1CQT | Genus

Total Genus 36

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	36
sequence length	159
structure length	134
Chain Sequence	EPSDLEELEQFAKTFKQRRIKLGFTQGDVGLAMGKLYGNDFSQTTISRFEALNLSFKNMCKLKPLLEKWLNDAERKKRTSIETNIRVALEKSFLENQKPTSEEITMIADQLNMEKEVIRVWFCNRRQKEKRINP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of an OCA-B peptide bound to an Oct-1 POU domain/octamer DNA complex: specific recognition of a protein-DNA interface. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DNA (5'-D(TPGPTPAPTPGPCPAPAPAPTPAPAPGP*G)-3')
molecule tags	Gene regulation/dna
source organism	Homo sapiens
total genus	36
structure length	134
sequence length	159
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	1999-08-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00046	Homeodomain	Homeodomain
A	PF00157	Pou	Pou domain - N-terminal to homeobox domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.60	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Homeodomain-like	1cqtA02
1.10.260.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	434 Repressor (Amino-terminal Domain)	lambda repressor-like DNA-binding domains	1cqtA01

4J19A 3OQMA 2H1KA 5E3LA 2L7MP 1MBJA 4XRSG 1PNRA 1RPEL 2MW8A 1LLIA 2P81A 2KEKA 1QQAA 3C2BA 3LISA 3B7HA 4A3MJ 1OCPA 3TEDA 1W0TA 2LY9A 2HXIA 3H3VK 2OFYA 1DW9A 3Q3SA 2Y31A 2L7FP 3HM5A 5IYDJ 2DA2A 2L7ZA 2IAIA 3TW7A 5F0FA 4A3KJ 1X58A 1UXCA 1B0NA 2FJRA 1GVDA 4D7MA 5DS9A 4D7NA 3JXBC 4W1UA 3GTMJ 3M3YJ 4A3GJ 1RR7A 1WPKA 4A93J 3ZHIA 2JA7J 1RZRA 3O8GA 4A3LJ 3VK0A 3ZHMA 2PIJA 1B72B 1DU0A 4C3JJ 2IVGA 1VF9A 3JRGA 1MH3A 1QVTA 2XGDA 5E3OA 3PM1A 1SANA 1YRNB 3RZOJ 3HOXJ 1ZZCA 1UG2A 1CQTA 2DA1A 3BG3A 5K7ZA 1X2MA 3OP9A 4C3IJ 3OMTA 3U3WA 1MNMC 2JMWA 3S16J 1S7EA 3WHCA 1AKHB 4XICA 1H88C 1SFOJ 3IH4A 1IDZA 2R0QC 1AU7A 2PMZN 3BR1A 3EUSA 2OPTA 2PUAA 1IV6A 4M3EA 2DMTA 2JCGA 