1WKM | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	295
structure length	295
Chain Sequence	MDTEKLMKAGEIAKKVREKAIKLARPGMLLLELAESIEKMIMELGGKPAFPVNLSINEIAAHYTPYKGDTTVLKEGDYLKIDVGVHIDGFIADTAVTVRVGMEEDELMEAAKEALNAAISVARAGVEIKELGKAIENEIRKRGFKPIVNLSGHKIERYKLHAGISIPNIYRPHDNYVLKEGDVFAIEPFATIGAGQVIEVPPTLIYMYVRDVPVRVAQARFLLAKIKREYGTLPFAYRWLQNDMPEGQLKLALKTLEKAGAIYGYPVLKEIRNGIVAQFEHTIIVEKDSVIVTTE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	EPR and X-ray crystallographic characterization of the product-bound form of the MnII-loaded methionyl aminopeptidase from Pyrococcus furiosus pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Pyrococcus furiosus
molecule keywords	Methionine aminopeptidase
total genus	92
structure length	295
sequence length	295
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.4.11.18: Methionyl aminopeptidase.
pdb deposition date	2004-06-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00557	Peptidase_M24	Metallopeptidase family M24

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	1wkmA02
3.90.230.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Creatine Amidinohydrolase	Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily	1wkmA01

4CO8A 4U6ZA 1RI7A 4IHTA 4UVBA 2UWMA 4JUQA 4YIIA 1KYWA 2HOWA 5HDKA 4F7ZA 2MH9A 1U78A 2GU4A 3BPXA 4ZNGA 1VTNC 4U71A 1ZGJA 1C23A 4OIOF 1W2MA 2EV6A 1TW3A 1Z9CA 2JRTA 4OOIA 1IUYA 2STWA 1FP2A 5D8LB 4BH9A 4XRFA 2P99A 3F8MA 4RGRA 4ENJA 2GU7A 3KP3A 3B02A 3C3WA 1ZAOA 3DEUA 3BZ6A 4HYEA 3MCZA 4A0ZA 3M8EA 2RGVA 2MH2A 2ADUA 4QWQA 5D5WB 2D2WA 1G6NA 3BJ6A 3LQQA 4I0AA 3S6BA 3MFKA 1R7JA 3CDHA 2JPCA 1UHMA 1W5SA 4Q5SF 4EQQA 2GZ5A 5LGNA 3TDZC 4PDKA 1F9NA 2VODA 3T8TA 2UZKA 3BROA 2HR3A 2ZNZA 3OOPA 5LLQA 4RGZ1 4HBLA 2D1VA 5ICEA 