1R5H | Genus

Total Genus 123

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	123
sequence length	369
structure length	369
Chain Sequence	KVQTDPPSVPICDLYPNGVFPKGQECEYPPTQDGRTAAWRTTSEEKKALDQASEEIWNDFREAAEAHRQVRKYVMSWIKPGMTMIEICEKLEDCSRKLIKENGLNAGLAFPTGCSLNNCAAHYTPNAGDTTVLQYDDICKIDFGTHISGRIIDCAFTVTFNPKYDTLLKAVKDATNTGIKCAGIDVRLCDVGEAIQEVMESYEVEIDGKTYQVKPIRNLNGHSIGQYRIHAGKTVPIIKGGEATRMEEGEVYAIETFGSTGKGVVHDDMECSHYMKNFDVGHVPIRLPRTKHLLNVINENFGTLAFCRRWLDRLGESKYLMALKNLCDLGIVDPYPPLCDIKGSYTAQFEHTILLRPTCKEVVSRGDDY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__64801578564168__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__64801578564168__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1R5H/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__64801578564168__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"64801578564168","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1R5H/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__64801578564168__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	3-Amino-2-hydroxyamides and related compounds as inhibitors of methionine aminopeptidase-2. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Methionine aminopeptidase 2
total genus	123
structure length	369
sequence length	369
ec nomenclature	ec 3.4.11.18: Methionyl aminopeptidase.
pdb deposition date	2003-10-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00557	Peptidase_M24	Metallopeptidase family M24

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	1r5hA02
3.90.230.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Creatine Amidinohydrolase	Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily	1r5hA01

2QVOA 4NB5A 2D45A 1FBQA 2RNJA 4IHSA 5CDVA 2HTSA 2ESNA 1W7VA 2KIMA 1REPC 4WK8F 4I09A 4BHBA 2MD5A 2CFXA 5HVQC 4LG0B 4IF4A 3ULQB 2QUFA 3PKCA 1R58A 5E8IA 2G6PA 1MJ9A 2UXXA 2IW5A 2DI3A 1G3SA 2V79A 4KM3A 3FHZA 4OMZA 2Z99A 5D4RA 4HBLA 4LLGF 1MGTA 3E97A 2P8TA 3IC7A 2PMHA 5HLIA 4EJUA 1IN5A 4Y15A 2HKOA 3WU1B 4WCGA 