3QDNA

Putative thioredoxin protein from salmonella typhimurium
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
285
structure length
285
Chain Sequence
AMSVQNIVNINESNLQQTLEQSMTTPVLFYFWSERSQHCLQLTPVLESLAAQYHGQFILAKLDCDAEQMIAAQFGLRAIPTVYLFQNGQPVDGFQGPQPEEAIRALLDKVLPREEELKAQQAMQLMQEGNYIDALPLLKDAWQLSSQNSEIGLLLAEAQIALNRSEEAEAVLKTIPLQDQDTRYQGLVAQIELLKQAADTPEIQQLQQQVADNPQDAALATQLALQLHQVGRNEEALELLFSHLRKDLTAAEGQTRKTFQEILAALGTGDALASKYRRQLYALLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Putative thioredoxin protein from Salmonella typhimurium.
rcsb
molecule keywords Putative thioredoxin protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 94
structure length 285
sequence length 285
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF14559 TPR_19 Tetratricopeptide repeat
A PF14561 TPR_20 Tetratricopeptide repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA03
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qdnA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3qdnA01
1X9SB 3ZYWA 1ZOFA 2LS5A 4U04A 4HZ4A 1R4WA 4AM9A 4F03A 3TRXA 5ARFA 1X5DA 2J9QA 2FA4A 3LORA 5H5QA 1JZDA 2K8VA 3KM6A 2IF4A 1QQ2A 4G23A 1M2AA 2KP2A 3DVWA 2HZEB 4GYOA 4MH2A 3NZNA 4LLRA 4U0SA 1K0BA 5DJLA 1YJ6A 5D96A 4AY5A 3GL3A 1EEMA 4E8HA 2H30A 2C80A 4N3CA 3WD6A 2X8HA 1CQGA 4OO4A 4K7IA 2HZEA 3HYMB 3N9JA 3U4TA 4ML6A 1CQHA 2C0EA 4CHSA 1LU4A 5HFIA 3GKNA 3KP8A 1K3YA 4GLTA 2V1MA 4JBBA 1PRXA 4WBRD 4IJ3A 2DJKA 2D2ZA 1NM3A 11GSA 1YF0A 4FYCA 4IW9A 4TOPA 1YKAA 2P31A 3KMOA 1GLPA 2YJHA 2WCIA 2PQRA 2DJJA 2FF4A 3ASFA 3EINA 3J7Yb 4J57E 2KCVA 2O8VB 3M9KA 4EXJA 3PE4A 5F07A 3M3MA 1ZYQB 2H75A 3FK8A 1J08A 1V57A 1YEXA 3EU3A 3CKCA 3AS8A 5DVBA 4HOSA 3W6GA 2MMAA 4ECBA 3ZIVA 1R5AA 3WT1A 3D5JA 2YNXA 3QWWA 4ZBAA 3UIWA 2H76A 3KTLA 5G2ZA 2E2MA 3TG4A 1PX6A 3DEXA 3TOTA 1PKZA 1YY7A 3MV2B 3US3A 