3PKEA 2MC3A 2ZJ2A 1IN4A 2XVCA 4Y17A 3W6KB 5ILSA 3RYPA 3J80K 4A0YA 3ML6A 3EYIA 1BN5A 1HW1A 1TQPA 3RYRA 2O3FA 1SD5A 1LEAA 5ERIA 1Z1DA 2BYVE 5AIQA 3OV8A 4ZZDA 1WSUA 4UXNA 1FC3A 4HX8A 3IWZA 5F6FA 3P9KA 4I02A 4IPAA 1T6SA 4A6VA 2BE5F 4XSZF 2EFNA 4U70A 4IKSA 2XASA 1I27A 2JT1A 3DPLC 4G7OF 3KP6A 1J9IA 1XGMA 1IRGA 1OYIA 4HZFA 3CUQB 1QXWA 2L54A 4FLJA 1RZ4A 4L5JA 3ZQ7A 5FD5A 5LGTA 1OPCA 1XN7A 1KU9A 3ZN1A 2CO5A 3SXYA 2K7LA 2KRFA 1W7PA 3MEXA 3VFZA 1U3EM 3IC7A 1HQCA 3HOTA 3PKAA 1EH8A 1HKQA 5CJ9A 2A6HF 3BITA 1KU3A 4KDPA 1BIAA 3ISPA 5CDEA 1MGTA 4LB6B 5KK1A 1S7AA 4ESBA 3ECOA 1MATA 2VBXA 2P8TA 4PZJA 1K6OA 2RKHA 2EFWA 1M35A 1XGOA 5K5OA 5FCHA 1Q1HA 1UHWA 2K27A 4I09A 3T5XA 4ZYEA 2FA5A 3F6OA 3FZVA 4ZWUA 2ACJA 2DU9A 4AVPA 1LVAA 2Y75A 2EV5A 3MR1A 4PNCA 1DUXC 2Y48A 3F22A 4R8HA 6PAXA 3AAFA 1JAWA 5E5BA 2PJPA 3BIPA 4L18B 3KZYA 2COMA 3J81Z 1R58A 2LKPA 4LK0F 4EM2A 5E20A 4FLLA 1R23A 4P96A 1USTA 2BWXA 1XSXA 4IKRA 1YW9A 2G7UA 2BHDA 2JZYA 4YFXF 1LDDA 4M9XA 4ENNA 2ZFWA 2GG0A 3R6SA 1FBSA 1XDUA 1Z91A 3IRQA 2RN7A 4IRHA 1BC8C 2IJLA 3FX3A 5CVIA 1TNTA 1OR7A 3RKXA 2RNJA 4RAYA 2Z5UA 3NRVA 3HRTA 3WTTC 4O6JA 4WXHA 2HOEA 4GXOA 4O5VA 4ZYHA 2IPQX 2UXNA 3CJNA 3WTUC 1XB4A 1YTYA 1NHAA 4M73A 1U6GA 4PV4A 2Q8KA 4IVNA 1G3TA 3FM5A 5DCFA 5LGUA 4AD9A 3DP7A 4MQVA 3C7JA 3I59B 3GW2A 1ON1A 2YU3A 3PKBA 2P98A 3ZMUA 3CB5A 1F1ZA 3RDIA 3DFGA 3L24A 5D4RA 3RVAA 5AONA 1H9GA 4HLXA 2IA1A 5FB2A 1USSA 4WXDA 1LB2A 2BBYA 5FGMA 2GG8A 2BWYA 3TO6A 2IW5A 1HKTA 2EB7A 2X0LA 2BGCA 1DP7P 1ZARA 5ILUA 4EGEA 4MGRA 3U9GA 1KQ8A 1O3QA 1YW7A 5E1ZB 2L3DA 2LDUA 5JVTA 4BHCA 3E6CC 2FOKA 1J75A 4EJOA 4N0BA 5HDNA 3R61A 4LG0A 5BPIA 3V8KA 2MATA 1FPQA 1HKSA 3LA3A 4U0YA 2YSRA 2F5EA 5L3BA 3FMRA 4FT8A 2PLYA 2KIMA 1W5TA 3WGHA 1FSHA 2LF8A 1SMYF 4DNCA 1HBXG 3E6DA 4EJUA 1SD4A 2IA0A 3K9TA 1MKMA 