2D0BA

Crystal structure of bst-rnase hiii in complex with mg2+
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
SNYVIQADQQLLDALRAHYEGALSDRLPAGALFAVKRPDVVITAYRSGKVLFQGKAAEQEAAKWISGASASNETADHQPSALAAHQLGSLSAIGSDEVGTGDYFGPIVVAAAYVDRPHIAKIAALGVKDSKQLNDEAIKRIAPAIMETVPHAVTVLDNPQYNRWQRSGMPQTKMKALLHNRTLVKLVDAIAPAEPEAIIIDEFLKRDSYFRYLSDEDRIIRERVHCLPKAESVHVSVAAASIIARYVFLEEMEQLSRAVGLLLPKGAGAIVDEAAARIIRARGEEMLETCAKLHFANTKKALAIAKRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ribonuclease HIII
publication title Crystal structure and structure-based mutational analyses of RNase HIII from Bacillus stearothermophilus: a new type 2 RNase H with TBP-like substrate-binding domain at the N terminus
pubmed doi rcsb
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 100
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
A PF11858 DUF3378 Domain of unknown function (DUF3378)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 2d0bA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d0bA02
3OYMA 3AO5A 3MEEA 3NF6A 4AHSA 1WSGA 4DS5A 3QNOA 3NF9A 1NVPA 2IGIA 4B0AA 2XY8A 4I2QA 4F2RA 4HVJA 1WSEA 2RKIA 3NBPA 4N56A 4W5RA 3D45A 2Z1GA 4UQGA 4HUFA 4DTPA 2VG6A 1WSJA 3KLFA 1Q8IA 1NJYA 1ZBFA 4J2EA 3NFAA 4M3YA 2KTQA 1VTLE 3HP6A 1Q9YA 1T8EA 1TK8A 3VQ9A 3LP2A 2D0BA 4E7IA 4CJSA 1T05A 5J1EA 4M3WA 2O4IA 4M45A 3HT3A 1SV5A 2QXFA 3ULDA 4KRFA 1KLNA 4BDPA 3K5OA 1J54A 2WONA 1TGOA 3C94A 2PZSA 2GUIA 3HJFA 1SL1A 4DLGA 4I2PA 2AJQA 4DSEA 3V4IA 4CCHA 5CYQA 3C95A 4RW9A 4KTWA 3HVTA 5SWMA 1WAFA 1S6PA 3LZJA 2G8FA 2F8TA 4DWIA 2O4GA 1KVBA 1A5XA 3CFPA 4E89A 2HHUA 1JLGA 2RF2A 4IG0A 1ITGA 3WNEA 1RT2A 3M8PA 1C0UA 4CFAA 1D8YA 3ZSYA 4H4MA 2G8HA 4FJ9A 4H8KA 4CFBA 4CHYA 4RW4A 3ZT2A 3NF8A 3KD5E 4CF8A 1DTQA 1RDCA 3MAQA 3QEIA 