3QOUA

Crystal structure of e. coli ybbn
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
282
structure length
274
Chain Sequence
VENIVNINESNLQQVLEQSMTTPVLFYFWSERSQHCLQLTPILESLAAQYNGQFILAKLDCDAEQMIAAQFGLRAIPTVYLFQNGQPVDGFQGPQPEEAIRALLDVLPREEELAQQAMQLMQESNYTDALPLLDAWQLSNQNGEIGLLLAETLIALNRSEDAEAVLTIPLQDQDTRYQGLVAQIELLQAADTPEIQQLQQQVAENPEDAALATQLALQLHQVGRNEEALELLFGHLRDLTAADGQTRTFQEILAALGTGDALASYRRQLYALLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Escherichia coli Thioredoxin-like Protein YbbN Contains an Atypical Tetratricopeptide Repeat Motif and Is a Negative Regulator of GroEL.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
molecule keywords protein ybbN
total genus 83
structure length 274
sequence length 282
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF14559 TPR_19 Tetratricopeptide repeat
A PF14561 TPR_20 Tetratricopeptide repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qouA03
1.25.40.10 Mainly Alpha Alpha Horseshoe Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat 3qouA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3qouA01
2HRFA 1KLXA 3CRTA 4G24A 5HI7A 5EX0A 2R37A 3F9UA 5JJ6A 1X5DA 4MPFA 3VWWA 3M8NA 4KE3A 5G30A 4K6XA 3D4TA 1WRYA 2IN3A 3FRCA 3I69A 4MF5A 2FI7A 4YAVA 2MMNA 4X43A 3QR6A 2D2ZA 4HOQA 2LJKA 2VSYA 3ZYWA 4F82A 3FR6A 1WIKA 1ST9A 1FVKA 4CDRA 3L9VA 2CQ9A 2P58C 2JSZA 1UC7A 3DMLA 4QQ7A 5KJMA 1TDIA 4HOTA 1GRXA 2H74A 3FR9A 4TR3A 2WGRA 5IM9A 3DWVA 1PA3A 4K1FA 2YQ8A 1EZKA 3KD7A 1Z6NA 3ZVJD 3LFLA 3URZA 4GSSA 19GSA 4G25A 3CVLA 4WR5A 4PNGA 2RM6A 4RQXA 5HR3A 3Q19A 2ON5A 1GSQA 2FWEA 1E96B 4XTSA 3PE4A 2OE0A 2DSAA 4HEA2 2LJRA 3WD6A 1TW9A 1J0FA 4J56E 5CAXA 2F9SA 1PN9A 2GQMA 5FT9A 2VL3A 2DJ2A 3LQ7A 4GA2A 2PVQA 4J8DA 2AYTA 4YAPA 3ME7A 2BMXA 1YDKA 1KT0A 5IMVA 3RIBA 5H5SA 1T7PB 5J9CA 2HT9A 5A4WA 5A5KA 1YQ1A 2KCVA 1GUKA 4I2ZA 2RM5A 1AUCA 1MD3A 2OBKA 5ECPB 2MYGA 4I2TA 2ON7A 1Z7RA 4ZB9A 4LA1A 4I9EA 3KGKA 2G2QA 3CBUA 2Y4UA 2B5YA 2ZNMA 4GXZA 5CREA 4WBRD 6GSXA 3EU4A 3KD0A 4EE0A 3AY8A 4HOJA 3FR3A 4WR4A 1F3BA 2GZZA 2XEVA 1PX7A 5HFKA 1FHEA 3KTLA 3MKRA 4TXOA 5D9XA 3S7JA 3GL3A 4F0CA 