2LTPA 2M8GX 4BXXJ 1BDIA 1ZGWA 2LVSA 4S0HB 3DNVB 3O8HA 4LOCA 3HB9A 1ZQ3P 2YUSA 3JRDA 2K40A 5F0CA 1JUPA 5K98B 1PUFA 2DA4A 1XS9A 1X2LA 1L1MA 1LQCA 3K7AJ 3F6WA 3CLCA 1WH7A 1JKPC 2O38A 3W6VA 3BQYA 5J1UA 1ZS4A 2VI6A 2E1OA 1ZUGA 3UKGA 4IVZA 4UUTA 4QTRA 5IP7J 2TRTA 1K83J 3SDGA 2DA5A 2CUEA 1ZR2A 1ADRA 2AWIA 1ETQA 1Z0XA 3RZDJ 1R9TJ 3FYMA 2CU7A 2IBDA 3H5TA 2H8RA 5GPAA 4XIDA 2LYLA 4FTHA 2PUCA 2O4AA 3FK6A 3IV5A 4A3EJ 3CQZJ 5IOZA 1RZSA 1SQ8A 4X4HA 2M34A 4BY1J 1T56A 1JKOC 1POUA 5EEAA 4I6UA 4F8DA 1WI3A 1W0UA 5EYRA 3TW6A 2EQRA 2JN6A 1X57A 4B3AA 4J1WA 5IPAA 4I6TA 4X6AJ 4MFDA 2NVYJ 3HOYJ 2ME6A 1G2HA 1XWRA 1LFUP 1QPIA 1WH5A 2O8KA 4FCYA 1QPZA 4FE4A 2EH3A 2ECCA 3LSRA 1RIOA 3S1MJ 3CDLA 4JP0A 1RPWA 3E7LA 2LCVA 4EEFG 3HOVJ 4D5FA 3HEFA 1GDTA 3MLFA 1FIAA 2XPWA 3GTQJ 2EZLA 3A01A 1LE8A 1WH6A 1LMB3 5F1JA 1B8IA 1JUSA 3ZQCA 3CROL 2BNMA 2DMNA 2FD5A 1A6IA 2AO9A 4W97A 3S1QJ 1F43A 1EFAA 1Y1WJ 4C2MJ 4UUSA 3JRHA 3JRCA 2LKXA 3BR3A 3ZQLA 1IUFA 2VPRA 3IH2A 4A69C 4DW6A 2B63J 2G0EA 3BTLA 3Q0WA 5EZGA 1Q1VA 2N8GA 2CROA 4C3HJ 2JK3A 2R5ZA 3OQOA 1QQBA 1VNDA 3GN5B 2XPUA 5FKMA 2YU9J 2DMQA 4JX5A 3K2AA 5GP9A 3TRBA 4M3GA 4X4IA 2NS7A 1A5JA 4Z5DA 1MSEC 1Y1VJ 4XRSA 4M3DA 2ICPA 1PRVA 2R5YB 3GTJJ 2ID6A 2VKEA 1BW6A 1Z77A 2LD5A 3S15J 1JUMA 1OSLA 4AYBN 1Y7YA 4X4BA 2LR8A 2CQQA 3HKZN 3Q0UA 2CUFA 4YBAA 3JRBA 1ZVVA 3FISA 3S17J 2X48A 2Y0SN 2Y9ZA 1UXDA 1PRUA 3A02A 1Y9QA 4FE7A 4CYCA 1FJLA 3DCFA 2R63A 2GM4A 3GTKJ 2MEZA 4JX6A 2L49A 1POGA 4NDLA 1JTYA 1I3QJ 3GTLJ 1TC3C 1FTTA 2O49A 2DMPA 3BR6A 5K7FA 1MBFA 3HDDA 5JLWA 2BNNA 4FISA 2HSGA 2WUSR 4X4GA 1ETWA 5BNGA 2AHQA 3SCGA 5C4JJ 4FBIA 2AUWA 5EGOA 2NVQJ 1ZPQA 3F0CA 2CSFA 3I4NJ 2ELKA 3FK7A 2PUDA 1IG7A 2HOTA 4A3CJ 5EG0B 3IH3A 2AXZA 3B6AA 3HGGA 1WGXA 5J1YA 1H8AC 3JRIA 2R7ZJ 2XSDC 1HCRA 3VPRA 1ZZ8A 2CJJA 4YG7B 2Y2ZA 3GTPJ 2ID3A 4GFBA 1GV2A 2FQ4A 5FJ8J 2ICTA 2RAEA 2XI8A 1MBHA 4PU4C 2DJNA 1JJ8C 3HOWJ 3OSFA 1F36A 