1HNCA 2N5FA 5LD0A 2VD1A 1BG5A 2LV3A 3ZMKA 1V40A 3ZLPA 1PX7A 2WDUA 3IXRA 2EIOA 4TN8A 4IP6A 4N11A 4GSTA 2ZNMA 1JZRA 4XS1A 4DSSB 4OO5A 1E6BA 1HNBA 3ZZXA 1PL2A 5KJLA 1SD8A 3F8UA 4GYYA 4N3AA 2XCCA 2H1BA 5ECLB 4V1Ag 5FT3A 4DSSA 4GXZA 4DSRA 3IK7A 3KAEA 2K6VA 4TRXA 4TR4A 2LRCA 3QFBC 5HR1A 3GW4A 2FWGA 1FVJA 5B8AA 2TRCP 2GQKA 1SL1B 1Z6MA 4DEJA 2MBSA 3UAPA 3UOMA 5ID2B 5AGYA 5DCGA 5J4UA 1XBSA 4PGTA 4WF5A 1H75A 3PGTA 2ON5A 4MF7A 3HVVA 3DYRA 4I17A 3KIJA 4UQXA 4IGJA 4RG9A 3AS5A 5ID2A 4GCIA 2V5FA 3CSJA 2P58C 4HZ2A 17GSA 4O6FA 3FWVA 3MWHA 3FR3A 3OR5A 6GSVA 5G5EA 2QC7A 2PUKC 5B7CA 3F3QA 3TUEA 5KN1A 4JR6A 5CP1A 4KX4A 1AQWA 1S3DA 2HSHA 1THXA 2LUSA 3TKSE 5GSSA 3MEKA 1A8YA 2B5EA 5J9CA 5LCWC 2AAWA 2VM2A 1SJZA 5GAND 2YV9A 3GTUB 3LY9A 2LRTA 4MF6A 4PNFA 3F0IA 2IMDA 4MLYA 4O5RA 1TOFA 1ERTA 1TK8B 3QMXA 1YA0A 4F9ZA 5AYWD 5BW8C 1XOBA 2VL2A 3CVNA 1QZ2A 4BT8A 2NTOA 1M0UA 5A4WA 3GTUA 5HR0A 1K0OA 3HVSA 2KHPA 3QD9A 5D93A 2PPTA 3A3TA 4HORA 1HNAA 3ZL5A 3IA1A 4AF2A 1FO5A 5DBKA 3DMLA 5BNWA 5J41A 4AIFA 2KP1A 1F2EA 1ZL9A 2MBTA 5ECKB 3TOUA 3K8NA 1EOGA 4PNGA 4EKZA 2WPVA 1PKWA 3ZFLA 3RPNA 2GW1A 5JWQB 2RUEA 1B8XA 1IYHA 4V2LA 2HNLA 4ECJA 2YPMA 2RIIA 2YQ8A 5KN2A 4BTAA 2DSAA 1ML6A 3DWVA 4KA0A 1X9WB 1T7PB 4ME2A 4V2NA 3G7JA 1QGVA 4H7YA 1EP7A 1SK0A 2VIMA 4TXVA 1DBYA 3ZPJA 2KLXA 4L0UA 3AS4A 3UMAA 4K9ZA 4HUAA 3UVHA 2KC7A 4HOTA 4XTSA 4ZILA 2I6HA 3AY8A 2FD3A 4ZL7A 4CGWA 2H1DA 1SKSB 4DVCA 1G0TA 1NA0A 1TXXA 3D21A 3NIVA 3M1GA 3I6AA 1JFUA 2I81A 1WMJA 3ERWA 1T1VA 3TKQA 1F6MC 3O6TA 4RG6A 2V6KA 2H66A 2JU5A 5HFKA 3UARA 2RLIA 3ED3A 4MA9A 2CZ2A 1TW9A 5KN0A 1TJDA 1G7EA 4F0CA 2GQLA 3QDNA 3ASGA 1K3OA 5LCWJ 1S3AA 3IOSA 4WR4A 2GZYA 3VLNA 4TVEA 4J2FA 2VCZA 3LFLA 2CAQA 1THOA 4WXTA 5ECIB 2ALBA 4V1Ap 1Q4JA 1X5CA 4MF5A 5IMVA 2GSSA 5EX3A 3ZFBA 1IYIA 5ECPB 3CVLA 5EPFA 3EYTA 1NA3A 2VCWA 3EURA 3KGKA 3C7MA 1XPVA 4N0ZA 