3VN5A

Crystal structure of aquifex aeolicus rnase h3
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PSLKISPSEAEKIQNYLVSSGFRKINAPYTLWALEGNGVKVYYYKTGSLLIQGKNSEKVLKEVLNLLEKKKLPGCDESGKGDIFGSLVLCCVCIPEENYLKVSSLNPRDTKRLSDKRVERLYLALKPLVKAYCYEIKPEEYNKLYRKFRNLNKMMTHFYKLLIERVKEECGVSEVVVDKYQPSNPFGEDVIFETEAERNLAVAVASIFARYKFLQSLKEVERELGIKIPKGTSKEVKELAKSLKNPERFIKLNFN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HIII
publication title Structure and characterization of RNase H3 from Aquifex aeolicus
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 80
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 3vn5A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vn5A02
3KD1E 5FRMA 2VG6A 2YNFA 3DI6A 3PX0A 3CM5A 3SZ2A 1KYFA 1S1XA 4CJFA 4CJLA 4N47A 1S1UA 4OPJA 4C8KA 4OKKA 4FVMA 3S3OA 1Q9XA 3OY9A 5CZ1A 4E89A 4B8AB 3OJSA 4DTRA 4IKFA 1E42A 4DF4A 1R0AA 4FJ5A 4KPYA 2JLEA 4PQUA 1ASUA 2IGIA 2A1RA 4RG8A 2ZQBA 4CFDA 4KHWA 2QKBA 3LALA 2P5OA 2B5JA 3NF8A 4BWMA 4HHTA 2G8VA 2Y1JA 2IV9A 4W5NA 4E7IA 1Q9YA 1GOAA 3F73A 4O5BA 4FLVA 4OPKA 5I42A 3CG7A 4I7FA 1JLCA 1QN5A 4FJLA 4FJ7A 2KZMA 4O0IA 3M8RA 4DTXA 3RRHA 2GBZA 1YTFA 4FZYA 2DFFA 4OGCA 2FBXA 1JLQA 2IDOA 2QKKA 3D0PA 4PY5A 4AHRA 4C8MA 3SQ4A 1W0HA 4CEBA 1J5OA 2PZSA 2XY8A 2Z1IA 3RMCA 2XHBA 1W80A 4FYDA 3VA3A 1IH7A 4H4MA 1TL3A 4ZTFA 5D3GA 4LSNA 5CYMA 1S5JA 4FJIA 1LWCA 2HHTA 2P1JA 4KI6A 1ASWA 1C9BB 4Y1CA 4PUOA 1QTSA 1X9MA 1HYSA 3V9SA 1RT1A 3QEXA 2ETJA 1QSSA 1D5AA 3V81A 3M8SA 2OA8A 4FJKA 4Z4FA 1RILA 1RBSA 4AHTA 1PCZA 4OKEA 4ELUA 3PO5A 4DTOA 4R5PA 3HM9A 4KHQA 1TK5A 1D8YA 3KKRA 1JLFA 3AVFA 1RT4A 3MEEA 4N41A 2ITGA 4I2QA 3KKSA 4AHSA 3HP6A 4JS4A 5E41A 2KFZA 1HYVA 3QINA 1KFSA 2B6AA 4I2PA 3SCXA 1KLNA 4WE1A 4DTJA 4E7KA 5C24A 2RKIA 1YTBA 1REVA 3AA3A 2Z1HA 3C6UA 4GVMA 1PZDA 