2DFIA 2LF7A 2Z99A 1TQMA 2NQ7A 3HRMA 2PN6A 4I01A 4IKTA 2AXLA 2YPRA 2D1HA 1LEBA 4U76A 4FX4A 3I5UA 3D0SA 3PKCA 1MZBA 2QQBA 3JAMZ 5FLXZ 2XAQA 3L09A 2P5KA 1K78A 5HLIA 5L3DA 4IRIA 1S6LA 1XD7A 3RJPA 2RVCA 1EH7A 4LMYA 4U1BA 2CQKA 5CDVA 4EM1A 3ZMDA 3LA2A 4KMFA 2K4JA 1B4AA 3LQRA 2ZSGA 3MZYA 4FKCA 1C24A 4HQEA 1P4WA 1R5HA 1UB9A 2XGXA 3ABTA 1V3FA 3Q6DA 3FWEA 3HSEA 1K79A 3SZPA 3W6JB 4Y15A 2GG2A 2GA2A 5DV5A 2BN7A 2XAFA 3KZZA 4S2TP 2X4HA 3BOQA 2W85A 2QZ8A 4UUVA 4R1HA 3VODA 2M45A 2Q2EA 4NHJA 1ONVA 5L3FA 2M87A 5CLSA 1U2WA 2PMUA 3F72A 1D8JA 4I0BA 1K78B 3G3ZA 4NQWA 3I53A 1MD0A 2PG4A 1C21A 2XROA 5LEJA 3T8RA 5F64A 2QQ9A 1REPC 1LJ9A 3KLOA 3GZ6A 4G94A 3SHFA 4A0XA 2BEOA 3QP5A 1ZG5A 4CYDA 4UVCA 3F21A 3M9AA 2P5VA 1I5ZA 3P9CA 3T1BA 2BHAA 2VE8A 3HTSB 4MEXF 1YVMA 4K2EA 3GLXA 2P6SA 5CYVA 3R0JA 5IT3A 3E5UA 4FUKA 1KQ9A 3I64A 1G3WA 3HOSA 4XLNF 3E6MA 1WL6A 4HF0A 3MATA 3LWFA 1FX7A 4BYYA 3JW4A 4KA4A 1EV7A 3HRUA 3KP4A 1ZLKA 5DD8A 4A5MA 4OIPF 5CE6A 4HXXA 3E5QA 2FBKA 3MQ0A 2V1DA 4JBAA 4DQ2A 1R36A 2IW2A 2MD5A 4KIGA 2F5CA 4FLKA 4LB5A 3CO7C 4G6QA 4ZZLA 4LGWA 3Q9SA 2EVOA 4BHPA 4G9YA 2DK5A 1XCVA 4ON0A 1FYMA 4EMSA 3JSPA 4RGUA 1IXRC 1TTYA 4U6CA 1XMKA 4E70A 4U7DA 3WTXC 3HSRA 3J81K 4IHSA 2NQ6A 3TGNA 4KUMA 3M1EA 3K2ZA 2DT5A 2KKOA 4HF1A 1OYWA 3EUHA 4LLNA 4KFCA 1ZLJA 1ZG1A 4HV6A 4ESJA 2HFHA 2HYFA 2VE9A 4UV9A 4KIBA 2Z3YA 1JGSA 4KYWA 2IRFG 1KP0A 1F5TA 1WI9A 3BP8A 2BWUA 4MATA 1YW8A 3V7SA 3IU7A 5J8FA 2J5PA 2E1NA 4U88A 1B9NA 1L3LA 4L0YB 1FYKA 2QVOA 2GAUA 2NNYA 3FMSA 2O8XA 5JR3A 4U0VA 4G7HF 2P7VB 5HOOA 3HHHA 3MZHA 2W25A 5LEKA 2HGCA 5LHGA 1ZHFA 3GZ5A 1R5GA 5ED4A 4P9FA 3KP2A 5L3CA 1TLHB 4U75A 2MLGA 1MDMA 2VOOA 2FXAA 5J6XA 3RORA 3U2RA 1KA8A 4KMUX 1DPUA 3GXOA 3V4GA 1SD7A 1YO5C 3SZTA 3WTSC 2V9VA 3CUOA 3F8BA 1H0MA 2V79A 3GUDA 2CWEA 4UNOA 3ROUA 2EK5A 