5D0QD 4K0NA 1GSFA 4N2QA 3VPQA 1XFLA 2LQQA 4BWQA 3J7Yk 2QSIA 2XEVA 2C8UA 4G9HA 3VTXA 5C1DA 2FI7A 2KOKA 1U87A 4RI7A 1K0AA 3N71A 4YQUA 2GTUA 3IAM2 2OE3A 1O8WA 16GSA 3RIBA 3IRAA 3F4SA 2VGXB 4ML1A 3ASDA 3F4TA 3ZTLA 3CSIA 3GYZA 2YWNA 2A2RA 4GPKA 3IC4A 1Z9HA 1A24A 2F51A 5HR2A 3CXGA 1LJRA 4TR0A 1GL8A 2N5BA 5AN1A 3RDWA 2VGXA 4PQHA 1SKWB 2PVQA 4KUNA 1ABAA 3APQA 1SJIA 4MJBA 5CRDA 1A2MA 1J9BA 2MHKA 2FEZA 2CT6A 1XWBA 5G1LA 2WB9A 5LNKe 4GQFA 4NMUA 1GSYA 2L5LA 3P90A 1T8EB 4QL7A 1Z7RA 4I2TA 4N2SA 3KS2A 1N8JA 5DALB 4HU7A 2NDOA 3LYKA 1PD21 3L9VA 2V6OA 1V2AA 3L4NA 1QK8A 1FAAA 3E0UA 2HE3A 1MDIA 1ZZYA 2CVBA 3S7DA 1TI3A 3Q5MA 3MKRA 1RK4A 4P3YB 2FA8A 4KNDA 3R2QA 1SYXA 4GA0A 2CVKA 1ZMAA 1QUWA 5DALA 3CV0A 3CTFA 3GSTA 2O89A 3U6VA 3LGCA 2P0GA 2AJQB 5DIZA 6GSXA 3HJMA 3HJPA 1MD4A 4FH8A 5AIXA 2JZSA 3PH9A 4EE0A 1KLXA 1HD2A 2H0IA 3H93A 1O85A 5JWRB 1T3BA 2DJ3A 3CKBA 1Y6EA 4KBQA 1PN9A 3RO3A 1BX9A 5IMFA 3TDGA 4XI0A 5AISA 3TAXA 1GWCA 4KE3A 5FHIA 2DIZA 2VSNA 2MMNA 3ISOA 7GSSA 1OE7A 4TXOB 5CNWA 1M7TA 4O92A 4MPGA 3M8NA 5ECQB 2DLXA 3UVTA 1XCCA 5JJTA 2MMZA 2A4VA 2FO7A 4GSNA 2YN1A 2FCHA 4FO5A 1TK0B 1OYJA 2PWJA 1V9WA 3GKKA 4TXOA 4N3BA 1GUHA 1XIYA 2Q7FA 2DJ0A 4YAPA 2HFDA 4BPYA 3VWXA 2H8LA 4WETA 2HYXA 4ZBDA 3OXLA 4I1AA 3TCOA 1JLVA 4YVQC 3BCKA 4HQZA 4KSOA 1XW9A 3EDTB 5ELAA 1AQVA 4RQXA 1TK5B 1O73A 1OC9B 2E7PA 5EL8A 4IN0A 1ZBPA 1BQ7A 4N10A 5F8BA 2FBNA 3APOA 3H79A 3D4TA 3MDKA 1R7HA 4MZCA 1QXHA 2H6XA 3ME7A 2QFCA 4JE1A 2KCKA 2RM5A 3CMIA 5CHEE 4NPBA 3QWPA 1G6WA 2M72A 1ON4A 1GP1A 9GSSA 4HOQA 1QMVA 1MDJA 2AYTA 4RQRA 3UUXA 4EC0A 4FYUA 2F9SA 1PGTA 3KEBA 1O6JA 3PDNA 1OE8A 4XIHA 3IE3A 4PUFC 1YKCA 1K0MA 2L6DA 2FNOA 2H0GA 3GKXA 1QFNA 3S7JA 3CEQA 3HDCA 4YQMA 3ZHEB 2IPAA 5CYYA 4OWYA 4MH3A 2B5XA 1KBNA 4G25A 4L5LA 6GSYA 5D9TA 1V98A 5G5FA 3OXFA 2LJKA 3QAWA 4APOA 3ZHEA 2JSZA 5GAPD 2NBSA 4JR4A 4LMVA 4BVXA 