4KIBA 5LGUA 2ADUA 4MTEA 2ESHA 2GU4A 1CF7A 3WE3A 1K79A 1W5TA 4CICA 4PNCA 2VE9A 3TAVA 4I01A 1YG2A 3P9IA 3EQLF 1XMAA 4IKUA 2P99A 1U5TA 3D5LA 3KP4A 4ENJA 1ZH5A 4MEYF 3G3ZA 3KETA 3KEQA 4S2TP 5LEJA 4HYEA 3U1DA 2OQRA 4AD9A 4QWQA 2GG0A 3CTAA 3ZMSA 3JAMK 4HF1A 2CG4A 2ZBKA 5K5OA 3C3WA 3DPLC 3QPHA 1SD7A 4MNUA 2LKPA 4LLLA 5ICEA 2FMLA 3M8FA 4HXXA 3IRQA 5HS7A 2EK5A 5HDNA 5E1WA 3WTYC 4P96A 2O3FA 2KRFA 3LFKA 2MA3A 3FXUA 2MATA 4I0AA 2GWRA 3E5XA 5DCMB 3FMQA 3P9KA 2BE5F 2JSCA 2A3SA 3BJ6A 4HX7A 2V3XA 2O8XA 4L9NA 4HV5A 2GG5A 3M9AA 5HDGA 2W57A 3Q9SA 2Z3YA 3HRUA 2Q94A 2EFQA 4EJOA 1B1BA 2FF4A 1FWZA 3V8KA 1QXZA 1MJBA 3O2PE 5FFZA 1ZARA 2V9VA 4GYIA 1SMTA 2PEXA 4UVBA 4S00A 4FX0A 1SAXA 5E1ZB 3HYIA 1WL9A 4RGSA 1D5VA 4HX4A 3WGGA 2DFIA 4WXHA 2A5YB 3K2ZA 4UVAA 1YFHA 2Q93A 1BI1A 2VBXA 5CE6A 5K5RA 1ZLKA 3R4KA 5ILVA 1IAWA 1KQ0A 5CVUA 1WI9A 2AS5F 4KIFA 1R22A 3RKXA 5CNXA 1RNLA 4LJZF 4U6ZA 3Q5FA 4IXAA 1PV9A 1XCVA 2DTRA 2V6CA 4EQQA 3R6SA 1TW2A 2XV4S 3AAFA 2UWMA 1I1SA 2RDPA 1DDNA 2H6CA 3TB5A 2RGVA 3FF5A 2R3SA 3F22A 5FB2A 1LQ1A 3RTRA 2VN2A 1LDJA 1P4WA 1Z6TA 1JXSA 2XAHA 4MQ9F 2PFBA 4AVPA 3U2RA 5JI6A 4R1HA 3ABTA 2E7XA 5ILSA 3PFIA 4M71A 1B4AA 3JAMZ 2F5DA 1BOAA 3C7JA 1IN8A 2XAFA 3E6CC 2VT3A 1ON1A 4EM2A 4BYYA 1QZYA 1HSJA 1SFXA 2Q2EA 1O57A 5BPIA 4PV4A 3IU8A 3DEUA 2YX4A 1KA8A 2ZMEA 4IJAA 3KP2A 1Z9CA 1QO0D 1K78A 3LAPA 3DF8A 3Q9VA 2M1BA 5E17F 5L3EA 3DQVC 3KE2A 3GFIA 1FZPB 3MQ0A 3PQJA 1VTNC 2L54A 1YW7A 3RIRA 1EH8A 1FYMA 4H0EA 2ZNZA 4Y13A 4M9XA 3SZTA 3GEZA 1P4AA 3WTZA 1F4KA 1C23A 1FP2A 2ETHA 2DBBA 1Y0UA 4EGZA 4KN4X 3DPTA 2LF7A 1TQMA 4S05A 4GXOA 5DD4A 5H20A 2TDXA 3V7CA 3ECOA 5LHIA 3V7SA 1R1UA 5CDEA 5L3DA 3F8NA 2EWNA 4RGUA 3HSFA 3ZMVA 3R60A 3M8EA 1V4RA 3I53A 2PG4A 5J8FA 2ISZA 3GWZA 3GZ5A 5CIKA 1Q1HA 2Y0MA 1W4MA 2D2WA 5ERIA 5JVTA 5LRSA 1P92A 1X3UA 6PAXA 1MDMB 3ZP5A 1KGSA 4S04A 2QYOA 5FGMA 5TRDA 2FE3A 3SHFA 3L7GA 2BHDA 4KMFA 1WRJA 3BZ6A 4AIJA 4CZZA 1HKTA 5CVRA 4DNCA 2OZ6A 2JTVA 4OIQF 2XVCA 3QU3A 2BHAA 3HTSB 2V1UA 2GTXA 3S2WA 1R1VA 5DD8A 4WWCA 1FT9A 2ZSGA 5CVVA 2YU3A 4ENKA 4G8XA 4CGZA 2JZYA 5JFRA 