1KYDA 1BIZA 1ZBUA 4OKJA 5JS2A 2XO7A 3VA0A 3AVBA 2F8SA 4GW6A 3ZSYA 4OLBA 2WOMA 4FW2A 3AVLA 1ZBHA 4FM0A 1ZBIA 5KGXA 4B9VA 4FZZA 1RT6A 3HK2A 5FDLA 3SQ0A 3QLHA 1A5WA 1EKEA 2KFNA 3V9UA 3KLGA 1LV5A 4CF0A 3T3FA 2RF2A 1EETA 1SV5A 4BE2A 2E6LA 4PWDA 4OGEA 3EY1A 1UA1A 1RBTA 1IKWA 1QS4A 4E3SA 3V1OA 3ZCMA 5C42A 3LAKA 3KJVA 4DFPA 4CHYA 1TV6A 1Y97A 2KZZA 2FBTA 3AV9A 3DLRA 1RNHA 3NGYA 3WNGA 4DSEA 3AO4A 4DTSA 2G8IA 2HHUA 2PYLA 4KHUA 1KSPA 3HSTB 3SI6A 4DQIA 3C94A 2EHGA 4E19A 1NKEA 3AA2A 3PV8A 2G30A 2YHAA 4DWIA 3LP0A 2Y1IA 3S9HA 1MU2A 4O44A 1SL1A 4F2RA 4BE0A 2HNDA 2YHBA 1WSFA 5J2QA 1QN6A 3ZT1A 3OYBA 4ROCB 4FM1A 1LW2A 3SUNA 2VWJA 3RMAA 4NYFA 4CJKA 3QO9A 4W5OA 4RODB 3LP2A 3M8QA 4FK0A 3P83D 3SUPA 1XHXA 1QSYA 3WNEA 1RTDA 1WAFA 3IS9A 3THVA 2BANA 1NGMA 3AO2A 5KGWA 2GUIA 1BI4A 3K5OA 1UA0A 1JFIC 1BIUA 4FK4A 1VSLA 3HPGA 5K14A 4DU4A 1MP9A 2B4JA 3TANA 2LSNA 4KHNA 1KVAA 4CJ5A 4E1MA 4Z4GA 3TAFA 2HHVA 4CCHA 4FJGA 5HP1A 4YFUA 3EYZA 3TAPA 3KLHA 1HRHA 2OPRA 1QN9A 5IYDP 2IS3A 4EP4A 3SV3A 1TBPA 1RTHA 4DSIA 3D45A 1ITGA 1RT3A 5CZ2A 4CEAA 5HRSA 4JRQA 3SQ2A 2G8FA 2G8WA 4QAGA 3OJUA 2E4LA 1KCFA 4GMJB 1QNBA 3ZT2A 3TAQA 2OYQA 2Q3SA 3DRRA 3OYJA 2OZMA 2WONA 3S3MA 1HYZA 1B92A 4ZHRA 1BQNA 4M41A 4CHZA 4EZ6A 4KTWA 1VSJA 4ICLA 5KRSA 1RT5A 4IDKA 4FJHA 3KIOA 1Z26A 3QIOA 5DK5A 3NH2A 1GOCA 2P51A 2X74A 3MXJA 1X9SA 4Z4IA 2ZD1A 4CIEA 3VQQA 5HRPA 4FLXA 1NJZA 3L2UA 4KV8A 1ZBFA 1TBAB 4OVLA 2XY6A 3H08A 4C8NA 2HB5A 4BE1A 4M3UA 1WN7A 4FK2A 1I3AA 1RDBA 3OYHA 4E7HA 1L3TA 2OZSA 2RPIA 4FCYA 3KK3A 3LANA 3QNOA 1VTLE 1C0TA 3AVNA 3OYMA 3V9XA 4CEQA 2FBYA 4DSKA 1WSHA 1QN4A 1C0UA 1YTAA 1X9WA 4EZ9A 1FXXA 4KHYA 4DSJA 4FLWA 4KHSA 3TARA 4DTNA 4F4KA 4CFAA 3AA4A 5J2NA 4CJVA 4W5RA 1NVPA 3OVNA 1TVRA 3QESA 1KRPA 5SWMA 5SZTA 4M3WA 4N56A 1ZBLA 1SL0A 4KRFA 1A5VA 1U04A 4CJTA 2YNGA 