4ID1A 3O3FA 2XY7A 1UA0A 1RT7A 4F3OA 3ZT1A 1NJWA 3KTQA 1S1WA 3V9SA 1JFIC 2HNZA 2XO7A 3ASMA 1JL1A 3L3UA 3OYJA 1TKDA 3HM9A 2Z1IA 4C8OA 4NCGA 1LW0A 4CJPA 4CHOA 3I0SA 2DTUA 1TAUA 4YFUA 4FLZA 2FBVA 3K5MA 1W80A 3EZ5A 4FJLA 2HW3A 4R5PA 3RTVA 4W5TA 3OJSA 3AVMA 2QKKA 1KTQA 1YTAA 4DMNA 3DLBA 3CFOA 4DSLA 4J2AA 4QCLA 3NE6A 1QNCA 2E4LA 4B8AB 3SUQA 3RR8A 1TKXA 4E3SA 2B4JA 4PY5A 1EXQA 2RPIA 4OKKA 4EP4A 2GBZA 4CGFA 4FM1A 1D9DA 2YKNA 1LAWA 5T7BA 2ATQA 1Y97A 1CXQA 4CHZA 4DQIA 4DTJA 3VQDA 1BGXT 3PX0A 1MP9A 1DTTA 1LWCA 2MJ7A 2YNGA 3OYNA 2X6NA 3U6FA 2LSNA 2QKBA 1YVUA 3OC3C 2YV0X 4FJNA 3SI6A 2HHTA 3RWUA 2VJ0A 1S1UA 3CFRA 1QN7A 3G0ZA 1C9BB 4CEZA 3SQ0A 2YKMA 5KRSA 3ITHA 4B9TA 1X9WA 4M3ZA 1TL3A 1CDWA 4O0JA 5FDLA 4CIFA 4IBNA 3AO3A 3OYIA 1EX4A 4J2DA 5C24A 3QEPA 3HK2A 3TR8A 1SUQA 3T3FA 3LANA 4DS4A 1TBAB 4LSLA 4E1MA 3M8QA 1B9KA 3M8RA 4N76A 1VSEA 4OPKA 1D3UA 4LH4A 2R7YA 1SL2A 4FJJA 4CGGA 4AHTA 4CEEA 1VOLB 2F96A 2FBTA 3MXIA 3PY8A 3AVJA 3F73A 2KW4A 4FCYA 1UA1A 4CFCA 1BISA 3HVRA 3K59A 1U4BA 2HHSA 5KGWA 1IKVA 2DFFA 1R0AA 4DG1A 3RMAA 3P83D 4JS5A 1TKTA 3T1AA 1HYSA 2IC3A 4CJLA 3L2UA 2PYLA 4FJ5A 1RT4A 4CF2A 5K14A 3HXMA 4K8XA 4ZHRA 3QLHA 4N47A 4BDZA 3TAQA 4OLBA 1BCMA 1O1WA 1Z25A 1PCZA 4Z4HA 5C25A 4JLHA 4O0IA 5DK5A 3LZIA 3L8BA 4Z0UA 4E7HA 4KB0A 3KK3A 1YT3A 4RODB 1QE1A 4DLEA 2BE2A 1IH7A 3QIOA 2PY5A 3AV9A 2HVHA 1L3UA 3CM6A 4CJRA 1KY6A 2YNHA 3LALA 4B9LA 2VWKA 2E6LA 3VQ7A 3NH0A 3NH2A 5DMRA 3DLEA 3IG1A 5KTQA 3KLGA 3DLHA 1VSIA 3P5JA 1RDBA 1VSDA 4Z4GA 2ZQBA 1EKEA 4F4KA 1R4XA 1U49A 1HNVA 1C0MA 4FJHA 3RRHA 1RCHA 1JXBA 3ZSOA 3SZ2A 1XHXA 4AHRA 4DU4A 3BDPA 3KLIA 2NUBA 2Q3SA 4DFPA 4CEBA 1ZBIA 1VTOA 3LAKA 3RRGA 3U3GA 4FJ7A 3AA5X 3TAEA 1NJXA 4HCCA 3ZT4A 1KLMA 4N5SA 5HRSA 4IG3A 4B3OA 4DQSA 4FJXA 3NDKA 4AH9A 2KFZA 4AHCA 1RTDA 