3ASMA

Crystal structure of q54a mutant protein of bst-rnase hiii
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
SNYVIQADQQLLDALRAHYEGALSDRLPAGALFAVKRPDVVITAYRSGKVLFAGKAAEQEAAKWISGASASNETADHQPSALAAHQLGSLSAIGSDEVGTGDYFGPIVVAAAYVDRPHIAKIAALGVKDSKQLNDEAIKRIAPAIMETVPHAVTVLDNPQYNRWQRSGMPQTKMKALLHNRTLVKLVDAIAPAEPEAIIIDEFLKRDSYFRYLSDEDRIIRERVHCLPKAESVHVSVAAASIIARYVFLEEMEQLSRAVGLLLPKGAGAIVDEAAARIIRARGEEMLETCAKLHFANTKKALAIAKRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Identification of the substrate binding site in the N-terminal TBP-like domain of RNase H3.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
molecule keywords Ribonuclease HIII
total genus 100
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
A PF11858 DUF3378 Domain of unknown function (DUF3378)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 3asmA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3asmA02
3SV3A 1S1UA 2PYLA 4IG0A 3D45A 3VA3A 3K5LA 1UWBA 3TAFA 3SYZA 4M42A 2HNYA 1RT4A 4CIGA 3F73A 2BE2A 3T3FA 4ELTA 2YNGA 3QERA 4CGJA 1JKHA 2DFHA 1WSIA 4HVJA 4KTWA 3AO5A 1TBPA 3OYEA 4CJ4A 1HYSA 1TK8A 3AO1A 3KLGA 2X74A 1T8EA 4C8OA 3ZT4A 4OLBA 1QN7A 3AV9A 2VG6A 4GMJB 1L3UA 4FJGA 1S1WA 1D8YA 2AJQA 3AVAA 4OPKA 4FZZA 4DTJA 3WNHA 3TAMA 4HHTA 4FLVA 4CCHA 3V9ZA 3OYDA 4IFYA 2PYJA 4AILC 3SQ2A 4AHTA 4JS5A 1HYZA 3AA3A 4OKEA 5I42A 1KRPA 5HBMA 1NKBA 4RW7A 3TAEA 3PY8A 3DMJA 1HMVA 3LPTA 3H08A 4CK2A 3OYNA 4H4MA 2A1SA 5DMRA 4KTZA 1W9HA 2HHVA 4FLZA 3OCIA 1QNCA 3LP1A 4CE9A 2DFFA 4DG1A 4FLXA 2Z8UA 4RODB 1ZBUA 3OYLA 1WSHA 4K8ZA 1HYVA 4F3TA 1B92A 2OPRA 2PY5A 4FYDA 4DFMA 3SUNA 3TI0A 1R0AA 4KHUA 4PWDA 3OYFA 3I0SA 2KFNA 4HUGA 5DK5A 3LP3A 1UA1A 1QE1A 1HQUA 2IGIA 3MXJA 1J9AA 2FBYA 5T7BA 4PA1A 3OJUA 3K59A 1QSSA 1KLNA 3MECA 3QINA 2KW4A 4CEFA 4Y1CA 4CHQA 3T19A 4B08A 3CQ8A 4OVLA 