4BY7J 2TCTA 2XRLA 4IHVA 2A6CA 2M0CA 1HF0A 2XPVA 5C4XJ 5C44J 1U9NA 1JH9A 3SJMA 2Y9YA 1T33A 4BBSJ 2AXVA 4PU7A 5C3EJ 1IJWC 2MQKA 4Z5CA 1JFSA 2IV1A 4I8TA 3LOCA 1FTZA 3BDNA 2IVBA 3G5GA 1CJGA 1ITYA 1IDYA 4BKXA 1RETA 3CMYA 3O9XA 3Q0VA 1VI0A 1U8BA 3QF3A 2KEJA 3OQNA 3JXDL 2PUGA 2OR1L 5IP9J 2XGEA 2AW6A 1OCTC 4AUXA 2PUBA 5M5YJ 4IA8A 1JT6A 4A3IJ 3ZQIA 3RQIA 3GBFA 4PU8A 1B72A 3HBLA 2IU7A 3PO2J 1QVUA 3BTCA 4IEJA 1HDPA 3S1RJ 2R93J 2JA5J 1R69A 2I10A 4GQMA 2NOGA 2NS8A 4X4EA 1YRNA 2WV1A 1QP0A 1U78A 3D1NI 1JKRC 1ZTRA 3HGYA 2GRMA 1WH8A 4JQDA 1ETOA 2PUFA 1APLC 2NVXJ 4MLOA 5FLVA 1I50J 2XCJA 1UMQA 1XC5A 2X9DA 4A3DJ 1IC8A 1LCCA 5IP6A 2YS9A 4X1EA 1GV5A 2XJ3A 5M3MJ 1JKQC 4B1RA 2EWTA 2EBYA 3BTIA 2DA3A 5IOYA 3CECA 1VPWA 1ORKA 4M3FA 1JFTA 1QRYA 3G1MA 3ZQFA 3SCFA 1UHSA 2O9LA 5E3MA 4JX4A 3CCYA 4QIWN 4HNVA 2E19A 1QP7A 5FKOA 3UFDA 4X4DA 1ZZ7A 3H0GJ 1MBGA 4B4CA 1LCDA 1RKTA 2AXUA 4M3BA 1ZZ6A 2PUEA 1GT0C 1ENHA 1MSFC 3FMYA 3TP0A 1NTCA 2JVLA 2HQ5A 2M2EA 1WETA 3OSGA 5HODA 4IHYA 1MBEA 4I6ZA 4G12A 3NAUA 3PO3J 3S2HJ 2HI3A 4RBOA 2M9HA 3G1OA 3G7DA 3QQ6A 3G1LA 1UTXA 4MIMA 3BS3A 4MO7A 2DN0A 4NDWA 3BG5A 4YG4A 1H89C 1P7JA 4Y7NJ 1OJLA 3S14J 4DYQA 4Y52J 3BR0A 2GZUA 1PUFB 2XB0X 5GPCA 1E3OC 2NVTJ 1K61A 4A3BJ 1GUUA 4Z59A 2HOSA 2DA6A 1JJ6C 1DU6A 4X4FA 4Z58A 2IEKA 3TP3A 3QYXA 1BL0A 2LLKA 1BDHA 1X2NA 1ZK8A 1FIPA 2IUOA 5K7HA 1IGNA 1ETXA 1TWFJ 2LP0A 3BTJA 2E2IJ 1QP4A 3OIOA 5FKNA 4FN3A 3MKLA 4D5CA 2HDDA 3BT9A 4DZJA 2KDZA 1ETYA 4IWRA 1MH4A 3RKQA 3BG9A 2LYSA 3BR2A 2R1JL 3GTOJ 1RZRD 4GHJA 2GBYA 3LFPA 1TWHJ 2MSYA 1ZR4A 2WB1N 2HOAA 2DTZA 3HZIB 4MCXA 1OFCX 5EDNA 1MBKA 3IVPA 3GN5A 2WAQN 1JWLA 2KT0A 9ANTA 2LYQA 4ABZA 2W48A 3F51A 2JA8J 3LSJA 4OB4A 3LSPA 2LK2A 2EZIA 3JREA 3ZOBA 3A03A 5DTDA 2R5YA 1ETVA 1RESA 2X6OA 4XK4A 2EBIA 1IRZA 5EZHA 1WIZA 1JT0A 3A01B 1LE8B 1I6HJ 3LNQA 3S1NJ 1B8IB 1YSEA 2FJ1A 5E3NA 4YG1A 2R92J 2HXOA 2PE5A 3MVPA 3JRFA 4QSHA 