2P4WA 2XHKA 3TOBA 2V3YA 1XDSA 3IG4A 2NS0A 2VC1A 2ISZA 4PGGA 1RUNA 3HHGA 2M30A 4G6DA 1KGSA 3L2CA 2PMHA 3I4PA 2QQAA 1JE8A 1OKRA 3LFKA 4ZWPA 1Z7UA 1YS6A 4ETSA 1T98A 2DAOA 1IF1A 2HEOA 1BI0A 2O0YA 1Z6TA 5CVJA 1PV9A 2CG4A 5LHHA 2E1CA 4H0EA 2Q92A 3KCCA 4CICA 4BHBA 3M8FA 3VEPA 2XAGA 1MDMB 2Y0MA 2KJBA 2OKNA 5D6EA 2K86A 5H6QA 2WC2A 3CLOA 4YFKF 3LA7A 5ILVA 2GU6A 1WWXA 4D0PA 3SQNA 4P55A 4RZYA 2GZWA 2GG3A 3ZMTA 2NYXA 1I1GA 1IZ1A 2DO7A 1K7AA 3WE3A 4P5OA 2BWSA 4P9UA 4YIFA 5L3GA 2JSCA 4U0WA 1B59A 2VBZA 4LLLA 4OOKA 2Q0OA 3P7NA 2PEXA 5LRSA 4HF2A 4IECA 4I98B 1W7PB 4ZYGA 5LBQA 4IF4A 1HSJA 3WGGA 1KQ0A 4ESFA 4S05A 3QOPA 2W24A 3FM3A 4M6XA 5HS7A 2WWYA 2GGCA 3HYIA 4Z7MA 3TQNA 2VXZA 4I2OA 3R4KA 2ZCWA 4A6EA 2HYGD 1D8KA 3JAMK 5FLXK 1OYYA 4QR8A 5HLGA 3F8FA 4HW0A 2BWTA 3E97A 4TV7A 4KNYA 2A69F 3PQJA 1WBQA 1I1SA 2A61A 2XV4S 1DDNA 2BWWA 2GG7A 4MNUA 2W84A 1FLIA 5DCMA 5IT9Z 1RIOH 1E2XA 1FNNA 1CGPA 4S00A 1R22A 1MJBA 2LSOA 2L4MA 5F1RA 3ELKA 5D5UB 3TO7A 2F2EA 5JFRA 1KU2A 1ZRCA 1BM9A 2A5YB 4FX0A 1LNWA 2JTVA 4UVAA 5BMZA 2H6BA 2EV0A 3IWFA 2ESHA 4BNCA 2EA4A 5H20A 4NB5A 5E8GA 2EA2A 2ZO4A 4EV0A 3IKTA 1HXDA 4RB2C 2YR2A 2VONA 1CHMA 1ZG3A 1G3YA 4RB0A 2K02A 4M9SA 3MAJA 5A2QZ 4ASNA 2ESNA 4OIRF 1U8RA 4XSXF 5L3EA 2VT3A 2IVMA 3N97A 2ISYA 1G3SA 5CVUA 1R1UA 2PBIA 2XKPA 1BOAA 3KP5A 3WTYC 1Y1NA 3JTHA 5DCMB 3PKDA 1J5YA 3WTZA 1ZRDA 1YYVA 4RS8A 5E18F 1B1BA 5HLHA 4RGSA 3KETA 2Q93A 1XSVA 5D8KB 3GYHX 2G9WA 3GFLA 3V8JA 5FFXA 4Z2YA 4IXAA 4Q47A 3WODF 4OU0A 2XAHA 1IXSB 1P4AA 1R1TA 1KYZA 1R1VA 4RB3C 1QQIA 1SFXA 5D5VB 1MJ9A 3PFIA 2QYOA 1YFHA 3CB6A 3IU8A 2P7CB 3ULQB 2STTA 5H6RA 3RPQA 2V1UA 2CYYA 5EEHA 4MHGA 4GGGA 3IU9A 3I71A 1O7LA 1LQ1A 1GXQA 1RNLA 4L5IA 2OD5A 5CVRA 4KN7X 4EM0B 2GG5A 1U5TC 2HKXA 2B0LA 4M72A 2GQQA 4S2RP 2ZXJA 4OINF 3DV8A 5D6FA 2BV6A 