1S1VA 3QEXA 1VRTA 3CM5A 3NF7A 1EXQA 1ASUA 4FJJA 2XY7A 3WNGA 3LZJA 2X6SA 3HT3A 4B8AB 1W0HA 3O3FA 3K58A 1C1CA 4KHQA 4EZ6A 4CF0A 1Y97A 3QO9A 4CERA 3V9WA 2B6AA 1RM1A 1XI1A 2FBXA 2DFEA 3V1OA 3K5MA 4BE1A 1KFDA 1L3VA 3CFOA 5SZTA 3O4QA 1QNEA 1QN9A 1QN4A 4LH4A 4W5NA 4FJMA 1TAQA 3L2UA 4DQRA 4B9UA 5HLFA 3HPGA 4E7JA 3C94A 4W5RA 3HS9A 4KAZA 2G8IA 1VTOA 1JLEA 3B6PA 1NK8A 3ZT3A 3NH0A 1RBTA 4M3YA 4QOZB 4OKJA 3VQ9A 2XY5A 3AVNA 5IYDP 3QETA 3SI6A 3TWHA 4CFBA 2Q3SA 4B9LA 3KIOA 4OKKA 4Z4CA 3G0ZA 1JLAA 3I0RA 2YHAA 1QN5A 1LWFA 4CJRA 2WONA 1KY6A 2FBTA 4FW1A 2Y1JA 3TAQA 4E0DA 5HROA 3TAPA 4CHOA 2YNFA 4F2RA 4KRFA 3RR8A 1TGOA 1X1PA 4QAGA 1RTHA 1N5YA 1SUQA 1L3TA 4FJ5A 3AA4A 4PY5A 1WLJA 3U6FA 1U4BA 5JS2A 4NCAA 1R4XA 1XHXA 3LALA 3VQBA 1S9EA 3O3HA 2HHXA 4FK0A 3PUFA 4C8MA 1X9MA 4DU4A 1WNSA 2XRIA 3QEIA 4EP4A 1MU2A 3C6TA 4XIUA 5CYQA 5C42A 4M41A 2HNDA 4IBNA 2WOMA 4CJUA 3EYZA 4OGEA 1VSFA 1EX4A 1IG9A 5J2PA 3VQ8A 4DTOA 4FK2A 1KTQA 2IV9A 1NK7A 3OY9A 4FLTA 3RMBA 3V1RA 3MAQA 4E3SA 5KGXA 1X9SA 3HP6A 2G8HA 4CJEA 1BIUA 3QEPA 5I3UA 4B0AA 3HP9A 4AHUA 3P83D 4RW9A 1NK6A 1NK0A 2G8FA 3ZSRA 1T7PA 3DYAA 4Z4EA 1IO2A 3NGIA 3HSTB 1NK5A 4O5BA 3FFIA 4I9LA 1VK0A 3K2PA 1JLQA 4CEAA 1MP9A 2W42A 2HHWA 3SQ1A 2VG7A 2IC3A 2RN2A 4N76A 1SL2A 1L3SA 1JL1A 4AHSA 1KYUA 3KLIA 4FJ9A 5K14A 1NJXA 3CG7A 4DQIA 1ASVA 3DI6A 3VN5A 3V6DA 4CIFA 3S9HA 1CLQA 2IS3A 1RT5A 4KPYA 1LAWA 2BANA 3AVLA 1LW0A 3ZSZA 1XWLA 5KI6A 1UAXA 4CEEA 1VOLB 4LSNA 3WNEA 2HVHA 3G10A 3L3VA 3K5NA 3HO1A 3ZSXA 2JLEA 4ZHRA 4FZXC 2KQ2A 4ZTJA 2LSNA 4WE1A 3HPOA 4F2SA 3ZCMA 4RW4A 4O0JA 1NJYA 2EX3A 4FZYA 4AHRA 4JRPA 3LZIA 2VJ0A 2P1JA 3IG1A 4CIEA 1QNBA 3S3OA 3ASMA 2IDOA 3LAKA 4BWJA 4CJTA 4HTUA 4BE0A 1JLBA 1LWEA 3NE6A 4DWIA 4ZTFA 1VTLE 2HW3A 4FJ8A 3AA5X 4E1MA 1BQNA 4FM1A 4E1NA 3AVKA 3AVBA 4KHSA 1QSLA 1DLOA 3B6OA 4E7LA 4FM2A 2XHBA 2FBVA 5C25A 