3TAEA 4I9QA 3G0ZA 3CFRA 3L2RA 4FLUA 4CECA 1C0MA 4MFBA 4CK2A 2PY5A 1QN3A 4Z0UA 4AH9A 4CE9A 3H1ZA 3OYFA 1CZ9A 1HNVA 1EX4A 1LAVA 2DFEA 4HUFA 5J1EA 4CJPA 1RTJA 1HQUA 3I0RA 4DQQA 4E0DA 1KYUA 2F96A 1KLMA 4CF1A 3MEGA 3KK2A 1RBUA 3SV4A 3OYNA 5DMRA 3ZT4A 1YT3A 1GOBA 2X6NA 3OS1A 3LWMA 1RCHA 3EZ5A 2G8KA 3AO3A 4Z4EA 2F8TA 4CEZA 1U45A 4XIUA 3LP1A 4FJJA 1QQCA 4CHOA 2R7YA 2D0BA 1C1AA 3SPYA 4ZTJA 5JS1A 1TL1A 3A2FA 3TR8A 1IKYA 3SNNA 1QTMA 3CFOA 1C1BA 3RTVA 1RDAA 3O3FA 4CJEA 4F2SA 4JS5A 3SPZA 3WNHA 3VQCA 4Z4CA 3KD5E 4OLAA 1SKWA 3HVTA 1WNSA 5IYBP 1N6QA 4BWJA 3ZSZA 3OS2A 4DQPA 5FROA 1C1CA 3DLEA 4KKOA 4AHUA 1JLGA 1SKSA 3HVRA 1SKRA 3OYIA 2G8UA 2HMIA 3VQDA 4PA1A 4B8CA 1EXQA 1J9AA 4B08A 3CFPA 3KTQA 4LY7A 1L3VA 1AISA 2W42A 2XRIA 4HVJA 1HMVA 3OYLA 4CJRA 3VQ9A 2MJ7A 1WSGA 3SUQA 2I5JA 1VSIA 1NK0A 3B6PA 1O1WA 3G10A 4IG3A 4CEDA 3QERA 1VSEA 4DFJA 1UOCA 2HHSA 1JLEA 3ITHA 3LAMA 4DTUA 1U49A 3I8DA 1JLAA 4M3RA 1UWBA 1XWLA 3U3GA 3VQ4A 1QN8A 2Z8UA 1RBVA 3HPOA 4CK3A 2O4GA 3MEDA 1DTQA 2X78A 4B9LA 2HVIA 3TAGA 1WSIA 4N76A 5HROA 3P5JA 2Z1JA 3SQ1A 2HNZA 1RDDA 3RWUA 1EP4A 3CQ8A 4B0AA 1DLOA 4J2EA 1S1WA 4O4GA 1NJYA 4L8RB 2QK9A 4K8XA 4CEFA 4DSFA 1NK6A 1CLQA 4E7JA 1VSHA 1S6PA 3B6OA 3TAMA 3VN5A 3DRSA 2JGUA 4UQGA 4FLTA 4FLYA 1KVBA 2VJ0A 4DFMA 3OYDA 1KFDA 1VTOA 4NCBA 1WLJA 3K59A 3C6TA 4F3TA 3K58A 1WAJA 3HS9A 5EU7A 3L3UA 2PYJA 3T19A 1RBRA 5CY4A 2HHXA 1SL2A 3DLGA 4NYNA 4BDYA 1CXQA 4B9NA 3L2QA 2OPSA 3IAYA 3HJFA 3RRGA 3IRXA 4CF8A 4KFBA 2BGGA 3NF7A 4CJSA 1TKZA 2YNIA 3ZSVA 1FK9A 3MAQA 4DQRA 3QEVA 4C8LA 3QEIA 4LD0A 4CGHA 3L2VA 4ID5A 1ASVA 1IKXA 3LPUA 2Z1GA 4CF9A 1BI4B 4E1NA 3VQAA 4E7LA 1VOLB 1KY6A 4J2BA 3AVKA 3OC3C 1S9GA 3V1RA 3O3GA 4KI4A 1BGXT 3OYAA 1NOZA 2NUBA 4LH5A 4FLZA 4G1QA 4CIGA 2IAJA 1KTQA 3SJJA 4DSLA 4M3XA 2XY5A 1QE1A 1JXEA 1J54A 4CHQA 3NE6A 