1FT9A 2DPUA 4XLPF 3TAVA 1HW2A 2ZNYA 2OA4A 4HX7A 2ZBKA 4GO1A 3WE2A 4FO8A 4LG0B 2QLZA 3WU0A 3EETA 3E6BA 4G8XA 3G73A 2DQLA 1YIOA 3GO5A 3VB2A 1LDKB 3R60A 3O3KA 2KIUA 1Z6RA 4LJZF 3K69A 5BQTA 3FF5A 4MTEA 5E8IA 1UCRA 3WGIA 4AIHA 3RTRA 3KFWX 2L02A 3P9IA 2DLLA 3Q5FA 3BDDA 4S01A 3MWMA 1WY2A 2FQ3A 4RGXA 3MX6A 2FEZA 2EFQA 2TDXA 5TRDA 4O3MA 1P92A 2RC4A 1W7PD 3M7GA 1QXZA 2EFOA 2MA3A 2IA2A 4Y13A 5CVVA 2GXGA 4IKUA 3L9FA 2OZ6A 2ZMEA 3K1PA 5FCFA 2QWWA 3FXUA 2D45A 2RDPA 2EWNA 4LK1F 2Q94A 5TJJA 4ZH4F 4A2UA 2VOPA 4B09A 1SFUA 5D4SA 5K5QA 1SAXA 2OZUA 3JTGA 2FBIA 1C27A 2PQ8A 4ENKA 3IKVA 4CGZA 2M5WA 5DYMA 2J5OA 2R3SA 1B6AA 2Q96A 2NAZA 4U6WA 5ICFA 2EFPA 5CNXA 2HTSA 3T0YA 3ZMSA 3S2WA 3RI4A 1HSTA 2GTXA 3QRFF 2Z9OA 1IN7A 1J2XA 2E7WA 3L7GA 3IHUA 5BOXA 3F3XA 1PP8F 5ICGA 3C1DA 3CTZA 3TDUC 1QBJA 1LDJA 2ZMEB 3C18A 5E17F 4N9HA 1JHFA 3LAPA 4KN4X 4AWXB 1PUEE 3CUQC 2JPBA 3RIRA 3ZMZA 1MJAA 4A6WA 3F6VA 2H94A 2FF4A 1A16A 4HOBA 4PGHA 2LNBA 4HQMA 2VT2A 3EQLF 4IJAA 1J0RA 1C22A 2VBYA 5DUIA 3B73A 3V8LA 1XCBA 2BHBA 4L9TA 1STZA 3I54A 4KIFA 4EGYA 4HLYA 3H92A 4L9VA 3L7WA 3TOAA 2B3HA 1V4RA 2HZTA 3ZP5A 3J7AO 4KM3A 1UFMA 2FNPA 3DPTA 5DEQA 1G4DA 1WN1A 1WQ2A 3HIFA 3BY6A 2NRAC 1S7OA 2H6CA 3L00A 3F8CA 3ECHA 1IXCA 2FMYA 4JK1X 1YLFA 3DXJF 2MBFA 1WKMA 5E1WA 2B3LA 1AOYA 3GEZA 3CUQA 2R7DA 3COAC 3F23A 4A6DA 4CZZA 2EVCA 3FXRA 1O3RA 2V6CA 3HSFA 5HS9A 5DDGA 4CDGA 2G6PA 4IF7A 1QO0D 3ZN0A 5JI6A 1FBUA 2UXXA 3BJAA 4UV8A 3WG9A 5BS6A 3K1MA 1ULYA 2Z33A 1T39A 1PP7U 3KLNA 4WX9A 5IT9K 2DI3A 4A12A 5LHIA 2FE3A 5FO5A 2OAZA 1YS7A 2R7FA 2V3ZA 1WL9A 4OMZA 1R00A 1C0WA 1FWZA 4M9ZA 4WXCA 5AIPA 3U1DA 2KIFA 2RV8A 2L01A 4WCGA 1RUOA 2KJCA 1O57A 2XAJA 3GFIA 2HKOA 1PDNC 1TBXA 2Q95A 3FMQA 1N51A 4MTDA 1T2KA 3BPVA 4XBFA 5A2QK 1XNZA 3BIQA 4EJTA 3IRRA 1TW2A 3KP7A 1JHHA 3KEOA 3QAHA 