3ASMA

Crystal structure of q54a mutant protein of bst-rnase hiii
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
SNYVIQADQQLLDALRAHYEGALSDRLPAGALFAVKRPDVVITAYRSGKVLFAGKAAEQEAAKWISGASASNETADHQPSALAAHQLGSLSAIGSDEVGTGDYFGPIVVAAAYVDRPHIAKIAALGVKDSKQLNDEAIKRIAPAIMETVPHAVTVLDNPQYNRWQRSGMPQTKMKALLHNRTLVKLVDAIAPAEPEAIIIDEFLKRDSYFRYLSDEDRIIRERVHCLPKAESVHVSVAAASIIARYVFLEEMEQLSRAVGLLLPKGAGAIVDEAAARIIRARGEEMLETCAKLHFANTKKALAIAKRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
publication title Identification of the substrate binding site in the N-terminal TBP-like domain of RNase H3.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HIII
total genus 100
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
A PF11858 DUF3378 Domain of unknown function (DUF3378)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 3asmA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3asmA02
1TAUA 1WLJA 1TL1A 2RPIA 2R7YA 2YNIA 2D0CA 1VTOA 1TK5A 4G1QA 1DTQA 1QNBA 1TV6A 3KKSA 4JLHA 3L8BA 4C8LA 3DYAA 1QTSA 5DK5A 4CHZA 4CEZA 4DWIA 1BQNA 4W5RA 3ASMA 4CEQA 1QNEA 4CJSA 3O3GA 3SPYA 3TAPA 2OPQA 4E1MA 2GUIA 1JXBA 5C24A 3SJJA 1TVRA 3ZSQA 4WE1A 1N5YA 3B6OA 1QQCA 1VSLA 4N76A 1BHLA 4IKFA 4M3UA 3DLGA 2KQ2A 1QNAA 1JLCA 2B4JA 5T7BA 4FK4A 4DFMA 1NOZA 4FW2A 5IYBP 3V9WA 1HNVA 1JXEA 2IS3A 4OGCA 4YFUA 5KGWA 2OPSA 1RTDA 2WONA 1FXXA 3BGRA 4M42A 4Z4GA 1W9HA 4IFYA 4AHUA 3TR8A 1U04A 1TGOA 2VWJA 1QTPA 2XRIA 2FBVA 4CERA 3OYGA 3EYZA 4E3SA 2VWKA 3QERA 1T7PA 4ROEB 4OJRA 3QEIA 1ZYQA 3LAKA 3C95A 4CFBA 5IYDP 3DRSA 3CM6A 4FZYA 4FJXA 1KVCA 1BI4A 2RF2A 3UIQA 4OLAA 4GVMA 1VSIA 4JS4A 4FJLA 4KHUA 3G10A 3CG7A 4I2PA 1XHXA 5IYCP 1HYZA 2YNHA 1A5VA 4JRQA 4FJGA 4I9LA 3MEDA 3V1RA 3DLKA 3ZSZA 5SWMA 1BQMA 3V9XA 1TAQA 3OYMA 4B9MA 1N6QA 3LP3A 3NE6A 3D0PA 2P5OA 4LH5A 1XC9A 3QESA 4B9TA 3LPTA 1ZBFA 1DTTA 5EU7A 3SQ1A 2BDPA 4FLWA 2HVHA 3OCIA 4CF8A 