2ELHA 1TTYA 4BAYA 4KMUX 2NNYA 3RYPA 4BH9A 2EFOA 4EGEA 2M30A 1FNNA 1D8JA 1ZLJA 1SFEA 1QBJA 5ED4A 3KZZA 1O3QA 2P6TA 1T2KA 1GXPA 2HFHA 3VEPA 1U2WA 4G9YA 4G6DA 1R7JA 2P4WA 4O3MA 2K4JA 4BXUA 5E1XA 4A0YA 5L3GA 2FU4A 2IP2A 3F6OA 4XRFA 4UXNA 3RJPA 2YSRA 1EH6A 1MKMA 3LA7A 4U73A 3JSPA 4U70A 4RAYA 2EA2A 1JGSA 3QAHA 1OYWA 3GLXA 4MTDA 4L9JA 1F5TA 1LDDA 1G3TA 1S3JA 1FY7A 3RKYA 4U75A 4U6WA 1BJAA 3L9FA 2XROA 4HQEA 5DV5A 2PJPA 2HOWA 2PI0A 3SXYA 4S2RP 4U6JA 2A6HF 1XSVA 1PP7U 3GVAA 3G73A 2P7VB 4FT8A 4F7ZA 4M72A 1BBYA 4I02A 2FRHA 4D0PA 4M6YA 2EV0A 3HTUA 1UHMA 1HXDA 3RDIA 2MBFA 4UNOA 2WTEA 4OIRF 1ZG1A 5DUIA 4Z2YA 1WL6A 5KK1A 2VONA 4ZNGA 1FSHA 3KLNA 3WTWC 2QQ9A 3TO9A 2CSOA 1TW3A 2QZ8A 2VT2A 3F21A 3WTUC 3ML6A 1HKQA 1XDUA 3HRMA 4A0XA 1O3RA 1S8NA 1USSA 4L9TA 4N9IA 3GFJA 2Z5UA 3MWMA 4WF2A 1IN7A 3GFLA 5K1YA 3K9TA 1S7AA 2P6SA 5FD5A 4IRIA 5FCFA 2BGCA 2IW2A 4ZZLA 1E17A 3FXRA 3CUQB 5F6FA 3CTZA 1R36A 4M73A 2GU6A 5FD6A 5H6QA 3I4PA 2PQ8A 2YPRA 5FCHA 4LG0A 1TNSA 2HS5A 4ESFA 4E70A 4GGGA 4IHTA 3ZMDA 3VFZA 2GG7A 3D27A 1WBQA 4I7HA 1O7LA 5D4SA 1FX7A 2HWVA 2QQBA 4Y17A 3SQNA 5BQTA 5LEKA 2E7WA 1BI3A 2HYFA 3BPVA 3HUGA 1TQIA 3ISPA 2OQGA 4A5NA 5LRRA 2XKOA 1CF7B 2IA0A 3EUHA 5A2QZ 2FA5A 1BI0A 4U0YA 1ZREA 2B3LA 4OOKA 1Z6RA 2DLLA 1U5TB 2DU9A 4JQFA 2EV6A 2M45A 3IKTA 3L24A 1TQPA 1FSEA 1ODDA 3I59A 3GXOA 3GZ6A 1ZG3A 2HQNA 3ERED 3K1PA 1KU3A 5JR3A 4ZYDA 2OZUA 2GZWA 2HOEA 5HLGA 3M1EA 1DPUA 2OAZA 3PKAA 2EFWA 4HV6A 4LB5A 5BS6A 3S6BA 1HW1A 2QWWA 4ESJA 4MATA 3E5QA 4U0VA 1C22A 3LWFA 2IVMA 2GQQA 4LB6B 2WV0A 4G94A 4UHTA 4M9ZA 5AONA 1ZRCA 2OD5A 3SZPA 2FMYA 2BWSA 4ZH4F 2XIGA 3C18A 4DQ2A 2CW0F 4KICA 2V1XA 2DK5A 2G7HA 3IRRA 1XGNA 2NNNA 3ELKA 4IPAA 4LD5A 4EM0B 1F1ZA 5BMZA 4RGRA 5HDKA 2ZCWA 2DQRA 4S01A 1DPRA 3L7WA 2VOOA 1Z1DA 3WODF 1WWXA 4ZWPA 3FM5A 2VE8A 3WU0A 3I5UA 1HSTA 4K2EA 3V4GA 5DCMA 2EVCA 3D0SA 2EB7A 4N9HA 3IWZA 4BHCA 2ISYA 2H09A 1OPCA 4LGWA 2D1HA 4LK0F 2OA4A 3WTVC 4IKTA 3JW4A 3RORA 3V7RA 1JE8A 1OR7A 2MH9A 3T1BA 2XAGA 1EH7A 4KFCA 5CLSA 4PCQA 4M74A 4WX9A 5TJJA 1J75A 1USTA 1P6RA 1Z7UA 1DUXC 5IT3A 3GFMA 