2Z1IA 3OYIA 1SL1A 3HVRA 1TBAB 4BWMA 4DU3A 1BISA 1BCMA 2MJ7A 3OS0A 4DLGA 1VSJA 4E7HA 2KZZA 2ZD1A 5KTQA 3OYHA 2P5OA 1SKWA 1NH2A 2YNHA 3M8PA 1TKZA 1T05A 4BACA 1UA0A 1SKRA 3D0PA 3AVFA 5HRSA 3TAGA 1B9KA 1JLFA 4EP5A 3OVNA 5KRTA 1C1BA 2G8WA 5IYCP 1BHLA 4E7IA 4FLUA 3SPZA 1SKSA 4Z4GA 1C0MA 4O0IA 1DTTA 1I3AA 3K57A 2HNZA 4K8XA 4CGGA 1ZBHA 2IOCA 2XO7A 3THVA 1T03A 1IKXA 4FJKA 4HUFA 4FVMA 1CZBA 1J54A 5HRNA 2HMIA 2QKBA 3RRGA 3KJVA 1VSLA 4B9MA 4MFBA 1JXBA 1TKXA 3UIQA 3SCXA 2JGUA 1RBUA 4F3OA 1TVRA 3HPHA 3P1GA 3O3GA 2B4JA 3VQEA 4HCCA 3NBPA 5HRPA 3ZSVA 3ZSQA 3OYCA 4OGCA 2GBZA 4CFDA 4W5TA 1GOBA 1EETA 3V4IA 3ITHA 4DLEA 2XY6A 4CJWA 4CFCA 3ALYA 3HL8A 1KYFA 3ZSWA 4DSIA 4ICLA 1BL3A 3HXMA 1VSKA 2VWKA 1Q8IA 3AVJA 3AVIA 3IS9A 3S3NA 4Z4HA 3NCIA 1EKEA 2Z1GA 3NF6A 1ZBLA 4HCBA 4M3ZA 3OJSA 5HP1A 1KVBA 1RTIA 4DS5A 3MXIA 1HQEA 1XC9A 3TARA 3VQQA 1U04A 2QK9A 3HK2A 3DRPA 3OYBA 3SUOA 4KI6A 2G8UA 2E6LA 4BDYA 2GV9A 4DU1A 1J5OA 4FXDA 4WZSD 1E42A 1TL3A 1VSDA 4KHWA 4RW6A 3PV8A 2OPQA 4FLWA 1X9WA 5C24A 2YV0X 1HNIA 3AVGA 2IAJA 3ISNC 4CHZA 4DMNA 1KVCA 3CFPA 3SZ2A 1RNHA 1SV5A 3U3YA 4KHYA 4RG8A 1D3UA 3RMDA 1CXUA 3NDKA 5FRNA 4IG3A 1QSYA 4LH5A 1WSJA 1C6VA 2VG5A 3LP0A 1LW2A 3AVCA 4OPJA 1IKYA 1D9FA 3O4NA 4ROEB 2YHBA 4CEQA 3KK2A 4Q0BA 4CGHA 4JLHA 1QTPA 5J2NA 2DTUA 2VWJA 1RDDA 4FJIA 4N47A 3RMAA 1QS4A 1NKCA 4I9QA 1B9FA 3L2QA 3JYTA 2OZSA 2IV8A 3KLFA 1RDBA 3VQ7A 4N56A 4CEOA 3PX6A 1ASWA 3VQDA 3LDSA 1WAJA 4CGFA 4C8KA 2HHUA 2HB5A 4DF8A 4Q5VA 1S6QA 4CF2A 4CEBA 4CF1A 1C9BB 4F4KA 3DM2A 4CJLA 4GW6A 3L2WA 2F96A 4AH9A 2P5GA 3V9SA 4OJRA 5EU7A 4DSLA 1TK5A 1U49A 3RTVA 3OYGA 2D0CA 4NYFA 1VSEA 2FC0A 5CZ2A 3VQ6A 4CF9A 1BI4B 4CJVA 4CEZA 3OS2A 3VA0A 1ZBFA 4PQUA 3NGZA 4LSLA 4DTRA 1D9DA 4AHVA 3AO3A 1A5VA 4CGIA 4ID1A 2P51A 1NOYA 1Q9YA 5KRSA 4N41A 4CJKA 1CDWA 2D5RA 2YNIA 5HRRA 1KFSA 2YKNA 3OS1A 2PZSA 1IH7A 