4TV7 | Genus

Total Genus 132

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	460
structure length	431
Chain Sequence	TITLDRSEQADYIYQQIYQKLKKEILSRNLLPHSKVPSKRELAENLKVSVNSVNSAYQQLLAEGYLYAIERKGFFVEELDMFSAALPDDLKEIHIWISFSHMDTDHFPIKSWFRCEQKAASRSYMSHPQGIYEVRAAITRLISLTRGVKCRPEQMIIGAGTQVLMQLLTELLPKEAVYAMEEPGYRRMYQLLKNAGKQVKTIMLDEKGMSIAEITRQQPDVLVTTPSHQFPSGTIMPVSRRIQLLNWAAEEPRRYIIEDDYDSEFTYDVDSIPALQSLDRFQNVIYMGTFSSLLPGLRISYMVLPPELLRAYKQRGYDLQTCSSLTQLTLQEFIESGEYQKHIKKMKQHYKEKRERLITALEAEFSGEVTVKGANAGLHFVTEDTRRTEQDILSHAAGLQLEIFGMSRFRPALIIGFARLKEEDIQEGVQR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2347763487697265__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2347763487697265__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4TV7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2347763487697265__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2347763487697265","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4TV7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2347763487697265__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00afb244c4551e9231a854/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00afb244c4551e9231a854/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00afb244c4551e9231a854/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00afb244c4551e9231a854/pdb.gz): 607 ms

reading 431 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

431 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:430});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transcription
source organism	Bacillus subtilis 168
publication title	Role of the aminotransferase domain in Bacillus subtilis GabR, a pyridoxal 5'-phosphate-dependent transcriptional regulator pubmed doi rcsb
molecule keywords	HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
total genus	132
structure length	431
sequence length	460
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-06-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00155	Aminotran_1_2	Aminotransferase class I and II
A	PF00392	GntR	Bacterial regulatory proteins, gntR family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	4tv7A01
3.40.640.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Aspartate Aminotransferase; domain 2	Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)	4tv7A02