2RV8A 3KP3A 4L18B 3RKWA 1YO5C 3CJNA 3CO6C 5HS8A 4EJVA 4HDVA 1XGSA 3I64A 1I1GA 4PGHA 4B8XA 1H9TA 2ZNYA 2KKOA 5FO5A 4BHPA 2BH3A 3OV8A 4FO8A 4FLIA 4EV0A 2JRTA 5D5XB 4EJTA 3I0TA 3HSEA 4KNYA 3R0JA 4A12A 2Q8KA 2HR3A 3BJAA 1B9NA 2IA1A 3P7NA 2R7DA 3LSTA 4CYDA 5BOXA 1S7OA 1J7KA 2UXNA 2A68F 4O6JA 3IHUA 3RYRA 3DFGA 3TO7A 3BROA 3WGHA 4WXDA 2XUBA 2F5FA 2P98A 1T39A 1QQIA 3R61A 2VODA 2HTJA 1IUYA 3VOEA 4R8HA 3MATA 2QBYA 1BI2A 1Z91A 2ZMEB 4RB0A 3J81Z 3REOA 3W6JB 4LK1F 1FP1D 3P9CA 1Y1NA 1BIBA 3E6MA 2L3DA 4RGXA 1K78B 4UV8A 5DUKA 1PUEE 1SD5A 1I6XA 3BDDA 2RKHA 4TV7A 3ZN0A 2IA2A 4XLPF 2EVOA 2BWYA 3T8RA 2F5EA 4LFUA 3KFWX 3MX6A 2DPDA 1XMKA 1QPMA 4HQMA 4B28A 1L3LA 4YG2F 1T0FA 4Q4ZF 1G4DA 1O0XA 3KP7A 3MAJA 3F23A 4YIIA 1OMIA 1GHCA 2K02A 5D8LB 1WN1A 1XD7A 3GF2A 2W84A 4EMSA 1R23A 4YIFA 3DV8A 4IKRA 4I98B 2YR2A 2DAOA 2XAJA 4KT5C 3CUQC 2KJBA 5HLHA 2HKXA 2Q92A 4AIHA 4JBAA 1FBSA 2DK8A 2RVCA 4YFKF 3DP7A 3B02A 4PDKA 2GG9A 1IF1A 2IRFG 3KLOA 2VBWA 2HYGD 4OU0A 2STWA 4OIPF 3FM3A 1N51A 3BWGA 4M9SA 2CQKA 2M8EA 5ILUA 2A6EF 3HRTA 4IF7A 1ZYRF 1R1TA 1BC8C 3PKDA 1C0WA 1U8RA 1ZAOA 3KZYA 4FUKA 1XCBA 4Q5SF 4CXFA 3KEOA 1UFMA 1XN7A 3KCCA 3QP5A 1G3WA 1G6NA 1XSDA 3FZVA 1RZ4A 3H92A 4M6XA 5EEGA 3QPTA 5LHHA 1MZBA 2L4MA 4U69A 5D6FA 4P55A 2CGPA 1W7PA 2QLZA 2BWWA 1W2MA 3QU6A 1EV7A 2GAUA 1I5ZA 2BHBA 5ICCA 2P7CB 3NQOA 4EVIA 4QR8A 2A69F 2GXGA 5A2QK 1LJ9A 4IECA 2PMUA 1C21A 5LLQA 3O6BB 1KU9A 5DCFA 3PQKA 4ZYEA 3CUOA 2M87A 1KQ8A 3V8JA 2CYYA 1LDKB 1R00A 1STZA 3EYIA 2BEOA 1K6OA 3WTSC 1D3YA 1UCRA 1W5SA 3ZMZA 3RVAA 1ZHFA 1FBUA 1ZGAA 5EEHA 2LNBA 4UVCA 1TNTA 4A6EA 1W7PD 2H6BA 3U9GA 2P9AA 3F8MA 3PKBA 4A2UA 5HS9A 3KP6A 2B3HA 2ACJA 2WWYA 1ON2A 2R7FA 4CO8A 1QNTA 2DO7A 2GA2A 2O6GE 5KVRA 2VXZA 1O3SA 1P2FA 4FLLA 3RPQA 4UUVA 2BWUA 3LA3A 4N0BA 4YFNF 3ROUA 4KDPA 1YQAA 2HGCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2QVO A;  4NB5 A;  2D45 A;  1FBQ A;  2RNJ A;  4IHS A;  5CDV A;  2HTS A;  2ESN A;  1W7V A;  2KIM A;  1REP C;  4WK8 F;  4I09 A;  4BHB A;  2MD5 A;  2CFX A;  5HVQ C;  4LG0 B;  4IF4 A;  3ULQ B;  2QUF A;  3PKC