4MQ3A 4C8LA 3TABA 4NYNA 4FM2A 3B6PA 4GVMA 3VQEA 3HS9A 3SNNA 2X78A 5KRTA 3WNFA 4FVMA 4Q5VA 4BE0A 1CZ9A 1LAVA 4C8MA 4JS4A 3NGYA 1A5VA 4RW6A 3CQ8A 4IFYA 4FLTA 3QIPA 3V6DA 1XC9A 1KYFA 4EZ9A 2E6MA 1QSYA 4JRQA 4CGJA 3LPUA 1U04A 1G15A 4AHVA 3QERA 3NGZA 3L2RA 1HQUA 1LW2A 4KHSA 4H4OA 1B92A 3ZSRA 4CK1A 2W42A 4M42A 4FJKA 3IRXA 1JXEA 3VQ6A 1UAXA 4ICLA 4J2BA 2IV8A 1RT6A 3WNGA 3THVA 1EP4A 3DRSA 3QO9A 4CIGA 4IKFA 3HO1A 2YHAA 2P5OA 4CHQA 2JGUA 4BACA 1U45A 4AHUA 5FRNA 4E7KA 1VSLA 4DU3A 4M3RA 2HVIA 1REVA 4CF9A 1TV6A 3O4QA 3VQ4A 3VQPA 4CJWA 3MXJA 3I0RA 3V1OA 1QTSA 3TAFA 3PV8A 4ROEB 2IOCA 1RBRA 4DTNA 1NKCA 2PYJA 4EZ6A 1QN5A 4ELTA 3HPOA 3IS9A 5J2QA 1CLQA 1RBVA 4LH5A 1XHZA 1TVRA 2DFEA 4CF0A 4FJMA 4B9NA 3AVGA 4CIEA 2FC0A 3QEWA 3HL8A 3V9ZA 4M3TA 1IO2A 1NKBA 1WSHA 3KK2A 1VSHA 1KFSA 1NK6A 2YNIA 2VG5A 3OYDA 5J2MA 2OA8A 4DSIA 3AVBA 3NF7A 4IDKA 1QHTA 4DQRA 2BGGA 3AA3A 1ASWA 5HRRA 4KKOA 4OGCA 5JS2A 1JLQA 4CJ4A 1KCFA 2Z8UA 3OYFA 3EYZA 5J2PA 1HRHA 1FXXA 3S9HA 1J5OA 2F8SA 2P51A 3OYBA 1F21A 3SUNA 3PO4A 4DFKA 2X74A 2GV9A 2XHBA 5SZTA 3DRRA 2VG7A 2FBYA 4QAGA 4C8NA 4CF1A 1NKEA 2B6AA 3O4NA 4B9UA 2G8IA 4O4GA 3G10A 5HRPA 4IFVA 3L3VA 4RW7A 1VSKA 3LPTA 4KHNA 3S3NA 1HMVA 1W0HA 1IG9A 3OYHA 5J2NA 4DQQA 1S1XA 3ZSWA 1NK7A 2I5JA 1TBPA 4DTOA 4FW2A 1KSPA 2HHQA 1VSJA 1EETA 4CJ3A 2IS3A 3C6UA 4CJVA 1ZBLA 1VRUA 1VK0A 4CGDA 1QN8A 3TI0A 1Q9XA 4KREA 3DLGA 4W5QA 4B8CA 2OYQA 3A2FA 4CJKA 3AO1A 3TWHA 3AVHA 1ZBHA 4B08A 4KO0A 4DTMA 1KVAA 3V9UA 2HHVA 5HBMA 1RNHA 4ZTJA 3AVCA 4DU1A 1S6QA 3KLEA 3OYAA 2XY5A 1RBTA 4BWJA 2D0CA 3QINA 4G1QA 4E0DA 4CEFA 3L2QA 4OKJA 1GOBA 3AVIA 1HQEA 1WSIA 4OPJA 4QOZB 4DF8A 1E42A 2Y1IA 3SUPA 4NCBA 1KYUA 4OVLA 4FK0A 1VOKA 3EIKA 1C1BA 2ETJA 1NK8A 1LV5A 1C0TA 3KIOA 2ZD1A 4RG8A 4CHNA 3SQ2A 4N41A 4RW8A 2G8VA 1JKHA 2G8UA 