCA 4G2EA 4N30A 4KA0A 1AC1A 1SU9A 1FB6A 4IELA 5CNWA 2QKEA 2M80A 2QSIA 3ISOA 2JSZA 3HD5A 3I6AA 1OKDA 1WM5A 1M2BA 1X5EA 3QAVA 4L5LA 2X64A 4I6XA 1UC7A 1GSEA 3BEEA 4AJ6A 3IE3A 1XWAA 4XS4A 2KCLA 2OA7A 2XPEA 3GL5A 3G7IA 4BVXA 3WYWA 3LXZA 3G7JA 3IA1A 5G1KA 5A5KA 3GX8A 4JA7A 1TU8A 5AIVA 4K7NA 4XHMA 5DBQA 1FVKA 1WJKA 1O8XA 1SENA 1UN2A 4HDEA 3JCML 1PKWA 2X8CA 1YQ1A 1XCCA 4ECBA 4G23A 4G9HA 4N39A 1AQWA 1SKRB 2MHKA 4XCSA 1XVWA 2PERA 5G05C 4AGSA 3DYRA 5KN2A 5BNWA 2C3NA 1JHBA 3ZMKA 4Q5FA 2DIYA 1K0CA 1O73A 2OJLA 3HJOA 4ZB6A 3HYPA 5ECNB 5EPFA 3RHBA 1YF1A 4IP1A 4K0NA 1EP7A 5C00A 1YA0A 4NHZA 3UAPA 3E0UA 4ZBDA 1K3LA 3Q74A 4EO3A 2DIZA 1HNBA 5FWGA 3LORA 3TKSE 2AHEA 1A24A 4V1Ap 5ECSA 3F4RA 2VOCA 2FGXA 4XIFA 4NXIA 2GZYA 3LJRA 3D6IA 5E59A 2OOEA 2GGTA 4MF7A 4RUVA 3KEBA 5CAXA 4KYOB 1JLWA 1O6JA 2LJAA 3IPZA 3UARA 3D4TA 1A2MA 3O3TA 2E2GA 1K0NA 4CGVA 4IS0A 1Z9HA 2YANA 3LCAA 3ZYWA 2IPAA 1R26A 4GTUA 4KNDA 3APOA 3CTGA 4G24A 3D4MA 1V57A 2IMFA 5G05J 1A0FA 5CRHA 2BJXA 3U5RE 4BTAA 2C0GA 2HRNA 1XIYA 2FBNA 5JJTA 1SYRA 4KGIA 5CYYA 2B5YA 2CT6A 3FZAA 2PL2A 2PMTA 2AYTA 3MDKA 2H1GA 1GTAA 3ZITA 2C0MA 20GSA 1QFNA 3L9UA 2LQQA 2H01A 2GQKA 2NVLA 4HOTA 1Q98A 1Y6EA 4L0WA 1HNAA 2HT9A 3W6GA 5FTPA 2L57A 4Y6CA 3O76A 1SL1B 1U3AA 5CREA 2LV3A 3G7YA 4E8EA 3TJBA 1TK5B 2YQ8A 4UI9C 2VSNA 5KJNA 1OC9B 3FEUA 1EEMA 2C0FA 2REMA 3CVQA 2WZ9A 1VF3A 2IJYA 4J57E 3U6VA 4F9ZA 3IR4A 4RG9A 4Q5RA 3KH9A 4WNEA 3N71A 3BJ5A 4GSNA 4O7HA 1XWGA 3CK8A 4ML1A 2OKAA 1ZU2A 3HKRA 3F4SA 2V1MA 3QKYA 3RPPA 1OUVA 4I2TA 4ML6A 5M72A 4RI7A 2FLSA 1MTCA 3PE3A 1J08A 1K0OA 3QAWA 1EV4A 3WXXA 2PQNA 1XW9A 1A0RP 2LNSA 2Z9SA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2HRA A;  4JD2 G;  1XNF A;  2RFA A;  4D73 B;  4I9C A;  2MMN A;  5AN1 A;  3L82 A;  1OC9 A;  4R7L A;  5H5S A;  3VWW A;  2NC9 A;  3APS A;  3PZ1 A;  2P5Q A;  4DVC A;  1NI1 A;  2DJ2 A;  3UXG A;  3QAQ A;  4BL7 A;  5ELA A;  4KX4 A;  6GST A;  5J9C A;  1U87 A;  2XPD A;  