3ASMA

Crystal structure of q54a mutant protein of bst-rnase hiii
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
SNYVIQADQQLLDALRAHYEGALSDRLPAGALFAVKRPDVVITAYRSGKVLFAGKAAEQEAAKWISGASASNETADHQPSALAAHQLGSLSAIGSDEVGTGDYFGPIVVAAAYVDRPHIAKIAALGVKDSKQLNDEAIKRIAPAIMETVPHAVTVLDNPQYNRWQRSGMPQTKMKALLHNRTLVKLVDAIAPAEPEAIIIDEFLKRDSYFRYLSDEDRIIRERVHCLPKAESVHVSVAAASIIARYVFLEEMEQLSRAVGLLLPKGAGAIVDEAAARIIRARGEEMLETCAKLHFANTKKALAIAKRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HIII
publication title Identification of the substrate binding site in the N-terminal TBP-like domain of RNase H3.
pubmed doi rcsb
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 100
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
A PF11858 DUF3378 Domain of unknown function (DUF3378)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 3asmA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3asmA02
2PYJA 1TV6A 2X6SA 3U6FA 3ISNC 3SUPA 4EZ9A 3C94A 2WOMA 3PX0A 1ASWA 1S1VA 1BCOA 3IG1A 4AHVA 4I2PA 4B8AB 4FLUA 5HP1A 1NK8A 1FKOA 1NKEA 1D9FA 5J1EA 1I3AA 4KB1A 1UAXA 4ZHRA 3LP1A 5CYQA 1J53A 3SQ2A 3THVA 1QSSA 2QKKA 4RODB 4F2SA 4DSKA 1LV5A 2A1RA 4ELVA 4NCBA 4KB0A 1BQMA 1UOCA 2YKMA 4BWJA 1D9DA 4DSEA 1Q9XA 2XY6A 2O4GA 4KHQA 4E7IA 4FJ8A 2DTUA 4CHPA 1NJWA 4J2DA 1A5VA 1IO2A 1KVBA 5IYDP 1TL1A 3WNHA 3DRRA 1QNEA 1D8YA 2G8UA 5HRPA 4FZZA 1VSIA 3OYGA 3AA4A 2G8HA 1J9AA 2FBXA 4I9QA 3HSTB 5JS2A 3JYTA 2XO7A 5D3GA 4OGEA 3HS9A 4KTWA 1FK9A 4FLXA 3TAPA 3C95A 3MXIA 3HVRA 1BI4B 2YHAA 3NF9A 4CF9A 3SNNA 4CF0A 4LH5A 4FW2A 4EP5A 3U3YA 1X1PA 4BDZA 2MJ7A 1QE1A 4CJ5A 3CYMA 1VSJA 2RKIA 3KLGA 3KK1A 3KKRA 3MEGA 4RG8A 3K5NA 3AVHA 1QSYA 1KSPA 3DLHA 4AHTA 4CJ3A 4BE1A 1NK7A 2HHUA 2KFNA 1NJZA 3VN5A 2PZSA 2IV8A 3QETA 1B92A 3QIPA 1TKZA 3V9SA 3RMBA 3TI0A 4FJIA 2IV9A 2JGUA 1LWEA 2WONA 3ZT1A 1TBAB 2D5RA 1S6PA 3HYFA 3H1ZA 1FXXA 1QN6A 2XY8A 3KKSA 3P5JA 3M8PA 4G1QA 4OPKA 3TAEA 1ZBLA 4DFKA 2QKBA 4CJUA 2Z1GA 3HM9A 1X9WA 3EIKA 1HQEA 1TK5A 4B9MA 