4DYCA 1R63A 3QQAA 4UUSB 2KEIA 4DZPA 5FKLA 3HOUJ 1PERL 3JXCL 5F0HA 1NK3P 2D5VA 2R5ZB 3SCHA 3BR5A 5M5XJ 2E2HJ 2B5AA 3FIWA 2LYPA 4YARA 3QWGA 1HDDC 1PRAA 4RDUA 4J1XA 5M5WJ 2KZ8A 2GLOA 3MN2A 2LFBA 1P7IA 2BNOA 1ZZ9A 2WIUB 2VUMJ 2XB5A 1WCMJ 4PU3C 5A7LA 4X4CA 2OF7A 5FLMJ 3NARA 2QCOA 4JCXA 2ZB9A 3GBGA 2MG4A 3FKIJ 1BJZA 4V2GA 1ZAYA 4L5EA 3ZQHA 1O4XA 5EG0A 1BA5A 4Z5HA 4CYCB 2EF8A 2CRGA 4MFEA 2K9QA 2LYRA 2JA6J 1ETKA 2O7OA 3S2DJ 1D5YA 2L0KA 2XGCA 3JR9A 1VFCA 3FYAA 3KZ3A 2ECBA 1EF4A 2CQXA 3WHBA 4JCYA 4IHWA 5EF6A 3L1PA 1AKHA 3BQZA 3S8QA 3SFIA 2EZKA 4JYKA 5IYBJ 1NERA 3KJXA 2L8NA 5FKKA 2L9RA 2DMUA 3GTGJ 2LYKA 2LYJA 3ZKCA 4AC0A 2COBA 2K9SA 4XRMA 1TWGJ 5EGOB 3B6CA 1JGGA 3QPSA 1HLVA 2IVQA 2BJCA 3F52A 1RKWA 5J3LA 4MCTA 4O8BA 5F04A 3R1FA 1ZZBA 4M6VA 2VKVA 5M3FJ 1TWAJ 3M4OJ 4I6RA 1ZKGA 2E2JJ 1XG1A 3DEWA 3OOUA 5JLXA 4DYRA 3LSGA 5F08A 2K9NA 2XIUA 2PPXA 4A3FJ 2FX0A 3I4MJ 2HINA 4BBRJ 4V2FA 3HOZJ 1TWCJ 3JRAA 3RZZA 2EZHA 2JWTA 3KXAA 3PXPA 1U9OA 2QF7A 4IHXA 2MGQA 1HOMA 3ZQGA 1AHDP 2Y30A 1FEXA 3BD1A 4A3JJ 5F27A 5IYCJ 2JJ7A 4I76A 1LFBA 2KPJA 4Y42A 2DA7A 3QPLA 5J1RA 2GRLA 1BW5A 1NEQA 1DWKA 1NK2P 2ME0A 2HYJA 1JTXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4J19A 1F4KA 2M4KA 3OQMA 5GTIC 2XAFA 1GHCA 1PNRA 2UV1A 1GXQA 2KKOA 2ZXHA 4UHTA 4YIIA 3LQXA 3GZ5A 1LLIA 2XHKA 2KEKA 2RNGA 5HNHA 4BEHB 3K6GA 4WK8F 2A5WA 3B7HA 3WGHA 1VQMI 4BJ5C 2ZXIA 2LY9A 3I55I 2WAFA 4RGXA 3ZPLA 4WVLA 1HSJA 1O7FA 2OFYA 1DW9A 5IYDJ 2L7FP 1N78A 2L7ZA 1PVEA 2XGXA 1V3FA 3IC7A 1X58A 1UXCA 1B0NA 2JSPA 1GVDA 4A6DA 3CMEI 2JQEA 4BQOA 3GMEA 2JA7J 3VK0A 4A3LJ 2PIJA 1OR7A 3IRQA 2DYSH 4KITB 2IVGA 4L9JA 2R7VA 2KRHA 1YI2I 1SANA 2VE8A 5DRYA 3FXJA 2V1NA 3SEZA 3CZ6A 3LL7A 3K2ZA 4HBLA 2V3CC 1I1SA 4U7DA 4M6YA 2XXAA 4RGUA 1SFOJ 2R0QC 3T5XA 4BACA 1W7PA 1P9QC 1OPCA 2QYOA 3IWZA 2DMTA 2KLOA 2M8GX 3MKWB 4BXXJ 1BR1A 5FFZA 3ECOA 3EYIA 2Q2EA 2LH9A 3HC7A 4EJWA 3RQ4A 