1WSEA 1FKPA 1QHTA 3DLKA 2G8VA 3KTQA 4G1QA 4O4GA 4O44A 4BE2A 1S9GA 4M3RA 3DOKA 1TL1A 5E41A 3KKRA 1J53A 5J2QA 1Z25A 4FJXA 3QESA 1IKVA 3DLEA 3V1QA 3KLHA 4DTSA 1NJWA 3E01A 3HVTA 4CJ5A 1REVA 5IYBP 1BIZA 2DY4A 3RRHA 4DFJA 4FJ7A 1VSHA 4C8LA 3LANA 4J2AA 4LD0A 1RTJA 3I8DA 4CHYA 1SL0A 2HHQA 3AO4A 3M8SA 4I7FA 3DLGA 1S1TA 3VQAA 2G30A 3L8BA 1PZDA 1YT3A 4KO0A 4RW8A 1IKWA 1ZBIA 1QN8A 2Z1JA 4KKOA 4DQQA 3NF8A 1W80A 2A1RA 2R7YA 1QTMA 2EHGA 1RCHA 5JS1A 2KTQA 4FJHA 3QIPA 3KLEA 1U47A 4Y1DA 3DRSA 3BGRA 3SUQA 1BQMA 1LWCA 4YFUA 3QNNA 1KCFA 1S5JA 2ZQBA 4BDZA 4B9SA 4PUOA 4DTNA 3LWLA 3PO4A 1XHZA 1B9DA 4M3WA 1NOZA 4NYNA 3TR8A 2OZMA 2OA8A 4KI4A 3CM6A 4CJ3A 3KK1A 2F8TA 3NFAA 3SPYA 1LV5A 3BDPA 1NKEA 5J1EA 1NVPA 4GVMA 4W5QA 4L8RB 4IDKA 4CHPA 5FRMA 1JL2A 1HRHA 2YKMA 1TV6A 3ZSOA 4CF8A 4CJQA 1TAUA 1TK0A 3LAMA 1RBVA 1GOCA 3CYMA 3VQCA 4JS4A 4DTUA 3NHGA 3MEEA 4B3OA 1RT2A 4BDPA 1HNVA 3PX0A 4J2BA 4I2PA 4B8CA 3C95A 3VQ4A 1RT7A 4CJFA 4CJPA 4DSFA 1RBSA 1TKTA 4HUEA 1YVUA 1C0UA 5FDLA 3SUPA 3KD1E 4E89A 2XY8A 4ROCB 3SNNA 3SV4A 1JLGA 3QIOA 1VSIA 1KLMA 5CYMA 4B9NA 4QCLA 4FJNA 1S1XA 1FXXA 1NK4A 4KV8A 1A5WA 4E7KA 5D3GA 4IFVA 2KFZA 3M8QA 1G15A 1VSMA 2RKIA 4EZ9A 2O4IA 4H8KA 4DFPA 4R5PA 3H1ZA 3V9XA 1YTBA 3HM9A 4B9VA 4DTMA 3KK3A 4FLYA 2NUBA 1WSGA 3MEDA 3KKSA 3LPUA 4CEDA 3SQ0A 4KHNA 1VOKA 1CZ9A 1QN6A 2D0BA 1S6PA 3T1AA 4YNQA 1N6QA 3V9UA 1BCOA 1C0TA 1A5XA 3TABA 4FJLA 4DQPA 3EY1A 4LY7A 4ELVA 1CXQA 1GOAA 1RBRA 1TGHA 3ZT1A 3NH1A 3VQPA 4M3UA 1YTUA 3L2VA 2GUIA 2Z1HA 4IKFA 2X78A 3C6UA 3S3MA 4O55A 4AHCA 2ITGA 3IRXA 2ZE2A 3SJJA 4KTQA 4FM0A 3L2RA 4CK1A 2B5JA 3K5OA 4I2QA 2D0AA 4CESA 1KSPA 3DLHA 4KREA 4UQGA 1DTQA 3ZT0A 2RPIA 1WAFA 1F21A 1EP4A 1FKOA 1WN7A 3AO2A 3QLHA 3OYJA 1HPZA 3EZ5A 4DS4A 3QNOA 1KYDA 1K6YA 4DTPA 2OYQA 2BGGA 4FCYA 3NAEA 3MXMA 5CZ1A 3M8RA 3HJFA 4B9TA 4FK4A 4C8NA 3NGYA 4CECA 2X6NA 