1A23A 4TW5A 3LPZA 3G7IA 1V2AA 1GSFA 4ZL7A 2VM1A 2JU5A 1PMTA 4OCFA 3GV1A 3GN3A 1G0TA 2PWJA 3JCML 4MPGA 3I6AA 3IK7A 5HR0A 2IWTA 3GYKA 3ZFBA 12GSA 5D73A 5ECSA 3GURA 1Y8MA 1SJZA 3ZREA 4WXTA 2YWIA 5G2ZA 2QC7A 5ECRB 2DBAA 4GSTA 2HXKA 3EE2A 1B4PA 4TR1A 4WUYA 4J0UA 1OE7A 1PL1A 1WPIA 2LNTA 4Z7XA 3N5OA 4E8HA 4AJ6A 4GA0A 2Q7FA 5F07A 3UIWA 3J7Yk 1GUMA 1X5CA 3KTBA 4MJEA 3DD3A 4HS1A 4UI9K 5FZRA 3F3RA 4KSOA 1OAZA 2L6JA 2R5SA 2VLVA 5JJTA 1E6BA 4CGWA 3GYZA 5LCWJ 4P3YB 4GYOA 2C0EA 4TXVA 2AJQB 2WS2A 4O7HA 2AAWA 3DKSA 3OXFA 2N5AA 4O5RA 5LNKe 2E2EA 1SYXA 2NTOA 4K7NA 4WEYA 2VD1A 4AF2A 4JRRA 4A1SA 5GSTA 3VPQA 1GNEA 1U88A 1SL2B 1SK1A 4TN8A 1X9MB 4JE1A 2UWJG 6GSWA 2DMMA 2C80A 1AIUA 1X0RA 4KH7A 1WAO1 4KDXA 2LRNA 2PU9C 5COHA 1OC9B 3APSA 4U04A 2R6KA 2YPMA 3E3EA 5H5RA 5D0OD 4CW9A 3RU0A 3ZFWA 2K8VA 4UQZA 3K8NA 3HXSA 2JADA 3TOUA 2LNSA 2CT6A 2K8SA 1O8XA 2H6XA 3O3TA 5DALB 2WZ9A 4EUYA 1OKDA 3BJ5A 3UBLA 4RG9A 1SJIA 1BAYA 2H76A 4F0BA 3UJ1A 2R5GA 3EINA 2FGXA 3H79A 4N39A 3QCPA 2GT6A 4HDEA 2B1KA 5J3RA 3QD9A 3FZAA 5G05C 5G31A 3GH6A 2EIQA 2MZCA 4POKA 1XZOA 4GPKA 1KBNA 2CAIA 4K7OA 2DBCA 1UA5A 2OA7A 5G5FA 3D21A 6GSVA 3PH9A 4PQHA 4G9HA 3Q18A 1CQHA 3D4MA 1TI1A 1GTIA 3S7FA 1DE1A 2PBJA 4WF4A 5HQPA 4G23A 1SL0B 2FLSA 4AGSA 1TP9A 2L4CA 4TR0A 3GL5A 4GZ5A 3LG6A 3QWVA 1Z5YE 3HVXA 2H01A 1ZU2A 2PQNA 4RQRA 3VPTA 4MZCA 3M0FA 2V6OA 4XS4A 1PRXA 2CX4A 1K3YA 3R9AB 4IHUA 1M2DA 2VO4A 3F4RA 1JZRA 3IOSA 4HI7A 5ARFA 2WCIA 1AQXA 1W89A 3ZTLA 2PUKC 3QFAC 2B5XA 2H71A 2PPTA 1YY7A 5FTPA 4TRXA 5ELAA 2FY6A 3LY7A 5ECKB 5HR2A 3ZZXA 1XWBA 4ME2A 2CZ3A 3C8EA 3CSIA 3EMXA 4XS1A 5ECMB 3ZIVA 1EEMA 1SU9A 4K9ZA 1R4WA 1MD4A 4N2QA 1E2YA 5B8BA 4WETA 2CVKA 2YNXA 1B8XA 3LSZA 4EXJA 3ZVJA 3LCAA 4PQIA 1TJDA 2R3XA 3G7YA 3UMAA 2H8LA 3TKRA 3HA9A 2HFDA 3ZITA 3ISOA 3SF4A 1J08A 1XVQA 2O7KA 3GTUB 2XPIA 2C0LA 4GRFA 3LJRA 4V2MA 4DSSA 3TGOA 5IMDA 1CQGA 4EVMA 1SKWB 1A2MA 3IR4A 5HR1A 4D73B 3FP3A 1FOVA 3TJJA 3EC3A 1O8WA 3IAS2 4LL1B 2OADA 5IPHA 3PINA 2GTUA 5J4UA 4N2SA 1HD2A 5C1DA 4MH3A 2UY1A 3WXXA 3HYMB 4L0WA 3VLNA 1ZL9A 4N0ZA 4E8EA 2JSYA 1TJCA 3TKSA 1BG5A 4J57E 4J8EA 1XCCA 2ES7A 3L9UA 4H7XA 2J9QA 1IYGA 2GVPA 