A;  1R58 A;  5E8I A;  2G6P A;  1MJ9 A;  2UXX A;  2IW5 A;  2DI3 A;  1G3S A;  2V79 A;  4KM3 A;  3FHZ A;  4OMZ A;  2Z99 A;  5D4R A;  4HBL A;  4LLG F;  1MGT A;  3E97 A;  2P8T A;  3IC7 A;  2PMH A;  5HLI A;  4EJU A;  1IN5 A;  4Y15 A;  2HKO A;  3WU1 B;  4WCG A;  4KIB A;  5LGU A;  2ADU A;  4MTE A;  2ESH A;  2GU4 A;  1CF7 A;  3WE3 A;  1K79 A;  1W5T A;  4CIC A;  4PNC A;  2VE9 A;  3TAV A;  4I01 A;  1YG2 A;  3P9I A;  3EQL F;  1XMA A;  4IKU A;  2P99 A;  1U5T A;  3D5L A;  3KP4 A;  4ENJ A;  1ZH5 A;  4MEY F;  3G3Z A;  3KET A;  3KEQ A;  4S2T P;  5LEJ A;  4HYE A;  3U1D A;  2OQR A;  4AD9 A;  4QWQ A;  2GG0 A;  3CTA A;  3ZMS A;  3JAM K;  4HF1 A;  2CG4 A;  2ZBK A;  5K5O A;  3C3W A;  3DPL C;  3QPH A;  1SD7 A;  4MNU A;  2LKP A;  4LLL A;  5ICE A;  2FML A;  3M8F A;  4HXX A;  3IRQ A;  5HS7 A;  2EK5 A;  5HDN A;  5E1W A;  3WTY C;  4P96 A;  2O3F A;  2KRF A;  3LFK A;  2MA3 A;  3FXU A;  2MAT A;  4I0A A;  2GWR A;  3E5X A;  5DCM B;  3FMQ A;  3P9K A;  2BE5 F;  2JSC A;  2A3S A;  3BJ6 A;  4HX7 A;  2V3X A;  2O8X A;  4L9N A;  4HV5 A;  2GG5 A;  3M9A A;  5HDG A;  2W57 A;  3Q9S A;  2Z3Y A;  3HRU A;  2Q94 A;  2EFQ A;  4EJO A;  1B1B A;  2FF4 A;  1FWZ A;  3V8K A;  1QXZ A;  1MJB A;  3O2P E;  5FFZ A;  1ZAR A;  2V9V A;  4GYI A;  1SMT A;  2PEX A;  4UVB A;  4S00 A;  4FX0 A;  1SAX A;  5E1Z B;  3HYI A;  1WL9 A;  4RGS A;  1D5V A;  4HX4 A;  3WGG A;  2DFI A;  4WXH A;  2A5Y B;  3K2Z A;  4UVA A;  1YFH A;  2Q93 A;  1BI1 A;  2VBX A;  5CE6 A;  5K5R A;  1ZLK A;  3R4K A;  5ILV A;  1IAW A;  1KQ0 A;  5CVU A;  1WI9 A;  2AS5 F;  4KIF A;  1R22 A;  3RKX A;  5CNX A;  1RNL A;  4LJZ F;  4U6Z A;  3Q5F A;  4IXA A;  1PV9 A;  1XCV A;  2DTR A;  2V6C A;  4EQQ A;  3R6S A;  1TW2 A;  2XV4 S;  3AAF A;  2UWM A;  1I1S A;  2RDP A;  1DDN A;  2H6C A;  3TB5 A;  2RGV A;  3FF5 A;  2R3S A;  3F22 A;  5FB2 A;  1LQ1 A;  3RTR A;  2VN2 A;  1LDJ A;  1P4W A;  1Z6T A;  1JXS A; 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1R5HA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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