4NCAA 4M3TA 3NFAA 1NK7A 3NF6A 4CEEA 4HCCA 1NK8A 3L3VA 5HRRA 4O55A 1D9FA 3BGRA 2DTUA 3AO1A 3CYMA 5HLFA 5FRNA 2DFHA 3LP3A 5CYQA 4M3ZA 4QCLA 1JL1A 4FJXA 3DLHA 1W9HA 4CF2A 1QN7A 2E6MA 1XHZA 4CJUA 1SUQA 1LWEA 4WZSD 2OPPA 1VSKA 1S9EA 3VQEA 4CGJA 3K2PA 1K6YA 2YNHA 3V1QA 3OYCA 3UIQA 4FJNA 3HYFA 1QNCA 3NHGA 2D0AA 2HHQA 4JLHA 1VRUA 4W5TA 5IYCP 3HT3A 3I0SA 1I39A 2OPQA 4HUEA 4FW1A 4CGIA 3U6FA 1F21A 3NCIA 3NBPA 4F8RA 1U47A 1B9KA 1IG9A 1YVUA 4JRPA 3LPTA 3LWLA 4CFBA 3AVAA 4DS4A 3VQ7A 2XY7A 4RW6A 1WSJA 3ZT0A 4BDZA 3RMBA 2KQ2A 3TI0A 2YKNA 2BDPA 4FJ8A 4CEOA 4DTPA 4CGFA 1XI1A 2P5GA 2D0CA 3ZSQA 1CZBA 1N5YA 3HO1A 1XC9A 3HPHA 4CFCA 3VQBA 3L2WA 3NGIA 1VSMA 1TKDA 4K8ZA 4QOZB 1FKPA 3ALYA 1T8EA 1QNEA 3OS0A 3K5LA 4DU3A 4ELTA 4B9TA 1LWFA 4CGDA 4DF8A 3QEWA 3V4IA 2VG5A 3TABA 1TK0A 1RT7A 1BQMA 1T7PA 4KB0A 3NDKA 3WNFA 4N5SA 4ID1A 3NAEA 3NH0A 3C95A 1VK0A 1JLBA 2IV8A 2EX3A 4FXDA 4CHNA 3VQ6A 3L8BA 4MQ3A 3V9WA 1WSEA 2IOCA 3QIPA 5HBMA 1CDWA 4Q0BA 3AVIA 4DG1A 4RW4A 3DYAA 4O0JA 4FZXC 4HCBA 2FC0A 4DMNA 1JXBA 4DFKA 3QETA 1NK5A 2YV0X 3NGZA 3OYEA 1TK8A 1BCOA 3AVHA 3AVJA 4RW9A 4KREA 2HVHA 4CJ3A 4DS5A 1QSLA 1DTTA 3RR7A 1S6QA 3TWHA 1VSDA 2ZE2A 5KTQA 3DLKA 1KY7A 4M45A 3HL8A 5KI6A 1B9FA 5C25A 1HNIA 3OYGA 4ROEB 4CGGA 2KW4A 4CJ4A 3DM2A 4IFYA 3AA5X 3JYTA 4DU1A 1NKCA 5KRTA 3PO4A 4CK1A 1TGOA 3FFIA 3IG1A 3KLEA 4J2AA 2FBVA 2QXFA 3O4NA 1JKHA 1L3SA 3LZJA 2DY4A 3CM6A 4CIFA 5J2MA 1NK9A 1VSFA 1VRTA 4M3YA 3QNNA 4NCGA 3OCIA 4CJWA 1QNAA 3P1GA 1NK4A 4KTQA 2O4IA 3AO5A 1BISA 3ZSXA 1CXUA 4FJ9A 2YKMA 2RN2A 2ATQA 4IG0A 1UAXA 2D5RA 3VQPA 5T7BA 3QEPA 4H8KA 3OYKA 1LAWA 3ZSWA 4EP5A 1IKVA 4W5QA 4DLGA 4LH4A 3SUOA 4B3OA 4DLEA 1D3UA 3EIKA 2HHWA 2HNYA 3F9KA 4B9UA 3KLFA 4F3OA 1BHLA 3DRPA 1FKOA 1QHTA 3MXIA 3KK1A 4AHVA 4KO0A 1TKXA 1TGHA 2VWKA 3MECA 3ZSOA 4H4OA 4Q5VA 