3K1PA 2ZYJA 2BYVE 1LDDA 1ASMA 1MKMA 4WF2A 2XKOA 3ZQ7A 4GE4A 3V7SA 4WYAA 2BI5A 4PIWA 5ILUA 3FVUA 1MDXA 1FBQA 4F5GA 1C0NA 3ZZKA 5E1ZB 2L01A 4O6ZA 4W1VA 4ZSWA 3FHZA 1IF1A 4KAMA 1D3YA 2CSTA 1FLIA 1AKAA 3ECDA 1LDJA 4KIFA 1CS1A 3MFKA 3HRMA 1ASAA 4A2UA 4CVQA 1IUYA 3FRKA 4IXAA 3EI8A 2ISZA 3K1NA 2LF7A 3A8UX 2OD5A 1HQCA 1CF7A 2VT2A 1T38A 1PDNC 1B5OA 2CWEA 2BI9A 3EETA 4LJZF 3K1MA 1OHYA 4LB5A 1WKMA 1BIBA 5AIQA 2FNAA 4RGSA 1T98A 2DPUA 2QM3A 1FP2A 1BJOA 3BWOA 4MQQA 2GWRA 2XKPA 3J81Z 1UCRA 3QU6A 4U1TA 4WYDA 1M0NA 4A00A 1RZ4A 1SD7A 4JEVA 3QOPA 4BHBA 3VEPA 2E7IA 4RJYA 1H9TA 2HYGD 3F22A 1S09A 3BN1A 4BH9A 2GXGA 1YLFA 2TDXA 5HHYA 4RAYA 2JT1A 1P4AA 1YO5C 2AY7A 4ADCA 4ENMA 1J75A 3L7WA 3BWNC 4ADDA 1TASA 2CYYA 2VBZA 1FG3A 2QBYA 2OU2A 3HHGA 3L8AA 4OBVA 2X8UA 4Q76A 4F5HA 4Q48A 3NX3A 1QZZA 3NYTA 2VMRA 1E5FA 2W84A 1JXSA 1AHGA 3G3ZA 3QAHA 5FT5A 1FSHA 3TQNA 1KU9A 1SFXA 3BOQA 1Z9CA 2FQ6A 3E2ZA 4LW4A 4M9XA 5D5WB 2CG4A 4HV5A 1Z91A 3HRTA 2BV6A 1ARGA 3VK2A 1B5PA 4LK1F 4Q4ZF 1TW3A 1IX7A 2IT0A 1HSTA 2FBKA 4ADBA 4N9HA 5EEHA 1IN5A 3DRDA 4P9UA 1MDOA 4CBRA 3TOAA 3G8MA 3RPQA 4UQVA 1O7LA 1LVAA 3BZ6A 5E3KA 2LDUA 4QWQA 2Y75A 1G4DA 2VMOA 4ATQA 2VMTA 4BHDA 4LMYA 1W7PD 4NQWA 1I48A 1H0MA 1AY5A 2AXLA 1YIYA 3L00A 3GZDC 3KCCA 1ZRFA 4XAUA 3IKVA 3NTJA 3PDBB 3KP7A 1YOOA 5D6FA 1SFEA 1TLHB 2WWYA 1W7LA 1KA8A 1AHYA 4F5MA 3ZMDA 2E7UA 6PAXA 2OKKA 2R3SA 3TDUC 1LQ1A 5EUEA 1R5GA 2L54A 1BKGA 2KRFA 2HORA 1TOEA 5E5IA 4GGGA 4WK8F 2ELHA 1M7YA 5BJ3A 1BBYA 4M2KA 2BEOA 3I53A 4U0YA 3FWEA 3IRRA 3ML6A 3RI6A 1DJUA 1UU2A 3N0LA 1I6XA 5BS6A 3KETA 3WTWC 3V7CA 3MZHA 3T32A 3GW2A 4Q31A 3GXOA 1I1SA 2ISYA 4F4EA 2BI1A 2K27A 3BS8A 1YS6A 1GD9A 3BCBA 4UXNA 3DPLC 2G7HA 1DUXC 2K7LA 1W7PA 2V9VA 3LWFA 5L3EA 2GAUA 2R7FA 3EI9A 3HHHA 4HYEA 5LEJA 1G3YA 4L5IA 4WLHA 4ENKA 2O3FA 4PGHA 2C0RA 1B9MA 1LW4A 2PFBA 4K2BA 4F5KA 1J2XA 3I4PA 1KKPA 5F1RA 3LFKA 5E8IA 1DDNA 1TQMA 3TDZC 3M8FA 1N8PA 2H09A 2YCPA 2HWVA 5AX8A 2HGCA 3WU0A 2V1DA 3MZYA 5DCFA 3CQ6A 4MEYF 4IVNA 2ORDA 1FX7A 1Y0UA 4Q5SF 2O61A 3VP6A 1JS6A 4L9JA 5D4RA 4MTEA 2A6HF 2WK9A 4BMKA 1C7NA 1SPAA 2VODA 2BGCA 2FQ3A 1AJSB 1ARIA 2NNNA 3QI6A 4N0BA 1YJZA 4WYEA 3E97A 2W7FA 3G0TA 2ETHA 3TGNA 4F5LA 3B73A 3AOWA 2HS5A 2LF8A 3PDXA 4OT8A 2GZWA 2RVCA 2GQQA 2PEXA 4I09A 1LC7A 1J7KA 1AMQA 3KGXA 3JSPA 4JF1A 3BV0A 4A6EA 4G7OF 3TFUA 1SD6A 4OYTA 2W7EA 1HKTA 3B02A 4IF4A 2QA3A 2DKBA 2ZSLA 4AWXB 4HX4A 3JSOA 2NS0A 5J6XA 5HOOA 2RFVA 2YCTA 1OPCA 1KKJA 4HA8A 2HFHA 3B1EA 2M45A 3G7QA 5L3CA 2OGAA 1D7SA 4HVKA 4ON0A 3GUDA 3EQLF 2HZTA 1DP7P 1TOGA 5ICCA 3RKWA 1H9GA 1OHVA 2W7IA 1Z7DA 4UV8A 1O3RA 3EI7A 2Z3YA 5D8LB 3E6CC 1YW7A 1G4VA 3RCHA 1R7JA 3WTVC 2CH1A 5LBQA 4KA4A 3LQQA 2DGLA 1R00A 2A07F 5A2QK 1FYMA 5DJ1A 1OXPA 4ZWMA 5IT3A 2GMSA 3HSRA 1D7UA 3HRSA 4OU0A 1W23A 3JWAA 3GETA 3HT4A 1U5TB 1BJOB 3WG9A 5F6FA 4EU1A 1ON1A 2D1HA 1O62A 4EJVA 1D8KA 1KGSA 1T2KA 4W1WA 2P7CB 4EV0A 1ARHA 1YAAA 1K79A 4FHTA 2XROA 4OMZA 3MADA 