4OFTA 3K9IA 5L71A 3ZFWA 2C0LA 2HT9A 4JHRA 1SK2A 4PQIA 2BMXA 2H0HA 4G10A 4MJEA 3PR8A 5GSTA 1B4PA 4EQFA 4MDCA 4ZB9A 1PSQA 3QOUA 4MP4A 2IMIA 2PN8A 4YH2A 3MAKA 3Q6OA 4KDXA 5D9VA 1O8XA 2IL3A 3UBKA 4YNDA 2C1YA 1OAZA 2FLSA 1IHGA 2WJUA 1VGLA 3GZ2A 1Q98A 1XVQA 8GSSA 3BEEA 5ECRB 2Z9SA 4WNGA 3S7BA 4H86A 2AVPA 2YHCA 2DMMA 2G2QA 1FW1A 1XOAA 3FKFA 4KXKB 4KSMA 5HR3A 1KNGA 1HXIA 4KDUA 2O7KA 3IAS2 3D0ZA 2LJRA 1DE1A 2YWMA 3HY2A 1U6TA 5CRHA 3G7YA 2A2SA 4F2IA 4GSSA 2X8GA 1SU9A 4I8BA 4ZB8A 2N5AA 4EF0A 1EEJA 2ES7A 3S9FA 3TKSC 2GSRA 1UA5A 5D9WA 1IYGA 3FZ9A 4MCUA 4MJCA 2KATA 1TKDB 3LEFA 3RKVA 2UY1B 5DBQA 2WZ9A 2NPBA 1ERWA 2IMEA 3KCMA 3VI7A 4JA9A 1A0RP 3SF4A 1ZGNA 4J8DA 4ABNA 2P5RA 2C3TA 4KCEA 22GSA 2L57A 1F3AA 3O48A 4O32A 1JZWA 1VF2A 5DDLA 3TRQA 1B48A 2HR2A 2UY1A 3WT2A 4XIFA 1A17A 4KW6A 4ZBBA 2VL9A 2GGTA 4B94A 2C3QA 2HYZA 2M80A 1U3AA 1X9MB 4PUAA 1F3BA 1B9XC 4WF4A 5G31A 3GX8A 3NF1A 4EUYA 4WKWA 3FZ5A 4I9EA 2WGRA 2RUFA 3FR6A 3RO2A 2IN3A 2HRNA 1X5EA 3M0FA 3L0HA 5ENUA 5EX0A 4NV5A 2R2JA 4I9CA 2OE1A 4IVFA 3Q4AB 2JADA 3C1RA 2I3YA 3CYNA 3HZ4A 3BJ5A 1YZXA 5IMCA 2CQ9A 1ILOA 1OC3A 1WIKA 3F6FA 1OVNA 2H71A 3FY7A 1VRSD 4NHZA 2CV4A 5HI7A 1Y25A 4KYOB 1GTAA 2IMKA 1XWGA 3EWLA 1DUGA 4G1TA 5A5KA 1M9AA 3L9SA 4HDEA 1TI1A 1T00A 4TW5A 3A2VA 4PXOA 4KCAA 2DMLA 3TRPA 2PGTA 4JU5A 3W8JA 2VM1A 2H73A 2YV7A 3LQ7A 2FUG2 3C8EA 3Q49B 4IKHA 2EIQA 3W8SA 3GKMA 3C71A 2XGOA 2XPEA 3P7XA 4G26A 1DSBA 4EDYA 4WNEA 1TTZA 4ID0A 5ELGA 2WULA 2LEGA 1Z7PA 4HJMA 4IN3B 1FB0A 4POMA 3F9UA 2K8SA 3EMXA 4CDRA 3QAGA 1FG4A 1M9BA 4Q5FA 3U3WA 1A2JA 2WQHA 3O76A 3GYKA 4GTUA 5EY6A 1H4OA 4NXIA 3RBTA 2M46A 19GSA 4KDYA 3LYPA 5A6CA 3IV4A 1NSWA 2B7JA 4JL0A 2HLSA 1N2AA 3FFLA 4G19A 1EZKA 3HVXA 3VPTA 5KN3A 4JRRA 3OXGA 2VLUA 4Q5RA 1I9DA 4ZB6A 1NW2A 4G24A 1GNEA 2MMOA 4GZ6A 1GUMA 5JCUA 3WYWA 1Z3EA 3MNGA 1GTIA 1XVWA 2OA7A 2E0QA 5IM9A 3ZITA 3LXTA 