3PX6A 1NJWA 1NKBA 1NOYA 2AJQA 1TAQA 3V9ZA 1ZYQA 4CHPA 2HW3A 1D9DA 2G8HA 1LW0A 4Y1DA 4IBNA 1Z25A 1TAUA 4DQSA 4J2DA 4Z4HA 3NH1A 3VQ8A 3AVGA 2X6SA 5I3UA 1Q8IA 3PUFA 1BL3A 1U4BA 4KAZA 4CESA 4YNQA 1NH2A 3HP9A 1S1VA 3RMDA 1S1TA 4B9SA 2A1SA 1KVCA 4OJRA 4FM2A 1J53A 4HUGA 1IO2A 3K57A 1HPZA 3PX4A 3DLBA 1C6VA 4KB1A 1RT2A 1YTUA 1RM1A 3ZSRA 4KTZA 3RR8A 2GV9A 3ZT3A 3ULDA 1VOKA 3AVMA 2KTQA 3BDPA 3NF9A 3AVCA 3O4QA 3HS8A 1T05A 4ELVA 1B9DA 3DOKA 1RTIA 3O3HA 1QTPA 4BDPA 3JSMA 3LZIA 2VG7A 4B9MA 1NJXA 3ISNC 3S3NA 2BE2A 4DTMA 1X1PA 3DMJA 4BACA 3KLIA 4C8OA 1HJRA 1TKTA 3MXMA 4IFVA 3LDSA 1A5XA 4AHCA 3VQ5A 3ASMA 3SYZA 3V6DA 3U3YA 2IC3A 1R4XA 3E01A 3HXMA 3T1AA 3K5MA 3DOLA 1L3UA 4RW7A 1U48A 4FJMA 1G15A 1BCMA 4CERA 3PY8A 3K5NA 3M8PA 4CJQA 1JL2A 1L5UA 4HTUA 1HQEA 4RW8A 1RDCA 1T03A 5HRNA 4I9LA 4AILC 5J2PA 4LSLA 4M42A 4TSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4B3O A;  4DLE A;  1D3U A;  3EIK A;  2HHW A;  2HNY A;  3F9K A;  4B9U A;  3KLF A;  4F3O A;  1BHL A;  3DRP A;  1FKO A;  1QHT A;  3MXI A;  3KK1 A;  4AHV A;  4KO0 A;  1TKX A;  1TGH A;  2VWK A;  3MEC A;  3ZSO A;  4H4O A;  4Q5V A;  3PX6 A;  1NJW A;  1NKB A;  1NOY A;  2AJQ A;  1TAQ A;  3V9Z A;  1ZYQ A;  4CHP A;  2HW3 A;  1D9D A;  2G8H A;  1LW0 A;  4Y1D A;  4IBN A;  1Z25 A;  1TAU A;  4DQS A;  4J2D A;  4Z4H A;  3NH1 A;  3VQ8 A;  3AVG A;  2X6S A;  5I3U A;  1Q8I A;  3PUF A;  1BL3 A;  1U4B A;  4KAZ A;  4CES A;  4YNQ A;  1NH2 A;  3HP9 A;  1S1V A;  3RMD A;  1S1T A;  4B9S A;  2A1S A;  1KVC A;  4OJR A;  4FM2 A;  1J53 A;  4HUG A;  1IO2 A;  3K57 A;  1HPZ A;  3PX4 A;  3DLB A;  1C6V A;  4KB1 A;  1RT2 A;  1YTU A;  1RM1 A;  3ZSR A;  4KTZ A;  3RR8 A;  2GV9 A;  3ZT3 A;  3ULD A;  1VOK A;  3AVM A;  2KTQ A;  3BDP A;  3NF9 A;  3AVC A;  3O4Q A;  3HS8 A;  1T05 A;  4ELV A;  1B9D A;  3DOK