2OPSA 4DFKA 3RR7A 1FK9A 3IAYA 3AA2A 1JFIC 1RDAA 4JRQA 1NGMA 3LWMA 4F8RA 3NF9A 4CFAA 1QN3A 5FROA 4CK3A 3JSMA 3RMCA 4OLAA 1RILA 3DOLA 3A2FA 2ATQA 1U48A 2I5JA 1AISA 3P5JA 1NJZA 1ZYQA 1RDCA 4E19A 2HHTA 4M45A 3CFRA 3ULDA 1Q9XA 2RF2A 4MQ3A 2F8SA 3MEGA 1PCZA 3LP2A 4DSEA 1VRUA 3ZSYA 5SWMA 1RT6A 1QQCA 4DTXA 1RT1A 2OPPA 4FW2A 1QTSA 3SQ4A 1O1WA 1TKDA 1BGXT 3OYKA 4TSXA 3L3UA 3WNFA 2Y1IA 1KY7A 1HJRA 2E4LA 3DLRA 3OYAA 2G8KA 4CGDA 3QEWA 4Z4IA 2HHSA 5KGWA 1UOCA 2O4GA 3NH2A 3HYFA 4N5SA 4DF4A 3V81A 4KB0A 3ZT2A 1JXEA 4M3TA 5J2MA 4NCBA 1BI4A 3QEVA 4Z4FA 1C1AA 1YTFA 4CHNA 2ETJA 3HS8A 1RT3A 1KVAA 4NCGA 4J2DA 1D5AA 1Z26A 1WSFA 4W5OA 3U3GA 1JLCA 3F9KA 3KD5E 1LAVA 3OYMA 3DRRA 2BDPA 5CY4A 4KFBA 3RWUA 4J2EA 2KZMA 3TANA 3PO5A 3OC3C 3AVMA 1U45A 1NK9A 3EIKA 4DSKA 1RTDA 2E6MA 1I39A 4CJSA 4DSJA 1YTAA 1ITGA 2QXFA 4Z0UA 3PX4A 1L5UA 3DLBA 3VQ5A 2QKKA 4ELUA 4DQSA 4ID5A 4KB1A 1QNAA 4M3XA 2HVIA 4H4OA 3AVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A57A 2PYLA 3D45A 3VA3A 4BRQA 5AQFA 2HNYA 2I7PA 4ELTA 1VQ4N 3EAYA 1WSIA 1XMQK 5C15A 3OYEA 3P38A 1NBWA 1TK8A 3O9UA 1L3UA 2VG6A 3OHRA 2AJQA 3D7QA 2HBMA 4FJGA 4BG8A 4OPKA 4DTJA 4IOCL 4CCHA 1E3MA 1LOTB 2P9IB 4IFYA 4YOWA 3OYDA 2P9SA 1HYZA 4OKEA 1T44A 1KRPA 4GV3A 1NKBA 4RW7A 3LPTA 4H4MA 4YORA 2A1SA 4EJZA 3UW2A 1VHXA 4NLBA 4FLZA 3OCIA 1QNCA 4DG1A 4RODB 3H3NO 1ZBUA 1HYVA 4PL7A 5AQUA 1ATSA 4BRHA 3SUNA 2O8DB 1J3MA 1RGIA 4HUGA 4WCEL 1QE1A 3MXJA 5T7BA 4DR7K 1D4XA 2NLXA 3T19A 3CWUA 2ZGYA 1E4FT 4BVOA 3WNGA 2PAVA 3LZJA 2X6SA 1ESVA 1C1CA 4KHQA 3TTCA 3V9WA 2B6AA 2DFEA 4H0OA 4BE1A 5HSHA 5SZTA 1QN4A 4KAZA 2E8AA 3AGRA 3C94A 3T7ZA 2G8IA 1C47A 4JKBA 1JJ2M 2FUVA 4JNEA 1YXQA 3NH0A 2UYTA 2XY5A 3ZLJA 3QETA 3W0LA 3SI6A 2Q3SA 2E88A 4CD3A 3CJCA 3I0RA 4I6MA 1QN5A 1LWFA 3TAQA 2FBTA 2W40A 3M3ZA 3RR8A 1JCEA 1N5YA 1SUQA 1L3TA 1N3AA 4PY5A 3U6FA 