4KIBA 1ZQ3P 1Y39A 2YUSA 1SD7A 3DXJF 2OAZA 3J80K 1L1MA 1RNLA 3CLCA 3GFIA 1XGMA 1JKPC 2O38A 5E79C 3OWTA 2BHZA 5AONA 1D1CA 4IVZA 2VE9A 4KDPA 2X6YA 1ADRA 4I2OA 3FMSA 2CU7A 2M30A 3WU2C 3L2VA 3B02A 5E17F 5CLSA 2PUCA 1BR4A 4IZZA 4F52A 3IV5A 3QP5A 4BY1J 1TBXA 1T56A 2KHMA 3E97A 4RGRA 1POUA 1FBSA 2IRFG 2F5VA 2KIUA 1W0UA 2QZ8A 1X57A 5CVIA 2HFZA 4OAYA 1LUJB 3NEUA 4P5OA 2L5QA 1GLNA 5CPRB 4B3AA 4KFCA 3NROA 2ZJRF 1YIOA 2BGCA 1ULYA 4MFDA 4G7HF 3LA7A 1X1CA 1LFUP 1XB4A 1I27A 1QPIA 4I98B 1USTA 3CC2I 3TDZC 3BG6A 3V8LA 3CDLA 5BQTA 2LCVA 2E7WA 3V7CA 4IRIA 4NBQA 3K1PA 1LE8A 1K6YA 5F1JA 1PUEE 2FNAA 5HLIA 3CJRB 2BNMA 1A6IA 2AO9A 4W97A 3S1QJ 1F43A 3HOSA 1I6XA 2BOLA 4UUSA 1KA8A 1W5SA 1IUFA 2VPRA 2E5ZA 1FYLA 3BTLA 4E70A 2N8GA 5B1BH 4C3HJ 2JK3A 3OQOA 5F1RA 4HAMA 4O5VA 4CH7A 2XPUA 2YU9J 4FT8A 4JX5A 4IVNA 1YIJI 4Z5DA 2BY0A 1Y1VJ 4M3DA 2E60A 2HS5A 1SC7A 1R1VA 1P4AA 1U5TB 1Z91A 1RR8C 1PRUA 3OYAA 3EUHC 5E8IA 4YFNF 1BM9A 2M0MA 4RM2A 3DTKA 3BDDA 5KNLA 4CYCA 2GM4A 2EFNA 2NXNB 1R6RA 2L49A 4N9IA 1TQMA 1FTTA 2O49A 3DKWA 2BNNA 3C3WA 2HSGA 5JLWA 5F64A 4BH9A 1ETWA 2ZMEC 2WTEA 2FE3A 2AUWA 2NVQJ 2R7TA 1RIOH 1ZPQA 4IL6C 3CP8A 2ELKA 1ZHFA 4AIKA 2CSFA 4LMYA 4B44A 1IG7A 2EFPA 2HOTA 2PUDA 4MTEA 1WKMA 2XXPA 3IH3A 2A6EF 3QRFF 3FXRA 2JVHA 2JA2A 5IY5H 2LY1A 5J1YA 1H8AC 4M9ZA 2FMYA 1TZLA 3DV8A 1ZZ8A 2CJJA 4YG7B 2D45A 2HQRA 2Y2ZA 4PDKA 4IRHA 3T8TA 4GFBA 4XLPF 2V79A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J19 A;  3OQM A;  2H1K A;  5E3L A;  2L7M P;  1MBJ A;  4XRS G;  1PNR A;  1RPE L;  2MW8 A;  1LLI A;  2P81 A;  2KEK A;  1QQA A;  3C2B A;  3LIS A;  3B7H A;  4A3M J;  1OCP A;  3TED A;  1W0T A;  2LY9 A;  2HXI A;  3H3V K;  2OFY A;  1DW9 A;  3Q3S A;  2Y31 A;  2L7F P;  3HM5 A;  5IYD J;  2DA2 A;  2L7Z A;  2IAI A;  3TW7 A;  5F0F A;  4A3K J;  1X58 A;  1UXC A;  1B0N A;  2FJR A;  1GVD A;  4D7M A;  5DS9 A;  4D7N A;  3JXB C;  4W1U A;  