1GWCA 11GSA 4MF7A 4JHRA 4X0XA 1PD21 3LYKA 5A4UA 1TXXA 2KATA 4OO4A 3ZRDA 2CAQA 5JWQB 2OOEA 4I6XA 4Q5RA 3M1GA 3L4NA 2X8CA 1TRUA 5A7DB 2P5QA 4ECBA 3IV4A 4MZWA 3EDTB 2OBIA 2CV4A 1XWKA 4U0SA 4G2VA 4AY6A 2HI7A 3DXBA 4EKZA 1V9WA 1WOUA 4AM9A 4LL4B 2C0GA 1T4ZA 2EC4A 2FUG2 2R2JA 2HYZA 3ZGQA 1X9SB 2VCXA 2VQ2A 2LQOA 3HZ4A 3TDGA 4QL9A 3CVQA 5KN3A 3ASHA 1G7OA 3TKSC 2GSQA 3TJBA 2LSUA 2JL4A 2LSTA 1T1VA 5E59A 4N3AA 2HZFA 4N10A 2KHPA 4QL7A 2REMA 4KB3A 1EP8A 3APQA 1GP1A 1K0OA 2X8GA 5LCWC 3FW2A 2YHCA 5EKQD 3FYGA 3DEXA 22GSA 4YVQC 3A3TA 1ELRA 4KGIA 1GH2A 2L6CA 2KUCA 3J7Yb 4O32A 5IPGA 4MDCA 1U6TA 4YVOA 1X9WB 1IHGA 5ID2A 3RHCA 4EO3A 2HNLA 2R4VA 4ID0A 5KEJA 3KM6A 3FK8A 5G05J 2CX3A 1YA0A 2V5FA 3M9KA 2RUEA 14GSA 2YV9A 2JACA 2M72A 3HZ8A 4BVYA 5ECQB 5B7CA 4UQYA 5D93A 3LXZA 3UVTA 4KA0A 2FEZA 4PNFA 4ZL9A 3Q15A 3GZ1A 3UAPA 4JEDA 5BT1A 5DJMA 3CV0A 1U3AA 1Z6MA 1FCHA 1LU4A 4HZ4A 4TXOB 4BVXA 3PE3A 4OCEA 4GLTA 2FO7A 3KS2A 3DGQA 4YNDA 1OE8A 1IYHA 4J2FA 2X64A 5JCGA 3MNGA 3L0HA 3RO3A 1EV4A 1I5GA 3GH9A 4GZ6A 2GW1A 3TG4A 4ZBBA 3N9JA 4GTUA 4ECIA 5J5NA 3UVHA 3TKQA 1NA0A 3F6FA 3L78A 1YKCA 4TOPA 3TJGA 4KYOB 5D9TA 1ON4A 3WYWA 3CK9A 2A2RA 1V57A 3O6TA 5B6NA 1V58A 4KCEA 5D96A 2RIIA 5JWRB 2L57A 3US3A 4MJAA 1GTBA 3KMNA 4TR1B 2V32A 2IPAA 1AW9A 2C3TA 2OE1A 1N2AA 3FZ4A 2MMZA 4G26A 2DJ1A 5AN1A 2I3YA 2MMOA 4BWRA 1YEXA 2C0FA 1EOHA 2AV4A 2H6YA 7GSSA 2CVDA 2C0DA 2V41A 1ZBPA 2XHFA 4OWYA 3HJOA 4IBPA 4IP1A 3FFLA 3U4TA 4GA1A 1SKSB 3RPNA 3LKUA 2H0IA 2VSNA 3CTGA 2AB6A 3ZLPA 4GF0A 3LWAA 2DJ3A 8GSSA 1ML6A 1HNAA 2XCBA 3ED3A 1B9XC 3TG5A 2RLIA 1ERVA 2K6VA 3GKKA 2L4QA 4I17A 1GSEA 5BNWA 1PX6A 4RUVA 4NV5A 5CRDA 4L0UA 4I9CA 2XGMA 4HZ2A 4MCUA 3TJFA 4Q5FA 4U07A 4ZBDA 4H86A 4BL7A 3IEGA 3HJMA 3RHBA 4ML6A 4RI6A 3DVXA 5ECOB 2L59A 2K18A 5ECHB 5G5EA 2WFCA 3UPVA 4N3BA 2LQQA 4XI9A 5KJLA 2I4AA 3E9JB 3QMXA 3ZIJA 1K0CA 1O7UA 2FBNA 4YQMA 3KZQA 2LUSA 3Q74A 4PUFC 1ERUA 5A4VA 1T3BA 3RO2A 4X1UA 1K3LA 1N8JA 3LXTA 2O8VB 4KX4A 4ZXGA 3HKRA 4UI9C 4CHSA 1YF1A 2LSVA 1HNBA 3IAM2 3G9BA 4NPBA 2LV3A 3GMFA 4ECCA 4F9ZA 1Z9HA 3WT2A 3BEEA 1F2EA 3TGZA 5CNWA 5KJKA 4GSNA 1YJ6A 5FWGA 3U5RE 3VTXA 4OFNA 2Y4TA 2YN1A 