1IH7A 2D0AA 1RM1A 1RBTA 4DFPA 1C0MA 4CHYA 3SPZA 1MU2A 1BIZA 5HRNA 1WSEA 4FJGA 2D0CA 1C0UA 1RTHA 4DLGA 4B9LA 2VG7A 4CFCA 3CG7A 3RMDA 1YTAA 4CK3A 3OY9A 1QNBA 1UA1A 2BE2A 4CGHA 4KI4A 4M3YA 5T7BA 3RRHA 4ID5A 2GUIA 2ITGA 4CFAA 3TWHA 2VWKA 4Z4FA 2VWJA 3SPYA 5FRNA 1AISA 3F9KA 5FDLA 2HHTA 2ZD1A 1KTQA 1C1CA 1NK4A 4DFMA 1VOKA 4DQRA 3HP9A 4JS4A 4F2RA 4HVJA 4Z4EA 1VSMA 3QIOA 4CJWA 2EX3A 4OKKA 1RDBA 1ITGA 5J2MA 4FJHA 3ZSRA 4FCYA 1S1XA 2X78A 4E89A 2OPQA 4KI6A 4N56A 4GW6A 4E7JA 2R7YA 4ROCB 1C1BA 3DI6A 4KKOA 4LSLA 3S3MA 5KGWA 3VQ4A 3NF7A 2BDPA 3SQ0A 3CQ8A 5E41A 3O3HA 4E7KA 4M45A 3K58A 3HPHA 4M42A 1RBUA 1HYVA 3SUOA 4FM2A 2VG5A 5DMRA 3HT3A 3IAYA 4HUGA 5J2NA 1O1WA 4I7FA 4ELUA 3AVLA 2YKNA 3CM6A 4Z4HA 4M3UA 3ZSWA 3CFRA 4W5OA 3QEVA 4Q5VA 1VSKA 3ZSVA 1QSLA 3VQBA 4DWIA 4M3RA 3NDKA 4PA1A 1RTJA 4TSXA 4QAGA 3ZT3A 1QN5A 2LSNA 4OGCA 4DTPA 4CFBA 3C6UA 1TGOA 2F96A 3HXMA 3OC3C 1PCZA 2Q3SA 1VSEA 3H08A 3SCXA 3ZSQA 3RRGA 4HCBA 2GV9A 1VSFA 1BIUA 4KRFA 5SZTA 5CZ2A 4CERA 4CGGA 4Q0BA 4QCLA 1ZYQA 4OLAA 1SL1A 2OPRA 3LALA 3O3GA 1ZBFA 4FJ5A 3QLHA 5KI6A 2ATQA 4DMNA 3O3FA 2E6LA 4OVLA 4N47A 3VQPA 3SI6A 3TANA 4IKFA 3KLHA 1TAQA 3AVIA 3VQEA 1ZBIA 4DTSA 3VQ8A 4E7HA 2DFEA 1U47A 4FLVA 3P1GA 1QN3A 2HVHA 2HW3A 5CY4A 3V81A 1NJYA 2AJQA 2Z1HA 4CJVA 1S5JA 1XWLA 4RW7A 2IGIA 3V1QA 4JRPA 3K5LA 4CJKA 3KK3A 3QINA 1JFIC 4Y1CA 3DLBA 5KRTA 1HYSA 1S9GA 3IS9A 4F3TA 4KTQA 1Q8IA 3BDPA 1VOLB 3M8RA 3AV9A 1PZDA 1KYDA 2YNGA 2Z1JA 3MECA 1KFDA 3OYAA 3LZIA 3SUQA 3KTQA 4J2BA 2BGGA 1DTQA 3NGZA 1JXEA 3TAFA 3CFPA 4OPJA 3T1AA 1BL3A 2Z1IA 1C1AA 1G15A 3JSMA 3PV8A 4B9VA 1IG9A 2FBVA 3M8SA 1WSJA 4CIFA 4AHUA 1U45A 4CJEA 5IYCP 4AHCA 1JLBA 4BE2A 4FJ9A 1KYFA 5EU7A 3D0PA 1VK0A 3AO5A 1RILA 1KY6A 3SV4A 4DQQA 1UA0A 1XI1A 1TAUA 3HK2A 3O4QA 3DLKA 4IFVA 3ZCMA 4E1MA 3M8QA 4OJRA 4R5PA 4HHTA 2OZMA 3C6TA 5FRMA 1HMVA 2O4IA 4KHUA 1GOBA 3KJVA 1B9FA 2G8WA 3AA3A 2HNYA 1A5XA 3LANA 4FJJA 2NUBA 4KV8A 2W42A 3K5MA 1MP9A 5I42A 1VTLE 4IDKA 1TBPA 2YNIA 1N5YA 3HPGA 5HBMA 3NH0A 2G30A 1RT3A 