4L8RB 3NF9A 4KHWA 2IC3A 4CGJA 1QN6A 1A5WA 1IO2A 4DSEA 4CJUA 2KW4A 3JSMA 3O4NA 1GOCA 3C94A 3SZ2A 4CF2A 4FJ7A 4M45A 3WNEA 1S6PA 4DTUA 4B08A 3MXMA 4KI4A 3RRGA 3S3MA 4DQPA 1S1TA 5FRMA 3KLIA 1LAWA 1RCHA 1LWEA 3HK2A 1TKXA 4F3OA 4FK2A 3ALYA 3NGYA 4LSLA 2HHSA 2HHUA 5J2PA 1PZDA 4LSNA 4CJKA 4FW1A 3TAMA 2DY4A 3AVAA 3AA2A 3L2WA 4DF8A 3QEWA 4FJ5A 2X74A 2OZSA 2BGGA 2KZMA 1BL3A 3K2PA 2X78A 4CJRA 4OLBA 4F3TA 4PWDA 3OYHA 1KVBA 4BE2A 3VQ4A 4CECA 1X9WA 3VQEA 2BANA 5K14A 4B8AB 3VQPA 1I3AA 4O55A 4E7LA 3VQAA 1VTLE 3HM9A 3IRXA 4E0DA 1SUQA 4MFBA 4CJLA 3V9UA 4F4KA 3IG1A 4FJHA 2OZMA 4QOZB 3ZT0A 1G15A 3MXJA 3CFOA 1EKEA 4UQGA 4OPJA 4E7HA 4DQQA 3U3YA 4W5OA 1WSHA 3AA4A 4FLYA 1S1WA 2D0AA 1HPZA 3P1GA 5D3GA 1L3UA 1HMVA 1RT3A 2Z1IA 3KD1E 2E6MA 3LZIA 5DMRA 1WSGA 3OYKA 1NK6A 5HRSA 1QSSA 1VSEA 4FJJA 5KTQA 4FJNA 4CE9A 3THVA 1SKRA 3P5JA 2G8IA 1SKWA 2OA8A 1CZBA 4BWMA 3C6UA 4DFKA 2FC0A 3M8QA 4EZ9A 1KLMA 1X1PA 4RW4A 2IV8A 4CEOA 2GBZA 5KGXA 1TBAB 1FKPA 3VQ6A 1U45A 1QN3A 4OPKA 2IDOA 3F73A 1RT6A 4DLEA 3HO1A 3CFPA 4NCGA 4CHYA 3B6PA 4CGDA 4FK0A 4M3XA 3KKRA 4B9LA 2MJ7A 1HNIA 4E1NA 1SL2A 1LAVA 3LZJA 1YTUA 3SNNA 4J2AA 1NKBA 3LP1A 2ITGA 4HVJA 4Y1DA 1NOYA 3DOKA 2HHVA 1EETA 3RMAA 1KFSA 2IV9A 3V6DA 1YTBA 4AHCA 1RNHA 3TABA 4CJEA 3P83D 3SUNA 4CJ4A 4DLGA 1RM1A 4E19A 3QNNA 1MP9A 3NBPA 1J5OA 2HB5A 1KYUA 1BCOA 3LALA 1RBVA 3DMJA 1C0MA 1HQEA 3OS2A 4CHNA 2F96A 4RODB 3HXMA 2Z1JA 3EZ5A 3SV3A 4DTRA 1IKVA 1GOBA 3LAMA 2XY6A 4Q5VA 3MEGA 1WAFA 2AJQA 1NK0A 1NJWA 4CGGA 3FFIA 1BCMA 1QN5A 2E4LA 2E6LA 2RN2A 1RDCA 4AHTA 3TAFA 3LDSA 3AA5X 3RTVA 4Y1CA 1B9DA 5KRSA 2HHQA 2Q3SA 4Z4IA 4FLZA 1IKYA 4CK2A 2XY7A 4CJPA 3SUPA 1BGXT 3L3UA 3I8DA 2HMIA 3O3HA 2EX3A 3OYEA 4C8KA 1KTQA 1YTAA 3NH0A 2HW3A 3HT3A 3ZCMA 4I2QA 3U6FA 1U47A 4FZZA 4CF1A 4W5TA 1ASVA 5HBMA 1Q9XA 5J2QA 5I42A 1NK9A 1LWCA 1LW2A 1LV5A 1W80A 3TARA 1KY7A 3OYCA 1TKDA 4MQ3A 4H4OA 2QXFA 1J53A 2KFZA 3AO4A 