3F4SA 1XW5A 5IOWA 1NA3A 3CTFA 2CVBA 4POBA 4DSQA 1EGOA 3IE3A 3HD5A 3BBYA 2O85A 2FWGA 1FW1A 4CGVA 3F63A 2XCCA 1GSYA 2VCQA 3RBTA 1JZOA 4XS6A 1M9AA 2Z9SA 2TRXA 1K0MA 3FZ9A 4XS4B 5CCMA 2DJKA 3A2VA 2XGSA 2N5FA 3W8JA 2GT5A 3GIXA 6GSSA 3RKVA 1M0UA 1USBA 1WWJA 4WKWA 1XWCA 2HLSA 3K9IA 1TRVA 1DE2A 3CYNA 3QPMA 2KC7A 4B94A 4IQ1A 1SK0A 4EC0A 4LMWA 4JL0A 1FVJA 3I9V2 5JCUA 1TKDB 5EY6A 5J41A 2XPEA 1GSSA 5FZSA 1JZDA 2G0FA 5IMCA 3IA1A 2H66A 2GSTA 4MH2A 5F8BA 2C3QA 3TCOA 4EDZA 1WE0A 2IFUA 2B7JA 2OE3A 4FYCA 4BTAA 1YKAA 4ZB6A 1M99A 2GS3A 1TK8B 4O92A 4ISDA 16GSA 4NAXA 4Y6CA 3WGEA 1HNCA 3FHKA 4LLRA 4IJIA 3GRXA 5IO2A 3NF1A 1A17A 4WNGA 1F3AA 2V6KA 4HJ2A 1R26A 3LYPA 4DSSB 3WGDA 3VK9A 4U0ZA 5ELGA 20GSA 2IMKA 1GSDA 1KEBA 1HZ4A 3C7MA 1THOA 2UY1B 1GTAA 4BWQA 5EL8A 1XFLA 2FNOA 4G10A 1ERTA 1HXIA 1X5EA 4IELA 4DEJA 5LCZA 3IPZA 3TJKA 5IQYA 5B6MA 3EMPA 1B48A 1XW6A 2B7KA 1SL1B 5HQ8A 1YF0A 4BA7A 3OR5A 1K0NA 5DBQA 4K0GA 3GW4A 3H1NA 4FYBA 1SYRA 1AAZA 5IIZA 4IP6A 1K3OA 5CYYA 1SJ6A 1GL8A 4EQFA 3LYAA 4POLA 1R5AA 1MEKA 9GSSA 4GCIA 3F3QA 2IMFA 3DIEA 1SK2A 4GCNA 4JR6A 5ARGA 1VGLA 3GSSA 5E4WA 2ONDA 5AIVA 4MP4A 2B5EA 2P0GA 2V1MA 5CHEE 2NPBA 1TOFA 3H8QA 2YP6A 3TRXA 1GNWA 1XWAA 2QGVA 2XGOA 1VF1A 1Z7PA 18GSA 2EIOA 2FA8A 2ZCTA 4KCAA 3Q47B 5IOXA 2YJ7A 2F8FA 4XIHA 2OJLA 3F4TA 4RG6A 2VAFA 5AIXA 1XVWA 3ZPJA 2YV7A 2XBIA 4JZQA 3CK8A 2AHEA 4XHMA 2KLXA 4JA7A 3D5JA 5DJLA 5ID2B 1XWGA 4OD7A 4BPYA 3MSZA 1OC8A 3P2AA 4JU5A 1YEPA 4MJCA 3ZL5A 4ECJA 4UI9J 1T4YA 1TU8A 3CVNA 4V2NA 2E2MA 2BJXA 3TAXA 2H6ZA 1V98A 4I97A 1ERWA 1PC2A 2JLBA 4KXKB 2H72A 1JLWA 1NM3A 1EP7A 1NZNA 2DIZA 3ULQA 1R5PA 2YOIA 2H1GA 4GCOA 3TKSE 1GULA 5G1KA 1GUHA 2GDRA 4HU7A 3ERFA 4AY5A 1M9BA 3CVPA 4ILFA 2IIYA 4APOA 3S9FA 2CZ2A 4V1Ag 1XXUA 2MBSA 1U87A 5AISA 1VF2A 2X8HA 4IQAA 4HUAA 5EVOA 3SWLA 5G1LA 1O73A 5DDLA 4ZBAA 2VD0A 1ILOA 3WGXA 3U3WA 5GZZB 5DCHA 4PURA 4ULXA 1TRSA 2PGTA 1U3IA 1R7HA 4V1Ap 2XPDA 3Q4AB 4FIWA 5CO3A 2C4JA 4G1TA 1MDIA 3O48A 2MMAA 3GHAA 4PQ1A 3CEQA 3L9SA 2P31A 2AVPA 5J9BA 5FT3A 3N71A 3PGTA 1G6YA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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