3AVKA 3KD1E 3NHGA 1UOCA 4BE1A 4ZTFA 3DYAA 1T03A 3PO5A 4I7FA 4E7JA 4DTSA 5FRMA 3KK1A 3SYZA 3AA2A 4FLVA 1QSLA 2KQ2A 4KFBA 3L2WA 3OYEA 1KRPA 1L5UA 2KFNA 3PX4A 1B9FA 1IKXA 3NH1A 3LDSA 2HHWA 1GOAA 4FW1A 1S1TA 1IKYA 4M41A 3DRPA 1JLEA 1NOZA 3DI6A 1RILA 4HHTA 5CZ2A 4CJQA 3OS0A 4KHWA 4C8KA 1RT3A 1FKPA 3S3MA 3K57A 2HNYA 5HRNA 3FFIA 4CJFA 4B9VA 4PUOA 4Z4FA 1S9GA 3LP0A 4LD0A 1PZDA 1JLBA 3L2VA 3SQ4A 4E19A 1RT1A 3AA4A 4EP5A 3NGIA 3RMBA 2EX3A 4Z4EA 4CFDA 1AISA 1BIZA 3ISNC 4FLUA 1S9EA 1GOCA 3HYFA 4DQPA 1SKWA 2KZZA 5CZ1A 3EY1A 3V1QA 3HP9A 1NH2A 2XRIA 3DLRA 3DOKA 3ZSZA 4LY7A 4AILC 3S3OA 3MECA 4K8ZA 1HYZA 1N6QA 4HUEA 1BHLA 1S1VA 3ZSXA 1BI4A 3U3YA 3K58A 5HP1A 1NK4A 4DF4A 4CJTA 4DSKA 4Q0BA 1RT5A 3F9KA 3TAGA 4I9QA 3I8DA 3V9WA 4FZZA 2ITGA 3VQCA 3NCIA 2IDOA 5CY4A 2OPRA 3C6TA 3QNNA 1KY7A 3RR7A 4DSJA 2BANA 4FZYA 2HB5A 4ELVA 1JL2A 4DFMA 2EHGA 4M3XA 3CYMA 1ASVA 4CEOA 4CEQA 4FYDA 4O44A 4KTZA 1W9HA 3SQ1A 4TSXA 4BWMA 1SKRA 4JRPA 4B9SA 4B9MA 1ZBUA 3OY9A 1B9DA 1RTHA 4Z4CA 4BDYA 4CJ5A 3TARA 2G8KA 1C1CA 1L3TA 2DFHA 1CZBA 1RM1A 3MXMA 4FK4A 4FXDA 3SJJA 5I3UA 3V9XA 1X9MA 4Y1DA 3T19A 1JLAA 1HJRA 2Z1JA 3ZCMA 4CGIA 5C42A 3OJUA 4ROCB 1U48A 3OS1A 1TK0A 3V81A 3P1GA 5IYCP 3M8SA 1FKOA 1LWFA 3AVLA 3SUOA 3JSMA 3RMDA 4KHQA 3VQ5A 4KHUA 4E7LA 3NAEA 2HMIA 1TK5A 5IYDP 2KZMA 4YNQA 3AVNA 4CEAA 1FK9A 1QN6A 2A1SA 1J53A 2YNFA 3K2PA 3LP1A 1QNEA 3IAYA 3AVFA 1NGMA 3BGRA 3WNHA 4CESA 1QTPA 3O3GA 1X9SA 4ELUA 5E41A 2RN2A 1QNAA 3CG7A 4CK2A 4KAZA 4CJEA 2P5GA 1JLCA 1WAJA 3KKSA 4CJUA 1ZYQA 4OKEA 2BDPA 3OCIA 1BI4B 1TAQA 1XI1A 1D9FA 2DY4A 2YHBA 1QN3A 1IKWA 1BL3A 3TAPA 4HTUA 1YTFA 4PA1A 1TL1A 4ID5A 3KLHA 3JYTA 1TGHA 3HPGA 4OJRA 1QS4A 3ZSQA 4L8RB 4GW6A 2XY6A 4HCBA 3ALYA 3O3HA 5FROA 2B5JA 4CECA 1HNIA 3OYGA 3K5NA 1N5YA 2JLEA 2G30A 2P1JA 3V1RA 