1EXQA 4M41A 1TL3A 1KYFA 1RT2A 2VG6A 1IKXA 4IFVA 1E42A 4PUOA 2F8TA 1BI4B 2XY5A 3ZT2A 1KVAA 4CJ5A 4Z4CA 3SPZA 3AVKA 1UA1A 1VSDA 3NH1A 4M3RA 4M3WA 5SZTA 1VRUA 3HJFA 3LWMA 3ZSOA 4KHQA 3OC3C 1R4XA 3A2FA 3MAQA 1TBPA 4HHTA 4BACA 3TI0A 1CDWA 3AVLA 4CJVA 4DF4A 1C1AA 1RBTA 4DS5A 4EP5A 4Z4HA 4CEBA 1RBRA 4RW8A 3KLHA 3NAEA 3RWUA 4HCCA 4CGFA 1K6YA 1KFDA 1TKTA 4DTJA 1NJZA 1SKSA 1UAXA 3SYZA 3QIOA 1RILA 4O5BA 3AVHA 5CYQA 4AH9A 4CEEA 3PV8A 2HNZA 3K5NA 3MXIA 4B9SA 2HVIA 1T03A 2Z8UA 1DLOA 3M8SA 1HYVA 4DS4A 3EIKA 4CEDA 1QN7A 4DFPA 2YHAA 3K5LA 4IDKA 1RT7A 1U48A 3KD5E 3NF6A 4NYFA 5C42A 2DTUA 2A1SA 3ZSRA 1S6QA 3AVGA 4CGHA 3DLRA 4CFAA 3AVCA 4KKOA 3QEPA 2YKNA 2OPRA 3RMDA 1WSFA 4FLUA 1RTHA 3OY9A 1TK0A 1D8YA 4OVLA 1T05A 3K59A 1U49A 4N47A 4DU3A 1HYSA 4W5NA 1VOLB 4K8XA 1PCZA 3QETA 4HCBA 4ELVA 3WNFA 3ZT1A 3KIOA 2G8VA 2YNFA 4ICLA 5CZ1A 4F2RA 3SQ0A 1VSHA 4FLTA 1TGHA 1J54A 4C8MA 4FJMA 5JS2A 4DFJA 1EP4A 4DTNA 3KJVA 3TANA 3QEXA 1BIZA 1MU2A 4AHRA 1C1CA 1UWBA 3CQ8A 3AVNA 3H08A 5FROA 4RW9A 1KRPA 3HVRA 4FJ9A 2QK9A 4FXDA 3K58A 3PO4A 1QN8A 4O0JA 1NK4A 4R5PA 2O4IA 4ROCB 4FM2A 4DQRA 3H1ZA 2HNDA 2B6AA 2B5JA 2P5GA 4EZ6A 1UOCA 4CFDA 4AHVA 4KHYA 1FKOA 1NGMA 5CZ2A 3NDKA 1WNSA 5I3UA 4CCHA 4KB0A 3T3FA 4W5QA 1QN9A 1B9KA 2XY8A 4B9VA 2DFFA 4FJ8A 3SV4A 4KTZA 4FYDA 1RT5A 4BDPA 1LW0A 4OKEA 3HL8A 1C9BB 4E7JA 4DSLA 2I5JA 3HS8A 4DSFA 4DU4A 1KSPA 4J2BA 1JLGA 1RDAA 4Z0UA 4CIGA 3SQ2A 3VA3A 3RR7A 4O4GA 4DG1A 3VQ9A 3K57A 4BE1A 4B3OA 4CJTA 3HPHA 3OYFA 3LP0A 3VQQA 3SI6A 1B92A 3L3VA 2VJ0A 1HRHA 3HPOA 2WOMA 4FLXA 3IS9A 3V4IA 5J2NA 2ZE2A 1JFIC 4LD0A 2Z1GA 2G8UA 4KTQA 2Y1IA 4KAZA 3T1AA 4KI6A 2FBXA 1CXUA 3VQ8A 5J1EA 4CIFA 3VQCA 1U4BA 2PY5A 3ZSXA 3KLFA 1Z25A 3NF8A 4BWJA 4K8ZA 5HROA 1QTMA 1X9SA 3D45A 4FM0A 4NCAA 4CHOA 1BIUA 3JYTA 1VSFA 3OVNA 4N56A 2G8HA 1CZ9A 1NH2A 1QS4A 1S1UA 1FK9A 3L2RA 1X9MA 1RDDA 4XIUA 3VQ5A 1JL2A 1KCFA 5J2MA 4OKKA 4KFBA 3CFRA 3HS9A 