4Q48A 2DW4A 2BHCA 1HW5A 2QBYA 3HRSA 4MEYF 3I0TA 2GU5A 1GHCA 2B3KA 2BB7A 1FBQA 2EVMA 1ZGAA 1FZPB 3GWZA 2QM3A 2M1BA 3DQVC 1IW7F 3EDPA 4UHTA 4BAYA 2OQRA 3FXQA 3PQKA 4Q4ZF 2K4BA 1T38A 2GA1A 2OU2A 2NNNA 1BBYA 1FSEA 4HX4A 3GX4X 3V7CA 2IP2A 3HTUA 4FHTA 1S29A 4LLGF 2PI0A 1E17A 4HA8A 4IRGA 2G7HA 4CXFA 4U69A 2GWRA 1YQAA 4L9NA 4YG2F 3GFJA 1ZYRF 4GYIA 3EYYA 3I59A 2OBPA 2RQPA 2WV0A 4CHUA 1BJAA 1GVJA 1OMIA 2CGPA 2P6TA 1FYLA 3D27A 2F5DA 3NEUA 4AIJA 2E7XA 2QBYB 2DTRA 3QU3A 1SMTA 3E5XA 2FNAA 4WF2A 2BH3A 3QPTA 2ZKZA 3J80Z 2FSWA 4WK8F 3TKYA 1S3JA 2A6EF 2ETHA 4EJWA 3TB5A 2A3SA 2VBWA 4N9IA 3JSOA 4U73A 2V3XA 5EEGA 2CSOA 2O6GE 1B9MA 5J8CA 3DKWA 1D5VA 4HAMA 2HTJA 2O61A 1BC7C 3LSTA 4L9JA 4ENMA 2P9AA 4HDUA 4OMYA 1A04A 2YX7A 2HDCA 4HV5A 4MQ9F 3KE2A 2FRHA 3QPHA 2FBHA 4LFUA 3CO6C 4B28A 1SFEA 3WTWC 1IRFA 5K1YA 4PCQA 4BQAA 2IT0A 1CF7A 1FOKA 3NQOA 2DK8A 1S8NA 3ZMVA 3FHZA 4EGZA 4U6JA 1QZYA 5D5XB 4KICA 3BWGA 1O3SA 1WLRA 1ZRFA 4EJVA 1YG2A 5JHUA 3H3ZA 3WU1B 3SFZA 2V1XA 1XMAA 3O2PE 4ZWOA 2XKOA 2DBBA 1XSDA 1EH6A 4GCVA 4RAZA 1J59A 4A5NA 4LD5A 4WWCA 3REOA 3V7RA 4U7BA 2WTEA 1D3YA 4JQFA 1P6RA 1TNSA 2C6YA 1W7VA 5DUKA 2A07F 1X3UA 2GIVA 1WRJA 1L0OC 1ZH5A 2MLKA 4B8XA 4FO7A 4OIQF 2F5FA 3K1NA 4IDYA 3VOEA 2FMLA 3E3VA 2QUFA 2HQNA 2O03A 1CF7B 4KT5C 4RZZA 2VC0A 3N4MA 5E1XA 3RPUA 5DD4A 3F8NA 2AS5F 3I58A 4M71A 3Q9VA 5FFZA 5LRRA 1IN6A 1DPRA 5HVQC 1QNTA 5HDGA 3ABUA 1BIBA 3H3UA 4QLCU 1QXYA 4I7HA 1P2FA 5CDLA 3IL2A 1TQIA 2M8EA 4AIKA 1Y0UA 1ZREA 5ICCA 1IAWA 2A68F 1AWCA 3GFMA 3D5LA 1T0FA 4U6EA 1BI1A 1XGSA 3ZPLA 1IN5A 1ODDA 1J7KA 2FU4A 1O3TA 1QZZA 2OQGA 3ERED 1O0XA 2HQRA 4EVIA 3GF2A 2HS5A 2GG9A 1BI3A 5CIKA 1FP1D 4M74A 1GXPA 1F4KA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1WKMA

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations