The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
274
|
sequence length |
1071
|
structure length |
972
|
Chain Sequence |
ASLLVANRGEIALRIIRTATELGMRTVAVYAADDAHSPHVHAADEAMPLPGSGPPAYLNQAALLAVAENTGATLIHPGYGFLSENAEFAKACAAASHTFVGPDGRVLELLGNKTAARRAAIAAGVPTLAALLGDARHIEVQVVAAPAGHQTHALAVGDRDCSMQRRYQKLIEIAPAQGLSEELRRALHQAAVRLCARVGLRGLATVEFLVSGERFVFLEVNPRIQVEHTVTEQTTGLDLVAVQLAIAGGESYYRLGLPAGIASDGTEVIGEPAAQRGIAIQLRVNAETFGADFSVLPSAGTLTAFCPPSGPGVRVDTYGRPGLVVSPQYDSLLAKVIVAVHGSSWRAAMRKADTALSEFGVEGVATNIGFLRRLLAEQRLETGWVNTDFVDEKLPELAAAAPGAVELYPGEDALRAQLAGTVVEVAPEGADYPAGAQLVVLEAMKMQHVLAAPDALRTVRVLVTPGQVVGTGDPLLVFTRTDLDLTRADLDEVIERHARTLDEGRPDAVAKRHRQGRRTARENIDDLVDPGSFVEYGALAIAAQRSRRSEEDLIANTPADGLVAGLATVGADRFGPAAAQAVVASYDYTVLAGTQGMRNHAKTDRVFDLAARKRLPVVLFAEGGRPGDTGAAGLDVPTFRMLAGLRGRVPLVSVVSGRCFAGNAALAGVCDVIIATPDANIGMGGPAMIEGGGLGVYPPEAIGPIAVQRRNGVVGLVARDEAHAVSLAKQYLSYFQGRLDRWQAPDPRVARHVVPQNRLRAYDVHRAIEAIVDVGSVLELRPDYGVGIVTALVRVEGVPYGLIANSTHHLGGAIDAEAADKAGDFLALCESFGLPVISLCDTPGFMVGPDAETQAAVRRFGRMFVLGARLTVPLGMIILRKGYGLGAMAMAGGSFRAPQFTVAWPTGEIGGMGLESAVRLGYRTDPAERQNLFDRLVAAAYQHGKALRAATTFELDDVIDPAASRAWITRLS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structure and function of a single-chain, multi-domain long-chain acyl-CoA carboxylase.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Ligase
|
source organism |
Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis
|
molecule keywords |
long-chain acyl-CoA carboxylase
|
total genus |
274
|
structure length |
972
|
sequence length |
1071
|
chains with identical sequence |
B
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2014-09-16 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00289 | Biotin_carb_N | Biotin carboxylase, N-terminal domain |
A | PF01039 | Carboxyl_trans | Carboxyl transferase domain |
A | PF02785 | Biotin_carb_C | Biotin carboxylase C-terminal domain |
A | PF02786 | CPSase_L_D2 | Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 | D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DUB A; 2JE6 I; 3HRX A; 3T8A A; 3BG3 A; 3QYR A; 4JCT A; 3ZW9 A; 2VSU C; 1FC9 A; 2ZQR A; 2K7V A; 1Q90 A; 2DEO A; 3H0J A; 2YYZ A; 3NJD A; 4BA2 I; 1V8Q A; 2DNC A; 3PUZ A; 2VSU E; 1Y8N B; 1W2X A; 2A68 D; 2QF7 A; 1RJM A; 3LAO A; 2F9Y A; 1HNO A; 3SLL A; 5DU6 A; 3OC7 A; 5C0X H; 2CW0 C; 1OXX K; 4OGQ C; 2Q35 A; 3TW7 A; 3U9T B; 3PEA A; 3NJB A; 3HE2 A; 3L3S A; 4IZC A; 3A7L A; 5G1R A; 4U1A A; 1DUB A; 1N6E A; 4FND A; 5E0S H; 2BA0 A; 4KKS A; 4OO1 G; 2PG8 A; 4U0G H; 4FN7 A; 1GJX A; 5JBX A; 2ZL0 A; 3LWU A; 2HW5 A; 4KNP A; 2A6E C; 2IT1 A; 1EY3 A; 2A6H C; 3N6R A; 5KDR A; 2KA7 A; 1NZY B; 4ELX A; 3ZWC A; 2F9I A; 4ZDC A; 4OMR A; 3PZK A; 1ONL A; 3VR6 A; 5DTP A; 2J5G D; 1FC6 A; 1Z6H A; 4B3H A; 1B9N A; 3T53 B; 3QXI A; 5A35 A; 4JBW A; 1OXS C; 5K36 G; 5JEA H; 4TKO B; 1LAB A; 5BN4 A; 2PNR C; 2A7K A; 3KTG A; 4MI2 A; 1ON9 A; 3Q1T A; 1XX4 A; 1JXZ A; 3LKE A; 3A8J E; 4FJW D; 4JYJ A; 1K8O A; 2FBM A; 5G1S A; 3GLM A; 4GM2 A; 3R6H A; 1FYC A; 5DZK H; 3N6R B; 3QKA A; 3A7A B; 2A7S A; 1HNU A; 1DCZ A; 3T3W A; 3K8X A; 4MXI A; 3QG1 A; 2ZL4 A; 3A8I E; 5INI A; 4WZ8 B; 3KQF A; 1Y8O B; 3H81 A; 3QWD A; 1WDL A; 1IW7 D; 5KNB A; 4IQZ A; 2X24 A; 2NN6 I; 5KND A; 4JVT A; 2D5D A; 3CRL C; 4FB8 A; 2V4D A; 1ZKO A; 2EJM A; 2NN6 G; 2J5S A; 2Q2X A; 1H9S A; 3RSI A; 1GUT A; 4JSB A; 1VRG A; 1TU2 B; 4Q1I A; 5DTW A; 1K8M A; 1IYV A; 3H94 A; 2ZQQ A; 1DD2 A; 4B3I A; 3IKJ A; 3GKB A; 1MJ3 A; 1YNJ C; 1CFM A; 3R9Q A; 2VSS E; 3PUY A; 1EF8 A; 5ING A; 3QK8 A; 1GHK A; 1TYF A; 3GMA A; 3Q0G A; 1TG6 A; 3OOC A; 3TT6 A; 4JK1 C; 2O5J C; 3DOR A; 3RLF A; 3VR2 A; 1HCZ A; 1B9M A; 2EDG A; 3TDC A; 3QXZ A; 3AB9 A; 1VDZ A; 4DNR B; 4FN8 A; 1H9S B; 4K29 A; 4JJT A; 2A81 A; 3H0U A; 5C9G A; 1UYS A; 2VRE A; 3T88 A; 5BN3 A; 3M4Y A; 4KN4 C; 4LJZ C; 3ST9 A; 4G2R A; 4Q0G A; 1OXV A; 4HNK A; 4KKU A; 2DN8 A; 2PCF B; 1WDM A; 2A69 C; 2B8G A; 3I4L A; 3NE5 B; 3VR4 A; 2D3T A; 4JCS A; 1UYT A; 1Z7T A; 1N6D A; 4L8K A; 3GF7 A; 5CTB A; 2KCC A; 2VSU A; 3HGB A; 2VSU F; 1UYR A; 3I73 A; 2Q8I B; 4EMP A; 3MFM A; 3OW7 A; 3PGQ A; 3D4R A; 4OG1 A; 2ZL3 A; 1O7L A; 2FW2 A; 3G64 A; 5DU4 A; 4DK1 A; 3U9R B; 5DL1 A; 1K32 A; 4GHN A; 3R9T A; 1Y7O A; 3FPP A; 3SDZ A; 3KLR A; 3MFY A; 3TLF A; 2GTR A; 4KWB A; 2F9Y B; 2WTB A; 3T89 A; 3BEZ A; 2J5G A; 3KTJ A; 2EJG C; 2ZL2 A; 3KTI A; 4G7H C; 4ZDE A; 3EQL C; 3JU1 A; 2F1M A; 4GZY C; 4ZDD A; 3STA A; 4WCZ A; 5G1Q A; 3GD7 A; 3QMJ A; 1DCI A; 3TRR A; 2A6E D; 3V5I A; 4ELS A; 5CTC A; 2AUK A; 3TZ3 A; 2A6H D; 4ELW A; 1PMR A; 3VR3 A; 1YNN C; 3BDO A; 3I47 A; 3TVW A; 4DK0 A; 5KDR B; 5KJP A; 5FUS A; 2BE5 C; 1FCF A; 2F9I B; 5BN5 A; 2PPB C; 3K50 A; 4EML A; 3IFT A; 1BDO A; 4ZDB A; 1UYV A; 4OO1 H; 2FZS A; 4FZW C; 5DKP A; 5DUF A; 3FF6 A; 4KPK A; 2W3P A; 4I52 A; 4XTC S; 3CRK C; 2X58 A; 1PIX A; 1HZD A; 1FC7 A; 1GUN A; 3H02 A; 3KTH A; 3SWX A; 3BF0 A; 3PE8 A; 4HR7 B; 2BZR A; 3QJY A; 3W3A A; 3IB9 A; 3RST A; 2LMC B; 2F6I A; 3KTK A; 4H0L C; 3MOY A; 1J7X A; 3BPP A; 5KS8 A; 3IBB A; 5K36 H; 3VIV A; 4DNT B; 2CBY A; 3MT6 A; 1OXT A; 4WYO B; 3FMC A; 3A8K E; 4NNQ A; 3DXJ C; 1DXM A; 2JEA I; 2EJ5 A; 2J5I A; 4RCN A; 4IZD A; 2VSS A; 4G7O C; 3P20 A; 2VSS F; 4KD6 A; 3VA7 A; 4JCR A; 2CE3 A; 2B8F A; 1SMY C; 4NEK A; 3R9S A; 4I42 A; 3WDN A; 1GHJ A; 5E0N X; 3TVU A; 1Q52 A; 1HPC A; 2R6G A; 4JOT A; 1GUG A; 3PV0 A; 1GUS A; 1H9K A; 1EF9 A; 2PBP A; 2F6Q A; 4JCQ A; 1H9J A; 3QIA A; 3Q7H A; 4EMM A; 3LNN A; 1EWH A; 2ZT9 C; 1E2V A; 3OT6 A; 3WG5 A; 1Q12 A; 2A68 C; 3R0O A; 2NN6 H; 2J5I I; 1PJH A; 2JEB I; 3OME A; 4LK1 C; 3PUX A; 3GQB A; 1ON3 A; 4QII A; 4ZDF A; 2DNE A; 3I72 A; 4G7Z C; 1N6F A; 3U9S A; 1Y8P B; 2PPY A; 1CTM A; 3H0Q A; 2L5T A; 3MXU A; 1XNV A; 2UZF A; 5JEA G; 4ASI A; 4IFD G; 4RYF A; 4Z0M A; 4ZU2 A; 2A69 D; 2NP9 A; 1NZY A; 1UIY A; 3QRE A; 3HLN 1; 1Y69 U; 1OD2 A; 4K2N A; 4YLH A; 1GUO A; 3ISA A; 3DJA A; 2D62 A; 3M85 A; 4KKT A; 4QIJ A; 3VR5 A; 3SE0 A; 3U9S B; 5IKL B; 1FR3 A; 1OD4 A; 1SZO A; 1T5E A; 1O78 A; 4L6W A; 1CI3 M; 3T56 B; 5MGB A; 2AWO A; 3PUV A; 4H44 C; 2AUJ D; 4XIG S; 1H9R A; 2K33 A; 2EJF C; 3MYB A; 1ZYR C; 4JYL A; 1HTP A; 1O8U A; 3M6N A; 5INF A; 3M7N A; 1TKW B; 3P2L A; 4QFE A; 3TZU A; 4HC8 A; 4JWV A; 5C90 A; 3Q0J A; 3ZWB A; 1G29 1; 3GF3 A; 4IFD H; 1K39 A; 1HQM C; 5DUC A; 1XNY A; 4PV1 C; 1IW7 C; 5FIF A; 3T8B A; 3ZWA A; 2BA1 A; 4K3W A; 2K32 A; 2VX2 A; 1IYU A; 2O5I C; 3L7Z C; 4KHZ A; 1VCI A; 3P5M A; 4FNB A; 4BA1 I; 1OXU A; 4I4Z A; 1LAC A; 1XO6 A; 3RRV A; 3P85 A; 4F47 A; 5E0S A; 2BE5 D; 4FZW A; 2Q34 A; 2BDO A; 1YG8 A; 4OLQ A; 5DU8 A; 2EVB A; 1I6V C; 4U0G A; 3HP0 A; 3TV5 A; 4MOU A; 1QJO A; 4DI1 A; 3HIN A; 3IAV A; 1Q51 A; 1X0U A; 3ND8 A; 4KMU C; 3PUW A; 4RYF H; 4L8J A; 1WZ8 A; 3ZW8 A; 1H9M A; 1E2W A; 3H0S A; 1A6X A; 2C8T A; 4LK5 A; 4TQU S; 2E75 C; 5C0X G; 3T51 B; 1Q1E A; 2E74 C; 2E76 C; 4U0H A; 5KNC A; 4I7Z C; 3M6M A; 1VF5 C; 1E2Z A; 1XNW A; 3TT7 A; 1SG4 A; 1V43 A; 2QQ3 A; 3OPO A; 4H13 C; 3D31 A; 1Q1B A; 4IZB A; 2IEX A; 4U18 A; 2JXM B; 1VF7 A; 4U19 A; 4B3J A; 4JFC A; 5DZK A; 4KN7 C; 4KI0 A; 1WDK A; 3ND9 A; 3V5E A; 2J5I B; 5JBW A; 2D2C C; 1YG6 A; 1RJN A; 3FDU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MV9 A; 4A3L H; 4LH6 A; 3T8A A; 3VYU A; 5LYJ F; 1FC9 A; 1AEX A; 4YHH Q; 2ZQR A; 1IBK L; 1I94 Q; 4IUN A; 5CV6 A; 5LMU L; 2RQX A; 4X65 L; 2NU9 B; 2DEO A; 4DV7 Q; 4X62 Q; 4UAI A; 4R8N A; 2DZD A; 2K4K A; 1CKM A; 4MIU A; 3G8C A; 3NJD A; 3U4V A; 3H3V I; 3WWJ A; 3HKZ G; 1D8L A; 3PUZ A; 4LF8 Q; 4LF4 L; 2QK4 A; 4O2A F; 1W2X A; 5FLX L; 2QF7 A; 1RJM A; 2B2T C; 2OWO A; 2F9Y A; 1W6J A; 1ENA A; 3HT5 A; 4J15 A; 5DU6 A; 2K5D A; 2R7Z H; 2CW0 C; 3UE1 A; 1OXX K; 3TY9 A; 1VQE A; 2Q35 A; 3U9T B; 3C2P A; 5FO9 B; 4OO1 I; 1M0T A; 5D1P A; 3NJB A; 1Z47 A; 4IZC A; 3A7L A; 3ORQ A; 4U1A A; 4DR1 Q; 4FND A; 1V9P A; 3PFF A; 2BA0 A; 2IPK D; 2WB1 B; 2PG8 A; 3LQS A; 3RMH A; 1A2T A; 4U0G H; 2JQO A; 3C1E A; 4A3G H; 2UXC L; 4NXN L; 1BF4 A; 2CFM A; 4QSH A; 3WWH A; 2W6M A; 3QQM A; 2VUM G; 3H0G B; 2NU6 B; 1A9X A; 5JBX A; 2ZL0 A; 4KNP A; 1DJR D; 2Z9H A; 1EYA A; 5C3E H; 2EY6 A; 2UUA L; 2A6H C; 4K8J A; 1O80 A; 3H02 A; 4G57 A; 4XYL B; 1FJG Q; 4OX9 L; 4JI8 Q; 2GQS A; 2HIX A; 2SOB A; 5E25 A; 3HOV B; 5DTP A; 1IKL A; 1CE8 A; 2YV5 A; 3K3P A; 1HR0 W; 2L1B A; 4B3H A; 1B9N A; 3T53 B; 1QB5 D; 1MJE A; 4LFC L; 1M1K C; 1B2T A; 1DV2 A; 2FP4 B; 5JEA H; 1KDA A; 1TWF B; 2UXB L; 4YJ3 F; 5C3W A; 5AFW A; 2F4V Q; 2NB0 A; 1HZA A; 5C44 B; 3LKE A; 4FJW D; 1J8I A; 2B3G A; 1BXR A; 5G1S A; 5FLX E; 4AYB B; 1KJ8 A; 3GLM A; 5A2Q L; 3R6H A; 4EQP A; 1I7N A; 3I90 A; 5C4X B; 2WAC A; 1C48 A; 3RN5 A; 1UE1 A; 1JR0 D; 1SNO A; 2YS6 A; 3EJI A; 4MXI A; 4HSP A; 3K8A A; 2VQF L; 1G2T A; 3E6Z X; 3RZO B; 1QNK A; 4O84 A; 3A8I E; 3I55 A; 4JI6 L; 1DIK A; 5INI A; 1JJC B; 3H81 A; 4P71 A; 4RA8 A; 5M5X H; 3T1Y L; 1UNS A; 2N49 A; 1RD9 D; 5KNB A; 4ID6 A; 1KHI A; 2VQD A; 4IUV A; 4WJW A; 2X24 A; 1Z2O X; 1JLL B; 5KND A; 3J81 L; 5C1P A; 2B2V C; 4FB8 A; 4FFR A; 1ZKO A; 3BZD B; 1QIL A; 4C3J B; 2F52 A; 1IBK Q; 2NN6 G; 5LMN W; 1H9S A; 4IAL A; 4X65 Q; 1E24 A; 1GUT A; 1KDC A; 1L0Y B; 4JC0 A; 2H1E A; 5LMU Q; 3T9B A; 4CC5 A; 4EG0 A; 1HNZ L; 3NWT A; 4DAA A; 2UUB Q; 4B3I A; 3IKJ A; 1U9R A; 3AX6 A; 4LF4 Q; 3D6C A; 4TSS A; 3A56 A; 3NEM A; 1UWV A; 3TZD A; 3PO3 B; 3KF8 B; 2ENB A; 1X55 A; 1ENC A; 1JJG A; 3PUY A; 2HDL A; 3GTM H; 3QK8 A; 5EBD A; 1TG6 A; 3CPW A; 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