3FP3A 3ZVJD 4CGVA 3D4MA 2TIRA 5JJ7A 2HSYA 2GS3A 5IQYA 3MA5A 1DE2A 1Z6NA 4CW9A 4DSQA 3RPPA 4BWSA 3GH6A 3S7FA 4BTBA 4I2UA 4XRAA 5IOWA 4XHMA 1M2DA 4XS6A 1K0NA 3WGDA 5DAKB 1USBA 2Y4UA 4J0UA 5JCWA 2JZTA 3F4RA 5D8IA 5G04C 2L5OA 2LNIA 1SL0B 5ARGA 1GSDA 5D0OD 2UWJG 4KH7A 5DAKA 3WGXA 6GSTA 2AV4A 3GA4A 2JL4A 2VO4A 1GLQA 3RHCA 4GWRA 1NZNA 4I5QA 1B89A 4K0GA 2XHFA 1S3CA 2H19A 3ZMLA 4EDZA 2CZ3A 4XCSA 1TRWA 1WOUA 1TU7A 2VOCA 2DC5A 1G6YA 4I2ZA 2X99A 2AUVA 1ACVA 3IR4A 2J9HA 4HU9A 5EVOA 2FWEA 4U0ZA 1PA3A 4UI9C 2HRFA 2X64A 3RAZA 4IP1A 5CAXA 1VF3A 1GULA 3FZAA 1EOHA 2H6YA 4YAVA 2IFQB 1G7OA 4K1FA 4GCOA 1LBKA 3GMFA 5ECOB 2H72A 3UL3A 1HH8A 1WM5A 1O7UA 3DIEA 3Q74A 2VL3A 4MZWA 5D9XA 5A4VA 1ZYEA 2NVLA 3IHQA 1E96B 3R9AB 2VCVA 2PVOC 3GH9A 1PC2A 2VYIA 4N5CA 2IFQA 2XPIA 1EGOA 3H1NA 18GSA 2L6CA 2GDRA 1NHOA 5ECMB 3DRNA 2FGXA 3KTBA 1AIUA 2GT5A 3DXBA 2EIRA 2VQ2A 5IPHA 4OCFA 2I4AA 3KXOA 3BOAA 3MSZA 4NQ0A 2YWOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1K0C A;  4XI9 A;  1BU9 A;  4I6E A;  1SJ6 A;  4PS7 A;  3P2B A;  1X0R A;  2GRP B;  5FJY A;  4ILH B;  4Q94 A;  1PQN A;  2I9H A;  1PAQ A;  2WRT A;  2VJ8 A;  2FWF A;  1YQ1 A;  2PU9 C;  3G7I A;  3NOG D;  3ULQ A;  1JZO A;  3UJ1 A;  5INY A;  3TGO A;  5CEA A;  2PBJ A;  2WMN A;  5KJN A;  1XWA A;  2X8C A;  4J8E A;  2HE0 A;  4I1M A;  2C2L A;  3C1S A;  3LJN A;  1FCH A;  3HIZ A;  2VCX A;  3SQV A;  1ERU A;  3O4Z A;  3TKS A;  3QCP A;  4Y6C A;  1N0R A;  2R5S A;  20GS A;  1Q2Z A;  1Y6I A;  4O7H A;  4FJY A;  4POL A;  1U3I A;  4K6X A;  3G2V A;  4USS A;  4Z7X A;  2YZH A;  2B6C A;  4AVX A;  4EIQ A;  3EU5 A;  5CBO A;  4KAE A;  4K7O A;  5E4W A;  2K9F A;  3LXZ A;  3D22 A;  4K8M A;  1AAZ A;  3C98 A;  5M72 A;  3HJO A;  4WND A;  2PL2 A;  3JCM L;  2V2G A;  1BAY A;  2GSQ A;  5IO0 A;  1KTE A;  2LTK A;  2VUP A;  4GML A;  5ECN B;  1AUC A;  2PQN A;  