4A61A 2QWPA 2HBLA 1R4XA 3F5TA 5B8HA 1QQNA 4DV7K 2ASMA 4H5TA 3QEIA 4EP4A 1MU2A 4XIUA 1P90A 2HNDA 3EYZA 3C7NB 1IG9A 1QQMA 4FK2A 5AZIA 4FLTA 2A6AA 5AN4A 5KGXA 3HP6A 5EXWA 3CCQN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4FCY A;  3NAE A;  3MXM A;  5CZ1 A;  3M8R A;  3HJF A;  4B9T A;  4FK4 A;  4C8N A;  3NGY A;  4CEC A;  2X6N A;  2OPS A;  4DFK A;  3RR7 A;  1FK9 A;  3IAY A;  3AA2 A;  1JFI C;  1RDA A;  4JRQ A;  1NGM A;  3LWM A;  4F8R A;  3NF9 A;  4CFA A;  1QN3 A;  5FRO A;  4CK3 A;  3JSM A;  3RMC A;  4OLA A;  1RIL A;  3DOL A;  3A2F A;  2ATQ A;  1U48 A;  2I5J A;  1AIS A;  3P5J A;  1NJZ A;  1ZYQ A;  1RDC A;  4E19 A;  2HHT A;  4M45 A;  3CFR A;  3ULD A;  1Q9X A;  2RF2 A;  4MQ3 A;  2F8S A;  3MEG A;  1PCZ A;  3LP2 A;  4DSE A;  1VRU A;  3ZSY A;  5SWM A;  1RT6 A;  1QQC A;  4DTX A;  1RT1 A;  2OPP A;  4FW2 A;  1QTS A;  3SQ4 A;  1O1W A;  1TKD A;  1BGX T;  3OYK A;  4TSX A;  3L3U A;  3WNF A;  2Y1I A;  1KY7 A;  1HJR A;  2E4L A;  3DLR A;  3OYA A;  2G8K A;  4CGD A;  3QEW A;  4Z4I A;  2HHS A;  5KGW A;  1UOC A;  2O4G A;  3NH2 A;  3HYF A;  4N5S A;  4DF4 A;  3V81 A;  4KB0 A;  3ZT2 A;  1JXE A;  4M3T A;  5J2M A;  4NCB A;  1BI4 A;  3QEV A;  4Z4F A;  1C1A A;  1YTF A;  4CHN A;  2ETJ A;  3HS8 A;  1RT3 A;  1KVA A;  4NCG A;  4J2D A;  1D5A A;  1Z26 A;  1WSF A;  4W5O A;  3U3G A;  1JLC A;  3F9K A;  3KD5 E;  1LAV A;  3OYM A;  3DRR A;  2BDP A;  5CY4 A;  4KFB A;  3RWU A;  4J2E A;  2KZM A;  3TAN A;  3PO5 A;  3OC3 C;  3AVM A;  1U45 A;  1NK9 A;  3EIK A;  4DSK A;  1RTD A;  2E6M A;  1I39 A;  4CJS A;  4DSJ A;  1YTA A;  1ITG A;  2QXF A;  4Z0U A;  3PX4 A;  1L5U A;  3DLB A;  3VQ5 A;  2QKK A;  4ELU A;  4DQS A;  4ID5 A;  4KB1 A;  1QNA A;  4M3X A;  2HVI A;  4H4O A;  3AVH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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