4O32 A;  3FFL A;  2IO2 C;  4HOU A;  3UQ3 A;  2MMA A;  4BVY B;  3HDC A;  2F51 A;  1N11 A;  4KVO A;  2IME A;  3G2S A;  2I81 A;  5BXO A;  1HX8 A;  2C3T A;  5F8B A;  1U3C A;  2QC7 A;  5HFI A;  5FT9 A;  2H6I A;  4I5Q A;  2XCC A;  1S3R A;  2DZO A;  4WWO A;  1PSQ A;  3VFI A;  4K5S A;  4BVY A;  1TR4 A;  4I2Z A;  4EXJ A;  2X99 A;  4FA6 A;  1HH8 A;  4DJA A;  1RW2 A;  3VI5 A;  3D9P A;  1SA4 A;  3T8K A;  1LD7 A;  3UL3 A;  4PQ1 A;  1M2D A;  4G1T A;  2IFQ B;  2LAI A;  5EKQ D;  1BAY A;  1TOF A;  1GUK A;  5G5F A;  2LXL A;  1GSU A;  3MSZ A;  5G2N A;  3LVR E;  3UJ1 A;  1BJX A;  1PL2 A;  3ZUV B;  4HI7 A;  1Z3E A;  4H7Y A;  5ELG A;  2X6J A;  1SK2 A;  3G9B A;  5IM9 A;  2I6H A;  5CRD A;  3KMN A;  2DZN A;  3FUK A;  4N11 A;  4WEY A;  1RQM A;  3C7M A;  3DRN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3KIJ A;  3RDW A;  2HE3 A;  2H70 A;  2WS2 A;  1GTI A;  2GDR A;  4CY8 A;  2FA8 A;  4WR4 A;  4E85 A;  2B1K A;  4J2F A;  2F9S A;  1XOB A;  3PH0 C;  3FR3 A;  3TJF A;  4WNG A;  4JR4 A;  2WPV A;  1LBK A;  1YF0 A;  5DAL A;  3US3 A;  5DVB A;  4OFT A;  2JZR A;  3GRX A;  3VWV A;  1KT1 A;  2AV4 A;  4PNF A;  4C9B B;  2B7J A;  3F63 A;  1ACV A;  1H4O A;  3SBC A;  1FCH A;  1CQH A;  1A8L A;  1V40 A;  3RRM B;  1FVF A;  1E7U A;  1SZA A;  4ZL7 A;  1X5B A;  2R5G A;  2FD3 A;  1WP0 A;  1LJR A;  2CVK A;  2H73 A;  5AGY A;  3D9O A;  3U4T A;  4TN8 A;  2L0I A;  3DXB A;  3BD2 A;  3ZHE A;  1U88 A;  2MZC A;  4TRX A;  5E76 A;  4PQI A;  1SZ9 A;  4YND A;  1HG2 A;  10GS A;  5BW8 C;  1B9Y C;  4Z2R A;  1I5G A;  4OCE A;  3DGQ A;  3HDX A;  3MAK A;  4BTB A;  1KNG A;  1PA3 A;  3I9V 2;  2IQC A;  2PPT A;  3GYK A;  3Q49 B;  2L4C A;  1PD2 1;  3CVP A;  4IYP A;  3PEU B;  3FY7 A;  3GZS A;  2CG3 A;  2FA4 A;  2AW6 A;  3TKP A;  3CHS A;  3CVX A;  1O85 A;  2J08 A;  1Z6T A;  5ECM B;  2J4D A;  3L13 A;  3DML A;  1A17 A;  4HS1 A;  4XRA A;  2HXK A; 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