1CZCA 1IN6A 1ZOBA 1ASDA 1UFMA 2ZJGA 3HQTA 3F0HA 1Z05A 1B9IA 4TN4A 4HBLA 4WXFA 4A0GA 3A9YA 2Q0OA 4WP0A 4M9ZA 1ZGJA 2D2WA 4U2HA 5EQCA 2R5CB 2VMPA 1GXQA 4HV6A 1LB2A 2BBYA 1MGVA 2RV8A 4G7ZF 4PDKA 1B59A 3AENB 3WGCA 1KYWA 3GO5A 4IX8A 3NYUA 3FTBA 2VT3A 4KN7X 3D6KA 1MDMA 4FL0A 1DFOA 4EJOA 2E1NA 4P3MA 2BIGA 4J8LA 1CZEA 2UXXA 3B46A 1IXSB 1YQAA 5FD6A 2V1UA 1AICA 1AIAA 3E2YA 4Z2YA 3E2ZB 2EPJA 2L02A 3FM5A 3T5XA 2VMVA 1NHAA 1BI2A 3M1EA 5FO5A 5LGNA 4ZDOA 4DQ6A 2PN6A 5G2QA 1L0OC 1IRGA 1GC3A 4A0HA 1ASGA 3WX9A 1R1TA 1XDSA 3SFZA 2VOPA 5D5SA 4A0FA 1ZG5A 2XVCA 3EDPA 4ZYEA 1E5EA 2ZP7A 1UU0A 1FC4A 1LKCA 2V79A 4YIFA 2HZPA 5HS7A 3LAJA 5ED4A 1XGSA 4I7HA 4R8DA 5H20A 4DQ2A 3C18A 4GXOA 3PA9A 1WKGA 3WTXC 5EUDA 1IN8A 4U88A 1TOJA 1XI9A 4J5UA 1ORDA 3ZMSA 1XGNA 4AD9A 3COGA 2W7DA 5HDKA 2D64A 1AMAA 1YTYA 4LB6B 1ZRDA 2FNUA 3EI6A 2VIBA 2CINA 5CLSA 5H6QA 3GLXA 1D2FA 1J04A 2BHXA 2BWNA 1T3IA 1X28A 4HF2A 3ZRPA 2IA1A 2EFQA 2D66A 1U6GA 3D5LA 5JI6A 1IW7F 1V2DA 1BIAA 3K0LA 1KQ8A 3GWPA 3AEJC 3DYDA 4R5FA 4KFCA 1H0CA 4KT5C 2R7DA 1G7WA 4WWCA 2Z9VA 3DP7A 4ZZDA 5HDNA 5BJ4A 1V72A 4XJMA 1KL1A 2VGVA 4TMRA 3ZRRA 2H6CA 3FQAA 1MD0A 1T6SA 3DR7A 2QBTA 1SF2A 1TQPA 1RV3A 3C1DA 4KDPA 3E2FA 3NYSA 4OIOF 2QLRA 2ACJA 3JWBA 3K7YA 5J8CA 1YYVA 1CQ7A 4AZKA 4M6XA 4CYDA 1C7GA 2FF4A 3FQ7A 3AOVA 3BJ6A 3CO6C 2FEZA 2ZFWA 2DI3A 1MLYA 1PMOA 2AY8A 4W91A 4F5IA 3KE3A 2G9WA 2YX7A 2XASA 4CO8A 2CGPA 1MJAA 1AHXA 5E20A 2CO5A 3F6VA 4NB5A 4RJ0A 3E5XA 4CICA 3AELA 1LC5A 1O61A 1DJEA 4MGRA 1MJ9A 3QPGA 2DR1A 5D6EA 3F23A 2VGWA 2VBYA 1JS3A 1GDEA 4M71A 2VXZA 4CXRA 4EMYA 5LHIA 2EA2A 3A9ZA 3QBOA 2W7LA 1DPRA 4WLJA 4EFFA 3HOTA 1O7FA 2VMYA 3MQ0A 2D65A 1ZARA 3EI5A 2QWWA 4FFCA 4QGRA 2L4MA 4G6QA 4FX0A 5ICGA 4WX9A 1HSJA 1S7AA 3W6JB 2XIGA 1B9HA 2CJHA 4UHOA 2J5OA 3W1IA 1J5YA 1PG8A 2JTVA 1W4MA 3KP6A 3UWCA 5M46A 2QQAA 1AY4A 1EJIA 5HS8A 4UNOA 3FM3A 3IF2A 2CSOA 3E6GA 3WGGA 1AJSA 3N97A 3N4MA 2M5WA 3BC8A 4R79A 1XB4A 1XCBA 1AJRA 2OQGA 4UOYA 3HYIA 4RITA 4OIPF 1IX8A 3K40A 4EQQA 2EFOA 4AIKA 1REPC 3LA2A 4O3MA 9AATA 1RNLA 5BQTA 3RYRA 4U0VA 2FN6A 3CBFA 3M9AA 1UU1A 2DPDA 1FOKA 2OKJA 2IA0A 1PMMA 3GZ5A 4MEXF 1C7OA 4S05A 2Z61A 5JAYA 1BJ4A 3DODA 3BPXA 4OIRF 3MEBA 3RCHB 2TPLA 5E1WA 1LJ9A 5D95A 4KUMA 4LGWA 4P96A 2XAFA 1YG2A 2PB0A 3QPTA 1F9NA 3R0AA 2HOZA 3ROUA 4XSZF 3VODA 3B8XA 2RDPA 2XAQA 2FBIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1OMI A;  1TP4 A;  5FKN A;  3WTS C;  2YX4 A;  2NVQ J;  4WD2 A;  1LFU P;  2FSW A;  2NVT J;  5EYR A;  4B98 A;  2NMP A;  5K8B A;  1AWC A;  2KZV A;  2DAO A;  3VYS B;  5M5W J;  4MKJ A;  2PJP A;  3WZF A;  2VC0 A;  3ECO A;  3RCO A;  2K4J A;  2DDA A;  2QYO A;  3RPU A;  2JG2 A;  2E36 A;  2EFN A;  3PGY A;  2V26 A;  4WXB A;  2H94 A;  1YX5 A;  4B09 A;  2MC3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4TV7A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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