3VLD A;  4XEI G;  2ZIS A;  3H8Q A;  1MX6 A;  3T9K A;  2M63 A;  2H1G A;  3TKR A;  5ANR A;  4MMM A;  1P5Q A;  2VL2 C;  4BVY B;  4N39 A;  4DI3 A;  1H2T C;  4L7T A;  3TGZ A;  3CVU A;  3QPM A;  4YDW A;  3TJB A;  3IHV A;  2HRA A;  5HKP A;  4L1B A;  2HO1 A;  3FW2 A;  4LL4 B;  3V31 A;  4NHW A;  3I5P A;  4ECI A;  3ASN E;  4J8S A;  2XZT G;  4J8F A;  5C04 A;  4AJW A;  3Q19 A;  1HG2 A;  4ECC A;  1BJX A;  2YCD A;  5E59 A;  4BVY A;  4CZ2 D;  1AW9 A;  1MX2 A;  4KVM A;  2I2O A;  4YQV A;  4PQ1 A;  3DRA A;  1WG0 A;  4FIW A;  5DJM A;  4LEU A;  4KF9 A;  4Z68 A;  4L0W A;  4KZC A;  3CTG A;  4ZL9 A;  1E2Y A;  4ANU A;  2TRX A;  4Q69 A;  2WXJ A;  4C48 B;  3FTY A;  1AQX A;  1DCQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1E7U A;  1X9S B;  3ZYW A;  4I1O B;  1ZOF A;  2LS5 A;  4U04 A;  4HZ4 A;  1SZA A;  1R4W A;  4AM9 A;  4F03 A;  3TRX A;  5ARF A;  1X5D A;  2J9Q A;  5J90 A;  2FA4 A;  3LOR A;  1JZD A;  5H5Q A;  4UWG A;  2K8V A;  3KM6 A;  2NXP A;  2IF4 A;  1QQ2 A;  4G23 A;  2I9C A;  1M2A A;  4ACL A;  2KP2 A;  3DPD A;  4C0M A;  3DVW A;  1JUQ A;  2HZE B;  4GYO A;  4I43 A;  4MH2 A;  3NZN A;  2DKH A;  4LLR A;  4AV7 A;  4U0S A;  1K0B A;  5DJL A;  2HSM A;  1YJ6 A;  5D96 A;  4AY5 A;  5BMU A;  3GL3 A;  1IQR A;  3LS8 A;  1EEM A;  4E8H A;  3FH7 A;  2H30 A;  2C80 A;  4N3C A;  3WD6 A;  3SGH A;  2X8H A;  1CQG A;  4OO4 A;  4K7I A;  2HZE A;  3HYM B;  2X6K A;  3FTW A;  3N9J A;  3U4T A;  4ML6 A;  1CQH A;  4E85 A;  4FHK A;  2C0E A;  4CHS A;  1LU4 A;  5HFI A;  3GKN A;  3KP8 A;  1K3Y A;  4GLT A;  3LVQ E;  4PDX A;  2LO6 A;  2V1M A;  1OWL A;  1HX8 A;  4JBB A;  1PRX A;  3CIA A;  4WBR D;  4IJ3 A;  2DJK A;  2D2Z A;  5E76 A;  1NM3 A;  1YF0 A;  11GS A;  4FYC A;  4IW9 A;  1HE8 A;  4TOP A;  1YKA A;  2P31 A;  3KMO A;  1E8X A;  1GLP A;  2YJH A; 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