A;  1RTI A;  3O3H A;  1QTP A;  4BDP A;  3JSM A;  3LZI A;  2VG7 A;  4B9M A;  1NJX A;  3ISN C;  3S3N A;  2BE2 A;  4DTM A;  1X1P A;  3DMJ A;  4BAC A;  3KLI A;  4C8O A;  1HJR A;  1TKT A;  3MXM A;  4IFV A;  3LDS A;  1A5X A;  4AHC A;  3VQ5 A;  3ASM A;  3SYZ A;  3V6D A;  3U3Y A;  2IC3 A;  1R4X A;  3E01 A;  3HXM A;  3T1A A;  3K5M A;  3DOL A;  1L3U A;  4RW7 A;  1U48 A;  4FJM A;  1G15 A;  1BCM A;  4CER A;  3PY8 A;  3K5N A;  3M8P A;  4CJQ A;  1JL2 A;  1L5U A;  4HTU A;  1HQE A;  4RW8 A;  1RDC A;  1T03 A;  5HRN A;  4I9L A;  4AIL C;  5J2P A;  4LSL A;  4M42 A;  4TSX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3KD1 E;  2YNF A;  3OBW A;  1OVY A;  4Y0W A;  1EBM A;  2F7T A;  3WUH A;  5CZ1 A;  3LDO A;  4FK2 A;  4DTR A;  4BR5 A;  4DF4 A;  4FJ5 A;  1KXP A;  1RDW X;  2IGI A;  2NRX A;  3IMX A;  2QWN A;  2B5J A;  1N34 K;  4HHT A;  3CCL N;  4E7I A;  1Q9Y A;  3EEQ A;  3J7A P;  1U2V A;  4JKA A;  4OPK A;  4I7F A;  4FJL A;  1BU6 O;  2KZM A;  4RTF D;  5DM7 L;  2E1Y A;  3RRH A;  5JLF A;  4FZY A;  5BR8 K;  3LDQ A;  4ISG A;  1JLQ A;  2QKK A;  5EX5 A;  4AHR A;  2Q0R A;  3W3D A;  3RMC A;  1S5J A;  4KI6 A;  1QTS A;  2NRV A;  1X9M A;  1D4X A;  5C0Y A;  4AHT A;  1PCZ A;  3ZX0 A;  4MO4 A;  3HM9 A;  4PL8 A;  1D8Y A;  2EWS A;  2V9J A;  1IV0 A;  4PL7 A;  5LJW A;  3CJC A;  3MEE A;  4N41 A;  1ZBS A;  4I2Q A;  3TDH A;  5AN4 A;  5AQU A;  4H5R A;  2KFZ A;  1HYV A;  3SBG A;  3D7E O;  4DTJ A;  1QZ5 A;  1BA1 A;  4O8K A;  3QBX A;  4OKJ A;  3C6U A;  3EKU A;  1BIZ A;  1HU0 A;  3VA0 A;  2F8S A;  3ZSY A;  4FW2 A;  2VQE K;  4WFN L;  1ZBH A;  1VQ4 N;  1RGI A;  4B9V A;  5AZJ A;  3HK2 A;  5FDL A;  3SQ0 A;  1A5W A;  2YHW A;  4BE2 A;  2E6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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