3DRRA 4JS5A 3OYJA 4ID5A 4NYNA 4PA1A 2JGUA 4CFCA 3U3GA 1RT4A 1BISA 3OYLA 1TK8A 4RG8A 1VOKA 4H4MA 4E7KA 3M8PA 4DQIA 3PX4A 1L3TA 3DLHA 4FJIA 4KRFA 2W42A 4TSXA 1YT3A 4I7FA 3VQDA 4OGEA 3O4QA 4EP4A 3OYBA 4PQUA 3AO5A 1JLFA 4DMNA 3AVBA 3NFAA 2GV9A 4HUFA 2Y1JA 1XI1A 1SL0A 4E89A 2LSNA 2YNGA 1C6VA 3E01A 3AV9A 4DSIA 3I0SA 1C0UA 3L2VA 3PX6A 2PYJA 4CF9A 3CM5A 4KHSA 1HJRA 1WSEA 1Z26A 2ZQBA 2HHTA 1SV5A 1CLQA 4E7IA 1AISA 1VSJA 1IG9A 2G8KA 3QNOA 4CEFA 1B9FA 4ELTA 3DLBA 4FLVA 5JS1A 4N41A 1YTFA 2RKIA 3ZSYA 1O1WA 3WNGA 1JL1A 2D0BA 1W0HA 4CJ3A 3RMCA 4DTPA 5CY4A 3O3FA 2BE2A 1UA0A 1Y97A 1Q9YA 2KTQA 4C8OA 2KZZA 4N5SA 3ZT3A 3TAEA 3KTQA 3I0RA 1QSLA 3ZT4A 3DOLA 4FCYA 1NK8A 5FRNA 1NVPA 3VQBA 1QE1A 3V9SA 5KRTA 3M8RA 4KTWA 4Z4FA 3V1QA 3RR8A 2ETJA 1I39A 4AHSA 2A1RA 3RRHA 2HHWA 1ASWA 4B0AA 3QEVA 1NJXA 3PO5A 3EY1A 3S9HA 1S1XA 1QNCA 4CIEA 2O4GA 3ITHA 3WNHA 3K5MA 2DFHA 3CYMA 5HRRA 2JLEA 5C25A 1WAJA 3OJSA 3KLGA 1A5XA 2G8WA 2FBYA 3HYFA 4KV8A 4YNQA 4QAGA 3K5OA 4J2DA 3NH2A 2IAJA 5HLFA 3VN5A 4Z4EA 4Q0BA 1NKCA 5HRPA 3RMBA 5HP1A 3OS0A 3DM2A 4B8CA 4CJQA 4ID1A 3V9ZA 1L5UA 1RTJA 4BE0A 2PZSA 4DSKA 1S1VA 1ZBHA 3DRPA 1NJYA 3SCXA 3AO3A 3HVTA 3OYIA 2QKBA 3V1OA 4QCLA 1RBSA 1SL1A 4JRPA 2G8FA 3NGZA 1XHZA 3LPUA 4I9QA 4CJFA 2KFNA 1NKEA 4IG0A 1IKWA 4ZHRA 4C8NA 1CXQA 3LANA 1D9DA 2D5RA 3KK3A 4H8KA 4O44A 4HTUA 2DFEA 4M3ZA 3OYAA 3ZSVA 1S9EA 4CHPA 3TAQA 2F8SA 1ZBIA 3AO1A 1ZBLA 4DTMA 4B9NA 4ZTFA 1XWLA 4CK3A 2FBTA 5E41A 4GW6A 4HUGA 3HP6A 3HPGA 3AA3A 4KREA 3HSTB 1S5JA 3MEEA 1IH7A 2ATQA 3OYDA 4FVMA 1ITGA 3KLEA 3AVFA 4WZSD 1ZBUA 1VSMA 2VG5A 3G0ZA 2XO7A 1C1BA 2YKMA 2HNYA 1L3SA 4KHNA 1QN4A 1F21A 4ELUA 2X6SA 3C6TA 4RW6A 4ZTJA 3SUOA 3AVJA 1VRTA 2ZD1A 1JLEA 1KYDA 1JLAA 1D9FA 3QIPA 2XHBA 3HP9A 4IG3A 1LWFA 3TAGA 3S3NA 4CEAA 4CHQA 1J9AA 5FDLA 1JKHA 4DTXA 1HQUA 4F2SA 3NHGA 3S3OA 3MECA 4KPYA 4RW7A 1TKZA 3QO9A 1D3UA 3IAYA 2Z1HA 1JLBA 1REVA 2G30A 3SUQA 