2VG6A 2P51A 4NYFA 4CESA 3VA3A 3QNOA 1JL2A 2X6NA 4FW1A 4O5BA 1WNSA 3PX6A 1U04A 2GBZA 3AVNA 4DQSA 1KFSA 3V1RA 2P5GA 3DOKA 1S1WA 1XHXA 3L2RA 2QXFA 4LY7A 1LWCA 3RWUA 4ZTJA 3ZSOA 3V1OA 4Z4CA 1NOZA 1E42A 4CIGA 4E3SA 1T7PA 3B6OA 2XY7A 1T05A 3ASMA 3ZSYA 4N5SA 1REVA 3NGYA 1KLNA 4HTUA 1KYUA 2IC3A 4DTRA 4FJNA 3I8DA 3NF8A 3SJJA 4IFYA 1QQCA 1S1UA 1ZBUA 1RDCA 4HCCA 3NFAA 4RW9A 3VQDA 4B8CA 4CGFA 2HNDA 1EETA 1CZBA 1U4BA 2HVIA 4O55A 4Y1DA 2ETJA 3G0ZA 3B6PA 3LAMA 3OYFA 2VJ0A 4CJQA 4AHRA 1WSGA 4K8ZA 4M3TA 3OVNA 3IRXA 4LSNA 1QNCA 3S3NA 2D0BA 2HHSA 3DLRA 3MEDA 3RTVA 4FM1A 3V9ZA 4DU1A 4DG1A 4KAZA 1JL1A 4CJTA 5JS1A 3TR8A 2XY5A 1CZ9A 2E4LA 4JLHA 3LWMA 4O44A 3OYLA 1W80A 1RBVA 1JLGA 1RBSA 2RPIA 1JXBA 1TGHA 1LAVA 2HHWA 4KFBA 4M3XA 4EP4A 3KLFA 1QTMA 1JLFA 3VQ9A 1NH2A 3V9WA 4N41A 1RT4A 1JLQA 3WNFA 1TL3A 4I9LA 4DTUA 2B5JA 1U48A 1SKSA 3OYJA 3S3OA 2FBYA 4AHSA 3OYCA 4CJLA 3QERA 4CF2A 1HPZA 4CEQA 1JLAA 4CJFA 4XIUA 3OS1A 4FK0A 4WE1A 5CYMA 4CFDA 3QEWA 1W9HA 3DRSA 1TKTA 1SV5A 3VQ6A 4O0JA 3L3VA 4CJ4A 4E1NA 3OYHA 4DS4A 4PQUA 1NK6A 4C8OA 3AVJA 2B6AA 4KTZA 4BDPA 3HS8A 1VSDA 1EKEA 1BCMA 3HJFA 4FVMA 1CXQA 3CM5A 2F8SA 1L3TA 4CGJA 3K59A 4OKJA 3OYNA 3OYEA 1A5WA 3LP2A 3VQAA 4DS5A 3AVMA 3OS0A 3AO4A 4DQPA 4F4KA 1BGXT 1QN4A 2YNFA 3VQ5A 1X9SA 2HMIA 4OKEA 1R4XA 3L2UA 4DLEA 1HNIA 4DF8A 1EXQA 2DFHA 1RT1A 3KLEA 3ULDA 4ROEB 1WSFA 3PX4A 4C8LA 2HHQA 3I0RA 4DTXA 4CJPA 1HJRA 1JKHA 3VQQA 1W0HA 4AH9A 1L3UA 2ZE2A 1QN9A 5HRSA 4FK4A 5HROA 4W5NA 4KO0A 1YTBA 1WLJA 4JRQA 3EZ5A 2EHGA 4NCAA 1K6YA 4I2QA 4B3OA 4DTNA 2FC0A 3NH2A 3T3FA 4HUEA 1RDDA 3V4IA 3AVCA 4E0DA 3LZJA 4C8KA 4CHOA 3HVTA 3V6DA 2OYQA 3U3GA 1FKPA 4DU4A 4F3OA 4KHSA 4ELTA 3ZT2A 2IDOA 3L8BA 2YNHA 2KFZA 3AA2A 3BGRA 1C0TA 4H4OA 1SKWA 3ZT0A 2G8FA 4KPYA 3TAGA 3OYBA 4IG0A 1QN7A 3ALYA 4HUFA 1RTIA 5HRRA 3V9UA 1LW2A 4RW8A 1XHZA 3QNNA 1F21A 3QEXA 1R0AA 2IOCA 1I39A 2ZQBA 3K2PA 4J2AA 2IS3A 3KIOA 4WZSD 4Z0UA 3SZ2A 4DSJA 3DMJA 1SL0A 2RN2A 1HYZA 2G8KA 1RBRA 2B4JA 3SUNA 1KVAA 4M41A 4FLTA 2Y1IA 