4CHPA 3SV3A 4Z4IA 5IYBP 4PQUA 4I9LA 2VWJA 1U47A 4KI4A 3VQAA 3LAMA 5CYMA 1VRTA 1LWEA 2Y1JA 1KFDA 4O55A 2QK9A 1KVCA 1RBSA 2WOMA 1KYDA 1DLOA 2A1RA 1NK0A 1WNSA 3OS2A 2HNDA 1I3AA 3HSTB 4Y1CA 4KI6A 1K6YA 3KKRA 2OZSA 4FJIA 1BCOA 1Z26A 3VN5A 4FK2A 1VSFA 1A5WA 3MEDA 4FM0A 4FJGA 4KHYA 3QETA 4F3TA 3H08A 1BQMA 4MFBA 4W5OA 3SV4A 3VA3A 1L3SA 3MEGA 3SCXA 5I42A 1NOYA 3TANA 2Z1HA 4E1NA 3CM5A 1HYVA 1T7PA 4GMJB 3HPHA 1WN7A 4CE9A 3UIQA 3AO4A 3SPYA 1QN9A 4KV8A 4FLYA 5KGXA 2G8WA 3K5LA 1S5JA 4FJ8A 1RTIA 3AO2A 4BE2A 3DOLA 3VA0A 4OGEA 2D0AA 5HLFA 1QNBA 3B6OA 3HS8A 3VQQA 1NJZA 1MU2A 1XWLA 3QEXA 4DTXA 5EU7A 3LP3A 2OPQA 2HHXA 1YTBA 1YTUA 3AVAA 2X6SA 4DSFA 3TAMA 3SPZA 1NK5A 3VQBA 3RMCA 4F8RA 4KPYA 4NYFA 3OYKA 3D0PA 3QESA 1J9AA 1D5AA 1BQNA 2OPPA 1C6VA 1C1AA 1JLFA 1HPZA 2IV9A 1UWBA 2OPSA 3OVNA 3KJVA 4DTRA 1X1PA 4KTQA 5JS1A 1ASUA 4DTUA 3LWMA 4FZXC 4O5BA 3E01A 5KI6A 4FLXA 4F2SA 1QQCA 2FBXA 3DM2A 3ZT0A 5HROA 4M3UA 2IAJA 3PUFA 4HUGA 1RDDA 3PX6A 1I39A 1RDAA 3DMJA 3ZT3A 1RTJA 4CGHA 1SKSA 4CK3A 1WLJA 4FLWA 4XIUA 3OYLA 4WZSD 3H1ZA 1TKZA 1L3VA 4WE1A 4NCAA 3LWLA 4DFJA 1QSSA 4W5NA 4CERA 2D5RA 5D3GA 3DLKA 3QEVA 3ZSVA 1CXUA 1WSFA 1BIUA 3OYCA 2OZMA 4KB1A 1VSMA 4PWDA 4CEDA 1QN4A 3VQ8A 1NK9A 1RBUA 4OLAA 1QTMA 2ZE2A 1SL0A 4LSNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BA0A 4C23A 3SBGA 4DS5A 3THWA 1NVPA 1WJWA 3PLAA 4I2QA 2RKIA 2AA4A 4N56A 3D45A 4CJ7A 3CJ1A 2V8QA 1WSJA 2I7PA 1Q8IA 4J2EA 4M3YA 2P9IA 2JHJA 3HP6A 1QQMA 3KVGA 1T05A 2O4IA 1FJGK 4M45A 3R8EA 4KRFA 3M6GA 4BDPA 3C04A 3K5OA 3HBTA 2PZSA 3C94A 4M63C 1SL1A 4DLGA 5CYQA 2EHBD 1EQYA 1S6PA 3LZJA 2G8FA 1N36K 4DWIA 4IG0A 1RT2A 2NOZA 1C0UA 2PAVA 4JV5K 1VQKN 4A2AA 4H8KA 2GTDA 4RW4A 3TTCA 3ZT2A 3LDLA 3NF8A 1RGIA 4CF8A 5JMVA 3D2FB 4ID1A 1UA0A 3K9JA 1NGHA 1XNQK 4H5VA 2E1YA 