3GTM J;  3M3Y J;  4A3G J;  1RR7 A;  1WPK A;  4A93 J;  3ZHI A;  2JA7 J;  1RZR A;  3O8G A;  4A3L J;  3VK0 A;  3ZHM A;  2PIJ A;  1B72 B;  1DU0 A;  4C3J J;  2IVG A;  1VF9 A;  3JRG A;  1MH3 A;  1QVT A;  2XGD A;  5E3O A;  3PM1 A;  1SAN A;  1YRN B;  3RZO J;  3HOX J;  1ZZC A;  1UG2 A;  1CQT A;  2DA1 A;  3BG3 A;  5K7Z A;  1X2M A;  3OP9 A;  4C3I J;  3OMT A;  3U3W A;  1MNM C;  2JMW A;  3S16 J;  1S7E A;  3WHC A;  1AKH B;  4XIC A;  1H88 C;  1SFO J;  3IH4 A;  1IDZ A;  2R0Q C;  1AU7 A;  2PMZ N;  3BR1 A;  3EUS A;  2OPT A;  2PUA A;  1IV6 A;  4M3E A;  2DMT A;  2JCG A;  2LTP A;  2M8G X;  4BXX J; 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 4J19 A;  1F4K A;  2M4K A;  3OQM A;  5GTI C;  2XAF A;  1GHC A;  1PNR A;  2UV1 A;  1GXQ A;  2KKO A;  2ZXH A;  4UHT A;  4YII A;  3LQX A;  3GZ5 A;  1LLI A;  2XHK A;  2KEK A;  2RNG A;  5HNH A;  4BEH B;  3K6G A;  4WK8 F;  2A5W A;  3B7H A;  3WGH A;  1VQM I;  4BJ5 C;  2ZXI A;  2LY9 A;  3I55 I;  2WAF A;  4RGX A;  3ZPL A;  4WVL A;  1HSJ A;  1O7F A;  2OFY A;  1DW9 A;  5IYD J;  2L7F P;  1N78 A;  2L7Z A;  1PVE A;  2XGX A;  1V3F A;  3IC7 A;  1X58 A;  1UXC A;  1B0N A;  2JSP A;  1GVD A;  4A6D A;  3CME I;  2JQE A;  4BQO A;  3GME A;  2JA7 J;  3VK0 A;  4A3L J;  2PIJ A;  1OR7 A;  3IRQ A;  2DYS H;  4KIT B;  2IVG A;  4L9J A;  2R7V A;  2KRH A;  1YI2 I;  1SAN A;  2VE8 A;  5DRY A;  3FXJ A;  2V1N A;  3SEZ A;  3CZ6 A;  3LL7 A;  3K2Z A;  4HBL A;  2V3C C;  1I1S A;  4U7D A;  4M6Y A;  2XXA A;  4RGU A;  1SFO J;  2R0Q C;  3T5X A;  4BAC A;  1W7P A;  1P9Q C;  1OPC A;  2QYO A;  3IWZ A;  2DMT A;  2KLO A;  2M8G X;  3MKW B;  4BXX J;  1BR1 A;  5FFZ A;  3ECO A;  3EYI A;  2Q2E A;  2LH9 A;  3HC7 A;  4EJW A;  3RQ4 A;  4KIB A;  1ZQ3 P; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1CQTA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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