2KZMA 1VRTA 4LD0A 3LP3A 3WNGA 1LWFA 3DYAA 1J5OA 4EZ6A 1NGMA 2G8IA 1ASVA 5KTQA 4CHNA 3P83D 1JLEA 4CEEA 1C6VA 1TKDA 1CDWA 1QTPA 4FLWA 4BWMA 1SL2A 1GOAA 5K14A 2X74A 2YV0X 1KVCA 5DK5A 3UIQA 3HL8A 1Z25A 1IKWA 1JLCA 1WSHA 4W5QA 4DTJA 1WN7A 4N76A 2QK9A 3HO1A 1NJXA 2HB5A 4H8KA 1Z26A 4E7LA 1ASUA 3NF6A 3DLGA 4IBNA 3KLIA 4M3WA 3PO4A 2JLEA 1N6QA 2P5OA 1RNHA 4CE9A 4PWDA 3PO5A 3DRPA 3S9HA 4F8RA 1S1TA 1UWBA 1RCHA 1LW0A 4BACA 1RT7A 4FLZA 1NVPA 3A2FA 4CK2A 3V9XA 4CJRA 4CCHA 3EY1A 4BDYA 3DOLA 3VA0A 2F8TA 1NK5A 1DTTA 4O4GA 4CEDA 1NKBA 3OYMA 4NYNA 3AO1A 4M3ZA 4DFJA 4CHZA 3OS2A 3OYIA 1VRUA 3AO3A 3ITHA 1RT2A 1SUQA 4FJ7A 5HLFA 3ZSXA 1TK0A 4FK2A 3SYZA 1WSIA 3VQ7A 3AVFA 1YTUA 2P1JA 2OZSA 4DQIA 3CFOA 2HNZA 3KD1E 4E19A 1S6QA 4PY5A 1NOYA 4B9NA 3KD5E 4Z4GA 4ICLA 1GOCA 4CHQA 4FZXC 1DLOA 3QO9A 4W5RA 1QS4A 2I5JA 3AO2A 3QESA 5KGXA 4KHNA 4C8NA 3PY8A 3G10A 1IKVA 1HQUA 1NKCA 4C8MA 4LH4A 4PUOA 4CEAA 4CJSA 3K5OA 3DLEA 3F73A 3RMAA 3TAMA 1T8EA 4B9TA 1TKXA 3HP6A 5SWMA 1QTSA 1RDAA 3NBPA 4DSLA 1Y97A 4RW6A 4NCGA 3L2QA 1CXUA 3MXJA 4JS5A 1KY7A 4B08A 2YHBA 4CF1A 1VSHA 4AILC 1CLQA 3K57A 5CZ1A 3D45A 1QN8A 1VSLA 2XHBA 1X9MA 2KW4A 3KK2A 3AVKA 1B9DA 3VQCA 4YFUA 2BANA 4BE0A 4FLYA 1TVRA 4DSIA 1KLMA 3PUFA 4K8XA 2Z8UA 4YNQA 1XC9A 4IG3A 4CGDA 4FJMA 1YTFA 1WAFA 2OPPA 4CEZA 4CEFA 4RW4A 3OYDA 3L2VA 3LP0A 1QNAA 3LDSA 3OJSA 3QEIA 4GVMA 3E01A 3MXMA 2KQ2A 5KRSA 4CEOA 1RT5A 3WNEA 1EP4A 1QHTA 2KTQA 1LAWA 1YT3A 3L3UA 4CK1A 3OYKA 4FJKA 3SQ1A 2DY4A 3LWLA 4B0AA 1RTDA 4CIEA 2PY5A 3NCIA 4H4MA 2RF2A 2HHXA 4QOZB 3OCIA 4O0IA 1BISA 1T03A 3RR7A 4OLBA 4W5TA 1D3UA 3EYZA 3NH1A 1C9BB 1KRPA 3ZT4A 2KZZA 3OJUA 3MAQA 5IYBP 4FJXA 4FYDA 2E6MA 5C25A 2FBTA 3SQ4A 4CF8A 5FROA 3RMCA 1TK8A 2G8VA 3MEEA 4J2EA 3ZSZA 1D5AA 5C24A 4CEBA 3TABA 5J2PA 1S9EA 3L2WA 2DFFA 2A1SA 2IAJA 3FFIA 4CECA 1SKRA 1B9KA 4L8RB 1HRHA 3NHGA 3LAKA 4FM0A 3HPOA 1L5UA 1BHLA 3NAEA 4KHWA 1EX4A 4DTOA 4Z4IA 3TAQA 1IKXA 5C42A 2XRIA 4FXDA 5J2QA 4DTMA 4B9UA 1BI4A 1YVUA 1NK0A 4DF4A 1L3SA 3RR8A 3SV3A 1WAJA 