2HNZA 2Y8LA 3HM9A 2Z1IA 4GKKK 4BRDA 3I0SA 1NNEA 5C2DA 1IJJA 4YFUA 1TAUA 5AQYA 4BVPA 4FJLA 1W80A 5FPNA 3A0IX 4GY2B 3FZKA 4WFBL 2WUSA 3AVMA 1YTAA 4DMNA 3DLBA 4QCLA 2DKAA 4FWKA 1TKXA 2B4JA 1N32K 2RPIA 3FZHA 4OKKA 3T7ZA 5T7BA 3UKUA 2ATQA 1CXQA 3O1BA 3PSIA 3MXMA 3OYNA 2MJ7A 3ULEB 2IVPA 5AQHA 3SI6A 2HHTA 4IZ9A 4IEIA 4B9TA 1C9BB 4M3ZA 3EKUA 3ENCA 3HK2A 1SUQA 3T3FA 3D7QA 2BH1A 3M8RA 4OPKA 3K9KA 1D3UA 4LH4A 2R7YA 1SL2A 4FJJA 4CEEA 2F96A 1JJ2M 1YQKA 2FBTA 3MXIA 3THXB 3F73A 2KW4A 3K59A 3RMAA 4DV5K 3NVMA 5BPNA 4CJLA 1OVYA 3SAFA 4FJ5A 4CF2A 4N47A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BA0 A;  4C23 A;  3SBG A;  4DS5 A;  3THW A;  1NVP A;  1WJW A;  3PLA A;  4I2Q A;  2RKI A;  2AA4 A;  4N56 A;  3D45 A;  4CJ7 A;  3CJ1 A;  2V8Q A;  1WSJ A;  2I7P A;  1Q8I A;  4J2E A;  4M3Y A;  2P9I A;  2JHJ A;  3HP6 A;  1QQM A;  3KVG A;  1T05 A;  2O4I A;  1FJG K;  4M45 A;  3R8E A;  4KRF A;  3M6G A;  4BDP A;  3C04 A;  3K5O A;  3HBT A;  2PZS A;  3C94 A;  4M63 C;  1SL1 A;  4DLG A;  5CYQ A;  2EHB D;  1EQY A;  1S6P A;  3LZJ A;  2G8F A;  1N36 K;  4DWI A;  4IG0 A;  1RT2 A;  2NOZ A;  1C0U A;  2PAV A;  4JV5 K;  1VQK N;  4A2A A;  4H8K A;  2GTD A;  4RW4 A;  3TTC A;  3ZT2 A;  3LDL A;  3NF8 A;  1RGI A;  4CF8 A;  5JMV A;  3D2F B;  4ID1 A;  1UA0 A;  3K9J A;  1NGH A;  1XNQ K;  4H5V A;  2E1Y A;  2HNZ A;  2Y8L A;  3HM9 A;  2Z1I A;  4GKK K;  4BRD A;  3I0S A;  1NNE A;  5C2D A;  1IJJ A;  4YFU A;  1TAU A;  5AQY A;  4BVP A;  4FJL A;  1W80 A;  5FPN A;  3A0I X;  4GY2 B;  3FZK A;  4WFB L;  2WUS A;  3AVM A;  1YTA A;  4DMN A;  3DLB A;  4QCL A;  2DKA A;  4FWK A;  1TKX A;  2B4J A;  1N32 K;  2RPI A;  3FZH A;  4OKK A;  3T7Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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