2OPPA 3OS1A 1WSJA 3DI6A 5KI6A 4CJWA 3ISNC 1WSIA 4KO0A 4BDZA 2IGIA 3LP2A 3OYNA 4BDYA 3SQ4A 4DU1A 3KK1A 1RDBA 4LH4A 3QINA 4CESA 4FJKA 4FZXC 1KY6A 1NK5A 4J2EA 2HHXA 2NUBA 1ASUA 4M3YA 1L3VA 1EX4A 4GMJB 3NGIA 2EHGA 1JLQA 5CYMA 1VK0A 3KK2A 4M3TA 2IOCA 3DLEA 3PUFA 2PYLA 3L2QA 4DTOA 1T8EA 3BDPA 3AO2A 2YV0X 4CGIA 4AILC 1GOAA 3NF7A 3ZSWA 1D5AA 1Q8IA 3V81A 4NCBA 4KB1A 4DSJA 3AVMA 2X6NA 4FM1A 4DTSA 2QKKA 3PX0A 3LWLA 4PY5A 4CK1A 3TWHA 2VG7A 1WN7A 1VSKA 4IBNA 3T19A 2YHBA 4DQSA 3VQ7A 3PY8A 3VA0A 3L2UA 1QSYA 3AVIA 2P1JA 3ULDA 4OKJA 1YVUA 4LY7A 1NK7A 1QHTA 1RT1A 4O0IA 3OJUA 1KLNA 2OYQA 4F8RA 1R0AA 2P51A 1S9GA 4B9UA 1RTIA 1C0TA 4CF0A 4HUEA 3QLHA 1RBUA 3F9KA 3NCIA 5HRNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CFFA 1TL1A 5C2FA 2R7YA 2YNIA 1TK5A 5F1XA 1JCFA 3HRGA 4CHZA 3ENHA 3ZEUA 4BR7A 3O3GA 1M3QA 5BRHA 3TAPA 4LC9B 2OPQA 2GUIA 3SJJA 1O13A 4QS9A 1BG3A 1JLCA 2B4JA 2E8AA 3SMPA 1NOZA 3V9WA 2IS3A 5AZIB 5KGWA 2OPSA 1RTDA 3BGRA 1W9HA 4IFYA 4AHUA 3G6EN 3A5LC 1QTPA 2XRIA 3C6AA 4CERA 4A59A 3EYZA 3QERA 1N8RO 4ROEB 4OJRA 2I5WA 2GWJA 4ISFA 4M7YA 4FJXA 2RF2A 4JKGA 3A5OC 4I2PA 1HYZA 4IL8A 4L3QA 3DLKA 5SWMA 3LP3A 1Q18A 1HPMA 3D0PA 2P5OA 4B9TA 1NLVA 5FPNA 3O80A 3OCIA 4K43A 2IC3A 4CGJA 3ENCA 4DSEA 5AQJA 3MDQA 3C94A 3SZ2A 4CF2A 4DV4K 5AQNA 4JHDA 5M1QA 5FRMA 1FW6A 3QB0A 4F3OA 4LSLA 2V7ZA 2HHSA 4GNIA 4LSNA 3LM2A 4B1YB 5GIPA 4FJ5A 3QEWA 1BL3A 4OLBA 4F3TA 3AY9A 3OTOK 3VQ4A 3VQEA 2BANA 4B8AB 4H0VB 4E0DA 4XEIA 4F4KA 4KBOA 3TTFA 4UQGA 2YHYA 3EEQA 4J8FA 3P31A 5HOOA 3WUHA 4BVOA 4FLYA 1S1WA 1HPZA 5D3GA 1L3UA 3KD1E 2E6MA 2Q0UA 2P9KB 1V4TA 4H5VA 1WSGA 3OYKA 3CPEA 3DLLL 5AQMA 4CE9A 5C2DA 1CZBA 3K9KA 5TKWA 2GBZA 3VEVA 4DLEA 2NNWA 4CGDA 1VQ5N 4JKFA 2F9WA 1HNIA 1SL2A 3SNNA 1VKLA 2RE2A 2ITGA 4Y1DA 3RMAA 3SUNA 4CJ4A 4E19A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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