3AVAA 1BQNA 1HNVA 4UQGA 5I3UA 3O4NA 4FZYA 2OPSA 1VTOA 4MQ3A 1KCFA 3NE6A 4DSFA 1U49A 3AVGA 1NK9A 1Q9YA 4B9SA 3I0SA 1J54A 3AA5X 4CGIA 4DU3A 4ZTFA 2OA8A 4FJLA 1IKYA 4KREA 3T19A 1L3VA 3NGIA 2Y1JA 3TARA 3DM2A 4ID1A 1ZBHA 3LPUA 3AVBA 3QEPA 4KHYA 4MFBA 3LPTA 2HHVA 4GMJB 2PYLA 1RT6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1WAJ A;  3AVA A;  1BQN A;  1HNV A;  4UQG A;  5I3U A;  3O4N A;  4FZY A;  2OPS A;  1VTO A;  4MQ3 A;  1KCF A;  3NE6 A;  4DSF A;  1U49 A;  3AVG A;  1NK9 A;  1Q9Y A;  4B9S A;  3I0S A;  1J54 A;  3AA5 X;  4CGI A;  4DU3 A;  4ZTF A;  2OA8 A;  4FJL A;  1IKY A;  4KRE A;  3T19 A;  1L3V A;  3NGI A;  2Y1J A;  3TAR A;  3DM2 A;  4ID1 A;  1ZBH A;  3LPU A;  3AVB A;  3QEP A;  4KHY A;  4MFB A;  3LPT A;  2HHV A;  4GMJ B;  2PYL A;  1RT6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3AAQ A;  1YXQ A;  2DKD A;  2JWL A;  4CFC A;  3CG7 A;  1YTA A;  2QR1 A;  4ILH A;  1VKL A;  4CZM A;  2IVN A;  3ZEU B;  2ITG A;  3SPY A;  1SS6 A;  3R8E A;  2HHT A;  2QWN A;  5C0Y A;  1C1C A;  1VOK A;  4DQR A;  3HP9 A;  5KQD A;  4JS4 A;  4F2R A;  1VSM A;  4CJW A;  4EHT A;  1RDB A;  3CQX A;  2OPQ A;  3I8B A;  4Q11 A;  4GW6 A;  2R7Y A;  1WQA A;  3TPQ A;  1C1B A;  4BRK A;  3S3M A;  4FVU A;  3VQ4 A;  3EE9 A;  1T6C A;  4H0O A;  2BDP A;  1YQM A;  3K58 A;  2YA3 A;  1HYV A;  3IAY A;  3THY B;  4I7F A;  3CM6 A;  4DV3 K;  1VSK A;  3VQB A;  1RTJ A;  1N34 K;  4I8O A;  2QWR A;  4CFB A;  4DR4 K;  4DR2 K;  3CWS A;  1NU0 A;  4IO9 L;  4YY3 K;  4KRF A;  3E9P A;  3W3D A;  4CER A;  2YI1 A;  4OLA A;  2OPR A;  1M5Q 1;  3RSE B;  5KI6 A;  4B3T K;  4N47 A;  1TAQ A;  5E84 A;  3BP8 A;  4E7H A;  3P1G A;  1QN3 A;  3MK6 A;  1IBM K;  2Z1H A;  3VF4 A;  5DM6 L;  1JFI C;  3DLB A;  2ZJP L;  5KRT A;  1T44 A;  1Q8I A;  2NVM A;  3MEC A;  4BG9 A;  2A42 A;  1DTQ A;  2A3Z A;  4MO4 A;  2CH6 A;  3F0Z A;  1RGI A;  2Z1I A;  3WEE A;  2FBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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